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Reference ( gi|50253 )        : ATTAAA-TTCTAC-G-C--TCAT-T-T-ATT-ACGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT-C-A--TTTTAT----AGA-A-A--T--TG-CT-G--C-AAATG-TT-T----ATTTT-A-TTTGGT-TT----GA--GG-C--A-C-AGG-T-AA-------AC-TTAA--AA--CA---T--T-TTTCT-ACAA----CCGCAA-------AA-AA-AT-AAA-----------TATCA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TAA
gi|50258                      : ATTAAA-TTCTAC-G-C--TCAT-T-T-ATT-ATGC-AA-AT-A---G--ATGGTTT-T-A--TTGTAT----AAA-A-A--T--TG-CT-G--C-AGAGG-TT-T----ATTTT-A-TTTGGT-TT----GA--GG-C--A-C-ACG-T-AA-------AC-TTAA--AT--CA---T--T-TTTCT-ACAC----CCAC-A-------AA-AA-AT-AAA-----------TATCA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TAA
gi|50255                      : ATTAAA-TTATAG-G-C--TCAC-T-T-ATC-ACGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT-C-A--TTTTAT----AAA-A-AAAT--TA-CT-G--C-AAAAG-TT-T----ATTTT-A-TTTGGT-TT----GA--GG-C--A-C-AGG-T-AA-------AC-TTAA--AT--CA---T--T-TTTCT-ACAC----CCAC-A-------AA-AA-AT-AAA-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TAA
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Reference ( family-565 )      : ATTAAA-TTNTAC-G-C--TCAT-T-T-ATTA-CGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT-C-A-TTTT--AT--A---AA-A-A--T--TG-CT-G--C-AAAGG-TT-T----ATTTT-A-TTTGGT-TT----GA--GG-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-TCA---TT-TTTCT--AC-A-CCCGCAA-------AA-AA-AT-AAA-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TAA
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Reference ( family-565 )      : ATTAAA-TTNTAC-G-C--TCAT-T-T-ATTA-CGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT-C-A-TTTT--AT--A---AA-A-A--T--TG-CT-G--C-AAAGG-TT-T----ATTTT-A-TTTGGT-TT----GA--GG-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-TCA---TT-TTTCT--AC-A-CCCGCAA-------AA-AA-AT-AAA-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TAA
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gi|50261                      : ATTAAA-TTCTAC-G-C--TCAT-T-TTATTA-CGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT-C-G-TTTT--AT--A---AA-AAA--T--TG-CT-G--C-AAAGG-TT-T----TATTT-A-TTTGGT-TT----GA--GG-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-TAA---CA-TTTCT--AC-A-ACCACTA-------AA-AA-AT-AAC-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-TTATTTT-TAA
gi|50262                      : ATTAAAATTCTAC-G-C--TC-T-T-T-ATTAACGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT-C-G-TTTT---T--AT--AA-A-A--T--TG-CT-G--C-AAAGGTTT-T----ATTTA-T-TTTGGT-TT----GA---G-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-TAA---CA-TTTCT--AC-A-ACCAC---------TA-AA-AT--AA-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT--TATTTT-TAA
gi|50263                      : ATTAAA-TTCTAC-G-C--TCAT-T-T-ATTA-TGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT-C-G-TTAT--AT--A---AA-A-A--T--TG-CT-G--C-AAAGG-TT-T----A----------GGT-TT----GA--GG-C--A-C-A-TG-T-AA-------AC-TT--AA--A-TAA---TA-TTTCT--AC-A-ACCAC---------AA-AA-AT-AAG-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TGA
