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lowQualScore                  :            4     1  22   333 55 55 333  333  1   44  66   5555 1 22 22    3 2222222222222      1 3  1  1   99 1 2  1 22     1     1         1   
lowQualScore                  :            .     .  ..   ... .. .. ...  ...  .   ..  ..   .... . .. ..    . .............      . .  .  .   .. . .  . ..     .     .         .   
lowQualScore                  :            9     9  66   222 00 00 222  888  8   00  22   2222 7 33 33    6 5555555555555      4 7  4  4   11 4 9  4 00     4     5         6   
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Reference ( gi|115335 )       :      TGGCTTTGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AA--GTA-TAA--AA--TGC----GGA--A--CCTACC-TG--GGTAA-T-CGCAAG-TAGG-AT-CAAA-G-A-TA-T--TTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115327                     :      TGGCATCGCGCA-TG--ATT---A--G--A---AA--GTA-TAA--AA--TGC----AAA--A--CCTACC-TG--GGTAACT-CATAAA-TCGG-AT-CAAG-G-A-TA-T--TTGGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115328                     : ttttcTGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AA--GTA-TAA--AA--TGT----GAA--A--CCCACA--G--AGTAACT-CACAAA-TCGG-AG-CAAG-G-A-TA-T--TTTGG-ATTTA-TTAATCAAC-CTA
gi|115337                     : tttgcTGGTTTCGAGCA-TG--CTT---A--G--A---AA--GTA-TAA--AA--TGC----GGC--A--TCTGTC-TG--GATAACT-CGTAAG-TGGG-AC-CAAG-G-A-TA-T--TTT-G-ATTTA-TCAGTTAAC-TTA
gi|115330                     :      TGGCTTCACACA-TG--CTT---T--G--A---AA--GTA-TAA--AA--TGC----GAA--A--CCTACC-TG--GGTAACT-TACAAA-TCGG-AT-CAAG-G-A-TA-T---------TTTA-TTGATTAAC-CTA
gi|115338                     : tttacTGGCTTTGCTCA-TG--CTG---A--G--G---AA--TTG-TAA--AA--TGT----GGA--A--CCTTAC-TG--GGTAATT-TGCAAA-TCGG-AT-CAAG-G-A-TA-T--TTTGG-CTTTA-TGAATTAAC-GTA
gi|115339                     :      TGACTTCGCGCA-TG--CTT---ATAG--A---AA--TTA-AAA--AA--TGC----GGA--A--CCTAAC-T---------T-TGCACG-TCGG-AT-CAAG-G-A-TA-T--TTTGG-ATTCA-TTAATTAACACTA
gi|115329                     :      TGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AA--GTA-TAA--AA--TGT-----GA--A--C--ACC-AG--AGTAACT-CACAAACTCGG-AG-CAAGTG-A-TA-----TTGG-ATTTA-TTAATCAAC-CTA
gi|115334                     : tttgcTGACTTCGCGCA-TG--CTT---ATAG--A---AA--TTA-AAA--AAA-TGC----G-A--A--CCTAAC-T---------T-TGCAAG-TCGG-AT-CAAA-GGA-TA-T--TTTGG-ATTAA-TTAATTAAC-CTA
gi|115340                     :    tcTGGCTTAGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AATAGTAATGG--AA---------GGA--A--CCTAAC------G------CGCAAG-TCGG-AT-CAAG-G-A-TA-T--TTTGG-ATTTA-TTAATTTAC-CTA
gi|115341                     :      TGACTTCGCGCA-TG--CCTTATA--G--G---AA--TTA-AAA--AA--TGC----GGA--A--CCTAAC-T---------T-TGCAAG-TCGG-AT-CAAG-G-ACTA-T--TTTGA-ATTAT-TTAATTAAC-ATA
gi|115343                     :      TGGCTTCGCACA-TT--CAT---A--G--A---AA--TAA-TAA--TG--TAA----GGA--A--CCTACC-C-----------CGCAAG-TCG--AT-CAAA-G-A-TA-T--TTTGG-ATTTG-TTAA-TAAC-TTA
gi|115342                     :      TGGCTTTGGGCA-TG--CTT---A--G--AGATAA--CTA-TGG--AA---------GGA--A--CCTAAC------G------CGCAAA-TTGG-GT-CAAG-G-A-TA-T--CATAG-ATTTA-TCAATTAAC-CTA
gi|115331                     :      TAGCTTCGCGC--TGATCTT---A--G--A---AAA-GTA-TAA--A---TGC----GAATTA--CCGACCATGATGGTAA-TTCTCAAA-TAGGCATTCAAG-G-AGTA-A--TTTGG-ATTTA-TCAATTA
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gi|115344                     :      TGGTATCGCGCA-TG--TGT---A--G--A---AA--TAA-TAATAAA--TG-------------------------ATAA-TACGCAAG-TTAG-AT-CAAT-G-G-TA-T--TTTGG-ATTCC-TCAATTAAC-CTA
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gi|115346                     :       GGCTTTGCGCAATG--CTT---A--G--A---AA--TTA-TAA--AA--TGT----GGA--A-----ACC-TA-----AC-T-CACAAG-TCGG-AT-CAAG-G-A-TA-T--TTTGG-ATGTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115333                     :        GCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AA---TA-TTA--AA--GGAA---GGA--A--CCTACC------G------CGCAAG-TCGG-AT-CAAG-G-A-TA-G--TTTGG-ATTTA-TCAATTAAC-ATA
gi|115347                     : tttgtgttCTTAGTACA-TG--CTT---A--A--A---AATAATA-CAG--AA----C----AGA--A--CCTA----A--GG------CGCAAG-TTGG-AT-CAAG-G-G-TA-T--TTTGG-ATT
