lowQualScore : 111
lowQualScore : 0 33 99 3333 44 6666 444 4 3333 3 4 444 2222 444 22 444444 777777 33333 1 3 3 888 1 1 5 1 22 222 0
lowQualScore : . .. .. .... .. .... ... . .... . . ... .... ... .. ...... ...... ..... . . . ... . . . . .. ... .
lowQualScore : 7 11 44 5555 00 6666 444 8 1111 1 0 111 4444 111 00 333333 222222 77777 5 0 3 888 7 7 2 7 44 555 6
consensus : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAAT-CT----GT--ACA----A---T-GC---CTT-TGAA---AAGG--C-GTG---AT--TTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTTT--GC-AAA-A-TG-TGG--TAC--AAAATCTGT
Reference ( gi|86629 ) : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAAG-CT----GT--ACA----A---T-GC---CTT-TGAA---AAAG--C-GTG---AT--TTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTTT--AC-AAA-A-TG-TGG--TAC--TAAATCTAT
gi|86630 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAAG-CT----GT--ACA----A---T-GC---CTT-TGAA---AAAG--C-ATG---AT--TTT------GA------GAGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTTT--GC-AAA-A-TG-TGG--TAC--TAAATCTAT
gi|86631 : CATACATGTCATAATTTTTCAACCC-CAAAG-CT----GT--ACA----A---T-GC---CTT-TGAA---AAAT--C-GTG---AT--TTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTTT--GC-AAA-A-TG-TGG--TAC--TAAATCTAT
gi|86632 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAAG-TT----GT--ACA----A---T-GC---CTT-TGAA---AAAG--C-GTG---AT--TTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AG-TT--GC-AAA-A-TG-TGG--TACTATAAATCTAT
gi|86633 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAAG-CTAGCTGT--ACA----A---C-GC---CTT-TGAA---AAAG--C-GTG---AT--TTT------TA------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACA-AGTTT--GC-AAA-A-TG-TGG--TAC--TAAATTTAT
gi|86637 : CATACATGTGATAGTTTTTCAATCC-CAAAT-CT----GT--ACA----T---T-GC---CTT-TGAA---AAAG--C-GTA---AT--TTT------GA------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACA-AGTTT--GC-AAA-A--G-TGG--TAC--TAAATC
gi|86638 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAAG-CT----GT--ACA----A---T-G----------AA---AAAG--C-GTG---AT--TTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTTT--GC--AA-A-T--TGG--TAC--TAAATCTAT
gi|86635 : CATACATGTGAAAAATTTTCAATCC-CAAAT-CT----GT--ACA----A---T-GC---CTT-TAAA---AAGG--T-GTG---AT--TTT------GA------GTGA-----AAAATTTGTA-C-ACA-AGTTT--GC-AAA-A-TG-TGG--TAC--TAAACCTGT
gi|86634 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCA-CAAAT-CT----GT--ACA----A---T-GC---ATT-TAAA---AAGG--T-ATG---AT--TTT------GA------GTGA-----AAAATTTGTA-C-ACA-AGTTT--GC-AAA-A-TG-CGG--TAC--AAAATCTGTa
gi|86636 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCA-CAAAT-CT----GT--ACA----A---T-GA---CTT-TAAA---AAGG--T-GTG---AT--TTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTTT--GC--AA-A-CA-TTG--TAC--AAAATCTGTa
gi|86639 : CATACATGTGATGATTTTTCAAGCA-CAAAG-CT----GT--ACA----A---T-GC---CTT-TATA---AAGG--T-GTG---A---TTT------GA------GTGA-----ACAATCTGTA-C-ACA-ACTTT--GCGAAA-A-TG-TGG--TAC--AAAATCTGTa
gi|86640 : CATACATGTGATAACTTTTCAACCA-CAAAT-CT----GT--ACA----A---T-GC---TAT-TAAC---AAGG--T-GTG---AT--TGT------AA------GTG------AAAATATGTT-C-ACA-AGTTT--GC-AAA-A-TG-TGG--TAC--AAAATa
