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blockSeqs : A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TCCTCN-G-A-CGA-G-T-CC-GCG---GA-CG-CACCGT--TTT-A---AACAA-TG-TCGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TTT--GCT--GC-GT--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
finalCons : TCCTCN-G-A-CGA-G-T-CC-GCG---GA-CG-CACCGT--TTT-A---AACAA-TG-TCGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TTT--GCT--GC-GT--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
Alignments
lowQualScore : 22 4 1 1 1 1 1 333 2 1 0 1 11 2 222 2 2 2 11 1 1 4 11 11 3 33 1 1 1 6666 22
lowQualScore : .. . . . . . . ... . . . . .. . ... . . . .. . . . .. .. . .. . . . .... ..
lowQualScore : 55 4 5 4 4 4 4 888 8 4 3 5 88 7 333 7 7 7 88 3 3 0 99 99 0 55 5 5 5 7777 11
consensus : TCCTCN-G-A-CGA-G-T-CC-GCG---GA-CG-CACCGT--TTT-A---AACAA-TG-TCGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TTT--GCT--GC-GT--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
Reference ( family-540 ) : TCCTCN-G-A-CGA-G-T-CC-GCG---GA-CG-CACCGT--TTT-A---AACAA-TG-TCGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TTT--GCT--GC-GT--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
gi|77644 : TCCTCA-G-A-CGA-G-T-CC-GCG---GA-CG-CACTGT--TTT-A---AACAA-TG-TCGCG-TC--C-CAGA-TCAA-ATT--GCT--GC-AT--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
gi|77645 : TCCTCA-G-A-CAA-G-T-CC-GTG---GA-CA-CACCGT--TTTTA---AACAA-TG-TCGCG-TC--T-CAGA-TCAA-TTT--GCT--GC-AT--AT-A-G-TA----CG--CAGATT
gi|77646 : TCCTCA-GGA-CAA-G-T-CC-GTG---GA-CA-CACCGT--TTT-A---AACAA-TG-TCGCG-TC--T-CAGA-TC-A-TTT--GCT--GC-AT--AT-A-G-TA----CG--CAGATT
gi|77647 : TCCTCA-GGA-CAA-G-T-CC-GTG---GA-CA-CACC-T--TTT-A---AACAA-TG-TCGCGTTC--T-CAGA-TC-A-TTT--GCT--GC-AT--AT-A-G-TA----CG--CAGATT
gi|77648 : TCCTCT-G-A-TAA-G-T-CC-GTG---GA-CG-TTCTGT--TTT-A---AACAA-TG-TCGCG-TC--T-GAAA-TCAA-TTT--GCT--GC-GT--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
gi|77649 : TCCTCT-G-A-CGA-G-T-CC-GTG---GAGCG--ACAGT--TTT-T---AACAC-TG-CTGCA--C--C-CAGA-TCAA-TTT--GCT--GC-GT--AT-A-T-TAGG--CT--CAGATT
gi|77650 : TCCTCATG-A-AGA-G-T-CC-GGG---GG-CA--ACAGT--TTT-A---A-CAC-TG-CTGCA--A--C-CAGA-TCAA-TTT--GCT--GC-GT--AT-A-T-TA----CGCTCAGATT
gi|77651 : TCCTAT-G-A-CAA-A-T-CC-GTG---GA-CG-CACTGT--TTT-A---AATGA-TG-TTGTG-TC--C-CAGA-TCAA-TTT--GTT--GT-GT--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
gi|77652 : TCCTCA-GCA-CGA-G-TTCC-GCG---GA-CG-CACTGT--TTT-A---AACAA-TGTTCGCG-TC--C-CAGA-TCAATTTT--GC---GC-GTTAAT-A-T-TA----CG--CAGATT
gi|77653 : TTCTCT-G-A-TAC-G-T-CC-GCG---GG-CG-TCTTGT--TTT-A---AACAA-TA-TCGCG-TC--C-CAGA-TCAA-TAT--GCT--GC-GT--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
