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lowQualScore                  :    3 1 1    1 3 44        6666     3  1 3  1  1    1  3 44        44 888  1  1  3   3 5   1    111  555  55 1   88    22   77777     333  22 3 1  333 22      88888888    333   3333  666 1   1 1 55 333    1  000000  66 3 1 44 66666666666     333 1  1 4   3   1    4444 22 222 1   1    33333333333333  1 444   1 3  7777  000000000      3333     1   1  1 33333     3     
lowQualScore                  :    . . .    . . ..        ....     .  . .  .  .    .  . ..        .. ...  .  .  .   . .   .    ...  ...  .. .   ..    ..   .....     ...  .. . .  ... ..      ........    ...   ....  ... .   . . .. ...    .  ......  .. . . .. ...........     ... .  . .   .   .    .... .. ... .   .    ..............  . ...   . .  ....  .........      ....     .   .  . .....     .     
lowQualScore                  :    0 9 9    9 8 33        5555     6  8 6  8  8    8  6 33        33 999  8  8  6   6 5   8    444  222  88 9   33    44   00000     000  44 5 7  000 44      11111111    000   9999  888 7   8 8 00 888    8  777777  11 6 7 11 77777777777     111 5  5 6   1   5    8888 11 777 5   5    99999999999999  5 111   5 0  2222  777777777      1111     5   5  5 77777     7     
consensus                     : CCCAA-T-TGAC-A-C--CTATGACG-N--CACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCGG--AAA---TT-CA-AAC--TTTG-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A--TG----------ATTTT---A-AA-A-GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-ATAT-AAAA---------AA-A---TAA-C-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTCCTTTAA
Reference ( gi|66580 )        : CCCGA-T-TGAC-A-C--CTATGACG-T--CACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCGG--TAA---TT-AA-AAC--TTTG-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A--TA----------ATTTT---A-AA-A-GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-ATAT-AATT---------AA-A---TAA-C-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTCTTTTAA
gi|66579                      : CCCAA-T-TGAC-A-C--CTATGACG-A--CACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGC-GA--T-T-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCGG--AAAT--TT-CA-AAC--TTTG-AAAA-----GC-AT---AT--C-T-TT---G--GAAATA--T-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A--TG----------ATTTT---A-AA-A-GCA-TTT-TTTC----T--T---T-GAT-ATAT-AAAA---------AA-A---TAA-C-GA----AA--T------T----A----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTCCTTTAA
gi|66582                      : CTCGA-T-TGAC-A-T--ATATGACG-T--CACAG--A-A-TG-GC-GCGT-TA-A--ATCGCCGA--TAA-AA-AA-TA-TAC-A-T-C-TCGG--AAA---TT-CA-AAC--TTTG-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A--TG----------ATTTC---A-AA-A-GCA-TAA-TTTC-------T---T-GAT-ATAT-AA-A---------AA-A---TAA-C-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TT-A-----AACTCCTTTA
gi|66581                      : CCCAAGT-TGAC-AAC--CTATGACG-A--CACAG-TA-AATG-GC-GCGT-AA-AT-ATCGCCGA--T-T-AA-AA-AA-TGC-A-TAT-TCGG--AAA---TT-CA-AACA-TTTG-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--T-AA--GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A--TG----------ATTTT---A-AA-A-GCA-TCT-TTTC-------T---T-GAT-ATATCAA-----------AA-A---TAA-A-GA----AA--T------TTTTGA----ACTCG-TGA-TA-A-----AAATCCTTTAA
gi|66583                      : CCCAA-T-TGAC-A-C--CTATGACG-AA-CACAG-TA-A-TG-GC-GCGT--A-A--ATCGCCGA--T-A-AA-AC-T--TGC-A-TA--TCGG---AA---TT-CA-AACCTCTTG-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--T-AG--GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AAC--TG------AT--G-ATA--TG----------ATTTTA--A-AA-A-GCA-TCT-TTTC----T--T---T-GAT-ATAG-CAAA---------AA-A---TAA-C-GA----AAATT------TTTTGA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTCCTTTAA
gi|66584                      : CCCAA-T-TGAC-A-C--CTATGACG-A--CACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGCCGA--T-T-AA-AA-TATTGC-A-TAT-TCGA---AA---TT-CA-AAC--TTTG--AAA-----GCGAT---AT--G-T-TT------AAAATA--T-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-ACAACT-TG------AT--G-A-T--GA----------CTTTT---A-AA-A-GCA-TCT-TTTC-------T---T-GAT-ATAT-CAAA---------AA-A---TAA-C-GA----AA---------TTTTGA----ACTCG-T-A-TA-A-----AACTCTTT
gi|66586                      : CCCGA-TATGAC-A-TTGCTATGACG-TT-CACAGATA-A-TGAGC-GCGTTAA-A--ATCGCCGA--TTA-AC-AA-TA-TGC-GCTATATCGA--TAA---TT-CA-AAC--TTTG-AAAA-----GCTGT-------CAT-TT---G--AAAATA--C-ACAAGCTT---TTT----GAA--C-ACA-A-AAAT-A-AACT-TG------ATC-G-A-A--TG----------AATTT---A-AA-A-GCAATAT-TTTT----T--T---A-TAT-ATAT-A--T---------AA-A---TA--C-AA----AA--TATAGGTTTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTCCTTTAAaa
