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Reference ( gi|88630 ) : CAGGGA-TTTT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CCCATTC------CCAATGCT-AA---A---AA-GCAGGAA---T-----TTTT--CCC-AA-A--TTTT----A-C-T----T-----T------A-G---A-A------TTCCC---AAAC--A------T---G--A--C-A--A-T-AAA-TCAAAA
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Reference ( family-525 ) : CAGGGA-TTTT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CCCATTC------CCAATGCTAA---A------AA-GCAGGT-A---T---TTTT--CCC-AA-NTT-TTG-C-T----T-----T-A-G-----A-A------TTCCC---AAA------C--AT---G--A--C-A--A-T-AAA-TCAAAA
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blockSeqs : . . . TA . . . A . . . . . . . . A . T . . . . . . . . CT . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TA . . . C . . . . . . . . A . G . . . . . . . . TT . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GA . . . C . . . . . . . . G . T . . . . . . . . TT . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TA . . . G . . . . . . . . G . T . . . . . . . . TT . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . CA . . . C . . . . . . . . A . T . . . . . . . . TT . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GC . . . T . . . . . . . . T . T . . . . . . . . GG . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . AC . . . T . . . . . . . . A . T . . . . . . . . TT . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TT . . . A . . . . . . . . T . T . . . . . . . . TG . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TC . . . A . . . . . . . . A . T . . . . . . . . TT . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . C . . . . . . . . A . C . . . . . . . . TT . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . A . . . . . . . . A . T . . . . . . . . TT . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CAGGGA-TTTT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CCCATTC------CCAATGCTAA---A------AA-GCAGGT-A---T---TTTT----CCC-AAT-TT-T-TG-C-T----T-----T-AG---A-A------TTCCC---AAA------C--AT---G--A--C-A--A-T-AAA-TCAAAA
finalCons : CAGGGA-TTTT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CCCATTC------CCAATGCTAA---A------AA-GCAGGT-A---T---TTTT----CCC-AAT-TT-T-TG-C-T----T-----T-AG---A-A------TTCCC---AAA------C--AT---G--A--C-A--A-T-AAA-TCAAAA
Alignments
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lowQualScore : . .. . ....... . . . ..... . . . . .. .. .. ...... .......... . .. ... ... .... . . . . . ............ . .... . ...... ... ...... .. ... .. .. . .. . . .
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consensus : CAGGGA-TTTT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CCCATTC------CCAATGCTAA---A------AA-GCAGGT-A---T---TTTT----CCC-AAT-TT-T-TG-C-T----T-----T-AG---A-A------TTCCC---AAA------C--AT---G--A--C-A--A-T-AAA-TCAAAA
Reference ( family-525 ) : CAGGGA-TTTT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CCCATTC------CCAATGCTAA---A------AA-GCAGGT-A---T---TTTT----CCC-AAT-TT-T-TG-C-T----T-----T-AG---A-A------TTCCC---AAA------C--AT---G--A--C-A--A-T-AAA-TCAAAA
gi|88630 : CAGGGA-TTTT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CCCATTC------CCAATGCTAA---A------AA-GCAGGA-A---T---TTTT----CCC-AAA-TT-T-TA-C-T----T-----T-AG---A-A------TTCCC---AAA------C--AT---G--A--C-A--A-T-AAA-TCAAAA
gi|88631 : CAGGGA-TTTT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--C--ATTC------CCAATGCTAA---A------A--GCAGGA-A---T---TTTT----CCC-AAA-TT-T-TA-C-T----T-----T-AG---A-A------TTCCC---AAA------C--AT---G--A--C-A--A-T-AAA-TCAAAA
gi|88632 : CAGGGA-TTTT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--C--ATTC------CCAATGCTAA---G------AA-GCAGGA-A---T---TTT-----CCC-AAA-TT-T-TA-C-T----T-----T-AG---A-A------TTCCC---AAA------C--AT---G--A--C-A--A-T-AAA-TCAAAA