gi|50264                      : ATTGAA-TTCTAC-G-C--TCAT-T-T-ATAA-CGC-AAATT-A---GG-ATG---T-T-A-ATTT--AT--A---AA-A-A--T--GG-CT-G--C-AAATG-TT-T----ATTTT-A-TTTGGT-TT----AA--GG-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--AGTCAT--TT-TTTCTAAAC-ACCCCGCAA-------CA-AA-AT-AAA-----------TATTAATTGGCCAG-GC-CT-GT-ATATCTT-TAA
gi|50265                      : ATTAAA-TTATAT-G-C--TCAT-TCT-ATTA-CGCCAA-TT-A---G--ATGGTTT-C-A-TTTTTTAT--A---AA-A-AAAT--TG-CT-G--C-AAAGG-TT------ATTTT-A-TTTG-T-TT----GA--G--C--A-C-A-GG-T-AA--------C-TT--AA--A-TCA---TT-TTTCT--AC-A-CCTACAA-------AA-AA-AT-AAA-----------TATT---TAGCA-A-GC-CT-GT-A-ATCTT-TAA
gi|50266                      : ATTAAA-TTATAT-G-C--ACAT-T-T-ATTA--GC-AA-TT-A---G--ATGGTT--C-A-TTTT--AT--A---AA-A-A--T---G-CT-G--CCAAATG-TT-T----ATTTT----TT--T-TT----A----G-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-TCA---TT-TTTC---AC-A-CCCGCAA-------AA-AA-AT-AAA-----------TATTA--TGGC--AGGC-CT-GT-ATATCTT-AAA
gi|50267                      : ATTAAA-TTATAT-G-C--ACAT-T-T-ATTA-CGC-AA-TT-A------ATGGTT--C-A-TTTT--AT--A---AA-A-A--TC-TG-C-----C-AAA----T-T----ATT---A-TTTTTT-TT----TA--GG-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-AT--AA--A-TCA---TT-TTTC---AC-A-CCCGC-A-------AA-AA-AT-AAA-----------TATTA--TGGC--AGGC-CT-GT-ATATCTT-AAA
gi|50268                      : ATTAAA-TTTTAC-G-C--TCAT-T-T-ACTA-CGC-AA-T--A---GCGATGGTTT-C-A-TTTT--AT--TTGTAA-A-A--T--TG-CT-G--C-AAAGG-TT------ATTTT-A-TTTGGG-T---------GT-A--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AAATA-TCA----T-TTTCT--ACAA-CCCGCGA-------AA-AA-ATAAAA-----------TATTA--TGGC--A-GCTCT-GTCATTACTT-TAA
gi|50269                      : ATTAAA-GTATACCG-CCTTCAT-T-T-ATTA-CGC-AA-CTCA---G--ATGGTTT-C-A-TTCT--AT--A---AACA-A--T--TG-CT-G--C-AAAGG-------------------TG---TC----GA--GG-C----C-ACGG-TAAA-------AC-TT--AA--A-TCA---TT-TTTCT--AC-A-CCTGCAAAAAAAACAA-AA-AA-AAA-----------TATTAC-CGGC--A-GC-CT-G---TACCTT-TGA
gi|50270                      : ATTAAA-TTCTAC---C--TCAT-T---ATTA--GC-A--TT-A---G--ATG--TT-C-A-TTTT--AT--A---GA-A-A--T--TT-GT-G--C-AAATG-TT-T----TATTT-A-TTTTGG-TT----AA--GG-C--AGC-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-TCA---TT-TTTCT--AC-A-CCCGT---------AA-AA-AT-AAG-----------TAT----TGGC--A--C-CTGGT-ATATCTTGTAA
gi|50271                      : ATAAAA-TTTCAC-G-C--TCAT-T-A-TTTA-CGC-AA-TT-AC--G--ATGTTCT-CTT-TTTT--AT--A---AA-ACATCT--TGCCT-G--C-AAAGG-TT-TTAGGGTTTT-ATTTTGGT-TCTATAGATGGG-CTTA-C-A-GGATAAA-------AC-TTGAAA--A-TCAAGGTTATTT-------------CAA-------A--------AAG-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TAA
gi|50272                      : ATTAAA-TTATAT-G-C--TCAA-T-T-ATTA-CGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT-C-A-ATTT--AT--A---A
gi|50273                      :   TAAA-TTCTAC-G-C--TCAT-T-T-ATTA-CGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT-C-G-TTTT--AT--A---AA-A----T--TG-CT-G--C-AAAGG-TT-T----TATTT-A-TTTGGT-TT----GA--GG-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-TAA---CA-TTTCT--AC-A-ACCACTA-------AA-AA-AT--AA-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-TTATTTT-TAA
gi|50274                      :   TAAA-TTCTAC-G-C--TCAT-T---ATTA-CAC-AA-TT-ATAAG--ATTGTTT-C-A-TTTC--AT--A---GA-A-A--T--TG-CTGG--C-AAATG-TT-T----ATTTT-A-TTTGA-----------------------------------------TT--AA--A-TCA---TT-TTTCTA-AC-A-ACCGCAA-------AA-AACAT-AAA-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TAA
