lowQualScore                  :                                                                                                                                           2   1111111111            1111111                                         1111                         1111111                11                                                11111111111             6666666666666666666666666666                                                 4444444444444444444444444444444444444444444      111111111111111111     1111                                         11            2           
lowQualScore                  :                                                                                                2     2    2   55   444      33        2   9   2222222222   0 33  2  1111111         444  66666 2         33  33     4444    66   66     44444 1  2222222  1 3333 666 22 33  1 1    1 3  1  1 1  22   2 11 33333    7   33 00000000000  33  11 55  1111111111111111111111111111    444444 1 11  1 1 22  333 111  11 0    1111 0 7777777777777777777777777777777777777777777  1   888888888888888888 222 1111 22222      44444444    555555555  1 333 00  99   1    9 3         
lowQualScore                  :                                                                                                .     .    .   ..   ...      ..        .   .   ..........   . ..  .  .......         ...  ..... .         ..  ..     ....    ..   ..     ..... .  .......  . .... ... .. ..  . .    . .  .  . .  ..   . .. .....    .   .. ...........  ..  .. ..  ............................    ...... . ..  . . ..  ... ...  .. .    .... . ...........................................  .   .................. ... .... .....      ........    .........  . ... ..  ..   .    . .         
lowQualScore                  :                                                                                                9     9    5   99   444      44        9   5   6666666666   7 77  7  8888888         999  77777 7         99  99     9999    88   00     88888 9  7777777  2 6666 333 99 88  7 7    7 8  7  6 5  11   6 77 55555    5   00 99999999999  00  77 22  6666666666666666666666666666    777777 7 22  7 7 00  888 555  22 9    8888 9 9999999999999999999999999999999999999999999  0   444444444444444444 666 5555 44444      44444444    000000000  0 555 66  88   4    0 0         
consensus                     :                                                                                         ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT--TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTA--GA-----A-TCGTGCTAG--AA--TTGACT---ATTG--ATAG-ATGAT-----T-GA-C---A-GTTCT---A-A-GG-T--CG-T-AGTA-CGGT-CG-T-GA--TTG-C--C-G---TCAC-ACC--G---A-------CC--AC--G-TTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-A--CG-A-T--CT---T---AC--T-ACGA----T-C---AT-T-------TA------G-----AT-CTTG----A---AG-GTC---------GTG-G-A--G---A-N--C-----GTAGTG--------AAAT---------CG-T---GG-CC--AGT-GTGATG-GGGGCTTTA
Reference ( gi|116077 )       :                                                                                         ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT--TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGCAGTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GA-----A-TCGTGCTAG--AA--TTGACT---ATTG--ATAG-ATGAT-----T-GA-C---A-GTTCT---A-A-GG-T--CG-T-AGTA-CAGT-CG-T-GA--TTG-C--C-G---TCAC-ACC--G---A-------CC--AC--G-TTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-A--CG-A-T--CT---T---AC--T-ACGA----T-C---AT-T-------TA------G-----AT-TTTG----A---AG-GTC---------GTG-G-A--G---A-G--C-----GTAGTG--------AAAT---------CG-T---GA-CC--AGT-GTGA-G-GGGGCTTTA
gi|116078                     :                                                                                         ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT--TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTAC---CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GA-----A-TCGTGCTAG--AA--TTGACT---ATTG--ATAG-ATGAT-----T-GA-C---A-GTT-T---A-A-GG-T--CG-T-AGTA-CAGT-CG-T-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC---G---A-------CC--ACCAG-TTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-A--CG-A-T--TC---T---AC--T-ACGA----T-C---AT-T-------TA------G-----AT-TTTG----A---AG-GTC---------GTG-G-A--G---A-G--C-----GTAGTG--------AAAT---------CG-T---GA-CCA-AGT-GTGATG-GGGGCTTTA
gi|116079                     :                                                                                         ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT--TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC---------GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GA-----A-TCGTGCTAG--AA--TTGACT---ATTG--ATAG-ATGAT-----T-GA-C---A-GTTCT---A-A-GG-T--CG-T-AGTA-CAGT-CG-T-GA--TTG-C--C-G---TCAC-ATC--G---A-------CC--AC--G-TTT-T--------A--ATTA-----AA----TCAC------C-A--CG-A-T--TC---T---AC--T-ACGA----T-C---AT-T-------TA------G-----A--TCTG----A---AT-TTC---------GTG-G-A--G---A-G--C------TAGTG--------AAAT---------CG-T---GG-CC--AGT-GTGATG-GGGGCTTTA
gi|116080                     :                                                                                         ATAATCG-TAACT-TGAT-CGT--TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGCA-TAC-----T---GTACT--CA-TG--AA---GGTCGTAGTA--GA-----A-TCGTGCTAG--AA--TTGACC---ATTG--ATAG-AAGAT-----T-GG-C---A-GTGTT---A-T-GG-T--CG-T-CGTA-TATT-CA-T-GA--TTG-C--T-G---TCAC-ACC--G---A-------CC--AC--G-TTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-A--CG-A-T--TC---T---AC--T-ACGA----T-C---AT-G-------TA------G-----AT-CGTG----A---AG-GTC---------GTG-G-A--G---A-G--C-----GTAGTG---------AAT---------CA-T---GG-CC--AGT-GTGACG-GGGGCTTTA
gi|116081                     :                                                                                         ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT--TGG---AA-GTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTG---A-----A-TCGTGCTAG--AA--T-GAC----ATTATAATAG-ATGAT-----T-GA-C---A-GTTCT---A-A-GGGT--CG-T-AGTA-CAGT-CG-T-GA--TTG-C--C-G---TCAC-ACC--G---A-------TC--AC--G-TTT-T--------A--ATG------AA----TCA-------C-A--CG-A-T--TC---T---AC--T-ACGA----T-C---AT-T-------TA------G-----AT-CTTG----A------GT----------GTGAG-A--G---AGG--C-----GTA-TG--------AATT---------CG-T---GG-CC--AGT-GTGATG-GGGGATT
gi|116083                     :                                                                                         ATAATCG-TAGCA-TGAT-CGT--ATG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAA-----T---GTACT--CA-TG------------TAGTA--AA-----A-TCGTGCTAG--AA--TTGAC-----------------AAT-----T-GA-C---A-GTACT---A-T-GG-T--CA-T-AGTA-CAGT-CG-T-GA--TTG-C--T-G---TCAC-ACC--G---A-------CC--AC--G-TTT-T--------A--ATGA-----
gi|116084                     :                                                                                         ACAATC--TATCA-TGGT-CGT--TGG---AAAGCC--GTAGAA-A-AGT-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA----GTCGTAGTA--AA-----A-TCGTGCTAG--AA---TGACT---ATTG--ATA--ATAAT-----T----------------------GG-T--CG-T-AGTA-CAGT-CG---GG--TTG-C--C-G---T-AC-ACC--G---A-------CC--AC--G-TTT-T--------A--ATG------AA----TCA
gi|116082                     :                                                                                         ATAATTG-TGGCAATGGG-GGGG-TGGCGTGAAGTC--GTTGAAGT-AGC-GTGC-----T---GTAAG--CA-TG--AAT--GGTCGTAGTATAGA-----A-TCGTGCTAAGAAA--TTGCCT-----TG--ATAG-AAGAT-----TTGG-C---A-GTACT---T-T-GG-T---G-T-AGTA-CCGTTCG-TCGAGCTTG-C--T-G---TCAA-ACC--G---A-------CC--AA-----TC-A--------A--ATCA-----AAAT--TCAC------C-A--CG-A-T--TC---T---AC--T-ACGA----T------------------------------AT-T--G----A---AG-G-C---------GTG-G-A--G---A-G--C-----GTAGTGA-------AAAT---------CGTT---GG-CC--A-T-GTGACG-GGGGCTTTtttccattc
gi|116088                     :                                                                                          TAATCG-TGGTA-TGAT-CGTGATGG---AAG--C--GTAGTAGC-AGC-GTAG-----T---GTGAT--CG-T
gi|116085                     : cgtagtgaggtcgtggaagagcgtacggcggtcgggtactatcgtattgaggtcgtggcacagtcgtactaaaatcgtccctaatttatagATCGGTAGAA-TGGTGCGT--TGG---AA-GTCATGTAGAAGA-AGC-GTA----------GTACT--CG-TC--GATCTGGTCGTAGTG--AA-----A-T-GTGCTAG--AA--TTAACT---ATTG--ATA--ATGAT-----T-GA-C---A-GTTCTTAAA-A-GG-T--CG-TTAGTA-CAGT-CG-T-GA--TTG-C----G---TCAC-ATC--GG--A-------CC--AC--G-TTT-T--------TT-ATGA-----AAA---TCAC------C-A--CG-A-TGTCT---T---AC--T-ACGA----T-C---AT-T-------TAG-----G-----AT-CTTG--------AG-GTC---------GTG-G-A--GA--A-G--C-----GT-GTG--------AAAT---------CG-T---GG-CC--AGT-GTGATG-GGGGCTTTAcattacgacttatacgatcttactacgatca
gi|116086                     :                                                                                            ATCG-CAG-A-TGGT-CGT--TGG---AAAGTC--GTCGAAGGCAGC-GTAC-----T---GTA----CGATG--AT---GGTCGTTGTA--GA-----ATTCGTGCTAG--AA--TTGACC-----------------AT-----T-GA-C---A-GTACT---A-ATGG-T--CGAT-AGGACCGGT-CGTT-GA--TTG-C--T-G---CCAC-ACC--A---A-------CC--AC--G--TT-T--------A--ATCC-----CA----TCAC------C-A--CG-A-T--TC---C---AC--T-ACGA----T-C---AG-G-------TA------A-----ATCTTTG----A---AGAGTC---------GT--G-A--G---ATT--C-----GTAGTG--------AAAT---------CA-T---GG-CC--AGT-GTGA-G-GGG
gi|116092                     :                                                                                             TCG-TAGCA-TGAT-CGT--CGT---GAAGTC--TTGGAGAT-CGTAGTA------T---GAACT--CG-
gi|116093                     :                                                ttgagcatgttcaaaatttacgtagcgcggtcgtggtccgaccacTCG-TAGCA-TGAT-CGT--CGT---GAAGTC--TTGGAGAT-CGTAGTA------T---GAA----CG-TG--GCT--GGTCGTGGTC--GACCACGA-CCGCGCTAcctgtcacgatttaggcaaaaatcaagatcgtagtaagatcgtggtccagtgtgatgggggcttta
gi|116095                     :                                                                       ttgagcatgttcaaaatttacgTCG-TAGCA-TGAT-CGT--TGT---GAAGTC--TTGGAcctgtcacgatttaggcaaaatcaagatcgtagtaagatcgtggtctagtgtatgggcttta
gi|116106                     :                             ttgagcatgttcaaaatttacgtaggcggtcgtggtcgaccgacagcccgttcatcctacgatcTCG-TAGCA-TGAT-CGT--CGT---GAAGTC--cctgtcacgatttttaggcccccccaaaaatcaagatcgtagtaagatcctggtccagtgtgatgggggcttt
