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Reference ( gi|18805 )        :                                        AGAGA-AT-AA-T-A--C--A-TAC-CT-A--TTT-C-CATA--T-C--A-CA--CCCT-GT--A--T-CAGCC---C--G-A-G---AC--A--C--C-AA-T-AT----T-CA------------GCC-C--G--A-----G-------G-C--C---GAA-GG-C------T--G-A-G-----GGC-----T-----G-A-T-A-T-T-G---G-------T---CG-A---GGGCTG-A--T--AC-AGGG
gi|18809                      :                                        AGAGA-AT-AA-T-A--C--A-TAC-CT-A--TTT-C-CATA--T-C--A-CA--CCCT-GT--A--T-CAG-C---C--G-A-----AC--A--C--C-AA-T-A-----T-CA------------G-C-C--G--A-----G-------G-G--C---GAA-GC-C------C--G-A-G-----GGC-----T-----G-A-T-A-T-T-G---G-------T---CG-A---GGGCTG-A--T--AC-AGGG
gi|18806                      :                                        AGAGA-AT-AA-T-A--C--A-TAC-CT-A--TTT-C-CAT---T-C--A-CA--CCCT-GT--A--T-CAGCC---C--G-A-G---AC--A--C--C--A-T-AG----T-CA------------GCC-C--G--AG----G-------G-C--C---GAA-GG-C------C--G-AGG-----GGC-----T-----G-A-T-A-T-T-G---G-------T---CC-T---AGGC-G-A--T--AC-AGGG
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gi|18808                      :                                                              agagaataatacatacctatttccattcaca--CCCT-GT--A--T-CAGCC---C--T-C-A---AC-----C--A-AA-T-AA----T-CA------------GCC-C--T--C-----GT------G-C--C---TCG-GC-C------C--T-C-G-----GGC-----T-----G-A-T-A-T-T-G---GG------T---CT-C---GGGCTG-A--T--AC-AGGG
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lowQualScore                  :                                         5  5  5 5 44 44 4   4  4 99   4 4    99 5 33 4  00      77 88      999  1 2 777777777 55 2  1 1 777  4444   55 55555555555555555555555555555555555  99999999999999999999999   4 7 4  9 2 4 555 6666666 444 11111 111     2 22 66  4    
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gi|18809                      :                                    AGAGA-AT-AA-T-A--C--A-TAC-CT-A--TTT-C-CATA--T-C--A-CA--CCCTGT--A--TCAG-C---CG-A-----AC--A-C--C-AA-T-A-T-CA----G-C--C---G--A-G-G-G----C-GAA-GC-C-C--G-A-GG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---G-------T---CG-A--G---GGCTG-A--T--AC-AGGG
gi|18810                      :                                    AGA-A-AT-AAAT-A--C--A-TAC-CT-A--TTT-C-CATAATT-C--A-CA--CCCTGT--A--TCA-CC---CG-A-G---AC--A-C----AA-TGATT-CA----GCC--C---G--A-G-G-C----T-GAA-CG-T-A--G-A-GG-----------------------GGT-A-G-TA---G-G---G-------T---CG-A--G---GGCTG-A--T--AC-AGG
gi|18811                      :                                    AGAGA-AT-AA-T-A--C--A-TAC-CT-A--CTT-C-CATA--T-C--A-CA--CCCTGT--ACTTC-GCC---CG-A-G---AC--A-C--C-AA-T-A-T-CG------C--C---G--A-G-GCC----C-GAAGGG-C-C--G-A-GG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---G-------TC--CG-A--G---GGCTG-AC-T--AC-AGG
gi|18812                      :                                    AGAGA-AT-GA-TTA--C--G-TAC-CT-A--TTT-C-CATA--T----A-CA--CCCT-T--A--TCAGGC---CG-A-G---AC--A----C-AA-T-A-T-CA----GCC--C---GTTA-G-G--------GGA-GG-C-CCGG-AGGG-----------------------GAT-GAA-TACT-T-G---G-------T---CG-A--G---GG-TG-A--T--ACGAGGG
gi|18813                      :                                    AGAGATAT-AA-T-A-----A-CAC-TT-A--GTT-C-CATA--T-C--A-CT--ACCTGT--A--TCAGCC---CGAA-G---ACATA-C--C-AA-T-A-T-CA----GCC-------------G-T--------------------A-GG-----------------------GCT-GAA-TA-T-TGG---G-------T---CG-A--G---GGCTG-A--T--AC-AGG
