lowQualScore : 111111 1111111111
lowQualScore : 33 2 55 1 44 1 333 1 1 1 1 444 1 555555555 1 1 5 1 33 333333 1 222 1 1 1 22 5555555555 1 1 3 444 4444 1
lowQualScore : .. . .. . .. . ... . . . . ... . ......... . . . . .. ...... . ... . . . .. .......... . . . ... .... .
lowQualScore : 11 2 11 9 55 9 444 4 4 4 4 999 4 777777777 4 4 7 2 44 222222 4 555 4 4 4 00 1111111111 4 4 0 666 5555 7
consensus : TGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-AA--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT-C-C--C-CA---AA-C-T-T--G-----C----ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
Reference ( gi|14502 ) : TGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-AG--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT-G-C--C-CA---AA-C-T-T--G-----T----ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14500 : TGCA--T-T-TA-T--G-C--CTATA-T-C-T-AA--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT-C-C--C-CA---AA-C-T-T--G-----C----ATG-G-ATGA-TG---T-T--T-CTGGG
gi|14503 : TGTA--T-T-TA-T--G-C--CTATA-T-C-T-AA--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTC---C--C-CA---AA-C-T-T--GT----T----ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14501 : TGCA--T-T-TA-T--G-T--CTATA-T-C-T-AA--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT-C-C--C-CA---AC-C-T-T--G-----C----ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGAG
gi|14504 : TGAA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-AA--CATA-TT---------ACT-GA-T-CCTAT--CTT-C-C--C-CA---AA-C-T-T--G-----C----ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTAGGG
gi|14512 : TGCA--T-T-GA-TT-G-C--CTATA-T-C---AG--CTTA-TT---------ACT-GGTT-CCAAT--CTT-G----C-CA---AA-C-T-T--------T----ATG-G-ATGA-T------T--T-CTGAG
gi|14506 : TGCA--T-TCGA-T--G-CACCTATA-T-C-T-AG--CTTA-TT---------ACTAGG-T-CCAATTCCTT-GTC--C-CA---AA-CTT-T--G-----TATA-ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-
gi|14509 : TGCA--T-T-GAAT--G-C--CTATA-TGC-T-AA--TTTA-TT---------ACT-GG-TTCCGAT--TT----C--C-CACTTAA-C-T-T--G-----C----ATG-G-ATGG-TG---C----T-CTGGG
gi|14507 : TGCAGTT-T-GA-T--G-C--TTATA-T-C-T-AA--CT---TT---------ACT-GG-A-TTGAA--CTT-C-C--C-CA---AA-C-T-T--G-----C-----TG-G-ATTA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14513 : TGTA--T----A-T--G-C---TATA-T-CCT-AGA-CTTA-TT---------ACT-GA-TACCGAT--CTT-G-C--C------AA-C-T-T--G-----TTTCAATG---ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14514 : tgcaTGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-AG--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCAAT--CT
gi|14505 : TGCA--T-T-TA-TCGG-C--TTATA-T-C-T-AAACCTTA-TT---------ACT-GA---CCGAT--CTT---C--C-CA---AACC-T-T--G-----CCA--ATG-G-ATGATTG---CTT--T-CTGGGG
