lowQualScore                  :                               222222222222                                                                                                                             111111111111    1111                                                                           
lowQualScore                  :      1  333          1  1     888888888888 1  222    22 222     9999999999999 2222   1 11 11  1   33333  33333 11  11 1  222 44  33333 1 1  1 11  1 66666666666    444 000000000000  1 6666 22 1   1  444   3333 3333 1 77    22 66666666   555555    1 7777777       
lowQualScore                  :      .  ...          .  .     ............ .  ...    .. ...     ............. ....   . .. ..  .   .....  ..... ..  .. .  ... ..  ..... . .  . ..  . ...........    ... ............  . .... .. .   .  ...   .... .... . ..    .. ........   ......    . .......       
lowQualScore                  :      9  333          7  7     111111111111 6  888    22 666     3333333333333 9999   4 99 99  4   44444  44444 99  99 4  555 55  44444 4 4  4 99  4 88888888888    111 222222222222  5 9999 00 5   5  666   9999 1111 6 44    33 00000000   000000    7 7777777       
consensus                     : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATA-AAC--A-TG--A-TA---AACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--T--AT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGTG---T------------AA-A--T-T--A-CCG-CC--NATT--A-G----T-G-NTCAG--T--------TAA------CCGT-G--G----AAGTCCT
Reference ( gi|9776 )         : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATA-TAC--A-TT--A-TA---AACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--T--AT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGTG---T------------AA-A--G-T--A-CCG-CC--TATT--A-G----T-G-GTCAG--T--------TAA------CTGT-G--A----AAGTCCT
gi|9778                       : CATGT-AA---AGGCATCATA-TG-GGATA-AAC--A-TG--A-TA---AACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--T--AT-AAC-----AA-----T--TC--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGTG---T------------AA-A--T-T--G-CGG-CC--AATT--A-G----T-G-GTCAG--T--------TAA------CCAT-G--A----AAGTCCT
gi|9777                       : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATA-CAC--A-TG--A-TA---AAAT--C---CTTAT-------------A----TGT-T--T--AT-AAC-----AA-----T--AC--G-AG---CG-GG-----A-T-TA-C--AT-A-----------GGTG---T------------AA-A--T-T--A-CTG-CC--TATC--A-G----T-G-GACAG--T--------TAA------CTGT-G--A----AAGTCCT
gi|9780                       : CATGT-AA----GGCATCGTA-TG-GGACA--AC--AATG--A-TA---A-CA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--T--AT-AAC-----A---------AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C-----A-----------AGTG---T------------TA-A--T-T--A-TCG-CC--TATT--A-G----T---GTCAG--T--------TAA------CTGT-G--A----AAGTC
gi|9779                       : CGTGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATA-AAC--A-TG--A-TA---TATA--C---CA-AA-------------G----TAT-G--T--AT-AAC-----AA-----T--AT--A-AG---CG-GG-----A-T-CA-T--AG-A-----------GGTG---T------------AA-A--T-T--A-CCG-CC--AATT--A-G----T-A-TCCAG--T--------TTA------CTGT-T--G----AAGTCCT
gi|9781                       : CATGT-AA---AGTCACCGTA-TG-GAATA-AAC--A-TTGAA-TA---AACAACC---TTTGA-------------G----TGT-G--T--AT-AAC-----AA-----T--AC--G-A---------------------------A-----------GGTG---T------------AA-A--T-TTCA-CCG-CC--TATT--A-G----T-G-GTCAG--T--------CAA------TTGT-GAAA----AAGTCCT
gi|9783                       : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GTGTA-AAC--A-TG--A-TA---A-CA--C---CTTGA-------------G----TAT-G--T--AG-AGCTATCTAA-----T--CT--GTAG---CA-GT-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGTG---T------------AA-A--G-T--A-CCG-CT--GATT--G-ATTGCT-G-CTCAA--T--------TAA------CTGT-A--G----AAATCCT
gi|9782                       : CACGT-AA---AGGCATTGTA-TG-GGATA-AAC--A-TG--A-CA---AACA--CTAGCTTGA-------------G----TGT-G--T--AT-ACC-----AA-----C--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GACG---TAAATTACCCACAAA-A--T-T--A-CCA-CC--GAGT--A-G----T-G-TTTAA--T--------TAA------CCGT-C--G----ATGTCCT
gi|9784                       : CATCT-AA---AGGCATTATA-AA-GGATA-CAC--A------------------C---TTTGA-------------G----CGT-G--A--AT-TAC-----AA-----A--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGTG---T------------AA-A--T-T--A-CCG-CC--GATC--G-A----T-T-TTCAA--T--------TAA------CAAT-A--A----AAGTC
gi|9785                       : CATGT-GA---AAGCATTGTA-TG-GGATA--AC--A-CA--A-TA---AACG--C---CTTGG-------------G----TGT-G--T--AT-AAC-----AA-----C--AA--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------
gi|9787                       : CATGC-AA---AGGCATTGTA-TG-GGATA-CAC--A-T--------------------CTTGA-------------G----TGT-G--T--AT-AAC-----A---------AT--G-AG---CG-GG-----G-T-CA-C--
gi|9786                       : CATGT-GA---AG-CATTGTA-TG-GGATA-AGC--A-CA--A-TA---AACG--C---CTTGG-------------G----TGT-G--T--ATAAAC-----AA-----A--AG--A-AG---CA-GG-----A-TGCAGC--AT-A-----------
gi|9788                       : CATGT-AA---AGGCGGTGTA-TG-GGGTGGTAA--G-----A-TG---AACA--C---CATGA-------------G----AGT-------------------A-----T--AC--G-A--------------A-T-CA-C--CC-A-----------GGTT---T------------AA-A--T-T--C-CCA-CG--GATG--A-G----C-G-TTCAG--T--------TAA------CCGT-A--GTTCTAAGTCCT
gi|9789                       :  ATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATA--AC--C-TTG-A-TA---AACA--C---CATGA-------------G----AGT-G--T--AT-AAA-----CA-----T--AT--G-AT---CG-GG-----ATT-CA-C--AT-A-----------GGTG---T------------AA-A--T-T--A-CCG-CC--AATT----G----T-G-GTCA------------TAA------CCGT-G--A----AAGTCCT