gi|66585                      : CCCAA-T-TGAC-A-C--CTATAACG----AACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-AATATC-CCGA----A-AA-AA-TACTGC-ATTAT-TCGG--AAACATTC-AA-AAC--TTTG--AAA-----GCTAT---ATCCC-T-TT---G--AAAATAATA-A---GC-T---GTT----GA---C-ACACA-A--T---AACT-TGA-----AT--G-A-A--T-----------GTTT------AA-A-GCA-TCT-TTTT----C--T---T-GAT-ATAT-AA-----------AA-A---TAA-C-GA----AA--T------TTTTGA----ACT-G-TGA-TA-A-----AACTCCTTAAA
gi|66587                      : CCCAA-T-TGTC-A-C--CTAT-ACG-A--CACAC-TA-A----GCAGCGT-AA-A--ATC-CCGA--T-TTAA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCGG--AAA---TTCAATAAC--TTTG--TAA-----GCTA----AT--T-C-TTATAG--AAAATAG-C-A----TTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-ATAACT-TGT-----AG--T-A-A--TG----------ATTTTTA-A-AA-A-GCA--ATCTTTC----TTCT---T-GATAATATCAA-----------AA-A---TAA-C--A----AA--T------TTTTGA----ACTT--TGA-TATA-----AACTCTTT
gi|66589                      :  CCAA-T-TGAC-A-C--CTATGACG-A--CACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGCCGA--T-T-AA-AA-TC-TGC-A-TAT-TCGG--AAT---TT-CA-AACA-TTTGAAAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G---AAATA--T-G---G-GT---TTT----GA---C-ACA-A-A--TAA-AACC-GA------AT--G-A-A--TG----------ATTTT-----AA-A-GCA-CTT-TTCT----T--T---T-TAT-ATAT-AA-A---------AA-A---AAA-C-GA----AA---------TTATGA----ACTCG-T-A-TA-A-----AACTCTATTAAaa
gi|66590                      :   CAA-T-TGAC-A-C--CTATGACG-T--CACAG-TA-A-TG-GC-GCAT-AA-A--ATCGCCGA--T-T-AA-AA-TA-TGC-A-TGT-TCGG--AAA---TT-CA-AAC--TTTG-AAAA-----GCTAT---AT--G-T-TT---G--AAAATA--T-A---GATT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-CG------AT--G-A-A--T-----------ATTTT---A-AA-A-GCA-TAT-TTTC----T--T---T--AT-ATATAAAAA---------AA-A---TAA-C-GA----AA---------TGTTAA----ACTC--TGA-TA-A-----AACCCCTTTAA
gi|66591                      :   CAA-T-TGAC-A-C--CTATGACG-T--CACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATC-CCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-TGT-TCGG---AA---TT-CG-AAC--TTT--AAAA-----GC-AT---AT--A-T-TC---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----G------ACA-A-A--T-A-AACT-TGA-----ATG-G-A-A--TG----------ATTTTA--A-AA-A-GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-ATAT-CAAA---------AA-A---TAA-C-GATT--TT--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-T--A-----AACTCCTTTAA
gi|66592                      :   CAA-T-TGAC-A-CG-CT-TGACA-T---ACAGGTA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCACCGA--T-A-AA-AATTA-TGC-ATTTT-TCGG--AAA---TT--C-AAC--TTTG--AAA-----GCTAT---AT--T-TCTT---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-AC--A-A--T-A-AACT-TG------AT--GAA-A--TG----------A-TTT---A-AA-A-GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GG--ATAT-AATC---------AA-AAATTAA-C-AA----AA--T------TTT--A----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC
gi|66593                      :   CAA-T-TGAC-A-C---TATGACGAC--CACAG-TA-AATG-GC-GC-T-AACA--ATCGCCGCCTT-A-AA-GA-TA-T-C-A-TAT-TCG----AA---TT-CA-AAC--TTTG-AAAA-----GCTTA---AT--C-T-TT---G--AAAATA--T-A---GCTT---TTT----GAG--C-ACA-ATA--T---AACTATG------AT--G-A-A--TG----------ATTTTAA-A-AA-A-GCT-CTT-TTTC----T--T---T-GAT-ATATCAA-----------AA-A---TAA-CGGA----AA--T------TTTTGA----ACTCG-TA---A-A-----AACTCCTTTAAc
gi|66594                      :   CAA-T-TGAC-AAC--CTATGACG-AA-CACAG--A-A-TG-GC-G--T-AA-A--AT-GCCGA--T-T-AA-A--T--TGC-A-TAT-TCGA---AA---TT-CA-A----CTTG-AAA------GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAA-TA--T-----GCTT---TTT----GA-----ACA-A-A--T-A-AA-T-TG------AT--G-A-A--TC----------GATTT---A-AA-A-GCA-TAT-TT------T--T---T-GAT-ATTC-AA-----------AA-A---TAA-C-GA----AT--T------TTTTGA----ACTCG-T-A-T--------AACTCCTTTAA
gi|66595                      :   CAA-T-TGAC-A-C--CTATGACG-T--CACAG-TA-A-TG-GC-ACGT-AA-A--GTCGCCGA--T-T-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCG-----------------------G-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--T-A---GCTT---TTT----GA---C-AC
gi|66596                      :   CGA-T-TGAC-A-C--GTATGACG-TCACACAC-CA-A-TG-AC-GCA--AA-A--ATCCCCAAG-G-A-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-