gi|14508 : TGCA--T-T-AA-T--GGC--CT-TA-T-C---AG--CT-A-TT---------ACT-G--T-CAGATT-CTT-G-C--C-CA---A--C-C-T--G-----T----ACG-GCATGA-TG---C-T--T-CTGGG
gi|14511 : TGCA--T-T-TA-T--G-T---TATA-T-C-T-AA--CTTA-TT----------CT-GA-TACCGAT--CTT-A-T--C-CA---AA---T-TAAG-----C----ATGTG-ATGATTG---C-TA-T-CTGGGG
gi|14515 : TGCA--TAT-GA-T--G-C---TCTA-T-T-C-AG--CTT--TT---------ACT-AG-T-CCAAT--CTTTG-C--CGCA---AC-C-T-T--G-----C----ATG-G-ATGT-CG---C-TAGTGCTGGGG
gi|14516 : GCA--T-T--A-T--G-C--CTATA-T-C-T-AC--AATA-TT---------A-T-GG-T-CCTTT--CTT-G-C--C--A---AA-C-T-T--G-----T----AAT-G-ATGA-TGACTC-T--T-CTGG
gi|14517 : CA--T-T-AA-T--G-C--CTATA-T-C-T-AA--CTTA-TT---------ACT-GG-T-TCTAT--CTT-C-C--C-CA---AA-C-T-T--G-----C----ATG-G-ATGA-TT---C-A--T-CTGGGG
gi|14518 : CA--T-T-GA-T----C--CTATA-T-C-T-AG--CTTA-TTTTTTAAAAAACT-GG-T-CCAAT--CTT-A-C--C-CA---AA-C-TAT--G-----T----ATG-G-ATGA-TG---C----T-CTGGGG
gi|14520 : --T-T-GA-T--G-C--GTATA-T---T-AG--CTTA-T-----------CT-GG-T-CCA----CTT-G-C--C------AA-C-A-T--G-----T----ATG-G-ATGA-TGA--C-T--T-CTGGGG
gi|14523 : A-T--G-C--CTATA-T-C-T-AG--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCAAT--CTT-G-C--C-AA---AA-C-T-T--GGTATCT----ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14519 : A-T--G-C--TTATAAT-C-TTAA--CTTACTT---------ACT-GA-TTCCGAT--TTT-C-C--C-CA---AA-C-T-T--G-----CG---ATG-G-ATGA-TG---C----T-CTGG
gi|14522 : tctA-T--G-G--TCACA-T-C-T-AA--ATAA-TT---------ACT-CG-T-CCAAT--CTT-C-A--C-CA---AA-C-T-C--T-----C----ATG-G-ATG---G---C-C--T-ATCGGG
gi|14510 : --CCATA-T-C-T-AA----TA-AT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT---CAAC-CA---AA-C-T-C--G-----C----ATG-G-ATG
gi|14526 : tgcagctttaaaATA-T-C-T-AT--ATTA-TG---------ACT-GG-T-CTAAT--CGT-C-A--C-TA---AA-C-T-T--G-----C----ATG-G-ATG--TG---A-T--T-CTG
gi|14525 : ATA-T-C-T-AA--ATTA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT-C-A--C-CA---AA-C-T-C--T-----C----ATG-G-AT---TG---T-T--T-
gi|14527 : ATA-T-C-T-AA--ATAA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT-C-A--C-CA---AA-C-T-C--T-----C----ATG-G-ATGG-T
gi|14521 : ATA-T-C-T-AA--ATAA-TT---------ATT-TG-T-CCAAT--CTT-C-A--C-CA---AA-C-T-T--T-----C----ATG-G-ATGG-T
gi|14528 : tttatcATA-T-T-T-AA--ATAA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT-C-A--C-CA---AA-C-T-C--T-----C----ATG-G-ATGG-TC---A-T--T-CAGG
gi|14524 : ATA-T-C-G-AA--ATAA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT-C-A--C-CA---AA-C-T-C--T-----C----ATG-G-ATGG-T
gi|14529 : -C--C-CA---AA-C-T-T--G-----C----ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTAGG
Alignments
lowQualScore : 22 2 44 1 44 1 222 1 1 1 1 1 11 1 555555555 1 1 5 0 33 33333 1 1 11 777777777 1 1 2 444 3333 1
lowQualScore : .. . .. . .. . ... . . . . . .. . ......... . . . . .. ..... . . .. ......... . . . ... .... .
