lowQualScore                  :                     1111111        1111  444444444444                                                      1                                   
lowQualScore                  :                     2222222   111  1111  000000000000 222 44    11    22222  4  1 33      0     11    11   0  444444 22    444444  2 1   2     
lowQualScore                  :                     .......   ...  ....  ............ ... ..    ..    .....  .  . ..      .     ..    ..   .  ...... ..    ......  . .   .     
lowQualScore                  :                     7777777   888  7777  999999999999 999 66    44    66666  4  3 11      1     66    66   9  111111 00    111111  9 4   9     
consensus                     :          GCTCTGACTCT------AACC---CC---CGC-TT-----T---A---T--TGTG--ACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA--AGCG--GGGGTT------A--GAGT------CA-G-AGG-AATCT
Reference ( gi|8426 )         :          GCTCTGACTCT------AACC---CC---TGC-TT-----T---A---T--TGTG--ACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA--AGCG--GGGATT------A--GAGT------CA-G-AGG-AATCT
gi|8425                       :          GCTCTGACTCT------AACC---CC---TGC-TT-----T---A---T--TGTG--ACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA--AGCG--
gi|8418                       :          GCTCTGACTCT--------CC---CC---CGC-------------------------ACAT-----GTCAC-A-------ATATAAA--AGCG--GGGGTT------A--GAGT------CA-G-AGG-AATCTaatct
gi|8419                       :         cGCTCTGACTCT------C-CC---CC---CGC-------------------------ACAT-----GTCAC-A-------ATATAAA--AGCG--GGGGTT------A--GAGT------CA-G-AGGAAATCT
gi|8421                       :         cGCTCTGACTCT--------CC---CC---CGC-------------------------AAAT-----GT--C-------ACAAATAAA--AGCG--GGGGTT------A--GAGT------CA-GAAGG-AATCT
gi|8422                       :         cGCTC-GACTCT--------CC---CC---CGC-------------------------ACAT-----GTCAC-A-------ATATAAATAGGCG--GGG-TT------A--GAGT------CA-G-AGG-AATCT
gi|8423                       :         cGCTCTAACTCT--------CC---CC---TGC------------A---CA-TGTC--ACAT--------------------TATATA--AGCG--GGGGTA------A--GAGT------CA-G-AGG-AATC
gi|8424                       :         cGCTCTGACTCT--------CC---CC---CGC-GC---------A---T---GTC--ACA--------------------ATATAAA--AGCG--G---TA------A--GAGT------CC-G-AGG-AATCT
gi|8418                       :          cCTCTGACTCT------AACC---CC---CGC-TT-----TTATA---T--TGTG--ACAT-----GT-GC-GG-GGGAGA-GTCAG--AGCG--
gi|8420                       :           CTCTGACTCT------AACC---CC---CGC-TT-----TTATA---T--TGTG--ACAT-----GT-GC-GG-GGGAGAgaatct
gi|8420                       :  cactctgacCTCTGACTCT--------CC---CC---CGC-------------------------ACAT-----GTCAC-A-------ATATAAA--AGCG--GGGGTT------A--GAGT------CA-G-AGG-AATCTgaatct
gi|8419                       :         caCTCTGACTCT------AACC---CC---CGC-TTTTA--T---A---T--TGTG--ACAT-----GT-GCGGG-GGGAGA-GTCAG--AGCG--
gi|8435                       :           CTCTGACTCT------AACC---CC---CGC-TT-----TTATA---T--TGCG--ACAT-----GT-GC-GG-GGGAGgaaatct
gi|8422                       :           CTCTGACTCT------AACC---CCGCCTAT-TTA----T---A---T--TGTG--ACAT-----GT-GC-GG-GGGAGAgaatct
gi|8438                       :   cgctcgacCTCTGACTCT------AACC---CC---CGC-TTTTA--T---A---T--TGTG--ACAT-----GT-GC-GG-GGgaatct
gi|8423                       :           CTCTGACTCT------TACC---CC---CGC-TTA----T---A---TAATGTG--ACAT-----GT-GC-AG-GGGAGA-GTTAG--AGCG--gaatct