gi|66597                      :     A-T-TGAC-A-C---TATGACG-T--CACAG-TA---TG-GC-GCGT-TA-A--ATCGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TAGG--AAA---TT-CA-AAC--TT---GAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G---AAATA--C-A---GC-T---TTT----GA---C-ACA-A-A--T---AACT-TG------AT--G-A-A--TG----------A-TTT---A-AA-A-GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-ATATCAA-----------AA-A---AAA-C-GA----AATTT------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTCCTTTAA
gi|66598                      :     A-T-TGACCA-C--CT-CGACG-T--CACAG-TACA-TG-GC-GCGT-AA-A---TCGCCGA--TCA-AA-AA-TA-TGCCA-TAT-TAGGAATAA---TT-CA-AA----TTG-AAAAAA---GCTAT---AT--C-T-TT---GGTAAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------ATCAG-A-AT-TG----------ATTTTC--A-AA-G-GCA-CAT-TTTC----T--T---T-GAT-ATAT-AA-----------AA-A---TAA-C-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCGTTGATTA-A-----AACTCCTTT
gi|66588                      :     A-T-TGAC-A-C--CTATGACG-A--TACAG-TA-A-TG-G--GCGT-AAGA--ATCGCCGA--T-T-AA-A--TA-TGC-A-T---TCGG--AAA---TT-CA-AAC--TTTG-AAAA------CTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--T-A---GC-T---TTT----GA---C-ACA-A-AATC-A-GACT-TG------AT--G-A-A--TG----------ATTTT-----AA-A-GCA-TCT-TTTC----T--T---T-GAT-GTAT-CAAA---------AA-A---TAA---GA----AA---------TTTTGA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTCCTTTAA
gi|66599                      :  ccac-T-TCAC-A-C--CTA------------AG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCGG--AAA---TT-CA-AAC--TTTG-AAAA-----GCTGT---AT--C-T-GT---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A--TG----------ATTTT---A-AA-A-GCA-TAT-TTTC----T--T---T-AAT-ACAT-CAAA---------AA-A---TAA-C-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTCC
gi|66600                      :      -T-TGAC-A-C---TATGACG----CACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A---TCGCCGA--T-A-AA-A--TA-TGC---TAT-AAGG--AAA---TG-CA-AAC--TT-G-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-T----G--ATAATA--A-A---GCTT---TTT----GA---CTAC--A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-C-A--TG----------ATTTTC--A-AA-A-GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-ATAT-GAAA---------AATA---TAA-C-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG--GA-T--A-----AACTGCTTTAA
gi|66601                      :                 --CTATGACG-T--CACAG-TA-T-TG-G--GCGT-TA-A--ATCGCTG---T-A-ACTAA-TA-TGCGA-TGT-TAGG--
gi|66602                      :                                                                                                   AA---TT-CA-AACA-TTTG-AAAAAAGCGGCTGTTTCAT--CAT-TT---A--AAGATA--C-----GCTTATGTTTATTAGA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-ATTTAC---------ATTTT---ATAA-A-GCA-TAT-TTTCTGTGT--T---T-GAT-ATAT-AATCATAAAATCAAA-A---TAA-CAGAGCACAATCT------TTTTAATTACACTCG-TGA-TT-ATTACCAACTCTCTTacaccacatttcctaaatactgccgagcgcacggccacacaaccccccagctttcactcatatcttgaaaaatacgagctttttgctcccacaaatacattgccacacatgtaatatcagcagtatatgctcacaaacagcagtattttcttattcgataattatcaaacaatcaacgaatttttaaactcatgataaaactcctttaa
gi|66595                      :                                                                                                          aaatatataggaa-AAAA-----GCTAT---AT--T-T-TC---A--AAGATA--T-A---GCTT---TTcaa
gi|66601                      :                                                                   caattgacacctatgacgtcacagtaatggcacgtaaagtcgccgattaaaatatgcatattcggAT---AT--C-T-TG---A--AAAATA--CGA---GCTT---TTT----GCTCCC-ACA-A-A--T-A-CA-T-TGCCACACAT--GTA-A--TATCAGCAGTATATGCTCACA-AACA-GCAGTAT-TTTC----T--TATTC-GAT-A-AT-TATC---------AA-A---CAATC-AACG--AA--T------TTTTAA----ACTCA-TGA-TA-A-----AACTCCTTTAAtgacac
gi|66603                      :                                                                         ctatgacgtcacagtattgggcgttaaatcgctgtaactaatatgcgatgttaggacaccacatttcctaaatactgccgagcgcacggccacacaaccccccagctttcactc-ACA-A-A--T-G-AACT-TG------AT--G-A-A--TG----------ATTTT---A-AA-A-GCT-TAT-CTTC----T--T---T-GAT-ATAT-CAAA---------AA-A---TAA-C-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTCCTTTAA
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gi|66605                      :                                                                                                                                                                                                                                              TTTT---A-AA-AAGCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-ATAT-AAAA---------AA-AA--TAA-C-GA----AT--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTCCTTTAA
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Reference ( family-560 )      :                                       CCCA-A-T-TGAC-A-C--CTATGACG--N-C-ACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A-AT--CGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-T-AT-TCGGAA--A--TTCA--AA-C--TTTG-AAAA-----GCTAT---ATC--T-TT---G--AAAATA-C--A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------A-T--G-A-A-T---G----------A-TTTT---A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GATA--T-AT-A-A--A-------A-AA-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
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gi|66595                      :                                         CA-A-T-TGAC-A-C--CTATGACG--T-C-ACAG-TA-A-TG-GC-ACGT-AA-A-GT--CGCCGA--T-T-AA-AA-TA-TGC-A-T-AT-TCG-----------------------G-AAAA-----GCTAT---ATC--T-TT---G--AAAATA-T--A---GCTT---TTT----GA---C-AC
gi|66596                      :                                         CG-A-T-TGAC-A-C--GTATGACGTCA-C-ACAC-CA-A-TG-AC-GCA--AA-A-AT--CCCCAAG-G-A-AA-AA-TA-TGC-A-T-AT-
gi|66597                      :                                           -A-T-TGAC-A-C---TATGACG--T-C-ACAG-TA---TG-GC-GCGT-TA-A-AT--CGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-T-AT-TAGGAA--A--TTCA--AA-C--TT---GAAA-----GCTAT---ATC--T-TT---G---AAATA-C--A---GC-T---TTT----GA---C-ACA-A-A--T---AACT-TG------A-T--G-A-A-T---G----------A--TTT---A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GATA--T-AT-C-A--A-------A-AA-A--AAC-GA----AATTT------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
gi|66598                      :                                           -A-T-TGACCA-C--CT-CGACG--T-C-ACAG-TACA-TG-GC-GCGT-AA-A--T--CGCCGA--TCA-AA-AA-TA-TGCCA-T-AT-TAGGAATAA--TTCA--AA-----TTG-AAAAAA---GCTAT---ATC--T-TT---GGTAAAATA-C--A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------A-TCAG-A-ATT---G----------A-TTTTC--A-AA-G--GCA-CAT-TTTC----T--T---T-GATA--T-AT------A-------A-AA-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCGTTGATTA-A-----AACTC-CTTT
gi|66599                      :                                             -T-TCAC-A-C--CTA-------------AG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A-AT--CGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-T-AT-TCGGAA--A--TTCA--AA-C--TTTG-AAAA-----GCTGT---ATC--T-GT---G--AAAATA-C--A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------A-T--G-A-A-T---G----------A-TTTT---A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T-AATA--C-AT-C-A--A-------A-AA-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CT
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gi|66601                      :                                                        --CTATGACG--T-C-ACAG-TA-T-TG-G--GCGT-TA-A-AT--CGCTG---T-A-ACTAA-TA-TGCGA-T-GT-TAGGA
gi|66601                      :                                                                                                                                                                              AT---ATC--T-TG---A--AAAATA-CG-A---GCTT---TTT----GCTCCC-ACA-A-A--T-A-CA-T-TGCCACACA-T--GTA-A-T---ATCAGCAGTATA-TGCTCACA-AACA--GCAGTAT-TTTC----T--TATTC-GATAATT-AT-C-A--A-------A-CA-ATCAAC-GA----A---T------TTTTAA----ACTCA-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAAcaccacatttcctaaatactgccgagcgcacggccacacaaccccccagctttcactcatatcttgaaaaatacgagctttttgctcccacaaatacattgccacacatgtaatatcagcagtatatgctcacaaacagcagtattttcttattcgataattatcaaacaatcaacgaatttttaaactcatgataaaactcctttaa
gi|66602                      : ctatgacgtcacagtattgggcgttaaatcgctgtaactaatatgcgatgttaggacaccacatttcctaaatactgccgagcgcacggccacacaaccccccagctttcactcA-AA-TA-T---A-T-A----GGAA--AA-TTCA--AA-CA-TTTG-AAAAAAGCGGCTGTTTCATCA-T-TT---A--AAGATA-C------GCTTATGTTTATTAGA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------A-T--G-A-A-TTTAC----------A-TTTT---ATAA-A--GCA-TAT-TTTCTGTGT--T---T-GATA--T-AT-A-ATCATAAAATCA-AA-AT-AACAGAGCACAATCT------TTTTAATTACACTCG-TGA-TT-ATTACCAACTCTCTTCAA
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consensus                     :                                        CCCA-A-T-TGAC-A-C--CTATGACG--N-C-ACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCGGAA--A-TTC-A--AAC--TTTG-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A-T---G----------A-TTTT---A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-CA--A-------AA-A-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