gi|9790                       :  ATGT-AA---AGACATTGTA-TG-GAATA-------------------AACA--C---CCCGA-------------G----TGT-G--T--AT-AAC-----AA-----T------G-AG---TA-GG-----A-T-TC-C--AT-A-----------GGTG---TTTT---------AA-A--T-T--A-CTG-CC--TATT--A-G----T-G-GTCAG--T--------TAG------CTGT-G--G----AAGTCCT
gi|9791                       :  ATGT-AA---AGGCATTGTA-TG-GAATA-AAC--A-CG--A-TA---AACA--C---CCTGA-------------------GT-G--T--AT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--TT-A-----------GGTGTTTT------------AA-A--T-T--A-CCG-CC--TATT--A-G----
gi|9792                       :  ATGT-AA---AGGGATTGTA-TG-GAATA-AAC--A-TG--AACA---AACA--C---CCCGA-------------T----TGT-G--T--AT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----G-A-CA-C--AT-A-----------GGTG---T------------AA-A--T-T--A-CCG-CC--TGTT--A-G----
gi|9793                       :  ATGT-AA---AGGCACCATA-TG-GGATA--ACGGA-TC--A-TA---AACA--C---C--GAC------------G----TGTAG--T--GT-AAC-----AA-----T--AT--G--G---C--GA-----A-T-CA-CAAAT-T-----------GGTG---T------------AATA--T-T--A-CGA-CC--TATTTAG-G----C-GTGTCAG--T--------ATA------CTGT-
gi|9795                       :  ATGTTGA---AGGCATTGTA-TG-GGATA-ACC--A-TG--G-TA---AACA--C---CTTGA-------------GTGCATGT-G--T--AT-AAC-----AA-----T--AT--
gi|9794                       :  ATGT-AA---AGATATCGTA-TG----TA-T------------TA---A----------------------------------T-A--T--AT-AAC-----TT-----C--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CT-C--AT-A-----------GGTG---T------------AA-ATTA-T--A-CTT-CC--GATT--G-C----T-G-ATCAA--C--------TAA------CGGT-A--G----AAGTCC
gi|9796                       :   TGT-AATTTAGGCATCGTA-TT-GGATA-------------------AACA--C---CTTGA-------------A----CGT-G--T--AT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--TT-T-----------CGTG---T------------AA-A--T-T--A-CCG-CC--TATT--T-G----T-G-TTCAG--T--------TAG------CCGT-G--G----AAGT
gi|9798                       :      -AG---AGGCACCGTAATG-GGATA-AAC--A-TTGCA-TA---AACA--C---CTTGAGGTGTTCATTACGG----TGT-GATT--AT-AAC-----AA-----T--AT-----A---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-ACAATGTACCATAGTG---T------------AA-A--ATT--A-CTGACCTATATT--GCG----T-G-TTGAG--T--------TCACTCTGCCTGTGG--A----AGGTCC
gi|9800                       :               CATCGTA-TG-AGATG-AAC--A-TG--A-TA---AACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--T--AT--------------------T--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGTG---T------------AA-A--T-T--A-CCG-CC--TATT--A-G----T-G-TTGAG--T--------TCA------CTGT-G--G----AAGTCCT
gi|9801                       :               CATCGTA-TTTGGATA-AAC--A-TG--A-AA---AACA--T---CTTGA-------------G----TAT-G--T--AT-CAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--GT-A-----------GGTG---T------------AA-A--T-T--A-ACG-CC--CATT--A-G----TGG-GTTAG--T--------T
gi|9797                       :                            ATA-TAA--A-TC--A-TGGATAACA--A---CCTGA-------------G----TGT-G--T---T-AGC-----GACAGATT--AT--T-AATCCCA-GG-----A-T-TA-C--AT-A-----------AGTG---T------------TA-A--T-T--ACCCG-CC--TAAA--C-G----T-GCTTCAG--G--------CAA------CTGT-G--G----ACGTCC
gi|9799                       :                         aaaggcagcc--A-TT--A-TA---AGCA--C---ATTGA-------------T----TGT-G--T--AT-AGC-----AA-----C--AC--G-AG---CA-GG-----T-T-CA-A--AT-A-----------GGTG---T------------AA-A--T-T--A-CTG-CC--GATT--T-A----T-G-TTCAA--T--------TAA------CCGT-A--G----AATCCCT
gi|9802                       :                                aagctattgtattgaaaaacaaaaa---CTTGA-------------G----TGT-G--T--AT-AGC-----AT-----T--AT--G-AG---AG-CA-----A-T-TA-C--AT-A-----------GATG---T------------AA-A--T-T--A-CCG-CC--TATC--A-G----T-G-
gi|9803                       :                                                        a---CTTGA-------------G----TGC-G-----AT-AAC-----AA-----T------G-AG---CGTGG-----A-T-CA-T--A--A-----------GGTGG--T------------AA-A--T-T----CCG-CC--TATT--A-G----T-G-GTCGGACT--------T-A------CTGT-G--G----AA
gi|9804                       :                                                                 -------------G----TGT-T--T--AT-AGC-----AA-----TTAACCGG-AG---CT-GT-----A-T-CT-C--TT-T-----------GGTG---T------------AA-A--T-T--A-CCG-CC--GATT--G-C----T-G-CTCAA--T--------TAA------CTGT-A--G----AAGTCCT
gi|9805                       :                                                                               ----TGT-G--TTCAT-AAC-----AA-----T--AA--A-AC---CG-GAGCTTTA-T-CT-C--TTCA-----------GGCG---T------------AA-A--T-T--A-CCG-CC--AAT-----G----T-G-CTCAA--T--------TAA------CTGT-A--G----AAGTCCT
gi|9806                       :                                                                                                                                  -----A-T-CG-C--AT-A-----------GGTG---T------------AC-A--T-T--A-CCA-CC--GATT--G-T----T-G-CTCAG--T--------TAA------CCGT-
gi|9807                       :                                                                                                                                                                    ---T------------AA-A--T-T--A-CCG-CC--TATT--A-G----T-G-GTCAG--TTACATATGTAA------CTGT-G--G----AAGTCCT





Alignments
lowQualScore                  :      1  222          1  1       1 22 8888888888 1      22 222     8888888888888 2222   1 11   1   33333  33333 11  11 1  222 44  33333 1 1  1 11  1 66666666666   1 222 333 777777777777 1  22 22 1   1  333    1 3333 1 44    22 66666666   555555 1   22 3333  1     
lowQualScore                  :      .  ...          .  .       . .. .......... .      .. ...     ............. ....   . ..   .   .....  ..... ..  .. .  ... ..  ..... . .  . ..  . ...........   . ... ... ............ .  .. .. .   .  ...    . .... . ..    .. ........   ...... .   .. ....  .     
