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blockSeqs : . . . . . CC G T . . . . . . . . . . . . CC . . . A A CCAC . . TA . . . . T . . . . . . . . . A . . AACAGTACACACATAGGC . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AT T T . . . . . . . . . . . . CC . . . A A AAA . . TA . . . . A . . . . . . . . . A . . CATGTAAACA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AG A C . . . . . . . . . . . . CC . . . A G TAA . . AC . . . . A . . . . . . . . . G . . GTAAACA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GG C T . . . . . . . . . . . . AC . . . A G AA . . AT . . . . T . . . . . . . . . G . . CAGGTC . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GT T T . . . . . . . . . . . . AC . . . A A CC . . AC . . . . A . . . . . . . . . A . . CAATCA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AT A T . . . . . . . . . . . . CA . . . A A AA . . AT . . . . A . . . . . . . . . A . . AAACA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CG C T . . . . . . . . . . . . CA . . . A A AA . . AC . . . . T . . . . . . . . . G . . AAACA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . AA . . . A A AA . . TA . . . . A . . . . . . . . . G . . AACA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . CA . . . T A AA . . AC . . . . T . . . . . . . . . A . . AACA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . T A AA . . GA . . . . A . . . . . . . . . G . . AACA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T A CC . . AC . . . . T . . . . . . . . . G . . AATA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T A . . . TA . . . . T . . . . . . . . . A . . ACA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A A . . . G . . . . T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : A****** AA*********************** AACAGTAACACA**********************
originalCons : ATAGTT-C--T-TAAAA-AT-GGA-TTAAAT----T--C--AATAAT-TT-GTT-G-AC--T----T-TA---CACTT---C----AGAATTGAT--GCTAAC-C--C-T-G--TTTT-GAA---------A--GAAA----A--AA------------AA-----------CA-G--TTNAAGACAT-TG-A-AAGT-TTTAAATGTTG--------G-T-C-A----A-GAT---TGT--AGGTC-AACAC-GTG-T------A--CA--GTAA--AC---------A----------G---C--AG-CC-AT-C-TTCT--CAA--T-GGCGCTTT-ACGTCATACAG-CCGAGGTT--AG------TATGA--GG-TAC--GAATATTCCGAGG---TT-GGCCGAG
finalCons : ATAGTT-C--T-TAAAA-AT-GGA-TTAAAT----T--C--AATAAT-TT-GTT-G-AC--T----T-TA---CACTT---C----AGAATTGAT--GCTAAC-C--C-T-G--TTTT-GAA---------A--GAAAA------AAAA-----------------------CA-G--TTNAAGACAT-TG-A-AAGT-TTTAAATGTTG--------G-T-C-A----A-GAT---TGT--AGGTC-AACAC-GTG-T------AAACAGTAACACA----------------------G---C--AG-CC-AT-C-TTCT--CAA--T-GGCGCTTT-ACGTCATACAG-CCGAGGTT--AG------TATGA--GG-TAC--GAATATTCCGAGG---TT-GGCCGAG
Alignments
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lowQualScore : . .. . . . ... . ....... .. . . . . .. .... . ... ... .... .. ...... . .. . ............ ....... ......................... . .. .. . . . . . ........ . . . .... . ... .. . .. .... ................................. .. . . . . .. .. . . . .. ...... .. . .. ... .