gi|116087                     :                                                             accacgatcttactacgatcttgattttgcctaaatcgtgacaggT-CGT--TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---AGTCGTAGTA--GA-----A-TCGTGCTAG--AA--TTGACA---ATTG--ATAT-ATGAT-----T-GA-C---A-GTTCT---A-T-GA-T--CG-T-CGTA-CAGT-CG-T-GA--TTG-C--C-A---TCAC-ACC--G---A-------C-----------------------------------------CAC------T-A--CG-A-T--TC---T---AC--T-ACGA----T-C---A------------------------------------------GTC---------GTG-A-A--G---A-G--C-----GTAGTG--------AAAT---------CG-T---GG-CC--AGT-GTAACG-GGGGCTTttgg
gi|116088                     :                                                                                                           -CGT--AGT---GAGGTC--GTGGAAGA--GC-GTACGGCGGTCGGGTACTATCG-TATTGA---GGTCGTGGCA--CA-----G-TCGTACTAA--AA--TCGTCCCTAATTT--ATAG-ACGAT-----C--A-C---A----CT---A-C-GC-T--GC-T-ACTA-C---------GC--TT--C--C-A---TCACGATC--AT--A-------CC--AC--G-----------------ATTA-----CA----TTACGACTTAT-A--CG-A-T--CT---T---AC--T-ACGA----T-C---A
gi|116089                     :                                                                                                                                                             T--CG-TG--GA---GAGCGTAGTG--AA-----A-TCGTGCCAG--
gi|116089                     :                              tcgtagtagaatcgtgttagaaatgaccattggatagacaattgacagtactaatggtcatagtacagtcatgattgcctggaacaccgactacgtttataatgaaatcaccacggattccactacgatgtaagatcttgaaggTCGTAGTA--GA-----A-TCGTGTTAG--AA--ATGACC---ATTGG-ATAG-ACAAT-----T-GA-C---A-GTACT---A-ATGG-T--CA-T-AGTA-CAGT-CA-T-GA--TTG-C--CTG---GAAC-ACC--G---A-------CT--AC--G-TTTAT--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-A--CGGA-T--TC---C---AC--T-ACGA----T-G------T-------AA------G-----AT-CTTG----A---AG-GTC---------GTG-G-A--G---A-G--C-----GTAGTG--------AAAT---------CG-T---G--CC--AGT-GTGATG-GGGGCTTTAtgtgatgggggcttta
gi|116082                     :                                                                                                                                                                              TCGTAGTA--GA-----A-TCGTGGT-G--AATTTTGATTTG-ATTG--GTCG-GT--T-----T-GA-C---A-G---C---A-A-GC-T--CG-A-CGAA-CGGT-------A--CT-------------AC-ACC--A---AAGTACTGCC--AA--A-TCT-TCTATC---A--AGGC-----AATTTCTTAG------C-A--CG-ATT--CTA--T---AC--T-ACGA----C-C---AT-T-------CA------
gi|116090                     :                                                                                                                                                     ataattgtggcaatgggggggtggcgtgaagtcgttgaagtagcgtgctgtaagcaA--TTGACA---AT-G--AT----TTAT-----T-GA-TCGTA-GTTAT---A----G-T--CG-T-ATTA-CCGT-CG-T-GA--TTG-C--T-G---TCAC-ACC--A---A-------CC--CC--G-TTT-TTTA-----A--ATCA-----AA----TCAC------C-A--CG-ATT--CTAAGT---AC--T-ACGA----T-C---AT-G-------TA------A-----AT-CTTG----A---AG-GTC---------GT--------------------------TG---------AAT---------CG-T---GG-CC--AGT-GTGACG-TGGGCTTTAtattgaaggcgtggagagcgtagtgaaaatcgttggccatgtgacgggggcttt
gi|116098                     :                                                                                                                                                                                                                                TAGCATGATCGTCGT-GA-----A-GTCTT---GGA-GA-T--CG-T-AGTA-TGAA-CG-T-GG--CTG------G---TCGT-GTC--G---A-------CC--AC--G-
gi|116091                     :                                                                                                                                                                                                                             cgtagcgcggtT-----T-GAGC---ATGTTCA---A-A-AT-TTACG-T-AGCG-CGGT-CG-T-GG--TCG-A--C------CACGACC--A---G-------CC--AC--G-TTTAT--------ACTACGATCTCCAAGACTTCAC------G-A--CGGA-T--CA---T---GC--T-ACGA----C-C---TG-T-------CAC-----G-----AT-TTAGGCA-A---AA-GTC---------A-----A--G---A-T--C-----GTAGTA--------AGAT---------CG-T---GGTCC--AGT-GTGATG-GGGGCTTcgacctgtcacgatttaggcaaaagtcaagatcgtagtaagatcgtggtcgcagtgtgatgggggcttta
gi|116092                     :                                                                                                                                                                                                                                        T-----T-GAGC---ATGTTCA---A-A-AT-TTACG-T-AGCG-CGGT-CG-T-GG--T---C--C-G---AC-C-ACC--G---AGTTCATACT--AC--G-ATC-TCC------A--A-GA-----CT----TCAC------G-A--CG-A-T--CA---T---GC--T-ACGA----C-C---TG-T-------CAC-----G-----AT-TTAGGCA-A---AA-ATC---------A-----A--G---A-T--C-----GTAGTA--------AGAT---------CG-T---GGTCC--AGT-GTGATG-GGGGCTTTA
gi|116094                     :                                                                                                                                                                                                                                        T-----T-GAAC---ATGTTCA---A-A-AT-TTACG-T-AGCG-CCGT-CG-T-GG--TCG-A--C------CACGACC--A---G-------CC--AC--A-TTCAT--------ACTACGACCTTCAAGACTTCAC------G-A--CG-A-C--CA---C---GC--T-ACGA----C-C---TG-T-------CAC-----G-----AT-TTAGGCAAA---AA-ATC---------A-----A--G---A-T--C-----GTAGTA--------AGAT---------CG-T---GGTCC--GGT-GTGATG-GGGGCTTTA
gi|116093                     :                                                                                                                                                                                                                                        T-----T-GAGC---ATGTTCA---A-A-AT-TTACG-T-AGCG-CGGT-CG-T-GG--TCG-A--C------CACGACC--A---G-------CC--AC--G-TTCAT--------ACTACGATCTCCAAGACTTCAC------G-A--CG-A-T--CA---T---GC--T-ACGA----C-C---TG-T-------CAC-----G-----AT-TTAGGC--A---AA-ATC---------A-----A--G---A-T--C-----GTAGTA--------AGAT---------CG-T---GG-TCT-AGT-GTA----TGGGCTTTA
gi|116095                     :                                                                                                                                                                                                                                        T-----T-GAGC---ATGTTCA---A-A-AT-TTACG-T-AG-G-CGGT-CG-T-GG--TCGAC--C-G---ACAG-CCC--GTTCA-------TCCTAC--G-ATC-TCC------A--A-GA-----CT----TCAC------A-A--CG-A-T--CA---T---GC--T-ACGA----C-C---TG-T-------CAC-----G-----AT-TTTT----A----G-GCCCCCCCAAAAATC-A-A--G---A-T--C-----GTAGTA--------AGAT---------CC-T---GGTCC--AGT-GTGATG-GGGGCTTT
gi|116096                     :                                                                                                                                                                                                                                        T-----T-GAGC---ATGTTCA---A-A-AT-TTACG-T-AGCG-CTGT-TG-T-GG--TCAAC--C-ACGTTCAT-ACCACG---A-------CC---------TT-T--------A--A-GA-----CC----TCAC------A-A--TG-A-C--CA---C---GC--T-ACGA----C-CT--GT-C-------TC------G-----AT-TTTAGCA-A---AA-ATC---------A-----A--G---A-T--C-----GTAGTA--------AGGT---------TG-T---GC-TCT-GGT-GTGATG-GGGGCTTTA
gi|116097                     :                                                                                                                                                                                                                                                                       -T--CA-T-AGTC-CTGT-CA-T-GA--TTG-C--T-G---TCAC-ACT--G---A-------TT--AC--G-TTT-C--------A--AT----------------------------TG-A-T--TC---T---AC--T-ACGC----T-C---AT-G-------CA------A-----AT-CTTG----A---AG-GTC---------GTG-G-A--G---A-G--T-----GTAGTG--------AAAT---------CG-T---GG-AC--AAT-GTGATG-GGGGCTTTA
gi|116098                     :                                                                                                                                                                                                                                                                         --CG-T-AGCG-CGGT-CG-T-G-----G-T--C-G---ACACGACC--A---G-------CC--AC--G-TTCAT--------ACTACGATCTCCAAGACTTCAC------G-A--CG-A-T--CA---T---GC--T-ACGA----C-C---TG-T-------CAC-----G-----AT-TTAGGCA-A---AA-GTC---------A-----A--G---A-T--C-----GTAGTA--------AGAT---------CG-T---GG-TCGCAGT-GTGATG-GGGGCTTTA
gi|116099                     :                                                                                                                                                                                                                                                                         --CG-T-AGCG-CGGT-TG-T-GG--TTG-A--C------CACGACC--A---G-------CC--GC--G-TTCAT--------A--CCAA-----GACC--TCAC------G-A--AG-A-C--C--------ACCTT-ACGACCTGT-C---GT-----------------G-----AT-TTAGGC--A---AA-ATC---------A---A-A--G---A-A--A-----GTAGTA--------AGGT---------CG-T---GGTCC--GGT-GTGATG-GGGGCTTTA
gi|116100                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                           G-T-GA--TTG-CAAT-G---TCCC-ACCA-G---A-------CCC-AC--G-TTT-TTACAATTTG--ATAA-----AA----TCAC------CCATCCC-A-T--TT---TCTAAC--TTACGA----TTC---AT-TAC-----CA------G-----AT-CTTG----A---AG-GTC---------ATG-G-A--G---A-G--CCATAAGAATTG--------AAAT---------GG-T---
gi|116101                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                              -GA--TTG-C--T-G---CCAC-ACC--T---A-------CT--AC-------------------------------------AC------C-A--CG-A-TT-CTAGAT---AC--T-ACGA----T-T---ATAT-------TATATGAAG-----AT-CTTA----A---CG-GTC---------GTG-G-A--G---A-A--C-----GTAGTA--------AAAT---------CG-T---GA-AC--GGT-GTGACG-GGGGCTT
gi|116079                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -C--C-A---TCAC-ACT--G---G-------CC--AC--G-ATT-T---------------------------CAC------T-A---G-C-T--CT--------C--C-ACGA------A---AT-T-------CA------G-----AT-CT----------AA-AT-------------------G---A-T--C-----GTAGTA--------GAAT---------CG-T---G