gi|8439                       :           CTCTGACTCT------AACC---CC---CGC-CT-----TTATA---T--TGTG--ACAT-----GT-GC-GG-GGgaatc
gi|8443                       :           CTCTGACTCT------AACC---CC---CGC-TTTTA--T---A---T--TGTG--ACAT-----GT-gaatc
gi|8424                       :           CTCGGACTCT------TACC---GC---TTT-TA-----T---A---T--TGTG--ACAT-----GC-GC-GG-GGGAGA-GTCAG--AGCG--gaatct
gi|8447                       :           CTCTGACTCT------AAGC---CC---CGC-TTTTA--T---A---T--TGTG--ACAT-----gaatct
gi|8437                       :           CTCTGACTCTTT----AACC---CC----GC-TT-----TTATA---T--TGTG--ACAT-----GT-GC-GA-AGGgaatct
gi|8432                       :           CTCTGACTCT------TACC---CC---AGG-TT-----TTATA---T--TGTG--ACAT-----GT-GC-GGAGAGAGaaatct
gi|8429                       :        tgaCTCTGTTTCT------TATC---CC---CGG-TT-----T---AATAT--TGTG--ACAT-----AT-GC-GG-GGGAGAgaatct
gi|8430                       :     tctaacCTCTGATTTT------A-TC---CC---GGT-TTAA---T---A---T--TTTG--ACAT-----AT-GC-GG-GGGAGAgaatc
gi|8436                       :     tctaacCTCTGACTCTTATCCAGATC---CC---CGC-TT-----TTATG---T--TGTG--ATAT-----GT-GC-GG-GGAAgaatct
gi|8445                       :           CTCTTACTCT------AAGC---CC---CGC-TTTTA--T---A---T--TGTG--ACGT-----GT-gaatct
gi|8441                       :           CTCTGACTTT------TGCC---CC---CGT-TT-----TTGTA---T--TGCG--ACAT-----GT-TC-GG-GGgaaatct
gi|8446                       :           CTTTGACTCT------TATC---CC---TGT-TTTTA--T---A---T--TGTG--ACAT-----GT-aaatct
gi|8434                       :           CTCTGATT--------AGCC---CC-----C-TTCATATT---A---T--TGTG--ACA------GT-GC-GG-GGGCGAgaat
gi|8444                       :       tgacCTCTG-CTCC------AACC---C-----GC-TT-----TTATA---T--TGTG--ACAT-----GT-gaat
gi|8442                       :           CTCTGAATCT------TACT---CC---CGC-TT-----TTCTA---T--TGTGTGGCAT-----GT-GC-AG-aaatct
gi|8427                       :           CTCGGACTCT------TAGC---CC---CGC-TT-----TTATA---T--TGTG--ACAA-----GT-gaattt
gi|8421                       : ctctgactcttTCTGACTCT------AACC---CC---CGCTTT-----T---AT--T--TGTG--ACAT-----TT-GC-GG-GGGAGA-GTCAG--AGCG--taat
gi|8429                       :            TCTAACTCT--------CC---CC---CGC------------A---TA-TGTC--ACA--------------------ATATTAA--ACCG--GGGATA------A--GAAA------CA-G-AGG-AATCaggaatct
gi|8430                       :            TCTAACTCT--------CC---CC---CGC-------------------------ATAT-----GT--C-A-----AAATATTAA--ACCG--GGA--T------A--AAAT------CA-G-AGG-AATCT
gi|8440                       :            TCTGACTCT------AACC---CA---CGC-CTTTA--T---A---T--TGTG--ACACCATAGGT-GC-GG-GG
gi|8433                       :             CTGACTCT------AACC---CC----GC-TTTTA--T---A---T--TA-G--A-AT-----GG-TC-GG-GGGAGACATctcagaggaatc
gi|8448                       :         tgacCTGACTCT------AACC---CCCG-CGC-TT-----TTA-A---T--TGTG--ACAT-----gaggaatct
gi|8428                       :                 CTCC------GACCGTGCC-----C-TT-----T---A---TA-TTTG--ACTT-----GT-GC-GG-GGGAGAgagaaatct
gi|8435                       :                                                                                   ctctgccATATAAA--AGCG--GGGGTT------A--GAGT------CA-G-AGG-AATCTgaat
gi|8438                       :                                                                       ctcccccgcacatgtcgcaATATAAA--AGCG--GGGGTT------A--GAGT------CA-G-AGG-AATCT
gi|8439                       :                                                                          ccccgcacatgtcacaATATAAA--GGCG--GGGGTT------A--GAGT------CA-G-AGG-AATC
