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blockSeqs : . . . T . . . ATAAGAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . T T . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . CATATGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AATAAGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AATAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T C . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CATAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C C . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAAGGAGT-ACT--G-AAA-TAA--TGAGA---G-AC-AT---------A-----A-T---G---------A----AA---A-A--T--GCA---A-T-G-T-CCT------A-AAAT-ATCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-CG--ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-T--CGCG---A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTT--TT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
finalCons : TAAGGAGT-ACT--G-AAA-TAA--TGAGA---G-AC-AT---------A-----A-T---G---------A----AA---A-A--T--GCA---A-T-G-T-CCT------A-AAAT-ATCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-CG--ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-T--CGCG---A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTT--TT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
Alignments
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lowQualScore : . .. . .. ... ... . ........................................ ... . .. .. ... . . . . ...... . . . . . . . .. . . .. ... . .. . . ... . ... ... . . ... .. . . . . . ... .. .......... .. . . . . . .
lowQualScore : 0 33 8 44 444 999 7 2222222222222222222222222222222222222222 888 6 22 44 888 6 6 6 6 333333 0 5 5 5 5 5 4 11 5 2 88 444 5 11 5 5 666 2 666 666 5 5 666 00 5 5 4 5 5 666 00 2222222222 11 6 6 6 6 7 7
consensus : TAAGGAGT-ACT--G-AAA-TAA--TGAGA---G-AC-AT---------A-----A-T---G---------A----AA---A-A--T--GCA---A-T-G-T-CCT------A-AAAT-ATCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-CG--ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-T--CGCG---A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTT--TT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
Reference ( family-531 ) : TAAGGAGT-ACT--G-AAA-TAA--TGAGA---G-AC-AT---------A-----A-T---G---------A----AA---A-A--T--GCA---A-T-G-T-CCT------A-AAAT-ATCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-CG--ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-T--CGCG---A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTT--TT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|102252 : TAAGGAGT-ACT--G-AAA-TAA--TGAGA---G-AC-AT---------A-----A-T---G---------A----AA---A-A--T--GCA---A-T-G-T-CCT------A-AAAT-ATCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-CG--ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-T--TGTG---A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTT--TT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|102253 : TAAGGATTTACT--G-AAA-TAA--TGAG----G-AC-AT---------C-----A-T---G---------A----AA---A--------TC---A-T-G-T-CCT------A-AA-T-ATCGGCG-A-TA-T-T--AT-CA--G--ATA---TC-AAG-AAAAA--TA-T--TGTG---A---TATA-T-GAT---AA--T-A-C-AA-A-A----TT--TT---G------GC--GA-TA---CC-ATAC-CCTA