gi|116080                     :                                                                                                                                   ataatcgtagcatggtcgttggaaagtcgtagaagaagcgtacgtactcgtgaaggtcgtagtggaatcgtgctagaattgactattgatagatgattgacagttctaaggtcgtagtacagtcgtgattgccgtcacatcgaccacgttttaattaaatcac-C--C-G---TCAC-ACT--G---G-------CC--AT--G-ATT-C--------A--CTAC-----GC----TCTC------C-A--CG-A-C--CT---T-------C-ACGA----T-C--------------TA------C-----AT--------------G-ATC---------GTA-GTA--G---A-AT-C-----GTGGTGATTTCATTAAAA---------CG-T---GG-TC--GGT-GTGA-gggcttta
gi|116101                     :                                                                                                                                                               ataatcgtaacttgatcgttggaaagtcgtagaagaagcatactgtactcatgaaggtcgtagtagaatcgtgctagaattgaccattgatagaagattggcagtgttatggtcgtcgtatattcatgattgctg-C--C-G---TCAC-ACC--G---T-------TC--AC--GATTT-T----------------------------AC------T-A--CG-T-T--CT--------C--C-ACGA----C-C---GT-T-------AA------G-----AT-CTTgggcttta
gi|116091                     :                                                                                                                                                                                                                                               gattgctgccacacctactacaccacgattctagatactacgattatattatatg-C--C-A---TCAC-ACT--GG--A-------CC--AC--GATCT-T--------A--------------------C------T-A--CG-A-T--CT---T---G-----ACTT----T-T---GC-C-------TA------A-----AT-CGTG----AC--AG-GTC---------GTA-GCAT-G---ATC--C-----GTCGTG--------AAGT---------CT-T---Ggggctt
gi|116105                     :                                                                                                                                                                                                                               ttgagcatgttcaaaatttacgtagcgcggtcgtggtcgaccacgaccagccacgtttatactacgatctc-C--C-A---TCAC-ACC--GG--A-------CC--AC--GATCT-T--------A--------------------C------T-A--CG-A-T--CT---T-----------GA----T-T---TT-TGCC----TA------A-----AT-CGTG----AC--AG-GTC---------GTA-G-CGTG---A-T--C-----GTCGTG--------Agggctt
gi|116090                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --C-G---TCAC-ACT--G---G-------CC--AC--G-ATT-C--------A--ACG-------A----CCTT------C-A--AG-A-T---T---T---AC----ATGA----T-C---G----------TA------GT----AC-TTAG----A---A---TC---------GTG-G-T--G---A-gggtttta
gi|116103                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                 attgacaatgatttattgatcgtagttatagtcgtattaccgtcgtgattgctgtcacaccaaccccgttttttaaatcaaaA-----AA----TCAC------C-A--CG-A-T--TC---T---AC--T-ACGA----T------------------------------AT-T--G----A---AG-GTC---------GTG-G-A--G---A-G--C-----GTAGTG--------AAtgggcttta
gi|116104                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -----AA----TCAA------CGA--CC-A-T--TC---T---AC----ACGA----T-C---AT-T--------A------G-----AT-CTTG----A---AG-GTC---------GTG-G-A--G---A-G--C-----GTAGTG--------AAAT---------CG-T---GG-CC--AGT-GTGATG-GGGGCTTT
gi|116089                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          A----TCACACTGG-C-A--CG-A-T--TT---C---AC--T-ACGC----T-C----T-C-------CAC-----G-----AC-CTTC----A---AG-ATC---------TT----A--C---A-T--C-----GTAGTG--------GAATC--------CG-T---G
gi|116098                     :                                                                                                                                                                                                                                                                  tcgtagtagaatcgtgttagaaatgaccattggatagacaattgacagtactaatggtcatagtacagtcatgattgcctggaacaccgactacgtttataatgaaatcacAC------C-A--CG-A-T--CT---T---AC--T-ACGA----T-CTTGAC-TTTTGCC-TA------A-----AT-CGTG----AC--AG-GTC---------GTA-GCAT-G---A-T--C-----GTCGTG--------AAGT---------CT-TGGAGA-TCGTAGT-ATGA-ACGTGGCTgggggcttta
gi|116091                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cgtagcgcggtcgtggtcgacacgaccAC------C-A--CG-A-T--CT---T---AC--T-ACGA----T-C------T-------TG------A-----CT-TTTG----CCT-AA-ATC---------GTG-ACA--G---G-T--C-----GTAG-----------------------CA-T---GA-TC--CGTCGTGA-A-cgcagtgtgatgggggcttta
gi|116092                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttgagcatgttcaaaatttacgtagcgcggtcgtggtcgaccacgaccagccacgtttatactacgatctccaagaAC------C-A--CG-A-T--CT---T---AC--T-ACGA----T-CTTGAT-TTTTGCC-TA------A-----AT-CGTG----AC--AG-GTC---------GTA-GCAT-G---A-T--C-----GTCGTG--------AAGT---------CT-T---Gccagtgtgatgggggctt
gi|116094                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttgagcatgttcaaaatttacgtagcgcggtcgtggtccgaccaccgagttcatactacgatctcAC------C-A--CG-A-T--CT---T---AC--T-ACGA----T-CTTGAT-TTTTTGCCTA------A-----AT-CGTG----AC--AG-GTC---------GTA-G-C--G---T-GGTC-----GTCGTG--------AAGT---------CT-T---GA-ccagtgtgatgggggcttta
gi|116093                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttgaacatgttcaaaatttacgtagcgccgtcgtggtcgaccacgaccagccacattcatactacgacctAC------C-A--CG-A-T--CT---T---AC--T-ACGA----T-CTTGAT-TTTGCC--TA------A-----AT-CGTG----AC--AG-GTC---------GTA-GCAT-G---A-T--C-----GTCGTG--------AAGT---------CT-TGGAGA-TCGTAGT-ATGA-ACGTGGCTccggtgtgatgggggcttta
gi|116095                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttgagcatgttcaaaatttacgtagcgcggtcgtggtcgaccacgaccAC------C-A--GG-A-T--CT---T---AC--T-ACGA----T-C----T-T---------------G-----AT-TT--------------TT---------G-G-G-G--G---G-G--C-----CTA--A--------AAAT---------CG-T---GA-Cctagtgtatgggcttta
gi|116099                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttgagcatgttcaaaatttacgtaggcggtcgtggtcgaccgacagcccgttcatcctacgatctccaagacttcacaacgatcatgctacgacctAC------C-A--CG-A-C--CT---T---AC--T-ACTT----T-C----T-T-------T-------G-----AT-TTTG----ccagtgtgatgggggcttt
gi|116106                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                            cgtagcgcggttgtggttgaccacgaccagccgcgttcataccaagacctcacgaagaccaccttacgacctgtcgtgatttaggAC------C-A--CG-A-T--CT---T---AC--T-ACGA----T-CTTGAT-TTTGCC--TA------A-----AT-CGTG----AC--AG-GTC---------GTA-GCAT-G---A-T--C-----GTCGTG--------AAGT---------CT-T---Gccggtgtgatgggggcttta
gi|116105                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AC------C-A--CG-A-T--CT---T---AC--T-ACGA----T-C----T-T---------------G-----AT-TTTT----GCCTAA-ATC---------GTG-ACA--G---G-T--C-----GTAGCG--------TGAT---------CG-T---g
gi|116107                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tcacgAC------C-A--CG-A-T--CT---T---AC--T-ACGA----T-C----T-T---------------G-----AT-TTTccggtgtgatgggggtttta
gi|116102                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         acgaacctgtcacgaatttaggcaAC------C-A--CG-A-T--CT---T---AC--T-ACGA----T-CTTGAT-T-------TA------GCCTAAAT-CGTA----AC--AG-GTC---------GTA-T-A--GCCTG-GT-C-----GTCGTG--------AGGT---------CT-T---GA-ccggtgtgatgggggcttta
gi|116097                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cgtcatacacgacctC------C-A--CG-A-T--TT---C---AC--T-ACAC----T-C----T-C-------CAC-----G-----AC-CTTC----A---AG-ATT----------TG-C-AT-G---A-G--C-----GTAGTA--------GAATCAATTGAAACG-T---AA-TC--AGT-GTGA-ccggtgtgatgggg
gi|116078                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tcatagtcctgtcatgattgctg------C-A--CG-A-T--TT---C---AC--T-ACGC----T-C----T-C-------CAC-----G-----AC-CTTC----A---AA-ATC----------TA-A-AT-G---A-T--C-----GTAGTA--------GAAT---------CG-T---Gacaatgtgatgggggcttta
gi|116096                     :                                                                                                                                                                                                                ataatcgtagcatggtcgttggaaagtcgtagaagaagcgtactgtaccgtgaaggtcgtagtggaatcgtgctagaattgactattgatagatgattgacagtttaaggtcgtagtacagtcgtgattgccgtcacacgaccaccagttttaatgaaatcac------C-A--CA-A-C--CT---T---AC--T-ACGA----T-C------T-------TG------A-----TT-TTTGCT--A---AA-ATC---------G-A-G-A--C---A-GGTC-----GTAG-----------------------CG-T---GG-TC--ATT-GTGA-G-accaagtgtgatgggggcttta
gi|116107                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttgagcatgttcaaaatttacgtagcgctgttgtggtcaaccacgttcataccacgacctttaaga-A--CG-A-A--CC---T---GT--C-ACGA----------AT-T-------TA------G-----GC----A----A---AA-ATC---------A-----A--G---A-T--C-----GTAGTA--------AGAT---------CG-T---GGTCC--GGT-GTGATG-GGGGCTTTActctggtgtgatgggggcttta
gi|116108                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTG--------AAAT---------CG-T---GG-CC--TGT-GTGATG-GGGGCTTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                       111111111                                                     111111                  1     1               11                                                                       4444444444444444444444444444                         1111111                   33333333333333333333333333333333333333333333333                1111111                               1                      
lowQualScore                  :        4     4    3   3   555  0   44        3   3    111111111    555  3  44  999          44    3        44       111111   2    4 0    2  2 333 2     333 55  1 44  1 1     44  1   3  22   3 22 33333    9  1 33 555 5555555  33  22    9999999999999999999999999999    66666666 11 1 1 1 33 2222222 222   1    2222 1 66666666666666666666666666666666666666666666666 333  1 33333   7777777 1 1 444 33333      1      1   3  55                  
lowQualScore                  :        .     .    .   .   ...  .   ..        .   .    .........    ...  .  ..  ...          ..    .        ..       ......   .    . .    .  . ... .     ... ..  . ..  . .     ..  .   .  ..   . .. .....    .  . .. ... .......  ..  ..    ............................    ........ .. . . . .. ....... ...   .    .... . ............................................... ...  . .....   ....... . . ... .....      .      .   .  ..                  