gi|50275                      :    AAA-TTA-AG-G-C--TCAC-T-T-ATCA-CGC-AA-TT-A---G--AATGTTT-C-A-TTTA--AT--A---AA-A-AAAT--TA-CT----C-AAAAG-TT-T----ATTT--A-TTTGGT-T-----GA--GG-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-TCA---GT-TTTCT--AC-A-CCCACAA-------AA-AT-AT--AA-----------TATTA--T-GC--A-GC-C---T-AGATCTT-TAA
gi|50276                      :    AAA-TTACAT-G-C--TCATGT-T-ATTA-TGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT---A-TTTT--A-------AA-A-A--T--TG-CT-GGTC-AAATG-TT-T----ATTTTTA-TTTGGTGTT----GA--GG-A--A-CCA-GG-T-AA-------AG-TT--AA--A-TCA---TT-TTTCTT-AC-A-CCCGCAA-------AA-AA-AT-AA------------TATTA--TGGC--A-GC-CT--T-ATATCTT-TA
gi|50277                      :                                                         T-C-A-TTTT--AT--A---AACA-A--TCATG-CT-GT-C-AAAGG-TT-T-----TTTT-A-TTTGGT-T------G--GG-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-T-----TT-TTTCT--AC-A-CGCGCAG-------AA-AA-AT-TAA-----------AAATA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-
gi|50278                      :                                                                  T--AG--A---GA-A-A--T--TG-CT-AGTC-AAAGG-TTGT----ATTTT-A-TT-GGT-TT----GA--AG-C--A---A-GG-T-AATAACTAAAC-TT--AA--A-TCA---TT-TTTCT--AC-A-CCCACAA-------AA-TA-TT-AAA-----------TATTA--TGGC--A-CC-CT-AT-ATATCTT-TAA
gi|50279                      :                                                                                          -CT-G--C-AAAAG-TT-T----ATTTT-A-TTTGGT-TT----GA--GG-C--C-C-A-GG-T---------------------A-TCA---GT-TTTCT--AC-A-CCCGC-A-------AA-AA-AT-AAATACAAGTCATGTATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TAA
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gi|50281                      :                                                                                                                                                                                                                         -AT-AAA-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TA


blockSeqs                     :       A  C   C A CT    G C T    A   C  A  C TAA CG       T T T    TT  AA TGT  C A AA CA  C  G GT C   T T  G TAGG     T T      G  TATA  TG  A TT G C C  A A  TAACTAA  T  AA  AT G   AGGT A     AA  A C     A AAAAAAC  T  C  A   TACAAGTCATG     AT    CA G  T  G  C       G
blockSeqs                     :       .  A   . . .     . . .    .   .  .  . C   G        T . .    .   .  T    C C AA C   .  . GT .   A .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . A  .        .  GA  .  .   TT   .     A   . .     A .        .  .  .   .               C     A  G  .  .  .       .
blockSeqs                     :       .  A   . . .     . . .    .   .  .  . .   .        . . .    .   .  .    . . TC .   .  . T  .   A .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . .  .        .  .   .  .   T    .     T   . .     A .        .  .  .   .               .     .  .  .  .  .       .
blockSeqs                     :       .  A   . . .     . . .    .   .  .  . .   .        . . .    .   .  .    . . AA .   .  . .  .   A .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . .  .        .  .   .  .   T    .     .   . .     T .        .  .  .   .               .     .  .  .  .  .       .