lowQualScore : 99 1 33 8 33 8 888 4 4 4 4 4 99 4 555555555 4 4 5 9 33 55555 4 4 99 999999999 4 4 9 444 9999 6
consensus : TGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
Reference ( family-557 ) : TGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14500 : TGCA--T-T-TA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---T-T--T-CTGGG
gi|14501 : TGCA--T-T-TA-T--G-T--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAACC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGAG
gi|14502 : TGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--GC-CCAAAC-T-T--G-----T---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14503 : TGTA--T-T-TA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--C-T--CC-CCAAAC-T-T--GT----T---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14504 : TGAA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CATA-TT---------ACT-GA-T-CCTAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTAGGG
gi|14505 : TGCA--T-T-TA-TCGG-C--TTATA-T-C-T-A-AACCTTA-TT---------ACT-GA---CCGAT--CTT--CC-CAAACC-T-T--G-----CCA-ATG-G-ATGATTG---CTT--T-CTGGGG
gi|14506 : TGCA--T-TCGA-T--G-CACCTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TT---------ACTAGG-T-CCAATTCCTTG-TC-CCAAACTT-T--G-----TATAATG-G-ATGA-TG---C-T--T-
gi|14507 : TGCAGTT-T-GA-T--G-C--TTATA-T-C-T-A-A--CTT---T---------ACT-GG-A-TTGAA--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C----TG-G-ATTA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14508 : TGCA--T-T-AA-T--GGC--CT-TA-T-C---A-G--CT-A-TT---------ACT-G--T-CAGATT-CTT--GC-CCAA-C-C-T--G-----T---ACG-GCATGA-TG---C-T--T-CTGGG
gi|14509 : TGCA--T-T-GAAT--G-C--CTATA-TGC-T-A-A--TTTA-TT---------ACT-GG-TTCCGAT--TTC--CCACTTAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGG-TG---C----T-CTGGG
gi|14510 : --CCATA-T-C-T-A-A----TA-AT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CAACCAAAC-T-C--G-----C---ATG-G-ATG
gi|14511 : tgcagctttaaaTGCA--T-T-TA-T--G-T---TATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT----------CT-GA-TACCGAT--CTT--AT-CCAAA--T-TAAG-----C---ATGTG-ATGATTG---C-TA-T-CTGGGG
gi|14512 : TGCA--T-T-GA-TT-G-C--CTATA-T-C---A-G--CTTA-TT---------ACT-GGTT-CCAAT--CTT---G-CCAAAC-T-T--------T---ATG-G-ATGA-T------T--T-CTGAG
gi|14513 : TGTA--T----A-T--G-C---TATA-T-CCT-AGA--CTTA-TT---------ACT-GA-TACCGAT--CTT--GC-C--AAC-T-T--GTTT--C---AAT-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14514 : tgcaTGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCAAT--CT
gi|14515 : TGCA--TAT-GA-T--G-C---TCTA-T-T-C-A-G--CTT--TT---------ACT-AG-T-CCAAT--CTTTGCC-GCAACC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGT-CG---C-TAGTGCTGGGG
gi|14516 : GCA--T-T--A-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-C--AATA-TT---------A-T-GG-T-CCTTT--CTT--GC-C-AAAC-T-T--G-----T---AAT-G-ATGA-TGACTC-T--T-CTGG
gi|14517 : CA--T-T-AA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-TCTAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TT---C-A--T-CTGGGG
gi|14518 : CA--T-T-GA-T----C--CTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TTTTTTAAAAAACT-GG-T-CCAAT--CTT--AC-CCAAAC-TAT--G-----T---ATG-G-ATGA-TG---C----T-CTGGGG
gi|14519 : A-T--G-C--TTATAAT-C-TTA-A--CTTACTT---------ACT-GA-TTCCGAT--TTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----CG--ATG-G-ATGA-TG---C----T-CTGG
gi|14520 : tct--T-T-GA-T--G-C--GTATA-T---T-A-G--CTTA-T-----------CT-GG-T-CCA----CTT--GC-C--AAC-A-T--G-----T---ATG-G-ATGA-TGA--C-T--T-CTGGGG
gi|14521 : ATA-T-C-T-A-A--ATAA-TT---------ATT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-T--T-----C---ATG-G-ATGG-T
gi|14522 : tttatcA-T--G-G--TCACA-T-C-T-A-A--ATAA-TT---------ACT-CG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-ATG---G---C-C--T-ATCGGG
gi|14523 : A-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCAAT--CTT--GC-CAAAAC-T-T--GGTATCT---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14524 : ATA-T-C-G-A-A--ATAA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-ATGG-T
gi|14525 : ATA-T-C-T-A-A--ATTA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-AT---TG---T-T--T-
gi|14526 : ATA-T-C-T-A-T--ATTA-TG---------ACT-GG-T-CTAAT--CGT--CA-CTAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATG--TG---A-T--T-CTG
gi|14527 : ATA-T-C-T-A-A--ATAA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-ATGG-T
gi|14528 : ATA-T-T-T-A-A--ATAA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-ATGG-TC---A-T--T-CAGG
gi|14529 : T--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTAGG
Alignments
lowQualScore : 22 2 44 1 44 1 222 1 1 1 1 1 11 1 555555555 1 1 5 0 33 33333 1 1 11 777777777 1 1 2 444 3333 1
lowQualScore : .. . .. . .. . ... . . . . . .. . ......... . . . . .. ..... . . .. ......... . . . ... .... .