lowQualScore                  :      7  999          5  5       5 11 5555555555 5      11 555     7777777777777 8888   3 88   3   33333  33333 88  88 4  444 00  33333 3 3  3 88  4 66666666666   5 555 999 333333333333 4  00 00 4   4  000    5 1111 6 22    33 00000000   000000 9   55 9999  8     
consensus                     : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--NATTA-G----T-G-NTCAG--T--------TAA------CCGTG--G----AA-GTCCT
Reference ( family-522 )      : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--NATTA-G----T-G-NTCAG--T--------TAA------CCGTG--G----AA-GTCCT
gi|9776                       : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATATA-C--A-----T--T-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AG--T--A-CCG-CC--TATTA-G----T-G-GTCAG--T--------TAA------CTGTG--A----AA-GTCCT
gi|9777                       : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATACA-C--A-----T--G-A-TAAAAT--C---CTTAT-------------A----TGT-T--TAT-AAC-----AA-----T--AC--G-AG---CG-GG-----A-T-TA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CTG-CC--TATCA-G----T-G-GACAG--T--------TAA------CTGTG--A----AA-GTCCT
gi|9778                       : CATGT-AA---AGGCATCATA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--TC--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--G-CGG-CC--AATTA-G----T-G-GTCAG--T--------TAA------CCATG--A----AA-GTCCT
gi|9779                       : CGTGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TATATA--C---CA-AA-------------G----TAT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--A-AG---CG-GG-----A-T-CA-T--AG-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--AATTA-G----T-A-TCCAG--T--------TTA------CTGTT--G----AA-GTCCT
gi|9780                       : CATGT-AA----GGCATCGTA-TG-GGACAAC-A--A-----T--G-A-TAA-CA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----A---------AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C-----A-----------AGT-G---T---T------------A-AT--T--A-TCG-CC--TATTA-G----T-G--TCAG--T--------TAA------CTGTG--A----AA-GTC
gi|9781                       : CATGT-AA---AGTCACCGTA-TG-GAATAAA-C--A-----TTGA-A-TAAACAACC---TTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AC--G-A---------------------------A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--TTCA-CCG-CC--TATTA-G----T-G-GTCAG--T--------CAA------TTGTGAAA----AA-GTCCT
gi|9782                       : CACGT-AA---AGGCATTGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-CAAACA--CTAGCTTGA-------------G----TGT-G--TAT-ACC-----AA-----C--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GAC-G---T---AAATTACCCACAAA-AT--T--A-CCA-CC--GAGTA-G----T-G-TTTAA--T--------TAA------CCGTC--G----AT-GTCCT
gi|9783                       : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GTGTAAA-C--A-----T--G-A-T-AACA--C---CTTGA-------------G----TAT-G--TAG-AGCTATCTAA-----T--CT--GTAG---CA-GT-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AG--T--A-CCG-CT--GATTG-ATTGCT-G-CTCAA--T--------TAA------CTGTA--G----AA-ATCCT
gi|9784                       : CATCT-AA---AGGCATT---------ATAAA-G-----------G-A-TACACA--C---TTTGA-------------G----CGT-G--AAT-TAC-----AA-----A--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--GATCG-A----T-T-TTCAA--T--------TAA------CAATA--A----AA-GTC
gi|9785                       : CATGT-GA---AAGCATTGTA-TG-GGATAA--C--A-----C--A-A-TAAACG--C---CTTGG-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----C--AA--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------
gi|9786                       : CATGT-GA---AG-CATTGTA-TG-GGATAAG-C--A-----C--A-A-TAAACG--C---CTTGG-------------G----TGT-G--TATAAAC-----AA-----A--AG--A-AG---CA-GG-----A-TGCAGC--AT-A-----------
gi|9787                       : CATGC-AA---AGGCATTGTA-TG-GGATACA-C--A-----T------------------CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----A---------AT--G-AG---CG-GG-----G-T-CA-C--
gi|9788                       : CATGT-AA---AGGCGGTGTA-TG-GGGTGG--T--A-----A--G-A-TGAACA--C---CATGA-------------G----AGT-----------------A-----T--AC--G-A--------------A-T-CA-C--CC-A-----------GGT-T---T---A------------A-AT--T--C-CCA-CG--GATGA-G----C-G-TTCAG--T--------TAA------CCGTA--GTTCTAA-GTCCT
gi|9789                       :  ATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAC-C--T-----T--G-A-TAAACA--C---CATGA-------------G----AGT-G--TAT-AAA-----CA-----T--AT--G-AT---CG-GG-----ATT-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--AATT--G----T-G-GTCA------------TAA------CCGTG--A----AA-GTCCT
gi|9790                       :  ATGT-AA---AGACATTGTA-TG-GAATAAA-C--A--------------------C---CCCGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T------G-AG---TA-GG-----A-T-TC-C--AT-A-----------GGT-G---TTTTA------------A-AT--T--A-CTG-CC--TATTA-G----T-G-GTCAG--T--------TAG------CTGTG--G----AA-GTCCT
gi|9791                       :  ATGT-AA---AGGCATTGTA-TG-GAATAAA-C--A-----C--G-A-TAAACA--C---CCTGA-------------------GT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--TT-A-----------GGT-GTTTT---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATTA-G----
