lowQualScore : 1111 11111 111
lowQualScore : 22 1 55555 1 3333 4444 1 1 33333 1 0 1 0 3333 1 33333 111 1 555 1 22 777777777777 1 22 222 1 5 1 1
lowQualScore : .. . ..... . .... .... . . ..... . . . . .... . ..... ... . ... . .. ............ . .. ... . . . .
lowQualScore : 22 6 77777 5 5555 5555 4 4 66666 4 7 4 3 1111 5 22222 999 5 888 5 11 999999999999 6 22 888 7 5 9 9
consensus : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTT-TCGCA----AAG-TTCATAC-ATTCAACT-A-T-GC---AA-CA--A------------AAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
Reference ( gi|77209 ) : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTT---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTT-TCGCA----AAG-TTCATAC-TTCCAACT-T-T-GC---AA-CA--A------------AAAT-TG--A---GAAAGC-TCTAG-G-AAAAT
gi|77210 : TTTTTGCGGTTA--AA-CG----TG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTT-TCGCA----AAG-TTCATA--TTTTAACT-T-T-GC---AA-CA--A------------AAAT-TG--A---GAAAGC-TTTGG-G-AAAAT
gi|77211 : TTTTTACGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTT-TTATA----AAG-TTCATAG-TTTAAACT-T-T-GT---AA-CA--A------------AAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-GAAAT
gi|77213 : TTTTTGTGTTTT--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTT-TCGCA----AAG-TTCATAC-ATTCAACT-T-C-GC---AA-CA--ACAAAAAAAAAAAAAAC-TG--A---GAAAGC-TTTGG-G-AAAAT
gi|77212 : TTTTTACGTTTA--AA-CG----CG-AATTTC----AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTAT--------AAG-TTCATAG-TTTAAACT-T-T-GT---AA-CAAGA------------AAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-GAAA
gi|77214 : TTTTTGCGCTTA--AA-TG----AG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT---AATTT-TCGCA----ACG-TTCACAC-ATTTAACT-A-T-AC---AA-CA--A------------ATAT-TG--A---GAAACC-TCTGG-G-AAAA
gi|77215 : TTTTTGCGTT-A--AA-CG----C--AATTTCA---AACTTTA----TTAAA-T-----GTTGTAATTT-TCGCA----AAG-TTC-TACATTC--ACT-TATGGC---AA-CA--A------------AAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-C-AAA
gi|77216 : TTTTTGCGTTTA--A--TG----TG-AATTTTTCAAAACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTT-TAGCA----AGGTTTCATACATTC--ACT-A-T-GCA--AA-CA--A------------AAAA-TG--A---AGAATG-TCTGG-GTAAAAT
gi|77217 : TTTATGCCTTTA--AA-CG----AG-AATTTTC---AACTTTA----T-AGA-T-----AT-GTTATCT-TGCCA----AAG-TTTGTAC-ATCCAACA-A-T-GC---AA-TA--A------------AAAT-GG--A---GATAGC-
gi|77218 : TTTTTGCGTCTA--TA-CG----AG-AATTTTC---AACTTCA----T-AAA-A-----GT-GTTATTT-AGACA----AAG-TTCATAC-ATTTAACT-A-T-GC---AA-CA--A------------AAatgagaaa
gi|77219 : TTTTTGTATT----------------AATTCTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTTATTT-TCGAA----AAG-TTTATACAGTTCAACT-A-T-GC---AA-CA--A------------AAAT-TG--A---GA
gi|77220 : TTTTTGCATTTATAAA-TG----AG-AATTTTC---AATTTTA----T-AAA-T----------AATTT-T-GCATTGAAAT-TTCATAC-ATTCAACT-A-T-GC---AA-CA--G------------CATT-TC--T---GAAACC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77221 : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----AG-AATTTT-----------------AAA-T-----GT-GTTATTT-TCGCA----AAG-TTCACA
