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lowQualScore                  :       .    . . ....    .   .   .  .  ..  .. .   .  .   .. .    .. .               ..   ..  ...  .   . . ...   .. .   .... .  .  ...  .  .     . .  .  .. .  . . ..   . .  .  ..   .      .....   .  .....................................    .  .  ............. ..  . ....  ....  . . .   ..  . .   ..      .  .   . ...  .   .    .    ............  . . . .    .   . .  .  ......  . ..  . .  . .  .    ..  . . . ......................  ..  .        ..... ..   ...       . ........   ......     
lowQualScore                  :       9    7 4 0000    4   4   4  4  44  11 5   1  1   99 1    00 0               88   88  555  0   0 0 555   55 9   0000 0  0  000  9  0     1 1  1  99 0  0 0 88   0 1  1  00   1      44444   1  2222222222222222222222222222222222222    2  0  8888888888888 99  1 3333  7777  0 0 0   88  0 0   88      8  0   9 333  9   9    9    222222222222  9 9 9 9    9   0 6  0  888888  3 11  2 2  2 2  2    11  2 2 2 9999999999999999999999  55  0        00000 88   777       2 11111111   777777     
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Reference ( gi|90700 )        : AATCTATTCAC-T-T----TACA-CCC-TCA-CC-TGT-CT-TTGGAA-TA-CAG--G-TAAA--T-TCCCCTGAGGGTCCC--AAT--TA---AC-AAA-C-C---CAG--C-CAAT--TA-CA-AA---AT-TG-CACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AT--GAT-CTTGAT-----TAA-AG------A-AATAAA--TGATTGCAAGAAGGG-----GTAAT-AA-AA---AA----T---T--AA-A--CTGG---AAC-C-A-CAA--AG-A-AGC--TTGATT-TC-TCG-T---GT-AAA-ACAT-GTAC------------TA-A-G-T-ATGT-TGT-TCAA-AC------TTAT--CT-C-TC-G-CC-ACTC--GA-T-T-T-------G--------G---T-CC--TC-GCTTCGCT--C--G--CAC---CAAATCT-C-T----G-GTACC--T-CGAGA
gi|90701                      : AATCTACTCAC-T-TAATTTACA-CCA-TCA-CA-TGG-CG-CTGGAA-TA-CAG--G-TAAA--T-TCCCCTGAGGATCCC--AAT--TA---AC-AAA-C-C---CAG--C-CAA---TA-C--AA---AT-TG-CACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AT--GAT-CTTAAT-----TAA-AG--------GATAAA--TAAATACAGAAA--G-----GTAAT--A-AA---AA----T---T--AG-A--CTGG---CAC-C-A-CAA--AG-A-AGC--TTGATT-TC-TCG-T---GT-AAA-AC---GTAC------------TA-A-A-T-ATGT-TGT-T-AA-AC------TTTT--CT-C-TC-G-CC-ACTT--GA-T-T-T-------T--------G---TCCC--TC-GCTTCGCT--CG-G--AAC---CAGATCT-CTT----G-GTA-A--T-CAAGA
gi|90702                      : AATCTACTCAC-A-T----TACA-CCA-TCA-CC-TGG-CT-CTGGAA-TA-CAG--G-TAAC--T-TCCCCTGAAGGTCTT--AAT--TA---GC-AAA-C-C---CAG--C-CAA---TG-CA-AA---AT-CG-CATCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-AG-TT--GAC-CTCGAT-----TAA-TG--------GATACA--TAAATGC-AGAA-TG-----GT-AC-AA-AA---AA----T---T--AG-A--CAGG---CAC-C-A-GGA--AG-A-AGC--TTGATT-TC-TCG-T---GT-AAA-ACAT-GTAT------------TA-A-G-T-ATGT-TGT-T-AA-AC------TTTC--CT-C-TC-G-CC-ACTC--AA-T-T-T-------G--------G---TCCC--TC-GCTTCGCT--CG-G--CAC---CAAATCT-CTT----G-GTA-C--T-CGAGAaa
gi|90704                      : AATCTACTCAC-T-T----TACA-CCC-TCA-CC-TGG-CT-CCGGAA-TA-CAG--G-TAAA--T-TCCCCTGAGGGTCCC--AAT--TA---AC-AAA-C-T---CAG--C-CAAG--TA-CACAA---AT-TG-TACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--CAC-C-TG-AT--GAT-CTTGAT-----TAA-AG---------ATAAAT-TAAATGC-AGAAGGG-----GTAAT-AA-AA---AA----T---T--AG-A--TTGG---CAC-CAA-CAA--AG---AGC--TTGATT-TC-TCG-T---GG-TAA-ACAT-GTAC------------TA-AGG-T-ATGT-TGT-TTAATACCTTTTTTTAC--TA-C-TT-G-CC-ACTG--GA-T-T-TTG-----A--------G---T-CCCGTC-GCTTCGCT--CGGG--CAA---CCAATCT-C-TTCCGA-GTACTTGT-CGAGAaa
gi|90703                      : AATCTACTCAC-T-T----TACA-CCC-TCA-CC-TGG-CT-CTGGAA-TA-CAG--G-TAAA--T-TCCCCTGAGGATCCC--AAT--TA---AC-AAA-C-C---AAG--C-CAAT---A-CA-AA---AT-TG-CACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-----T--GA----TGAT-----C---------------T-----TGATT-TAA--AGG---------AT-AA-A--------------T--GA-A---TG------------CA----G-A-AGC--TTGATT-TC-TCG-T---GT-AAA-ATAT-GTAC------------TA-A-G-T-ATGT-TGT-T-AA-AC------TT-T--CT-C-TC-G-CC-ACTC--GA-T-T-T-------G--------G---TCCC--TC-GCTTTGCT--C--GA-CAC---CAAATCT-C-T----T-GGAAC--T-CGAGAaa
gi|90705                      : AATCTACTCACATAT----TAT--CCC-TCA-CC-TGG-CT-CTGGAAATA-CAG--G-GTAA--TATCCCCTGAGGGTCAC--TAT--TA---AC-AAA-TTC---CAG--C---AT---A-CT-AA---AT-T--CACCA-A-GC-AA--G-AT-A-A--ATA-A-TG-AT--GAT-CTTGAT------AA-AGGAT---A-AATGAA--TGACTT----AAAGG-----GTAAT-AA-AA---AA----T------AA-A--CTGG---CAC-C-A-CAACAAG-A-AGC--TTGATT-TC-TCG-T---GT-GAA-ACAT-GTAC------------TA-A-A-A-TTGT-TGT-T-AA-AC------TTTTTCTT-C-TCGG-CC-ATTC--AA-T-T-T-------GTAGGAAGAG---------TC-GCTTCGCT--CG-G--CAC---CAAATCT-CTT----G-GTA-C--T-CGAGAaa