gi|77654 : TCCTCT-G-A-TAA-A-T-CT-GCG---GA-CG-T-CTGT--TTT-A---AACAA-TG-TCGCT-TC--G-CAGA-TCAA-GTT--GCT--GCAGT--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
gi|77655 : TCCTCT-G-A-TAA-A-T-CT-GCG---GA-CG-T-CTGT--TTT-A---AACAA-TG-TCGCT-TC--G-CAGA-TCAA-GTT--GCT--GCAGT--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
gi|77656 : TCCTGA-G-A-CAA-G-T-CCAGCG---GA-CG-CACTGT--TTT-----AACAC-TG-TCACG-T---C-CAGA-T-AA-TTT--GCT--GC-GT--ATAA-T-TA----CG--CAGATT
gi|77657 : TTCTCT-G-A-TAC-G-T-CT-GCG---GA-CG-TCTTTT--TTT-A---AACAA-TT-TCGCG-TC--C-CAAA-TCAA-TGT--GTT--GC-GT--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
gi|77658 : T--TTT-A---AACAA-TT-TCGCG-TC--CGCA-A-TCAAGTGT--GGTTGGC-GT--AT-A-T-TA----CG--CAGAT
gi|77659 : ttctctgatacgtcctgccggacgtcttttttTCCTCA-G-A-CGA-A-T-C--GCG---GA-CG-CACTGT--TTT-A---AACAA-TG-TTGCG-TC--C-CAGA-T-AA-TTT--GTT--
gi|77660 : TCCTTA-G-A-AGG-G-T-CC-GCG---GA-CG-C-CCGT--TTT-A---AACAA-TG-TTGCG-TC--C-CAGA-TAAA-TTG--CCT--GC-G---AT-A-T-T-----CG--CAG
gi|77661 : TCCTCA-T-A-CGA-G-T-CC-GTG-----------CCAT--TTT-A---AAAAA-TA-CCGCG-TT--C-CAGA-TCAA-TTT--GCT--GC-GTA-AT-A-T-TAATGTCA--TAGATT
gi|77662 : TCCTCT-G-A-TAG-G-A-CC-GCG---GAACG-TCCTGT--TTTTA---AACAA-TT-TC-CT-TCTTT-CAAA-TC-A-TGT--GTT--GC-GT--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
gi|77663 : TCCTTT-G-A-TGG-G-T-CC-ACA---GA-TG-CACA------T-A---AACAA-TA-TCAGG-TC--T-CAGA-TGAA-TTT--GCT--GT-AT--CC-A-T-T------G--TAGATT
gi|77664 : TCCTCA-G-AACGA-G-T-CC-GCAA--GA-CG-CACTGTGTCTT-ACAAAACAAATG-TCGCG-TC--A-CCGA-CCAA-TT
gi|77665 : TCCTCT-C-A-TGA-G-T-CC-GCGATCGA-TG-CACAGT--TTT-G---AACA--TG--AATG-TC--C-CAGA-TCAA-TTT--GCT--G
gi|77666 : TCTTCT-G-A-TGAAG-T-CC-GTG---GG-AGACACCAT--TTT-G---AGCAA-TG-CTGCT-TC--C-CGGA-TCAA-TTTTCGCT--GC--T--AC-A-C-TA----
gi|77667 : CTTCA-G-A-CGA-GGT-CC-GCG---GA-CG-CACTGT--TTT-A---AACAA-TG-TCGCGTTC--C-CTGA-TCAATTTT--GCT--GC-GT--AT-A-TATA----CG--CAGATT
gi|77668 : CTCA-G-A-CGA-G-T-CC-GCG---GA-CG-CATCGT--TTT-A---AACAA-TGTTCGCA-TC--C-CAGC-TCAA-TTT--GCT--GC-GT--AT-ATT-TA----TG--CAGATT
gi|77669 : TCT-G-A-CGA-G-T-CC-GTC---AA-TG-CAAGGT--TTT-A---AACA--TG-TTGCG-TC--C-AAGA-TCAA-TTT--GCT--TC-GT--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
gi|77670 : CA-G-A-CGA-G-T-C--GCG---AA-CG-CATCGT--TT--A---AACAA-TA-T-GCA-TC--C-CAGC-TCAA-TTT--GCT--GC-GT--AT-A-T-TAT---TG--CAGATT
gi|77671 : -G-A-TGA-G-T-TC-GCG----A-CG-CACCGT------A---AACAA-TG-TTGCA-TC--C-CAGAATCAA-TTT--GCT--GC--T--AT-A-T-TA----CG--CAGATT
gi|77672 : aA-G-T-CC-GTG---GA-CG-CACCAT--TTA-A---AAAAAATG-CCGCG-TC--C--AGA-TCAA-TTT--GCT--GC-AT--AC-A-T-TA----TG--CAGATT
gi|77673 : A-G-T-CC-GTG---GA-CG-CACCAT--TTA-A---AAAAA--G--CGCG-TC--C-CAGA-T-AA-TTT--GCT--GC-AT--AC-A-T-TA----TG--CAGATT