lowQualScore                  :        0     0    3   3   888  4   66        3   3    222222222    888  3  66  222          22    1        22       444444   9    3 3    0  0 555 0     555 00  9 33  7 7     11  7   2  22   2 11 88888    2  5 77 888 0000000  77  11    9999999999999999999999999999    99999999 99 4 4 4 33 1111111 444   4    9999 4 66666666666666666666666666666666666666666666666 999  4 66666   9999999 4 4 444 66666      4      4   3  22                  
consensus                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-GGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-A--C-G-A-T--C---C---T---ACT-ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCT----T---G----A---AG-G-----TCG--TG-G-A-G-A-N-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
Reference ( family-521 )      : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-GGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-A--C-G-A-T--C---T---T---ACT-ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCT----T---G----A---AG-G-----TCG--TG-G-A-G-A-N-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116077                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGCAGTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-A--C-G-A-T--C---T---T---ACT-ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATTT----T---G----A---AG-G-----TCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGA-CC--AGTGTGA-GGGGGCTTTA
gi|116078                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTAC---CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTT-T---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC----G---A-------CC--ACCAGTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-A--C-G-A-T--T---C---T---ACT-ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATTT----T---G----A---AG-G-----TCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGA-CCA-AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116079                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC---------GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AT-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATTA-----AA----TCAC------C-A--C-G-A-T--T---C---T---ACT-ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATC-----T---G----A---AT-T-----TCG--TG-G-A-G-A-G-C------TAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116080                     : ATAATCG-TAACT-TGAT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-ATAC-----T---GTACT--CA-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--C---ATT-GATAGAAGATT-GG-C---A-GTGTT---AT-GG-T--CG-T-CGTAT-ATT-CAT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-A--C-G-A-T--T---C---T---ACT-ACGA----T-C-------A-----T-G-----TA------GATCG----T---G----A---AG-G-----TCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG--AATCA-TGG-CC--AGTGTGACGGGGGCTTTA
gi|116081                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AA-GTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGT---GAAT-CGTGCTAG--AAT-GACATT---AT--AATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GGGT--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------TC--AC--GTTT-T--------A--ATG------AA----TCA-------C-A--C-G-A-T--T---C---T---ACT-ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCT----T---G----A------G-----T-G--TGAG-A-G-AGG-C-----GTA-TG-AATTCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGATT
gi|116082                     : ATAATTG-TGGCAATGGG-GGGGTGGCGTGAAGTC--GTTGAAGT-AGC-GTGC-----T---GTAAG--CA-TG--AAT--GGTCGTAGTATAGAAT-CGTGCTAAGAAATTGCC--T-----T-GATAGAAGATTTGG-C---A-GTACT---TT-GG-T---G-T-AGTAC-CGTTCGTCGAGCTTG-C--T-G---TCAA-AC-C--G---A-------CC--AA----TC-A--------A--ATCA-----AAAT--TCAC------C-A--C-G-A-T--T---C---T---ACT-ACGA----T---------A-------------------------T----T---G----A---AG-G------CG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTGAAAATCGTTGG-CC--A-TGTGACGGGGGCTTT
gi|116083                     : ATAATCG-TAGCA-TGAT-CGT-ATG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAA-----T---GTACT--CA-TG------------TAGTA--AAAT-CGTGCTAG--AATTGAC-----------------AATT-GA-C---A-GTACT---AT-GG-T--CA-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----
gi|116084                     : ACAATC--TATCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGCC--GTAGAA-A-AGT-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA----GTCGTAGTA--AAAT-CGTGCTAG--AA-TGAC--T---ATT-GATA-ATAATT---------------------GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CG--GG--TTG-C--C-G---T-AC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATG------AA----TCA
gi|116085                     :    ATCGGTAGAA-TGGTGCGT-TGG---AA-GTCATGTAGAAGA-AGC-GTA----------GTACT--CG-TC--GATCTGGTCGTAGTG--AAAT--GTGCTAG--AATTAAC--T---ATT-GATA-ATGATT-GA-C---A-GTTCTTAAAA-GG-T--CG-TTAGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C----G---TCAC-AT-C--GG--A-------CC--AC--GTTT-T--------TT-ATGA-----AAA---TCAC------C-A--C-G-A-TGTC---T---T---ACT-ACGA----T-C-------A-----T-T-----TAG-----GATCT----T---G--------AG-G-----TCG--TG-G-A-GAA-G-C-----GT-GTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTAtttccattc
gi|116086                     :    ATCG-CAG-A-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTCGAAGGCAGC-GTAC-----T---GTAC----GATG--AT---GGTCGTTGTA--GAATTCGTGCTAG--AATTGAC--C---ATT-GA-------------C---A-GTACT---AATGG-T--CGAT-AGGACCGGT-CGTTGA--TTG-C--T-G---CCAC-AC-C--A---A-------CC--AC--GTTT----------A--ATCC-----CA----TCAC------C-A--C-G-A-T--T---C---C---ACT-ACGA----T-C-------A-----G-G-----TA------AATCT----TT--G----A---AGAG-----TCG--TG---A-G-A-TTC-----GTAGTG-AAATCA-TGG-CC--AGTGTGAGGGG
gi|116087                     :                  T-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---AGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--A---ATT-GATATATGATT-GA-C---A-GTTCT---AT-GA-T--CG-T-CGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-A---TCAC-AC-C--G---A-------C----------------------------------------CAC------T-A--C-G-A-T--T---C---T---ACT-ACGA----T-C-------A----------------------------------------------G-----TCG--TG-A-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTAACGGGGGCTT
gi|116088                     :                   -CGT-AGT---GAGGTC--GTGGAAGA--GC-GTACGGCGGTCGGGTACTATCG-TATTGA---GGTCGTGGCA--CAGT-CGTACTAA--AATCGTC--CCTAATT-TATAGACGATC--A-C---A----CT---AC-GC-T--GC-T-ACTAC-G-----------CTT-C--C-A---TCACGAT-C--AT--A-------CC--AC--G----------------ATTA-----CA----TTACGACTTAT-A--C-G-A-T--C---T---T---ACT-ACGA----T-C-------A-----
gi|116089                     :                                                                                     TCGTAGTA--GAAT-CGTGTTAG--AAATGAC--C---ATTGGATAGACAATT-GA-C---A-GTACT---AATGG-T--CA-T-AGTAC-AGT-CAT-GA--TTG-C--CTG---GAAC-AC-C--G---A-------CT--AC--GTTTAT--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-A--CGG-A-T--T---C---C---ACT-ACGA----T---------------G-T-----AA------GATCT----T---G----A---AG-G-----TCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-T-G-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116090                     :                                                                                                               ATTGAC--A---AT--GAT---TTATT-GA-TCGTA-GTTAT---A---G-T--CG-T-ATTAC-CGT-CGT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-C--A---A-------CC--CC--GTTT-TTTA-----A--ATCA-----AA----TCAC------C-A--C-G-ATT--C---TAAGT---ACT-ACGA----T-C-------A-----T-G-----TA------AATCT----T---G----A---AG-G-----TCG--T----------------------TG--AATCG-TGG-CC--AGTGTGACGTGGGCTTTA
gi|116091                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-GGT-CGT-GG--TCG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--AC--GTTTAT--------ACTACGATCTCCAAGACTTCAC------G-A--C-GGA-T--C---A---T---GCT-ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC----------A----A---AA-G-----TCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--AGTGTGATGGGGGCTT
gi|116092                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-GGT-CGT-GG--T---C--C-G---AC-C-AC-C--G---AGTTCATACT--AC--GATC-TCC------A--A-GA-----CT----TCAC------G-A--C-G-A-T--C---A---T---GCT-ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC----------A----A---AA-A-----TCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116093                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-GGT-CGT-GG--TCG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--AC--GTTCAT--------ACTACGATCTCCAAGACTTCAC------G-A--C-G-A-T--C---A---T---GCT-ACGA----C-C-------T-----G-T-----CAC-----GATTT----A---GGC--A---AA-A-----TCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCT--AGTGT-AT--GGGCTTTA
gi|116094                     :                                                                                                                                        TT-GAAC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-CGT-CGT-GG--TCG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--AC--ATTCAT--------ACTACGACCTTCAAGACTTCAC------G-A--C-G-A-C--C---A---C---GCT-ACGA----C-C-------T-----G-T-----CAC-----GATTT----A---GGCAAA---AA-A-----TCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116095                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AG-GC-GGT-CGT-GG--TCGAC--C-G---ACAG-CC-C--GTTCA-------TCCTAC--GATC-TCC------A--A-GA-----CT----TCAC------A-A--C-G-A-T--C---A---T---GCT-ACGACCTGT-C-------ACGATTT-T-----TA------GGCCC----CCCCA----A---AA-A-----TCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCC-TGGTCC--AGTGTGATGGGGGCTTT
gi|116096                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-TGT-TGT-GG--TCAAC--C-ACGTTCAT-AC-CACG---A-------CC--------TT-T--------A--A-GA-----CC----TCAC------A-A--T-G-A-C--C---A---C---GCT-ACGA----C-CT------G-----T-C-----TC------GATTT----T---AGCA-A---AA-A-----TCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGGTTG-TGC-TCT-GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116097                     :                                                                                                                                                                 -T--CA-T-AGTCC-TGT-CAT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-T--G---A-------TT--AC--GTTT-C--------A--AT----------------------------T-G-A-T--T---C---T---ACT-ACGC----T-C-------A-----T-G-----CA------AATCT----T---G----A---AG-G-----TCG--TG-G-A-G-A-G-T-----GTAGTG-AAATCG-TGG-AC--AATGTGATGGGGGCTTTA
gi|116098                     :                                                                                                                                                                   --CG-T-AGCGC-GGT-CGT-G-----G-T--C-G---ACACGAC-C--A---G-------CC--AC--GTTCAT--------ACTACGATCTCCAAGACTTCAC------G-A--C-G-A-T--C---A---T---GCT-ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC----------A----A---AA-G-----TCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGG-TCGCAGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116099                     :                                                                                                                                                                   --CG-T-AGCGC-GGT-TGT-GG--TTG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--GC--GTTC-----------------------A----T-AC------C-A--A-G-A-C--C---T---C---ACG-AAGA----C-C-------A-----CCT-----TAC-----GACCTGTCGT---G----ATTTAG-GCAAAATCA-----A-A-G-A-A-A-----GTAGTA-AGGTCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116100                     :                                                                                                                                                                                     GT-GA--TTG-CAAT-G---TCCC-AC-CA-G---A-------CCC-AC--GTTT-TTACAATTTG--ATAA-----AA----TCAC------CCATCC-C-A-T--T---T---TCTAACTTACGA----TTC-------A-----T-TAC---CA------GATCT----T---G----A---AG-G-----TCA--TG-G-A-G-A-G-CCATAAGAATTG-AAATGG-T
gi|116101                     :                                                                                                                                                                                       -GA--TTG-C--T-G---CCAC-AC-C--T---A-------CT--AC------------------------------------AC------C-A--C-G-A-TT-C---TAGAT---ACT-ACGA----T-T-------A-----TAT-----TATATGAAGATCT----T---A----A---CG-G-----TCG--TG-G-A-G-A-A-C-----GTAGTA-AAATCG-TGA-AC--GGTGTGACGGGGGCTT
gi|116102                     :                                                                                                                                                                                                 --C-G---TCAT-ACAC--G---A-------CC--------TT-C--------A--A-GA-----CC----TCAC------G-A--C-G-A-C--CAGGC---T---A-T-ACGA----C-C-------T-----G-T-----TAC-----GATTT-----------------AG-G-----CTAAATC-A-A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGG
gi|116103                     :                                                                                                                                                                                                                                                            A-----AA----TCAC------C-A--C-G-A-T--T---C---T---ACT-ACGA----T--------------------------------AT------T---G----A---AG-G-----TCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AA
gi|116104                     :                                                                                                                                                                                                                                                             -----AA----TCAA------CGA--C-C-A-T--T---C---T---AC--ACGA----T-C-------A-----T-T------A------GATCT----T---G----A---AG-G-----TCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTT
gi|116105                     :                                                                                                                                                                                                                                                                    ----TCAC------G-A--C-G-A-T--C---A---C---GCT-ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC----------A----A---AA-A-----TCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGTTTTA
gi|116106                     :                                                                                                                                                                                                                                                                          AC------C-A--C-G-A-T--C---T---T---ACT-ACGA----T-CTTG----A-----T-TTTGCCTA------AATCG----T---G----AC--AG-G-----TCG--TA-GCATG-A-T-C-----GTCGTG-AAGTCT-TGG-
gi|116107                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                   -A--C-G-A-A--C---C---T---GTC-ACGA--------------A-----T-T-----TA------GGC----------A----A---AA-A-----TCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116108                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AGTG-AAATCG-TGG-CC--TGTGTGATGGGGGCTTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                       111111111                                                     111111                  1     1               11                                                                       4444444444444444444444444444                                                          3333333333333333333333333333333333333333333         1111111                               1                      
lowQualScore                  :        4     4    3   3   555  0   44        3   3    111111111    555  3  44  999          44    3        44       111111   2    4 0    2  2 333 2     333 55  1 44  1 1     44  1   3  22   3 22 33333    9  1 33 555 5555555  33  22    8888888888888888888888888888    66666666  1 1  11 66666666  2222  555555555    2222 1 9999999999999999999999999999999999999999999 1  1    7777777 1 1 444 33333      1      1   3  55                  
lowQualScore                  :        .     .    .   .   ...  .   ..        .   .    .........    ...  .  ..  ...          ..    .        ..       ......   .    . .    .  . ... .     ... ..  . ..  . .     ..  .   .  ..   . .. .....    .  . .. ... .......  ..  ..    ............................    ........  . .  .. ........  ....  .........    .... . ........................................... .  .    ....... . . ... .....      .      .   .  ..                  
