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gi|15702                      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-GC-----A-C-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT--AA-TT--A-A-A-GAATT-ACTCTAAGGCGC
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gi|15711                      :          TTATTATT--ATT-ATT-C---C-----A-T-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-A------A-A-ATTAAATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15712                      :      ttatTTATTATT--ATG-ATT-AT-GC-----A-C-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TT--A-A-A--GAATT-ACTCTAAGGCGC
gi|15713                      : ttattattaTTATTATT--ATT-ATT-CT-A--------------TAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TC---------AGATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15714                      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-AC-----ACC-A-CTTAT-AAA--GCGCC
gi|15715                      :          TTATTATT--ATT-ATT-ATAGC-----A-C-A--TTAT-ATA--GCGCCCTAT-T-AA-TT--A-A-AG-AAATT-ACTCT-AGGCGCt
gi|15716                      :           TATTATT--ATT-ATTTAT-GC-----A-C-A-TTTATTATA--GCGCCCTATAT-AA-TT--A-A-A--AAATT-ACCCTAAGGCGC
gi|15717                      :           TATTATT--ATT-ATTTAT-GC-----A-C-A-TTTATTATA--GCGCCCTATAT-AA-TT--A-A-A--AAATT-ACCCTAAGGCGC
gi|15718                      :           TATTATT--ATT-ATT-AT-TCT----A-T-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TC---------AGATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15719                      :           TATTATT--ATT-ATT-AT-TCT----A-T-A-TTTAT-AT---GCACCCTATAT-AA-TC--A-G-A-----TT-ACCCTAAAGCGC
gi|15720                      :            ATTATT--ATT-AGT-AT-AC-----AAC-A-CTTAT-AAA--GTGCCTTATAT-GA-TC--A-GTA--AAATC-ACTCTAAAGCGC
gi|15721                      :            ATTATT--ATT-ATT-AT-TCT----A-T-A-TTTAT-ATA--GCGCCTTATAT-AA-TC---------AGATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15722                      :             TTATT--ATT-ATT-AT-GC-----A-CCA-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT--A-TG--T-A-A--AAATT-ACTCT-AAGCGC
gi|15723                      :              TATT--ATT-ATT-AT-GC-----A-C-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TT--A-A-A--AAATT-ACCCCAAGGCGC
gi|15724                      :              TATT--ATT-ATT-AT-GC-----A-C-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TTAAA-A-A--AAATT-ACCCTAAGGCGC
gi|15725                      :                TT--ATT-GTT-AT-----------------AT-ATA--GCGCCTTATAT-AA-TT--ATC-A--AAATT-ACTCTAAAGCGC


blockSeqs                     :                  TT   C   T  AA GTACA CC  A     T   AA           G  T  AAATT         A
blockSeqs                     :                  .    .   T  AG A     AC  .     T   .            .  .  AAAAA         .
blockSeqs                     :                  .    .   .  A  A     CC  .     T   .            .  .  AGTA          .
blockSeqs                     :                  .    .   .  A  T     C   .     .   .            .  .  AGTA          .
blockSeqs                     :                  .    .   .  A  A     C   .     .   .            .  .  AGTA          .
blockSeqs                     :                  .    .   .  G  T     C   .     .   .            .  .  AAAG          .
blockSeqs                     :                  .    .   .  G  T     C   .     .   .            .  .  AGTA          .
blockSeqs                     :                  .    .   .  T  T     C   .     .   .            .  .  ATCA          .
blockSeqs                     :                  .    .   .  G  T     T   .     .   .            .  .  ATA           .
blockSeqs                     :                  .    .   .  T  T     C   .     .   .            .  .  AAA           .
blockSeqs                     :                  .    .   .  G  T     T   .     .   .            .  .  AAA           .
blockSeqs                     :                  .    .   .  T  T     T   .     .   .            .  .  GTA           .
blockSeqs                     :                  .    .   .  G  .     C   .     .   .            .  .  AAG           .
blockSeqs                     :                  .    .   .  T  .     T   .     .   .            .  .  AAA           .
blockSeqs                     :                  .    .   .  T  .     T   .     .   .            .  .  AAA           .
blockSeqs                     :                  .    .   .  G  .     T   .     .   .            .  .  AAA           .
blockSeqs                     :                  .    .   .  A  .     C   .     .   .            .  .  AAA           .
blockSeqs                     :                  .    .   .  A  .     C   .     .   .            .  .  AAA           .
blockSeqs                     :                  .    .   .  G  .     C   .     .   .            .  .  AGA           .
blockSeqs                     :                  .    .   .  G  .     C   .     .   .            .  .  TAA           .
blockSeqs                     :                  .    .   .  T  .     T   .     .   .            .  .  AAA           .
blockSeqs                     :                  .    .   .  T  .     T   .     .   .            .  .  .             .
blockSeqs                     :                  .    .   .  A  .     T   .     .   .            .  .  .             .
blockSeqs                     :                  .    .   .  T  .     C   .     .   .            .  .  .             .
blockSeqs                     :                  .    .   .  G  .     C   .     .   .            .  .  .             .
blockSeqs                     :                  .    .   .  G  .     .   .     .   .            .  .  .             .
blockSeqs                     :                  .    .   .  G  .     .   .     .   .            .  .  .             .
blockSeqs                     :                  .    .   .  .  .     .   .     .   .            .  .  .             .
blockSeqs                     :                  .    .   .  .  .     .   .     .   .                                 


