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gi|71817 : ACAT-AGCA-T-AGGAGCGA-T-AGCTTAT-------T-TAC-A-T-GCCAC--ATA--A-CA
gi|71818 : CAT-ACCA-T-ACGAGCGA-T-AGTTTAT-------T-TAT-A-T-GCCAC--ATATAA-CAC--A-TT---------T-AG--A-ATGAGAT--A-T-GC--A-T-C---------T-TA--TT-TA---C-TT---G---A--AT-A-----C-A-TCCG-----T-A--T-T---------AG-TTA---TT-CTA-TCGC-CCAG-TCAT--TT---A--GT-A-A-C-G-A--T-A-A-A-T-AAGCGGCC-AAT-C---------TAGGTA--TTTCC---A---A---TT-GTAAA-C-AAAC-AC-GCA-CGCT
gi|71819 : CAT-ACCA-T-ACGAGCGA-T-AGTTTAT-------T-TAT-A-T-GCCAC--ATA--A-CAC--A-TT---------TTAGA-A-ATGAGAT--A-T-GC--A-T-C---------T-TA--TT-TAGT-C-TT---GA--A--TT-A-----C-A-TC-G-----T-A--T-T---------AG-TT-A--TT-CTA-TCGC-CCAG-TCAT--TT---A--GTAA-A-CAG-A--T-A-A-A---AAGCGGCC--AT-C---------TAGTAA--TTTCC---A---A---TT-GTAAACC-AAAC-AC-GCAGCGCT
gi|71820 : AC-CGCA-T-CCGAGCG--T-AGTTTA--------------------CAT--A-A--A-CAA-----T---------TTAG--A-ATGAGAT--G-T-GC--A-T-C---------T-TGATTT-TA---C-TG---G---AATTT-A-----C-A-TC-G-----T-A--T-TA----A---AG-TCAA--TT-AT--TCG--CCAG-TCAT--TTTC-A--GT-A-A-C-G-A--T-A-A-A-T-AAATGG-C-AAT-C---------AAGGTA---TTTC---AATTA---TT-GTAAA-C-AAAC-TC-GCA-CGTT
gi|71821 : -AGCA-T-CCGAGCGA-TTAGGTTAT-------T-TA--A-T-GCTAC--ATA--A-CAACAA-TT---------TTAG--A-ATGAGAT--G-T-GC--AAT-C---------T-TA--TT--A---C-TT---GTATA--CT-A-----C-A-CT-G-----T-A--T-TG----A---AG-TCAA--TT-CAA-TC---CCAG-TCGT--TT---A--GT-A-A-C-G-AATT-A-ATA-A-AAGTGGCC-AAT-C---------TAGGTG--TTTTC---A---A---TTGGTAAA-C-AAACATC-GCA-
gi|71822 : -AGTTTAT-------C-TAT-A-T-GCCAC--ATA--A-CAC--A-TT---------TTAG--A-ATGAGAT--G-T-GC--A-T-C---------T-TA--GC-TA---C-TT---G---AA-TT-A-----C-A-TC-G-----T-A--T-T-----ATTTAG-TCAA--TT--TA-TCGC-CCAG-TTAT--TT---A--GT-A-A-C-G-G--T-A-A-A-T-AAGTGGCC-AAT-T---------TAGTTA--TTTTC---A---T---TT-GTAAA-C-AAAC-TC-GCA-
gi|71823 : TTAT-------TATAC-A-T-GCCAC---TA--G-CAA--A-TTGTTAAGATATTAG--A-A-GAGGT--GGT-GC--A-C-TACTGAATATT-TA--TT-TA---C-TTC--G---A--TT-ATAATAC-A-TC-GATAAAC-A--TATA----A---CA-TCA---TT-CTAATCAC-CCAG-CCTA--TTCG-A--GT-ACATC-GTA--T-A-A-AAT-AAGCGGTC-AAT-C---------TAGGTACTTTTTCCTGA---AAATTT-GT-AC-C-AAAA-CA-GCG-CGCT
gi|71824 : TA--A-CAA--A-TC---------TTAG--A-ATGAGAT--G-T-GC--A-T-C---------T-TA--TT-TAACGC-TG---A---A--TT-A-----C-A-TC-G-----T-A--A-TGGTGAA---AA-TC-A--TT-TAA-TCGC-C--G-TTGT--TT---A---T-A-A-C-G-A--TAA-A-A-T-AAATGGCC-AAT-C---------TAAGTA-----------------------AAA-C--AAC-TC-TCA-CGCT
gi|71825 : A--TT-CTA-TTGC-CCAG-TCGT--TT---ATAGT-A-A-C-G-A--T-A-A-A-T-AAGTGGCC-AAT-C---------TACGTA--TTTTC---A---A---TT-GTAAA-C-AAAC-TC-GCA-CGCT
gi|71826 : TA-TCGC-CCAG-TCGT--CT---A--GT-T-A-C-G-A--T-----A-T-AAGTGTCC-AGT-CTAGATATTTTAGGTA--TTTTC---A---A---TT--T----C-AATC-TC-GCA-CGCT
gi|71827 : A-TCGC-CCAG-TCGT--TT---A--GT-A-A-C-G-A--T-A-A-A-T-AAG
blockSeqs : T T G A T AAAAAAT A A A A AA TA T CA T GTTAAGATA TA G CA G T CA A A ACTGAATAT G AT A ACG T TTG TGAA A TAATA A T C ATAAA A TT A GGTGA TTT A AATT TC A A A CG TAG TA G C T A T AT A T T T T A G TAGATATTT CTT CTG ATT AAT G A C A A G G