gi|9792                       :  ATGT-AA---AGGGATTGTA-TG-GAATAAA-C--A-----T--G-AACAAACA--C---CCCGA-------------T----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----G-A-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TGTTA-G----
gi|9793                       :  ATGT-AA---AGGCACCATA-TG-GGAT-AA-CGGA-----T--C-A-TAAACA--C---C--GAC------------G----TGTAG--TGT-AAC-----AA-----T--AT--G--G---C--GA-----A-T-CA-CAAAT-T-----------GGT-G---T---A------------ATAT--T--A-CGA-CC--TATT
gi|9794                       :  ATGT-AA---AGATATCGTA-TG-------------------------TA-----------TTAA--------------------T-A--TAT-AAC-----TT-----C--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CT-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-ATTAT--A-CTT-CC--GATTG-C----T-G-ATCAA--C--------TAA------CGGTA--G----AA-GTCCtaggcgtgtcagtatactgt
gi|9795                       :  ATGTTGA---AGGCATTGTA-TG-GGATAAC-C--A-----T--G-G-TAAACA--C---CTTGA-------------GTGCATGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--
gi|9796                       :   TGT-AATTTAGGCATCGTA-TT-GGATA---------------------AACA--C---CTTGA-------------A----CGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--TT-T-----------CGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATTT-G----T-G-TTCAG--T--------TAG------CCGTG--G----AA-GT
gi|9797                       :      -AA---AGGCAGC-CA-T----ATAAATC--A-----T--GGA-TAA-CA--A---CCTGA-------------G----TGT-G--T-T-AGC-----GACAGATT--AT--T-AATCCCA-GG-----A-T-TA-C--AT-A-----------AGT-G---T---T------------A-AT--T--ACCCG-CC--TAAAC-G----T-GCTTCAG--G--------CAA------CTGTG--G----AC-GTCC
gi|9798                       :      -AG---AGGCACCGTAATG-GGATAAA-C--A-----TT-GCA-TAAACA--C---CTTGAGGTGTTCATTACGG----TGT-GATTAT-AAC-----AA-----T--AT-----A---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-ACAATGTACCATAGT-G---TA--A------------A-AT--T--A-CTGACCTATATTGCG----T-G-TTGAG--T--------TCACTCTGCCTGTG--G----AAGGTCC
gi|9799                       :        A---AGCTATTGTA-TT-GAA-AAA-C--AAAAAAT--T-A-TAAGCA--C---ATTGA-------------T----TGT-G--TAT-AGC-----AA-----C--AC--G-AG---CA-GG-----T-T-CA-A--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CTG-CC--GATTT-A----T-G-TTCAA--T--------TAA------CCGTA--G----AA-TCCCT
gi|9800                       :               CATCGTA-TG-AGATGAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT--------------------T--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATTA-G----T-G-TTGAG--T--------TCA------CTGTG--G----AA-GTCCT
gi|9801                       :               CATCGTA-TTTGGATAAA-C--A-----T--G-A-AAAACA--T---CTTGA-------------G----TAT-G--TAT-CAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--GT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-ACG-CC--CATTA-G----TGG-GTTAG--T--------T
gi|9802                       :                                                           ---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AGC-----AT-----T--AT--G-AG---AG-CA-----A-T-TA-C--AT-A-----------GAT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATCA-G----T-G-
gi|9803                       :                                                          a---CTTGA-------------G----TGC-G---AT-AAC-----AA-----T------G-AG---CGTGG-----A-T-CA-T--A--A-----------GGTGG---T---A------------A-AT--T----CCG-CC--TATTA-G----T-G-GTCGGACT--------T-A------CTGTG--G----AA-
gi|9804                       :                                                                   -------------G----TGT-T--TAT-AGC-----AA-----TTAACCGG-AG---CT-GT-----A-T-CT-C--TT-T-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--GATTG-C----T-G-CTCAA--T--------TAA------CTGTA--G----AA-GTCCT
gi|9805                       :                                                                   -------------G----TGT-T--CAT-AAC-----AA-----T--AA--A-AC---CG-GAGCTTTA-T-CT-C--TTCA-----------GGC-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--AAT---G----T-G-CTCAA--T--------TAA------CTGTA--G----AA-GTCCT
gi|9806                       :                                                                                                                                 t-----A-T-CG-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------C-AT--T--A-CCA-CC--GATTG-T----T-G-CTCAG--T--------TAA------CCGT
gi|9807                       :                                                                                                                                                                     ---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATTA-G----T-G-GTCAG--TTACATATGTAA------CTGTG--G----AA-GTCCT





Alignments
lowQualScore                  :      1  222          1  1       1 22 8888888888 1      22 222     8888888888888 2222   1 11   1   33333  33333 11  11 1  222 44  33333 1 1  1 11  1 66666666666   1 222 333 777777777777 1  22 22 1   1  333    1 3333 1 44    22 66666666   555555 1   22 3333  1     
lowQualScore                  :      .  ...          .  .       . .. .......... .      .. ...     ............. ....   . ..   .   .....  ..... ..  .. .  ... ..  ..... . .  . ..  . ...........   . ... ... ............ .  .. .. .   .  ...    . .... . ..    .. ........   ...... .   .. ....  .     