gi|8443                       :                                                                          ccccgcacatgtcacaATATAAA--AGCG--GGGGTT------A--GAGT------CA-G-AGG-AATCT
gi|8447                       :                                                                                acatgtcacaATATAAA--AGCG--GGGCTT------A--GAGT------CA-G-AGG-AATCT
gi|8437                       :                                                                                  atgtcacaATATAAA--AGCG--GGG-TT------AAAGAGT------CA-G-AGA-AATCT
gi|8432                       :                                                                         ccttcgcacatgtcacaATATAAA--ACCT--GGGGTA------A--GAGT------CA-G-AGG-AATCT
gi|8449                       :                                                                   tgactctctccgcacatgtcacaATATAAA--AGCG--GGGGTT------A--GAGT------CG-G-GGG-AATCT
gi|8433                       :                                                                                         aATATAAA--AGCG--GGG-TT------A--GAGT------CAGG-AGG-AATCT
gi|8436                       :                                                                 tgacatgtctcccccgaccattctaACATAAA--AGCG--GGGATCTGGATAA--GAGT------CA-G-AGG-AATCT
gi|8440                       :                                                                        ttccccgcacatatcacaATATAAA--GGCG--TGGGTT------A--GAGTCAGACTCA-G-AGG-AATC
gi|8445                       :                                                                     ccccgcacctatggtgtcacaATATAAA--AGCG--GGGCTT------A--GAGT------AA-G-AGGAAATCT
gi|8441                       :                                                                                acacgtcacaATACAAA--AACG--GGGGCA------A--AAGT------CA-G-AGA-AATCT
gi|8446                       :                                                                          ccccgaacatgtcgcaATATAAA--AACA--GGGATA------A--GAGT------CA-A-AGG-AAT
gi|8444                       :                                                                                acatgtcacaATATAAA--AGCG--GG--TT------G--GAG-------CA-G-AGA-AATCT
gi|8442                       :                                                                                acatgtcacaATAGAAA--AGCG--GGAGTA------A--GATT------CA-G-AGG-AATTT
gi|8427                       :                                                                          ctgcacatgccacacaATATAAA--AGCG--GGGCTA------A--GAGT------CC-G-AGT-AAT
gi|8448                       :                                                                        ctctgactcttacttgtcacaTAAA--AGCGCGGGGGTT------A--GAGT------CAGG-AGA-AATCT
gi|8425                       :                                                                                     atgtcacaatAA--AGCA--GGGGTT------A--GAGT------CA-G-AGC-AATCT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8431 ): CTGACACCCCCACACATGAAACAATACAAAAACGGGGGTGAGAGTCGAAAGAATTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                              444444444                                                                              
lowQualScore                  :                                    8888888   222  11   1 222 333333333 333 44        33333  2  1  1      4     2    22   2      888888   6    3     
lowQualScore                  :                                    .......   ...  ..   . ... ......... ... ..        .....  .  .  .      .     .    ..   .      ......   .    .     