gi|90706                      : AATCTACTGAC-T-T----TACAACCCATCAACC-TGG-CT-CTGGAA-TA-CAG--G-TAAA--T-T-TCCTGAGGGATCC--AAT--TA---ACAAAA-C-T---CAG--C-C-AT-----CA-AA---AT-TG-TACCA-A-TC--C--G-AT-A-A--GTA-C-TGAAT--G-T-CTTGAT-----TAA-AG--------GATAAAACTAAATGC-AGAA-GG-----GT-AT-AACAA---AA----T---TTAGA-A--TTGG---CACTT-A-CAA--AG---AGC--TTGCTTCTC-TCGCT---GT-----ACAT-GTAC------------TA-A-GAT-A-GTCTGTGTTAA-AC------TT-T--TT-C-TC-G-CC-ACTTCGGA-T-TCT-------G--------G---T-CCCGTC-GCTTCGCTCGC--G--CAC---CAAATCT-CTT----GCGTACT--T-aa
gi|90707                      : AATCTGCTCAC-C-T----TACA-TCC-TCA-CA-TGG-CT-CTGGAA-TA-CAG--G-TAAA--T-TCTCCTGCGGTTTTT--AAT--CA---AC-AAA-C-C---CAG--C-CAAT---A-CA-AA---AT-TG-CACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AT--GAC------------------------A-AATAAA--TG----CA-GAAGGGTACATGTAAT-AA-AA---AAAAAGT---T--AA----CAGA---CAT-C-A-CAG--AG-A-AGC--TTGATT-TC-TCG-T---GT-AAA-ACAT-GTACATGTACTACATGTA-A-G-T-TTGT-TGT-T-AA-AC------Tgcggaa
gi|90708                      : AAACTACTCAC-T-T----TACA-CCC-TCA-CCTTGC-CG-TT-GAA-CA-CAG--G-TAAA--G-TCCCCTGAGTGTACT--AAT--TA---TC-TAA-T-C---CAC--C-CAA---TA-CA-AA---AT-TG-CACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AC--GA
gi|90710                      : AAACTGCTTGC-T-T----TGCA-CCC-TCA-CC-TGA-GT-TTTGAA-TA-CGG--GATAAA--C-TCTATTGAGGACACT--TAT--TG---TC-AAC-T-T---TA------AATACTA-CA-GA---AT-TG-CACCA-A-TC-AATTG-AT-G-ATGATG-A-TG-AT--GGT-TTTGAT-----TAA-A-------A-GATAAA--aaattaaacatacactacaatgaagtttaatttctcgtgtaaaacatatactaaatatgttgttaaacttttctctcactaagcaaatcttagctcggcaacaaatctcctggtactc
gi|90711                      : AATCTATTCACAT-T----TAAA-CCC-TCA-CC-TGG-CT-GTTGAA-TAGCAG--G-TAAA--T-TCTCC-GAGGATCCTA-AAT--TA---ACTAAT-T-C---TGG--T-CAAT--aaatacagagtgatttcgatgcattaaacaagtataacaacatatttctttttatcctcgtgtccttcgtatttctcatgtactacatattagtatgtttaactttctctcaccactcgatttcgtccttagcttcattaggcaccaaatctttcattactcgagaaa
gi|90713                      : AAACCACTCAC-T-T----TACC-TCC-ACA-CC-TGG-CT----------------G-T-----T-TACCC--------CA--AAT--TA---TC-AAA-C-C---CAA--C-CA-C--TG-CG-AA---AT-TG-CGTTA-A-CC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-CG-AT--GATGTTTGA------TAA-A
gi|90714                      :  ATCTACTCAC-T-T----TACA-CCC-TCA-CC-TGCGCTCTTGGAA-TA-CAAGTG-TAAAT-T-TCCCCTGAGGGTCCCA-AAT--TAACCAC-AAGTC-T---CAG--C-CAAC--TA-CA-AGTT-AC-TG-TACCACA-TCAAA--G-AT-A-A--ATA-CTTG-ATA-GAT-CTTGAT-----TAAGAG------GCGAT-AA--TAAATGCACGAA-GG-----GTAATAAA-AA---AA----T---T--AAGA--TTGGGCCAACGC-A-AAA--AGAA-AGCT-TTGCTT-TC-TCG-TCCGGT-TAT-ACATAGTAC------------TACA-G-TAATGT-TGT-TAAA-ACT-----TTAT--CT-C-TC-G-CCTACTC--GA-T-T-T-------G--------GGTCC-CC--TC-GCTTCGCT--CCTGGCCAC---CAAATCT-C-TTG--A-GTACT--C-GGAGA
gi|90715                      :   TCTACTCAC-T-T----TACA-CTC-TCA-CC-TGG-CC-CTGGAA-TA-CAG--G-TAAA--T-TCCCCTGAGGGTCCC--AAT--TA---AC-AAA-C-C---CAG----CAA---TA-CA-AA---AT-TGCCACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AT--GAT-CTTGAT-----TAA-AG--------GATAAA--TGAATGCAAGAA-GG-----GTAAT-AA-AA---AA--------T--AA-A--ATCG---CAC-C-ACCCA--AG-A-AGC--TTGATT-TC-TCG-T---GT-TAA-ACAT-GTAC------------TA-A-G-T-ATGT-TGT-T-AA-AC------TTTT--CT-C-TC-G--C-ACTC--GA-T-T-T-------G--------G---TCCC--TC-GCTTCGCT--CG-G--CAC---CAAATCT-T-T----G-GTA-C--T-CGAAAaa
gi|90716                      :   TCTACTC-C-T-T----TACA-TCC--CA-CC-TGG-CC-T-GGAA--A-C-G--G-TAA---T-TCCCCTGAGGGCCCC--AAT---A---A--AAA-C-C---CAG--C-CAAT--AC-CA-AA---AT-TG-CAC-A-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AT--GAT-CTTGAT-----TTA-AA------G-AATAAA--TGAATGC-AGAA--G-----GTAAT-AA-AA---AA--------T--AT-A--CTGG---CAC-C-A-CAA--AG-A-AGC--TTGATT-TC-TCG-T---GT-GTA-AC-T-GTA-------------TG-A-G-T-ATGT-TGT-T-AA-AC------TT-T--CT-CTTC-G-TC-ACTC--GA---T-T-------G--------G---TCCC--TC-GCTTCGTC--G--G--CAC---C-AATCT-C-TTG--A-GTA----T-CGAGAaa
gi|90717                      :        TCAC-T-T----TACG-CCT-TCA-TC-TAG-CT-GTTGAA-TA-CAG--G-TAAG--C-TTCCCTGAGGGTACT--AA---CA---TC-AAA-C-A---AAG--C-TGG---TA-CG-AA---AT-TG-CATTA-A-TC-A-----AT-A-A--ATA-aa
gi|90718                      :          AC-T-C----CACA-CTC-TTA-CC-TG--------GAA-TG-C------TGAA--T-ACCGCTAAAAGTCCCTAAAA--TC---AT-ATA-C-C---CAGA-C-CGAT---A-TA-GA---ATATA-CACCA---TC-AT--GCAA-A-A--ATA-C-TG-AT--GAT-GTTAATG----TAA-GG---------ATCAA--TGATTACAAAAA---------TAAT-AC-AG---AA----
gi|90712                      :          AC-T-C----CACA-CTC-TTA-CC-TGG-AT-GCTGAA-TA-CCG--C-TAAA--G-TCCCCTAA----------AT--TA---TC-ATA-C-C---CAG--C-CGA---TA-CA-AA---AT-Tggtctcatatatccctcccttgccatacgcagctaaatttaccatggtataaattaatggttggttaatgcagaaagtatattacaaacttttctctcgacactcgattttggcctccacttttctcgacatgagatggagtggtacttaagaaa
