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Reference ( family-520 )      : ATTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
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gi|80436                      : ATTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TTC--------GG-AG
gi|80437                      : ATATTT--A-GCTTGC-C-G--G-------GAC-A-A-AT-G---TCC--------GA-AGA-GC-T-A-------TT-GT-T-A-T-GT--C--CCA--G-G-T-CTCAG-TGTCA
gi|80438                      : ATTTTG--A-GCTCAC-C-G--G-------GAC-G-ATAT-G---TC----------G-GGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GACTC--CCC--GAG-TGGTCGG-CGTCA
gi|80439                      : ATTTGA--A-GCTCGC-CAG--G-------GAC-G-A-AT-G---TCG--------AG-AGA-GC-T-ACACTGTATT-GT-C-A-T-GG--A--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80440                      : ATTTTT--A-GCTCAC-C-A--G-------GAT-G-A-AA-G---TCC--------AG-AAA-GC-T-AT------TT-AT-C-A-T-GA--C--CCC--A-G-T-GTCAG-
gi|80441                      : ATTATT--A-ATTTGC-T-G--G-------AAC-G-C-CT-G---TCC--------GT-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA------CT--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80442                      : ATTATT--A-ATTTGC-T-G--G-------AAC-G-C-CT-G---TCC--------GT-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA------CT--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80443                      : ATTTTT--A-GCTCAC-C-G--A-------GAC-A-A-A--G---TCG--------GG-AGA-GC-T-T-------AT-GC-T-A-T-AA--C--CTC--G-G-C-GTTGG-CGTC
gi|80444                      : ATTTTT--A-GCT------G--G-------GAG-G-A-AT-GAGGTCC--------G--AGA-GC-T-A-------TTTGT-G-A-T-GA--CGTCCC--G-GCT-GTCGG-CGTCA
gi|80445                      : ATTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------
gi|80446                      :  TTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGA-GC---A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80447                      :  TTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGC-GC-T-A-------TT-GT-C-G-T-GA--C--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80448                      :  TTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------AAC-G-A-AT-G---TTC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CTC--G-G-T-GTAGG-CATCA
gi|80449                      :  TTTTT--A-GCTCGC-T-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------AG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-AGT-G---C--CCC--G-G-C-GTCGG-CGTCA
gi|80450                      :  TTTTT--A-GCTCAC-CGG--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG--GA-GC-T-A-------TT-GA-C-A-T-GA-----CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80451                      :  TTTTT--A-CCTCGC-C-G--GACATGGGGAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGC-GC-TTA-------TT-GT-CCA-T-GA--C--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTC
gi|80452                      :  TTTTT--AAGCTCGC--------------GGC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GTCC-G-T-GA-----CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80453                      :  TTTTT--A-GCTCAC-C-G--G-------GAT-G-A-AT-G---TCC--------AG-GGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CCC--A-G-
gi|80454                      :  TTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-----GG--C--GTC--A-G-C-ATCAG-CGTC
gi|80455                      :  TTTTT--G-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-CT-G---TCA--------TG-AGA-GC-TAA-------TT-GT-C-A-T-GA--T--C
gi|80456                      :  TTTTT--A-GCTCAC-C-G--A-------GAG-G-A-A--G---TCG--------GG-GGA-GC-T-T-------AT-GC-T-A-T-AC--C--CCC--G-G-C-GTTGG-CGTC
gi|80457                      :   TTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-G-AT-G---TCCG-------GG-AGA-GC-T-A-------TT-TT-C-A-T-GA-----CCC--G-G-T-GTCGG-CGTC
gi|80458                      :   TTTT--A-GCTCGCTC-G--G-------GACTG-A-AT-G-----C--------GGAAGA-GC-T-A--------T-GT-C-A-T-GA--C--CCC--G-T-C-GTCGG-CGTCA
gi|80459                      :     TT--A--CTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-A-A-G--T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--A--CC-----G-TGGTCGG-CGTCA
gi|80460                      :          -GCTCGC-C-GTGG-------AAC-GGA-AT-G---TCC--------GG-A-A-GC-T-A-------TT-G--C-A-TAGA--C--CCCCCG-G-T-GTCGGCCGTCA
gi|80461                      :                                        T-G---TCT--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T--A--G--CCC--G-G-T-CTCGG-TGTCA


blockSeqs                     :       TA A      T A TG ACATGGG   T G T  A AGG   CGGAATGT  A   C  G T CACTGTA  T  C C G A  CTC     CC A A G     C
blockSeqs                     :       .  .      . G .  .         . . .  . .     G         .   .  . A T        .  . . . .  CGT     .  . C G     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  A       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  T       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  A       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  C       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  G       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  .       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  .       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  .       .  . . .     .
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  .       .  . .        
blockSeqs                     :       .  .      . . .  .         . . .  . .     .         .   .  . . .        .  . . . .  .                     
blockSeqs                     :          .      . . .  .         . . .  . .     .         .                                                     
blockSeqs                     :                                         . .     .                                                               


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
finalCons                     : ATTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA





Alignments
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lowQualScore                  :       .. .      . . .. .......   . . .  . ...   ........  .   .  . . .......  .  . . . .  .....   .. . . .     .     
lowQualScore                  :       88 3      3 6 88 2222222   3 3 3  2 222   88888888  3   3  3 7 7777777  3  3 3 3 3  00000   99 4 8 9     4     
consensus                     : ATTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
Reference ( family-520 )      : ATTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80430                      : ATTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-A--G---TCC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80431                      : ATTTTT--A--CTTGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80432                      : ATTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-A-A-AT-G---TAC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CCT--G-G-T-GTCGG-AGTCA
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gi|80434                      : ATTTTT--A-GCTCAC-C-A--G-------GAC-G-A-TT-G---TCC--------GA-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--TCC--A-G-T-GTCCG-AGTCA
gi|80435                      : ATTTTTTAA-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TTC--------GG-AGACGCGT-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CCC--G-GAT-GTCGG-
gi|80436                      : ATTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TTC--------GG-AG
gi|80437                      : ATATTT--A-GCTTGC-C-G--G-------GAC-A-A-AT-G---TCC--------GA-AGA-GC-T-A-------TT-GT-T-A-T-GT--C--CCA--G-G-T-CTCAG-TGTCA
gi|80438                      : ATTTTG--A-GCTCAC-C-G--G-------GAC-G-ATAT-G---TC----------G-GGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GACTC--CCC--GAG-TGGTCGG-CGTCA
gi|80439                      : ATTTGA--A-GCTCGC-CAG--G-------GAC-G-A-AT-G---TCG--------AG-AGA-GC-T-ACACTGTATT-GT-C-A-T-GG--A--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80440                      : ATTTTT--A-GCTCAC-C-A--G-------GAT-G-A-AA-G---TCC--------AG-AAA-GC-T-AT------TT-AT-C-A-T-GA--C--CCC--A-G-T-GTCAG-
gi|80441                      : ATTATT--A-ATTTGC-T-G--G-------AAC-G-C-CT-G---TCC--------GT-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA------CT--G-G-T-GTCGG-CGTCA
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gi|80443                      : ATTTTT--A-GCTCAC-C-G--A-------GAC-A-A-A--G---TCG--------GG-AGA-GC-T-T-------AT-GC-T-A-T-AA--C--CTC--G-G-C-GTTGG-CGTC
gi|80444                      : ATTTTT--A-GCT------G--G-------GAG-G-A-AT-GAGGTCC--------G--AGA-GC-T-A-------TTTGT-G-A-T-GA--CGTCCC--G-GCT-GTCGG-CGTCA
gi|80445                      : ATTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------
gi|80446                      :  TTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGA-GC---A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80447                      :  TTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGC-GC-T-A-------TT-GT-C-G-T-GA--C--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80448                      :  TTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------AAC-G-A-AT-G---TTC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CTC--G-G-T-GTAGG-CATCA
gi|80449                      :  TTTTT--A-GCTCGC-T-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------AG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-AGT-G---C--CCC--G-G-C-GTCGG-CGTCA
gi|80450                      :  TTTTT--A-GCTCAC-CGG--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG--GA-GC-T-A-------TT-GA-C-A-T-GA-----CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80451                      :  TTTTT--A-CCTCGC-C-G--GACATGGGGAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGC-GC-TTA-------TT-GT-CCA-T-GA--C--CCC--G-G-T-GTCGG-CGTC
gi|80452                      :  TTTTT--AAGCTCGC--------------GGC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GTCC-G-T-GA-----CCC--G-G-T-GTCGG-CGTCA
gi|80453                      :  TTTTT--A-GCTCAC-C-G--G-------GAT-G-A-AT-G---TCC--------AG-GGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--C--CCC--A-G-
gi|80454                      :  TTTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-----GG--C--GTC--A-G-C-ATCAG-CGTC
gi|80455                      :  TTTTT--G-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-CT-G---TCA--------TG-AGA-GC-TAA-------TT-GT-C-A-T-GA--T--C
gi|80456                      :  TTTTT--A-GCTCAC-C-G--A-------GAG-G-A-A--G---TCG--------GG-GGA-GC-T-T-------AT-GC-T-A-T-AC--C--CCC--G-G-C-GTTGG-CGTC
gi|80457                      :   TTTT--A-GCTCGC-C-G--G-------GAC-G-G-AT-G---TCCG-------GG-AGA-GC-T-A-------TT-TT-C-A-T-GA-----CCC--G-G-T-GTCGG-CGTC
gi|80458                      :   TTTT--A-GCTCGCTC-G--G-------GACTG-A-AT-G-----C--------GGAAGA-GC-T-A--------T-GT-C-A-T-GA--C--CCC--G-T-C-GTCGG-CGTCA
gi|80459                      :     TT--A--CTCGC-C-G--G-------GAC-G-A-AT-G---TCC--------GG-A-A-G--T-A-------TT-GT-C-A-T-GA--A--CC-----G-TGGTCGG-CGTCA
gi|80460                      :          -GCTCGC-C-GTGG-------AAC-GGA-AT-G---TCC--------GG-A-A-GC-T-A-------TT-G--C-A-TAGA--C--CCCCCG-G-T-GTCGGCCGTCA
gi|80461                      :                                        T-G---TCT--------GG-AGA-GC-T-A-------TT-GT-C-A-T--A--G--CCC--G-G-T-CTCGG-TGTCA