lowQualScore : 99 1 33 8 33 8 888 4 4 4 4 4 99 4 555555555 4 4 5 9 33 55555 4 4 99 999999999 4 4 9 444 9999 6
consensus : TGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
Reference ( family-557 ) : TGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14500 : TGCA--T-T-TA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---T-T--T-CTGGG
gi|14501 : TGCA--T-T-TA-T--G-T--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAACC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGAG
gi|14502 : TGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--GC-CCAAAC-T-T--G-----T---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14503 : TGTA--T-T-TA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--C-T--CC-CCAAAC-T-T--GT----T---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14504 : TGAA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CATA-TT---------ACT-GA-T-CCTAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTAGGG
gi|14505 : TGCA--T-T-TA-TCGG-C--TTATA-T-C-T-A-AACCTTA-TT---------ACT-GA---CCGAT--CTT--CC-CAAACC-T-T--G-----CCA-ATG-G-ATGATTG---CTT--T-CTGGGG
gi|14506 : TGCA--T-TCGA-T--G-CACCTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TT---------ACTAGG-T-CCAATTCCTTG-TC-CCAAACTT-T--G-----TATAATG-G-ATGA-TG---C-T--T-
gi|14507 : TGCAGTT-T-GA-T--G-C--TTATA-T-C-T-A-A--CTT---T---------ACT-GG-A-TTGAA--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C----TG-G-ATTA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14508 : TGCA--T-T-AA-T--GGC--CT-TA-T-C---A-G--CT-A-TT---------ACT-G--T-CAGATT-CTT--GC-CCAA-C-C-T--G-----T---ACG-GCATGA-TG---C-T--T-CTGGG
gi|14509 : TGCA--T-T-GAAT--G-C--CTATA-TGC-T-A-A--TTTA-TT---------ACT-GG-TTCCGAT--TTC--CCACTTAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGG-TG---C----T-CTGGG
gi|14510 : --CCATA-T-C-T-A-A----TA-AT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CAACCAAAC-T-C--G-----C---ATG-G-ATG
gi|14511 : tgcagctttaaaTGCA--T-T-TA-T--G-T---TATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT----------CT-GA-TACCGAT--CTT--AT-CCAAA--T-TAAG-----C---ATGTG-ATGATTG---C-TA-T-CTGGGG
gi|14512 : TGCA--T-T-GA-TT-G-C--CTATA-T-C---A-G--CTTA-TT---------ACT-GGTT-CCAAT--CTT---G-CCAAAC-T-T--------T---ATG-G-ATGA-T------T--T-CTGAG
gi|14513 : TGTA--T----A-T--G-C---TATA-T-CCT-AGA--CTTA-TT---------ACT-GA-TACCGAT--CTT--GC-C--AAC-T-T--GTTT--C---AAT-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14514 : tgcaTGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCAAT--CT
gi|14515 : TGCA--TAT-GA-T--G-C---TCTA-T-T-C-A-G--CTT--TT---------ACT-AG-T-CCAAT--CTTTGCC-GCAACC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGT-CG---C-TAGTGCTGGGG
gi|14516 : GCA--T-T--A-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-C--AATA-TT---------A-T-GG-T-CCTTT--CTT--GC-C-AAAC-T-T--G-----T---AAT-G-ATGA-TGACTC-T--T-CTGG
gi|14517 : CA--T-T-AA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-TCTAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TT---C-A--T-CTGGGG
gi|14518 : CA--T-T-GA-T----C--CTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TTTTTTAAAAAACT-GG-T-CCAAT--CTT--AC-CCAAAC-TAT--G-----T---ATG-G-ATGA-TG---C----T-CTGGGG
gi|14519 : A-T--G-C--TTATAAT-C-TTA-A--CTTACTT---------ACT-GA-TTCCGAT--TTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----CG--ATG-G-ATGA-TG---C----T-CTGG
gi|14520 : tct--T-T-GA-T--G-C--GTATA-T---T-A-G--CTTA-T-----------CT-GG-T-CCA----CTT--GC-C--AAC-A-T--G-----T---ATG-G-ATGA-TGA--C-T--T-CTGGGG
gi|14521 : ATA-T-C-T-A-A--ATAA-TT---------ATT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-T--T-----C---ATG-G-ATGG-T
gi|14522 : tttatcA-T--G-G--TCACA-T-C-T-A-A--ATAA-TT---------ACT-CG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-ATG---G---C-C--T-ATCGGG
gi|14523 : A-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCAAT--CTT--GC-CAAAAC-T-T--GGTATCT---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14524 : ATA-T-C-G-A-A--ATAA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-ATGG-T
gi|14525 : ATA-T-C-T-A-A--ATTA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-AT---TG---T-T--T-
gi|14526 : ATA-T-C-T-A-T--ATTA-TG---------ACT-GG-T-CTAAT--CGT--CA-CTAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATG--TG---A-T--T-CTG
gi|14527 : ATA-T-C-T-A-A--ATAA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-ATGG-T
gi|14528 : ATA-T-T-T-A-A--ATAA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-ATGG-TC---A-T--T-CAGG
gi|14529 : T--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTAGG
blockSeqs : GT A CG A CG G ACC A G C T G AC C TTTTAAAAA A T T TC TGCC T A AA GTATCT T C T ACT TAG G
blockSeqs : . . T . T . C . . . . . . . . . . A T GTC . . . TATA . . T A TT .
