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lowQualScore : . .. . . .. .. . . ... . .. ........ ..... .. . . . ..... .. . ... . .. ........ . .. .... ... .. ...
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Reference ( gi|112801 ) : CGTTCCCGGA-TGA-AA-CC--A--C-GTCC-GT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-A-A-----AGTC--CC-AGAG---CTCTGCA-AA----T---ATTC--T----ACCTGA---AA-CA-G-GTCTCCC
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gi|112803 : CGTCCCCGGA-CAA-TA-CC--A--C-GTCC-GT---A-C--A--------T-----GGAC--A-CTT-A-----GGTC--CC-AGAG---CTCCGAA-GA----G---ACTC--T----ACCTGA---CA-CA-T-GTCTCCC
gi|112802 : CGTCCCTGGA-CGA-AA-CT--A--C-GCCC-AT---A-T--G--------T-----AGAC--A-C-A-A-----TGTC--AC-AGAG---CTCCACA-GA----G---ACTC--T----ACCTGA---AG-CA-G-GCCTACC
gi|112807 : CGTCCCCGGA-CGA-AA-CC--A--C-GTCC-GT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-T-A-----GGTC--CC-AGAG---CTCCGAA-AA----C---A
gi|112804 : CGTCCCCGAA-CGA-AAACT--A--C-GTCA-GC---A-C--A--------T-----GGAC--A-A-A-A-----AGTCGGCC-AAAG---CTCTGAA-GA----G---ACTC--T----ACCTGA---AG-CA-G-G-CTCc
gi|112800 : CGTCCCCGGA-CGA-AA-CT--A--C-GTCCCGT---A-C--A--------T-----GGAC--ACC-A-A-----AGTC--CA-AGAGAATCCCAG---AA----G---ACTC--A----ACCTGA---CA-CA-GTGTCTCCC
gi|112806 : CATTCCCAGA-CGA-AA-CC--A--C-GTCC-GT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-ATATATGTAGTC--CC-A-----------CA-GA----G---ACTC--T----ACCCGA---AG-CA-G-GTC
gi|112808 : CGTCTCCGGA-CAA-AA-CC--A--C-GTCC-GT---A-C--A--------T-----GGAC--G-CTT-A-----AGTC--CC-AGAG---CTCCG
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gi|112813 : CATTCCCGGA-CGA-AA-CC--A--C-GT--------A-C--T--------T-----GGAC--A-C-A-T-----TGTC--CT-AGAG---CTCCACA-GA----T---GTTC--TGCAAACCAGA---AA-
gi|112810 : CGGTCCTGG--CGACAA-CC--A--CCGTCT-GT---AAC--T--------T-----GAAC--A-C-A-A-----AGTT--CC-AGTG---CTCCACA-GA----G---ACTC--T----TCTTGA---AG-CA-A-GTTTCCC
gi|112811 : cgtCGTCCCCGGA-CGA-GA-CC--A--C-ACCC-GT---A-C--A--------T-----CGAC--T-C-A-A-----AGTC--CC-A-AG---CTC
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gi|112817 : GTTCCGGGA-CCG-AA-TC--A--C-GTCC-AT---A-C--A--------T-----ATAC--A-C-A-G-----AGTC--CC-ACAG---CTC--CA-AA----TGAAAATG--T----ACCTAA---AG-CA-A-GTC
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gi|112826 : cCCGGA-CGA-AA-CC--A--C-GCCC-GT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-A-T-----AGTC--CC-AGAA---CTTCGCA-GA----G---ACTC--T----ACCTGA---CA-CA-G-GTCTTC
gi|112805 : CCGGA-CGA-CA-CC--A--C-GTCC-GA---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-T-A-----AGTC--CC-AGCG---CTCCTCA-AG--------ACTC--T----ACCTAA---AG-CA-G-GTCGCCC
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Alignments
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lowQualScore : ... . . . . .. .. . . ... . .. ........ ..... .. . . ... ..... .. . . . . .... ...... .. ... . . . .