Reference ( family-560 )      :                                        CCCA-A-T-TGAC-A-C--CTATGACG--N-C-ACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCGGAA--A-TTC-A--AAC--TTTG-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A-T---G----------A-TTTT---A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-NA--A-------AA-A-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
gi|66579                      :                                        CCCA-A-T-TGAC-A-C--CTATGACG--A-C-ACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGC-GA--T-T-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCGGAA--ATTTC-A--AAC--TTTG-AAAA-----GC-AT---AT--C-T-TT---G--GAAATA--T-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A-T---G----------A-TTTT---A-AA-A--GCA-TTT-TTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-AA--A-------AA-A-AT-AAC-GA----AA--T------T----A----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
gi|66580                      :                                        CCCG-A-T-TGAC-A-C--CTATGACG--T-C-ACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCGGTA--A-TTA-A--AAC--TTTG-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A-T---A----------A-TTTT---A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-AA--T-------TA-A-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-TTTTAA
gi|66581                      :                                        CCCA-AGT-TGAC-AAC--CTATGACG--A-C-ACAG-TA-AATG-GC-GCGT-AA-AT-ATCGCCGA--T-T-AA-AA-AA-TGC-A-TAT-TCGGAA--A-TTC-A--AACA-TTTG-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--T-AA--GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A-T---G----------A-TTTT---A-AA-A--GCA-TCT-TTTC-------T---T-GAT-A--T-AT-C---A-------AA-A-AT-AAA-GA----AA--T------TTTTGA----ACTCG-TGA-TA-A-----AAATC-CTTTAA
gi|66582                      :                                        CTCG-A-T-TGAC-A-T--ATATGACG--T-C-ACAG--A-A-TG-GC-GCGT-TA-A--ATCGCCGA--TAA-AA-AA-TA-TAC-A-T-C-TCGGAA--A-TTC-A--AAC--TTTG-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A-T---G----------A-TTTC---A-AA-A--GCA-TAA-TTTC-------T---T-GAT-A--T-AT--A--A-------AA-A-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TT-A-----AACTC-CTTTA
gi|66583                      :                                        CCCA-A-T-TGAC-A-C--CTATGACG--AAC-ACAG-TA-A-TG-GC-GCGT--A-A--ATCGCCGA--T-A-AA-AC-T--TGC-A-TA--TCGG-A--A-TTC-A--AACCTCTTG-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--T-AG--GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AAC--TG------AT--G-ATA-T---G----------A-TTTTA--A-AA-A--GCA-TCT-TTTC----T--T---T-GAT-A--T-AG-CA--A-------AA-A-AT-AAC-GA----AAATT------TTTTGA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
gi|66584                      :                                        CCCA-A-T-TGAC-A-C--CTATGACG--A-C-ACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGCCGA--T-T-AA-AA-TATTGC-A-TAT-TC-GAA--A-TTC-A--AAC--TTTG--AAA-----GCGAT---AT--G-T-TT------AAAATA--T-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-ACAACT-TG------AT--G---A-T---G----------ACTTTT---A-AA-A--GCA-TCT-TTTC-------T---T-GAT-A--T-AT-CA--A-------AA-A-AT-AAC-GA----AA---------TTTTGA----ACTCG-T-A-TA-A-----AACT--CTTTAA
gi|66585                      :                                        CCCA-A-T-TGAC-A-C--CTATAACG--A---ACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-AATATC-CCGA----A-AA-AA-TACTGC-ATTAT-TCGGAAACA-TTCAA--AAC--TTTG--AAA-----GCTAT---ATCCC-T-TT---G--AAAATAATA-A---GC-T---GTT----GA---C-ACACA-A--T---AACT-TGA-----AT--G-A-A-T---G------------TTT------AA-A--GCA-TCT-TTTT----C--T---T-GAT-A--T-AT-----A-------AA-A-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTGA----ACT-G-TGA-TA-A-----AACTC-CTTAAA
gi|66586                      :                                        CCCG-A-TATGAC-A-TTGCTATGACG--TTC-ACAGATA-A-TGAGC-GCGTTAA-A--ATCGCCGA--TTA-AC-AA-TA-TGC-GCTATATCGATA--A-TTC-A--AAC--TTTG-AAAA-----GCTGT-------CAT-TT---G--AAAATA--C-ACAAGCTT---TTT----GAA--C-ACA-A-AAAT-A-AACT-TG------ATC-G-A-A-T---G----------A-ATTT---A-AA-A--GCAATAT-TTTT----T--T------AT-A--T-AT-AT--A-------TA-A-AT-A-C-AA----AA--TATAGGTTTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
gi|66587                      :                                        CCCA-A-T-TGTC-A-C--CTAT-ACG--A-C-ACAC-TA-A----GCAGCGT-AA-A--ATC-CCGA--T-TTAA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCGGAA--A-TTC-AATAAC--TTTG--TAA-----GCTA----AT--T-C-TTATAG--AAAATAG-C-A----TTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-ATAACT-TGT-----AG--T-A-A-T---G----------A-TTTTTA-A-AA-A--GCA--ATCTTTC----TTCT---T-GATAA--T-AT-C---A-------AA-A-AT-AAC--A----AA--T------TTTTGA----ACTT--TGA-TATA-----AACT--CTTTAA