gi|77222 : TTTTGCGTTTA--AA-AG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT---ACTTT-TCGCA----AAG-TTTATAC-ATTAAACT-T-T-GC---GA-CA--A------------AAAT-TG--A---GAAAGC-TTTGG-G-AAAAT
gi|77223 : TTTTGCATTCA--GA-CA----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GC-GTAATTT-TAGCG----AAG-TTCATAC-ATTCAAGT-A-T-GC----------A------------AAAT-TG--A---GAAAGC-TCTAG-G-AAA
gi|77224 : TTTTTCGTTTA--AA-C-----------TTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATGT-TCACA----AAG-TTTATAC-ATTAAACT-A-T-GC---AG-CA--A------------CATT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77225 : TTTTGCATTTA--AA-CG----AG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----AT-GCTACTT-TCGCT----AAG-TACATAT-ATTCACCT-T-T-GC---AA-CA--C------------AATT-TG--A---GGAAGG-TCTTG-T-AAAAT
gi|77226 : TTATGTGTTAA--AA-CG----AG-A-TTTTC---AACCATA----G-AAA-T-----GT-GTGATTT-TTGCA----AAG-TTCAAAT-ATTCAACC-A-T-GCAAAAA-AA--A------------AAATGTG--A---GAAA-C-TCTGG-G-GAAAT
gi|77227 : TTTGCGTTTA--AA-TG----CG-A-TTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTT-TCGC
gi|77228 : TTTGTGTTTA--AA-CG----AG-AAATTTT---AACT-------T-AAA-T------T-GC--TTT-AAGAG----AA---TCACAA-TTCAAACT-A-T-GC---AA-CA--A------------AAAA-TGTCACGTGAAAGCTTCTAG-G-AAA
gi|77229 : TTGCGTTTA--AA-CG----CA-AAATTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTT-TCACA----AAG-TTCATAC-ATTCAACT-A-T-GC---AA-CA--A------------AAAT-TG--A---GAAAGC-TCTCG-G-AAAAT
gi|77230 : TACGTTTA--AA-CG----CGGAATTTTC---AACTTTAA---T-AAAGT-----GT-GTAATTT-TCGC-----AAG-TTCATAC-TTTAAACA-A-T-GCA--AA-CA--A------------AAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77231 : TACGTTTA--AA-C-----CG-AATTTC----AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTT-TCGCA----AAG-TTCATAC-TTTAAACA-A-T-GC---AA-C---A------------AAAT-TA--G---CAAAGC-TCTGGAG-AAAAT
gi|77232 : CGTT----AA-CGGTTTCA-AATTTGA---AATATGA----A-AAA-T-----TC-GTAATTT-TCG-A----AAT-CCCATAC-AATCAACA-G-T-GC---AA-CA--A------------AAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77233 : TTTA--AAGCG----TG-AATTCAC---AATTTTC----G-AAA-C-----GT-GTTATTT-TTGTA----AAG-TACATAC-TTTCAACT-A-A-GC---AA-CA--A------------AATT-TA--A---CAAA
gi|77234 : TTA--AA-CG----AA-AATCTTC---AACGTTA----T-AAG-T-----GT-TTTATTT-TCGCA----AAG-TTTATAC-ATTTAACCAT-G-GA---AA-CA--A------------AAAA-TG--C---GAAAGC-TCTGG-G-
gi|77235 : ----CA-AATTTT-----ATTTTAGGTCT-AAA-T-----AT-GTTATGT-TTGCA----AAG-CTCTTAC-ATTCAACT-T-T-GC---AA-CA--A------------AATT-TG--A---AAAAGC-ACT
gi|77236 : ---AACTTTA----T-AAA-TTTTATGT-GTAATTT-TCGCA----AAG-TTCATAC-ATTTAACT-A-T-GC---AA-CA--A------------AAAT-TG--C---GAAAGC-TCTGG-G-AAAATg
gi|77237 : c----T-AAA-T-----GT--TA-TTT-TCGCA----AAG-TTCATTCATTTGAACT----------AATCA--A------------AATT-TG--A---GAAAGC-TCGGG-G-AAAA
Alignments
lowQualScore : 22 1 55555 1 222 4444 1 1 33333 1 0 4444 1 1 3 3 555 777777777777 22 1 22 222 1 1 1
lowQualScore : .. . ..... . ... .... . . ..... . . .... . . . . ... ............ .. . .. ... . . .