lowQualScore                  :      7  999          5  5       5 11 5555555555 5      11 555     7777777777777 8888   3 88   3   33333  33333 88  88 4  444 00  33333 3 3  3 88  4 66666666666   5 555 999 333333333333 4  00 00 4   4  000    5 1111 6 22    33 00000000   000000 9   55 9999  8     
consensus                     : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--NATTA-G----T-G-NTCAG--T--------TAA------CCGTG--G----AA-GTCCT
Reference ( family-522 )      : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--NATTA-G----T-G-NTCAG--T--------TAA------CCGTG--G----AA-GTCCT
gi|9776                       : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATATA-C--A-----T--T-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AG--T--A-CCG-CC--TATTA-G----T-G-GTCAG--T--------TAA------CTGTG--A----AA-GTCCT
gi|9777                       : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATACA-C--A-----T--G-A-TAAAAT--C---CTTAT-------------A----TGT-T--TAT-AAC-----AA-----T--AC--G-AG---CG-GG-----A-T-TA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CTG-CC--TATCA-G----T-G-GACAG--T--------TAA------CTGTG--A----AA-GTCCT
gi|9778                       : CATGT-AA---AGGCATCATA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--TC--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--G-CGG-CC--AATTA-G----T-G-GTCAG--T--------TAA------CCATG--A----AA-GTCCT
gi|9779                       : CGTGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TATATA--C---CA-AA-------------G----TAT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--A-AG---CG-GG-----A-T-CA-T--AG-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--AATTA-G----T-A-TCCAG--T--------TTA------CTGTT--G----AA-GTCCT
gi|9780                       : CATGT-AA----GGCATCGTA-TG-GGACAAC-A--A-----T--G-A-TAA-CA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----A---------AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C-----A-----------AGT-G---T---T------------A-AT--T--A-TCG-CC--TATTA-G----T-G--TCAG--T--------TAA------CTGTG--A----AA-GTC
gi|9781                       : CATGT-AA---AGTCACCGTA-TG-GAATAAA-C--A-----TTGA-A-TAAACAACC---TTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AC--G-A---------------------------A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--TTCA-CCG-CC--TATTA-G----T-G-GTCAG--T--------CAA------TTGTGAAA----AA-GTCCT
gi|9782                       : CACGT-AA---AGGCATTGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-CAAACA--CTAGCTTGA-------------G----TGT-G--TAT-ACC-----AA-----C--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GAC-G---T---AAATTACCCACAAA-AT--T--A-CCA-CC--GAGTA-G----T-G-TTTAA--T--------TAA------CCGTC--G----AT-GTCCT
gi|9783                       : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GTGTAAA-C--A-----T--G-A-T-AACA--C---CTTGA-------------G----TAT-G--TAG-AGCTATCTAA-----T--CT--GTAG---CA-GT-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AG--T--A-CCG-CT--GATTG-ATTGCT-G-CTCAA--T--------TAA------CTGTA--G----AA-ATCCT
gi|9784                       : CATCT-AA---AGGCATT---------ATAAA-G-----------G-A-TACACA--C---TTTGA-------------G----CGT-G--AAT-TAC-----AA-----A--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--GATCG-A----T-T-TTCAA--T--------TAA------CAATA--A----AA-GTC
gi|9785                       : CATGT-GA---AAGCATTGTA-TG-GGATAA--C--A-----C--A-A-TAAACG--C---CTTGG-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----C--AA--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------
gi|9786                       : CATGT-GA---AG-CATTGTA-TG-GGATAAG-C--A-----C--A-A-TAAACG--C---CTTGG-------------G----TGT-G--TATAAAC-----AA-----A--AG--A-AG---CA-GG-----A-TGCAGC--AT-A-----------
gi|9787                       : CATGC-AA---AGGCATTGTA-TG-GGATACA-C--A-----T------------------CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----A---------AT--G-AG---CG-GG-----G-T-CA-C--
gi|9788                       : CATGT-AA---AGGCGGTGTA-TG-GGGTGG--T--A-----A--G-A-TGAACA--C---CATGA-------------G----AGT-----------------A-----T--AC--G-A--------------A-T-CA-C--CC-A-----------GGT-T---T---A------------A-AT--T--C-CCA-CG--GATGA-G----C-G-TTCAG--T--------TAA------CCGTA--GTTCTAA-GTCCT
gi|9789                       :  ATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAC-C--T-----T--G-A-TAAACA--C---CATGA-------------G----AGT-G--TAT-AAA-----CA-----T--AT--G-AT---CG-GG-----ATT-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--AATT--G----T-G-GTCA------------TAA------CCGTG--A----AA-GTCCT
gi|9790                       :  ATGT-AA---AGACATTGTA-TG-GAATAAA-C--A--------------------C---CCCGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T------G-AG---TA-GG-----A-T-TC-C--AT-A-----------GGT-G---TTTTA------------A-AT--T--A-CTG-CC--TATTA-G----T-G-GTCAG--T--------TAG------CTGTG--G----AA-GTCCT
gi|9791                       :  ATGT-AA---AGGCATTGTA-TG-GAATAAA-C--A-----C--G-A-TAAACA--C---CCTGA-------------------GT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--TT-A-----------GGT-GTTTT---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATTA-G----
gi|9792                       :  ATGT-AA---AGGGATTGTA-TG-GAATAAA-C--A-----T--G-AACAAACA--C---CCCGA-------------T----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----G-A-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TGTTA-G----
gi|9793                       :  ATGT-AA---AGGCACCATA-TG-GGAT-AA-CGGA-----T--C-A-TAAACA--C---C--GAC------------G----TGTAG--TGT-AAC-----AA-----T--AT--G--G---C--GA-----A-T-CA-CAAAT-T-----------GGT-G---T---A------------ATAT--T--A-CGA-CC--TATT
gi|9794                       :  ATGT-AA---AGATATCGTA-TG-------------------------TA-----------TTAA--------------------T-A--TAT-AAC-----TT-----C--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CT-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-ATTAT--A-CTT-CC--GATTG-C----T-G-ATCAA--C--------TAA------CGGTA--G----AA-GTCCtaggcgtgtcagtatactgt
gi|9795                       :  ATGTTGA---AGGCATTGTA-TG-GGATAAC-C--A-----T--G-G-TAAACA--C---CTTGA-------------GTGCATGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--
gi|9796                       :   TGT-AATTTAGGCATCGTA-TT-GGATA---------------------AACA--C---CTTGA-------------A----CGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--TT-T-----------CGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATTT-G----T-G-TTCAG--T--------TAG------CCGTG--G----AA-GT
gi|9797                       :      -AA---AGGCAGC-CA-T----ATAAATC--A-----T--GGA-TAA-CA--A---CCTGA-------------G----TGT-G--T-T-AGC-----GACAGATT--AT--T-AATCCCA-GG-----A-T-TA-C--AT-A-----------AGT-G---T---T------------A-AT--T--ACCCG-CC--TAAAC-G----T-GCTTCAG--G--------CAA------CTGTG--G----AC-GTCC
gi|9798                       :      -AG---AGGCACCGTAATG-GGATAAA-C--A-----TT-GCA-TAAACA--C---CTTGAGGTGTTCATTACGG----TGT-GATTAT-AAC-----AA-----T--AT-----A---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-ACAATGTACCATAGT-G---TA--A------------A-AT--T--A-CTGACCTATATTGCG----T-G-TTGAG--T--------TCACTCTGCCTGTG--G----AAGGTCC