gi|18814                      :                                    AGAGA-AT-AA-T-A--C--A-TA--CT-A----T-C-CATA--T------CA--CCCTGT--A--TCAG-C---CG-A-G---AC--A-CCAC-AA-T-A-T-CA----GC------------------------------C-C--G-A-GG-----------------------GCT-G-A-TATT-T-G---G-------T---CG-AAGG---AGCTG----T--A--AGGG
gi|18815                      :                                    AGAGA-AT-A--T-A--C--A-T---CTGA--TTT-C-TAC---T-C--A-C-------GT--A--TCAGCC----G-A-G---AC--A-A--C-AAAT-AT---A----GC-------G--A-G-GGC----C-G---GG-C-CC-G-A-GG-----------------------GCT-GAA-TA-T-T-----G-------T---CG-A--G---GGCTGAA--T--AC-AGG
gi|18816                      :                                    AGAGA-AT-AT-T-A--C--A-TAC-CA-A--AAT-C-CATA--T-C--A-TATGCCATATTGA--TCAGCC---TG-A-GT--GG--T-C--C-CA-T-ATC-C-----GCC--C---A--AGG-G-C----C-GAA-AG-CTC--G-A-GG-----------------------GTG-G-A-TA-T-G-G---GGCC----C---CG-A--G---GGCTG-A--T--A
gi|18817                      :                                    AGAGA-AT-AT-T-A--C--A-TGG-TA-A--AAT-C-CATA--C-C--G-CA--TGACAT--A--TCAGCC---CG-A-GT--GG--A-C--C-CA-T-A-T-CA----GCT--C---AC-G-G-G-C----C-AAA-GGTC-C--G-A-GG-----------------------GTT-G-A-TA-T-G-G---GGCC----C---CG-A--G---GGCTG-A--T--A
gi|18818                      :                                    AGAGA-AT-AT-T-A--C--A-TGC-TG-A--AAT-C-CATA--T-C--A-CA--TGGCAT--A--TCAG-C---CG-A-GT--GA--A-C--C-CA-T-A-T-CA----GCC--T---G--A-GCA-C----A-AAA-GG-C-CT-G-A-AG-----------------------GTT-G-A-TA-T-G-G---GGCC----C---CG-A--G---GGCTG-A--T--AC-
gi|18819                      :                                    AGAGA-AT-AA-T-A--CGTA-TGC-C-----TTT-A-CATA--T-C--A-CA--TCCTGT--A--TCAGCT---CG-A-G---AA--G-C--C-AT-C-ATTACACGTGGCC--C---G--A-G-A-C----
gi|18820                      :                                    AGAGA-AT-AT-T-A--C--A-TGC-TA-A--AAT-C-CATA--T-C--G-CA--TGGCAT--A--TCAGCC---CG-A-GT--GG--G-C--C-CA-T-A-T-CA----GC------------------------------T-C--G-A-GG-----------------------GTT-G-A-TA-T-T-G---GGC-----C---CA-A--G---GGCTG-A--T--A
gi|18821                      :                                     GAGA-AT-AA-T-A--C--A-TAC-CT-A--TTT-C-CATA--TACAAA-CA--CCCTGCTAA--TCAGCC---CG-A-G---AC--ACC--C-AA-T-A-T-CA----GC------------------------------C-C--G-A-GG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---G-------T---CGAA--A---GGCTG-AACT--AC-AGGG
gi|18822                      :                                      AGG-AT-AA-T-A-----A-TAC-CT-A--T---C-CATA--T-C--A-C----CCTGT--A--TCAGCC---CG-AGG---AC--A-C--C-A----ATT-CA----G-C--C---G--A-G-G-C----C-GAA-GC-C-C------GG-----------------------GCTGG-A-TATT-T-G---G-------T---CG-A--G---G--TG-A-----AC-AGG
gi|18823                      :                                      AGG-AT-AT-T-A--C--A-TGC-CA-A--AAT-C-CATA--T----A-TG--CC--AT--A--TCAGCC---CG-A-GTGGA---A-C--C-A--T-AT--CA----GCC--C---A--A-G-G-C----C-GAA-GG-C-CC-G-A-GG-----------------------GCT-G-A-TG-T-G-G---G-------C---CC-G--A---GGCTG-A--T--A
gi|18824                      :                                        A-AT-AA-A-A--C--A-TAC-CT-A--TTT-C-CATA--T-C--A-CAC-CCCTGT--A--TCAGCC---CT-C-G-------A-C--C-AA-T-A-T-CA----GCC--C---T--C-A-G-C----C-TTC-GG-C-C--T-C-GG-----------------------GCT-GAA-TA-T-T-GGT-G-------T---CT-C--G---GGCTG-A--T--AC-AGGG
gi|18824                      :                                                                                         --CCCTGT--A--TCAGCC---CG-A-G---AC--A-C--C-AA-T-ATT-CA----GCC--C---G--A-G-G-C----C-GAA-GG-C-T--G-A-GG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---G-------T---CG-A--G---GGCTG-A--T--AC-AGGG