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Reference ( family-526 ) : CGTC---C-CCGGAC-GA-AA-CC--A--C-GT-CCGT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-A---AAG-----TC--CC-AGAG-CTCCGCA-G-AG----A------CTC--T---ACCTG-A-AGCA-G-GTCTCCC
gi|112799 : CGTC---C-CCGGAC-GA-AA-CT--A--C-GT-CCGT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-A---AAG-----TT--CCAAGAG-ATCCGCA-G-AG----A------CTC--T---ACCTG-A-CACA-G-GTCTCCC
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gi|112815 : CGTG---C-CCGCAC-GA-AA-CC--A--A-GC-CCAC---A-C--G--------T-----GGAC--A-C-A---AAG------------A----------A-G-AG----A------CTC--T---ACCTG-AGAGCA-A-GTC
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gi|112824 : C---C-CCGAAC-GA-AA-AC--ATAC-GT-CAGC---A-C--A--------T-----GGACAAA-A-A---AAG-----TC--CC-AAAGCCTCTGAA-G-AG----A------CT---T---ACCTGAA-AGCAGG-GCCTCC
gi|112825 : C---C-CCAGAC-GA-GA-CC--A--C-GT-CCGT---A-T--ACATATGTAT-----GAAC--A-C-A---AAG-----TT--CC-AGTG-CTCTGCA-A-AG----A--------G--T---ACTTA-T-AGCA-A-GTTTC
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gi|112827 : -CCAAAC-GA-AA-TC--A--C-AG-TCGT---A-C--A--------TC----GGAC--A-C-A---AAG-----TC--TC-AGAG-CTCC-CA-G-AG----A------CTCT-T---ATCTG-A-AGCA-
gi|112828 : -CCGGAT-GA-AG-CC--A--C-GT-CCAT---A-T--A--------T-----GGAC--A-------AAG-----TC--CC-AGAG-CTCCAGA-A-AG----A------TTC--T---AACTG-A-
gi|112829 : A-AA-AT--A--C-GT-CTGT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-A---AAG-----TG--TC-AGAA-CTCCAGA-G-GG----AATCAACCTC--TGA-ACCTG-A-AGCA-
gi|112830 : C-AGAA-CTCAGCA-G-AG----A------CTC--T---ACCTG-A-AGCA-G-GTATCCC
Alignments
lowQualScore : 444 1 1 1 1 11 11 1 1 222 1 11 44444444 66666 11 1 1 444 33333 11 1 2 1 1 4444 333333 33 444 1 1 1 1
lowQualScore : ... . . . . .. .. . . ... . .. ........ ..... .. . . ... ..... .. . . . . .... ...... .. ... . . . .
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Reference ( family-526 ) : CGTC---C-CCGGAC-GA-AA-CC--A--C-GT-CCGT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-A---AAG-----TC--CC-AGAG-CTCCGCA-G-AG----A------CTC--T---ACCTG-A-AGCA-G-GTCTCCC
gi|112799 : CGTC---C-CCGGAC-GA-AA-CT--A--C-GT-CCGT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-A---AAG-----TT--CCAAGAG-ATCCGCA-G-AG----A------CTC--T---ACCTG-A-CACA-G-GTCTCCC
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gi|112801 : CGTT---C-CCGGAT-GA-AA-CC--A--C-GT-CCGT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-A---AAG-----TC--CC-AGAG-CTCTGCA-A-AT----A------TTC--T---ACCTG-A-AACA-G-GTCTCCC
gi|112802 : CGTC---C-CTGGAC-GA-AA-CT--A--C-GC-CCAT---A-T--G--------T-----AGAC--A-C-A---ATG-----TC--AC-AGAG-CTCCACA-G-AG----A------CTC--T---ACCTG-A-AGCA-G-GCCTACC