blockSeqs : . . G . . . C . . . . . . . . . . A . CCA . . . TTTC . . . . TA .
blockSeqs : . . T . . . C . . . . . . . . . . T . CAA . . . CCA . . . . T .
blockSeqs : . . G . . . C . . . . . . . . . . . . CC . . . TT . . . . T .
blockSeqs : . . T . . . T . . . . . . . . . . . . GC . . . CG . . . . T .
blockSeqs : . . G . . . T . . . . . . . . . . . . CC . . . C . . . . T .
blockSeqs : . . A . . . C . . . . . . . . . . . . CC . . . T . . . . T .
blockSeqs : . . G . . . C . . . . . . . . . . . . CC . . . C . . . . T .
blockSeqs : . . T . . . C . . . . . . . . . . . . CC . . . C . . . . T .
blockSeqs : . . G . . . C . . . . . . . . . . . . GC . . . T . . . . T .
blockSeqs : . . G . . . C . . . . . . . . . . . . AT . . . C . . . . T .
blockSeqs : . . G . . . C . . . . . . . . . . . . GC . . . C . . . . T .
blockSeqs : . . A . . . C . . . . . . . . . . . . GC . . . C . . . . A .
blockSeqs : . . G . . . C . . . . . . . . . . . . CC . . . T . . . . T .
blockSeqs : . . G . . . T . . . . . . . . . . . . AC . . . C . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . CC . . . T . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . GC . . . C . . . . T .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . CA . . . T . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . T . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . C . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CA . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . CA . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . CA . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . CA . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . CA . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . CC . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . C . .
blockSeqCons :
originalCons : TGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
finalCons : TGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
Alignments
lowQualScore : 22 2 44 1 44 1 222 1 1 1 1 1 11 1 555555555 1 1 5 0 33 33333 1 1 11 777777777 1 1 2 444 3333 1
lowQualScore : .. . .. . .. . ... . . . . . .. . ......... . . . . .. ..... . . .. ......... . . . ... .... .