blockSeqs : . . . . . . A . . . A G A . T . T . . . G . . . . . . . GT . A TATA . . A . . A . . . G C T AAT C T G . C TC . A . . . . . . . . A . . . . TT A . . G A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . C AAC . . . . . A . . . G . T AAT C T . . . CG . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . . T . . . G . . AA C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . G . . AA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . G . . AA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . A . . AG C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . G . . AA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . T . . CA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . G . . TA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . G . . AA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . A . . AA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . A . . AA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . A . . AA C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . A . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . A . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . G . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : AA**** AA**
originalCons : AACAC-AGCA-T-CCGAGCGA-T-AGTTTAT-------T-TAT-A-T-GCCAC--ATA--A-CAA--A-TT---------TTAG--A-ATGAGAT--G-T-GC--A-T-C---------T-TA--TT-TA---C-TT---G---A--TT-A-----C-A-TC-G-----T-A--T-TG----A---AG-TCAA--TT-CTA-TCGC-CCAG-TCGT--TT---A--GT-A-A-C-G-A--T-A-A-A-T-AAGTGGCC-AAT-C---------TAGGTA--TTTTC---A---A---TT-GTAAA-C-AAAC-TC-GCA-CGCT
finalCons : AACAC-AGCA-T-CCGAGCGA-T-AGTTTAT-------T-TAT-A-T-GCCAC--ATA--A-CAA--A-TT---------TTAG--A-ATGAGAT--G-T-GC--A-T-C---------T-TA--TT-TA---C-TT---GAA----TT-A-----C-A-TC-G-----T-A--T-TG----A---AG-TCAA--TT-CTA-TCGC-CCAG-TCGT--TT---A--GT-A-A-C-G-A--T-A-A-A-T-AAGTGGCC-AAT-C---------TAGGTA--TTTTC---A---A---TT-GTAAA-C-AAAC-TC-GCA-CGCT
Alignments
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lowQualScore : . . . . . ....... . . . . .. .. . .... ......... .. . .. . . .. . . ......... . .. . . .. .. . .. .. ..... . . . ..... . .. . ..... ... . . .... . . . . .. ... .. . . . . . .. . . . . . . ......... ... ... ... ... . . . . . . .
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Reference ( family-535 ) : AACAC-AGCA-T-CCGAGCGA-T-AGTTTAT-------T-TAT-A-T-GCCAC--ATA--A-CAA--A-TT---------TTAG--A-ATGAGAT--G-T-GC--A-T-C---------T-TA--TT-T-A--C--T-TGAAT--T--A-----C-A-TC-G-----T-A--T-TG----A---AG-T-CAA--TTCTA-TCGC-CCAG-TCGT--TT---A--GT-A-A-C-G-A--T-A-A-A-TAAGTGGCC-AAT-C---------TAGGTA--TTTTC---A---A---TT-GTAAA-C-AAAC-TC-GCA-CGCT
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gi|71815 : ACAA-GGCA-T-CCGAGCGA-T-AGTTTAT-------T-TAT-A-T-GCTACA-ATA--A-CAA--ATTT---------TTAG--AGATGAGAT--G-T-GCCAA-T-C---------T-TA--TT-T-A--C--T-TGTAT--T--A-----C-A-TC-G-----TAA--T-TG----GC--AG-T-CTA--TTCAATTCGC-CCAGATCGT--TTTAGA--GT-A-T-C-----------------ATGGCC-AAT-C---------TAGGTG--TTTTCA--A---A---TT-GTAAA-C-AAAC-TC-GCA-