lowQualScore                  :                                    5555555   111  77   2 111 222222222 333 55        00000  5  5  5      7     1    99   8      888888   2    1     
consensus                     :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCT
Reference ( family-524 )      :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCT
gi|8418                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGA-GTCAG-AGCG--
gi|8419                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACAT-----GT-GCGGG-GGGAGA-GTCAG-AGCG--gaatct
gi|8420                       :                          CTCTGACTCT--------CC---CC--CGC--------------------------ACAT-----GTCAC-A-------ATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCTgaaatct
gi|8420                       :                        caCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGA
gi|8421                       :                  cactctgacTCTGACTCT------AACC---CC--CGCTT---T-----T---AT--T--TGTGACAT-----TT-GC-GG-GGGAGA-GTCAG-AGCG--gaatct
gi|8422                       :                         GCTC-GACTCT--------CC---CC--CGC--------------------------ACAT-----GTCAC-A-------ATATAAATAGGC--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCTaggaatct
gi|8422                       :                         cCTCTGACTCT------AACC---CC---GC-C---TATTTAT---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGA
gi|8423                       :                  cgctcgacCTCTGACTCT------TACC---CC--CGC-T---TA----T---A---TAATGTGACAT-----GT-GC-AG-GGGAGA-GTTAG-AGCG--gaatct
gi|8424                       :                          CTCGGACTCT------TACC--------GC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GC-GC-GG-GGGAGA-GTCAG-AGCG--gaatc
gi|8425                       :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--TGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--gaatct
gi|8426                       :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--TGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--GGGATTAGAG------TCA-GAGG-AATCTaatct
gi|8427                       :                          CTCGGACTCT------TAGC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACAA-----GT-
gi|8428                       :                     ctctgactcttCTCC------GACCGTGCC--C---T---T-----T---A---TA-TTTGACTT-----GT-GC-GG-GGGAGAtaat
gi|8429                       :                   ctctgccCTCTGTTTCT------TATC---CC--CGG-T---T-----T---AATAT--TGTGACAT-----AT-GC-GG-GGGAGAgaat
gi|8430                       :                     tctaacTCTAACTCT--------CC---CC--CGC--------------------------ATAT-----GT--C-A-----AAATATTAA-ACCG--GGA--TAAAA------TCA-GAGG-AATCTgaatc
gi|8430                       :                          CTCTGATTTT------A-TC---CC--GGT-T---TAA---T---A---T--TTTGACAT-----AT-GC-GG-GGGAGA
gi|8431                       :                        tctaacGACTCT------CACC---CC--CGT-T---TTTG--T---A---T--TGTTTCAT-----GT-GT-GG-GGGgaatct
gi|8431                       :                                                                                                   ctgacaATACAAA-AACG--GGGGTGAGAG------TCG-AAAG-AATTTgaaagaattt
gi|8432                       :   ctgacacccccacacatgaaacaCTCTGACTCT------TACC---CC--AGG-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-GC-GGAGAGAG
gi|8433                       :                         tgaCTGACTCT------AA-C---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TA-GA-AT-----GG-TC-GG-GGGAGACATgaatct
gi|8433                       :                                                                                                     tgacATATAAA-AGCG--GGG-TTAGAG------TCAGGAGG-AATCTgaggaatct
gi|8434                       : tgacatgtctcccccgaccattctaCTCTGATT--------AGCC---CC--CTT-CATAT-----T---A---T--TGTGACA------GT-GC-GG-GGGCGA
gi|8435                       :                      tgacCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGCGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGgaat
gi|8436                       :                          CTCTGACTCTTATCCAGATC---CC--CGC-T---T-----TTATG---T--TGTGATAT-----GT-GC-GG-GGAAgaatct
gi|8437                       :                          CTCTGACTCTTT----AACC---CC---GC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-GC-GA-AGGgaatct
gi|8438                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGaaatct
gi|8439                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-C---TTTA--T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGgaatct
gi|8440                       :                           TCTGACTCT------AACC---CA--CGC-C---TTTA--T---A---T--TGTGACACCATAGGT-GC-GG-GGgaatc
gi|8440                       :                                                                                                         ATATAAA-GGCG--TGGGTTAGAGTCAGACTCA-GAGG-AATCctcagaggaatc
gi|8441                       :     ccccgcacctatggtgtcacaCTCTGACTTT------TGCC---CC--CGT-T---T-----TTGTA---T--TGCGACAT-----GT-TC-GG-GG
gi|8442                       :                          CTCTGAATCT------TACT---CC--CGC-T---TTTC--T---A---TTGTGTGGCAT-----GT-GC-AG-aaatct
gi|8443                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACAT-----GT-gaattt