gi|102254 : TAAGGAGT-GCT--G-AAA-TAA--TGAGA---G-AC-AT---------A-----A-T---G---------A----AA---A-A--T--GCA---A-T-G-T-CCT------A-AAAT-ATCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-CG--ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-T--TGTG---A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTT--TT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
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gi|102257 : TAACGAGT-ACT--GGAAA-TAA---GAGA---A-AA-AT---------A-----A-----G---------A----AA---A-A--C--GCT---A-T-G-T-CCT------A-GAAT-ATCG-TG-A-TA-T-T--AT-CA-TG--ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-C--CATG---A---TATA-T-TGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTT--TT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-
gi|102258 : TAGGGAGT-TCT--G-GAA--AA--T-AGA---A-AA-AT---------A-----A---------------A----AA---A-A--T--GCA---G-T-G-T-CCT------AGAAAT-ATCG-AG-A-TA-T-T--AT-CAACG--ATA---TTTAAG-AAAAAA-TA-T--CGTG---A---TATA-T-CAC---GA--T-A-C-AA-ACA---TTT--TT---G------GC--GATTA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|102259 : TAAGTAGT-ACT--G-AAA---A--TAAGA---G-A-------------------------A---------A----AA---A-A--T--GCA---A-T-G-T-CAT------A-GAAT-TTCG-TG-A-TA-T-T--AT-CA-CG--ATA---TA-AGG-TAAAAA-TG-T--TGTG---A---TATA-T-CTT---GA--T-A-C-AA-A-A---TTT--TT---G------GC--AA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|102260 : TAAGTAGT-ACT--G-AAA---A--TAAGA---G-A-------------------------A---------A----AA---A-A--T--GCA---A-T-G-T-CAT------A-GAAT-TTCG-TG-A-TA-T-T--AT-CA-CG--ATA---TA-AGG-TAAAAA-TG-T--TGTG---A---TATA-T-CTT---GA--T-A-C-AA-A-A---TTT--TT---G------GC--AA-TA---CC-AT-C-CCTA
gi|102261 : TGAGGAGT-ACT--G-AAAATAA---GAAA---A-A--AT---------A-----A-G---A---------A----AA---A-G--C--GCA---A-T-G-T-CTT------A-GAAT-ATCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-TG--ATA---TT-GAG-AACAAA-TA-T--CGTG---A---TAAA-T-CGT---GA--T-G-C-AA-A-A---TTT--TT---C------GT--GA-TA-C-CT-AT-C-CC
gi|102262 : TAGGGAGT-ACT--G-GAA-AAA---GAGA---A-A--AT---------A-----T-A---G---------AC---AA---A-A--T--GCA---G-A-G-T-CCT------A-CAAT-ATCG-CGGA-TA-T-T--AT-CA-CG--ATA---TT-AAG-AAATAA-T-------CG---A---CATA-T-CAC---GA--T-A-C-AA-A-A----TT--TT---G------GC--GA-TACC-CC-AT-C-CCTA
gi|102263 : TAAGGAGT-G-T--G-AAA---A--TAAGA---G-AA-GT---------A-----AGC---G---------A----AA---AAA--T--GCA---A-TAG-T-CCT------A-AAAT-AGTG-CG-A-TA-T-T--AT-CA--A--ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-T--TGTG---A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTT--T
gi|102264 : TAAGGAGT-GCT--G-AAAATAAAATGAGA---C-GCTAT---------T-----G-T---G---------AG---AA---A-A--T--GCA---A-T-G-TTCCT------A-AAAT-ATTG-CG-AGTACT-T--AT-CA-CGT-ATA---TT-GAG-AACATA-TAGT--TGTG---ATAGTACA-T-CAC---G---C-A-T-AA-A-C---TTT--TTTTGG------AT--GA-TA-C-TCGAT-C-TCCA
gi|102265 : TAAGGAGT-GCT--G-AAAATAA--T-AGA---A-AC-ATTTTTTTTTTA-----A-T---TTTTTTTTTTA----AA---A-A--TC-GCA---A-T-T-T-CTT------A-TAAT-ATTG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-TG--ATA---TT-AAG-
gi|102266 : TAAGGAGT-GCT--G-AAAATAA---GAAA---G-AC-GT---------ACATGTA-TTAGG---------A----AA---A-A--T--GCA---A-T-G-A-CTT------A-AAAT-ATTG-CG-A-TA-T-