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gi|115349                     :           TCGCGCA-TG--CTT---A--ATAA---AA--ATA-AAA--AAAATGCCGGGGAA--A--CCTAAC-T---------T-TGCAAG-TCGG-AT-AAAG-G-A-TA-T--TTTCG-ATTCA-TTAATT-AC-CTA
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Alignments
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lowQualScore                  :                             1  22   333 44 44 333  66     666  66   5555 1 22 22    3 5555555555555 1     1    1  1   1 1 11 2  1      1     1         1   
lowQualScore                  :                             .  ..   ... .. .. ...  ..     ...  ..   .... . .. ..    . ............. .     .    .  .   . . .. .  .      .     .         .   
lowQualScore                  :                             8  55   000 88 88 000  11     666  00   0000 2 22 22    1 8888888888888 4     4    4  4   4 4 99 8  4      4     5         5   
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Reference ( family-563 )      :                 TGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAN-TATAA---AA--TGC----GGA--A--CCTACC-TG--GGTAA-T-C-GCAAG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115327                     :                 TGGCATCGCGCA-TG--ATT---A--G--A---AAG-TATAA---AA--TGC----AAA--A--CCTACC-TG--GGTAACT-C-ATAAA-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTGGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115328                     :            ttttcTGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAG-TATAA---AA--TGT----GAA--A--CCCACA--G--AGTAACT-C-ACAAA-TCGG-AG-CAA-G-G--A-TA-TTTTGG-ATTTA-TTAATCAAC-CTA
gi|115329                     :            tttgcTGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAG-TATAA---AA--TGT-----GA--A--C--ACC-AG--AGTAACT-C-ACAAACTCGG-AG-CAA-GTG--A-TA---TTGG-ATTTA-TTAATCAAC-CTA
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gi|115333                     : tctcccggcatggcttatGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AA--TATTA---AA--GGAA---GGA--A--CCTACC------G------C-GCAAG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-GTTTGG-ATTTA-TCAATTAAC-ATA
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gi|115336                     :                 TGGTTTCACGCA-TG--CTT---A--C--A---AA--TAT-A---AA--TGC----GGA--A--CCTAAC-----------T-C-GCAAG-TCGT-AT--AA-G-G--A-TA-ATTTGG-ATT
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gi|115338                     :                 TGGCTTTGCTCA-TG--CTG---A--G--G---AAT-TGTAA---AA--TGT----GGA--A--CCTTAC-TG--GGTAA-T-TTGCAAA-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTTGG-CTTTA-TGAATTAAC-GTA
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gi|115341                     :                 TGACTTCGCGCA-TG--CCTTATA--G--G---AAT-TAAAA---AA--TGC----GGA--A--CCTAAC-T---------T-T-GCAAG-TCGG-AT-CAA-G-G--ACTA-TTTTGA-ATTAT-TTAATTAAC-ATA
gi|115342                     :                 TGGCTTTGGGCA-TG--CTT---A--G--AGATAAC-TATGG---AA---------GGA--A--CCTAAC------G------C-GCAAA-TTGG-GT-CAA-G-G--A-TA-TCATAG-ATTTA-TCAATTAAC-CTA
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gi|115347                     :                    CTTAGTACA-TG--CTT---A--A--A---AAT-AATAC---AG--AAC----AGA--A--CCTA----A--GG------C-GCAAG-TTGG-AT-CAA-G-G--G-TA-TTTTGG-ATT
gi|115348                     :                     TTCGCGCA-TG--CTT---A--ATAA---AAA-TAAAA---AAAATGC----GGA--AAACTAACC-TC--------T-T-GCAAG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTCGATATTCA-TTAATTAAC-CTA
gi|115349                     :                      TCGCGCA-TG--CTT---A--ATAA---AAA-TAAAA---AAAATGCCGGGGAA--A--CCTAAC-T---------T-T-GCAAG-TCGG-AT-AAA-G-G--A-TA-TTTTCG-ATTCA-TTAATT-AC-CTA
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gi|115351                     :                                                         AA---AA--TGC----A-A--A--CTTACC-TC--GGCAACT-C-GCAAA-TCGG-AT-CAA-T-G--A-TA-TTTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115352                     :                                                                                                 -T-C-TCAAG-TCGG-AT-AAA-G-A--A-TA-CTTTTA-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115353                     :                                                                    acatgcttaggaactTACC-TG--GTTGA-C-T-GC--G-TCGG-AT-CAA-G-GATA-TA-TTTTGG-ATTTA-TCAATTAAC-CCA