lowQualScore : 11 5 11111 5 555 3333 4 4 44444 4 4 5555 4 5 0 0 666 666666666666 00 5 11 777 7 7 7
consensus : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
Reference ( family-567 ) : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77209 : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTT---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACT-TCC-AACTTT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTAG-G-AAAAT
gi|77210 : TTTTTGCGGTTA--AA-CG----TG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATAT--TTT-AACTTT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TTTGG-G-AAAAT
gi|77211 : TTTTTACGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTTATA----AAG-TTCATAGT-TTA-AACTTT-GT---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-GAAAT
gi|77212 : TTTTTACGTTTA--AA-CG----CG-AATTT-C---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTT----AT---AAG-TTCATAGT-TTA-AACTTT-GT---AAC------------AAGAAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-GAAA
gi|77213 : TTTTTGTGTTTT--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTTC-GC---AACAACAAAAAAAAAA--AAAAC-TG--A---GAAAGC-TTTGG-G-AAAAT
gi|77214 : TTTTTGCGCTTA--AA-TG----AG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT---AATTTTCGCA----ACG-TTCACACA-TTT-AACTAT-AC---AAC------------A--AATAT-TG--A---GAAACC-TCTGG-G-AAAA
gi|77215 : TTTTTGCGTT-A--AA-CG----C--AATTTCA---AACTTTA----TTAAA-T-----GTTGTAATTTTCGCA----AAG-TTC-TACA-TTC-ACTTATGGC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-C-AAA
gi|77216 : TTTTTGCGTTTA--A--TG----TG-AATTTTTCAAAACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTAGCA----AGGTTTCATACA-TTC--ACTAT-GCA--AAC------------A--AAAAA-TG--A---AGAATG-TCTGG-GTAAAAT
gi|77217 : TTTATGCCTTTA--AA-CG----AG-AATTTTC---AACTTTA----T-AGA-T-----AT-GTTATCTTGCCA----AAG-TTTGTACA-TCC-AACAAT-GC---AAT------------A--AAAAT-GG--A---GATAGC--ATGA-G-AAA
gi|77218 : TTTTTGCGTCTA--TA-CG----AG-AATTTTC---AACTTCA----T-AAA-A-----GT-GTTATTTAGACA----AAG-TTCATACA-TTT-AACTAT-GC---AAC------------A--AAA
gi|77219 : TTTTTGTATT----------------AATTCTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTTATTTTCGAA----AAG-TTTATACAGTTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GA
gi|77220 : TTTTTGCATTTATAAA-TG----AG-AATTTTC---AATTTTA----T-AAA-T----------AATTTT-GCATTGAAAT-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--GCATT-TC--T---GAAACC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77221 : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----AG-AATTTT-----------------AAA-T-----GT-GTTATTTTCGCA----AAG-TTCACA
gi|77222 : TTTTGCGTTTA--AA-AG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT---ACTTTTCGCA----AAG-TTTATACA-TTA-AACTTT-GC---GAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TTTGG-G-AAAAT
gi|77223 : TTTTGCATTCA--GA-CA----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GC-GTAATTTTAGCG----AAG-TTCATACA-TTC-AAGTAT-GC---------------------AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTAG-G-AAA
gi|77224 : TTTTTCGTTTA--AA-C-----------TTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATGTTCACA----AAG-TTTATACA-TTA-AACTAT-GC---AGC------------A--ACATT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77225 : TTTTGCATTTA--AA-CG----AG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----AT-GCTACTTTCGCT----AAG-TACATATA-TTC-ACCTTT-GC---AAC------------A--CAATT-TG--A---GGAAGG-TCTTG-T-AAAAT
