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Reference ( gi|88132 )        :  CAGCAG-AGAT--GAACC---G-A--TT-G-C--A--TTT-TGCCAAA---A-G--CA-CTA-TTT-T-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-TG-TG--TGA----TT-GCCAC--T-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TTC-TGAA--AC--C---T-TCCC-ATAAC-C----TCTAA----A-G--T--ACAG-TTT--T-G-----CTA---ACG--TT-A--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-CTGA
gi|88113                      :  CAGCAG-AGAT--CAACC---G-A--TT-G-C--G--TTC-TGTCAAA---A-G--CA-CCA-TTT-T-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-TC-TG--CGG----TT-GCCAC--T-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TTC-TGCA--AC--CT--T-TCCC-ATAAC-C----TCTAAT---T-T--T--ACAG-TTT--T-A-----CTA---ACG--TT-T--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-CTGA
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Reference ( family-529 )      :           CAGCAG-AGAT--GAACC---G-A--TT-G-CG--T-TT-TGCCAAA---A-G--CA-CTA-TTT-T-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGA----TT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-C----TCT--CAA--T----T-A--CG-GTT------T--CA-CTA---ACG--TT-A--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-CTGA
gi|88113                      :           CAGCAG-AGAT--CAACC---G-A--TT-G-CG--T-TC-TGTCAAA---A-G--CA-CCA-TTT-T-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGG----TT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GCAACC--T-TTCCCATAAC-C----TCT---AATTT----T-A--CA-GTT------T--TA-CTA---ACG--TT-T--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-CTGA
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lowQualScore                  :                 .    ..     ... . ..  . .  .. .  .       ... . ..  .   .   ... .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   ... .....  .  .    . .  ...       ....   . .      . ...  .  . .. .  .  ..      .. .          . ....   ...  .. .... . ..  .   ...... ..  .   ...   ..  ....  ...  ..   ..  . . .  .    
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Reference ( family-529 )      :           CAGCAG-AGAT--GAACC---G-A--TT-G-CG--T-TT-TGCCAAA---A-G--CA-CTA-TTT-T-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGA----TT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-C----TCT--CAA--T----T-A--CG-GTT------T--CA-CTA---ACG--TT-A--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-CTGA
gi|88113                      :           CAGCAG-AGAT--CAACC---G-A--TT-G-CG--T-TC-TGTCAAA---A-G--CA-CCA-TTT-T-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGG----TT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GCAACC--T-TTCCCATAAC-C----TCT---AATTT----T-A--CA-GTT------T--TA-CTA---ACG--TT-T--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-CTGA
gi|88114                      :          tCAGCAG-AGAT--GATCC---A-A--AT-G-CG--T-TG-TGCCAAA---A-T--CA-CTA-ATT-T-A-GGACC-CCCA-TG-CG-TT-GC-C-ATT-CT-T-CCG--AGC----TT-GC-CACA-A-CG---AGGT
gi|88115                      :          tCAGCAG-AGAT--CAACC---G-A--TT-G-TG--T-TT-TGCCAAA-----G--CA-CCA-TTT---G-GAAAG-CCTA-CG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGA----TT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-C----TCT--AAA--T----T-A--CG-GTT------T--TA-CTA---ACG--TT-T--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-CTGA
gi|88116                      :          tCGGCAG-AAAT--GAACC---A-A--AT-G-TG--T-TT-TGCCAAA---A-G--CA-CTA-TTT-T-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GC-C-ATT-CT-T-CTG--CGC----TT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT--T-GTT-C-CACCCT-C---CT-TG-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-C----TTT--CAA--T----T-A--CG-GTT------T--CA-CTA---ACA--CT-A--AG---TC-CTCA--TG-C-C-AG-CTGA
gi|88117                      :          tCAGCAG-AGAT--CAACC---G-A--TT-G-TG--T-TT-TGCCAAA-----G--CA-CCA-TTT---G-GAAAG-CCTA-CG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGA----TT-GC-CACT-A-CG---A-GTCTT--C-G-T-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT---GAACC--T-TTCCCA-AAC-C----TCT--AAA--T----T-A--CG-GTT------T--TA-CTA---ACG--TT-T--AA---TC-ATCA--C--C-C-AC-CTGA