gi|86641 : CATACATGCGATAATTTTTCAACCC-CAAAG-CT----GTTAACA----GACCT-G----CTT-TGAAT--AAAG--C-GTG---AT--TTT------GA------GTGA-----AAAG-CTGTA-CAACA-ACTTT--GC-AAA-G-TG-TGG--
gi|86642 : CATACATATGATAATTTGTCAAGCA-CAAAT-CT----GT--ACA----A---T-GT---CTTAT--A---AAGG--T-GTG---A---TTT------GA------GGGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTTG--CA-AAA-A-TG-TGGGTTAC--AAAATCTGT
gi|86643 : CATGCATGTGATAATGTGTCAACCA-CAAAT-TT----GC--ACG----A---T--C---CTG-T--A---AAGG--T-GTG---GT--ATT------GA------GTGA-----AAAATTTGTA-C-ACA-TGTTT--GC-AAA-A-TG-TGG--TAC--AAAATCTGTa
gi|86644 : CATACATGTGATAATTTG--AAGCCACAAAT-GT----GTT-ACA----A---T-GC---CTT-T--ATTTAAAG--T-CTG---ATGATGT------GAA-----GTGA-----AAAATCTGTA-T-ACA-AGTTT--GC-AAATA-TG-TGT--TAC--AAAATCTa
gi|86645 : CATA-ATACAGTATTTTTTCAAACA-CAAAT-AT----GT--ACA----A---T-GC---CGT-TCAA---AAGG--T-GCG---AT--TTT------GA------GTGC-----AAAATCTGTA-C-ACA-Ag
gi|86647 : CATACCTGTGATAATTTTTCAAGCA-CAAAT-CT----GT--ACA----A---T-GC---CTT-T
gi|86646 : CATACCTGTGATAATTTTTCAAGCA-CAAAT-CT----GT--ACA----A---T-GC---CTT-T
gi|86648 : CATACATGTTATAAATTTGAGAACC-GAAAT-CT----GT--ACAG---G---TAGC-----T-TGAA---AAAT--C-TGG---AT--TTT------G-------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-AC
gi|86650 : CATACATGTGATAAATTTGAGAACC-GAAAT-CT----GT---CA----GG--TAGC-----T-TGAA---AAAT--C-TAGA--AT--TTT------G-------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACtactcatctaaaatctgtacacaaaa
gi|86649 : CATACATGTGATAAATTTGAGAACC-GAAAT-CT----GT--ACAG---G---TAGC-----T-TGAA---AAAT--CAGGA---AT--TTT--------------GTGA-----ATAAACTGTA-C-ACtactcatctaaaatctgtacacaaaa
gi|86651 : ATGTAATAGTTTTTCAACCC-CAAAT-CT----GT--ACATTGAA---T-GC---TGTATGAA---G--G--C-GTT---AT--TTT------GA------GTGA-----AAAATCT-TAGC-ACA-AGTTG--GC-CAA-A-TG-TGT--TAC--AAAATCT
gi|86652 : TGATAATTTTGTAACCA-CAAAT-CT----GT--ACA----A---T-GC---ATC-TAAA---AAGG--T-GTG---AA--TTT------GA------GTGT-----CGCCTCT-TA-CGAC--ACTTT--GC-AAA-A-TG-TGG--TAC--AAAATg
gi|86653 : TAATTTTTCAACTG-CAGATTCT----GT--ACA----A---T-GG---CTT-TTAC---AAAGGCC-GTAAGTAT--TTT------TA------ATAATTGATAACATCTGTA---ACATAGTTTTGGC-AAT-A-GG-TGA--TAC--CTAATatgta
gi|86654 : A----A---T-GCAATCGT-TGAA---AAGG--T-GCA---AT--TTTATGTGAGAATTTGTGTGA-----AAAGTTTGTA-C-ACA-ACTTT--GC-AAA-T-TG-TGG--TAC--AAAGTCTGTacctg
gi|86655 : TT-TAAA---AAGG--T-GTG---AA--TTT------GA------GTGA-----AAAATC---------A-AGTTT--GC-AAA-A-TG-TGG--TAC--AAAATCT
gi|86656 : A---AAGG--T-TTG---AT--TT-------GA------GTGA-----AAAATCTAAA-C-AGA-A-TTT--GC-AAA-ATTG-TGG--TAC--AAAATCTGTg
gi|86657 : A---AAGG--T-TTG---AT--TT-------GA------GTGA-----AAAATCTAAA-C-AGA-A-TTT--GC-AAA-ATTG-TGG--TACA-AAAATCTGTa
gi|86658 : A---AAGG--T-TTG---AT--TTT------GAA-----GTGA-----AAAATCTAAA-A-ACAGAATTT--GC-AAA-ATTGTTGG--TAA--AAAATCTa
Alignments
lowQualScore : 0 22 22 33 33 7777 222 4 222 1 2 555 1 1 33 333 444444 555555 33333 1 2 3 0 3 22 3 1 4 1 3 22 55 1
lowQualScore : . .. .. .. .. .... ... . ... . . ... . . .. ... ...... ...... ..... . . . . . .. . . . . . .. .. .