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Reference ( family-539 ) : ATAGTT-C--T-TAAAA-AT-GGA-TTAAAT----T--C--AATAAT-TT-GTT-G-AC--T----T-TA---CACTT---C----AGAATTGAT--GCTAAC-C--C-T-G--TTTT-GAA---------A--GAAA----A--AA------------AA-----------CA-G--TTNAAGACAT-TG-A-AAGT-TTTAAATGTTG--------G-T-C-A----A-GAT---TGT--AGGTC-AACAC-GTGT----AAACA-GTA-A-C-ACA-------G-----------C--AG-CC-AT-C-TTCT--CAA--T-GGCGCTTT-ACGTCATACAG-CCGAGGTT--AG------TATGA--GG-TAC--GAATATTCCGAGG---TT-GGCCGAG
gi|5520 : ATAGTT-G--T-TAAAA-AT-GGA-TTAAAT----T--C--AATAAT-TT-ATT-G-AC--T----T-TA---CACTT---C----AGAATTGAT--GCTAAC-C--C-T-G--TTTT-GAA---------A--GAAA----AC-AAT-----------AC-----------CA-G--TTTAAGACAT-TG-A-AAAT-TTTAAATGTTG--------G-T-C-A----A-GAT---TGT--AGGTC-AACAC-ATGT----AA------------ACA-------G-----------C--AG-CC-AT-C-TTTT--CAA--T-GACGCTTT-ACGTCATACAG-CCGAGGAT--AG------TATGA--GG-TAC--GAATATTCTGAGG---TT-TGCCGAG
gi|5521 : ATAGTT-C--T-TAAAA-AT-GGA-CTAAAT----T--C--AATAAT-TT-GTC-G-AC--T----T-TA---CACTT---C----AGAATTGAT--GCTAAC-C--C-T-G--TTTT-GAA---------A--GAAA----A--AA------------AA-----------TA-G--TTAAAGATAT-TATATAAGT-TTTAAATGTTG--------G-T-C-A----A-GAT---TGT--AGGTC-AACAC-ATGT------ACATGTA-A---ACA-------G-----------C--AG-CC-AT-C-TTCT--CAA--T-GGCGCTTT-ACGTCATACAG-CTGAGGTT--AG------TATGA--GG-TAC--GAATATTCCGAGG---TT-GGCCGAG
gi|5522 : ATAATT-C--T-TAAAA-AT-GGA-TTGAAT----T--C--GATAAC-TT-GTT-G-AC--T----T--------------C----AAAATTGAT--GATATC-C--C-C-A--TTTT-GAA---------G--GGGA----A--AA------------CC-----------CA-G--TTTAAGACAT-TG-A-AAGT-TTTAAATGTTG--------G-T-C-A----A-GAT---TGT--AGGTC-AACAC-ATGT----AAACA-G-----------------------------C--AG-CC-AT-C-TTCT--CAA--T-GGCGCTTT-ACGTCATACAG-CCGAGGTT--AA------TATGA--GG-TAC--GAATATTCCGAAG---TT-GGCCGAG
gi|5523 : ATAGTT-C--A-TAAAA-AT-GAA-TTAAAT----T--C--AATAAT-TT-GTT-G-AA--T----T-TA---CACTT---C----AGAATTGAT--GCTAAC-C--CGT-GATTTTT-GAA---------A--GAAA----A--AA------------GAAAGAAAAAACCCA-G--TTTAAGACAT-TG-A-AAGT-TTTAACTGTTG--------G-T-G-A----A-G--------------------C-ATGT----AAACA-G-----------------------------C--AG-CC-AT-C-TTCT--CAA--T-GGCGCTTT-ACGTCATACAG-CCGAGGTT--AG------TATGA--GG-TAT--GAATATTCCAAGG---TT-GGCCGAG
gi|5524 : ATAGTT-C-----GAAA-AT-GGAATTAAAT----T--C--A-TCAC-TT-GTT-G-AC--A----T-TA----ACTT---T----AGAATTGAT--GCTAAA-A--C-T-G--TTTG-AAA---------A--GAAAGAA-A--AA------------AA-----------CA-G--TTTAAGACAT-TG-A-AAGT-TT-AAATGTTT--------G-T-CGA----A-GAC---AGT--AAGTC-AACAC-ATGT----AA-------------CA-------G-----------C--AG-CC-AT-C-TTCT--CAA--T-GGCGATTT-ACGTCATACAG-CCGAGGTT--AA------TATGA--GG-TAC--GAATATTCCGAGG---TTGGGCCGA