gi|88118                      :          tCGGCAG-A-AT--GAACA---A-A--T--G-TG--T-TT-TGCCAAA-----G--CA-CTA-TTT-T-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GC-C-ATT-CT-T-CTG--CG-----CT-G--CACT-A-CG---AGGTCTT--T-GTTCA-CCCCCT-C---CT-TG-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-------TT--CAA--T----T-A--CG-GTT------T--CA-CTA---ACA--CT-A--AG---TC--TCA--TG-C-C-AG-CTGA
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gi|88122                      :          tCAGTAG-AGAT--GAAAC---A-AG-TT-G-CG--T-TT-TGC--AA---A-A--C--CTA-TTT-C-A-G-ATC-CCCA-TA-AG-CT-GT-C-ATT-CT---CTG--CGA----TTTAC-CACT-A-CG---AGGTATT--G-TTT-G-CAGTTT-C---CA-TGAT--G-TTTCT--GGAACA--T-TTCCTATAAC-C----TCC--CAA--T----T-A--CG-G-T------T--CA-CTT---ACG--TA-A--AA---CC-TTCA--TG-C-T-AC-CTGA
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gi|88127                      :          tCAGCAGCAGATTCGAACC---G-A--TTTG-CA--T-TT-TTTGAAA---G-C--CA-CCA-TTT-T-A-AGACC-CCCA-TG-A---T-GT-C-ATT-CT---CTG--CGA----TA-GC-CACT-A-CG---AG-TCTT--C-GTT-GACACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-CG---TCTA-AAA--T----TAA--CG-GGT------T--TA-CTA---ACG--TTAA--AA---TC-ATCA--CG-CGC-A--CTGA
gi|88128                      :          tCAGCAA-ATCT--GAACCCAAG-A-----G-CG--T-TT--GCCCAA---A-G--CA-CTA-TTT-T-A-TG-CC-CCCA-TG-AG-CT-GC-C-ATA-GT-T-CTC--TGAGCATTT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT----GTT-G-CACCCT-C---CC-TA-TTGG-TT-CT--GAAACC--TCTTCCCATAAC-A----TTT--C-A--T----G-ACCCG-GTT------TCACA-CTA---ACG--TT-ATTGC---TC-CTCA--CG-C-C-AA-CTGA
gi|88129                      :          tCAGCAG-AGAT--CAACC---G-A--TT-G-CG--T-TT-TGCCAAA---ATG--CA-----TTT-T-A-GGACG-CCCA-GG-AG-CT-GT-T-ATT-CT-T-CTG--CGA----AT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT--
gi|88130                      :                            t---G-A--TT-G-AG--T-TT-T-CCTAA---A-G--CA-CCA-TTT---A-GGACG-CTCA-AG-AG-CA-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGA----TT-GC-CACT-A-C-----AGTCTT--CGGTT-G-CATCCTGC---CC-CG-T----TT-CTTAAGGACC--T-TT-TTATAAC-C-----CTAAAAA--T----T-A--CGTGTT----------A-TTA---AC---TT-A--AAG--TC-AGCA-------C-AC-CTGA
gi|88131                      :           tcaggcgatatcatAACC---A-A--AT-GTCG--T-TT-TGC-AAA---A-G--CAACTA-TTTAT-A-TGACC-CCCA-TG-AG-CTCGC-C-ATT-CT----TG--AGC----TT-GC-CACC-A-CT---AGGT-TT--T-GTT-G-CACCCT-----CC-TA-T----TT-CT--GGAAC------TTCCATAAC-TA---TTT--CAA--T----T-A--C--GTT------T--CA-CT----AC---TT----AA---TC--TCAACCGCC-C-AA-CTGA
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gi|88134                      :             GCAG-AAAT--GAACCC--A-A--AT-G-CG--T-TTATGCCAAA---A-G--CA-CTA-TTT-T-A-GGACC-CC-A-TG-AG-CT-GC-C-ATT-CT-T-CTG--CGC----TT-GC--ACT-A-CG---AGGTCTT--T-GTT-C-CACCCT-C---CT-TG-T--G-TT-CT--GGAACCT-T-TTCCCATAAC-C----TTT--CAA--T----T-A--CG-GTT------T--CA-CTA---ATG--CT-----A---CC-CTCA--TG-C-C-AG-CTGA
gi|88135                      :              CAG-AGAT--GAACC---G-A--TT-G-CG--A-TT-TGCCAAA---A-G--CA-CTA-TTT-T-A-AGACC-TCCA-CG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CG
gi|88136                      :                     T--GAACC---A-AATTT-G-CGGGT-TT-TTCCAAA---A-AATCA-CTA-TTT---A-GATCCACCCA-TGTAG-CT-GT-CCATTTCT-T-CTGAGTGG----TT-GCACCTT-A-CG----GGTCCTATT-GTT-G-CAGCTC-CACTCC-TA-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAACACGATGTCT--GAA--T----T-A--CG-GTT------T--CAGCTA---ACG--TT-AT-GC---TC-TCCA--CG-C-C-AC-
gi|88137                      :                    aaatcAACC---GGA--TT-C-CA--T-TT-TGCCAAAGGTA-G--CA-CTA-TTT-TTA-AGCCG-CTCAATG-AGACT-GT-C-ATT-CTATGCTG--CGA----TA-GC-CACT-A-CG---AGATCTT--C-GTT-T-GACGCT-C---CC-TG-T--GTTT-CT--GGAACC--T-TTCCC-TAAC-T----GCT--AAA--T----T-G--CA-GGT------T--CT-CTACATACGTATT-A--AA---TCAATCA--CG-C-C-AC-CT
gi|88138                      :                             ---G-A--TT-G-CG--T-TT-TGCCAAA---A-G--CA-CCA-TTT-T-A-GGGCC-CTCG-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGA----AT-GC-CACT-A-TG---AGATCTT--C-GGT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--G
gi|88139                      :                                       -G-CG--T-TT-TGCTAAA---C-G--CA-CTA-TTT-C-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CC-T-CAA--AGC----TT-GC-CAAT-A-CG---AAGTCTT--T-GTT-G-CACTCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GAAATC--T-GTATCATAGC-C----TTC--CAA--A----T-G--CG-GTT------T--CA-CTA---ACA--TA-A--AA---CC-ACCA--CA-C-C-AC-CTGA
