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lowQualScore                  :    .   . .. . .   .      .............. .  ...... .  .. . .......... . .  ..   ..   ...     ............. .. .   .   .     ........  ......   ........ ..    .  .....  ... . . ...... ......     .       .  . .  . .  ....    ....    . . .....  .  ....    ..   .   .  .       
lowQualScore                  :    7   3 33 7 7   7      22222222222222 6  666666 6  44 6 0000000000 6 2  22   22   555     4444444444444 77 2   5   5     33333333  111111   00000000 00    6  00000  888 0 6 666666 999999     5       8  8 7  6 9  9999    7777    9 9 88888  9  2222    11   2   2  4       
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Reference ( gi|101079 )       : ATT-TTG-T--C-C-ATG-CCCTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAA-T-TAGGC-----------AGC-TAGATT-GCA-GTTGA---G----AA------TTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T-----AAACGC-ATCAGCA-TG-AAGA-T-AG-A-TAAAT-G--GAGC-A-A-----AT-AT-A--CAAT--CAT-TTG-AT-TTTGAAT
gi|101080                     : ATT-TTG-T--C-C-ATG-CCCTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAA-T-TAGGC-----------AGC-TAGATT-GCA-GTTGA---A----AA------TTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T-----AAGC-C-ATCAGCA-TG-AAGA-T-AG-A-CAAAT-G--GAGC-A-A-----AT-AT-A--CAAC--CAT-TTG-AT-TTTGAAT
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Alignments
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lowQualScore                  :    1   3 22 1 1 1 1      44444444444444 1  444444 1  44 1 6666666666 1 3  22   22   888     9999999999999 22     1   1     44444444  888888   99999999 22    1  33333  222 7 1 444444 777777     3       1  1 0  7 1  3  1    4444    1 1 44444  1  2222    22   2   2  2       
lowQualScore                  :    .   . .. . . . .      .............. .  ...... .  .. . .......... . .  ..   ..   ...     ............. ..     .   .     ........  ......   ........ ..    .  .....  ... . . ...... ......     .       .  . .  . .  .  .    ....    . . .....  .  ....    ..   .   .  .       
lowQualScore                  :    6   2 22 6 6 9 6      66666666666666 5  444444 5  22 5 7777777777 5 1  11   11   888     3333333333333 33     4   4     88888888  444444   66666666 00    5  88888  777 7 5 444444 222222     3       7  7 3  3 8  6  8    0000    8 8 55555  8  7777    99   1   1  2       
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Reference ( family-548 )      : ATT-TTG-T--C-C-ACG-CCCTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAA-T-TAGGC-----------AGC-TAGATT-GCA-GTTGA---G----AA------TTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T-----AAACGC-ATCAGCA-TG-AAGA-T-AG-GC-AAAT-G--GAGC-A-A-----AT-AT-A--CAAT--CAT-TTG-AT-TTTGAAT
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gi|101086                     : ATT-TTG-C--CGC-ATG-TCCTTC--------------A-AC------TTCC--G-G----------C-CTAT--TTT--TAA-TCTAGGC-----------AGC-TAGATT-GCA-GCTGA---G----AA------TTG--------A--TTT--TA-----AA---ATT-G------T------AACGC-ATCAAC---G-AAGAGT-AG-AC--AAT-G--GAGC-A-A-----AT-AT-A--CA
gi|101087                     : ATT-TTG-C--C-G-ATG-TCCTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-CAAT--TTT--TAA---TAGGC-----------AGC--AATTT-GCAGGCTGA--------AA------TTG--------A--TTTC-TA-----AA---ATT-G------T------AACGC-ATCAAC--TGAAAGAGTAAG-AC-AAAT-G--GAGCAA-A-----AT-AT-A--CAGT--CGT-GTGTATGTTTGAAT
gi|101088                     : ATT-TTGGT--C-C-ATG-CCTGTC--------------A-AC------T-C---G-G----------C-C-AT--TTT---AA-T-TAGGC-----------A---------------TTGA---G----AA------TTGG-------A--TTTC-TA-----AA---AAT-G------T-----AA-CGCCATCAGTA-TG-AAGA-T-AG-AT-AAATTG--GAGC-A-A-----AT-AT-A--CAAT--CAT-TTG-AT-TTTGGAT
gi|101089                     : ATT-TTGGT--C-C-ATG-CCTGTC--------------AGAC------T-C---G-G----------C-A-AT--TTT----A-T-TAGGC-------------C-TA---T-G-A-GT-GA---G----AA------TTG--------AGATTTCGTA-----AA---A-T-G------T-----AA-CGC-ATCAGTACTG-AAGA-T-AGCACTAAAT-G--GAGC-A-A-----AT-AT-A--CAAT--CAT-TTG-AT-TTAGGAT
gi|101090                     : ATTATTG-T--C-C-AAT-CTCTTC--------------A--C------T-TC--G-A----------T-C-AT--TTT--TA----------------------------TT-GCA--TTGA---G----AA------TTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T-----AAACGC-ATCAGCA-AT-AAGAGT-AG-AC-AAAT----GAAC-ACA-----AT-AT-A--CAAC--CAT-TTA-AT-TT