gi|90720                      :                            aaactgcatGT-CG-TTG-AA-TA-CAG--G-TAAAACT-CTCTCTGAGGGCATT--AAT--GA---TC-AAC-C-CTGGCAG--C-CAA---TA-CA-AA---AT-TG-CA
gi|90709                      :                                       ctg-TTGGAA-TA-GAG--T-TA------TCCTCTGAGGGTCCC--A-T--TA---AC-AAA-C-C-----G--CACAAT---A-CA-AA----T-TG-CACCA-AATC-AA--G-AT-T-A--ATATC-TG-ATTGGTT-CTTGAT-----TAA-TA------G-GATAA---TGAAAGCA-GAAGGC-----GTAAT-AA-AA---------T---T--AA-AACCTGG---A---C-A-CAA--AG-A-AGCACTTGATTGTG-TCG-T---GT-AAA-ACAT-GTA-------------TA-A-G-T-ATGT-TGT-TAAA-AC------TTTT--CTAC-TC-G-CC-A--T--GA-T-T-T-------G--------G---T-----TC-GC-TCG-------G--CAC---CAAATTC-T-T----G-GTACT--TACGAAA
gi|90719                      :                                          aatctactaatttaactcacgatgg-TCACCTGGCTGTTCC--AATAATA---ATTAAA-G------AGTAC-TAAT--TATCA-AACAAAT-TG-CACCA-A-C--------ATCA-A--ATA-C-TG-AT--GAA-TTTGA--------A-GG------A-AA-AAA--T-------AGA---------GTGTT-AA-AA---CA----G------AA-A--C--------C-C-A-CAA--AG-A--GT--TTAATT-AC-TTG-T---GT-AAA-ACGT-GTAC------------CA-A-G-T-ATGT-TGT-T-AA-AT------TTTT--CT-C-TA-G-CC-ACTT--GA-T-T-T-------G--------G---TCCC--TC-ACTTTGTT--CA-G--CAC---CATATCT-T-T----a
gi|90721                      :                                                                                                       tgcatgcG--C-CAAT---A-AA-AA---AT-TA-CACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-GG-AT--GAT-CTTATT-----TTA-AA------G-AATAAA--TGAATGC-AGAA-GA-----GTAATAAA-AA---AA----TAAAT--AA-A--CTGG---CAC-C-A-CAA--AG-A-AGC--TTGATT-t
gi|90722                      :                                                                                                                                 ---AT-TG-CACCA-A-TT-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AT--TAT-CCTGAT-----TAA-AGGTTTTAA-AATACA--T-AT----AGATGAG-------------------------T---T--A------TGA---CAT-T-A-CAA-----A-AAC--TTTACT-CC-TTG-T---TT-AAG-CCAT-GT-C------------CA-A-A-C-ATGT-T
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Reference ( family-528 )      :                                                                                                                                                                                                          AATCTACTCAC-T-T----TACA-CCC-TCA-CC-TG-GCT-C-TGGAA-TA-CAG--G-TAAA--T-TCCCCTGAGGGTCCC--AATTA---AC-AAA-C-C---CAG-C-CAAT--TACA-AA--AT-TG-CACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AT--GAT-CTTGAT-TAA-AGG-GATAAA--TGAATGCAA--GAAGGG-----GTAAT---AA-A-AAA----T---T--AA-A--CTGG--CAC-C-A----CAA--A---GA-A--GC--TTGATT-T---C-TCG-T---G----T-AAA-A-----CAT-GTAC------------TA-A-GT-AT--GT---TGTT-AAA---CTTT-T--CT-----C-TC-GCC-ACTC--GATT-T--G--------G--TC---CC-TCGCTTCGCTC--G-G-CAC---CAAATCT-C-T----G-GTACC--T-CGAGA
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gi|90713                      :                                                                                                                                                                                                          AAACCACTCAC-T-T----TACC-TCC-ACA-CC-TG-GCT-----------------G-T-----T-TACCC--------CA--AATTA---TC-AAA-C-C---CAA-C-CA-C--TGCG-AA--AT-TG-CGTTA-A-CC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-CG-AT--GATGTTTGA--TAA-A
gi|90714                      :                                                                                                                                                                                                           ATCTACTCAC-T-T----TACA-CCC-TCA-CC-TGCGCT-CTTGGAA-TA-CAAGTG-TAAAT-T-TCCCCTGAGGGTCCCA-AATTAACCAC-AAGTC-T---CAG-C-CAAC--TACA-AGTTAC-TG-TACCACA-TCAAA--G-AT-A-A--ATA-CTTG-ATA-GAT-CTTGAT-TAAGAGGCGAT-AA--TAAATGCAC--GAA-GG-----GTAATA--AA-A-AAA----T---T--AAGA--TTGGGCCAA-C-G----CAA--AAAGAA-A--GCT-TTGCTT-T---C-TCG-TCCGG----T-TAT-A-----CATAGTAC------------TACA-GTAAT--GT---TGTTAAAA---CTTTAT--CT-----C-TC-GCCTACTC--GATT-T--G--------GGTCC---CC-TCGCTTCGCTCCTG-GCCAC---CAAATCT-C-TTG--A-GTACT--C-GGAGA
