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Reference ( gi|15628 )        :              TTTCAA--CGT-T--G----A--C--A--T-G-CAACG-TT-G---A----T---T---C-AAC-GT-TGA-GA--CA--------T------C-A-ACGTT-G--A---T---T---C-AACGTTG
gi|15625                      :              TTTCAA--CGT-T--G----A--C--A--C-G-CAACG-TT-G---A----T---T---C-AAC-GT-TGT-GA--TA--------T------C-A-ACGTT-G--A---T---T---C-AACGTTG
gi|15639                      :              TTTCAA--CGT-T--G----A--C--A--T-G-CAACG-TT-G---A----T---T---C-AAC-GT-TGA-GA--CA--------T------C-A-ACGTT-G--A---
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gi|15623                      :                 TCCAACGT-TGTGAGAAA-T-A-CAACG-TTTG-A---A-T---C-AAC-GTTGAAA--CC--------T------CA-ACGTT---G--A---tt
gi|15624                      :                 ttCAACGT-TG----TCACT-C-CAACG-TT-G-A---A-T---C-AAC-GTTGAAA--CC--------T------CA-ACGTT---G--A---gtgacaacgttgtt
gi|15625                      :              ttTTTCAACGT-TG----ACA-C-G-CAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGTGA--TA--------T------CA-ACGTT---G--A---TT--CAACGTTGtt
gi|15626                      :                                   -T-T-CAACG-TT-G-T---T-T---C-AAC-GTT--GA--CA--------TG-----CA-ACGTT---G--A---TT--CAACGTTG
gi|15626                      :               tTTTCAACGT-TG----ACA-T-G-CAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGAGA--CA--------T------CA-ACGTT---G--agacatcaacgttg
gi|15627                      :                        tttcaacgttg-T-T-CAACG-TT-G-T---T-T---C-AAC-GTTGACA--CG---------------CA-ACGTT---G--A---TT--CAACGTTG
gi|15627                      :               tTTTCAACGT-TG----ACA-C-G-CAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGTGA--TA--------T------CA-ACGTT---G--tgatatcaacgttg
gi|15628                      :     tttcaacgttgTTTCAACGT-TG----ACA-T-G-CAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGAGA--CA--------T------CA-ACGTT---G--A---TT--CAACGTTG
gi|15629                      :                TTTTAACGT-TG----AGG-T-TTCAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTG-----TA--------TTTTA--CA-ACGTTG--G--A---GTGACAACGTTG
gi|15629                      :                 TCCAACGT-TGTA--AAA-T-A-CAACG-TT-G-A---A-T---C-AAC-GTTGAAA--CC--------T------CA-ACGTT---A--A---tt
gi|15630                      :               ttTCCAACGT-TGTA--AAA-T-A-CAACG-TT-G-A---AAT---C-A-C-GTTGAAA--CC--------T------CA-ACGTT---G--A---gtgacaacgttgtt
gi|15630                      :              ttTTTCAACGT--G----AT--T-T-CAACG-TT-GTA---T-TTTAC-AAC-GTTGGAG--TG--------A------CA-AAGTT---G--gtgacaaagttgtt
gi|15631                      :   tttcaacgttgaggTCCAACGTGTA----AAA-T-A-CAACG-AT-G-A---A-T---C-A-C-GTTGAAA--C----------------CATACGTT---tt
gi|15632                      :               ttctCAACGT-TC----TCA-T-TTCGACG-TT-G-AAATT-T---C-AAC-GTTG-----CA--------T------TG-ACGTT---G--A---AT--CAACGTTctgacaacgttgtt
gi|15633                      :             tttcaaCAACGT-TC----TCA-T-TTCGACG-TT-G-AAATT-T---C-AAC-GTTG-----CA--------T------TG-ACGTT---G--A---TC----ACGTTt
gi|15634                      :           tttcaaTTCAACGT-TG----AGA-C-ATCAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGATA--AA--------T------CA-ACGTT---G--t
gi|15635                      :                 TTCAACGT-TG----AGA-CAT-CAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-TTTCATATCCAACCTTTT-T------CA-ACGTT---G--T---TT--CAACGTTG
gi|15636                      :                 TTCAACGT-TG----TGA-T-ATCAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGAGA--CA--------T------CA-ACGTT---G--
gi|15637                      :                 TTCAACGT-TG----AGA-CAT-CAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-TTTCATATTCAACCTTTTTT------CA-ACGTT---G--T---TT--CAACGTTG
gi|15638                      :                 TTCAACGT-TG----ATG-T-T-GAACT-TT-T-A---T-G---C-AAC-GTTT-----TAT-------T------CA-ACGTTGAAG--A---TT--CAACGTTG
gi|15639                      :                TTTCAACGT-TG----ACA-T-G-CAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGAGA--CA--------T------CA-ACGTT---G--A---
gi|15640                      :                 TTCAACGT-TG----TGA-T-ATCAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGAGA--CA--------T------CA-ACGTT---G--A---caacgttg
gi|15640                      :                                       -CAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGTGA--TA--------T------CA-ACGTT---G--A---TT--CAACGTTGtcaacgttg
gi|15641                      :  tcaacgttgatgtctTTCAACGT-TG----ACA-T-G-CAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGAGA--CA--------T------CA-ACGTT---G--A---
gi|15642                      :                 TTCAACGT-TG----AGA-C-ATCAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGATA--AA--------T------CA-ACGTT---G--A---caacgttg
gi|15642                      :                                       -CAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGAGA--CA--------T------CA-ACGTT---G--A---TT--CAACGTTGtcaacgttg
gi|15643                      : tcaacgttgatttatTTTCAACGT-AA----AAA-T-G-CAACG-TT-G-T---T-T---C-AAC-GTTTA-----A--------T------CA-ACGTT---G--A---
gi|15644                      :                  TCAACGT-TG----ATT-T-CTCAACG-TT-G-----T-T---C-AAC-GTTGA----CA--------TG-----CA-ACGTT---G--A---TT--CAACGTTGcaacgttg
gi|15645                      :                TTTCAACGT-CG----AAA-T-G-CGACG-TT-G-T---T-T---C-AAC-GTTGA-----A--------T------CA-ACGTT---G--A---
gi|15646                      :                   CAACGT-TG----AAA-T-TGTGACG-TT-G-T---T-T---C-AAC-GT-------CATCTT----T------CA-ACGTT---T--A---AA--CAACGTTGtgacgttg
gi|15647                      :                                   -T-T-CAACG-TT-G-T---T-T---C-AAC-GTT-AGA--CT--------TTT----CA-ACGTT---G--AGGTTT--CAACGTTG
gi|15648                      :                                   -T-T-TAACG-TT-G-T---T-T---C-AAC-GTT-AGA--CT--------TTT----CA-ACGTT---G--AGGTTT--CAACGTTG


