lowQualScore                  :      5555    0 11 11 000    1  0   0   0 88888888  11  111111 0  0 11  111111 2   0   0 11 111111    0  1 0   0 0  00 0      
lowQualScore                  :      ....    . .. .. ...    .  .   .   . ........  ..  ...... .  . ..  ...... .   .   . .. ......    .  . .   . .  .. .      
lowQualScore                  :      1111    4 44 00 777    2  4   4   4 55555555  00  222222 4  8 00  666666 0   4   4 00 777777    4  2 8   4 4  66 4      
consensus                     : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
Reference ( gi|53704 )        : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-G------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53705                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GG------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53706                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACT-G-TA--T-CATAC
gi|53713                      : TGTAC---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------T-TTTCCCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53714                      : TGTAT---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGA-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CTTACA
gi|53707                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TCA-C--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53711                      : TGTAG---ACGTA-A--T--G---GTTT-CC-GGA-CTC-T-T------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TCT-CCA-C--T------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATACA
gi|53708                      : TGTAC---ATGCA-A--T--G---ATTT-CC-GGG-CTC-T-A------GA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATACA
gi|53717                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-AGA-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CTA-C--C------TGGA-GT-C-ATC-A-TA--T-CGTACA
gi|53720                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-TAC-T-A------AA--GT------G-GT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53723                      : TGTAC---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C---T-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53709                      : TGTAG---ACGCA-A--T--A---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TCA-C--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53719                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-TT-TGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------CAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53718                      : TGTAG---GTGCA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-ATC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53712                      : TGTAA---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TCA-C--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCAC
gi|53716                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CAC-C-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGG-GT-A-ACC-A-TA--T-TTTACA
gi|53727                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-TT-GG--CTC-T-A------AA--AT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53728                      : TATAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTA-T-G------AA--GT------A-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGTACA
gi|53721                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-T--G------TAGA-GT-T-ACT-A-TA--T-TAAACA
gi|53732                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CAA-C--CCA----TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-
gi|53735                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTA-T-A------AA--GT------G-TC-A--TC------C-TTT-CCG-C--C------TAGA-GT-C-ACT-A-T
gi|53753                      : TGTAT---ACGCA-A--T--G---GTCT-TC-AAG-CTC-T-A------AA--GT------G-TTTA--TC------C-TTT-CCA-T--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-CATACAtgttacata
gi|53739                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------GTTT-A--TC------C-TTT-CCA----C------TAGA-GT-TAACC-A-TA--T-
gi|53734                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GG--CTA-T-A------AA--GT------G-TC-A--TC------C-TTT-CCG-C--C------TAGA-GT-C-A-C-A-TA--T-TGTACAt
gi|53744                      : TGTAG---GTGCA-A--T--G---GTTT-TT-GG--CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CTA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATA
gi|53742                      : TGTAG---GTGCA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-T--TC------C-TTT-CCA-C--T------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T--ATA
gi|53743                      : TGTAG---GTGGA-A--T--G---GTTC-TT-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53755                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-TTG-T-A------CA--GC------A-TT-AA-GC------C-TTT-CTA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53729                      : TATAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTA-T-G------AA--GT------A-TT-A--TC------C-TTT--CA-C--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGTACA
gi|53757                      : TGTCG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTG-T-G------AA--GT------C-TT-A--TC------C-TTT-CCA-CCTC------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGTA
gi|53725                      : TGTCG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-ATG-ATC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------A-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-T-ACC-A-TA--T-CATATA
gi|53754                      : TATAG---ACGCA-G--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-C------AA--GT------T-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-AA--T-
gi|53740                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-CAG-CTC-T-A------AA--TT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAAA-GT-A-ACC-A-TA--T-
gi|53758                      : TGTAG---ACAGA-A--T--G---GTTC-CCAGGG-CTT-T-A------AAAAGT------G-TT-A--GC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATGCAt
gi|53747                      : TGTAG---ATATA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-T------C------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53746                      : TGTAG---ATATA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-T------C------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53759                      : TGTAG---TCGCA-A--T--A---GATT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT--TA-C--C------TAGA-GT-A-ACA-A-TA--T-CATACA
