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Alignments
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gi|22697                      :   TTGATCCCA-ATCCCGGCA-GTAA-C--AA-TT----------CTTTC-ACGCC---T---TAGTA-------------AG-TGC----GAGAATTCTCCCAAGAA-AACT-TCT--CGTACG
gi|22698                      :   TTG-TCCCA-TTTATG-CATGTAAAC--AAATTACATGTAAGTCTTTC-GCACC---T---TACCA-------------TG-TAC----AAGAATTTTCTAAAGG---AGTATCT--
gi|22699                      :   TTG-TCCCA-CTCCAG-CACATAAACAAAAATT----------GTTTC-GCACC---T---TG--A-------------T----------AGAA-TCTCCAAAGAG-AAATAACTCGCGTACG
gi|22700                      :   TCG-TTTCA-CTTCCC-CATGTAAAC--AAATT----------TTT---GCACC---T---TACTG-------------TG-TAG----GATAATTATCAAAAGAA-AAGTTAC
gi|22701                      :      -TCCCA-CTCCCG-CATGTAAAC--AAATT----------CTTTC-ACGCC---T---TAGTA-------------CG-TGC----GAGAATTCTCCAAAGAA-AAACTTCT--CGTACG
gi|22702                      :      -TTCCA-C-CCGG-CGTCCCAAC--CAATT----------CTTTTTGCGCC---T---TACCC-------------AG-CAC----AAGAGTTCTCTAGAGGG-AAATAACT--
gi|22703                      :            -CTCCTG-CATGTAAAC--AATTT----------CTTTT-GCACC---T---TACCA-------------GG-TAC----AAAATTTCTCCAAAGGG-AAATAACT--CGTATG
gi|22704                      :                 CG-CATGTAAGC--AAATT----------GTTTC-GCGCC---T---TTCTG-------------TG-TTC----GAGAGTTCTCTGAAGGG-AAATAACT--
gi|22705                      :                 CG-CATGTAAAC--AAATT----------CTTTC-GCGC----------------------------------------ATT-TCCAAAAGGTAAACAACT--CGTAC
gi|22706                      :                  G-TATGTAAAC--GAATC----------CTTCC-GCGCC---T---TACTG-------------TG-TACAC--GAGAATTCTCCAAAGGA-CAATAACT--CGTACG
gi|22707                      :                       GTATAC--AAATT----------GTTTT-GTGCC---A---TACTA-------------TG-CAC----GAGAATGCTCTAAAGGG-AAATAACT--CATAC
gi|22708                      :                        TAAAC--AAATT----------GTTTC-ACACC---T---TACTA-------------TG-TAC----GAGAATTCTTTAAAGGG-AAATAGCT--
gi|22709                      :                           AC--AAGTT----------GTTTT-GCGAC---A---TACTG-------------TG-TAC----GAGAATTCTCTAAAGGG-AAATAACT--
gi|22710                      :                                                      GTC---C---CACTA-------------TG-TACTCGTGAGAATTTTCCAAAGGA-AAATAACT--


blockSeqs                     :      A     T      G         AA     ACATGTAAGTC    T     TTA TAA     CTAGTCTATAGTA  C   TCGT                 T        CG
blockSeqs                     :      .     .      .         .      GT             .     .   AG      .              .   AC                   .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      C              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      T              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      T              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      T              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      C              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      G              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      A              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      C              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      C              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      G              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      G              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      C              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      G              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      G              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      C              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      G              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      T              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      C              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :      .     .      .         .      C              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :            .      .         .      C              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :                   .         .      G              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :                   .         .      C              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :                   .         .      C              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :                             .      G              .     .   .       .              .   .                    .        . 
blockSeqs                     :                             .      G              .     .   .       .              .   .                    .          
blockSeqs                     :                             .      G              .     .   .       .              .   .                    .          
blockSeqs                     :                                                         .   .       .              .   .                               