gi|77226 : TTATGTGTTAA--AA-CG----AG-A-TTTTC---AACCATA----G-AAA-T-----GT-GTGATTTTTGCA----AAG-TTCAAATA-TTC-AACCAT-GCAAAAAA------------A--AAAATGTG--A---GAAA-C-TCTGG-G-GAAAT
gi|77227 : TTTGCGTTTA--AA-TG----CG-A-TTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGC
gi|77228 : TTTGTGTTTA--AA-CG----AG-AAATTTT---AACT-------T-AAA-T------T-GC--TTTAAGAG----AA---TCACA-A-TTCAAACTAT-GC---AAC------------A--AAAAA-TGTCACGTGAAAGCTTCTAG-G-AAA
gi|77229 : TTGCGTTTA--AA-CG----CA-AAATTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCACA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTCG-G-AAAAT
gi|77230 : TACGTTTA--AA-CG----CGGAATTTTC---AACTTTAA---T-AAAGT-----GT-GTAATTTTCGC-----AAG-TTCATACT-TTA-AACAAT-GCA--AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77231 : TACGTTTA--AA-C-----CG-AATTT-C---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACT-TTA-AACAAT-GC---AAC---------------AAAAT-TA--G---CAAAGC-TCTGGAG-AAAAT
gi|77232 : CGTT----AA-CGGTTTCA-AATTTGA---AATATGA----A-AAA-T-----TC-GTAATTTTCG-A----AAT-CCCATACA-ATC-AACAGT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77233 : TTTA--AAGCG----TG-AATTCAC---AATTTTC----G-AAA-C-----GT-GTTATTTTTGTA----AAG-TACATACT-TTC-AACTAA-GC---AAC------------A--AAATT-TA--A---CAAA
gi|77234 : TTA--AA-CG----AA-AATCTTC---AACGTTA----T-AAG-T-----GT-TTTATTTTCGCA----AAG-TTTATACA-TTT-AACCATGGA---AAC------------A--AAAAA-TG--C---GAAAGC-TCTGG-G-
gi|77235 : ----CA-AATTTT-----ATTTTAGGTCT-AAA-T-----AT-GTTATGTTTGCA----AAG-CTCTTACA-TTC-AACTTT-GC---AAC------------A--AAATT-TG--A---AAAAGC-ACTG
gi|77236 : C---AACTTTA----T-AAA-TTTTATGT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTT-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--C---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77237 : ----T-AAA-T-----GT--TA-TTTTCGCA----AAG-TTCATTCA-TTTGAACTA-------ATC------------A--AAATT-TG--A---GAAAGC-TCGGG-G-AAAA
Alignments
lowQualScore : 22 1 55555 1 222 4444 1 1 33333 1 0 4444 1 1 3 3 555 777777777777 22 1 22 222 1 1 1
lowQualScore : .. . ..... . ... .... . . ..... . . .... . . . . ... ............ .. . .. ... . . .
lowQualScore : 11 5 11111 5 555 3333 4 4 44444 4 4 5555 4 5 0 0 666 666666666666 00 5 11 777 7 7 7
consensus : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
Reference ( family-567 ) : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77209 : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTT---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACT-TCC-AACTTT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTAG-G-AAAAT
gi|77210 : TTTTTGCGGTTA--AA-CG----TG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATAT--TTT-AACTTT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TTTGG-G-AAAAT
gi|77211 : TTTTTACGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTTATA----AAG-TTCATAGT-TTA-AACTTT-GT---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-GAAAT
gi|77212 : TTTTTACGTTTA--AA-CG----CG-AATTT-C---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTT----AT---AAG-TTCATAGT-TTA-AACTTT-GT---AAC------------AAGAAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-GAAA
gi|77213 : TTTTTGTGTTTT--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTTC-GC---AACAACAAAAAAAAAA--AAAAC-TG--A---GAAAGC-TTTGG-G-AAAAT