gi|53710                      : TGTAG----CAGG-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TT------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-AT-C-ACC-A-CA--T-CAT
gi|53750                      : TGTAG---ACGCA-T--T--G---GTTT-CC-GGG-CTT-T--------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT---AAC-A-TA--T-TGCACA
gi|53751                      : TGT-G---ACGCA-AA-T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGT-GT-A-ACC-A-TA-----ATGCA
gi|53766                      : TGTAG---ACAGA-A--T--G---GTTC-CC-AGA-CTT-T---------A--GT------G-TT-A--GC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATGCAca
gi|53730                      : TGTAG---ACGCA-A--T--A---GTGT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TCCTTAAGC-TTT-CTA-C--C------TAGA-TT-C-ACC-A-CA--T-CATACA
gi|53724                      : TGTAG---ATGCA-A-----G---GTTT-CC-GG--CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TCA-C--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-
gi|53752                      : TATAA---ATACA-A--T--G---ACTT-CC-AGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TA------C-TTT-CTA-C--C------TAGA-GT-C-ATC-A-TA--T-TATACAtgcgca
gi|53765                      : TGTAG---ACGCA----T--G---GTGT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GC------G-AT-A--TC------C-TTT-CCA-C--CTACATGTAGA-GT-C-ACC-A-TA--G-CACACA
gi|53733                      : TGTAG---AC-CA-A--T--G---GTT--CA-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-CCA-C--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53768                      : TGTAA---ACAGA-A--T--G---TTTT-CC-AGG-CAT-T-A------AA--GT------G-TT-A--GC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-T-ACC-A-TA--T-CATGCA
gi|53748                      : TGTAG---ATACA-A--T--G---GTTT-CC-TAG-CTC-T-A------AA--AT------G-TT-G--GC------C-TTT-CCA-A--C------TAAA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATTCA
gi|53769                      : TGTTG---ACGCA-A--T--G---GTTT-AT-GGG-CTC-T-G------AC--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT---ATC-A-AA--T-TAT
gi|53770                      : TGTAG---ACTGA-A--T--G---GTTC-CC-AGG-CTT-T-A------AA--GT------G-TT-A--GC------A-TTT-CCA-C--C------TAGA-GA-C-ACC-A-TA--T-CAAACA
gi|53764                      : TGTAG---ACACA-A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-A-A------AT--GT------G-CT-T--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--
gi|53767                      : TGTAG---ACACA-A--T--G---GTTT-CC-TGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-G--TC------C-TTT-CTA-C--C------TAGA-G
gi|53763                      : TGTAGCTAACGCA-A--G--G---GTTT-CC-GGGACTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT--CA-C--C------TAGA-GTAA-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53736                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-C---GG-CTA-T-A------AA--GT------G-TC-A--TC------CTTTT-CCG-C--C------TAGA-GT-C-ACT-A-TT--TACATA
gi|53851                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GG------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53852                      :  GTAG---ATCCA-A--T--G---GTTT-TG-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53858                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-TC-GGA-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53860                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CACA
gi|53853                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-TTA------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACT-A-TA--T-CATACA
gi|53863                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-T--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53854                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TTTA--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TATGT-CATACA
gi|53855                      :  GTAG---ATGCA-AA-T--G---GTT--CC-GGG-CTC-T-A------AA--GA------G-TT-A--TT------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATACA
gi|53856                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--T------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--C-TATGCA
gi|53861                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--
gi|53874                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------CATA-GT-C-ACC-A-TA--A-CATACA
gi|53866                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CTA-CT-C------TAGA-GTAC-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53864                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AAA-GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TGGA-GT-C-A-C-A-TA--T-CATACA
gi|53873                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-T
gi|53865                      :  GTAGT--ACAAA-A--TC-G---GTTT-CC-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53879                      :  GTAG----CAAA-A--T--A---GTTT-CC-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CAA-C--T------TAGA-GT-C-ACC-A-CA--T-CATACA
gi|53876                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTTTCC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TCT-----C-TTT-CCA----C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATA
gi|53878                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TCT-CTA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TG--T-
gi|53862                      :  GTAGG--ACGCAGA--T--G---GTTT-CC-GGG-CTCTT-A------AA--GT--------TT-A--TC------C-TTT-CAA-C--C------TAGATTT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53882                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTC-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT--------TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-T
gi|53912                      :   TAG---ATGCA-G--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--T------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--T-GATACttat
gi|53914                      :   TAG---ACGCA-A--T--G---GTTTTCC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-CCA-C--C------TAG--GTAA-ACA-A-TA--T-TGCACA
gi|53938                      :     G---ACGAA-A--T--G---GTTT-TC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-A-ACA-A-TA--T-TGCACA
gi|53944                      :          CGCA-A--TTTG---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------GA--GA------A-TC-A--TT------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53946                      :           GCA-AAGT--G---GTTT-CC-GG--CTC-T-G------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53953                      :           GCA-A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TA------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-AT-C-ACCAA-TA--T-CATACA