gi|66588                      :                                         CCACA-T-TGAC-A-C--CTATGACG--A-T-ACAG-TA-A-TG-G--GCGT-AAGA--ATCGCCGA--T-T-AA-A--TA-TGC-A-T---TCGGAA--A-TTC-A--AAC--TTTG-AAAA------CTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--T-A---GC-T---TTT----GA---C-ACA-A-AATC-A-GACT-TG------AT--G-A-A-T---G----------A-TTTT-----AA-A--GCA-TCT-TTTC----T--T---T-GAT-G--T-AT-CA--A-------AA-A-AT-AA--GA----AA---------TTTTGA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
gi|66589                      :                                         CCA-A-T-TGAC-A-C--CTATGACG--A-C-ACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGCCGA--T-T-AA-AA-TC-TGC-A-TAT-TCGGAA--T-TTC-A--AACA-TTTGAAAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G---AAATA--T-G---G-GT---TTT----GA---C-ACA-A-A--TAA-AACC-GA------AT--G-A-A-T---G----------A-TTTT-----AA-A--GCA-CTT-TTCT----T--T---T-TAT-A--T-AT-AA--A-------AA-A-A--AAC-GA----AA---------TTATGA----ACTCG-T-A-TA-A-----AACTC-TATTAA
gi|66590                      :                                          CA-A-T-TGAC-A-C--CTATGACG--T-C-ACAG-TA-A-TG-GC-GCAT-AA-A--ATCGCCGA--T-T-AA-AA-TA-TGC-A-TGT-TCGGAA--A-TTC-A--AAC--TTTG-AAAA-----GCTAT---AT--G-T-TT---G--AAAATA--T-A---GATT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-CG------AT--G-A-A-T--------------A-TTTT---A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T--AT-A--T-ATAAA--A-------AA-A-AT-AAC-GA----AA---------TGTTAA----ACTC--TGA-TA-A-----AACCC-CTTTAA
gi|66591                      :                                          CA-A-T-TGAC-A-C--CTATGACG--T-C-ACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATC-CCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-TGT-TCGG-A--A-TTC-G--AAC--TTT--AAAA-----GC-AT---AT--A-T-TC---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----G------ACA-A-A--T-A-AACT-TGA-----ATG-G-A-A-T---G----------A-TTTTA--A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-CA--A-------AA-A-AT-AAC-GATT--TT--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-T--A-----AACTC-CTTTAA
gi|66592                      :                                          CA-A-T-TGAC-A-CG-CT-TGACA--T---ACAGGTA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCACCGA--T-A-AA-AATTA-TGC-ATTTT-TCGGAA--A-TTC----AAC--TTTG--AAA-----GCTAT---AT--T-TCTT---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-AC--A-A--T-A-AACT-TG------AT--GAA-A-T---G----------A--TTT---A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---TGGAT-A--TAAT-CA--A-------AA-A-TT-AAC-AA----AA--T------TTT--A----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-
gi|66593                      :                                          CA-A-T-TGAC-A-C---TATGACG--A-CCACAG-TA-AATG-GC-GC-T-AACA--ATCGCCGCCTT-A-AA-GA-TA-T-C-A-TAT-TCG--A--A-TTC-A--AAC--TTTG-AAAA-----GCTTA---AT--C-T-TT---G--AAAATA--T-A---GCTT---TTT----GAG--C-ACA-ATA--T-A-A-CTATG------AT--G-A-A-T---G----------A-TTTT---A-AA-AAAGCT-CTT-TTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-C---A-------AA-A-AT-AACGGA----AA--T------TTTTGA----ACTCG-TA---A-A-----AACTC-CTTTAA
gi|66594                      :                                          CA-A-T-TGAC-AAC--CTATGACG--AAC-ACAG--A-A-TG-GC-G--T-AA-A--AT-GCCGA--T-T-AA-A--T--TGC-A-TAT-TCG-AA--A-TTC-A--A----CTTG-AAA------GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAA-TA--T-----GCTT---TTT----GA-----ACA-A-A--T-A-AA-T-TG------AT--G-A-A-TC--G----------A-TTT----A-AA-A--GCA-TAT-TTT--------T---T-GAT-A--T--T-CA--A-------AA---AT-AAC-GA----AT--T------TTTTGA----ACTCG-T-A-T--------AACTC-CTTTAA
gi|66595                      :                                          CA-A-T-TGAC-A-C--CTATGACG--T-C-ACAG-TA-A-TG-GC-ACGT-AA-A--GTCGCCGA--T-T-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCG----------------------G-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--T-A---GCTT---TTT----GA---C-AC
gi|66596                      :                                          CG-A-T-TGAC-A-C--GTATGACGTCA-C-ACAC-CA-A-TG-AC-GCA--AA-A--ATCCCCAAG-G-A-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-