gi|90715                      :                                                                                                                                                                                                            TCTACTCAC-T-T----TACA-CTC-TCA-CC-TG-GCC-C-TGGAA-TA-CAG--G-TAAA--T-TCCCCTGAGGGTCCC--AATTA---AC-AAA-C-C---CAG---CAA---TACA-AA--AT-TGCCACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AT--GAT-CTTGAT-TAA-A-G-GATAAA--TGAATGCAA--GAA-GG-----GTAAT---AA-A-AAA--------T--AA-A--ATCG--CAC-C-AC---CCA--A---GA-A--GC--TTGATT-T---C-TCG-T---G----T-TAA-A-----CAT-GTAC------------TA-A-GT-AT--GT---TGTT-AAA---CTTT-T--CT-----C-TC-G-C-ACTC--GATT-T--G--------G--TC---CC-TCGCTTCGCTC--G-G-CAC---CAAATCT-T-T----G-GTA-C--T-CGAAAaa
gi|90716                      :                                                                                                                                                                                                            TCTACTC-C-T-T----TACA-TCC--CA-CC-TG-GC--C-TGGAA--A-C-G--G-TAA---T-TCCCCTGAGGGCCCC--AAT-A---A--AAA-C-C---CAG-C-CAAT--ACCA-AA--AT-TG-CAC-A-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AT--GAT-CTTGAT-TTA-AAG-AATAAA--TGAATGC-A--GAA--G-----GTAAT---AA-A-AAA--------T--AT-A--CTGG--CAC-C-A----CAA--A---GA-A--GC--TTGATT-T---C-TCG-T---G----T-GTA-A-----C-T-GTA-------------TG-A-GT-AT--GT---TGTT-AAA---C-TT-T--CT-----CTTC-GTC-ACTC--GA-T-T--G--------G--TC---CC-TCGCTTCG-TC--G-G-CAC---C-AATCT-C-TTG--A-GTA----T-CGAGAaa
gi|90717                      :                                                                                                                                                                                                                 TCAC-T-T----TACG-CCT-TCA-TC-TA-GCT-G-TTGAA-TA-CAG--G-TAAG--C-TTCCCTGAGGGTACT--AA-CA---TC-AAA-C-A---AAG-C-TGG---TACG-AA--AT-TG-CATTA-A-TC-A-----AT-A-A--ATA-aa
gi|90718                      :                                                                                                                                                                                                                   AC-T-C----CACA-CTC-TTA-CC-TG-G--------AA-TG-C------TGAA--T-ACCGCTAAAAGTCCCTAAAATC---AT-ATA-C-C---CAGAC-CGAT---ATA-GA--ATATA-CACCA---TC-AT--GCAA-A-A--ATA-C-TG-AT--GAT-GTTAATGTAA---G-GATCAA--TGATTACAA--AAA---------TAAT---AC-A-GAA----
gi|90718                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A-A-GT-AT--AT---TAC--AAA---CTTT-T--CT-----C-TC-GAC-ACTC--GATT-T--T--------G--GC---CT-CCACTTTTCTC--G-A-CAggtctcatatatccctcccttgccatacgcagctaaatttaccatggtataaattaatggttggttaatgcagaaagtatattacaaacttttctctcgacactcgattttggcctccacttttctcgacatgagatggagtggtacttaagaaa
gi|90719                      : actccacactcttacctggaatgctgaataccgctaaaagtccctaaaatcatatacccagaccgatatagaatatacaccatcatgcaaaaatactgatgatgttaatgtaaggatcaatgattacaaaaataatacagaaggtctcatatatccctcccttgccatacgcagctaaatttaccatggtataaattaatggttggttaatgcaga----TGCA-TGC-TCA-CC-TG-GCTGT-TCCAA-TAATAA--T-TAAA------------GAGTACT--AATTA---TC-AAA-C----------------------AA--AT-TG-CACCA-A-C--------ATCA-A--ATA-C-TG-AT--GAA-TTTGA------AGG-AAAAAA--T-------A--GA---------GTGTT---AA-A-ACA----G------AA-A--C-------C-C-A----CAA--A---GA----GT--TTAATT-A---C-TTG-T---G----T-AAA-A-----CGT-GTAC------------CA-A-GT-AT--GT---TGTT-AAA---TTTT-T--CT-----C-TA-GCC-ACTT--GATT-T--G--------G--TC---CC-TCACTTTGTTC--A-G-CAC---CATATCT-T-T----tgagatggagtggtacttaagaaa
gi|90720                      :                                                                                                                                                                                                                                           C-TG-GTC-G-TTGAA-TA-CAG--G-TAAAACT-CTCTCTGAGGGCATT--AATGA---TC-AAC-C-CTGGCAG-C-CAA---TACA-AA--AT-TG-CAt
gi|90721                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G-C-CAAT---AAA-AA--AT-TA-CACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-GG-AT--GAT-CTTATT-TTA-AAG-AATAAA--TGAATGC-A--GAA-GA-----GTAATA--AA-A-AAA----TAAAT--AA-A--CTGG--CAC-C-A----CAA--A---GA-A--GC--TTGATT-
gi|90722                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --AT-TG-CACCA-A-TT-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AT--TAT-CCTGAT-TAA-AGG-TTTTAA----AATACA---------------T-AT---AG-ATGAG----T---T--A------TGA--CAT-T-A----CAA-------A-A--AC--TTTACT-C---C-TTG-T---T----T-AAG-C-----CAT-GT-C------------CA-A-AC-AT--GT---T
gi|90723                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -AT-ATA--ATA-C-TG-AT--TAT-CTTGAT-----AAG-GATAAA--CAAAAATGATCGAAGGG------TAAT---GA-A-AA-----T---T--AA-A--CAGT--AAA-C-A----CAA--A---GA-A--GT--TTGATT-T---CCTTG-T---G----TTAAA-A-----CGT-GTAC------------TA---GT-AT--GT---TGTT-AAC---GTTT-T--CT-----C-G--GTC-ACTC--GATT-T--GC-------G--T----CC-TCGCTTCA-TC--G-G-CACAAAAAAATCT-T-T------GTACA--C-CGA