gi|53978                      :            CA-A--T--A---GTTT-CC-GGG-ATC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-ACTA--T-CATACA
gi|53975                      :            CA-A--T--GAAGGTTT-CC-GGG-CTC-TAA------AA--GT------G-TT-A---C------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53979                      :            CA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TAA-T--C------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53986                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53992                      :             A-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAAA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53998                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CT-----------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53987                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GTTTAAGAG-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53993                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-AGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATATA
gi|54003                      :             A-A--T--G---GTTTTCC-GGC-CTC-T-A------AC--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCAAC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53990                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-TTA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-
gi|53985                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGT-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TCA-C--C------TAGA-GT-C-AAT-A-TA--T-TTTACA
gi|54050                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GTG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------T-TTT-CCA-C--C------TACA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54037                      :              -A--T--G---GTTT-CC-AGG-TTC-T--------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAAA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54060                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------GA--GC------A-TT-A--TT------C-TTT-CCA-C--G------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54038                      :              -A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-A------GA--GC------A-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CAT
gi|54065                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-AGCTATAAA--GC------A-TT-A--TC------C-TTT-CTA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54049                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CTA-C--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-
gi|54058                      :              -A--T--G---GTTT-CC-AGG-CCC-T-A------GA--GC------G-TT-A--TA------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TG--T-TATACAt
gi|54174                      :                --T--G---GTTT-TC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-ATTTC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-CAACC-A-TA--T-CATACA
gi|54189                      :                   --G---GTTT-CC-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCA-C--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TGCACA





Alignments
lowQualScore                  :      4444    0 11 11 000    1  0   0   0 0 111111  11  111111 0  0 11  111111 2   0  0  00 111111    0  1 0   0 0  00 0      
lowQualScore                  :      ....    . .. .. ...    .  .   .   . . ......  ..  ...... .  . ..  ...... .   .  .  .. ......    .  . .   . .  .. .      
lowQualScore                  :      9999    4 44 00 777    2  4   4   4 8 222222  00  222222 4  8 00  666666 0   4  4  99 777777    4  2 8   4 4  66 4      
consensus                     : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
Reference ( family-52 )       : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53704                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-G------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53705                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GG------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53706                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACT-G-TA--T-CATAC
gi|53707                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53708                      : TGTAC---ATGCA-A--T--G---ATTT-CC-GGG-CTC-T-A------GA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATACA
gi|53709                      : TGTAG---ACGCA-A--T--A---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53710                      : TGTAG----CAGG-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TT------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-AT-C-ACC-A-CA--T-CAT
gi|53711                      : TGTAG---ACGTA-A--T--G---GTTT-CC-GGA-CTC-T-T------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TCT-CC-AC--T------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATACA
gi|53712                      : TGTAA---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCAC
gi|53713                      : TGTAC---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------T-TTTCCC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53714                      : TGTAT---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGA-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CTTACA
gi|53716                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CAC-C-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGG-GT-A-ACC-A-TA--T-TTTACA
gi|53717                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-AGA-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CT-AC--C------TGGA-GT-C-ATC-A-TA--T-CGTACA
gi|53718                      : TGTAG---GTGCA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-ATC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53719                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-TT-TGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------CAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53720                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-TAC-T-A------AA--GT------G-GT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53721                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AT--G------TAGA-GT-T-ACT-A-TA--T-TAAACA