lowQualScore : 3 66 22 88 88 9999 777 6 777 5 5 444 4 4 44 999 111111 555555 66666 4 9 0 2 1 11 1 5 6 5 1 11 44 6
consensus : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAGG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
Reference ( family-544 ) : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAGG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
gi|86629 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--AC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAATCTAT
gi|86630 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--ATG---ATTTT------GA------GAGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAATCTAT
gi|86631 : CATACATGTCATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAAT-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAATCTAT
gi|86632 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--TTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AG-T-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TACT-ATAAATCTAT
gi|86633 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAAGCTAGCTGT--ACA----A---C-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--GTG---ATTTT------TA------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAATTTAT
gi|86634 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---ATT-TAA---A-AAGG-T--ATG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATTTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-CG-G--TAC--A-AAATCTGT
gi|86635 : CATACATGTGAAAAATTTTCAATCC-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TAA---A-AAGG-T--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATTTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAACCTGTa
gi|86636 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GA---CTT-TAA---A-AAGG-T--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC--AA-A-CA-TT-G--TAC--A-AAATCTGTa
gi|86637 : CATACATGTGATAGTTTTTCAATCC-CAAA--T--CTGT--ACA----T---T-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--GTA---ATTTT------GA------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A--G-TG-G--TAC--T-AAATCa
gi|86638 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-G----------A---A-AAAG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC--AA-A-T--TG-G--TAC--T-AAATCTAT
gi|86639 : CATACATGTGATGATTTTTCAAGCA-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TAT---A-AAGG-T--GTG---A-TTT------GA------GTGA-----ACAATCTGTA-C-ACA-ACTT-T--GCGAAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
gi|86640 : CATACATGTGATAACTTTTCAACCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---TAT-TAA---C-AAGG-T--GTG---ATTGT------AA------GTG------AAAATATGTT-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATa
gi|86641 : CATACATGCGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGTTAACA----GACCT-G----CTT-TGA---ATAAAG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAG-CTGTA-CAACA-ACTT-T--GC-AAA-G-TG-TG-G--