lowQualScore                  :        0     0    3   3   888  4   66        3   3    222222222    888  3  66  222          22    1        22       444444   9    3 3    0  0 555 0     555 00  9 33  7 7     11  7   2  22   2 11 88888    2  5 77 888 0000000  77  11    7777777777777777777777777777    55555555  4 4  99 33333333  9999  555555555    9999 4 6666666666666666666666666666666666666666666 4  4    9999999 4 4 444 66666      4      4   3  22                  
consensus                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-GGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--C---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-N-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
Reference ( family-521 )      : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-GGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--C---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-N-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116077                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGCAGTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--C---T----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATTTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGA-CC--AGTGTGA-GGGGGCTTTA
gi|116078                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTAC---CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTT-T---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC----G---A-------CC--ACCAGTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATTTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGA-CCA-AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116079                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC---------GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AT-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATTA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATC-T---G----A-AT-TTCG--TG-G-A-G-A-G-C------TAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116080                     : ATAATCG-TAACT-TGAT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-ATAC-----T---GTACT--CA-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--C---ATT-GATAGAAGATT-GG-C---A-GTGTT---AT-GG-T--CG-T-CGTAT-ATT-CAT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-G-----TA------GATCGT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG--AATCA-TGG-CC--AGTGTGACGGGGGCTTTA
gi|116081                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AA-GTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGT---GAAT-CGTGCTAG--AAT-GACATT---AT--AATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GGGT--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------TC--AC--GTTT-T--------A--ATG------AA----TCA-------C-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCTT---G----A----GT-G--TGAG-A-G-AGG-C-----GTA-TG-AATTCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGATT
gi|116082                     : ATAATTG-TGGCAATGGG-GGGGTGGCGTGAAGTC--GTTGAAGT-AGC-GTGC-----T---GTAAG--CA-TG--AAT--GGTCGTAGTATAGAAT-CGTGCTAAGAAATTGCC--T-----T-GATAGAAGATTTGG-C---A-GTACT---TT-GG-T---G-T-AGTAC-CGTTCGTCGAGCTTG-C--T-G---TCAA-AC-C--G---A-------CC--AA----TC-A--------A--ATCA-----AAAT--TCAC------C-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T---------A-------------------------TT---G----A-AG-G-CG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTGAAAATCGTTGG-CC--A-TGTGACGGGGGCTTT
gi|116083                     : ATAATCG-TAGCA-TGAT-CGT-ATG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAA-----T---GTACT--CA-TG------------TAGTA--AAAT-CGTGCTAG--AATTGAC-----------------AATT-GA-C---A-GTACT---AT-GG-T--CA-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----
gi|116084                     : ACAATC--TATCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGCC--GTAGAA-A-AGT-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA----GTCGTAGTA--AAAT-CGTGCTAG--AA-TGAC--T---ATT-GATA-ATAATT---------------------GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CG--GG--TTG-C--C-G---T-AC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATG------AA----TCA
gi|116085                     :    ATCGGTAGAA-TGGTGCGT-TGG---AA-GTCATGTAGAAGA-AGC-GTA----------GTACT--CG-TC--GATCTGGTCGTAGTG--AAAT--GTGCTAG--AATTAAC--T---ATT-GATA-ATGATT-GA-C---A-GTTCTTAAAA-GG-T--CG-TTAGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C----G---TCAC-AT-C--GG--A-------CC--AC--GTTT-T--------TT-ATGA-----AAA---TCAC------C-AC-G-ATGTC---T----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TAG-----GATCTT---G------AG-GTCG--TG-G-A-GAA-G-C-----GT-GTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTAtttccattc
gi|116086                     :    ATCG-CAG-A-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTCGAAGGCAGC-GTAC-----T---GTAC----GATG--AT---GGTCGTTGTA--GAATTCGTGCTAG--AATTGAC--C---ATT-GA-------------C---A-GTACT---AATGG-T--CGAT-AGGACCGGT-CGTTGA--TTG-C--T-G---CCAC-AC-C--A---A-------CC--AC--GTTT----------A--ATCC-----CA----TCAC------C-AC-G-AT--T---C----CA----CT---------ACGA----T-C-------A-----G-G-----TA------AATCTTT--G----A-AGAGTCG--TG---A-G-A-TTC-----GTAGTG-AAATCA-TGG-CC--AGTGTGAGGGG
gi|116087                     :                  T-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---AGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--A---ATT-GATATATGATT-GA-C---A-GTTCT---AT-GA-T--CG-T-CGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-A---TCAC-AC-C--G---A-------C----------------------------------------CAC------T-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A----------------------------------------GTCG--TG-A-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTAACGGGGGCTT
gi|116088                     :                   -CGT-AGT---GAGGTC--GTGGAAGA--GC-GTACGGCGGTCGGGTACTATCG-TATTGA---GGTCGTGGCA--CAGT-CGTACTAA--AATCGTC--CCTAATT-TATAGACGATC--A-C---A----CT---AC-GC-T--GC-T-ACTAC-G-----------CTT-C--C-A---TCACGAT-C--AT--A-------CC--AC--G----------------ATTA-----CA----TTACGACTTAT-AC-G-AT--C---T----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----
gi|116089                     :                                                                                     TCGTAGTA--GAAT-CGTGTTAG--AAATGAC--C---ATTGGATAGACAATT-GA-C---A-GTACT---AATGG-T--CA-T-AGTAC-AGT-CAT-GA--TTG-C--CTG---GAAC-AC-C--G---A-------CT--AC--GTTTAT--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-ACGG-AT--T---C----CA----CT---------ACGA----T---------------G-T-----AA------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-T-G-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116090                     :                                                                                                               ATTGAC--A---AT--GAT---TTATT-GA-TCGTA-GTTAT---A---G-T--CG-T-ATTAC-CGT-CGT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-C--A---A-------CC--CC--GTTT-TTTA-----A--ATCA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--T---CTAAGTA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-G-----TA------AATCTT---G----A-AG-GTCG--T----------------------TG--AATCG-TGG-CC--AGTGTGACGTGGGCTTTA
gi|116091                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-GGT-CGT-GG--TCG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--AC--GTTTAT--------ACTACGATCTCCAAGACTTCAC------G-AC-GGAT--C---A----TG----CT---------ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-GTCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--AGTGTGATGGGGGCTT
gi|116092                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-GGT-CGT-GG--T---C--C-G---AC-C-AC-C--G---AGTTCATACT--AC--GATC-TCC------A--A-GA-----CT----TCAC------G-AC-G-AT--C---A----TG----CT---------ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116093                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-GGT-CGT-GG--TCG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--AC--GTTCAT--------ACTACGATCTCCAAGACTTCAC------G-AC-G-AT--C---A----TG----CT---------ACGA----C-C-------T-----G-T-----CAC-----GATTTA---GGC--A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCT--AGTGT-AT--GGGCTTTA
gi|116094                     :                                                                                                                                        TT-GAAC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-CGT-CGT-GG--TCG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--AC--ATTCAT--------ACTACGACCTTCAAGACTTCAC------G-AC-G-AC--C---A----CG----CT---------ACGA----C-C-------T-----G-T-----CAC-----GATTTA---GGCAAA-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116095                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AG-GC-GGT-CGT-GG--TCGAC--C-G---ACAG-CC-C--GTTCA-------TCCTAC--GATC-TCC------A--A-GA-----CT----TCAC------A-AC-G-AT--C---A----TG----CT---------ACGACCTGT-C-------ACGATTT-T-----TA------GGCCCCCCCA----A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCC-TGGTCC--AGTGTGATGGGGGCTTT
gi|116096                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-TGT-TGT-GG--TCAAC--C-ACGTTCAT-AC-CACG---A-------CC--------TT-T--------A--A-GA-----CC----TCAC------A-AT-G-AC--C---A----CG----CT---------ACGA----C-CT------G-----T-C-----TC------GATTTT---AGCA-A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGGTTG-TGC-TCT-GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116097                     :                                                                                                                                                                 -T--CA-T-AGTCC-TGT-CAT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-T--G---A-------TT--AC--GTTT-C--------A--AT--------------------------T-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGC----T-C-------A-----T-G-----CA------AATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-T-----GTAGTG-AAATCG-TGG-AC--AATGTGATGGGGGCTTTA
gi|116098                     :                                                                                                                                                                   --CG-T-AGCGC-GGT-CGT-G-----G-T--C-G---ACACGAC-C--A---G-------CC--AC--GTTCAT--------ACTACGATCTCCAAGACTTCAC------G-AC-G-AT--C---A----TG----CT---------ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-GTCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGG-TCGCAGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116099                     :                                                                                                                                                                   --CG-T-AGCGC-GGT-TGT-GG--TTG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--GC--GTTCAT--------A--CCAA-----GACC--TCAC------G-AA-G-AC--CAC-C----T------T---------ACGA----C-CTGTCGTGA-----T-T-----TA------GGC-----------A-AA-ATCA-----A-A-G-A-A-A-----GTAGTA-AGGTCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116100                     :                                                                                                                                                                                     GT-GA--TTG-CAAT-G---TCCC-AC-CA-G---A-------CCC-AC--GTTT-TTACAATTTG--ATAA-----AA----TCAC------C--C---AT--C---C----CA----TTTTCTAACTTACGA----TTC-------A-----T-TAC---CA------GATCTT---G----A-AG-GTCA--TG-G-A-G-A-G-CCATAAGAATTG-AAATGG-T
gi|116101                     :                                                                                                                                                                                       -GA--TTG-C--T-G---CCAC-AC-C--T---A-------CT--AC------------------------------------AC------C-AC-G-AT--T---C----TAGATACT---------ACGA----T-T-------A-----TAT-----TATATGAAGATCTT---A----A-CG-GTCG--TG-G-A-G-A-A-C-----GTAGTA-AAATCG-TGA-AC--GGTGTGACGGGGGCTT
gi|116102                     :                                                                                                                                                                                                 --C-G---TCAT-ACAC--G---A-------CC--------TT-C--------A--A-GA-----CC----TCAC------G-AC-G-AC--CAGGC----TA-----T---------ACGA----C-C-------T-----G-T-----TAC-----GATTT-----------AG-GCTAAATC-A-A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGG
gi|116103                     :                                                                                                                                                                                                                                                            A-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T--------------------------------AT--T---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AA
gi|116104                     :                                                                                                                                                                                                                                                             -----AA----TCAA------CGAC-C-AT--T---C----TA----C----------ACGA----T-C-------A-----T-T------A------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTT
gi|116105                     :                                                                                                                                                                                                                                                                    ----TCAC------G-AC-G-AT--C---A----CG----CT---------ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGTTTTA
gi|116106                     :                                                                                                                                                                                                                                                                          AC------C-AC-G-AT--C---T----TA----CT---------ACGA----T-CTTG----A-----T-TTTGCCTA------AATCGT---G----ACAG-GTCG--TA-GCATG-A-T-C-----GTCGTG-AAGTCT-TGG-
gi|116107                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                   -AC-G-AA--C---C----TG----TC---------ACGA--------------A-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116108                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGTG-AAATCG-TGG-CC--TGTGTGATGGGGGCTTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                       111111111                                                     111111                  1     1               11                                                                       4444444444444444444444444444                                                          3333333333333333333333333333333333333333333         1111111                               1                      
lowQualScore                  :        4     4    3   3   555  0   44        3   3    111111111    555  3  44  999          44    3        44       111111   2    4 0    2  2 333 2     333 55  1 44  1 1     44  1   3  22   3 22 33333    9  1 33 555 5555555  33  22    8888888888888888888888888888    66666666  1 1  11 66666666  2222  555555555    2222 1 9999999999999999999999999999999999999999999 1  1    7777777 1 1 444 33333      1      1   3  55                  
lowQualScore                  :        .     .    .   .   ...  .   ..        .   .    .........    ...  .  ..  ...          ..    .        ..       ......   .    . .    .  . ... .     ... ..  . ..  . .     ..  .   .  ..   . .. .....    .  . .. ... .......  ..  ..    ............................    ........  . .  .. ........  ....  .........    .... . ........................................... .  .    ....... . . ... .....      .      .   .  ..                  