gi|53723                      : TGTAC---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C---T-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53724                      : TGTAG---ATGCA-A-----G---GTTT-CC-GG--CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-
gi|53725                      : TGTCG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-ATG-ATC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------A-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-T-ACC-A-TA--T-CATATAtgcgca
gi|53727                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-TT-GG--CTC-T-A------AA--AT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53728                      : TATAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTA-T-G------AA--GT------A-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGTACA
gi|53729                      : TATAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTA-T-G------AA--GT------A-TT-A--TC------C-TTT--C-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGTACA
gi|53730                      : TGTAG---ACGCA-A--T--A---GTGT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TCCTTAAGC-TTT-CT-AC--C------TAGA-TT-C-ACC-A-CA--T-CATACA
gi|53732                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CA-AC--CCA----TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-
gi|53733                      : TGTAG---AC-CA-A--T--G---GTT--CA-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-CC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53734                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GG--CTA-T-A------AA--GT------G-TC-A--TC------C-TTT-CC-GC--C------TAGA-GT-C-A-C-A-TA--T-TGTACA
gi|53735                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTA-T-A------AA--GT------G-TC-A--TC------C-TTT-CC-GC--C------TAGA-GT-C-ACT-A-T
gi|53736                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-C---GG-CTA-T-A------AA--GT------G-TC-A--TC------CTTTT-CC-GC--C------TAGA-GT-C-ACT-A-TT--TACATAtgttacata
gi|53739                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------GTTT-A--TC------C-TTT-CC-A---C------TAGA-GT-TAACC-A-TA--T-
gi|53740                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-CAG-CTC-T-A------AA--TT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAAA-GT-A-ACC-A-TA--T-t
gi|53742                      : TGTAG---GTGCA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-T--TC------C-TTT-CC-AC--T------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T--ATAt
gi|53743                      : TGTAG---GTGGA-A--T--G---GTTC-TT-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53744                      : TGTAG---GTGCA-A--T--G---GTTT-TT-GG--CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATA
gi|53746                      : TGTAG---ATATA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-T------C------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53747                      : TGTAG---ATATA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-T------C------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53748                      : TGTAG---ATACA-A--T--G---GTTT-CC-TAG-CTC-T-A------AA--AT------G-TT-G--GC------C-TTT-CC-AA--C------TAAA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATTCA
gi|53750                      : TGTAG---ACGCA-T--T--G---GTTT-CC-GGG-CTT-T-A------A---GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT---AAC-A-TA--T-TGCACA
gi|53751                      : TGT-G---ACGCA-AA-T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGT-GT-A-ACC-A-TA-----ATGCA
gi|53752                      : TATAA---ATACA-A--T--G---ACTT-CC-AGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TA------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ATC-A-TA--T-TATACAca
gi|53753                      : TGTAT---ACGCA-A--T--G---GTCT-TC-AAG-CTC-T-A------AA--GT------G-TTTA--TC------C-TTT-CC-AT--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53754                      : TATAG---ACGCA-G--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-C------AA--GT------T-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-AA--T-
gi|53755                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-TTG-T-A------CA--GC------A-TT-AA-GC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53757                      : TGTCG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTG-T-G------AA--GT------C-TT-A--TC------C-TTT-CC-ACCTC------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGTA
gi|53758                      : TGTAG---ACAGA-A--T--G---GTTC-CCAGGG-CTT-T-A------AAAAGT------G-TT-A--GC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATGCA
gi|53759                      : TGTAG---TCGCA-A--T--A---GATT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT--T-AC--C------TAGA-GT-A-ACA-A-TA--T-CATACA
gi|53763                      : TGTAGCTAACGCA-A--G--G---GTTT-CC-GGGACTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT--C-AC--C------TAGA-GTAA-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53764                      : TGTAG---ACACA-A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-A-A------AT--GT------G-CT-T--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--
gi|53765                      : TGTAG---ACGCA----T--G---GTGT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GC------G-AT-A--TC------C-TTT-CC-AC--CTACATGTAGA-GT-C-ACC-A-TA--G-CACACA
gi|53766                      : TGTAG---ACAGA-A--T--G---GTTC-CC-AGA-CTT-T-A----------GT------G-TT-A--GC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATGCA
gi|53767                      : TGTAG---ACACA-A--T--G---GTTT-CC-TGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-G--TC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-G
gi|53768                      : TGTAA---ACAGA-A--T--G---TTTT-CC-AGG-CAT-T-A------AA--GT------G-TT-A--GC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-T-ACC-A-TA--T-CATGCA
gi|53769                      : TGTTG---ACGCA-A--T--G---GTTT-AT-GGG-CTC-T-G------AC--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT---ATC-A-AA--T-TAT
gi|53770                      : TGTAG---ACTGA-A--T--G---GTTC-CC-AGG-CTT-T-A------AA--GT------G-TT-A--GC------A-TTT-CC-AC--C------TAGA-GA-C-ACC-A-TA--T-CAAACA
gi|53851                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GG------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53852                      :  GTAG---ATCCA-A--T--G---GTTT-TG-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53853                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-TTA------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACT-A-TA--T-CATACA