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATTTG-TCCCA-CTCCCG-CATGTAAAC--AAATT----------CTTTC-GCGCC---T---TACTA-------------TG-TAC----GAGAATTCTCCAAAGGG-AAATAACT--CGTACG
finalCons                     : ATTTG-TCCCA-CTCCCG-CATGTAAAC--AAATT----------CTTTC-GCGCC---T---TACTA-------------TG-TAC----GAGAATTCTCCAAAGGG-AAATAACT--CGTACG





Alignments
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lowQualScore                  :      .     .      .         ..     ...........    .     ... ...     .............  .   ....                 .        ..      
lowQualScore                  :      8     7      5         99     77777777777    4     333 222     3333333333333  3   7777                 4        00      
consensus                     : ATTTG-TCCCA-CTCCCG-CATGTAAAC--AAATT----------CTTTC-GCGCC---T---TACTA-------------TG-TAC----GAGAATTCTCCAAAGGG-AAATAACT--CGTACG
Reference ( family-549 )      : ATTTG-TCCCA-CTCCCG-CATGTAAAC--AAATT----------CTTTC-GCGCC---T---TACTA-------------TG-TAC----GAGAATTCTCCAAAGGG-AAATAACT--CGTACG
gi|22681                      : ATTTG-TCCCA-CTCCCG-CATGTAAAC--AAATT----------CTTTC-GCGCC---T---TACTA-------------TG-TAT----GAGAATTCTCCAAAGGG-AAATAACT--CTTACG
gi|22682                      : ATTTG-TCCGA-CTCCCG-CATGTAAAC--AAATT----------CTTTC-GCGCC---T---TACTA-------------TG-TAT----GAGAATTCTCTAAAGGG-AAATAACT--TGTACG
gi|22683                      : ATTTG-TCCCA-CTTGCG-CATGTTAAC--AAATT----------TTTTT-GCGCC---T---TACTA-------------TG-TAC----GAAAATTCTTCAAAGGG-AAATAACT--CATACG
gi|22684                      : ATTTG-TCCCA-CTCCCG-CATGTAAAC--AAATT----------TTTTC-ACGCC---CAG-TACTA-------------TG-TAA----GAGAATTCTCCAAACGG-AAATAACT--CATATG
gi|22685                      : ATTTG-TCCCA-CTCCTA-TATGTAAAC--AAATT----------TTTTC-ATGCC---T---TATTA-------------TG-TAC----GAGAATTCTTCAACGGG-AAATAACT--CGTACG
gi|22686                      : ATTCG-TCCCA-CTCCTG-CATGTAATC--AAATT----------CTTTC-GTGCC---T---TACTA-------------AG-TAC----AAGAATTCTCCAAAGGG-AAATAACT--TGTA
gi|22687                      : ATTTG-TTTCA-CTCCCG-CATACAAAC--AAAAT----------GTTTC-GCGCC---T---TACTA-------------TG-TAC----GAGAATTCTCCAGAGAG-AAATAAAT--CATACG
gi|22688                      : ATTTG-TCCCA-CTCCCT-CAGATAA-C--AAATT----------ATTTC-GCGCC---T---TACTA-------------TA-TAC----GAGAATTATCTAAAGGG-AAGTAACT--AGTACG
gi|22689                      : ATTTG-TCCCA-TTCCCA-CTTGTAAGC--AAATTG---------TTTTC-GCGCC---T---TCCTG-------------TG-CAC----GAGAGTTCTCTAAAGGA-AAATAACT--CGGACG
gi|22690                      : ATTTG-TCTCA-TTTCCG-CATTTAAAC--AAATT----------CTTTC-ATGCCTTAT---TACTA-------------AG-TAC----AAGAATTCTCCAAATGG-AAATAAGT--TGTACG
gi|22691                      : ATTTG-TCCCA-ATCCTG-CATTTAAAT--AAATT----------CTTTT-GTGCC---TTAATACTA-------------TG-TAC----AAGAATT
gi|22692                      : ATATG-TCCCA-CTCCCA-CACATAAGC--AAATT----------GCTTT-GCGCC---T---TACTACTAGTCTATAGTATG-TAC----GAGAATTATCCAAAGGG-AAATAAGT--