lowQualScore                  :        0     0    3   3   888  4   66        3   3    222222222    888  3  66  222          22    1        22       444444   9    3 3    0  0 555 0     555 00  9 33  7 7     11  7   2  22   2 11 88888    2  5 77 888 0000000  77  11    7777777777777777777777777777    55555555  4 4  99 33333333  9999  555555555    9999 4 6666666666666666666666666666666666666666666 4  4    9999999 4 4 444 66666      4      4   3  22                  
consensus                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-GGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--C---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-N-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
Reference ( family-521 )      : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-GGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--C---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-N-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116077                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGCAGTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--C---T----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATTTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGA-CC--AGTGTGA-GGGGGCTTTA
gi|116078                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTAC---CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTT-T---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC----G---A-------CC--ACCAGTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATTTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGA-CCA-AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116079                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC---------GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AT-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATTA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATC-T---G----A-AT-TTCG--TG-G-A-G-A-G-C------TAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116080                     : ATAATCG-TAACT-TGAT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-ATAC-----T---GTACT--CA-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--C---ATT-GATAGAAGATT-GG-C---A-GTGTT---AT-GG-T--CG-T-CGTAT-ATT-CAT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-G-----TA------GATCGT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG--AATCA-TGG-CC--AGTGTGACGGGGGCTTTA
gi|116081                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AA-GTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGT---GAAT-CGTGCTAG--AAT-GACATT---AT--AATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GGGT--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------TC--AC--GTTT-T--------A--ATG------AA----TCA-------C-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCTT---G----A----GT-G--TGAG-A-G-AGG-C-----GTA-TG-AATTCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGATT
gi|116082                     : ATAATTG-TGGCAATGGG-GGGGTGGCGTGAAGTC--GTTGAAGT-AGC-GTGC-----T---GTAAG--CA-TG--AAT--GGTCGTAGTATAGAAT-CGTGCTAAGAAATTGCC--T-----T-GATAGAAGATTTGG-C---A-GTACT---TT-GG-T---G-T-AGTAC-CGTTCGTCGAGCTTG-C--T-G---TCAA-AC-C--G---A-------CC--AA----TC-A--------A--ATCA-----AAAT--TCAC------C-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T---------A-------------------------TT---G----A-AG-G-CG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTGAAAATCGTTGG-CC--A-TGTGACGGGGGCTTT
gi|116083                     : ATAATCG-TAGCA-TGAT-CGT-ATG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAA-----T---GTACT--CA-TG------------TAGTA--AAAT-CGTGCTAG--AATTGAC-----------------AATT-GA-C---A-GTACT---AT-GG-T--CA-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----
gi|116084                     : ACAATC--TATCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGCC--GTAGAA-A-AGT-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA----GTCGTAGTA--AAAT-CGTGCTAG--AA-TGAC--T---ATT-GATA-ATAATT---------------------GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CG--GG--TTG-C--C-G---T-AC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATG------AA----TCA
gi|116085                     :    ATCGGTAGAA-TGGTGCGT-TGG---AA-GTCATGTAGAAGA-AGC-GTA----------GTACT--CG-TC--GATCTGGTCGTAGTG--AAAT--GTGCTAG--AATTAAC--T---ATT-GATA-ATGATT-GA-C---A-GTTCTTAAAA-GG-T--CG-TTAGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C----G---TCAC-AT-C--GG--A-------CC--AC--GTTT-T--------TT-ATGA-----AAA---TCAC------C-AC-G-ATGTC---T----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TAG-----GATCTT---G------AG-GTCG--TG-G-A-GAA-G-C-----GT-GTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTAtttccattc
gi|116086                     :    ATCG-CAG-A-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTCGAAGGCAGC-GTAC-----T---GTAC----GATG--AT---GGTCGTTGTA--GAATTCGTGCTAG--AATTGAC--C---ATT-GA-------------C---A-GTACT---AATGG-T--CGAT-AGGACCGGT-CGTTGA--TTG-C--T-G---CCAC-AC-C--A---A-------CC--AC--GTTT----------A--ATCC-----CA----TCAC------C-AC-G-AT--T---C----CA----CT---------ACGA----T-C-------A-----G-G-----TA------AATCTTT--G----A-AGAGTCG--TG---A-G-A-TTC-----GTAGTG-AAATCA-TGG-CC--AGTGTGAGGGG
gi|116087                     :                  T-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---AGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--A---ATT-GATATATGATT-GA-C---A-GTTCT---AT-GA-T--CG-T-CGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-A---TCAC-AC-C--G---A-------C----------------------------------------CAC------T-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A----------------------------------------GTCG--TG-A-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTAACGGGGGCTT
gi|116088                     :                   -CGT-AGT---GAGGTC--GTGGAAGA--GC-GTACGGCGGTCGGGTACTATCG-TATTGA---GGTCGTGGCA--CAGT-CGTACTAA--AATCGTC--CCTAATT-TATAGACGATC--A-C---A----CT---AC-GC-T--GC-T-ACTAC-G-----------CTT-C--C-A---TCACGAT-C--AT--A-------CC--AC--G----------------ATTA-----CA----TTACGACTTAT-AC-G-AT--C---T----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----
gi|116089                     :                                                                                     TCGTAGTA--GAAT-CGTGTTAG--AAATGAC--C---ATTGGATAGACAATT-GA-C---A-GTACT---AATGG-T--CA-T-AGTAC-AGT-CAT-GA--TTG-C--CTG---GAAC-AC-C--G---A-------CT--AC--GTTTAT--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-ACGG-AT--T---C----CA----CT---------ACGA----T---------------G-T-----AA------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-T-G-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116090                     :                                                                                                               ATTGAC--A---AT--GAT---TTATT-GA-TCGTA-GTTAT---A---G-T--CG-T-ATTAC-CGT-CGT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-C--A---A-------CC--CC--GTTT-TTTA-----A--ATCA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--T---CTAAGTA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-G-----TA------AATCTT---G----A-AG-GTCG--T----------------------TG--AATCG-TGG-CC--AGTGTGACGTGGGCTTTA
gi|116091                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-GGT-CGT-GG--TCG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--AC--GTTTAT--------ACTACGATCTCCAAGACTTCAC------G-AC-GGAT--C---A----TG----CT---------ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-GTCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--AGTGTGATGGGGGCTT
gi|116092                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-GGT-CGT-GG--T---C--C-G---AC-C-AC-C--G---AGTTCATACT--AC--GATC-TCC------A--A-GA-----CT----TCAC------G-AC-G-AT--C---A----TG----CT---------ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116093                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-GGT-CGT-GG--TCG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--AC--GTTCAT--------ACTACGATCTCCAAGACTTCAC------G-AC-G-AT--C---A----TG----CT---------ACGA----C-C-------T-----G-T-----CAC-----GATTTA---GGC--A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCT--AGTGT-AT--GGGCTTTA
gi|116094                     :                                                                                                                                        TT-GAAC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-CGT-CGT-GG--TCG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--AC--ATTCAT--------ACTACGACCTTCAAGACTTCAC------G-AC-G-AC--C---A----CG----CT---------ACGA----C-C-------T-----G-T-----CAC-----GATTTA---GGCAAA-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116095                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AG-GC-GGT-CGT-GG--TCGAC--C-G---ACAG-CC-C--GTTCA-------TCCTAC--GATC-TCC------A--A-GA-----CT----TCAC------A-AC-G-AT--C---A----TG----CT---------ACGACCTGT-C-------ACGATTT-T-----TA------GGCCCCCCCA----A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCC-TGGTCC--AGTGTGATGGGGGCTTT
gi|116096                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-TGT-TGT-GG--TCAAC--C-ACGTTCAT-AC-CACG---A-------CC--------TT-T--------A--A-GA-----CC----TCAC------A-AT-G-AC--C---A----CG----CT---------ACGA----C-CT------G-----T-C-----TC------GATTTT---AGCA-A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGGTTG-TGC-TCT-GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116097                     :                                                                                                                                                                 -T--CA-T-AGTCC-TGT-CAT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-T--G---A-------TT--AC--GTTT-C--------A--AT--------------------------T-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGC----T-C-------A-----T-G-----CA------AATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-T-----GTAGTG-AAATCG-TGG-AC--AATGTGATGGGGGCTTTA
gi|116098                     :                                                                                                                                                                   --CG-T-AGCGC-GGT-CGT-G-----G-T--C-G---ACACGAC-C--A---G-------CC--AC--GTTCAT--------ACTACGATCTCCAAGACTTCAC------G-AC-G-AT--C---A----TG----CT---------ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-GTCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGG-TCGCAGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116099                     :                                                                                                                                                                   --CG-T-AGCGC-GGT-TGT-GG--TTG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--GC--GTTCAT--------A--CCAA-----GACC--TCAC------G-AA-G-AC--CAC-C----T------T---------ACGA----C-CTGTCGTGA-----T-T-----TA------GGC-----------A-AA-ATCA-----A-A-G-A-A-A-----GTAGTA-AGGTCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116100                     :                                                                                                                                                                                     GT-GA--TTG-CAAT-G---TCCC-AC-CA-G---A-------CCC-AC--GTTT-TTACAATTTG--ATAA-----AA----TCAC------C--C---AT--C---C----CA----TTTTCTAACTTACGA----TTC-------A-----T-TAC---CA------GATCTT---G----A-AG-GTCA--TG-G-A-G-A-G-CCATAAGAATTG-AAATGG-T
gi|116101                     :                                                                                                                                                                                       -GA--TTG-C--T-G---CCAC-AC-C--T---A-------CT--AC------------------------------------AC------C-AC-G-AT--T---C----TAGATACT---------ACGA----T-T-------A-----TAT-----TATATGAAGATCTT---A----A-CG-GTCG--TG-G-A-G-A-A-C-----GTAGTA-AAATCG-TGA-AC--GGTGTGACGGGGGCTT
gi|116102                     :                                                                                                                                                                                                 --C-G---TCAT-ACAC--G---A-------CC--------TT-C--------A--A-GA-----CC----TCAC------G-AC-G-AC--CAGGC----TA-----T---------ACGA----C-C-------T-----G-T-----TAC-----GATTT-----------AG-GCTAAATC-A-A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGG
gi|116103                     :                                                                                                                                                                                                                                                            A-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T--------------------------------AT--T---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AA
gi|116104                     :                                                                                                                                                                                                                                                             -----AA----TCAA------CGAC-C-AT--T---C----TA----C----------ACGA----T-C-------A-----T-T------A------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTT
gi|116105                     :                                                                                                                                                                                                                                                                    ----TCAC------G-AC-G-AT--C---A----CG----CT---------ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGTTTTA
gi|116106                     :                                                                                                                                                                                                                                                                          AC------C-AC-G-AT--C---T----TA----CT---------ACGA----T-CTTG----A-----T-TTTGCCTA------AATCGT---G----ACAG-GTCG--TA-GCATG-A-T-C-----GTCGTG-AAGTCT-TGG-
gi|116107                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                   -AC-G-AA--C---C----TG----TC---------ACGA--------------A-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116108                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGTG-AAATCG-TGG-CC--TGTGTGATGGGGGCTTTA


blockSeqs                     :        G     A    G   G   CGT      AT        C   .    GGCGGTCGG    TAT  A  TT  TCT          TA    T        GA       CCTA     G    G      T  G CGT T     TAA AT  G TA  A T     CG  T   C  GC   A AA ACGT     G  A AC TTC GTTCATA  CT  CA    ATACTACGATCTCCAAGACT            GACTTAT   G G  GT CTAAG     GATA  TTCTAACTT    CCTG T ACGATTTTTAGGCCCCCCCA                        C  A    AATCA   T A GG  CATAA      A      T   T  GC
blockSeqs                     :        .     .    .   .   .        .         .   .    T            T    .  .   T            .     .        .        ATT      .    G      .  G .   T     .   AT  . TA  . .     A   .   T  .    A .  TG       G  . A  G   .        C   .     ATACTACGATCTCCAAGACT            CG        . .  .  AGGC      .     .            .    . TTGATTTTGCCTAAATCGTG                        .  .    TGAG    . . TT  .          .      .   T  A 
blockSeqs                     :        .     .    .   .   .        .         .   .    T            T    .  .   .            .     .        .        T        .    G      .  G .   T     .   A   . TA  . .     A   .   .  .    . .  G        G  . .  T   .        .   .     ATACTACGACCTTCAAGACT            C         . .  .  ACC       .     .            .    . ATATTATATGAAGATCTTA                         .  .    TAGC    . . G   .          .      .   T  T 
blockSeqs                     :        .     .    .   .   .        .         .   .    T            T    .  .   .            .     .        .        T        .    G      .  A .   T     .   A   . TA  . .     A   .   .  .    . .  G        G  . .  .   .        .   .     ATACTACGATCTCCAAGACT            C         . .  .  C         .     .            .    . TGTCACGATTTAGGCAA                           .  .    TGG     . . G   .          .      .   T  . 