gi|86642 : CATACATATGATAATTTGTCAAGCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GT---CTT---AT--A-AAGG-T--GTG---A-TTT------GA------GGGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AG-T-T--GCAAAA-A-TG-TG-GGTTAC--A-AAATCTGT
gi|86643 : CATGCATGTGATAATGTGTCAACCA-CAAA--T--TTGC--ACG----A---T--C---CTG-T-----A-AAGG-T--GTG---GTATT------GA------GTGA-----AAAATTTGTA-C-ACA-TGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGTa
gi|86644 : CATACATGTGATAATTTG--AAGCCACAAA--T--GTGTT-ACA----A---T-GC---CTT-T-ATTTA-AAGT-CTGATG---ATGTG------AA------GTGA-----AAAATCTGTA-T-ACA-AGTT-T--GC-AAATA-TG-TG-T--TAC--A-AAATCTGa
gi|86645 : CATA-ATACAGTATTTTTTCAAACA-CAAA--T--ATGT--ACA----A---T-GC---CGT-TCA---A-AAGG-T--GCG---ATTTT------GA------GTGC-----AAAATCTGTA-C-ACA-A
gi|86646 : CATACCTGTGATAATTTTTCAAGCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-T
gi|86647 : CATACCTGTGATAATTTTTCAAGCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-T
gi|86648 : CATACATGTTATAAATTTGAGAACC-GAAA--T--CTGT--ACAG---G---TAGC-----T-TGA---A-AAAT-C--TGG---ATTTT------G-------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACT-ACTCAT--CT-AAA-A-TC-TGTA--CAC--A-AAA
gi|86649 : CATACATGTGATAAATTTGAGAACC-GAAA--T--CTGT--ACAG---G---TAGC-----T-TGA---A-AAAT-CA-GGA---ATTTT--------------GTGA-----ATAAACTGTA-C-AC
gi|86650 : CATACATGTGATAAATTTGAGAACC-GAAA--T--CTGT---CAG---G---TAGC-----T-TGA---A-AAAT-C--TAGA--ATTTT------G-------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACT-ACTCAT--CT-AAA-A-TC-TGTA--CAC--A-AAA
gi|86651 : ATGTAATAGTTTTTCAACCC-CAAA--T--CTGT--ACATTGAA---T-GC---TGTATGA---A---GG-C--GTT---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCT-TAGC-ACA-AGTT-G--GC-CAA-A-TG-TG-T--TAC--A-AAATCTG
gi|86652 : TGATAATTTTGTAACCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---ATC-TAA---A-AAGG-T--GTG---AATTT------GA------GTGT-----CGCCTCT-TA-CGAC--ACTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATATGT
gi|86653 : TAATTTTTCAACTG-CAGA--TT-CTGT--ACA----A---T-GG---CTT-TTAC--A-AAGGCC--GTAAGTATTTT------TA------ATAATTGATAACATCTGTA---ACATAGTT-TTGGC-AAT-A-GG-TG-A--TACCTA-ATACCTGa
gi|86654 : A----A---T-GCAATCGT-TGA---A-AAGG-T--GCA---ATTTTATGTGAGAATTTGTGTGA-----AAAGTTTGTA-C-ACA-ACTT-T--GC-AAA-T-TG-TG-G--TAC--A-AAGTCTGT
gi|86655 : TT-TAA---A-AAGG-T--GTG---AATTT------GA------GTGA-----AAAATC---------A-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTG
gi|86656 : ---A-AAGG-T--TTG---ATTT-------GA------GTGA-----AAAATCTAAA-C-AGA-A-TT-T--GC-AAA-ATTG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
gi|86657 : ---A-AAGG-T--TTG---ATTT-------GA------GTGA-----AAAATCTAAA-C-AGA-A-TT-T--GC-AAA-ATTG-TG-G--TACA-A-AAATCTGTa
gi|86658 : ---A-AAGG-T--TTG---ATTTT------GAA-----GTGA-----AAAATCTAAA-A-ACAGAATT-T--GC-AAA-ATTGTTG-G--TAA--A-AAATCTa
Alignments
lowQualScore : 0 22 22 33 33 7777 222 4 222 1 2 555 1 1 33 333 444444 555555 33333 1 2 3 0 3 22 3 1 4 1 3 22 55 1
lowQualScore : . .. .. .. .. .... ... . ... . . ... . . .. ... ...... ...... ..... . . . . . .. . . . . . .. .. .