blockSeqs                     :       .  C   . . .     . . .    .   .  .  . .   .        . . .    .   .  .    . . A  .   .  . .  .   G .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . .  .        .  .   .  .   T    .     .   . .     A .        .  .  .   .               .     .  .  .  .  .       .
blockSeqs                     :       .  T   . . .     . . .    .   .  .  . .   .        . . .    .   .  .    . . .  .   .  . .  .   G .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . .  .        .  .   .  .   T    .     .   . .     A .        .  .  .   .               .     .  .  .  .  .       .
blockSeqs                     :       .  C   . . .     . . .    .   .  .  . .   .        . . .    .   .  .    . . .  .   .  . .  .   G .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . .  .        .  .   .  .   C    .     .   . .     A .        .  .  .   .               .     .  .  .  .  .       .
blockSeqs                     :       .  C   . . .     . . .    .   .  .  . .   .        . . .    .   .  .    . . .  .   .  . .  .   G .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . .  .        .  .   .  .   C    .     .   . .     G .        .  .  .   .               .     .  .  .  .  .       .
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blockSeqs                     :       .  T   . . .     . . .    .   .  .  . .   .        . . .    .   .  .    . . .  .   .  . .  .   G .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . .  .        .  .   .  .   T    .     .   . .     . .        .  .  .   .               .     .  .  .  .  .       .
blockSeqs                     :       .  A   . . .     . . .    .   .  .  . .   .        . . .    .   .  .    . . .  .   .  . .  .   T .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . .  .        .  .   .  .   T    .     .   . .     . .        .  .  .   .               .     .  .  .  .  .       .
blockSeqs                     :       .  C   . . .     . . .    .   .  .  . .   .        . . .    .   .  .    . . .  .   .  . .  .   A .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . .  .        .  .   .  .   T    .     .   . .     . .        .  .  .   .               .     .  .  .  .  .       .
blockSeqs                     :       .  C   . . .     . . .    .   .  .  . .   .        . . .    .   .  .    . . .  .   .  . .  .   T .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . .  .        .  .   .  .   G    .     .   . .     . .        .  .  .   .               .     .  .  .  .  .       .
blockSeqs                     :       .  A   . . .     . . .    .   .  .  . .   .        . . .    .   .  .    . . .  .   .  . .  .   G .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . .  .        .  .   .  .   .    .     .   . .     . .        .  .  .   .               .     .  .  .  .  .       .
blockSeqs                     :       .  A   . . .     . . .    .   .  .  . .   .        . . .    .   .  .    . . .  .   .  . .  .   G .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . .  .        .  .   .  .   .    .     .   . .     . .        .  .  .   .               .     .  .  .  .  .       .
blockSeqs                     :                                                          . . .    .   .  .    . . .  .   .  . .  .   A .  . .        . .      .  .     .   . .  . . .  . .  .        .  .   .  .   .    .     .   . .     . .        .  .  .   .               .     .  .  .  .  .       .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                         .  .   .               .     .  .  .  .  .       .


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Alignments
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lowQualScore                  :       .  .   . . ..    . . .    .   .  .  . ... ..       . . .    ..  .. ...  . . .. ..  .  . .. .   . .  . ....     . .      .  ....  ..  . .. . . .  . .  .......  .  ..  .. .   .... .     ..  . .     . .......  .  .  .   ...........     ..    .. .  .  .  .       .   