gi|115354                     :                                                                                                        AAG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTGGG-ATTTA-TCAATTAAC-CT
gi|115355                     :                                                                                                cag-C-GCAAA-TGGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTTGA-ATTTA-TCAACTAAC-CTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                       5555555555555                                                        
lowQualScore                  :                             1  22   333 44 44 333  66     666  66   5555 1 22 22    3 5555555555555 1     1    1  1   1 1 11 2  1      1     1         1   
lowQualScore                  :                             .  ..   ... .. .. ...  ..     ...  ..   .... . .. ..    . ............. .     .    .  .   . . .. .  .      .     .         .   
lowQualScore                  :                             8  55   000 88 88 000  11     666  00   0000 2 22 22    1 8888888888888 4     4    4  4   4 4 99 8  4      4     5         5   
consensus                     :                 TGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAN-TATAA---AA--TGC----GGA--A--CCTACC-TG--GGTAA-T-C-GCAAG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
Reference ( family-563 )      :                 TGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAN-TATAA---AA--TGC----GGA--A--CCTACC-TG--GGTAA-T-C-GCAAG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115327                     :                 TGGCATCGCGCA-TG--ATT---A--G--A---AAG-TATAA---AA--TGC----AAA--A--CCTACC-TG--GGTAACT-C-ATAAA-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTGGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115328                     :            ttttcTGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAG-TATAA---AA--TGT----GAA--A--CCCACA--G--AGTAACT-C-ACAAA-TCGG-AG-CAA-G-G--A-TA-TTTTGG-ATTTA-TTAATCAAC-CTA
gi|115329                     :            tttgcTGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAG-TATAA---AA--TGT-----GA--A--C--ACC-AG--AGTAACT-C-ACAAACTCGG-AG-CAA-GTG--A-TA---TTGG-ATTTA-TTAATCAAC-CTA
gi|115330                     :            tttgcTGGCTTCACACA-TG--CTT---T--G--A---AAG-TATAA---AA--TGC----GAA--A--CCTACC-TG--GGTAACT-T-ACAAA-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-T-------TTTA-TTGATTAAC-CTA
gi|115331                     :            tttacTAGCTTCGCGC--TGATCTT---A--G--A---AAAGTATAA---A---TGC----GAATTA--CCGACCATGATGGTAA-TTC-TCAAA-TAGGCATTCAA-G-G--AGTA-ATTTGG-ATTTA-TCAATTA
gi|115332                     :                              tttgcTT---A--G--A---AAT-TAAAAC--AA--TGC----GGA--A--CCTAAC-T---------T-T-GCAAG-TCGG-AT-CAA-G----A-TA-TTTGGT-ATTAA-TTAATTAAC-CTAttttggatttatcaattaaccta
gi|115333                     : tctcccggcatggcttatGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AA--TATTA---AA--GGAA---GGA--A--CCTACC------G------C-GCAAG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-GTTTGG-ATTTA-TCAATTAAC-ATA
gi|115334                     :         tttgtgttTGACTTCGCGCA-TG--CTT---ATAG--A---AAT-TAAAA---AAA-TGC----G-A--A--CCTAAC-T---------T-T-GCAAG-TCGG-AT-CAAAG-G--A-TA-TTTTGG-ATTAA-TTAATTAAC-CTA
gi|115335                     :               tcTGGCTTTGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAG-TATAA---AA--TGC----GGA--A--CCTACC-TG--GGTAA-T-C-GCAAG-TAGG-AT-CAA-A-G--A-TA-TTTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115336                     :                 TGGTTTCACGCA-TG--CTT---A--C--A---AA--TAT-A---AA--TGC----GGA--A--CCTAAC-----------T-C-GCAAG-TCGT-AT--AA-G-G--A-TA-ATTTGG-ATT
gi|115337                     :                 TGGTTTCGAGCA-TG--CTT---A--G--A---AAG-TATAA---AA--TGC----GGC--A--TCTGTC-TG--GATAACT-C-GTAAG-TGGG-AC-CAA-G-G--A-TA-TTTT-G-ATTTA-TCAGTTAAC-TTA