gi|66597                      :                                            -A-T-TGAC-A-C---TATGACG--T-C-ACAG-TA---TG-GC-GCGT-TA-A--ATCGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TAGGAA--A-TTC-A--AAC--TT---GAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G---AAATA--C-A---GC-T---TTT----GA---C-ACA-A-A--T---AACT-TG------AT--G-A-A-T---G----------A--TTT---A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-CA--A-------AA-A-A--AAC-GA----AATTT------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
gi|66598                      :                                            -A-T-TGACCA-C--CT-CGACG--T-C-ACAG-TACA-TG-GC-GCGT-AA-A---TCGCCGA--TCA-AA-AA-TA-TGCCA-TAT-TAGGAATAA-TTC-A--AA----TTG-AAAAAA---GCTAT---AT--C-T-TT---GGTAAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------ATCAG-A-ATT---G----------A-TTTTC--A-AA-G--GCA-CAT-TTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-----A-------AA-A-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCGTTGATTA-A-----AACTC-CTTT
gi|66599                      :                                              -T-TCAC-A-C--CTA-------------AG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCGGAA--A-TTC-A--AAC--TTTG-AAAA-----GCTGT---AT--C-T-GT---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A-T---G----------A-TTTT---A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T-AAT-A--C-AT-CA--A-------AA-A-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CT
gi|66600                      :                                              -T-TGAC-A-C---TATGACG----C-ACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A---TCGCCGA--T-A-AA-A--TA-TGC---TAT-AAGGAA--A-TGC-A--AAC--TT-G-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-T----G--ATAATA--A-A---GCTT---TTT----GA---CTAC--A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-C-A-T---G----------A-TTTTC--A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-GA--A-------AA-ATAT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG--GA-T--A-----AACTG-CTTTAA
gi|66601                      :                                                         --CTATGACG--T-C-ACAG-TA-T-TG-G--GCGT-TA-A--ATCGCTG---T-A-ACTAA-TA-TGCGA-TGT-TAGGA
gi|66601                      :                                                                                                                                                                            AT---AT--C-T-TG---A--AAAATA--CGA---GCTT---TTT----GCTCCC-ACA-A-A--T-A-CA-T-TGCCACACAT--GTA-A-T---ATCAGCAGTATA-TGCTCACA-AACA--GCAGTAT-TTTC----T--TATTC-GAT-AATT-AT-CA--A-------AC-A-ATCAAC-GA----A---T------TTTTAA----ACTCA-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAAcaccacatttcctaaatactgccgagcgcacggccacacaaccccccagctttcactcatatcttgaaaaatacgagctttttgctcccacaaatacattgccacacatgtaatatcagcagtatatgctcacaaacagcagtattttcttattcgataattatcaaacaatcaacgaatttttaaactcatgataaaactcctttaa
gi|66602                      : ctatgacgtcacagtattgggcgttaaatcgctgtaactaatatgcgatgttaggacaccacatttcctaaatactgccgagcgcacggccacacaaccccccagctttcactcA-AA-TA-T---A-TA----GGAA--AATTC-A--AACA-TTTG-AAAAAAGCGGCTGTTTCAT--CAT-TT---A--AAGATA--C-----GCTTATGTTTATTAGA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A-TTTAC----------A-TTTT---ATAA-A--GCA-TAT-TTTCTGTGT--T---T-GAT-A--T-AT-AATCATAAAATCAA-A-AT-AACAGAGCACAATCT------TTTTAATTACACTCG-TGA-TT-ATTACCAACTCTCTTCAA
gi|66603                      :                                                                                                                                                                                                                                   -ACA-A-A--T-G-AACT-TG------AT--G-A-A-T---G----------A-TTTT---A-AA-A--GCT-TAT-CTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-CA--A-------AA-A-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
gi|66604                      :                                                                                                                                                                                                                                                                     -A-T---G----------A-TTTT---A-AA-A--GCA-TAT-TT-C----T--T---T-GAT-A--T-AT-CA--A-------AA-A------C-GA----TT--T------TTTTAA----ACTCT-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
gi|66605                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TTTT---A-AA-AA-GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-AA--A-------AAAA-AT-AAC-GA----AT--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