gi|22693                      : ATTTG-CCCCATCCCCCG--GTGTAAAC--AAATT----------GTTTT-TCGCC---T---CACTG-------------TG-CAC----AAGAGTTCTCTAAAGGG-AAATAACT--agac
gi|22694                      : ATTCG-TCTCC-CTC--G-CATGTAAA---ATATT----------CATTT-GCGCC---T---TGCTA-------------TGCT--------GAATTC-CCAAAGGA-AA--AACT--CGTAC
gi|22695                      :  TTTT-TCCCA-CTCCCG-CATGTAAGC--GAATC----------GTTTC-ACGCC---A---TACTC-------------TG-TAC----GAGAATTTTGCAAAGGG-AAATAAAT--CGTACG
gi|22696                      :  TTTT-TCCCA-CTCCTG-CATTGAAGC--AAACT----------GCTTC-GCTCC---T---TACTG-------------TA-TGC----AGAAATTCTCTAAAAGA-AAA-AAC
gi|22697                      :   TTGATCCCA-ATCCCGGCA-GTAA-C--AA-TT----------CTTTC-ACGCC---T---TAGTA-------------AG-TGC----GAGAATTCTCCCAAGAA-AACT-TCT--CGTACG
gi|22698                      :   TTG-TCCCA-TTTATG-CATGTAAAC--AAATTACATGTAAGTCTTTC-GCACC---T---TACCA-------------TG-TAC----AAGAATTTTCTAAAGG---AGTATCT--
gi|22699                      :   TTG-TCCCA-CTCCAG-CACATAAACAAAAATT----------GTTTC-GCACC---T---TG--A-------------T----------AGAA-TCTCCAAAGAG-AAATAACTCGCGTACG
gi|22700                      :   TCG-TTTCA-CTTCCC-CATGTAAAC--AAATT----------TTT---GCACC---T---TACTG-------------TG-TAG----GATAATTATCAAAAGAA-AAGTTAC
gi|22701                      :      -TCCCA-CTCCCG-CATGTAAAC--AAATT----------CTTTC-ACGCC---T---TAGTA-------------CG-TGC----GAGAATTCTCCAAAGAA-AAACTTCT--CGTACG
gi|22702                      :      -TTCCA-C-CCGG-CGTCCCAAC--CAATT----------CTTTTTGCGCC---T---TACCC-------------AG-CAC----AAGAGTTCTCTAGAGGG-AAATAACT--
gi|22703                      :            -CTCCTG-CATGTAAAC--AATTT----------CTTTT-GCACC---T---TACCA-------------GG-TAC----AAAATTTCTCCAAAGGG-AAATAACT--CGTATG
gi|22704                      :                 CG-CATGTAAGC--AAATT----------GTTTC-GCGCC---T---TTCTG-------------TG-TTC----GAGAGTTCTCTGAAGGG-AAATAACT--
gi|22705                      :                 CG-CATGTAAAC--AAATT----------CTTTC-GCGC----------------------------------------ATT-TCCAAAAGGTAAACAACT--CGTAC
gi|22706                      :                  G-TATGTAAAC--GAATC----------CTTCC-GCGCC---T---TACTG-------------TG-TACAC--GAGAATTCTCCAAAGGA-CAATAACT--CGTACG
gi|22707                      :                       GTATAC--AAATT----------GTTTT-GTGCC---A---TACTA-------------TG-CAC----GAGAATGCTCTAAAGGG-AAATAACT--CATAC
gi|22708                      :                        TAAAC--AAATT----------GTTTC-ACACC---T---TACTA-------------TG-TAC----GAGAATTCTTTAAAGGG-AAATAGCT--
gi|22709                      :                           AC--AAGTT----------GTTTT-GCGAC---A---TACTG-------------TG-TAC----GAGAATTCTCTAAAGGG-AAATAACT--
gi|22710                      :                                                      GTC---C---CACTA-------------TG-TACTCGTGAGAATTTTCCAAAGGA-AAATAACT--