gi|9799                       :        A---AGCTATTGTA-TT-GAA-AAA-C--AAAAAAT--T-A-TAAGCA--C---ATTGA-------------T----TGT-G--TAT-AGC-----AA-----C--AC--G-AG---CA-GG-----T-T-CA-A--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CTG-CC--GATTT-A----T-G-TTCAA--T--------TAA------CCGTA--G----AA-TCCCT
gi|9800                       :               CATCGTA-TG-AGATGAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT--------------------T--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATTA-G----T-G-TTGAG--T--------TCA------CTGTG--G----AA-GTCCT
gi|9801                       :               CATCGTA-TTTGGATAAA-C--A-----T--G-A-AAAACA--T---CTTGA-------------G----TAT-G--TAT-CAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--GT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-ACG-CC--CATTA-G----TGG-GTTAG--T--------T
gi|9802                       :                                                           ---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AGC-----AT-----T--AT--G-AG---AG-CA-----A-T-TA-C--AT-A-----------GAT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATCA-G----T-G-
gi|9803                       :                                                          a---CTTGA-------------G----TGC-G---AT-AAC-----AA-----T------G-AG---CGTGG-----A-T-CA-T--A--A-----------GGTGG---T---A------------A-AT--T----CCG-CC--TATTA-G----T-G-GTCGGACT--------T-A------CTGTG--G----AA-
gi|9804                       :                                                                   -------------G----TGT-T--TAT-AGC-----AA-----TTAACCGG-AG---CT-GT-----A-T-CT-C--TT-T-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--GATTG-C----T-G-CTCAA--T--------TAA------CTGTA--G----AA-GTCCT
gi|9805                       :                                                                   -------------G----TGT-T--CAT-AAC-----AA-----T--AA--A-AC---CG-GAGCTTTA-T-CT-C--TTCA-----------GGC-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--AAT---G----T-G-CTCAA--T--------TAA------CTGTA--G----AA-GTCCT
gi|9806                       :                                                                                                                                 t-----A-T-CG-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------C-AT--T--A-CCA-CC--GATTG-T----T-G-CTCAG--T--------TAA------CCGT
gi|9807                       :                                                                                                                                                                     ---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATTA-G----T-G-GTCAG--TTACATATGTAA------CTGTG--G----AA-GTCCT


blockSeqs                     :      T  TTT          A  T       T GG AAAAATT    A      AC TAG     GGTGTTCATTACG TGCA   A AT   A   TATCT  CAGAT TA  CG T  TCC GT  GCTTT T G  G AA  C CAATGTACCAT   G TTT TTT AATTACCCACAA T  TA TC C   A  TAT    C TTGC G CT    AC TACATATG   CTCTGC T   AA TTCT  G
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TTGA       .      .  .       C             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   G   .     . .  . .   . .             . .   A   .            .  .  .  .   .  T      . .    . G     .  .          .      C   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TTGC       .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   G   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  A      . .    . G     .  .          .      T   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TGG        .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   G   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  A      . .    . T     .  .          .      T   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TG         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   G   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  T      . .    . G     .  .          .      T   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TG         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  T      . .    . T     .  .          .      C   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TG         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  G      . .    . C     .  .          .      T   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TG         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  G      . .    . T     .  .          .      A   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TG         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  G      . .    . T     .  .          .      C   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TG         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  G      . .    . G     .  .          .      C   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  CA         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   G   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  A      . .    . G     .  .          .      T   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  CA         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   G   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  T      . .    . A     .  .          .      G   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  AG         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  T      . .    . T     .  .          .      C   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TG         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  T      . .    . T     .  .          .      T   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  CG         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  T      . .    . T     .  .          .      T   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TG         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  G      . .    . T     .  .          .      C   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TC         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  T      . .    . G     .  .          .      T   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TG         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  T      . .    . G     .  .          .      T   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TG         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  G      . .    . C     .  .          .      T   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  TG         .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  T      . .    . C     .  .          .      T   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  G          .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  C      . .    . C     .  .          .      C   .  .     .
blockSeqs                     :      .  .            .  .       . .  T          .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   A   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  T      . .    . G     .  .          .      T             
blockSeqs                     :         .            .  .       . .  .          .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   G   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  T      . .    . .     .  .                               