lowQualScore : 3 66 22 88 88 9999 777 6 777 5 5 444 4 4 44 999 111111 555555 66666 4 9 0 2 1 11 1 5 6 5 1 11 44 6
consensus : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAGG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
Reference ( family-544 ) : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAGG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
gi|86629 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--AC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAATCTAT
gi|86630 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--ATG---ATTTT------GA------GAGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAATCTAT
gi|86631 : CATACATGTCATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAAT-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAATCTAT
gi|86632 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--TTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AG-T-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TACT-ATAAATCTAT
gi|86633 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAAGCTAGCTGT--ACA----A---C-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--GTG---ATTTT------TA------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAATTTAT
gi|86634 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---ATT-TAA---A-AAGG-T--ATG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATTTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-CG-G--TAC--A-AAATCTGT
gi|86635 : CATACATGTGAAAAATTTTCAATCC-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TAA---A-AAGG-T--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATTTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAACCTGTa
gi|86636 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GA---CTT-TAA---A-AAGG-T--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC--AA-A-CA-TT-G--TAC--A-AAATCTGTa
gi|86637 : CATACATGTGATAGTTTTTCAATCC-CAAA--T--CTGT--ACA----T---T-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--GTA---ATTTT------GA------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A--G-TG-G--TAC--T-AAATCa
gi|86638 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-G----------A---A-AAAG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC--AA-A-T--TG-G--TAC--T-AAATCTAT
gi|86639 : CATACATGTGATGATTTTTCAAGCA-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TAT---A-AAGG-T--GTG---A-TTT------GA------GTGA-----ACAATCTGTA-C-ACA-ACTT-T--GCGAAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
gi|86640 : CATACATGTGATAACTTTTCAACCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---TAT-TAA---C-AAGG-T--GTG---ATTGT------AA------GTG------AAAATATGTT-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATa
gi|86641 : CATACATGCGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGTTAACA----GACCT-G----CTT-TGA---ATAAAG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAG-CTGTA-CAACA-ACTT-T--GC-AAA-G-TG-TG-G--
gi|86642 : CATACATATGATAATTTGTCAAGCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GT---CTT---AT--A-AAGG-T--GTG---A-TTT------GA------GGGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AG-T-T--GCAAAA-A-TG-TG-GGTTAC--A-AAATCTGT
gi|86643 : CATGCATGTGATAATGTGTCAACCA-CAAA--T--TTGC--ACG----A---T--C---CTG-T-----A-AAGG-T--GTG---GTATT------GA------GTGA-----AAAATTTGTA-C-ACA-TGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGTa
gi|86644 : CATACATGTGATAATTTG--AAGCCACAAA--T--GTGTT-ACA----A---T-GC---CTT-T-ATTTA-AAGT-CTGATG---ATGTG------AA------GTGA-----AAAATCTGTA-T-ACA-AGTT-T--GC-AAATA-TG-TG-T--TAC--A-AAATCTGa
gi|86645 : CATA-ATACAGTATTTTTTCAAACA-CAAA--T--ATGT--ACA----A---T-GC---CGT-TCA---A-AAGG-T--GCG---ATTTT------GA------GTGC-----AAAATCTGTA-C-ACA-A
gi|86646 : CATACCTGTGATAATTTTTCAAGCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-T
gi|86647 : CATACCTGTGATAATTTTTCAAGCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-T
gi|86648 : CATACATGTTATAAATTTGAGAACC-GAAA--T--CTGT--ACAG---G---TAGC-----T-TGA---A-AAAT-C--TGG---ATTTT------G-------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACT-ACTCAT--CT-AAA-A-TC-TGTA--CAC--A-AAA
gi|86649 : CATACATGTGATAAATTTGAGAACC-GAAA--T--CTGT--ACAG---G---TAGC-----T-TGA---A-AAAT-CA-GGA---ATTTT--------------GTGA-----ATAAACTGTA-C-AC
gi|86650 : CATACATGTGATAAATTTGAGAACC-GAAA--T--CTGT---CAG---G---TAGC-----T-TGA---A-AAAT-C--TAGA--ATTTT------G-------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACT-ACTCAT--CT-AAA-A-TC-TGTA--CAC--A-AAA
gi|86651 : ATGTAATAGTTTTTCAACCC-CAAA--T--CTGT--ACATTGAA---T-GC---TGTATGA---A---GG-C--GTT---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCT-TAGC-ACA-AGTT-G--GC-CAA-A-TG-TG-T--TAC--A-AAATCTG
gi|86652 : TGATAATTTTGTAACCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---ATC-TAA---A-AAGG-T--GTG---AATTT------GA------GTGT-----CGCCTCT-TA-CGAC--ACTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATATGT
gi|86653 : TAATTTTTCAACTG-CAGA--TT-CTGT--ACA----A---T-GG---CTT-TTAC--A-AAGGCC--GTAAGTATTTT------TA------ATAATTGATAACATCTGTA---ACATAGTT-TTGGC-AAT-A-GG-TG-A--TACCTA-ATACCTGa
gi|86654 : A----A---T-GCAATCGT-TGA---A-AAGG-T--GCA---ATTTTATGTGAGAATTTGTGTGA-----AAAGTTTGTA-C-ACA-ACTT-T--GC-AAA-T-TG-TG-G--TAC--A-AAGTCTGT
gi|86655 : TT-TAA---A-AAGG-T--GTG---AATTT------GA------GTGA-----AAAATC---------A-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTG
gi|86656 : ---A-AAGG-T--TTG---ATTT-------GA------GTGA-----AAAATCTAAA-C-AGA-A-TT-T--GC-AAA-ATTG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
gi|86657 : ---A-AAGG-T--TTG---ATTT-------GA------GTGA-----AAAATCTAAA-C-AGA-A-TT-T--GC-AAA-ATTG-TG-G--TACA-A-AAATCTGTa
gi|86658 : ---A-AAGG-T--TTG---ATTTT------GAA-----GTGA-----AAAATCTAAA-A-ACAGAATT-T--GC-AAA-ATTGTTG-G--TAA--A-AAATCTa
blockSeqs : CA GC AG TA TTGA ACC A AAT A G TTT T C TG AGT ATGTGA ATTTGT TTGAT G A T A TG G T T T T GT CT T
blockSeqs : C . T T G . A . . G T . . A A . A . . G G A . A . T . T . T .