gi|115338                     :                 TGGCTTTGCTCA-TG--CTG---A--G--G---AAT-TGTAA---AA--TGT----GGA--A--CCTTAC-TG--GGTAA-T-TTGCAAA-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTTGG-CTTTA-TGAATTAAC-GTA
gi|115339                     :                 TGACTTCGCGCA-TG--CTT---ATAG--A---AAT-TAAAA---AA--TGC----GGA--A--CCTAAC-T---------T-T-GCACG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTTGG-ATTCA-TTAATTAACACTA
gi|115340                     :                 TGGCTTAGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAT-AGTAATGGAA---------GGA--A--CCTAAC------G------C-GCAAG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTTGG-ATTTA-TTAATTTAC-CTA
gi|115341                     :                 TGACTTCGCGCA-TG--CCTTATA--G--G---AAT-TAAAA---AA--TGC----GGA--A--CCTAAC-T---------T-T-GCAAG-TCGG-AT-CAA-G-G--ACTA-TTTTGA-ATTAT-TTAATTAAC-ATA
gi|115342                     :                 TGGCTTTGGGCA-TG--CTT---A--G--AGATAAC-TATGG---AA---------GGA--A--CCTAAC------G------C-GCAAA-TTGG-GT-CAA-G-G--A-TA-TCATAG-ATTTA-TCAATTAAC-CTA
gi|115343                     :                 TGGCTTCGCACA-TT--CAT---A--G--A---AAT-AATAA---TG--TAA----GGA--A--CCTACC-C-----------C-GCAAG-TCG--AT-CAA-A-G--A-TA-TTTTGG-ATTTG-TTAA-TAAC-TTA
gi|115344                     :                 TGGTATCGCGCA-TG--TGT---A--G--A---AAT-AATAATA-AA--TG-------------------------ATAA-TAC-GCAAG-TTAG-AT-CAA-T-G--G-TA-TTTTGG-ATTCC-TCAATTAAC-CTA
gi|115345                     :                 TGGCATCGCGCA-TG--TGT---A--G--A---G-T-TA----------------------A--CCTAAC---------A---C-GCAAG-TCGG-AT-CAA-T-G--G-TATTTTTGG-ATTTCTTTAATTAAC-CTA
gi|115346                     :                  GGCTTTGCGCAATG--CTT---A--G--A---AAT-TATAA---AA--TGT----GGA--A-----ACC-TA-----AC-T-C-ACAAG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTTGG-ATGTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115347                     :                    CTTAGTACA-TG--CTT---A--A--A---AAT-AATAC---AG--AAC----AGA--A--CCTA----A--GG------C-GCAAG-TTGG-AT-CAA-G-G--G-TA-TTTTGG-ATT
gi|115348                     :                     TTCGCGCA-TG--CTT---A--ATAA---AAA-TAAAA---AAAATGC----GGA--AAACTAACC-TC--------T-T-GCAAG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTCGATATTCA-TTAATTAAC-CTA
gi|115349                     :                      TCGCGCA-TG--CTT---A--ATAA---AAA-TAAAA---AAAATGCCGGGGAA--A--CCTAAC-T---------T-T-GCAAG-TCGG-AT-AAA-G-G--A-TA-TTTTCG-ATTCA-TTAATT-AC-CTA
gi|115350                     :                                                         AA---AA--TGC----A-A--A--CTTACC-TC--GGCAACT-C-GCAAA-TCGG-AT-CAA-T-G--A-TA-TTTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115351                     :                                                         AA---AA--TGC----A-A--A--CTTACC-TC--GGCAACT-C-GCAAA-TCGG-AT-CAA-T-G--A-TA-TTTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115352                     :                                                                                                 -T-C-TCAAG-TCGG-AT-AAA-G-A--A-TA-CTTTTA-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115353                     :                                                                    acatgcttaggaactTACC-TG--GTTGA-C-T-GC--G-TCGG-AT-CAA-G-GATA-TA-TTTTGG-ATTTA-TCAATTAAC-CCA
gi|115354                     :                                                                                                        AAG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTGGG-ATTTA-TCAATTAAC-CT
gi|115355                     :                                                                                                cag-C-GCAAA-TGGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTTGA-ATTTA-TCAACTAAC-CTA


blockSeqs                     :                             A  AT   TAT TA TA GAT  AG     TGG  AA   CGGG A TT AA    C ATGATGGTAATT  T     C    C  T   A T AT G  T      T     T         A