gi|101091                     : ATT-TTG-T--T-C-ATG-CCCTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------G-C-AT--TTA--TAA-G-TAGAC-----------AGC-TAGATT-GCA-GTAGA---G----AA------TTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------
gi|101092                     : ATT-TTG-T--T-T-ACG-TCTTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAAAT-TAGGC-----------AAC-TAGATT-GCA-GTTGA---T----AA------TTG--------A--
gi|101093                     : ATT-TTG-T--T-TTACG-TCTTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAATT-TAGGCA----------AAC-TAGATT-GCA-GTTGA---T----AA------TTGACCAAATCA--TTTT-TATTTTTGA---A-T-G------T-----AAA
gi|101094                     : ATT-TTG-T--C-C-ATG-TCCTTC--------------A-AC------T-CT--G-A----------C-C-AT--TTT--TAA-T-TGGAC-----------AAC-TAGATT-GCA-GTT
gi|101095                     : ATT-TTG-T--C-C-ACG-CCCTTCTACATTGAAATCCTA-AA------T-CC--G-C----------C-C-AT--CTT--TA----TGGGA-----------AAC-TA----------------------AA------TTG--------A--TTTT-TA-----CA---A-T-G------T-----TGAAGC-AACATCA-TG-ATGA-T-AT-GC-AAAT-A--GAGG-A-A-----AT-AT-----GAT--CAT-TAG-A
gi|101096                     : ATT-TCT-T--C-C-ACG-CCCTTCTTTATTGA------A-GCCCTAGAT-CC--G-C----------C-T-AT--GCT--TAA-----GG----------------TAAATT-GCA-GA-GA---GGCTAAA------TCG--------A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T-----TAAAGG-ACCGTCA-TG-ATGG-T-AT-GC-AAAT-A--AAGC-A-A-----AT-AT-----AAT--TGT-TAG-AT-TTAGAA
gi|101097                     : ACT-TT--T--C-C-ACG-CCCTTC--------------T-AC------A-TC--G-AAATCCTAAATC-C-AC--TCA--TGC-T-TAAG-------------GC--AAATT-GCA-ATGAA---G----AAACTAAATTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T--------TGT------CA-TG-ATGA-T-AT-GC-AAAT-G--GAGC-A-A-----AT-AT-----GAT--TAT-TAT-AT-CTTGA
gi|101098                     :  TT-TTG-T--C-C-ATGGCCCTTC--------------A-AC------T-CC--GTG----------C-C-AT--TTTACTAAAT-TAGGC-----------TGCCTAGATCCGCA-GTTGA---G----AA------TTG--------A--TTTC-TA-----CACGCA-T-G------T-----AAACGC-ATCAGTA-TG-AAGATT-AGAGC--AAT-GCAGAGC-A-A-----ATAAT-AGCTAATCCCAT-TGA-AT-TTTAAAT
gi|101099                     :  TC-TTG-T--C-C-CCT-CCCTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAA-A-AAGGC-----------AGC-TAGATC-GCA-GTTGA---G----AA------TTGATAA----A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T-----AAACGC-ATCAGTA-TG-AAG
gi|101100                     :  TT-TTG-T--C-C-ATG-CCCTTC--------------C-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAA-T-TAGGCTANNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNN-NNNNN---N----NN------NNN--------N--NNNN-NN-----NN---N-N-N------N-----NNNNNN-NNNNNNN-NN-NNNN-N-NN-NC-AAAT-G--GAGC-A-A-----AT-AT-G--CAAT--CAT-TTG-AT-TTCGAAT
gi|101101                     :  TT-TTG-T--T-T-ACG-TCTTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAAAT-TAGGC-----------AAC-TAGATT-GCA-GTTGA---T----AA------TTG--------A--
gi|101102                     :   T-TTG-TTTC-C-ATG-CCCTTC--------------A-AC------T-CCCGA-G----------CTC-AT--TTT--TAA-TCTGGGC-----------AAC-TAGATT-GCA-GTTGA---A----AA------CTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T-----AAACGC--------------------------AAT-G--GAGC-A-A-----CT-AT-A--CAAT--CAT-TTG-AT-TT
gi|101103                     :   T-TTG-T--C-T-ATG-CCCTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-G-----T--TAA-T-C---T-----------AGC--AGGTT-GCA-GTTTATTTA----AATAT---TTG--------A--TTT---------GA---A-T-G------TCAAAGAAAGGC-AT
gi|101104                     :                        TT--------------A-AA------T-CC--G-T----------C-C-ATGCTTT--AAA-A-TAGGC-----------A----AAATT-GCA-GTCGA---G----AAGCTAA-TTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-TCG------T-----AA
gi|101105                     :                                                                                                             AAATT-GCA-GTGGA---G----AAGCTAAATTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T-----TAAAGA-ATCATCT-TG-ATGA-T-AT-GC-AAAT-A--GAGC-A-A--------AT-A--CAAT--TAC-----GT-TTTGAAT
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Alignments
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lowQualScore                  :    .   . .. . . . .      .............. .  ...... .  .. . .......... . .  ..   ..   ...     ............. ..     .   .     ........  ......   ........ ..    .  .....  ... . . ...... ......     .       .  . .  . .  .  .    ....    . . .....  .  ....    ..   .   .  .       