gi|88140                      :                                                                --CA-CCA-TTT-----AGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-AT--CT-T-C-G--AGA----TT-GC-CA-T-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TT-CCATAAC-G----TCT---AA--TTTTAT-A--CG-GTT------T--TA-CTA---ACA--CT-A--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-
gi|88141                      :                                                                                     C-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--AGC----TT-GC-CACT-A-GG---AGGTCTT--T-GTT-G-CACCTT-C---CC-TG-T--A-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-T----TTT--TAA--T----T-A--CG-ACT------T--CA-CTG---ACG--TT-A--AA---CC-ATTA--CG-C-C-AC-GTGA
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gi|88143                      :                                                                                                                                                             TT-A-CAGCCT-C---ATGCG-T--G-TT-CT--GGGACCACC-TTTCCATAAC-C----TCC--CAA--T----C-A--CG-GCTTCTGACT--CA-CTAT--ACG--TT-A--AA---CC-ATCA--CG-C-


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blockSeqs                     :                 .    .      C   . G   . .  .  .  .       .   . .   .   .   TT  .     A    .  .  .  .  . .   .  . .   A   C      A  .    . .  .         CG     . .      . G    .  . .  .  .  .       T  .          . G      AA   .  .    . .   .   .      .   .   T     C   AA    G    A    C   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   C   A      .  .    . .  .         CG     . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . A      A    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   AT    .    C    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   C   C      .  .    . .  .         C      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   T     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   C   A      .  .    . .  .         T      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      A    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   C   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   C   A      .  .    . .  .         C      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   T     .    T    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   C   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   A   A      .  .    . .  .         T      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   C   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   C   A      .  .    . .  .         T      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    T    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   C   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   A   A      .  .    . .  .         G      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   C   C      .  .    . .  .         T      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   T   C      .  .    . .  .         G      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      A    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   A   C      .  .    . .  .         T      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   T     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   A   A      .  .    . .  .         T      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   A   A      .  .    . .  .         T      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    C    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   C   A      .  .    . .  .         C      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   T   C      .  .    . .  .         T      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   C   A      .  .    . .  .         C      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      A    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   C   A      .  .    . .  .         C      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      A    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    C    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   A   C      .  .    . .  .         T      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    T    .   . . .  .