blockSeqs                     :                             .  .    .   TA TA .    G      TA   AA   A    G .  .     C AGAGTAACT     .     .    .  .   . . .  C  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    G      C    A    .    A .  .     C TGGGTAACT     .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    G      .    .    .    A .  .     C TGGATAACT     .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    T      .    .    .    G .  .     A TCGGCAACT     .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    T      .    .    .    G .  .     C TCGGCAACT     .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    G      .    .    .    G .  .     A GAGTAACT      .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    G      .    .    .    G .  .     C TGGGTAAT      .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    T      .    .    .    G .  .     A TGGGTAAT      .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    T      .    .    .    G .  .     T TGGTTGAC      .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    T      .    .    .    G .  .     A ATAATA        .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    T      .    .    .    G .  .     A TAACT         .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    C      .    .    .    G .  .     A AGG           .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    T      .    .    .    G .  .     A TCT           .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    T      .    .    .    G .  .     A TT            .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    T      .    .    .    G .  .     C TT            .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    T      .    .    .    G .  .     A TT            .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    T      .    .    .    G .  .     C TT            .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    A      .    .    .    A .  .     C TT            .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    A      .    .    .    . .  .     A G             .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                             .  .    .   .  .  .    .      .    .    .    . .  .     C T             .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                                     .   .  .  .    .      .    .    .    . .  .     C G             .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                                                           .    .    .    . .  .     C G             .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                                                           .    .    .    . .  .     . C             .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                                                                                     . A             .     .    .  .   . . .  .  .      .     .         .
blockSeqs                     :                                                                                                     .     .    .  .   . . .  .  .      .     .          
blockSeqs                     :                                                                                                     .     .    .  .   . . .  .  .      .                
blockSeqs                     :                                                                                                           .    .  .   . . .  .  .      .                


blockSeqCons                  :                                                                                       TGGAACT******
originalCons                  :                 TGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAN-TATAA---AA--TGC----GGA--A--CCTACC-TG--GGTAA-T-C-GCAAG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
finalCons                     :                 TGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAN-TATAA---AA--TGC----GGA--A--CCTACCTGGAACT------C-GCAAG-TCGG-AT-CAA-G-G--A-TA-TTTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA





Alignments
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lowQualScore                  :                             1  22   333 44 44 333  66     666  66   5555 1 22 22    44444444444444 0 1      1    1  1   1 1  2  1 11     1     1         1   
lowQualScore                  :                             .  ..   ... .. .. ...  ..     ...  ..   .... . .. ..    .............. . .      .    .  .   . .  .  . ..     .     .         .   