gi|5525 : ATAGTT-C--T-TAAAA--T-GGA-----------------AATAAT-TT-GTT-G-AT--T----T-TA---CACGT---CGACCAGAATTGAT--GCTAAC-C--C-T-G--CTTT-GAA---------A--GAAA----A--AA------------AAACCCAAA----CA-G--ATTAAGACAT-TG-A-AAGT-TTTAAATGTTG--------G-T-C-A----A-GAT---TGT--AGGTC-AACA----------------------------------G-----------C--AG-CC-AT-C-TTCT--CAA--T-GGCGCTTT-ACGTCATACAG-CTGAGGTT--AT------TATGA--TG-TAC--GAATATTCCGAGG---TT-GACGGAG
gi|5526 : ATAGTTTC--T-TAAAA-ATAGGA-TTAAAT----T--C--AATAAT-TTTGTT-G-AC--T----G-TA---C-CTT---C----TGAATTGAT--GCTAAC-C--C-T-G--TTTT-GAA---------AA-GAAA----A--AA------------AAATA--------CA-G--TTTAAGACAA-TG-A-AAGT-TTTAAATGTTG--------G-T-C-A----A-GAT---TGTACAGGTCAAACAC-TTGT----AAA-----------ACA-------G-----------C--AG-CC-AT-C-TTTT--CAA--T-GGCGCTTT-AC--------------GGTT--AG------TATGA--GG-TAC--GAATATTCCGAGG---TT-GGTCGAG
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gi|5528 : ATAGTT-C--T-GAAAA-AT-TG--------------------TAAC-TT-GTT-G-AC--A----T-TA---CACTT---T----AGAATTGAT--GCTAAA-A--C-T-G--TTTT-CGA---------A--GAAA----G--AA------------AAAAC--------CA-G--TTTAAGACAT-TG-A-AAGT-TTTAAATGTTC--------G-T-C-A----A-GAT---TGT--AGGTC-AACAC-ATGT----AAACA-----------------------------------------------------------GCGATTT-ACGTCATACAG-CCGAGGTT--AA------TATGA--GG-TAC--AAATATTCCGAGG---TT-GGCCGAG
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gi|5531 : ATTGTT-C--T-TAAAA-AT-GGA-TTAAAT----T--C--AATAAT-TT-GTT-G-AC--TTTAAT-TA---CACTT---C----AAAATTGAT--GGCAAC-C--A-T-A--TTTT-GAA---------A--GGGA----A--AA------------AA-----------CA-
gi|5532 : ATAGTT-CCTT-TAAGACAT-GGA-GTCCAT----TTTC--AAACAG-TT-GTT-GTACGGT----TGTA---CACTTTT-C----AGAATTGATTGACTAAC-CAAT-T-G--TTTTTGAA---------A--AGAATATTA--AACC----------AC-----------CA-A--TTACATACAT-TG-A-AAGT-AT--AATATTATATTATATG-T-C-AGAGGA-AATGAACGT--AAGTCCAACACAGTGTTAGGGAACA-GTA-AAC-ACA-------AAGTCCCAGAATC--AG-CC-AT-CCTTCTTTCAAATT-GGCGCTGTGACGTCATACAGCCCGAGGTTTAGG------CACAATTGG-TACA-AAATATCCCGAGGATTTT-GGCacc
gi|5533 : TAGTT-C--T-TAAAG-AT-GGG-GTTATT----T--C--AACAGT-GT-TTT-G-AC--T----T-AA---TACTT---C----AGAATTGGT--GCTAA--C--A-T-G--TTTT-GAA---------T--G--A----A--AA------------AA-----------CG-G--TTATAGACAT-TG-A-TAGC-TTTATATGATG--------G-T-C-A----A-GAT---TGT--TCGTC-AATA
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gi|5546 : AA--T-GGCCCTCT-ACGTCATACAG-CCGAGGTC--AG-------ATGA--GG-TAC--GAATCTTCCGAGG---TT-TGCCGAG
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gi|5550 : --AG------TATGA--TG-TAC--GAATATTCCGAGG---TT-GGCC