gi|90724                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -CTTGAT-TAA-AGG--ATAAA--TAAATGCA---GAAGGA------TAAT---GA-A-AAT----T---T--GA----TTGA--CAC-C-A----CAA--T---GA-A--GC--TTGATT-T---C-TCA-T--------T-AAA-A-----CAT-GTAC------------TA-A-GT-AT--GT---TGTT-AAA---CTTtaaa
gi|90725                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AATAC----GAAAGG-----GTAAT---AA-A-AAAAAA-T---T--AA-A--CAGA--CAC-C-A----CAA--A---GA-A--AT--TTGATT-T---C-TCT-T---G----T-AAA-A-------T-GTAC------------TA-A-G--AT--GT---T----AAA---CTTT----CT-----T-TC-ACC-ATTC--AATT-T--G--------G--TC---CC-TTGCTTCACTC--A-G-CAT---CAAATCT-CTT----G-GTA-C--T-CAAGA
gi|90726                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aaaA--GAAGGG------TACT---AA-A-ATA----T---T--AG-A--CAGA--CAC-C-A----CGA--A---GA-A--GT--TTGATT-T---A-TCG-T---G----T-AAA-A-----CAT-GTAaa
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gi|90728                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -T---G----A-AAATA-----CAT-ATAC------------TA-A-GT-GT--GA---TGTT-AAA---CTTT-T--CT-----C-TC-GCC-ACTG--GATT-T--ATAT-----T--TCGAACC-TTG-TTCCCCT--G-T-CAC---CAGATCaa
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Reference ( family-528 )      :                                                                                                                                                                                                          AATCTACTCAC-T-T----TACA-CCC-TCA-CC-TG-GCT-C-TGGAA-TA-CAG--G-TAAA--T-TCCCCTGAGGGTCCC--AATTA---AC-AAA-C-C---CAG-C-CAAT--TACA-AA--AT-TG-CACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AT--GAT-CTTGAT-TAA-AGG-GATAAA--TGAATGCAA--GAAGGG-----GTAAT---AA-A-AAA----T---T--AA-A--CTGG--CAC-C-A----CAA--A---GA-A--GC--TTGATT-T---C-TCG-T---G----T-AAA-A-----CAT-GTAC------------TA-A-GT-AT--GT---TGTT-AAA---CTTT-T--CT-----C-TC-GCC-ACTC--GATT-T--G--------G--TC---CC-TCGCTTCGCTC--G-G-CAC---CAAATCT-C-T----G-GTACC--T-CGAGA
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gi|90717                      :                                                                                                                                                                                                                 TCAC-T-T----TACG-CCT-TCA-TC-TA-GCT-G-TTGAA-TA-CAG--G-TAAG--C-TTCCCTGAGGGTACT--AA-CA---TC-AAA-C-A---AAG-C-TGG---TACG-AA--AT-TG-CATTA-A-TC-A-----AT-A-A--ATA-aa
gi|90718                      :                                                                                                                                                                                                                   AC-T-C----CACA-CTC-TTA-CC-TG-G--------AA-TG-C------TGAA--T-ACCGCTAAAAGTCCCTAAAATC---AT-ATA-C-C---CAGAC-CGAT---ATA-GA--ATATA-CACCA---TC-AT--GCAA-A-A--ATA-C-TG-AT--GAT-GTTAATGTAA---G-GATCAA--TGATTACAA--AAA---------TAAT---AC-A-GAA----
gi|90718                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A-A-GT-AT--AT---TAC--AAA---CTTT-T--CT-----C-TC-GAC-ACTC--GATT-T--T--------G--GC---CT-CCACTTTTCTC--G-A-CAggtctcatatatccctcccttgccatacgcagctaaatttaccatggtataaattaatggttggttaatgcagaaagtatattacaaacttttctctcgacactcgattttggcctccacttttctcgacatgagatggagtggtacttaagaaa
gi|90719                      : actccacactcttacctggaatgctgaataccgctaaaagtccctaaaatcatatacccagaccgatatagaatatacaccatcatgcaaaaatactgatgatgttaatgtaaggatcaatgattacaaaaataatacagaaggtctcatatatccctcccttgccatacgcagctaaatttaccatggtataaattaatggttggttaatgcaga----TGCA-TGC-TCA-CC-TG-GCTGT-TCCAA-TAATAA--T-TAAA------------GAGTACT--AATTA---TC-AAA-C----------------------AA--AT-TG-CACCA-A-C--------ATCA-A--ATA-C-TG-AT--GAA-TTTGA------AGG-AAAAAA--T-------A--GA---------GTGTT---AA-A-ACA----G------AA-A--C-------C-C-A----CAA--A---GA----GT--TTAATT-A---C-TTG-T---G----T-AAA-A-----CGT-GTAC------------CA-A-GT-AT--GT---TGTT-AAA---TTTT-T--CT-----C-TA-GCC-ACTT--GATT-T--G--------G--TC---CC-TCACTTTGTTC--A-G-CAC---CATATCT-T-T----tgagatggagtggtacttaagaaa
gi|90720                      :                                                                                                                                                                                                                                           C-TG-GTC-G-TTGAA-TA-CAG--G-TAAAACT-CTCTCTGAGGGCATT--AATGA---TC-AAC-C-CTGGCAG-C-CAA---TACA-AA--AT-TG-CAt