gi|77214 : TTTTTGCGCTTA--AA-TG----AG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT---AATTTTCGCA----ACG-TTCACACA-TTT-AACTAT-AC---AAC------------A--AATAT-TG--A---GAAACC-TCTGG-G-AAAA
gi|77215 : TTTTTGCGTT-A--AA-CG----C--AATTTCA---AACTTTA----TTAAA-T-----GTTGTAATTTTCGCA----AAG-TTC-TACA-TTC-ACTTATGGC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-C-AAA
gi|77216 : TTTTTGCGTTTA--A--TG----TG-AATTTTTCAAAACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTAGCA----AGGTTTCATACA-TTC--ACTAT-GCA--AAC------------A--AAAAA-TG--A---AGAATG-TCTGG-GTAAAAT
gi|77217 : TTTATGCCTTTA--AA-CG----AG-AATTTTC---AACTTTA----T-AGA-T-----AT-GTTATCTTGCCA----AAG-TTTGTACA-TCC-AACAAT-GC---AAT------------A--AAAAT-GG--A---GATAGC--ATGA-G-AAA
gi|77218 : TTTTTGCGTCTA--TA-CG----AG-AATTTTC---AACTTCA----T-AAA-A-----GT-GTTATTTAGACA----AAG-TTCATACA-TTT-AACTAT-GC---AAC------------A--AAA
gi|77219 : TTTTTGTATT----------------AATTCTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTTATTTTCGAA----AAG-TTTATACAGTTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GA
gi|77220 : TTTTTGCATTTATAAA-TG----AG-AATTTTC---AATTTTA----T-AAA-T----------AATTTT-GCATTGAAAT-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--GCATT-TC--T---GAAACC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77221 : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----AG-AATTTT-----------------AAA-T-----GT-GTTATTTTCGCA----AAG-TTCACA
gi|77222 : TTTTGCGTTTA--AA-AG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT---ACTTTTCGCA----AAG-TTTATACA-TTA-AACTTT-GC---GAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TTTGG-G-AAAAT
gi|77223 : TTTTGCATTCA--GA-CA----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GC-GTAATTTTAGCG----AAG-TTCATACA-TTC-AAGTAT-GC---------------------AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTAG-G-AAA
gi|77224 : TTTTTCGTTTA--AA-C-----------TTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATGTTCACA----AAG-TTTATACA-TTA-AACTAT-GC---AGC------------A--ACATT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77225 : TTTTGCATTTA--AA-CG----AG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----AT-GCTACTTTCGCT----AAG-TACATATA-TTC-ACCTTT-GC---AAC------------A--CAATT-TG--A---GGAAGG-TCTTG-T-AAAAT
gi|77226 : TTATGTGTTAA--AA-CG----AG-A-TTTTC---AACCATA----G-AAA-T-----GT-GTGATTTTTGCA----AAG-TTCAAATA-TTC-AACCAT-GCAAAAAA------------A--AAAATGTG--A---GAAA-C-TCTGG-G-GAAAT
gi|77227 : TTTGCGTTTA--AA-TG----CG-A-TTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGC
gi|77228 : TTTGTGTTTA--AA-CG----AG-AAATTTT---AACT-------T-AAA-T------T-GC--TTTAAGAG----AA---TCACA-A-TTCAAACTAT-GC---AAC------------A--AAAAA-TGTCACGTGAAAGCTTCTAG-G-AAA
gi|77229 : TTGCGTTTA--AA-CG----CA-AAATTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCACA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTCG-G-AAAAT
gi|77230 : TACGTTTA--AA-CG----CGGAATTTTC---AACTTTAA---T-AAAGT-----GT-GTAATTTTCGC-----AAG-TTCATACT-TTA-AACAAT-GCA--AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77231 : TACGTTTA--AA-C-----CG-AATTT-C---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACT-TTA-AACAAT-GC---AAC---------------AAAAT-TA--G---CAAAGC-TCTGGAG-AAAAT