blockSeqCons                  :                                 *****                                  AAA******
originalCons                  :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-GC-----A-C-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TC--A-A-A--AAATT-ACCCTAAAGCGC
finalCons                     :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-GC-----A-C-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TCAAA------AAATT-ACCCTAAAGCGC





Alignments
lowQualScore                  :                                 11111                                  111111111                  
lowQualScore                  :                  11   1   2  66 99999 333 1     4   11           1  1  777777777     1            
lowQualScore                  :                  ..   .   .  .. ..... ... .     .   ..           .  .  .........     .            
lowQualScore                  :                  88   3   7  11 33333 888 3     0   88           4  4  555555555     4            
consensus                     :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-GC-----A-C-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TC--A-A-A--AAATT-ACCCTAAAGCGC
Reference ( family-556 )      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-GC-----A-C-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TC--A-A-A--AAATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15696                      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-ACA----A-C-A-CTTAT-AAA--GCGCCTTATAT-GA-TC--A-GTA--AAATC-ACTCTAAAGCGC
gi|15697                      :          TTATTATT--ATT-ATT-ATAACA----A-C-A-CTTAT-A-A--GCGCCTTATATGAA-TC--A-T-A--AAATCAACTCTAAAGCGC
gi|15698                      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-ACA----A-C-A-CTCAT-AGA--GCGCCTTATAT-GA-TC--A-GTA--AAATC-ACTCTAAAGAGC
gi|15699                      :          TTATTACT--ATT-ATA-AT-AC-----A---A-TATAT-ATAAAGCGCCCCATAT-GA-TC--A-GTA--AAATC-ATCCGAAAGCGC
gi|15700                      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-ATGTACAA-C-A-TTTAT-AAA--ACGTCTTATAT-GT-TT--A-GTA--AAGCC-ACTCTAATGCAC
gi|15701                      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-GC-----A-C-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TT--A-A-A--AAATT-ACCCTAAGGCGC
gi|15702                      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-GC-----A-C-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TT--A-A-A--GAATT-ACTCTAAGGCGC
gi|15703                      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-TCT----A-T-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TC---------AGATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15704                      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-GCA----A-C-A-CTCTT-A----------TATAT-GATTT--G-T-A--AAATC-ACTCTAAAGCGC
gi|15705                      :          TTACTATT--ATT-ATT-AT-TCT----A-T-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TC---------AAATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15706                      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-GC-----A---A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AT-TA--A-A-G--AAATT-ACTCTAAGGCGC
gi|15707                      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-TCT----A-T-A-TTTAT-ATA--GCGCCCT-TAT-AA-TC---------AGATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15708                      :          TTATTATTTTATT-ATT-AT-GC-----A-C-AATTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TT--A-A-A--GAATT-ACTCTAAGGCGC
gi|15709                      :          TTATCATT--ATTCATT-AT-TCT----A-T-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TC---------AGATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15710                      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-TCT----A-T-A-TTTATTATA--GCGCCTTATAT-AA--C--A-A-A--GAATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15711                      :          TTATTATT--ATT-ATT-C---C-----A-T-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-A------A-A-ATTAAATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15712                      :      ttatTTATTATT--ATG-ATT-AT-GC-----A-C-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TT--A-A-A--GAATT-ACTCTAAGGCGC
gi|15713                      : ttattattaTTATTATT--ATT-ATT-CT-A--------------TAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TC---------AGATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15714                      :          TTATTATT--ATT-ATT-AT-AC-----ACC-A-CTTAT-AAA--GCGCC
gi|15715                      :          TTATTATT--ATT-ATT-ATAGC-----A-C-A--TTAT-ATA--GCGCCCTAT-T-AA-TT--A-A-AG-AAATT-ACTCT-AGGCGCt
gi|15716                      :           TATTATT--ATT-ATTTAT-GC-----A-C-A-TTTATTATA--GCGCCCTATAT-AA-TT--A-A-A--AAATT-ACCCTAAGGCGC
gi|15717                      :           TATTATT--ATT-ATTTAT-GC-----A-C-A-TTTATTATA--GCGCCCTATAT-AA-TT--A-A-A--AAATT-ACCCTAAGGCGC
gi|15718                      :           TATTATT--ATT-ATT-AT-TCT----A-T-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TC---------AGATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15719                      :           TATTATT--ATT-ATT-AT-TCT----A-T-A-TTTAT-AT---GCACCCTATAT-AA-TC--A-G-A-----TT-ACCCTAAAGCGC
gi|15720                      :            ATTATT--ATT-AGT-AT-AC-----AAC-A-CTTAT-AAA--GTGCCTTATAT-GA-TC--A-GTA--AAATC-ACTCTAAAGCGC
gi|15721                      :            ATTATT--ATT-ATT-AT-TCT----A-T-A-TTTAT-ATA--GCGCCTTATAT-AA-TC---------AGATT-ACCCTAAAGCGC
gi|15722                      :             TTATT--ATT-ATT-AT-GC-----A-CCA-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT--A-TG--T-A-A--AAATT-ACTCT-AAGCGC
gi|15723                      :              TATT--ATT-ATT-AT-GC-----A-C-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TT--A-A-A--AAATT-ACCCCAAGGCGC
gi|15724                      :              TATT--ATT-ATT-AT-GC-----A-C-A-TTTAT-ATA--GCGCCCTATAT-AA-TTAAA-A-A--AAATT-ACCCTAAGGCGC
gi|15725                      :                TT--ATT-GTT-AT-----------------AT-ATA--GCGCCTTATAT-AA-TT--ATC-A--AAATT-ACTCTAAAGCGC