gi|90721                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G-C-CAAT---AAA-AA--AT-TA-CACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-GG-AT--GAT-CTTATT-TTA-AAG-AATAAA--TGAATGC-A--GAA-GA-----GTAATA--AA-A-AAA----TAAAT--AA-A--CTGG--CAC-C-A----CAA--A---GA-A--GC--TTGATT-
gi|90722                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --AT-TG-CACCA-A-TT-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AT--TAT-CCTGAT-TAA-AGG-TTTTAA----AATACA---------------T-AT---AG-ATGAG----T---T--A------TGA--CAT-T-A----CAA-------A-A--AC--TTTACT-C---C-TTG-T---T----T-AAG-C-----CAT-GT-C------------CA-A-AC-AT--GT---T
gi|90723                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -AT-ATA--ATA-C-TG-AT--TAT-CTTGAT-----AAG-GATAAA--CAAAAATGATCGAAGGG------TAAT---GA-A-AA-----T---T--AA-A--CAGT--AAA-C-A----CAA--A---GA-A--GT--TTGATT-T---CCTTG-T---G----TTAAA-A-----CGT-GTAC------------TA---GT-AT--GT---TGTT-AAC---GTTT-T--CT-----C-G--GTC-ACTC--GATT-T--GC-------G--T----CC-TCGCTTCA-TC--G-G-CACAAAAAAATCT-T-T------GTACA--C-CGA
gi|90724                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -CTTGAT-TAA-AGG--ATAAA--TAAATGCA---GAAGGA------TAAT---GA-A-AAT----T---T--GA----TTGA--CAC-C-A----CAA--T---GA-A--GC--TTGATT-T---C-TCA-T--------T-AAA-A-----CAT-GTAC------------TA-A-GT-AT--GT---TGTT-AAA---CTTtaaa
gi|90725                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AATAC----GAAAGG-----GTAAT---AA-A-AAAAAA-T---T--AA-A--CAGA--CAC-C-A----CAA--A---GA-A--AT--TTGATT-T---C-TCT-T---G----T-AAA-A-------T-GTAC------------TA-A-G--AT--GT---T----AAA---CTTT----CT-----T-TC-ACC-ATTC--AATT-T--G--------G--TC---CC-TTGCTTCACTC--A-G-CAT---CAAATCT-CTT----G-GTA-C--T-CAAGA
gi|90726                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aaaA--GAAGGG------TACT---AA-A-ATA----T---T--AG-A--CAGA--CAC-C-A----CGA--A---GA-A--GT--TTGATT-T---A-TCG-T---G----T-AAA-A-----CAT-GTAaa
gi|90727                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  A-A--CTAG--TAC-G-AATCTCAA--A---GCTA--GC--GT-ATT-T---C-GCG-T---G----T-GAA-A-----CGA-GTAG------------TA-C-GA-AT--GT---T-TT--------TTT-T--AC-----C-TT-GCC-ACTC--AATA-T--T--------G--TC---CC-TTGCTTCCCTTG-G-G-CAG---CAAATTT-C-G----GAGTACC----CAAGA
gi|90728                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -T---G----A-AAATA-----CAT-ATAC------------TA-A-GT-GT--GA---TGTT-AAA---CTTT-T--CT-----C-TC-GCC-ACTG--GATT-T--ATAT-----T--TCGAACC-TTG-TTCCCCT--G-T-CAC---CAGATCaa
gi|90729                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --TC---CC-TCGCTTCGCTC--G-G-CAC---CAATTCC-C-TC---G-GTACA----CGAGA
gi|90730                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -TCGCTTCGCTC--G-G-CAC---CAAATCT-CTT----G-GTA-C--T-CGAGAaa


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     A A AATT    A   A   A  A  C   GC      A  G   GT A    ACT                TA     ACCA A   T T TGG   A A   TACT   C  TT  A  C     C A  A  TT C  C T TG   T T  A  TG   G      G   GAG C      AC A     GATC   GGGTACATG    TTC  C T   AAAGT    TA  G AC T  GC   T A ATCT   CA AAG  T TT  AC      C ATC C   C CCG TCCT T   T TTTCT   A    ATGTACTACATG  C G  A  TA  CTG    A   TAC    A TC  TACTA T  G   T    CG    C GTAGGAAGA   GT  GAA  G           CT C C   AAA       C TTCCGA     CTTGT 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     A . .       .   .   .  .  .   CT      .  A   .  .    TA                 A      A    T   . . .     . .   GT     .  .   .  .     . .  .  .  .  . . .    . .  .  A    .      .   AG  .      T  A     AG     GGGG         A    . .   TAAA     .   . .  A  .    . . C      .  .    . .   T       G .   .   . .   .    .   . .       .    .             . .  .  A   A      .   A      . .   A     .  .   .    .     . ATAT        .   .    G           G  . .   .         . TTGC       CTTA  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     . . .       .   .   .  .  .   GT      .  .   .  .    TT                 A      G    .   . . .     . .   CT     .  .   .  .     . .  .  .  .  . . .    . .  .  .    .      .   AA  .      .  G     CT     AGGG         A    . .   AAAT     .   . .  T  .    . . .      .  .    . .   .       . .   .   . .   .    .   . .       .    .             . .  .  .   .      .   .      . .   .     .  .   .    .     . TGA         .   .    .           G  . .   .         . TTGA       ACT   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     . . .       .   .   .  .  .   C       .  .   .  .    