blockSeqs                     :                      .  .       . .  .          .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   T   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  G      . .    .                                          
blockSeqs                     :                      .  .       . .  .          .      .  .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   G   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  A      . .                                               
blockSeqs                     :                                                           .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   .   .     . .  . .   . .             . .   .   .            .  .  .  .   .  G      . .                                               
blockSeqs                     :                                                           .       .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   .   .     . .  . .   . .               .   .   .            .  .  .  .   .  T                                                        
blockSeqs                     :                                                                   .             .      . .    .   .      .     .   .  .  .   .   .     . .  . .   . .                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                   .             .      . .    .   .      .     .   .             .     . .  . .                                                                                                                   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--NATTA-G----T-G-NTCAG--T--------TAA------CCGTG--G----AA-GTCCT
finalCons                     : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--NATTA-G----T-G-NTCAG--T--------TAA------CCGTG--G----AA-GTCCT





Alignments
lowQualScore                  :      1  222          1  1       1 22 8888888888 1      22 222     8888888888888 2222   1 11   1   33333  33333 11  11 1  222 44  33333 1 1  1 11  1 66666666666   1 222 333 777777777777 1  22 22 1   1  333    1 3333 1 44    22 66666666   555555 1   22 3333  1     
lowQualScore                  :      .  ...          .  .       . .. .......... .      .. ...     ............. ....   . ..   .   .....  ..... ..  .. .  ... ..  ..... . .  . ..  . ...........   . ... ... ............ .  .. .. .   .  ...    . .... . ..    .. ........   ...... .   .. ....  .     
lowQualScore                  :      7  999          5  5       5 11 5555555555 5      11 555     7777777777777 8888   3 88   3   33333  33333 88  88 4  444 00  33333 3 3  3 88  4 66666666666   5 555 999 333333333333 4  00 00 4   4  000    5 1111 6 22    33 00000000   000000 9   55 9999  8     
consensus                     : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--NATTA-G----T-G-NTCAG--T--------TAA------CCGTG--G----AA-GTCCT
Reference ( family-522 )      : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--NATTA-G----T-G-NTCAG--T--------TAA------CCGTG--G----AA-GTCCT
gi|9776                       : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATATA-C--A-----T--T-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AG--T--A-CCG-CC--TATTA-G----T-G-GTCAG--T--------TAA------CTGTG--A----AA-GTCCT
gi|9777                       : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATACA-C--A-----T--G-A-TAAAAT--C---CTTAT-------------A----TGT-T--TAT-AAC-----AA-----T--AC--G-AG---CG-GG-----A-T-TA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CTG-CC--TATCA-G----T-G-GACAG--T--------TAA------CTGTG--A----AA-GTCCT
gi|9778                       : CATGT-AA---AGGCATCATA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--TC--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--G-CGG-CC--AATTA-G----T-G-GTCAG--T--------TAA------CCATG--A----AA-GTCCT
gi|9779                       : CGTGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-TATATA--C---CA-AA-------------G----TAT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--A-AG---CG-GG-----A-T-CA-T--AG-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--AATTA-G----T-A-TCCAG--T--------TTA------CTGTT--G----AA-GTCCT
gi|9780                       : CATGT-AA----GGCATCGTA-TG-GGACAAC-A--A-----T--G-A-TAA-CA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----A---------AT--G-AG---CG-GG-----A-T-CA-C-----A-----------AGT-G---T---T------------A-AT--T--A-TCG-CC--TATTA-G----T-G--TCAG--T--------TAA------CTGTG--A----AA-GTC
gi|9781                       : CATGT-AA---AGTCACCGTA-TG-GAATAAA-C--A-----TTGA-A-TAAACAACC---TTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AC--G-A---------------------------A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--TTCA-CCG-CC--TATTA-G----T-G-GTCAG--T--------CAA------TTGTGAAA----AA-GTCCT
gi|9782                       : CACGT-AA---AGGCATTGTA-TG-GGATAAA-C--A-----T--G-A-CAAACA--CTAGCTTGA-------------G----TGT-G--TAT-ACC-----AA-----C--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GAC-G---T---AAATTACCCACAAA-AT--T--A-CCA-CC--GAGTA-G----T-G-TTTAA--T--------TAA------CCGTC--G----AT-GTCCT
gi|9783                       : CATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GTGTAAA-C--A-----T--G-A-T-AACA--C---CTTGA-------------G----TAT-G--TAG-AGCTATCTAA-----T--CT--GTAG---CA-GT-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AG--T--A-CCG-CT--GATTG-ATTGCT-G-CTCAA--T--------TAA------CTGTA--G----AA-ATCCT
gi|9784                       : CATCT-AA---AGGCATT---------ATAAA-G-----------G-A-TACACA--C---TTTGA-------------G----CGT-G--AAT-TAC-----AA-----A--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--GATCG-A----T-T-TTCAA--T--------TAA------CAATA--A----AA-GTC
gi|9785                       : CATGT-GA---AAGCATTGTA-TG-GGATAA--C--A-----C--A-A-TAAACG--C---CTTGG-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----C--AA--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------
gi|9786                       : CATGT-GA---AG-CATTGTA-TG-GGATAAG-C--A-----C--A-A-TAAACG--C---CTTGG-------------G----TGT-G--TATAAAC-----AA-----A--AG--A-AG---CA-GG-----A-TGCAGC--AT-A-----------