gi|66606                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TTTT---A-AA-AA-GCA-TAT-TTTCT---T--T---T-GAT-A--T-AT--A--A-------AA-A-AT-AAC-GA----AT--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTT
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Reference ( family-560 )      :                                        CCCA-A-T-TGAC-A-C--CTATGACG--N-C-ACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCGGAA--A-TTC-A--AAC--TTTG-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-TT---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A-T---G----------A-TTTT---A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-----CAA----AA-A-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
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gi|66599                      :                                              -T-TCAC-A-C--CTA-------------AG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A--ATCGCCGA--T-A-AA-AA-TA-TGC-A-TAT-TCGGAA--A-TTC-A--AAC--TTTG-AAAA-----GCTGT---AT--C-T-GT---G--AAAATA--C-A---GCTT---TTT----GA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A-T---G----------A-TTTT---A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T-AAT-A--C-AT-----CAA----AA-A-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CT
gi|66600                      :                                              -T-TGAC-A-C---TATGACG----C-ACAG-TA-A-TG-GC-GCGT-AA-A---TCGCCGA--T-A-AA-A--TA-TGC---TAT-AAGGAA--A-TGC-A--AAC--TT-G-AAAA-----GCTAT---AT--C-T-T----G--ATAATA--A-A---GCTT---TTT----GA---CTAC--A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-C-A-T---G----------A-TTTTC--A-AA-A--GCA-TAT-TTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-----GAA----AA-ATAT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG--GA-T--A-----AACTG-CTTTAA
gi|66601                      :                                                         --CTATGACG--T-C-ACAG-TA-T-TG-G--GCGT-TA-A--ATCGCTG---T-A-ACTAA-TA-TGCGA-TGT-TAGGA
gi|66601                      :                                                                                                                                                                            AT---AT--C-T-TG---A--AAAATA--CGA---GCTT---TTT----GCTCCC-ACA-A-A--T-A-CA-T-TGCCACACAT--GTA-A-T---ATCAGCAGTATA-TGCTCACA-AACA--GCAGTAT-TTTC----T--TATTC-GAT-AATT-AT-----CAA----AC-A-ATCAAC-GA----A---T------TTTTAA----ACTCA-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAAcaccacatttcctaaatactgccgagcgcacggccacacaaccccccagctttcactcatatcttgaaaaatacgagctttttgctcccacaaatacattgccacacatgtaatatcagcagtatatgctcacaaacagcagtattttcttattcgataattatcaaacaatcaacgaatttttaaactcatgataaaactcctttaa
gi|66602                      : ctatgacgtcacagtattgggcgttaaatcgctgtaactaatatgcgatgttaggacaccacatttcctaaatactgccgagcgcacggccacacaaccccccagctttcactcA-AA-TA-T---A-TA----GGAA--AATTC-A--AACA-TTTG-AAAAAAGCGGCTGTTTCAT--CAT-TT---A--AAGATA--C-----GCTTATGTTTATTAGA---C-ACA-A-A--T-A-AACT-TG------AT--G-A-A-TTTAC----------A-TTTT---ATAA-A--GCA-TAT-TTTCTGTGT--T---T-GAT-A--T-ATAATCATAAAATCAA-A-AT-AACAGAGCACAATCT------TTTTAATTACACTCG-TGA-TT-ATTACCAACTCTCTTCAA
gi|66603                      :                                                                                                                                                                                                                                   -ACA-A-A--T-G-AACT-TG------AT--G-A-A-T---G----------A-TTTT---A-AA-A--GCT-TAT-CTTC----T--T---T-GAT-A--T-AT-----CAA----AA-A-AT-AAC-GA----AA--T------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
gi|66604                      :                                                                                                                                                                                                                                                                     -A-T---G----------A-TTTT---A-AA-A--GCA-TAT-TT-C----T--T---T-GAT-A--T-AT-----CAA----AA-A------C-GA----TT--T------TTTTAA----ACTCT-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
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gi|66607                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TTTT---A-AA-AA-GCA-TAT-TTTC----T--T---TTGAT-A--T-AT------AA----AA-A-AT-AAC-GA----AGGTT------TTTTAA----ACTCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA
gi|66608                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -A--T-AT-----AAA----AA-A-AT-AAC-GA----AT--T------TTTTAA----ACCCG-TGA-TA-A-----AACTC-CTTTAA