gi|71816 : ACAC--GCA-T-CCG--CGA-T-AGTTTAT-------T-TAT-A-T-ACCAC--AT-----CAA----TT---------TTAG--C-ATG-GAT--G-T-GC--A-TAC---------T-TA--TTAT-A-----T-TGAAT-----A-----C-A-TC-G-----T-A--T--A----A---AG-TTCAA--TT-TA-TCGC-CCAG-TCAT--TT---A--GT-A-A-C-G-A--T---A-A-TAAGTGGCC--AT-C---------TAGCTA--CTTTC---A---A---TT-GT--A-C---AC-TC-GCA-
gi|71817 : ACAT-AGCA-T-AGGAGCGA-T-AGCTTAT-------T-TAC-A-T-GCCAC--ATA--A-CA
gi|71818 : CAT-ACCA-T-ACGAGCGA-T-AGTTTAT-------T-TAT-A-T-GCCAC--ATATAA-CAC--A-TT---------T-AG--A-ATGAGAT--A-T-GC--A-T-C---------T-TA--TT-T-A--C--T-TGAAT-----A-----C-A-TCCG-----T-A--T-T---------AG-T-TA---TTCTA-TCGC-CCAG-TCAT--TT---A--GT-A-A-C-G-A--T-A-A-A-TAAGCGGCC-AAT-C---------TAGGTA--TTTCC---A---A---TT-GTAAA-C-AAAC-AC-GCA-CGCT
gi|71819 : CAT-ACCA-T-ACGAGCGA-T-AGTTTAT-------T-TAT-A-T-GCCAC--ATA--A-CAC--A-TT---------TTAGA-A-ATGAGAT--A-T-GC--A-T-C---------T-TA--TT-T-AGTC--T-TGAAT--T--A-----C-A-TC-G-----T-A--T-T---------AG-T-T-A--TTCTA-TCGC-CCAG-TCAT--TT---A--GTAA-A-CAG-A--T-A-A-A--AAGCGGCC--AT-C---------TAGTAA--TTTCC---A---A---TT-GTAAACC-AAAC-AC-GCAGCGCT
gi|71820 : AC-CGCA-T-CCGAGCG--T-AGTTTA--------------------CAT--A-A--A-CAA-----T---------TTAG--A-ATGAGAT--G-T-GC--A-T-C---------T-TGATTT-T-A--C--T-GGAAT--TT-A-----C-A-TC-G-----T-A--T-TA----A---AG-T-CAA--TTAT--TCG--CCAG-TCAT--TTTC-A--GT-A-A-C-G-A--T-A-A-A-TAAATGG-C-AAT-C---------AAGGTA---TTTC---AATTA---TT-GTAAA-C-AAAC-TC-GCA-CGTT
gi|71821 : -AGCA-T-CCGAGCGA-TTAGGTTAT-------T-TA--A-T-GCTAC--ATA--A-CAACAA-TT---------TTAG--A-ATGAGAT--G-T-GC--AAT-C---------T-TA--TT---A--C--T-TGTATACT--A-----C-A-CT-G-----T-A--T-TG----A---AG-T-CAA--TTCAA-TC---CCAG-TCGT--TT---A--GT-A-A-C-G-AATT-A-ATA-AAAGTGGCC-AAT-C---------TAGGTG--TTTTC---A---A---TTGGTAAA-C-AAACATC-GCA-
gi|71822 : -AGTTTAT-------C-TAT-A-T-GCCAC--ATA--A-CAC--A-TT---------TTAG--A-ATGAGAT--G-T-GC--A-T-C---------T-TA--GC-T-A--C--T-TGAAT--T--A-----C-A-TC-G-----T-A--T-T-----ATTTAG-T-CAA--TT-TA-TCGC-CCAG-TTAT--TT---A--GT-A-A-C-G-G--T-A-A-A-TAAGTGGCC-AAT-T---------TAGTTA--TTTTC---A---T---TT-GTAAA-C-AAAC-TC-GCA-
gi|71823 : TTAT-------TATAC-A-T-GCCAC---TA--G-CAA--A-TTGTTAAGATATTAG--A-A-GAGGT--GGT-GC--A-C-TACTGAATATT-TA--TT-T-A--C--T-TCGAT--T--ATAATAC-A-TC-GATAAAC-A--TATA----A---CA-T-CA---TTCTAATCAC-CCAG-CCTA--TTCG-A--GT-ACATC-GTA--T-A-A-AATAAGCGGTC-AAT-C---------TAGGTACTTTTTCCTGA---AAATTT-GT-AC-C-AAAA-CA-GCG-CGCT
gi|71824 : TA--A-CAA--A-TC---------TTAG--A-ATGAGAT--G-T-GC--A-T-C---------T-TA--TT-TAA--CG-C-TGAAT--T--A-----C-A-TC-G-----T-A--A-TGGTGAA---AA-T-C-A--TTTAA-TCGC-C--G-TTGT--TT---A---T-A-A-C-G-A--TAA-A-A-TAAATGGCC-AAT-C---------TAAGTA-----------------------AAA-C--AAC-TC-TCA-CGCT
gi|71825 : A--TTCTA-TTGC-CCAG-TCGT--TT---ATAGT-A-A-C-G-A--T-A-A-A-TAAGTGGCC-AAT-C---------TACGTA--TTTTC---A---A---TT-GTAAA-C-AAAC-TC-GCA-CGCT
gi|71826 : TA-TCGC-CCAG-TCGT--CT---A--GT-T-A-C-G-A--T-----A-TAAGTGTCC-AGT-CTAGATATTTTAGGTA--TTTTC---A---A---TT--T----C-AATC-TC-GCA-CGCT
gi|71827 : A-TCGC-CCAG-TCGT--TT---A--GT-A-A-C-G-A--T-A-A-A-TAAG