gi|9787                       : CATGC-AA---AGGCATTGTA-TG-GGATACA-C--A-----T------------------CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----A---------AT--G-AG---CG-GG-----G-T-CA-C--
gi|9788                       : CATGT-AA---AGGCGGTGTA-TG-GGGTGG--T--A-----A--G-A-TGAACA--C---CATGA-------------G----AGT-----------------A-----T--AC--G-A--------------A-T-CA-C--CC-A-----------GGT-T---T---A------------A-AT--T--C-CCA-CG--GATGA-G----C-G-TTCAG--T--------TAA------CCGTA--GTTCTAA-GTCCT
gi|9789                       :  ATGT-AA---AGGCATCGTA-TG-GGATAAC-C--T-----T--G-A-TAAACA--C---CATGA-------------G----AGT-G--TAT-AAA-----CA-----T--AT--G-AT---CG-GG-----ATT-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--AATT--G----T-G-GTCA------------TAA------CCGTG--A----AA-GTCCT
gi|9790                       :  ATGT-AA---AGACATTGTA-TG-GAATAAA-C--A--------------------C---CCCGA-------------G----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T------G-AG---TA-GG-----A-T-TC-C--AT-A-----------GGT-G---TTTTA------------A-AT--T--A-CTG-CC--TATTA-G----T-G-GTCAG--T--------TAG------CTGTG--G----AA-GTCCT
gi|9791                       :  ATGT-AA---AGGCATTGTA-TG-GAATAAA-C--A-----C--G-A-TAAACA--C---CCTGA-------------------GT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--TT-A-----------GGT-GTTTT---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATTA-G----
gi|9792                       :  ATGT-AA---AGGGATTGTA-TG-GAATAAA-C--A-----T--G-AACAAACA--C---CCCGA-------------T----TGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----G-A-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TGTTA-G----
gi|9793                       :  ATGT-AA---AGGCACCATA-TG-GGAT-AA-CGGA-----T--C-A-TAAACA--C---C--GAC------------G----TGTAG--TGT-AAC-----AA-----T--AT--G--G---C--GA-----A-T-CA-CAAAT-T-----------GGT-G---T---A------------ATAT--T--A-CGA-CC--TATT
gi|9794                       :  ATGT-AA---AGATATCGTA-TG-------------------------TA-----------TTAA--------------------T-A--TAT-AAC-----TT-----C--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CT-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-ATTAT--A-CTT-CC--GATTG-C----T-G-ATCAA--C--------TAA------CGGTA--G----AA-GTCCtaggcgtgtcagtatactgt
gi|9795                       :  ATGTTGA---AGGCATTGTA-TG-GGATAAC-C--A-----T--G-G-TAAACA--C---CTTGA-------------GTGCATGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--
gi|9796                       :   TGT-AATTTAGGCATCGTA-TT-GGATA---------------------AACA--C---CTTGA-------------A----CGT-G--TAT-AAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--TT-T-----------CGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATTT-G----T-G-TTCAG--T--------TAG------CCGTG--G----AA-GT
gi|9797                       :      -AA---AGGCAGC-CA-T----ATAAATC--A-----T--GGA-TAA-CA--A---CCTGA-------------G----TGT-G--T-T-AGC-----GACAGATT--AT--T-AATCCCA-GG-----A-T-TA-C--AT-A-----------AGT-G---T---T------------A-AT--T--ACCCG-CC--TAAAC-G----T-GCTTCAG--G--------CAA------CTGTG--G----AC-GTCC
gi|9798                       :      -AG---AGGCACCGTAATG-GGATAAA-C--A-----TT-GCA-TAAACA--C---CTTGAGGTGTTCATTACGG----TGT-GATTAT-AAC-----AA-----T--AT-----A---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-ACAATGTACCATAGT-G---TA--A------------A-AT--T--A-CTGACCTATATTGCG----T-G-TTGAG--T--------TCACTCTGCCTGTG--G----AAGGTCC
gi|9799                       :        A---AGCTATTGTA-TT-GAA-AAA-C--AAAAAAT--T-A-TAAGCA--C---ATTGA-------------T----TGT-G--TAT-AGC-----AA-----C--AC--G-AG---CA-GG-----T-T-CA-A--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CTG-CC--GATTT-A----T-G-TTCAA--T--------TAA------CCGTA--G----AA-TCCCT
gi|9800                       :               CATCGTA-TG-AGATGAA-C--A-----T--G-A-TAAACA--C---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT--------------------T--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATTA-G----T-G-TTGAG--T--------TCA------CTGTG--G----AA-GTCCT
gi|9801                       :               CATCGTA-TTTGGATAAA-C--A-----T--G-A-AAAACA--T---CTTGA-------------G----TAT-G--TAT-CAC-----AA-----T--AT--G-AG---CA-GG-----A-T-CA-C--GT-A-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-ACG-CC--CATTA-G----TGG-GTTAG--T--------T
gi|9802                       :                                                           ---CTTGA-------------G----TGT-G--TAT-AGC-----AT-----T--AT--G-AG---AG-CA-----A-T-TA-C--AT-A-----------GAT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATCA-G----T-G-
gi|9803                       :                                                          a---CTTGA-------------G----TGC-G---AT-AAC-----AA-----T------G-AG---CGTGG-----A-T-CA-T--A--A-----------GGTGG---T---A------------A-AT--T----CCG-CC--TATTA-G----T-G-GTCGGACT--------T-A------CTGTG--G----AA-
gi|9804                       :                                                                   -------------G----TGT-T--TAT-AGC-----AA-----TTAACCGG-AG---CT-GT-----A-T-CT-C--TT-T-----------GGT-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--GATTG-C----T-G-CTCAA--T--------TAA------CTGTA--G----AA-GTCCT
gi|9805                       :                                                                   -------------G----TGT-T--CAT-AAC-----AA-----T--AA--A-AC---CG-GAGCTTTA-T-CT-C--TTCA-----------GGC-G---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--AAT---G----T-G-CTCAA--T--------TAA------CTGTA--G----AA-GTCCT
gi|9806                       :                                                                                                                                 t-----A-T-CG-C--AT-A-----------GGT-G---T---A------------C-AT--T--A-CCA-CC--GATTG-T----T-G-CTCAG--T--------TAA------CCGT
gi|9807                       :                                                                                                                                                                     ---T---A------------A-AT--T--A-CCG-CC--TATTA-G----T-G-GTCAG--TTACATATGTAA------CTGTG--G----AA-GTCCT