lowQualScore                  :                             8  55   000 88 88 000  11     666  00   0000 2 22 22    66666666666666 1 4      4    4  4   4 4  8  4 99     4     5         5   
consensus                     :                 TGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAN-TATAA---AA--TGC----GGA--A--CCTACC----T-GG--A-ACT-CGCAAG-TCGG-AT-CAA-G-GA-TA-T--TTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
Reference ( family-563 )      :                 TGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAN-TATAA---AA--TGC----GGA--A--CCTACC----T-GG--A-ACT-CGCAAG-TCGG-AT-CAA-G-GA-TA-T--TTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115327                     :                 TGGCATCGCGCA-TG--ATT---A--G--A---AAG-TATAA---AA--TGC----AAA--A--CCTACC----T-GGGTA-ACT-CATAAA-TCGG-AT-CAA-G-GA-TA-T--TTGGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115328                     :            ttttcTGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAG-TATAA---AA--TGT----GAA--A--CCCACA----G-AGT-A-ACT-CACAAA-TCGG-AG-CAA-G-GA-TA-T--TTTGG-ATTTA-TTAATCAAC-CTA
gi|115329                     :            tttgcTGGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAG-TATAA---AA--TGT-----GA--A--C--ACC----A-GAGTA-ACT-CACAAACTCGG-AG-CAA-GTGA-TA-----TTGG-ATTTA-TTAATCAAC-CTA
gi|115330                     :            tttgcTGGCTTCACACA-TG--CTT---T--G--A---AAG-TATAA---AA--TGC----GAA--A--CCTACC----T-GGGTA-ACT-TACAAA-TCGG-AT-CAA-G-GA-TA-T---------TTTA-TTGATTAAC-CTA
gi|115331                     :            tttacTAGCTTCGCGC--TGATCTT---A--G--A---AAAGTATAA---A---TGC----GAATTA--CCGACCATGAT-GGT-A-ATT-CTCAAA-TAGGCATTCAA-G-GAGTA-A--TTTGG-ATTTA-TCAATTA
gi|115332                     :                              tttgcTT---A--G--A---AAT-TAAAAC--AA--TGC----GGA--A--CCTAAC----T---------T-TGCAAG-TCGG-AT-CAA-G--A-TA-T--TTGGT-ATTAA-TTAATTAAC-CTAttttggatttatcaattaaccta
gi|115333                     : tctcccggcatggcttatGCTTCGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AA--TATTA---AA--GGAA---GGA--A--CCTACC-------G--------CGCAAG-TCGG-AT-CAA-G-GA-TA-G--TTTGG-ATTTA-TCAATTAAC-ATA
gi|115334                     :         tttgtgttTGACTTCGCGCA-TG--CTT---ATAG--A---AAT-TAAAA---AAA-TGC----G-A--A--CCTAAC----T---------T-TGCAAG-TCGG-AT-CAAAG-GA-TA-T--TTTGG-ATTAA-TTAATTAAC-CTA
gi|115335                     :               tcTGGCTTTGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAG-TATAA---AA--TGC----GGA--A--CCTACC----T-GG--GTAAT-CGCAAG-TAGG-AT-CAA-A-GA-TA-T--TTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115336                     :                 TGGTTTCACGCA-TG--CTT---A--C--A---AA--TAT-A---AA--TGC----GGA--A--CCT-------------A-ACT-CGCAAG-TCGT-AT--AA-G-GA-TA-A--TTTGG-ATT
gi|115337                     :                 TGGTTTCGAGCA-TG--CTT---A--G--A---AAG-TATAA---AA--TGC----GGC--A--TCTGTC----T-GGATA-ACT-CGTAAG-TGGG-AC-CAA-G-GA-TA-T--TTT-G-ATTTA-TCAGTTAAC-TTA
gi|115338                     :                 TGGCTTTGCTCA-TG--CTG---A--G--G---AAT-TGTAA---AA--TGT----GGA--A--CCTTAC----T-GGGTA-ATT-TGCAAA-TCGG-AT-CAA-G-GA-TA-T--TTTGG-CTTTA-TGAATTAAC-GTA
gi|115339                     :                 TGACTTCGCGCA-TG--CTT---ATAG--A---AAT-TAAAA---AA--TGC----GGA--A--CCTAAC----T---------T-TGCACG-TCGG-AT-CAA-G-GA-TA-T--TTTGG-ATTCA-TTAATTAACACTA