blockSeqs                     :        .     .    .   .   .        .         .   .    T            G    .  .   .            .     .        .        C        .    G      .  G .   T     .   T   . TA  . .     A   .   .  .    . .  G        G  . .  .   .        .   .     TTACAATTTGATAAAA                C         . .  .  C         .     .            .    . TGTCACGATTTAGGCA                            .  .    TGG     . . G   .          .      .   T  . 
blockSeqs                     :        .     .    .   .   .        .         .   .    T            T    .  .   .            .     .        .        T        .    T      .  G .   T     .   A   . TA  . .     C   .   .  .    . .  G        G  . .  .   .        .   .     TTTAAATCAAA                     C         . .  .  C         .     .            .    . TGTCACGATTTAGGCA                            .  .    TGG     . . G   .          .      .   T  . 
blockSeqs                     :        .     .    .   .   .        .         .   .    T            T    .  .   .            .     .        .        T        .    G      .  . .   .     .   T   . .   . .     A   .   .  .    . .  G        .  . .  .   .        .   .     ATACCAAGACC                     C         . .  .  C         .     .            .    . TGTCTCGATTTTAGCA                            .  .    TGG     . . G   .          .      .   T  . 
blockSeqs                     :        .     .    .   .   .        .         .   .    T            T    .  .   .            .     .        .        T        .    G      .  . .   .     .   T   . .   . .     A   .   .  .    . .  G        .  . .  .   .        .   .     AAATCAAAAT                      C         . .  .  C         .     .            .    . TGTCACGATTTAGGCA                            .  .    TGG     . . G   .          .      .   T  . 
blockSeqs                     :        .     .    .   .   .        .         .   .    T            T    .  .   .            .     .        .        C        .    .      .  . .   .     .   A   . .   . .     A   .   .  .    . .  G        .  . .  .   .        .   .     TTTATGAAAA                      C         . .  .  T         .     .            .    . TGTCACGATTTAGGCA                            .  .    TGA     . . G   .          .      .   T  . 
blockSeqs                     :                   .   .   .        .         .   .    .            .    .  .   .            .     .        .        A        .    .      .  . .   .     .   T   . .   . .     A   .   .  .    . .  G        .  . .  .   .        .   .     ATAATGAAA                       T         . .  .  C         .     .            .    . TGTCACGATTTAGGC                             .  .    TGG     . . T   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                   .   .   .        .         .   .    .            .    .  .   .            .     .        .        C        .    .      .  . .   .     .   C   . .   . .     G   .   .  .    . .  G        .  . .  .   .        .   .     TCCAAGACT                       C         . .  .  C         .     .            .    . TGTCGTGATTTAGGC                             .  .    TGG     . . T   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                             .     .        .        A        .    .      .  . .   .     .   A   . .   . .     A   .   .  .    . .  A        .  . .  .   .        .   .     TCCAAGACT                       C         . .  .  T         .     .            .    . ATTACCAGATCTTG                              .  .    TGG     . . T   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                     .        .    .      .  . .   .     .   A   . .   . .     C   .   .  .    . .  A        .  . .  .   .        .   .     TAATGAAA                        G         . .  .  C         .     .            .    . ATTTAGGATCTTG                               .  .    TGG     . . T   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .  . .   .     .   A   . .   . .     G   .   .  .    . .  G        .  . .  .   .        .   .     TAATTAAA                        G         . .  .  A         .     .            .    . AGGTAAATCTTTG                               .  .    TGG     . . T   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .  . .   .     .   A   . .   . .     G   .   .  .    . .  G        .  . .  .   .        .   .     TAATGAAA                        G         . .  .  A         .     .            .    . ATTTAGATTTTG                                .  .    TGG     . . T   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .  . .   .     .   A   . .   . .     G   .   .  .    . .  G        .  . .  .   .        .   .     TAATGAA                         G         . .  .  A         .     .            .    . ATGTAGATCGTG                                .  .    TG      . . G   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .  . .   .     .   A   . .   . .     C   .   .  .    . .  G        .  . .  .   .        .   .     TAATGAA                         A         . .  .  A         .     .            .    . ATTTAGATCTTG                                .  .    T       . . T   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .  . .   .     .   .   . .   . .     G   .   .  .    . .  G        .  . .  .   .        .   .     AATCCCA                         A         . .  .  A         .     .            .    . ATGTAAATCTTG                                .  .    A       . . A   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .  . .   .     .   .   . .   . .     T   .   .  .    . .  G        .  . .  .   .        .   .     TAAGACC                         G         . .  .  A         .     .            .    . ATGCAAATCTTG                                .  .    .       . . G   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                 . .   . .     T   .   .  .    . .  G        .  . .  .   .        .   .     CAAGACC                         G         . .  .  C         .     .            .    . ATTTAGATCTG                                 .  .    .       . . A   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                   .   . .     G   .   .  .    . .  G        .  . .  .   .        .   .     ATTACA                          C         . .  .  A         .     .            .    . GTAAGATCTTG                                 .  .    .       . . T   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                   .   . .     G   .   .  .    . .  .        .  . .  .   .        .   .     CAAT                            C         . .  .  C         .     .            .    . TGTTACGATTT                                 .  .    .       . . G   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .    . .  .        .  . .  .   .        .   .     .                               G         . .  .  C         .     .            .    . ATTAGATCTTG                                 .  .    .       . . G   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .  .    . .  .        .  . .  .   .        .   .     .                               C         . .  .  C         .     .            .    . ATTTAGGCA                                   .  .    .       . . T   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                 .  .        .  . .  .   .        .   .                                     G         . .  .  C         .     .            .    . ATTG                                        .  .    .       . . T   .          .      .   .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                            C         . .  .  A         .     .            .    . ATTG                                        .  .    .       . . T   .          .      .   .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                            .         . .  .  T         .     .            .    . A                                           .  .    .       . . .   .          .      .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                      . .  .  C         .     .            .    .                                                                                .               


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                            TAACGAAA********************
originalCons                  : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-GGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTT-T--------A--ATGA-----AA----TCAC------C-AC-G-AT--C---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-N-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
finalCons                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-GGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--GTTTTAACGAAA--------------------TCAC------C-AC-G-AT--C---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-N-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                       111111111                                                     111111                  1     1               11                                                                        4444444444444444444444444444                                                     3333333333333333333333333333333333333333333         1111111                               1                      
lowQualScore                  :        4     4    3   3   555  0   44        3   3    111111111    555  3  44  999          44    3        44       111111   2    4 0    2  2 333 2     333 55  1 44  1 1     44  1   3  22   3 22 33333    7  1 55 444 5555555  33  3333   9999999999999999999999999999 1   33  1 1  11 66666666  2222  555555555    2222 1 9999999999999999999999999999999999999999999 1  1    7777777 1 1 444 33333      1      1   3  55                  
lowQualScore                  :        .     .    .   .   ...  .   ..        .   .    .........    ...  .  ..  ...          ..    .        ..       ......   .    . .    .  . ... .     ... ..  . ..  . .     ..  .   .  ..   . .. .....    .  . .. ... .......  ..  ....   ............................ .   ..  . .  .. ........  ....  .........    .... . ........................................... .  .    ....... . . ... .....      .      .   .  ..                  