gi|88633 : CAGGGA-TTTT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CCCATTC------CCAATGCTAA---A------AA-ACAGGT-A---T---TTTT----CCC-AAT-TT-T-TG-C-T----T-----A-AG---A-A------TTCCCA--AAA------C--AT---G--A--C-A--C-T-AAA-TCAAA
gi|88634 : CAGAGA-TTTT--T-TT--AA--GGG-TCT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CCCATTC------CCAATGCTAA---A------AA-GCAGGA-A---T---TTTT----CCC-AAT-TT-C-TG-C-T----T-----T-AG---A-A------TTCCCA--AAA------C--AT---G--A--A-ATCA-T-AAA-TC
gi|88635 : CAGGGA-TTTT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CCCATTT------CCAATGCTAA---A------AA-GCAGGT-ATTTT---TTTT----CCC-AAT-TT-T-AG-C-T----T-----T-TG---A-A------TTCCCCA-AAA------C--AT---G--A--C-A--A-T-AAA-TGAA
gi|88636 : CAGGGA-TTTT--T-T-------GGG-TAT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CC-ATTC------CCAATGCTAA---A------AT-GCAGGT-A---T---TTTT----CCC-AAT-TT-T-AA-C-T----T-----T-AG---A-A------TTCCCA--AAA------C--AT---G--A--C-A--A-T-AAA-TCAAA
gi|88637 : CAGGGA-TTTT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--G--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CCCATTC------TCAGTGCTAA---A------AA-GCAAGT-A-------TTTT----CCC-ACT-TT-T-TC-C-T----TAA---A-AA---A-A------TCCCC---CAA------A--AT---G--A--A-A--A-T-AAA-TCAA
gi|88638 : CAGGGA-TTGT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--C--A-GG-G-T-CCG--AAAAA--AGGC--CCCATTC------CCAATACTAA---A------AA-GAGGGT-A---T---TTTT----TCC-AA--TT-T-AG-C-T----T-----T-AG---A-A------TTCCC---AAA------
gi|88639 : CAGGGA-TTTT--T-TT--A---GGG-TCT-G-T--A--G-AG-G-G-CCG--AAATT--CGGC--CCCATTC------CCAATGGTGA---A------AA-GCAGGA-C---T---TTTT----CCC-AAA-AT-AACA-C-C----T-----A-AA---A-T------TTCCC---AA----------AT---G--A--T-G--A-T-AAA---AAAA
gi|88640 : CAGGGA-TTTT--T-TTTTA---GAG-TCT-G-T--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CCCATTC------CCAATG----------------------------T---TTCC----CCC-AAA-TT-T-AG-C-T----T-----TTAATTTA-A------TTCCC---AAAACATGTC--ATT--G--A--C-A--A-T-AAA-TCAAAA
gi|88641 : CAGGGAATTTC--C-TT--ATT-AGG-TCTTG-T--C--ACGG-G-G-CCG--AAATA--AGGA--C--ATTC------CCAATGCTAA---G------AA-ACAGGC-A---T---TTCTCC--CCC-AATGTT-G-TG-CGTGGTGT-----T-AG---ACA------TTCTCCCAAAA------C--AA---GAAA--C-G--A-T-AAATTCAAAA
gi|88642 : CAGGGA-TTTT--C-C--------AC-CCT-G-T--TGTA-GG-G-GTCCG--AAATT--CGGC--CCCATTC------CCAATGCAGAATTA------AA-GCA--T-----T---TTTT----CCC-AAT-TTGT-TGAC------------A-AA---A-A------TTCCC---AAT------CTTATTTAA--A--C-A--A-C-AAA-TCA
gi|88643 : CAGGGA-TTTCACC-CT--------G-T-T-G-T--G--G-GG-G-T-CCG--AAATT--CGGC--CCCATTC------CCAATGCAGAATTA------AA-GC-----A---T---TTTT----CCC-AAT-TTGT-TGAC---------------A---A-A------TTCCC---AA
gi|88644 : CAGGTT-TTTT--T-TT--A---TTG-TCT-G-C--C--A-GG-G-G-CCG--AAATA--AGGC--CCCATTC------
gi|88645 : CAAGGA-TTTT--T-AG--A---AGGATCT---T--T--A-GGTG-A-CGG--AAATA--AGGC--TCTATTC------TTAATGCCAA---G------AA-GAAGGG-A---T---TTT
gi|88646 : CAGAGA-TATT--T-T---A---GGG-TCT-G-T--T--T-GT-G-G--CGAAAAATA--AGGC--CCCATT-------CTAATGCTAA---A------
gi|88647 : CAGGGA-TTTT--C-C--------AC-CCT-G-T--TGTA-GG-G-GTCCG--AAATT--CGGC--CCCATTC------CCAATACAGA---ATTG---AA-GCA--T-----C---TTTT----CCC-AAT-TTGT-TGAC------------A-AA---A-A------TTCCC---AA
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gi|88650 : GGT-TTCT--T-TC--A---GGG-ACT-G-T--A--G-GA-G-G-TCA--AAATA--AAGC--CCCATTT------CCAATGCTAA---T------AT-GCAGGT-A---T---TTTC----CCC-AAT-TT-T-TG-C-C----TTGAACT-GA---A-A------TTCCC---AAA------C--AT---T--G--CAA--A-C-AAA-TCAAA
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gi|88652 : GAA-TTTT--T-TT--ATTGGGG-TCT-G-T--A--A-GG-G-G-CTG--AAATA--AGGC--CCAATTC------ACAATGTTTA---A------AC-TC---T-C---TCTCTTTT----CCC-AAT-TT-T-TG-C-T----T-----T-CA---T-A------TCCCC---GAA------C--CA---A--A--C-A--ATT-AAA-ACAA
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