blockSeqs                     :                 .    .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   T   G      .  .    . .  .         C      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      G    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                      .      .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   T   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   T   A      .  .    . .  .         C      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      A    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                             .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   C   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   C   A      .  .    . .  .         T      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                             .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   .   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   C   C      .  .    . .  .         C      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      T    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   A     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                             .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   .   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   C   A      .  .    . .  .         T      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   .     .    A    .   . . .  .
blockSeqs                     :                             .   . .   . .  .  .  .       .   . .   .   .   .   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   C   C      .  .    . .  .         T      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      C    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   .     .    .    .   . . .  .
blockSeqs                     :                                       . .  .  .  .       .   . .   .   .   .   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   A   .      .  .    . .  .         .      . .      . .    .  . .  .  .  .       .  .          . .      .    .  .    . .   .   .      .   .   .     .   .     .    .    .   . .     
blockSeqs                     :                                                                .   .   .   .   .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   A   .      .  .    . .  .                . .      . .    .  . .  .  .  .                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                      .    .  .  .  .  . .   .  . .   A                    .  .                                                                                                                                                         


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                            C**  **
originalCons                  :           CAGCAG-AGAT--GAACC---G-A--TT-G-CG--T-TT-TGCCAAA---A-G--CA-CTA-TTT-T-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGA----TT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-C----TCT--CAA--T----T-A--CG-GTT------T--CA-CTA---ACG--TT-A--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-CTGA
finalCons                     :           CAGCAG-AGAT--GAACC---G-A--TT-G-CG--T-TT-TGCCAAA---A-G--CA-CTA-TTT-T-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGA----TT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-C----TCTC--AA--T----T-A--CG-GTT------T--CA-CTA---ACG--TT-A--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-CTGA





Alignments
lowQualScore                  :                 1    22     444 1 33  1 1  22 1  1       222 1 22  1   1   555 1     2    1  1  1  1  1 1   1  1 1   333 66666  2  1    1 1  222       6666   1 1      1 333  1  1 22 1  1  22      33 1          1 6666   666  33 3333 1 22  1   444444 22  1   444   33  4444  444  11   33  1 1 1  1    
lowQualScore                  :                 .    ..     ... . ..  . .  .. .  .       ... . ..  .   .   ... .     .    .  .  .  .  . .   .  . .   ... .....  .  .    . .  ...       ....   . .      . ...  .  . .. .  .  ..      .. .          . ....   ...  .. .... . ..  .   ...... ..  .   ...   ..  ....  ...  ..   ..  . . .  .    
lowQualScore                  :                 9    55     222 5 77  5 5  00 5  5       666 5 00  4   4   333 4     8    4  4  4  4  4 4   4  4 4   333 33333  9  4    4 4  444       3333   4 4      4 999  4  4 00 4  4  00      55 5          5 1111   111  55 1111 5 00  5   333333 00  5   111   55  4444  111  77   55  5 5 5  5    