lowQualScore                  :    6   2 22 6 6 9 6      66666666666666 5  444444 5  22 5 7777777777 5 1  11   11   888     3333333333333 33     4   4     88888888  444444   66666666 00    5  88888  777 7 5 444444 222222     3       7  7 3  3 8  6  8    0000    8 8 55555  8  7777    99   1   1  2       
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Reference ( family-548 )      : ATT-TTG-T--C-C-ACG-CCCTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAA-T-TAGGC-----------AGC-TAGATT-GCA-GTTGA---G----AA------TTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T-----AAACGC-ATCAGCA-TG-AAGA-T-AG-GC-AAAT-G--GAGC-A-A-----AT-AT-A--CAAT--CAT-TTG-AT-TTTGAAT
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gi|101098                     :  TT-TTG-T--C-C-ATGGCCCTTC--------------A-AC------T-CC--GTG----------C-C-AT--TTTACTAAAT-TAGGC-----------TGCCTAGATCCGCA-GTTGA---G----AA------TTG--------A--TTTC-TA-----CACGCA-T-G------T-----AAACGC-ATCAGTA-TG-AAGATT-AGAGC--AAT-GCAGAGC-A-A-----ATAAT-AGCTAATCCCAT-TGA-AT-TTTAAAT
gi|101099                     :  TC-TTG-T--C-C-CCT-CCCTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAA-A-AAGGC-----------AGC-TAGATC-GCA-GTTGA---G----AA------TTGATAA----A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T-----AAACGC-ATCAGTA-TG-AAG
gi|101100                     :  TT-TTG-T--C-C-ATG-CCCTTC--------------C-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAA-T-TAGGCTANNNNNNNNNNNN-NNNNNN-NNN-NNNNN---N----NN------NNN--------N--NNNN-NN-----NN---N-N-N------N-----NNNNNN-NNNNNNN-NN-NNNN-N-NN-NC-AAAT-G--GAGC-A-A-----AT-AT-G--CAAT--CAT-TTG-AT-TTCGAAT
gi|101101                     :  TT-TTG-T--T-T-ACG-TCTTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAAAT-TAGGC-----------AAC-TAGATT-GCA-GTTGA---T----AA------TTG--------A--
gi|101102                     :   T-TTG-TTTC-C-ATG-CCCTTC--------------A-AC------T-CCCGA-G----------CTC-AT--TTT--TAA-TCTGGGC-----------AAC-TAGATT-GCA-GTTGA---A----AA------CTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T-----AAACGC--------------------------AAT-G--GAGC-A-A-----CT-AT-A--CAAT--CAT-TTG-AT-TT
gi|101103                     :   T-TTG-T--C-T-ATG-CCCTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-G-----T--TAA-T-C---T-----------AGC--AGGTT-GCA-GTTTATTTA----AATAT---TTG--------A--TTT---------GA---A-T-G------TCAAAGAAAGGC-AT
gi|101104                     :                        TT--------------A-AA------T-CC--G-T----------C-C-ATGCTTT--AAA-A-TAGGC-----------A----AAATT-GCA-GTCGA---G----AAGCTAA-TTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-TCG------T-----AA
gi|101105                     :                                                                                                             AAATT-GCA-GTGGA---G----AAGCTAAATTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T-----TAAAGA-ATCATCT-TG-ATGA-T-AT-GC-AAAT-A--GAGC-A-A--------AT-A--CAAT--TAC-----GT-TTTGAAT
gi|101106                     :                                                                                                                 T-GCA-GTGGA---G----AAGCTAAATCG--------A--TTTC-TT-----TA---A-T-G------TTTA--AAAAGC-ACCATCA-TG-ATAA-T-AT-GC-AAAT-C--GAGC-A-A-----AT-GTAA--TAAT--TACATTA-AT-TTTGA
gi|101107                     :                                                                                                                         TGA---G----AA------TTG--------A--TTTC-TA-----AA---AAT-G------T-----AA-CGCCATCAGTA-TG-AAGA-T-AG-AT-AAATTG--GAGC-A-A-----AT-AT-A--CAAT--CAT-TTG-AT-TTTGGAT
gi|101108                     :                                                                                                                                                                                                 C-ATCAGCA-TG-AAGA-T-AG-AC-AAAT-G--GAGC-A----------AT-A--CAA


blockSeqs                     :    A   G TT G T T G      TACATTGAAATCCT G  CCTAGA T  CT T AATCCTAAAT T T  GC   AC   TC      TANNNNNNNNNNN CT     C   G     GGCTA     ACTAAA   ACCAAATC GA    G  TTTTT  CGC A C TAAAGT CAAAGA     C       C  A    G A  C  T    GCA     A C AATAT  A  AGC     CC   A   T  G
blockSeqs                     :    .   G .  . . T .      TTTATTGA       .  .      .  CG . .          . A  .    .    AT      AAA           T      .   .     TTTA      GCTAAA   ATAA     .     .  .      .   T . .      TTAA       C       .  .    G .  A  .    TG      . . .      .  AA      .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    TT      AG            T      .   .     A         GCTAAA   G        .     .  .      .   T . .      A          .       .  .    G .  .  .    TG      . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    AT      AG            T      .   .     G         GCTAA    .        .     .  .      .   A . .      A          .       .  .    T .  .  .    G       . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    AT      AG            T      .   .     G         TAT      .        .     .  .      .   A . .      A          .       .  .    . .  .  .    G       . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    TC      AG            T      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      A          .       .  .    . .  .  .    G       . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    T       AA            T      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      A          .       .  .    . .  .  .    G       . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    T       AG            T      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      A          .       .  .    . .  .  .    G       . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    T       AG            T      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      A          .       .  .    . .  .  .    G       . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    T       AG            T      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      A          .       .  .    . .  .  .    G       . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . A .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    T       AA            T      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      A          .       .  .    . .  .  .    G       . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    T       AA            T      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      A          .       .  .    . .  .  .    A       . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . C .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    T       AA            T      .   .     T         .        .        .     .  .      .   . . .      T          .       .  .    . .  .  .    A       . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . C .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    T       TG            T      .   .     T         .        .        .     .  .      .   . . .      T          .       .  .    . .  .  .    G       . . .      .  G       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    G       AG            T      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      A          .       .  .    . .  .  .    G       . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . C .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    T       AA            N      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      A          .       .  .    . .  .  .    G       . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . C .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    T       AA            T      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      N          .       .  .    . .  .  .    A       . . .      .  A       .    .   .  .
blockSeqs                     :    .   . .  . . C .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    A       AG            T      .   .     N         .        .        .     .  .      .   . . .      A          .       .  .    . .  .  .    C       . . .      .  A       .    .   .   
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    T       A             .      .   .     T         .        .        .     .  .      .   . . .      A          .       .  .    . .  .  .    G       . . .      .  .                    
blockSeqs                     :    .   . .  . . C .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    T       A             .      .   .     A         .        .        .     .  .      .   . . .      T          .       .  .    . .  .  .    .       . . .      .  .                    
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    A       G             .      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      A          .       .  .    . .  .  .    .       . . .      .  .                    
blockSeqs                     :    .   . .  . . C .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    .       A             .      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      .          .       .  .                                                            
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    .       .             .      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      .          .                                                                       
blockSeqs                     :    .   . .  . . T .      .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    .       .             .      .   .     G         .        .        .     .  .      .   . . .      .                                                                                  
blockSeqs                     :                          .              .  .      .  .  . .          . .  .    .    .       .             .      .   .     .         .        .        .     .  .      .   . . .                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                  .   .     .         .        .        .                                                                                                                 
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Reference ( family-548 )      : ATT-TTG-T--C-C-ACG-CCCTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAA-T-TAGGC-----------AGC-TAGATT-GCA-GTTGA---G----AA------TTG--------A--TTTC-TA-----AA---A-T-G------T-----AAACGC-ATCAGCA-TG-AAGA-T-AG-GC-AAAT-G--GAGC-A-A-----AT-AT-A--CAAT--CAT-TTG-AT-TTTGAAT
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gi|101101                     :  TT-TTG-T--T-T-ACG-TCTTTC--------------A-AC------T-CC--G-G----------C-C-AT--TTT--TAAAT-TAGGC-----------AAC-TAGATT-GCA-GTTGA---T----AA------TTG--------A--
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