gi|18825                      :           aataaaacatacctatttccatatcacacA-AT-AA-A-A--C--A-TAC-CT-A--TTT-C-CATA--T-C--AGCA--CCCTGT--A--TCAGCC---CT-C-A---AC----C--A-AA-T-AAT-CA----GCC--C---T--C-GTG-C----C-TCG-GC-C-C--T-C-GG-----------------------GCT-G-A-TA-T-TGG---G-------T---CT-C--G---GGCTG-A--T--AC-AGGG
gi|18826                      :                                        A-AT-AA-A-A--C--AATAC-CT-A--TTT-C-CATA--T-C--A-CA--CCCTGT--A--TCAGCC---CT-C-G-------A-C--C-AA-T-A-T-CA----GCCCTC---G----G-G-CTT--C------G-C-C--C-T-CG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---G-------T---------GTTCGGCTG-A--T--AC-AGGG
gi|18826                      :                                                                                         --CCCTGT--A--TCAGCC----G-A-----AC--A-C--C-AA-T-AT--CA----GCC------G--A-G-G-G----C-GAA-GC-C-C--G-A-GG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---G-------T---CG-A--G---GGCTG-A--T--AC-AGGG
gi|18827                      :           aataaaacaatacctatttccatatcacaA-AT-AA-A-AA-C--A-TAT-CT-A--TTT-C-CATA--T-CA-A-CA--GCCTGT--AG-TCAGCC---CT-C-G---G---A-C--C-AA-T-A-T-CA----GCC--C---T--C-G-G-CCCTTC-G---GG-C-C--T-C-GG-------------------------C-G-A-TA-T-T-GGT-G-------T---CT-C--G---GGC-G-AAGT--AC-AGGG
gi|18827                      :                                                                                         --CCCTGT--ACTTC-GCC---CG-A-G---AC--A-C--C-AA-T-ATC-------GCC------G--A-G-G-C----CCGAA-GGGC-C--G-A-GG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---G-------TC--CG-A--G---GGCTG-AC-T--AC-AGG
gi|18828                      :         aataaaaacatatctatttccatatcaacagA-ATGAA-T----C--A-TAC-CT-T--ATT-C-CATA--T-C--A-CA--CCCTGT--AGTTCAGCCTTTCG-----------A-C--C-AA-T-A-T-CA----GCC--C------------T----C-----------------GG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-GGGTG-------T---CT-C--G---GGCTG-A--TTAGC-AGGG
gi|18828                      :                                                                                         --CCCTGCTAA--TCAGCC---CG-A-G---AC--A-C--CCAA-T-AT--CA----GCC--C---G--A----------------------------GG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---G-------T---CGAA--A---GGCTG-AACT--AC-AGGG
gi|18829                      :             aatgaatcataccttattccatatcaca-AT-AA-T-AGAC--A-TAC-CT-A--TTT-C-CATA--T-C--A-CA---CCTGT--AT-TCAGCC---CT-C-G---A--------C-AA-T-ATT-CA----GCC--C---
gi|18830                      :                                         -AT-AA-A-C--C--A-TAC-CT-A--TTT-CTCATA--T-C--A-CAC-CCCTGTA-A--TCAGCC---CT-A-G---AC----C--A-AA-T-AAT-CA----GCC--C---
gi|18831                      :                                            -AA-T-T--C--A-TAC-CT-A--TT--C-CATA--TTC--A-CA--CC-TGT--A--TCAGCC---CT-C-G---AC----C--C-AA-T-ATT-CA----GCC--C---T--A-----C-----------------------G-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---GTATGTCTT---C-----G---GGCTG-A--T--AC-AGG
gi|18832                      :                                                   --C--A-TAC-CT-T--TTTTC-CATA--T-A--A-CA--TCCTGT--A--TCAGCC---AG-A-G---AT--A-G--C-AA-T-A-T-CA----TCT--CATTA--G-G-G-T----C-GAA-GGAC-C--G-A-GGGTCAAAGCCCAAAAAGCCCAAGGGCT-G-A-TA-T-T-G---G-------T---CG-A--G---GGCTG-A--T--AC-AG
gi|18833                      :                                                            C-CT-A--TTT-C-CAAA--T-T--A-CA--TCCTGT-----TCACCT---CG-----------A-C--CAAA-T-ATC-CA----GCC--C---G----G-G-CTT--C-----GG-C-C--T---CG-----------------------GCT-G-A--A-T-T-G---G-------TGTCCT-C--G---GGCTG-A--T--AC-AGGG