gi|115340                     :                 TGGCTTAGCGCA-TG--CTT---A--G--A---AAT-AGTAATGGAA---------GGA--A--CCTA--------------ACG-CGCAAG-TCGG-AT-CAA-G-GA-TA-T--TTTGG-ATTTA-TTAATTTAC-CTA
gi|115341                     :                 TGACTTCGCGCA-TG--CCTTATA--G--G---AAT-TAAAA---AA--TGC----GGA--A--CCTAAC----T---------T-TGCAAG-TCGG-AT-CAA-G-GACTA-T--TTTGA-ATTAT-TTAATTAAC-ATA
gi|115342                     :                 TGGCTTTGGGCA-TG--CTT---A--G--AGATAAC-TATGG---AA---------GGA--A--CCTA--------------ACG-CGCAAA-TTGG-GT-CAA-G-GA-TA-T--CATAG-ATTTA-TCAATTAAC-CTA
gi|115343                     :                 TGGCTTCGCACA-TT--CAT---A--G--A---AAT-AATAA---TG--TAA----GGA--A--CCTACC----C-----------CGCAAG-TCG--AT-CAA-A-GA-TA-T--TTTGG-ATTTG-TTAA-TAAC-TTA
gi|115344                     :                 TGGTATCGCGCA-TG--TGT---A--G--A---AAT-AATAATA-AA--TG----------------AT-----------A-ATA-CGCAAG-TTAG-AT-CAA-T-GG-TA-T--TTTGG-ATTCC-TCAATTAAC-CTA
gi|115345                     :                 TGGCATCGCGCA-TG--TGT---A--G--A---G-T-TA----------------------------ACC----T-----A-ACA-CGCAAG-TCGG-AT-CAA-T-GG-TATT--TTTGG-ATTTCTTTAATTAAC-CTA
gi|115346                     :                  GGCTTTGCGCAATG--CTT---A--G--A---AAT-TATAA---AA--TGT----GGA--A-----ACC----T-----A-ACT-CACAAG-TCGG-AT-CAA-G-GA-TA-T--TTTGG-ATGTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115347                     :                    CTTAGTACA-TG--CTT---A--A--A---AAT-AATAC---AG--AAC----AGA--A--CCTAA-------GG--------CGCAAG-TTGG-AT-CAA-G-GG-TA-T--TTTGG-ATT
gi|115348                     :                     TTCGCGCA-TG--CTT---A--ATAA---AAA-TAAAA---AAAATGC----GGA--AAACTAACC----T--------CT-TGCAAG-TCGG-AT-CAA-G-GA-TA-T--TTCGATATTCA-TTAATTAAC-CTA
gi|115349                     :                      TCGCGCA-TG--CTT---A--ATAA---AAA-TAAAA---AAAATGCCGGGGAA--A--CCTAAC----T---------T-TGCAAG-TCGG-AT-AAA-G-GA-TA-T--TTTCG-ATTCA-TTAATT-AC-CTA
gi|115350                     :                                                         AA---AA--TGC----A-A--A--CTTACC----TCGGC-A-ACT-CGCAAA-TCGG-AT-CAA-T-GA-TA-T--TTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115351                     :                                                         AA---AA--TGC----A-A--A--CTTACC----TCGGC-A-ACT-CGCAAA-TCGG-AT-CAA-T-GA-TA-T--TTTGG-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115352                     :                                                                                            -GG--A-ACTTCTCAAG-TCGG-AT-AAA-G-AA-TA-C--TTTTA-ATTTA-TTAATTAAC-CTA
gi|115353                     :                                                                          acatgcttaTACC----T-GGTTG-ACT--GC--G-TCGG-AT-CAA-G-GA-TA-TATTTTGG-ATTTA-TCAATTAAC-CCA
gi|115354                     :                                                                                                          AAG-TCGG-AT-CAA-G-GA-TA-T--TTGGG-ATTTA-TCAATTAAC-CT
gi|115355                     :                                                                                                   cag-CGCAAA-TGGG-AT-CAA-G-GA-TA-T--TTTGA-ATTTA-TCAACTAAC-CTA