gi|77232 : CGTT----AA-CGGTTTCA-AATTTGA---AATATGA----A-AAA-T-----TC-GTAATTTTCG-A----AAT-CCCATACA-ATC-AACAGT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77233 : TTTA--AAGCG----TG-AATTCAC---AATTTTC----G-AAA-C-----GT-GTTATTTTTGTA----AAG-TACATACT-TTC-AACTAA-GC---AAC------------A--AAATT-TA--A---CAAA
gi|77234 : TTA--AA-CG----AA-AATCTTC---AACGTTA----T-AAG-T-----GT-TTTATTTTCGCA----AAG-TTTATACA-TTT-AACCATGGA---AAC------------A--AAAAA-TG--C---GAAAGC-TCTGG-G-
gi|77235 : ----CA-AATTTT-----ATTTTAGGTCT-AAA-T-----AT-GTTATGTTTGCA----AAG-CTCTTACA-TTC-AACTTT-GC---AAC------------A--AAATT-TG--A---AAAAGC-ACTG
gi|77236 : C---AACTTTA----T-AAA-TTTTATGT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTT-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--C---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77237 : ----T-AAA-T-----GT--TA-TTTTCGCA----AAG-TTCATTCA-TTTGAACTA-------ATC------------A--AAATT-TG--A---GAAAGC-TCGGG-G-AAAA
blockSeqs : TA G GTTTC G CAA GGTC T G TTTAT T TTGA T G A G AAA AACAAAAAAAAA AG G TC CGT T A T
blockSeqs : . . T . . A . . . . T . . G G A . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
finalCons : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
Alignments
lowQualScore : 22 1 55555 1 222 4444 1 1 33333 1 0 4444 1 1 3 3 555 777777777777 22 1 22 222 1 1 1
lowQualScore : .. . ..... . ... .... . . ..... . . .... . . . . ... ............ .. . .. ... . . .
lowQualScore : 11 5 11111 5 555 3333 4 4 44444 4 4 5555 4 5 0 0 666 666666666666 00 5 11 777 7 7 7
consensus : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
Reference ( family-567 ) : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77209 : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTT---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACT-TCC-AACTTT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTAG-G-AAAAT
gi|77210 : TTTTTGCGGTTA--AA-CG----TG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATAT--TTT-AACTTT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TTTGG-G-AAAAT
gi|77211 : TTTTTACGTTTA--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTTATA----AAG-TTCATAGT-TTA-AACTTT-GT---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-GAAAT
gi|77212 : TTTTTACGTTTA--AA-CG----CG-AATTT-C---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTT----AT---AAG-TTCATAGT-TTA-AACTTT-GT---AAC------------AAGAAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-GAAA
gi|77213 : TTTTTGTGTTTT--AA-CG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTTC-GC---AACAACAAAAAAAAAA--AAAAC-TG--A---GAAAGC-TTTGG-G-AAAAT
gi|77214 : TTTTTGCGCTTA--AA-TG----AG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT---AATTTTCGCA----ACG-TTCACACA-TTT-AACTAT-AC---AAC------------A--AATAT-TG--A---GAAACC-TCTGG-G-AAAA
gi|77215 : TTTTTGCGTT-A--AA-CG----C--AATTTCA---AACTTTA----TTAAA-T-----GTTGTAATTTTCGCA----AAG-TTC-TACA-TTC-ACTTATGGC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-C-AAA
gi|77216 : TTTTTGCGTTTA--A--TG----TG-AATTTTTCAAAACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTAGCA----AGGTTTCATACA-TTC--ACTAT-GCA--AAC------------A--AAAAA-TG--A---AGAATG-TCTGG-GTAAAAT
gi|77217 : TTTATGCCTTTA--AA-CG----AG-AATTTTC---AACTTTA----T-AGA-T-----AT-GTTATCTTGCCA----AAG-TTTGTACA-TCC-AACAAT-GC---AAT------------A--AAAAT-GG--A---GATAGC--ATGA-G-AAA
gi|77218 : TTTTTGCGTCTA--TA-CG----AG-AATTTTC---AACTTCA----T-AAA-A-----GT-GTTATTTAGACA----AAG-TTCATACA-TTT-AACTAT-GC---AAC------------A--AAA