T                  .      A    .   . . .     . .   CT     .  .   .  .     . .  .  .  .  . . .    . .  .  .    .      .   AA  .      .  A     AC     GGCG         .    . .   T        .   . .  T  .    . . .      .  .    . .   .       . .   .   . .   .    .   . .       .    .             . .  .  .   .      .   .      . .   .     .  .   .    .     . GC          .   .    .           .  . .   .         . TTGA       CTT   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     . . .       .   .   .  .  .   C       .  .   .  .    T                  .      A    .   . . .     . .   TA     .  .   .  .     . .  .  .  .  . . .    . .  .  .    .      .   TA  .      .  G     AA     AGGG         .    . .   T        .   . .  T  .    . . .      .  .    . .   .       . .   .   . .   .    .   . .       .    .             . .  .  .   .      .   .      . .   .     .  .   .    .     . T           .   .    .           .  . .   .         . TTG        ACT   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     . . .       .   .   .  .  .   C       .  .   .  .    T                  .      A    .   . . .     . .   T      .  .   .  .     . .  .  .  .  . . .    . .  .  .    .      .   AA  .      .  A     AA     TGG          .    . .   T        .   . .  A  .    . . .      .  .    . .   .       . .   .   . .   .    .   . .       .    .             . .  .  .   .      .   .      . .   .     .  .   .    .     . G           .   .    .           .  . .   .         . TTG        CTC   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     . . .       .   .   .  .  .   C       .  .   .  .    T                  .      A    .   . . .     . .   T      .  .   .  .     . .  .  .  .  . . .    . .  .  .    .      .   AG  .      .  A     A      GGG          .    . .   T        .   . .  A  .    . . .      .  .    . .   .       . .   .   . .   .    .   . .       .    .             . .  .  .   .      .   .      . .   .     .  .   .    .     . G           .   .    .           .  . .   .         . TTG        CAC   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     . . .       .   .   .  .  .   C       .  .   .  .    T                  .      A    .   . . .     . .   T      .  .   .  .     . .  .  .  .  . . .    . .  .  .    .      .   AA  .      .  G     A      GAG          .    . .   T        .   . .  T  .    . . .      .  .    . .   .       . .   .   . .   .    .   . .       .    .             . .  .  .   .      .   .      . .   .     .  .   .    .     . G           .   .    .           .  . .   .         . TTG        AT    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     . . .       .   .   .  .  .   C       .  .   .  .    T                  .      T    .   . . .     . .   T      .  .   .  .     . .  .  .  .  . . .    . .  .  .    .      .   AG  .      .  A     A      GGG          .    . .   T        .   . .  A  .    . . .      .  .    . .   .       . .   .   . .   .    .   . .       .    .             . .  .  .   .      .   .      . .   .     .  .   .    .     . G           .   .    .           .  . .   .         . GGA        CT    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     . . .       .   .   .  .  .   C       .  .   .  .    G                  .      A    .   . . .     . .   T      .  .   .  .     . .  .  .  .  . . .    . .  .  .    .      .   AA  .      .  A     A      GGG          .    . .   T        .   . .  T  .    . . .      .  .    . .   .       . .   .   . .   .    .   . .       .    .             . .  .  .   .      .   .      . .   .     .  .   .    .     . C           .   .    .           .  . .   .         . TCG        CT    
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                     . . .       .   .   .  .  .   T       .  .   .  .    T                  .      A    .   . . .     . .   T      .  .   .  .     . .  .  .  .  . . .    . .  .  .    .      .   T   .      .  G     A      GGG          .    . .   T        .   . .  T  .    . . .      .  .    . .   .       . .   .   . .   .    .   . .       .    .             . .  .  .   .      .   .      . .   .     .  .   .    .     . G           .   .    .           .  . .   .         . TT         CT    
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gi|90718                      :                                                                                                                                                                                                                   AC-T-C----CACA-CTC-TTA-CC-TG-G--------AA-TG-C------TGAA--T-ACCGCTAAAAGTCCCTAAAATC---AT-ATA-C-C---CAGAC-CGA-TA-TA-GA--ATATA-CACCA---TC-AT--GCAA-A-A--ATA-C-TG-AT--GAT-GTTAATGTAA---G-GATCAA--TGAT--TA---C-A-AAA---------ATAAT---AC-A-GAA----
