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Reference ( gi|71862 )        :                                                TTAAGTAATGGA-TA-AA-T-A-A-C--G-AGA--T-GGTGTT-------GAA-TA--G--TT-CAGAGA--A-AG--CATCG----CC-ACCGAGGGC-CGAAGGCC---CGAGTTGG-G----GATG-C--C-TTCTTT---G--AA--C--TA-TTC-------AACACCA--TCTC--G-T-TA-TT-TATC
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Reference ( family-542 )      :                                                     TTAAGTAATGGA-TA-AA-T-AA-C--G-AGA--T-GGTGTT-------GAA-TA--G--TT-CAGAGA--A-AG--CATCG----CCACCGNGGGC-CGNAGGCC--CGAGTTGG----CGATG--CTT--TCTCTGAAC--TATTC-AACACCA--TCTCGT-TA-TT-TATC
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gi|71865                      :                                                     TTAAGTAATGGAATA-AAAT-AAAC--G-AGA--T-GGTGTT-------GAA-TA--AGTTT-CAGAGA--A-AG--CATCG----CCAC-GAGG---CGAAGGCC--CGAGTGGG----GGATG--CTT--TCTCTGAAC--TATTCAAACACCA--TC
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Reference ( family-542 )      :                                                     TTAAGTAATGGA-TA-AA-T-AA-C--G-AGA-T-GGTGTT-------GAA-TA--G--TT-CAGAGA--A-AG--CATCGCCACCGAGGGCCGAAGGCC--CGAGTTGGG----GATG--CTTTCTCTGAACTATTC-AACACCA--TCTCGT-TA-TTTATC
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gi|71870                      :                                                               GA-TA-AA-T-AA-CTCG-A-A-T-GGTGTT-------GAA-TA--G--TT-CAGactattcaacaccattcgagttatttatc
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Reference ( family-542 )      :                                                     TTAAGTAATGGA-TA-AA-T-AA-C--G-AGA-T-GGTGTT-------GAA-TA--G--TT-CAGAGA--A-AG--CATCGCCACCGAGGGCCGAAGGCC--CGAGTTGGG----GATG--CTTTCTCTGAACTATTC-AACACCA--TCTCGT-TA-TTTATC
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gi|71878                      :                                    ggtgttaattttaatgaaatattgctaGA-TA-AA-T-AA-C--G-AGA-T-GGTGTT-------GAA-TA--G--TT-CAGAGA--A-AG--CATCGCCA
gi|71879                      :                                                               GA-TA-AA-T-AA-C--G-AGA-T-GGTGTT-------GAA-TA--G--TT-TAGAGA--A-AA--CATC


blockSeqs                     :                                                                 A  C  A T  A TC C   A T      AAAGATT   A  GG GT  T      AG G  AT                        AT         ATAT    TC        G        A       TG  TC  A  T
blockSeqs                     :                                                                 .  C  . T  A TC C   A T      AAAGATT   A  GG GT  T      AG .  AT                        .          ATAT    TC        G        A       TG  TC  A  T
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      TG        .  .  .   .      .  .  G                         .          .       .         A        .       .   GA  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      TG        .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         G        .       .   TC  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         G        .       .   GA  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         G        .       .   GA  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         G        .       .   GA  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         G        .       .   GA  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         G        .       .   GA  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         G        .       .   GA  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         G        .       .   TC  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         A        .       .   TC  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         G        .       .   TC  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         G        .       .   TC  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         G        .       .   TC  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         A        .       .   TC  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         G        .       .   GA  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         G        .       .   TC  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         A        .       .   GA  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         .        .       .   TC  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         .        .       .   GA  .  .
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         .        .       .           
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .          .       .         .        .       .           
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                         .                                                         
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                 .  .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                    .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                    .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                    .  . .  . .  .   . .      .         .  .  .   .      .  .  .                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                       .      .         .  .  .   .                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                       .      .         .  .  .   .                                                                                                


blockSeqCons                  :                                                     
originalCons                  :                                                     TTAAGTAATGGA-TA-AA-T-AA-C--G-AGA-T-GGTGTT-------GAA-TA--G--TT-CAGAGA--A-AG--CATCGCCACCGAGGGCCGAAGGCC--CGAGTTGGG----GATG--CTTTCTCTGAACTATTC-AACACCA--TCTCGT-TA-TTTATC
finalCons                     :                                                     TTAAGTAATGGA-TA-AA-T-AA-C--G-AGA-T-GGTGTT-------GAA-TA--G--TT-CAGAGA--A-AG--CATCGCCACCGAGGGCCGAAGGCC--CGAGTTGGG----GATG--CTTTCTCTGAACTATTC-AACACCA--TCTCGT-TA-TTTATC





Alignments
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lowQualScore                  :                                                                 4  5  2 5  5 44 5   5 4      9999999   4  22 22  4      44 2  77                        22         1111    66        0        3       66  33  6  6      
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Reference ( family-542 )      :                                                     TTAAGTAATGGA-TA-AA-T-AA-C--G-AGA-T-GGTGTT-------GAA-TA--G--TT-CAGAGA--A-AG--CATCGCCACCGAGGGCCGAAGGCC--CGAGTTGGG----GATG--CTTTCTCTGAACTATTC-AACACCA--TCTCGT-TA-TTTATC
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