gi|18833                      :                                                                                         --CCCTGT--A--TCAGCC---CG-AGG---AC--A-C--C-A----ATT-CA----G-C--C---G--A-G-G-C----C-GAA-GC-C-C------GG-----------------------GCTGG-A-TATT-T-G---G-------T---CG-A--G---G--TG-A-----AC-AGG
gi|18834                      :                                                                            cctatttccaaattacatTGT--A--TCAGCC---CG-A-GT--GG--G-C--C-CA-T-A-T-CA----GCC--C---G--AGG-G-C----C-GAT-GT-T-C--G-A-GG-----------------------GTT-A-A-TA-TGG-G---G-------C---CT-G--G---GGCTG-A--T--A
gi|18835                      :                                                                                                                                                                                     --G-A-GG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---G-------T---CG-A--G---GACTG-A--T--AC-


blockSeqs                     :                                         T  G  A T GA GT A   G  G AT   T T    AT T AA G  TG      TG CT      TTT  A G ACATA     CA C  A G TTA  CGTG   CT ATTAGGGTCGAAGGACCGA                  GTCAAAGCCCAAAAAGCCCAAGG   G A C  T G G GGT TATGTCT GTC GAAG  TTC     A AC TA  G
blockSeqs                     :                                         .  .  . . A  G  .   .  . .    . .    .  T A  .  G       TA CT      .    . G TGGAA     .  A  . . GT   .      .  GTTAGGGGAGGCCCGGAG                   .                         G A T  C . G GT  GCC     C   GAA   .       . AG .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  A .  .  C       TA GT      .    . . TGGT      .  .  . . GT   .      .  GAGGGCCGAAGGCCGAG                    .                         . A .  T . . GT  GCC     C   GAA   .       . AC .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  T .  .  C       A  G       .    . . TGGA      .  .  . . TT   .      .  CTCGGCCTTCGGCCCTC                    .                         . A .  T . . T   GCC     .   CT    .       . C  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  T       .    . . TGAA      .  .  . . TC   .      .  GAGGGCCGAAGGCCGAG                    .                         . . .  T . . .   GC      .   TC    .       . C  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . TGGG      .  .  . . TT   .      .  GAGGCCCGAAGGGCCGA                    .                         . . .  . . . .   .       .   CT    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACAC      .  .  . . TT   .      .  AAGGGCCGAAAGCTCGA                    .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . TGGG      .  .  . . AT   .      .  ACGGGCCAAAGGTCCGA                    .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . TC   .      .  GAGCACAAAAGGCCTGA                    .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . TT   .      .  TCGGCCCTTCGGGCCTC                    .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . AT   .      .  GAGGCCCGAAGGGCCGA                    .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . TT   .      .  GAGGGCCGAGGCACGA                     .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . TC   .      .  AAGGCCGAAGGCCCGA                     .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . TT   .      .  TCGTGCCTCGGCCCTC                     .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . T    .      .  GAGGGCCGATGTTCGA                     .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . T    .      .  GAGGGCGAAGCCCGA                      .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . AAG       .  .  . . T    .      .  GAGGCTGAACGTAGA                      .                         . . .  . . . .   .       .   AA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . T    .      .  GAGGGCCGGGCCCGA                      .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . T    .      .  TCAGCCTTCGGCCTC                      .                         . . .  . . . .   .       .   CG    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . T    .      .  GAGGCCGAAGGCTGA                      .                         . . .  . . . .   .       .   TC    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . T    .      .  GAGGGCGAAGCCCGA                      .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . T    .      .  GAGGCCGAAGCCC                        .                         . . .  . . . .   .       .   TC    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ATA       .  .  . . T    .      .  GAGGCCGAAGCCC                        .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . ACA       .  .  . . T    .      .  GGGCTTCGCCCT                         .                         . . .  . . . .   .       .   TC    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                         .  .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . AC        .  .  . . T    .      .  GGGCTTCGGCCT                         .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                            .  . . .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . AC        .  .  . . T    .      .  CCGA                                 .                         . . .  . . . .   .       .   TC    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                                   .  .  .   .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . AC        .  .  . . T    .      .  TCGA                                 .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                                             .  . .    . .    .  . .  .  .       .  .       .    . . GA        .  .  . . T    .      .  CCGA                                 .                         . . .  . . . .   .       .   TC    .       . .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                         .       .  .       .    . . AC        .  .  . . T    .      .  GTA                                  .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .    
blockSeqs                     :                                                                                         .       .  .       .    . . AC        .  .  . . T    .      .  TAC                                  .                         . . .  . . . .   .       .   TG    .       . .  .    
blockSeqs                     :                                                                                         .       .  .       .    . . A         .  .  . . T    .      .  TC                                   .                         . . .  . . . .   .       .   GA    .       . .  .    
blockSeqs                     :                                                                                         .       .  .       .    . . A         .  .  . . T    .      .  GA                                   .                         . . .  . . . .   .       .   .     .       . .  .    
blockSeqs                     :                                                                                         .       .  .       .    . . A         .  .  . . T    .      .                                       .                         . . .  . . . .   .       .   .     .       . .  .    