gi|90718                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          A-A-GT-AT--AT---TAC--AAA---CTTT-T--CT-----C-TC-GAC-ACTC--GATT-T--T--------G--GC---CT-CCACTTTTCTC--G-A-CAT---GAGATGGAGT---G-GTA-C---T--T-AAGAggtctcatatatccctcccttgccatacgcagctaaatttaccatggtataaattaatggttggttaatgcagaaagtatattacaaacttttctctcgacactcgattttggcctccacttttctcgacatgagatggagtggtacttaagaaa
gi|90719                      : actccacactcttacctggaatgctgaataccgctaaaagtccctaaaatcatatacccagaccgatatagaatatacaccatcatgcaaaaatactgatgatgttaatgtaaggatcaatgattacaaaaataatacagaaggtctcatatatccctcccttgccatacgcagctaaatttaccatggtataaattaatggttggttaatgcaga----TGCA-TGC-TCA-CC-TG-GCTGT-TCCAA-TAATAA--T-TAAA------------GAGTACT--AATTA---TC-AAA-C---------------------AA--AT-TG-CACCA-A-C--------ATCA-A--ATA-C-TG-AT--GAA-TTTGA------AGG-AAAAAA--T----------------A-GA------GTGTT---AA-A-ACA----G------AA-A--C-------C-C-A----CAA--A---GA----GT--TTAATT-A---C-TTG-T---G----T-AAA-A-----CGT-GTAC------------CA-A-GT-AT--GT---TGTT-AAA---TTTT-T--CT-----C-TA-GCC-ACTT--GATT-T--G--------G--TC---CC-TCACTTTGTTC--A-G-CAC---CATATCTTTT---aa
gi|90720                      :                                                                                                                                                                                                                                           C-TG-GTC-G-TTGAA-TA-CAG--G-TAAAACT-CTCTCTGAGGGCATT--AATGA---TC-AAC-C-CTGGCAG-C-CAA-TA-CA-AA--AT-TG-CA
gi|90721                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      G-C-CAA-TA-AA-AA--AT-TA-CACCA-A-TC-AA--G-AT-A-A--ATA-C-GG-AT--GAT-CTTATT-TTA-AAG-AATAAA--TGAA--TG---C-A-GAA-GA------GTAATA--AA-A-AAA----TAAAT--AA-A--CTGG--CAC-C-A----CAA--A---GA-A--GC--TTGATT-
gi|90722                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --AT-TG-CACCA-A-TT-AA--G-AT-A-A--ATA-C-TG-AT--TAT-CCTGAT-TAA-AGG-TTTTAA----AA--TA---C-A--------------T-AT---AG-ATGAG----T---T--A------TGA--CAT-T-A----CAA-------A-A--AC--TTTACT-C---C-TTG-T---T----T-AAG-C-----CAT-GT-C------------CA-A-AC-AT--GT---T
gi|90723                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -AT-ATA--ATA-C-TG-AT--TAT-CTTGAT-----AAG-GATAAA--CAAAAATGAT-C---GAA-GG------GTAAT---GA-A-AA-----T---T--AA-A--CAGT--AAA-C-A----CAA--A---GA-A--GT--TTGATT-T---CCTTG-T---G----TTAAA-A-----CGT-GTAC------------TA---GT-AT--GT---TGTT-AAC---GTTT-T--CT-----C-G--GTC-ACTC--GATT-T--GC-------G--T----CC-TCGCTTCA-TC--G-G-CACAAAAAAATCTTT------GTA-C---
gi|90724                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -CTTGAT-TAA-AGG--ATAAA--TAAA--TG---C-A-GAA-GG------ATAAT---GA-A-AAT----T---T--GA----TTGA--CAC-C-A----CAA--T---GA-A--GC--TTGATT-T---C-TCA-T--------T-AAA-A-----CAT-GTAC------------TA-A-GT-AT--GT---TGTT-AAA---CTTaccgataaa
gi|90725                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AA--TA---C-G-AAA-GG------GTAAT---AA-A-AAAAAA-T---T--AA-A--CAGA--CAC-C-A----CAA--A---GA-A--AT--TTGATT-T---C-TCT-T---G----T-AAA-A-------T-GTAC------------TA-A-G--AT--GT---T----AAA---CTTT----CT-----T-TC-ACC-ATTC--AATT-T--G--------G--TC---CC-TTGCTTCACTC--A-G-CAT---CAAATCTCTT---G-GTA-C---T--C-AAGA
gi|90726                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aaa-A-GAA-GG------GTACT---AA-A-ATA----T---T--AG-A--CAGA--CAC-C-A----CGA--A---GA-A--GT--TTGATT-T---A-TCG-T---G----T-AAA-A-----CAT-GTAaa
gi|90727                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A-A--CTAG--TAC-G-AATCTCAA--A---GCTA--GC--GT-ATT-T---C-GCG-T---G----T-GAA-A-----CGA-GTAG------------TA-C-GA-AT--GT---T-TT--------TTT-T--AC-----C-TT-GCC-ACTC--AATA-T--T--------G--TC---CC-TTGCTTCCCTTG-G-G-CAG---CAAATTTCGG---A-GTA-C---C--C-AAGA
gi|90728                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -T---G----A-AAATA-----CAT-ATAC------------TA-A-GT-GT--GA---TGTT-AAA---CTTT-T--CT-----C-TC-GCC-ACTG--GATT-T--ATAT-----T--TCGAACC-TTG-TTCCCCT--G-T-CAC---CAGATCaa
gi|90729                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     --TC---CC-TCGCTTCGCTC--G-G-CAC---CAATTCCCTC---G-GTA-C---A--C-GAGA
gi|90730                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TCGCTTCGCTC--G-G-CAC---CAAATCTCTT---G-GTA-C---T--C-GAGAaa