gi|8443                       :                                                                                                         ATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCTgaatct
gi|8444                       :                acatgtcacaCTCTG-CTCC------AACC---C----GC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-
gi|8444                       :                                                                                                         ATATAAA-AGC----GGGTTGGAG-------CA-GAGA-AATCTaaatct
gi|8445                       :                acatgtcacaCTCTTACTCT------AAGC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACGT-----GT-
gi|8445                       :                                                                                                         ATATAAA-AGCG--GGGCTTAGAG------TAA-GAGGAAATCTgaaatct
gi|8446                       :                acacgtcacaCTTTGACTCT------TATC---CC--TGT-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-
gi|8447                       :                                                                                                         ATATAAA-AGCG--GGGCTTAGAG------TCA-GAGG-AATCTgaat
gi|8448                       :                    atgtcacaCTGACTCT------AACC---CCCGCGC-T---T-----TTA-A---T--TGTGACAT-----
gi|8448                       :                                                                                                            TAAA-AGCGCGGGGGTTAGAG------TCAGGAGA-AATCTgagaaatct
gi|8449                       :                                                                                               atgtcacaatATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCG-GGGG-AATCT





Alignments
lowQualScore                  :                                                              444444444                                                                              
lowQualScore                  :                                    8888888   222  11   1 222 333333333 333 44        33333  2  1  1      4     2    22   2      888888   6    3     
lowQualScore                  :                                    .......   ...  ..   . ... ......... ... ..        .....  .  .  .      .     .    ..   .      ......   .    .     
lowQualScore                  :                                    5555555   111  77   2 111 222222222 333 55        00000  5  5  5      7     1    99   8      888888   2    1     
consensus                     :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCT
Reference ( family-524 )      :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCT
gi|8418                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGA-GTCAG-AGCG--
gi|8419                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACAT-----GT-GCGGG-GGGAGA-GTCAG-AGCG--gaatct
gi|8420                       :                          CTCTGACTCT--------CC---CC--CGC--------------------------ACAT-----GTCAC-A-------ATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCTgaaatct
gi|8420                       :                        caCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGA
gi|8421                       :                  cactctgacTCTGACTCT------AACC---CC--CGCTT---T-----T---AT--T--TGTGACAT-----TT-GC-GG-GGGAGA-GTCAG-AGCG--gaatct
gi|8422                       :                         GCTC-GACTCT--------CC---CC--CGC--------------------------ACAT-----GTCAC-A-------ATATAAATAGGC--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCTaggaatct
gi|8422                       :                         cCTCTGACTCT------AACC---CC---GC-C---TATTTAT---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGA
gi|8423                       :                  cgctcgacCTCTGACTCT------TACC---CC--CGC-T---TA----T---A---TAATGTGACAT-----GT-GC-AG-GGGAGA-GTTAG-AGCG--gaatct
gi|8424                       :                          CTCGGACTCT------TACC--------GC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GC-GC-GG-GGGAGA-GTCAG-AGCG--gaatc
gi|8425                       :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--TGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--gaatct
gi|8426                       :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--TGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--GGGATTAGAG------TCA-GAGG-AATCTaatct
gi|8427                       :                          CTCGGACTCT------TAGC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACAA-----GT-
gi|8428                       :                     ctctgactcttCTCC------GACCGTGCC--C---T---T-----T---A---TA-TTTGACTT-----GT-GC-GG-GGGAGAtaat
gi|8429                       :                   ctctgccCTCTGTTTCT------TATC---CC--CGG-T---T-----T---AATAT--TGTGACAT-----AT-GC-GG-GGGAGAgaat
gi|8430                       :                     tctaacTCTAACTCT--------CC---CC--CGC--------------------------ATAT-----GT--C-A-----AAATATTAA-ACCG--GGA--TAAAA------TCA-GAGG-AATCTgaatc
gi|8430                       :                          CTCTGATTTT------A-TC---CC--GGT-T---TAA---T---A---T--TTTGACAT-----AT-GC-GG-GGGAGA
gi|8431                       :                        tctaacGACTCT------CACC---CC--CGT-T---TTTG--T---A---T--TGTTTCAT-----GT-GT-GG-GGGgaatct