gi|102267 : AAGGAGT-ACT--G-AAA-TAA--TGAGA---G-AC-AT---------A-----A-T---G---------A----AA---A-A--T--GCA---A-T-T-T-CCT------A-AAAT-ATTG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-CG--ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-T--TGTG---A---TATA-T-CGC---GA--TAA-C-AA-A-A---TTT--TT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|102268 : AAAAAGT-A-T--G-AAA--AT--TGAGATGGG-AC-AT---------A-----A-T-------------------A---A-A--TTGGCA---A-T-GGT-CCT------A-AAAT--TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-GC--AT----TT-GAG-AAAAAA-TA-T--TGTG---A---TATA-TTCGC---GGATT-A-C-AACA-A---TTT--TT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|102269 : AAAGAGT-ACTTGG-AAA-TAA---GAGA---G-AA-A----------A-----A-T---A---------AGAAAAA---A-A--T--GCA---A-T-G-T-CCT------A-GAAT-ATTG-CG-A--A-T-T--AT-
gi|102270 : AGGA-T-ACT--G-AAA-TAA--TGAGA---GAAC-AT---------------A-T---G---------A----AA---A-A--TG-GCA---A-T-G-T-CCT------A-AAATAATCG-CG-A-TA---T--ATGCAGCG--ATA---TT-AAG-AAAAAACTA-TTGTGTG---A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AG-A-AAT-TTT--TT---G------GC--G
gi|102271 : AGGAGT-GTT--G-AAAATAA---GAGA---A-AA-AT---------A-----A-----G---------A----AA---A-AAGT--GCT---A-T-G---CCT------A-GAA--ATCA-CG-A-TA-T-T--AA-CA-GG--ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-T--TGTG---A---TATA-T-CGC---TA--T-A-C-AA-A-A---AGA--TT---G------GC--AT-TA-A-CC-AT-C-CTTA
gi|102272 : CT--G-AAA-TAA------------AA-AT---------A-----A-T---G---------A----TTGTTA-A--T--ATT---A-T-A-T-CTT------GGAAAT-ATTG-CA-A-TA-CAT--AT-CA-CA--GTACATTT-GA-----AAA-TA-T--TGCA---A---TATA-T-CGC---AA--T-A-C-AA-A-A---ATT--TC---ATCTCACCC--GA-TA-C-AC-AG-C-CCTA
gi|102273 : T--G-AAA-TAA---GAGA---G-A-----------------------------------------A---A-A--T--CT------T-A-T-TTT------A-AAAT-ATTG-CG-A-TA-AAT--AT-CG-CA--ATACATTT-GA-----AAA-TA-T--CGCA---A---TATA-T-CGC---AA--T-A-CGAA-A-A---TTT--CA---C------CC--GA-TA-C-GC-AG-C-CCTA
gi|102274 : --TGAGA---G-AC-AT---------A-----A-T---G---------A----AA---A-A--T--GCA---AGT-G-T-CCT------A-AAAT-AACG-CC-A-TA-T-C--AT-CA-CG--ATA---TT-AAG-AAA
gi|102275 : ---G-AA-AT---------A-----AGC---G---------A----AA---A-G--A--GCGTTGA-T-G-T-CCTTATTTGA-AAAT-ATTG-CA-A-TA-CAT--AT-CG-CATTACA---TT-TG----AAAA-TA-T--CGCA---A---TATA-T-CGC---GA--T-A-CGAA-A-A---TTTAACT-----------C--GA-TA-C-AC-AG-C-CCTActagattgtg
gi|102276 : T---------A-----A-----G---------G----AA---A-G--T--GCA---A-T-G-G-CCC------A-AAAT-ATTG-TG-A-TA-T-TTAAT-CA-CG--ATA---TT-AA---AAAAA-TA-T--TGTG---A---TATA-T--G----GA--T-AGC-AA-A-AAATTCT--TC---G------GCCGGA-TA-C-CC-A
gi|102277 : ------A-AAAT-ATTG-CA-A-TA-GAT--AT-CG-CA--GTACATTT-AA-----AAA-TA-T--CGCA---A---TATA-T-CGC---AA--T-A-C-GA-A-A---TTT--TC---AC-----CC--GA-TA-C-AC-AG-C-CCTA
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gi|102279 : TA---TT-AAG-AAAAAT-TA-T--CGTT---A---TATA-T-TGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTT--TT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|102280 : A---CT-AAA-AAAAAT-CA-T--TGTG---A---TGTAAT-CGCCCCGA--T-A-TTAA-A-A---TTT--TTT--G------GC--AA-TA-C-CC-AT-CACCTA
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gi|102282 : AAAA-TA-C--TGCA---A---TATA-T-CGC---GA--T-A-CGAA-A-A---TTT--CA---C------GC--GA-TA-C-GC-AG-C-CCTA