consensus                     :           CAGCAG-AGAT--GAACC---G-A--TT-G-CG--T-TT-TGCCAAA---A-G--CA-CTA-TTT-T-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGA----TT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-C----TCT--CAA--T----T-A--CG-GTT------T--CA-CTA---ACG--TT-A--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-CTGA
Reference ( family-529 )      :           CAGCAG-AGAT--GAACC---G-A--TT-G-CG--T-TT-TGCCAAA---A-G--CA-CTA-TTT-T-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGA----TT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-C----TCT--CAA--T----T-A--CG-GTT------T--CA-CTA---ACG--TT-A--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-CTGA
gi|88113                      :           CAGCAG-AGAT--CAACC---G-A--TT-G-CG--T-TC-TGTCAAA---A-G--CA-CCA-TTT-T-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGG----TT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GCAACC--T-TTCCCATAAC-C----TCT---AATTT----T-A--CA-GTT------T--TA-CTA---ACG--TT-T--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-CTGA
gi|88114                      :          tCAGCAG-AGAT--GATCC---A-A--AT-G-CG--T-TG-TGCCAAA---A-T--CA-CTA-ATT-T-A-GGACC-CCCA-TG-CG-TT-GC-C-ATT-CT-T-CCG--AGC----TT-GC-CACA-A-CG---AGGT
gi|88115                      :          tCAGCAG-AGAT--CAACC---G-A--TT-G-TG--T-TT-TGCCAAA-----G--CA-CCA-TTT---G-GAAAG-CCTA-CG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGA----TT-GC-CACT-A-CG---AGGTCTT--C-GTT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-C----TCT--AAA--T----T-A--CG-GTT------T--TA-CTA---ACG--TT-T--AA---TC-ATCA--CG-C-C-AC-CTGA
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gi|88122                      :          tCAGTAG-AGAT--GAAAC---A-AG-TT-G-CG--T-TT-TGC--AA---A-A--C--CTA-TTT-C-A-G-ATC-CCCA-TA-AG-CT-GT-C-ATT-CT---CTG--CGA----TTTAC-CACT-A-CG---AGGTATT--G-TTT-G-CAGTTT-C---CA-TGAT--G-TTTCT--GGAACA--T-TTCCTATAAC-C----TCC--CAA--T----T-A--CG-G-T------T--CA-CTT---ACG--TA-A--AA---CC-TTCA--TG-C-T-AC-CTGA
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gi|88127                      :          tCAGCAGCAGATTCGAACC---G-A--TTTG-CA--T-TT-TTTGAAA---G-C--CA-CCA-TTT-T-A-AGACC-CCCA-TG-A---T-GT-C-ATT-CT---CTG--CGA----TA-GC-CACT-A-CG---AG-TCTT--C-GTT-GACACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-CG---TCTA-AAA--T----TAA--CG-GGT------T--TA-CTA---ACG--TTAA--AA---TC-ATCA--CG-CGC-A--CTGA
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gi|88134                      :             GCAG-AAAT--GAACCC--A-A--AT-G-CG--T-TTATGCCAAA---A-G--CA-CTA-TTT-T-A-GGACC-CC-A-TG-AG-CT-GC-C-ATT-CT-T-CTG--CGC----TT-GC--ACT-A-CG---AGGTCTT--T-GTT-C-CACCCT-C---CT-TG-T--G-TT-CT--GGAACCT-T-TTCCCATAAC-C----TTT--CAA--T----T-A--CG-GTT------T--CA-CTA---ATG--CT-----A---CC-CTCA--TG-C-C-AG-CTGA
gi|88135                      :              CAG-AGAT--GAACC---G-A--TT-G-CG--A-TT-TGCCAAA---A-G--CA-CTA-TTT-T-A-AGACC-TCCA-CG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CG
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gi|88137                      :                    aaatcAACC---GGA--TT-C-CA--T-TT-TGCCAAAGGTA-G--CA-CTA-TTT-TTA-AGCCG-CTCAATG-AGACT-GT-C-ATT-CTATGCTG--CGA----TA-GC-CACT-A-CG---AGATCTT--C-GTT-T-GACGCT-C---CC-TG-T--GTTT-CT--GGAACC--T-TTCCC-TAAC-T----GCT--AAA--T----T-G--CA-GGT------T--CT-CTACATACGTATT-A--AA---TCAATCA--CG-C-C-AC-CT
gi|88138                      :                             ---G-A--TT-G-CG--T-TT-TGCCAAA---A-G--CA-CCA-TTT-T-A-GGGCC-CTCG-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--CGA----AT-GC-CACT-A-TG---AGATCTT--C-GGT-G-CACCCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--G
gi|88139                      :                                       -G-CG--T-TT-TGCTAAA---C-G--CA-CTA-TTT-C-A-GGACC-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CC-T-CAA--AGC----TT-GC-CAAT-A-CG---AAGTCTT--T-GTT-G-CACTCT-C---CC-TG-T--G-TT-CT--GAAATC--T-GTATCATAGC-C----TTC--CAA--A----T-G--CG-GTT------T--CA-CTA---ACA--TA-A--AA---CC-ACCA--CA-C-C-AC-CTGA
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gi|88141                      :                                                                                     C-CCCA-TG-AG-CT-GT-C-ATT-CT-T-CTG--AGC----TT-GC-CACT-A-GG---AGGTCTT--T-GTT-G-CACCTT-C---CC-TG-T--A-TT-CT--GGAACC--T-TTCCCATAAC-T----TTT--TAA--T----T-A--CG-ACT------T--CA-CTG---ACG--TT-A--AA---CC-ATTA--CG-C-C-AC-GTGA
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