lowQualScore                  :        0     0    3   3   888  4   66        3   3    222222222    888  3  66  222          22    1        22       444444   9    3 3    0  0 555 0     555 00  9 33  7 7     11  7   2  22   2 11 88888    7  5 88 222 0000000  77  2222   5555555555555555555555555555 4   66  4 4  99 33333333  9999  555555555    9999 4 6666666666666666666666666666666666666666666 4  4    9999999 4 4 444 66666      4      4   3  22                  
consensus                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-GGT-CGT-GA--TCG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--G-TTT-T---A--A--CGA--------AA----T-CACC-AC-G-AT--C---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-N-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
Reference ( family-521 )      : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-GGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--G-TTT-T---A--A--CGA--------AA----T-CACC-AC-G-AT--C---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-N-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116077                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGCAGTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--G-TTT-T---A--A--TGA--------AA----T-CACC-AC-G-AT--C---T----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATTTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGA-CC--AGTGTGA-GGGGGCTTTA
gi|116078                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTAC---CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTT-T---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-A--C--G---A-------CC--ACCAG-TTT-T---A--A--TGA--------AA----T-CACC-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATTTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGA-CCA-AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116079                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC---------GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGTG--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--T---ATT-GATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AT-C--G---A-------CC--AC--G-TTT-T---A--A--TTA--------AA----T-CACC-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATC-T---G----A-AT-TTCG--TG-G-A-G-A-G-C------TAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116080                     : ATAATCG-TAACT-TGAT-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-ATAC-----T---GTACT--CA-TG--AA---GGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--C---ATT-GATAGAAGATT-GG-C---A-GTGTT---AT-GG-T--CG-T-CGTAT-ATT-CAT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--G-TTT-T---A--A--TGA--------AA----T-CACC-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-G-----TA------GATCGT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG--AATCA-TGG-CC--AGTGTGACGGGGGCTTTA
gi|116081                     : ATAATCG-TAGCA-TGGT-CGT-TGG---AA-GTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---GGTCGTAGT---GAAT-CGTGCTAG--AAT-GACATT---AT--AATAGATGATT-GA-C---A-GTTCT---AA-GGGT--CG-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-G---TCAC-AC-C--G---A-------TC--AC--G-TTT-T---A--A--TG---------AA----T-CA-C-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TA------GATCTT---G----A----GT-G--TGAG-A-G-AGG-C-----GTA-TG-AATTCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGATT
gi|116082                     : ATAATTG-TGGCAATGGG-GGGGTGGCGTGAAGTC--GTTGAAGT-AGC-GTGC-----T---GTAAG--CA-TG--AAT--GGTCGTAGTATAGAAT-CGTGCTAAGAAATTGCC--T-----T-GATAGAAGATTTGG-C---A-GTACT---TT-GG-T---G-T-AGTAC-CGTTCGTCGAGCTTG-C--T-G---TCAA-AC-C--G---A-------CC--AA------T-C---A--AATCAA--------AA----TTCACC-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T---------A-------------------------TT---G----A-AG-G-CG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTGAAAATCGTTGG-CC--A-TGTGACGGGGGCTTT
gi|116083                     : ATAATCG-TAGCA-TGAT-CGT-ATG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAA-----T---GTACT--CA-TG------------TAGTA--AAAT-CGTGCTAG--AATTGAC-----------------AATT-GA-C---A-GTACT---AT-GG-T--CA-T-AGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-C--G---A-------CC--AC--G-TTT-T---A--A--TGA--------
gi|116084                     : ACAATC--TATCA-TGGT-CGT-TGG---AAAGCC--GTAGAA-A-AGT-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA----GTCGTAGTA--AAAT-CGTGCTAG--AA-TGAC--T---ATT-GATA-ATAATT---------------------GG-T--CG-T-AGTAC-AGT-CG--GG--TTG-C--C-G---T-AC-AC-C--G---A-------CC--AC--G-TTT-T---A--A--TG---------AA----T-CA
gi|116085                     :    ATCGGTAGAA-TGGTGCGT-TGG---AA-GTCATGTAGAAGA-AGC-GTA----------GTACT--CG-TC--GATCTGGTCGTAGTG--AAAT--GTGCTAG--AATTAAC--T---ATT-GATA-ATGATT-GA-C---A-GTTCTTAAAA-GG-T--CG-TTAGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C----G---TCAC-AT-C--GG--A-------CC--AC--G-TTT-T---TT-A--TGA--------AAA---T-CACC-AC-G-ATGTC---T----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-T-----TAG-----GATCTT---G------AG-GTCG--TG-G-A-GAA-G-C-----GT-GTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTAtttccattc
gi|116086                     :    ATCG-CAG-A-TGGT-CGT-TGG---AAAGTC--GTCGAAGGCAGC-GTAC-----T---GTAC----GATG--AT---GGTCGTTGTA--GAATTCGTGCTAG--AATTGAC--C---ATT-GA-------------C---A-GTACT---AATGG-T--CGAT-AGGACCGGT-CGTTGA--TTG-C--T-G---CCAC-AC-C--A---A-------CC--AC--G-TTT-----A--A--TCC--------CA----T-CACC-AC-G-AT--T---C----CA----CT---------ACGA----T-C-------A-----G-G-----TA------AATCTTT--G----A-AGAGTCG--TG---A-G-A-TTC-----GTAGTG-AAATCA-TGG-CC--AGTGTGAGGGG
gi|116087                     :                  T-CGT-TGG---AAAGTC--GTAGAAGA-AGC-GTAC-----T---GTACT--CG-TG--AA---AGTCGTAGTA--GAAT-CGTGCTAG--AATTGAC--A---ATT-GATATATGATT-GA-C---A-GTTCT---AT-GA-T--CG-T-CGTAC-AGT-CGT-GA--TTG-C--C-A---TCAC-AC-C--G---A-------C------------------------------------------CACT-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T-C-------A----------------------------------------GTCG--TG-A-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTAACGGGGGCTT
gi|116088                     :                   -CGT-AGT---GAGGTC--GTGGAAGA--GC-GTACGGCGGTCGGGTACTATCG-TATTGA---GGTCGTGGCA--CAGT-CGTACTAA--AATCGTC--CCTAATT-TATAGACGATC--A-C---A----CT---AC-GC-T--GC-T-ACTAC-GCT-TCC--A--TCA-C--G-A---TCAT-AC-CACG---A-------TT--AC--A-TT---------A--CGA--------C-----T-TAT--AC-G-AT--C---T----TA----CT---------ACGA----T-C-------A-----
gi|116089                     :                                                                                     TCGTAGTA--GAAT-CGTGTTAG--AAATGAC--C---ATTGGATAGACAATT-GA-C---A-GTACT---AATGG-T--CA-T-AGTAC-AGT-CAT-GA--TTG-C--CTG---GAAC-AC-C--G---A-------CT--AC--G-TTTAT---A--A--TGA--------AA----T-CACC-ACGG-AT--T---C----CA----CT---------ACGA----T---------------G-T-----AA------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-T-G-CC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116090                     :                                                                                                               ATTGAC--A---AT--GAT---TTATT-GA-TCGTA-GTTAT---A---G-T--CG-T-ATTAC-CGT-CGT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-C--A---A-------CC--CC--G-TTT-TTTAA--A--TCA--------AA----T-CACC-AC-G-AT--T---CTAAGTA----CT---------ACGA----T-C-------A-----T-G-----TA------AATCTT---G----A-AG-GTCG--T----------------------TG--AATCG-TGG-CC--AGTGTGACGTGGGCTTTA
gi|116091                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-GGT-CGT-GG--TCG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--AC--G-TTTAT---ACTA--CGATCTCC---AAGACTT-CACG-AC-GGAT--C---A----TG----CT---------ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-GTCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--AGTGTGATGGGGGCTT
gi|116092                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-GGT-CGT-GG--T---C--C-G---AC-C-AC-C--G---AGTTCATACT--AC--GATCT-C---C--A--AGA--------CT----T-CACG-AC-G-AT--C---A----TG----CT---------ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--AGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116093                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-GGT-CGT-GG--TCG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--AC--G-TTCAT---ACTA--CGATCTCC---AAGACTT-CACG-AC-G-AT--C---A----TG----CT---------ACGA----C-C-------T-----G-T-----CAC-----GATTTA---GGC--A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCT--AGTGT-AT--GGGCTTTA
gi|116094                     :                                                                                                                                        TT-GAAC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-CGT-CGT-GG--TCG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--AC--A-TTCAT---ACTA--CGACCTTC---AAGACTT-CACG-AC-G-AC--C---A----CG----CT---------ACGA----C-C-------T-----G-T-----CAC-----GATTTA---GGCAAA-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116095                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AG-GC-GGT-CGT-GG--TCGAC--C-G---ACAG-CC-C--GTTCA-------TCCTAC--GATCT-C---C--A--AGA--------CT----T-CACA-AC-G-AT--C---A----TG----CT---------ACGACCTGT-C-------ACGATTT-T-----TA------GGCCCCCCCA----A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCC-TGGTCC--AGTGTGATGGGGGCTTT
gi|116096                     :                                                                                                                                        TT-GAGC---ATGTTCA---AA-AT-TTACG-T-AGCGC-TGT-TGT-GG--TCAAC--C-ACGTTCAT-AC-CACG---A-------CC---------TT-T---A--A---GA--------CC----T-CACA-AT-G-AC--C---A----CG----CT---------ACGA----C-CT------G-----T-C-----TC------GATTTT---AGCA-A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGGTTG-TGC-TCT-GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116097                     :                                                                                                                                                                 -T--CA-T-AGTCC-TGT-CAT-GA--TTG-C--T-G---TCAC-AC-T--G---A-------TT--AC--G-TTT-C---A--A--T------------------------T-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGC----T-C-------A-----T-G-----CA------AATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-T-----GTAGTG-AAATCG-TGG-AC--AATGTGATGGGGGCTTTA
gi|116098                     :                                                                                                                                                                   --CG-T-AGCGC-GGT-CGT-G-----G-T--C-G---ACACGAC-C--A---G-------CC--AC--G-TTCAT---ACTA--CGATCTCC---AAGACTT-CACG-AC-G-AT--C---A----TG----CT---------ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-GTCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGG-TCGCAGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116099                     :                                                                                                                                                                   --CG-T-AGCGC-GGT-TGT-GG--TTG-A--C------CACGAC-C--A---G-------CC--GC--G-TTCAT---A--C--CAA--------GACC--T-CACG-AA-G-AC--CAC-C----T------T---------ACGA----C-CTGTCGTGA-----T-T-----TA------GGC-----------A-AA-ATCA-----A-A-G-A-A-A-----GTAGTA-AGGTCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116100                     :                                                                                                                                                                                     GT-GA--TTG-CAAT-G---TCCC-AC-CA-G---A-------CCC-AC--G-TTT-T---T--A--CAATTTGATAAAA----T-CACC--C---AT--C---C----CA----TTTTCTAACTTACGA----TTC-------A-----T-TAC---CA------GATCTT---G----A-AG-GTCA--TG-G-A-G-A-G-CCATAAGAATTG-AAATGG-T
gi|116101                     :                                                                                                                                                                                       -GA--TTG-C--T-G---CCAC-AC-C--T---A-------CT--AC--------------------------------------ACC-AC-G-AT--T---C----TAGATACT---------ACGA----T-T-------A-----TAT-----TATATGAAGATCTT---A----A-CG-GTCG--TG-G-A-G-A-A-C-----GTAGTA-AAATCG-TGA-AC--GGTGTGACGGGGGCTT
gi|116102                     :                                                                                                                                                                                                 --C-G---TCAT-ACAC--G---A-------CC---------TT-C---A--A---GA--------CC----T-CACG-AC-G-AC--CAGGC----TA-----T---------ACGA----C-C-------T-----G-T-----TAC-----GATTT-----------AG-GCTAAATC-A-A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGG
gi|116103                     :                                                                                                                                                                                                                                                          A--------AA----T-CACC-AC-G-AT--T---C----TA----CT---------ACGA----T--------------------------------AT--T---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AA
gi|116104                     :                                                                                                                                                                                                                                                           --------AA----T-CAACGAC-C-AT--T---C----TA----C----------ACGA----T-C-------A-----T-T------A------GATCTT---G----A-AG-GTCG--TG-G-A-G-A-G-C-----GTAGTG-AAATCG-TGG-CC--AGTGTGATGGGGGCTTT
gi|116105                     :                                                                                                                                                                                                                                                                     ----T-CACG-AC-G-AT--C---A----CG----CT---------ACGA----C-CTGTCACGA-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGTTTTA
gi|116106                     :                                                                                                                                                                                                                                                                            ACC-AC-G-AT--C---T----TA----CT---------ACGA----T-CTTG----A-----T-TTTGCCTA------AATCGT---G----ACAG-GTCG--TA-GCATG-A-T-C-----GTCGTG-AAGTCT-TGG-
gi|116107                     :                                                                                                                                                                                                                                                                               -AC-G-AA--C---C----TG----TC---------ACGA--------------A-----T-T-----TA------GGC------A----A-AA-ATCA-------A-G-A-T-C-----GTAGTA-AGATCG-TGGTCC--GGTGTGATGGGGGCTTTA
gi|116108                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGTG-AAATCG-TGG-CC--TGTGTGATGGGGGCTTTA