blockSeqs                     :                                                                                         .       .  .       .    . . A         .  .  . . T    .      .                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                 .  .       .    . . A         .  .  . . T    .      .                                                                                                                      


blockSeqCons                  :                                                                                                                                         T**            GAGGCCGAAGGCCCGA*******************
originalCons                  :                                    AGAGA-AT-AA-T-A--C--A-TAC-CT-A--TTT-C-CATA--T-C--A-CA--CCCTGT--A--TCAGCC---CG-A-G---AC--A-C--C-AA-T-ATT-CA----GCC--C---G--A-G-G-C----C-GAA-GG-C-C--G-A-GG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---G-------T---CG-A--G---GGCTG-A--T--AC-AGGG
finalCons                     :                                    AGAGA-AT-AA-T-A--C--A-TAC-CT-A--TTT-C-CATA--T-C--A-CA--CCCTGT--A--TCAGCC---CG-A-G---AC--A-C--C-AA-T-AT--CA----GCC--CGAGGCCGAAGGCCCGA-------------------GG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---G-------T---CG-A--G---GGCTG-A--T--AC-AGGG





Alignments
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lowQualScore                  :                                         1  1  1 1 33 33 1   1  1 11   1 1    11 5 33 1  44      55 66      111  1 2 000000000  2 11 1 2 88 1  333333   11 33333333333333333333333333 0 44444   00000000000000000000000   2 4 3  6 1 2 666 0000000 444  3333 222     1 77 11  1    
lowQualScore                  :                                         .  .  . . .. .. .   .  . ..   . .    .. . .. .  ..      .. ..      ...  . . .........  . .. . . .. .  ......   .. .......................... . .....   .......................   . . .  . . . ... ....... ...  .... ...     . .. ..  .    
lowQualScore                  :                                         5  5  5 5 44 44 4   4  4 99   4 4    99 5 33 4  99      55 66      999  1 2 000000000  2 55 1 2 00 1  111111   55 77777777777777777777777777 5 55555   66666666666666666666666   3 6 4  9 2 4 555 0000000 444  0000 111     2 22 66  3    
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Reference ( family-530 )      :                                    AGAGA-AT-AA-T-A--C--A-TAC-CT-A--TTT-C-CATA--T-C--A-CA--CCCTGT--A--TCAGCC---CG-A-G---AC--A-CC-A--A-T-A--T-CA------GCC--C---G--A-G-G-C----CGA----AGGCC-CG--AGG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---G-------T---CG-A--G---GGCTG-A--T--AC-AGGG
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gi|18831                      :                                            -AA-T-T--C--A-TAC-CT-A--TT--C-CATA--TTC--A-CA--CC-TGT--A--TCAGCC---CT-C-G---AC----CC-A--A-T-AT-T-CA------GCC--C---T--A-----C-----------------------G-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---GTATGTCTT---C-----G---GGCTG-A--T--AC-AGG
gi|18832                      :                                                   --C--A-TAC-CT-T--TTTTC-CATA--T-A--A-CA--TCCTGT--A--TCAGCC---AG-A-G---AT--A-GC-A--A-T-A--T-CA------TCT--CATTA--G-G-G-T----CGA----AGGAC-CG--AGGGTCAAAGCCCAAAAAGCCCAAGGGCT-G-A-TA-T-T-G---G-------T---CG-A--G---GGCTG-A--T--AC-AG
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gi|18833                      :                                                                                         --CCCTGT--A--TCAGCC---CG-AGG---AC--A-CC-A--A-T----T-CA------G-C--C---G--A-G-G-C----CGA----A-GCC-C----GG-----------------------GCTGG-A-TATT-T-G---G-------T---CG-A--G---G--TG-A-----AC-AGG
gi|18834                      :                                                                            cctatttccaaattacatTGT--A--TCAGCC---CG-A-GT--GG--G-CC-C--A-T-A--T-CA------GCC--C---G--AGG-G-C----CG-----ATGTT-CG--AGG-----------------------GTT-A-A-TA-TGG-G---G-------C---CT-G--G---GGCTG-A--T--A
gi|18835                      :                                                                                                                                                                                          G--AGG-----------------------GCT-G-A-TA-T-T-G---G-------T---CG-A--G---GACTG-A--T--AC-