gi|77219 : TTTTTGTATT----------------AATTCTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTTATTTTCGAA----AAG-TTTATACAGTTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GA
gi|77220 : TTTTTGCATTTATAAA-TG----AG-AATTTTC---AATTTTA----T-AAA-T----------AATTTT-GCATTGAAAT-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--GCATT-TC--T---GAAACC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77221 : TTTTTGCGTTTA--AA-CG----AG-AATTTT-----------------AAA-T-----GT-GTTATTTTCGCA----AAG-TTCACA
gi|77222 : TTTTGCGTTTA--AA-AG----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT---ACTTTTCGCA----AAG-TTTATACA-TTA-AACTTT-GC---GAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TTTGG-G-AAAAT
gi|77223 : TTTTGCATTCA--GA-CA----CG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GC-GTAATTTTAGCG----AAG-TTCATACA-TTC-AAGTAT-GC---------------------AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTAG-G-AAA
gi|77224 : TTTTTCGTTTA--AA-C-----------TTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATGTTCACA----AAG-TTTATACA-TTA-AACTAT-GC---AGC------------A--ACATT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77225 : TTTTGCATTTA--AA-CG----AG-AATTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----AT-GCTACTTTCGCT----AAG-TACATATA-TTC-ACCTTT-GC---AAC------------A--CAATT-TG--A---GGAAGG-TCTTG-T-AAAAT
gi|77226 : TTATGTGTTAA--AA-CG----AG-A-TTTTC---AACCATA----G-AAA-T-----GT-GTGATTTTTGCA----AAG-TTCAAATA-TTC-AACCAT-GCAAAAAA------------A--AAAATGTG--A---GAAA-C-TCTGG-G-GAAAT
gi|77227 : TTTGCGTTTA--AA-TG----CG-A-TTTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGC
gi|77228 : TTTGTGTTTA--AA-CG----AG-AAATTTT---AACT-------T-AAA-T------T-GC--TTTAAGAG----AA---TCACA-A-TTCAAACTAT-GC---AAC------------A--AAAAA-TGTCACGTGAAAGCTTCTAG-G-AAA
gi|77229 : TTGCGTTTA--AA-CG----CA-AAATTTC---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCACA----AAG-TTCATACA-TTC-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTCG-G-AAAAT
gi|77230 : TACGTTTA--AA-CG----CGGAATTTTC---AACTTTAA---T-AAAGT-----GT-GTAATTTTCGC-----AAG-TTCATACT-TTA-AACAAT-GCA--AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77231 : TACGTTTA--AA-C-----CG-AATTT-C---AACTTTA----T-AAA-T-----GT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACT-TTA-AACAAT-GC---AAC---------------AAAAT-TA--G---CAAAGC-TCTGGAG-AAAAT
gi|77232 : CGTT----AA-CGGTTTCA-AATTTGA---AATATGA----A-AAA-T-----TC-GTAATTTTCG-A----AAT-CCCATACA-ATC-AACAGT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--A---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77233 : TTTA--AAGCG----TG-AATTCAC---AATTTTC----G-AAA-C-----GT-GTTATTTTTGTA----AAG-TACATACT-TTC-AACTAA-GC---AAC------------A--AAATT-TA--A---CAAA
gi|77234 : TTA--AA-CG----AA-AATCTTC---AACGTTA----T-AAG-T-----GT-TTTATTTTCGCA----AAG-TTTATACA-TTT-AACCATGGA---AAC------------A--AAAAA-TG--C---GAAAGC-TCTGG-G-
gi|77235 : ----CA-AATTTT-----ATTTTAGGTCT-AAA-T-----AT-GTTATGTTTGCA----AAG-CTCTTACA-TTC-AACTTT-GC---AAC------------A--AAATT-TG--A---AAAAGC-ACTG
gi|77236 : C---AACTTTA----T-AAA-TTTTATGT-GTAATTTTCGCA----AAG-TTCATACA-TTT-AACTAT-GC---AAC------------A--AAAAT-TG--C---GAAAGC-TCTGG-G-AAAAT
gi|77237 : ----T-AAA-T-----GT--TA-TTTTCGCA----AAG-TTCATTCA-TTTGAACTA-------ATC------------A--AAATT-TG--A---GAAAGC-TCGGG-G-AAAA