lowQualScore : 99 1 33 8 33 8 888 4 4 4 4 4 99 4 555555555 4 4 5 9 33 55555 4 4 99 999999999 4 4 9 444 9999 6
consensus : TGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
Reference ( family-557 ) : TGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14500 : TGCA--T-T-TA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---T-T--T-CTGGG
gi|14501 : TGCA--T-T-TA-T--G-T--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--CC-CCAACC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGAG
gi|14502 : TGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--CTT--GC-CCAAAC-T-T--G-----T---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14503 : TGTA--T-T-TA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCGAT--C-T--CC-CCAAAC-T-T--GT----T---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14504 : TGAA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CATA-TT---------ACT-GA-T-CCTAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTAGGG
gi|14505 : TGCA--T-T-TA-TCGG-C--TTATA-T-C-T-A-AACCTTA-TT---------ACT-GA---CCGAT--CTT--CC-CAAACC-T-T--G-----CCA-ATG-G-ATGATTG---CTT--T-CTGGGG
gi|14506 : TGCA--T-TCGA-T--G-CACCTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TT---------ACTAGG-T-CCAATTCCTTG-TC-CCAAACTT-T--G-----TATAATG-G-ATGA-TG---C-T--T-
gi|14507 : TGCAGTT-T-GA-T--G-C--TTATA-T-C-T-A-A--CTT---T---------ACT-GG-A-TTGAA--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C----TG-G-ATTA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14508 : TGCA--T-T-AA-T--GGC--CT-TA-T-C---A-G--CT-A-TT---------ACT-G--T-CAGATT-CTT--GC-CCAA-C-C-T--G-----T---ACG-GCATGA-TG---C-T--T-CTGGG
gi|14509 : TGCA--T-T-GAAT--G-C--CTATA-TGC-T-A-A--TTTA-TT---------ACT-GG-TTCCGAT--TTC--CCACTTAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGG-TG---C----T-CTGGG
gi|14510 : --CCATA-T-C-T-A-A----TA-AT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CAACCAAAC-T-C--G-----C---ATG-G-ATG
gi|14511 : tgcagctttaaaTGCA--T-T-TA-T--G-T---TATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT----------CT-GA-TACCGAT--CTT--AT-CCAAA--T-TAAG-----C---ATGTG-ATGATTG---C-TA-T-CTGGGG
gi|14512 : TGCA--T-T-GA-TT-G-C--CTATA-T-C---A-G--CTTA-TT---------ACT-GGTT-CCAAT--CTT---G-CCAAAC-T-T--------T---ATG-G-ATGA-T------T--T-CTGAG
gi|14513 : TGTA--T----A-T--G-C---TATA-T-CCT-AGA--CTTA-TT---------ACT-GA-TACCGAT--CTT--GC-C--AAC-T-T--GTTT--C---AAT-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14514 : tgcaTGCA--T-T-GA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCAAT--CT
gi|14515 : TGCA--TAT-GA-T--G-C---TCTA-T-T-C-A-G--CTT--TT---------ACT-AG-T-CCAAT--CTTTGCC-GCAACC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGT-CG---C-TAGTGCTGGGG
gi|14516 : GCA--T-T--A-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-C--AATA-TT---------A-T-GG-T-CCTTT--CTT--GC-C-AAAC-T-T--G-----T---AAT-G-ATGA-TGACTC-T--T-CTGG
gi|14517 : CA--T-T-AA-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-A--CTTA-TT---------ACT-GG-T-TCTAT--CTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TT---C-A--T-CTGGGG
gi|14518 : CA--T-T-GA-T----C--CTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TTTTTTAAAAAACT-GG-T-CCAAT--CTT--AC-CCAAAC-TAT--G-----T---ATG-G-ATGA-TG---C----T-CTGGGG
gi|14519 : A-T--G-C--TTATAAT-C-TTA-A--CTTACTT---------ACT-GA-TTCCGAT--TTT--CC-CCAAAC-T-T--G-----CG--ATG-G-ATGA-TG---C----T-CTGG
gi|14520 : tct--T-T-GA-T--G-C--GTATA-T---T-A-G--CTTA-T-----------CT-GG-T-CCA----CTT--GC-C--AAC-A-T--G-----T---ATG-G-ATGA-TGA--C-T--T-CTGGGG
gi|14521 : ATA-T-C-T-A-A--ATAA-TT---------ATT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-T--T-----C---ATG-G-ATGG-T
gi|14522 : tttatcA-T--G-G--TCACA-T-C-T-A-A--ATAA-TT---------ACT-CG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-ATG---G---C-C--T-ATCGGG
gi|14523 : A-T--G-C--CTATA-T-C-T-A-G--CTTA-TT---------ACT-GG-T-CCAAT--CTT--GC-CAAAAC-T-T--GGTATCT---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTGGGG
gi|14524 : ATA-T-C-G-A-A--ATAA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-ATGG-T
gi|14525 : ATA-T-C-T-A-A--ATTA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-AT---TG---T-T--T-
gi|14526 : ATA-T-C-T-A-T--ATTA-TG---------ACT-GG-T-CTAAT--CGT--CA-CTAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATG--TG---A-T--T-CTG
gi|14527 : ATA-T-C-T-A-A--ATAA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-ATGG-T
gi|14528 : ATA-T-T-T-A-A--ATAA-TT---------ACT-TG-T-CCAAT--CTT--CA-CCAAAC-T-C--T-----C---ATG-G-ATGG-TC---A-T--T-CAGG
gi|14529 : T--CC-CCAAAC-T-T--G-----C---ATG-G-ATGA-TG---C-T--T-CTAGG