blockSeqs : C . . . G . A . . G C . . . . . . . . . . . . . . T . . . A .
blockSeqs : C . . . G . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAGG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
finalCons : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAGG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
Alignments
lowQualScore : 0 22 22 33 33 7777 222 4 222 1 2 555 1 1 33 333 444444 555555 33333 1 2 3 0 3 22 3 1 4 1 3 22 55 1
lowQualScore : . .. .. .. .. .... ... . ... . . ... . . .. ... ...... ...... ..... . . . . . .. . . . . . .. .. .
lowQualScore : 3 66 22 88 88 9999 777 6 777 5 5 444 4 4 44 999 111111 555555 66666 4 9 0 2 1 11 1 5 6 5 1 11 44 6
consensus : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAGG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
Reference ( family-544 ) : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAGG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
gi|86629 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--AC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAATCTAT
gi|86630 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--ATG---ATTTT------GA------GAGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAATCTAT
gi|86631 : CATACATGTCATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAAT-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAATCTAT
gi|86632 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--TTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AG-T-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TACT-ATAAATCTAT
gi|86633 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAAGCTAGCTGT--ACA----A---C-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--GTG---ATTTT------TA------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAATTTAT
gi|86634 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---ATT-TAA---A-AAGG-T--ATG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATTTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-CG-G--TAC--A-AAATCTGT
gi|86635 : CATACATGTGAAAAATTTTCAATCC-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TAA---A-AAGG-T--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATTTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--T-AAACCTGTa
gi|86636 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GA---CTT-TAA---A-AAGG-T--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC--AA-A-CA-TT-G--TAC--A-AAATCTGTa
gi|86637 : CATACATGTGATAGTTTTTCAATCC-CAAA--T--CTGT--ACA----T---T-GC---CTT-TGA---A-AAAG-C--GTA---ATTTT------GA------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A--G-TG-G--TAC--T-AAATCa
gi|86638 : CATACATGTGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-G----------A---A-AAAG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AGTT-T--GC--AA-A-T--TG-G--TAC--T-AAATCTAT
gi|86639 : CATACATGTGATGATTTTTCAAGCA-CAAA--G--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-TAT---A-AAGG-T--GTG---A-TTT------GA------GTGA-----ACAATCTGTA-C-ACA-ACTT-T--GCGAAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