gi|8431                       :                                                                                                   ctgacaATACAAA-AACG--GGGGTGAGAG------TCG-AAAG-AATTTgaaagaattt
gi|8432                       :   ctgacacccccacacatgaaacaCTCTGACTCT------TACC---CC--AGG-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-GC-GGAGAGAG
gi|8433                       :                         tgaCTGACTCT------AA-C---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TA-GA-AT-----GG-TC-GG-GGGAGACATgaatct
gi|8433                       :                                                                                                     tgacATATAAA-AGCG--GGG-TTAGAG------TCAGGAGG-AATCTgaggaatct
gi|8434                       : tgacatgtctcccccgaccattctaCTCTGATT--------AGCC---CC--CTT-CATAT-----T---A---T--TGTGACA------GT-GC-GG-GGGCGA
gi|8435                       :                      tgacCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGCGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGgaat
gi|8436                       :                          CTCTGACTCTTATCCAGATC---CC--CGC-T---T-----TTATG---T--TGTGATAT-----GT-GC-GG-GGAAgaatct
gi|8437                       :                          CTCTGACTCTTT----AACC---CC---GC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-GC-GA-AGGgaatct
gi|8438                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGaaatct
gi|8439                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-C---TTTA--T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGgaatct
gi|8440                       :                           TCTGACTCT------AACC---CA--CGC-C---TTTA--T---A---T--TGTGACACCATAGGT-GC-GG-GGgaatc
gi|8440                       :                                                                                                         ATATAAA-GGCG--TGGGTTAGAGTCAGACTCA-GAGG-AATCctcagaggaatc
gi|8441                       :     ccccgcacctatggtgtcacaCTCTGACTTT------TGCC---CC--CGT-T---T-----TTGTA---T--TGCGACAT-----GT-TC-GG-GG
gi|8442                       :                          CTCTGAATCT------TACT---CC--CGC-T---TTTC--T---A---TTGTGTGGCAT-----GT-GC-AG-aaatct
gi|8443                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACAT-----GT-gaattt
gi|8443                       :                                                                                                         ATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCTgaatct
gi|8444                       :                acatgtcacaCTCTG-CTCC------AACC---C----GC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-
gi|8444                       :                                                                                                         ATATAAA-AGC----GGGTTGGAG-------CA-GAGA-AATCTaaatct
gi|8445                       :                acatgtcacaCTCTTACTCT------AAGC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACGT-----GT-
gi|8445                       :                                                                                                         ATATAAA-AGCG--GGGCTTAGAG------TAA-GAGGAAATCTgaaatct
gi|8446                       :                acacgtcacaCTTTGACTCT------TATC---CC--TGT-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-
gi|8447                       :                                                                                                         ATATAAA-AGCG--GGGCTTAGAG------TCA-GAGG-AATCTgaat
gi|8448                       :                    atgtcacaCTGACTCT------AACC---CCCGCGC-T---T-----TTA-A---T--TGTGACAT-----
gi|8448                       :                                                                                                            TAAA-AGCGCGGGGGTTAGAG------TCAGGAGA-AATCTgagaaatct
gi|8449                       :                                                                                               atgtcacaatATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCG-GGGG-AATCT


blockSeqs                     :                                    TATCCAG   GTG  CG   T ATA ATTTAT    ATA AA        CATAG  C  G  A      T     T    CG   G      TCAGAC   G    A
blockSeqs                     :                                    TTA       .    .    . .   TTAT      T   TG        .      C  .  .      T     .    .    A      .        G    .
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   TTAT      .   A         .      .  .  .      T     .    .    G      .        .    .
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .      T     .    .    G      .        .    .
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .      T     .    .    G      .        .    .
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   TTGT      .   .         .      .  .  .      T     .    .    G      .        .    .
blockSeqs                     :                                    T         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .      C     .    .    C      .        .    .
blockSeqs                     :                                    T         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .      T     .    .    C      .        .    .
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .      T     .    .    G      .        .    .