gi|112803 : CGTC---C-CCGGAC-AA-TA-CC--A--C-GT-CCGT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-TT--AGG-----TC--CC-AGAG-CTCCGAA-G-AG----A------CTC--T---ACCTG-A-CACA-T-GTCTCCC
gi|112804 : CGTC---C-CCGAAC-GA-AAACT--A--C-GT-CAGC---A-C--A--------T-----GGAC--A-A-A---AAG-----TCGGCC-AAAG-CTCTGAA-G-AG----A------CTC--T---ACCTG-A-AGCA-G-G-CTC
gi|112805 : CATC---CACCGGAC-GA-CA-CC--A--C-GT-CCGA---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-T---AAG-----TC--CC-AGCG-CTCCTCA---AG----A------CTC--T---ACCTA-A-AGCA-G-GTCGCCC
gi|112806 : CATT---C-CCAGAC-GA-AA-CC--A--C-GT-CCGT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-ATATATG-----T--------AG-TCCCACA-G-AG----A------CTC--T---ACCCG-A-AGCA-G-GTC
gi|112807 : CGTC---C-CCGGAC-GA-AA-CC--A--C-GT-CCGT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-T---AGG-----TC--CC-AGAG-CTCCGAA-A-AC----A------C
gi|112808 : CGTC---T-CCGGAC-AA-AA-CC--A--C-GT-CCGT---A-C--A--------T-----GGAC--G-CTT---AAG-----TC--CC-AGAG-CTCCGAA-G-A
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gi|112810 : CGTCGGTC-CTGG-C-GACAA-CC--A--CCGT-CTGT---AAC--T--------T-----GAAC--A-C-A---AAG-----TT--CC-AGTG-CTCCACA-G-AG----A------CTC--T---TCTTG-A-AGCA-A-GTTTCCCaca
gi|112811 : CGTC---C-CCGGAC-GA-GA-CC--A--C-AC-CCGT---A-C--A--------T-----CGAC--T-C-A---AAG-----TC--CC-A-AG-CTC
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gi|112813 : CATT---C-CCGGAC-GA-AA-CC--A--C-GT--------A-C--T--------T-----GGAC--A-C-A---TTG-----TC--CT-AGAG-CTCCACA-G-AT----G------TTC--T---GC
gi|112814 : CGTC---C-CCGGAC-GA-AA-CC--A--C-GT-TT-C---A-T--G--------T-----GG------T-A---A-----------CT-AGAG-TTCCGAA-G-AG----A------CTA--T---ACCTG-A-AGCA-T-GTTTCCaaaccagaaa
gi|112815 : CGTG---C-CCGCAC-GA-AA-CC--A--A-GC-CCAC---A-C--G--------T-----GGAC--A-C-A---AAG------------A----------A-G-AG----A------CTC--T---ACCTG-AGAGCA-A-GTC
gi|112816 : GTC---C-CCGGAC-GA-AA-CC--A--C-GT-CCGT---A-CCGA--------T-----GGAC--A-C-A---AAG-----TC--AC-AGTG-CTCCGCA-G-AG----A------CTC--T---ACTTG-A-AGCA-A-GTCTCCC
gi|112817 : GTT---C-CGGGAC-CG-AA-TC--A--C-GT-CCAT---A-C--A--------T-----ATAC--A-C-A---GAG-----TC--CC-ACAG-CTCCAAATG-AA----A------ATG--T---ACCTA-A-AGCA-A-GTC
gi|112818 : TC---C-TCG-AC-GA-CA-CT--A--T-GC-TCTT---A-A--A--------T-----GGGC--A-C-T---AAG-----TC--TC-AGAG-CTCTGCA-G-AG----A------CTC--T---ACCTG-A-AGCA-G-ATCTCCC
gi|112819 : TC---C-CCAGAC-GA-GA-CC--A--C-GT-CCGT---A-C--G--------C-----GAAC--A-C-A---AAG-----TC--CC-AGTG-CTCCGCA-G-AA----A------CTC--T---CTTTG-A-AGCA-A-ATCTCTC
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Reference ( family-526 ) : CGTC---C-CCGGAC-GA-AA-CC--A--C-GT-CCGT---A-C--A--------T-----GGAC--A-C-A---AAG-----TC--CC-AGAG-CTCCGCA-G-AG----A------CTC--T---ACCTG-A-AGCA-G-GTCTCCC
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