blockSeqs                     :                         G  TGAG A C TT      G  T T AAT A TTA A   C    ATATTCAACCTTTTTT        T     GAA GA GGT  GA
blockSeqs                     :                         .  TA   G . TT      .  . . AAT . .   .   .    ATATCCAACCTTTTT         .     G   .  GGT  GA
blockSeqs                     :                         .  TA   A . TT      .  . . .   . .   .   .    TATTTCTCA               .     G   .  .    GA
blockSeqs                     :                         .  TA   G . TT      .  . . .   . .   .   .    AGACTTTT                .     G   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  TA   A . TT      .  . . .   . .   .   .    AGACTTTT                .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  TA   G . TT      .  . . .   . .   .   .    TATTTTA                 .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    A . AT      .  . . .   . .   .   .    TATTTTA                 .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    C . AT      .  . . .   . .   .   .    TATTTTA                 .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    C . AT      .  . . .   . .   .   .    CATCTTT                 .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    C . AT      .  . . .   . .   .   .    AAACCT                  .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    C . AT      .  . . .   . .   .   .    AAACCT                  .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    C . AT      .  . . .   . .   .   .    AAACCT                  .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    G . CT      .  . . .   . .   .   .    AAACCT                  .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    A . TG      .  . . .   . .   .   .    AAACCT                  .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    A . A       .  . . .   . .   .   .    TGATAT                  .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    T . A       .  . . .   . .   .   .    GACATG                  .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    A . A       .  . . .   . .   .   .    AGACAT                  .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    C . A       .  . . .   . .   .   .    TGATAT                  .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    C . C       .  . . .   . .   .   .    AGACAT                  .     .   .  .    . 
blockSeqs                     :                         .  .    G . G       .  . . .   . .   .   .    AAACCT                  .     .   .  .      
blockSeqs                     :                         .  .    G . T       .  . . .   . .   .   .    AAACCT                  .     .   .  .      
blockSeqs                     :                         .  .    G . G       .  . . .   . .   .   .    GAGTGA                  .     .   .  .      
blockSeqs                     :                         .  .    G . T       .  . . .   . .   .   .    ATAAAT                  .     .   .  .      
blockSeqs                     :                         .  .    T . G       .  . . .   . .   .   .    AGACAT                  .     .   .  .      
blockSeqs                     :                         .  .    C . G       .  . . .   . .   .   .    AGACAT                  .     .   .  .      
blockSeqs                     :                         .  .    G . A       .  . . .   . .   .   .    AGACAT                  .     .   .  .      
blockSeqs                     :                         .  .    C . A       .  . . .   . .   .   .    TGATAT                  .     .   .  .      
blockSeqs                     :                         .  .    G . T       .  . . .   . .   .   .    AGACAT                  .     .   .  .      
blockSeqs                     :                         .  .    A . A       .  . . .   . .   .   .    ATAAAT                  .     .   .  .      
blockSeqs                     :                         .  .    T . T       .  . . .   . .   .   .    AGACAT                  .     .   .  .      
blockSeqs                     :                         .  .    A . G       .  . . .   . .   .   .    ACACG                   .     .   .  .      
blockSeqs                     :                         .  .    A . G       .  . . .   . .   .   .    ACATG                   .     .   .  .      
blockSeqs                     :                                   . G       .  . . .   . .   .   .    AAAC                    .     .   .         
blockSeqs                     :                                   . G       .  . . .   . .   .   .    TATT                    .     .   .         
blockSeqs                     :                                   . T       .  . . .   . .   .   .    CAT                     .     .   .         
blockSeqs                     :                                   . T       .  . . .   . .   .   .    CAT                     .     .   .         
blockSeqs                     :                                             .  . . .   . .   .   .    AAT                     .     .   .         
blockSeqs                     :                                             .  . . .   . .   .   .    AAT                     .     .             


blockSeqCons                  :                                     N**                               AGACAT****************        ***         **
originalCons                  :                TTTCAACGT-TG----ANA-T-N-CAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGAGA--CA--------T------CA-ACGTT---G--A---TT--CAACGTTG
finalCons                     :                TTTCAACGT-TG----ANA-TN--CAACG-TT-G-A---T-T---C-AAC-GTTGAGACAT----------------CA-ACGTT---G--A---TT--CAACGTTG





Alignments
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