gi|86640 : CATACATGTGATAACTTTTCAACCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---TAT-TAA---C-AAGG-T--GTG---ATTGT------AA------GTG------AAAATATGTT-C-ACA-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATa
gi|86641 : CATACATGCGATAATTTTTCAACCC-CAAA--G--CTGTTAACA----GACCT-G----CTT-TGA---ATAAAG-C--GTG---ATTTT------GA------GTGA-----AAAG-CTGTA-CAACA-ACTT-T--GC-AAA-G-TG-TG-G--
gi|86642 : CATACATATGATAATTTGTCAAGCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GT---CTT---AT--A-AAGG-T--GTG---A-TTT------GA------GGGA-----AAAATCTGTA-C-ACA-AG-T-T--GCAAAA-A-TG-TG-GGTTAC--A-AAATCTGT
gi|86643 : CATGCATGTGATAATGTGTCAACCA-CAAA--T--TTGC--ACG----A---T--C---CTG-T-----A-AAGG-T--GTG---GTATT------GA------GTGA-----AAAATTTGTA-C-ACA-TGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTGTa
gi|86644 : CATACATGTGATAATTTG--AAGCCACAAA--T--GTGTT-ACA----A---T-GC---CTT-T-ATTTA-AAGT-CTGATG---ATGTG------AA------GTGA-----AAAATCTGTA-T-ACA-AGTT-T--GC-AAATA-TG-TG-T--TAC--A-AAATCTGa
gi|86645 : CATA-ATACAGTATTTTTTCAAACA-CAAA--T--ATGT--ACA----A---T-GC---CGT-TCA---A-AAGG-T--GCG---ATTTT------GA------GTGC-----AAAATCTGTA-C-ACA-A
gi|86646 : CATACCTGTGATAATTTTTCAAGCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-T
gi|86647 : CATACCTGTGATAATTTTTCAAGCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---CTT-T
gi|86648 : CATACATGTTATAAATTTGAGAACC-GAAA--T--CTGT--ACAG---G---TAGC-----T-TGA---A-AAAT-C--TGG---ATTTT------G-------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACT-ACTCAT--CT-AAA-A-TC-TGTA--CAC--A-AAA
gi|86649 : CATACATGTGATAAATTTGAGAACC-GAAA--T--CTGT--ACAG---G---TAGC-----T-TGA---A-AAAT-CA-GGA---ATTTT--------------GTGA-----ATAAACTGTA-C-AC
gi|86650 : CATACATGTGATAAATTTGAGAACC-GAAA--T--CTGT---CAG---G---TAGC-----T-TGA---A-AAAT-C--TAGA--ATTTT------G-------GTGA-----AAAAGCTGTA-C-ACT-ACTCAT--CT-AAA-A-TC-TGTA--CAC--A-AAA
gi|86651 : ATGTAATAGTTTTTCAACCC-CAAA--T--CTGT--ACATTGAA---T-GC---TGTATGA---A---GG-C--GTT---ATTTT------GA------GTGA-----AAAATCT-TAGC-ACA-AGTT-G--GC-CAA-A-TG-TG-T--TAC--A-AAATCTG
gi|86652 : TGATAATTTTGTAACCA-CAAA--T--CTGT--ACA----A---T-GC---ATC-TAA---A-AAGG-T--GTG---AATTT------GA------GTGT-----CGCCTCT-TA-CGAC--ACTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATATGT
gi|86653 : TAATTTTTCAACTG-CAGA--TT-CTGT--ACA----A---T-GG---CTT-TTAC--A-AAGGCC--GTAAGTATTTT------TA------ATAATTGATAACATCTGTA---ACATAGTT-TTGGC-AAT-A-GG-TG-A--TACCTA-ATACCTGa
gi|86654 : A----A---T-GCAATCGT-TGA---A-AAGG-T--GCA---ATTTTATGTGAGAATTTGTGTGA-----AAAGTTTGTA-C-ACA-ACTT-T--GC-AAA-T-TG-TG-G--TAC--A-AAGTCTGT
gi|86655 : TT-TAA---A-AAGG-T--GTG---AATTT------GA------GTGA-----AAAATC---------A-AGTT-T--GC-AAA-A-TG-TG-G--TAC--A-AAATCTG
gi|86656 : ---A-AAGG-T--TTG---ATTT-------GA------GTGA-----AAAATCTAAA-C-AGA-A-TT-T--GC-AAA-ATTG-TG-G--TAC--A-AAATCTGT
gi|86657 : ---A-AAGG-T--TTG---ATTT-------GA------GTGA-----AAAATCTAAA-C-AGA-A-TT-T--GC-AAA-ATTG-TG-G--TACA-A-AAATCTGTa
gi|86658 : ---A-AAGG-T--TTG---ATTTT------GAA-----GTGA-----AAAATCTAAA-A-ACAGAATT-T--GC-AAA-ATTGTTG-G--TAA--A-AAATCTa