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .      T     .    .    G      .        .    .
blockSeqs                     :                                    T         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .      T     .    .    .      .        .    .
blockSeqs                     :                                    G         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .      T     .    .    .      .        .    .
blockSeqs                     :                                    T         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .      T     .    .                          
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .      T     .    .                          
blockSeqs                     :                                    C         .    .    . .   TTGT      .   .         .      .  .  .      .     .    .                          
blockSeqs                     :                                    T         .    .    . .   TTCT      .   .         .      .  .  .      .     .    .                          
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .      .     .    .                          
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .      .     .    .                          
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .                                            
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   TTAT      .   .         .      .  .  .                                            
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   AAT       .   .         .      .  .  .                                            
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   TTA       .   .         .      .  .  .                                            
blockSeqs                     :                                    T         .    .    . .   AT        .   .         .      .  .  .                                            
blockSeqs                     :                                    T         .    .    . .   T         .   .         .      .  .  .                                            
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   T         .   .         .      .  .  .                                            
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   T         .   .         .      .  .  .                                            
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   T         .   .         .      .                                                  
blockSeqs                     :                                    T         .    .    . .   T         .   .         .      .                                                  
blockSeqs                     :                                    A         .    .    . .   T         .   .         .      .                                                  
blockSeqs                     :                                    .         .    .    . .   .         .   .         .      .                                                  
blockSeqs                     :                                    .         .    .    . .   .         .   .         .      .                                                  
blockSeqs                     :                                    .         .    .    . .   .         .   .         .                                                         


blockSeqCons                  :                         
originalCons                  :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCT
finalCons                     :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCT





Alignments
lowQualScore                  :                                                              444444444                                                                              
lowQualScore                  :                                    8888888   222  11   1 222 333333333 333 44        33333  2  1  1      4     2    22   2      888888   6    3     
lowQualScore                  :                                    .......   ...  ..   . ... ......... ... ..        .....  .  .  .      .     .    ..   .      ......   .    .     
lowQualScore                  :                                    5555555   111  77   2 111 222222222 333 55        00000  5  5  5      7     1    99   8      888888   2    1     
consensus                     :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCT
Reference ( family-524 )      :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCT
gi|8418                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGA-GTCAG-AGCG--
gi|8419                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACAT-----GT-GCGGG-GGGAGA-GTCAG-AGCG--gaatct
gi|8420                       :                          CTCTGACTCT--------CC---CC--CGC--------------------------ACAT-----GTCAC-A-------ATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCTgaaatct
gi|8420                       :                        caCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGA
gi|8421                       :                  cactctgacTCTGACTCT------AACC---CC--CGCTT---T-----T---AT--T--TGTGACAT-----TT-GC-GG-GGGAGA-GTCAG-AGCG--gaatct
gi|8422                       :                         GCTC-GACTCT--------CC---CC--CGC--------------------------ACAT-----GTCAC-A-------ATATAAATAGGC--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCTaggaatct
gi|8422                       :                         cCTCTGACTCT------AACC---CC---GC-C---TATTTAT---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGA
gi|8423                       :                  cgctcgacCTCTGACTCT------TACC---CC--CGC-T---TA----T---A---TAATGTGACAT-----GT-GC-AG-GGGAGA-GTTAG-AGCG--gaatct
gi|8424                       :                          CTCGGACTCT------TACC--------GC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GC-GC-GG-GGGAGA-GTCAG-AGCG--gaatc
gi|8425                       :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--TGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--gaatct
gi|8426                       :                         GCTCTGACTCT------AACC---CC--TGC-T---T-----T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGATATAAA-AGCG--GGGATTAGAG------TCA-GAGG-AATCTaatct
gi|8427                       :                          CTCGGACTCT------TAGC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACAA-----GT-
gi|8428                       :                     ctctgactcttCTCC------GACCGTGCC--C---T---T-----T---A---TA-TTTGACTT-----GT-GC-GG-GGGAGAtaat
gi|8429                       :                   ctctgccCTCTGTTTCT------TATC---CC--CGG-T---T-----T---AATAT--TGTGACAT-----AT-GC-GG-GGGAGAgaat
gi|8430                       :                     tctaacTCTAACTCT--------CC---CC--CGC--------------------------ATAT-----GT--C-A-----AAATATTAA-ACCG--GGA--TAAAA------TCA-GAGG-AATCTgaatc
gi|8430                       :                          CTCTGATTTT------A-TC---CC--GGT-T---TAA---T---A---T--TTTGACAT-----AT-GC-GG-GGGAGA
gi|8431                       :                        tctaacGACTCT------CACC---CC--CGT-T---TTTG--T---A---T--TGTTTCAT-----GT-GT-GG-GGGgaatct
gi|8431                       :                                                                                                   ctgacaATACAAA-AACG--GGGGTGAGAG------TCG-AAAG-AATTTgaaagaattt
gi|8432                       :   ctgacacccccacacatgaaacaCTCTGACTCT------TACC---CC--AGG-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-GC-GGAGAGAG
gi|8433                       :                         tgaCTGACTCT------AA-C---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TA-GA-AT-----GG-TC-GG-GGGAGACATgaatct
gi|8433                       :                                                                                                     tgacATATAAA-AGCG--GGG-TTAGAG------TCAGGAGG-AATCTgaggaatct
gi|8434                       : tgacatgtctcccccgaccattctaCTCTGATT--------AGCC---CC--CTT-CATAT-----T---A---T--TGTGACA------GT-GC-GG-GGGCGA
gi|8435                       :                      tgacCTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGCGACAT-----GT-GC-GG-GGGAGgaat
gi|8436                       :                          CTCTGACTCTTATCCAGATC---CC--CGC-T---T-----TTATG---T--TGTGATAT-----GT-GC-GG-GGAAgaatct
gi|8437                       :                          CTCTGACTCTTT----AACC---CC---GC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-GC-GA-AGGgaatct
gi|8438                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGaaatct
gi|8439                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-C---TTTA--T---A---T--TGTGACAT-----GT-GC-GG-GGgaatct
gi|8440                       :                           TCTGACTCT------AACC---CA--CGC-C---TTTA--T---A---T--TGTGACACCATAGGT-GC-GG-GGgaatc
gi|8440                       :                                                                                                         ATATAAA-GGCG--TGGGTTAGAGTCAGACTCA-GAGG-AATCctcagaggaatc
gi|8441                       :     ccccgcacctatggtgtcacaCTCTGACTTT------TGCC---CC--CGT-T---T-----TTGTA---T--TGCGACAT-----GT-TC-GG-GG
gi|8442                       :                          CTCTGAATCT------TACT---CC--CGC-T---TTTC--T---A---TTGTGTGGCAT-----GT-GC-AG-aaatct
gi|8443                       :                          CTCTGACTCT------AACC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACAT-----GT-gaattt
gi|8443                       :                                                                                                         ATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCA-GAGG-AATCTgaatct
gi|8444                       :                acatgtcacaCTCTG-CTCC------AACC---C----GC-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-
gi|8444                       :                                                                                                         ATATAAA-AGC----GGGTTGGAG-------CA-GAGA-AATCTaaatct
gi|8445                       :                acatgtcacaCTCTTACTCT------AAGC---CC--CGC-T---TTTA--T---A---T--TGTGACGT-----GT-
gi|8445                       :                                                                                                         ATATAAA-AGCG--GGGCTTAGAG------TAA-GAGGAAATCTgaaatct
gi|8446                       :                acacgtcacaCTTTGACTCT------TATC---CC--TGT-T---T-----TTATA---T--TGTGACAT-----GT-
gi|8447                       :                                                                                                         ATATAAA-AGCG--GGGCTTAGAG------TCA-GAGG-AATCTgaat
gi|8448                       :                    atgtcacaCTGACTCT------AACC---CCCGCGC-T---T-----TTA-A---T--TGTGACAT-----
gi|8448                       :                                                                                                            TAAA-AGCGCGGGGGTTAGAG------TCAGGAGA-AATCTgagaaatct
gi|8449                       :                                                                                               atgtcacaatATATAAA-AGCG--GGGGTTAGAG------TCG-GGGG-AATCT