lowQualScore                  :       7  0   7 7 33    7 7 7    7   7  7  7 666 00       2 6 6    11  11 222  2 2 44 88  5  5 88 5   7 5  5 3333     5 5      5  3333  11  5 11 5 5 5  5 1  0000000  5  22  11 5   3333 5     22  5 5     9 8888888  5  4  4   88888888888     44    44 9  4  4  4       4   
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Reference ( family-565 )      : ATTAAA-TTNTAC-G-C--TCAT-T-T-ATTA-CGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT-C-A-TTTT--AT--A---AA-A-A--T--TG-CT-G--C-AAAGG-TT-T----ATTTT-A-TTTGGT-TT----GA--GG-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-TCA---TT-TTTCT--AC-A-CCCGCAA-------AA-AA-AT-AAA-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TAA
gi|50253                      : ATTAAA-TTCTAC-G-C--TCAT-T-T-ATTA-CGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT-C-A-TTTT--AT--A---GA-A-A--T--TG-CT-G--C-AAATG-TT-T----ATTTT-A-TTTGGT-TT----GA--GG-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-ACA---TT-TTTCT--AC-A-ACCGCAA-------AA-AA-AT-AAA-----------TATCA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TAA
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gi|50273                      :   TAAA-TTCTAC-G-C--TCAT-T-T-ATTA-CGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT-C-G-TTTT--AT--A---AA-A----T--TG-CT-G--C-AAAGG-TT-T----TATTT-A-TTTGGT-TT----GA--GG-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-TAA---CA-TTTCT--AC-A-ACCACTA-------AA-AA-AT--AA-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-TTATTTT-TAA
gi|50274                      :   TAAA-TTCTAC-G-C--TCAT-T---ATTA-CAC-AA-TT-ATAAG--ATTGTTT-C-A-TTTC--AT--A---GA-A-A--T--TG-CTGG--C-AAATG-TT-T----ATTTT-A-TTTGA-----------------------------------------TT--AA--A-TCA---TT-TTTCTA-AC-A-ACCGCAA-------AA-AACAT-AAA-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TAA
gi|50275                      :    AAA-TTA-AG-G-C--TCAC-T-T-ATCA-CGC-AA-TT-A---G--AATGTTT-C-A-TTTA--AT--A---AA-A-AAAT--TA-CT----C-AAAAG-TT-T----ATTT--A-TTTGGT-T-----GA--GG-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-TCA---GT-TTTCT--AC-A-CCCACAA-------AA-AT-AT--AA-----------TATTA--T-GC--A-GC-C---T-AGATCTT-TAA
gi|50276                      :    AAA-TTACAT-G-C--TCATGT-T-ATTA-TGC-AA-TT-A---G--ATGGTTT---A-TTTT--A-------AA-A-A--T--TG-CT-GGTC-AAATG-TT-T----ATTTTTA-TTTGGTGTT----GA--GG-A--A-CCA-GG-T-AA-------AG-TT--AA--A-TCA---TT-TTTCTT-AC-A-CCCGCAA-------AA-AA-AT-AA------------TATTA--TGGC--A-GC-CT--T-ATATCTT-TA
gi|50277                      :                                                         T-C-A-TTTT--AT--A---AACA-A--TCATG-CT-GT-C-AAAGG-TT-T-----TTTT-A-TTTGGT-T------G--GG-C--A-C-A-GG-T-AA-------AC-TT--AA--A-T-----TT-TTTCT--AC-A-CGCGCAG-------AA-AA-AT-TAA-----------AAATA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-
gi|50278                      :                                                                  T--AG--A---GA-A-A--T--TG-CT-AGTC-AAAGG-TTGT----ATTTT-A-TT-GGT-TT----GA--AG-C--A---A-GG-T-AATAACTAAAC-TT--AA--A-TCA---TT-TTTCT--AC-A-CCCACAA-------AA-TA-TT-AAA-----------TATTA--TGGC--A-CC-CT-AT-ATATCTT-TAA
gi|50279                      :                                                                                          -CT-G--C-AAAAG-TT-T----ATTTT-A-TTTGGT-TT----GA--GG-C--C-C-A-GG-T---------------------A-TCA---GT-TTTCT--AC-A-CCCGC-A-------AA-AA-AT-AAATACAAGTCATGTATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TAA
gi|50280                      :                                                                                                                                                                                                           AA-------AA-AA-GT-AAA-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATTTT-TAA
gi|50281                      :                                                                                                                                                                                                                         -AT-AAA-----------TATTA--TGGC--A-GC-CT-GT-ATATCTT-TA