gi|53854                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TTTA--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TATGT-CATACA
gi|53855                      :  GTAG---ATGCA-AA-T--G---GTT--CC-GGG-CTC-T-A------AA--GA------G-TT-A--TT------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATACA
gi|53856                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--T------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--C-TATGCA
gi|53858                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-TC-GGA-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53860                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CACA
gi|53861                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--
gi|53862                      :  GTAGG--ACGCAGA--T--G---GTTT-CC-GGG-CTCTT-A------AA--GT--------TT-A--TC------C-TTT-CA-AC--C------TAGATTT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53863                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-T--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53864                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AAA-GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TGGA-GT-C-A-C-A-TA--T-CATACA
gi|53865                      :  GTAGT--ACAAA-A--TC-G---GTTT-CC-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53866                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CT-ACT-C------TAGA-GTAC-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53873                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-T
gi|53874                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------CATA-GT-C-ACC-A-TA--A-CATACA
gi|53876                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTTTCC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TCT-----C-TTT-CC-A---C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATA
gi|53878                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TCT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TG--T-
gi|53879                      :  GTAG----CAAA-A--T--A---GTTT-CC-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CA-AC--T------TAGA-GT-C-ACC-A-CA--T-CATACA
gi|53882                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTC-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT--------TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-T
gi|53912                      :   TAG---ATGCA-G--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--T------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--T-GATACttat
gi|53914                      :   TAG---ACGCA-A--T--G---GTTTTCC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-CC-AC--C------TAG--GTAA-ACA-A-TA--T-TGCACA
gi|53938                      :     G---ACGAA-A--T--G---GTTT-TC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-A-ACA-A-TA--T-TGCACA
gi|53944                      :          CGCA-A--TTTG---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------GA--GA------A-TC-A--TT------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53946                      :           GCA-AAGT--G---GTTT-CC-GG--CTC-T-G------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53953                      :           GCA-A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TA------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-AT-C-ACCAA-TA--T-CATACA
gi|53975                      :            CA-A--T--GAAGGTTT-CC-GGG-CTC-TAA------AA--GT------G-TT-A---C------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53978                      :            CA-A--T--A---GTTT-CC-GGG-ATC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-ACTA--T-CATACA
gi|53979                      :            CA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TA-AT--C------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53985                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGT-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-C-AAT-A-TA--T-TTTACA
gi|53986                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53987                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GTTTAAGAG-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53990                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-TT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-
gi|53992                      :             A-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAAA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53993                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-AGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATATA
gi|53998                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CT-----------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54003                      :             A-A--T--G---GTTTTCC-GGC-CTC-T-A------AC--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCAAC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54037                      :              -A--T--G---GTTT-CC-AGG-TTC-T-A------A---GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAAA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54038                      :              -A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-A------GA--GC------A-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CAT
gi|54049                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-
gi|54050                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GTG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------T-TTT-CC-AC--C------TACA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACAt
gi|54058                      :              -A--T--G---GTTT-CC-AGG-CCC-T-A------GA--GC------G-TT-A--TA------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TG--T-TATACA
gi|54060                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------GA--GC------A-TT-A--TT------C-TTT-CC-AC--G------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54065                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-AGCTATAAA--GC------A-TT-A--TC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54174                      :                --T--G---GTTT-TC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-ATTTC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-CAACC-A-TA--T-CATACA
gi|54189                      :                   --G---GTTT-CC-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TGCACA





Alignments
lowQualScore                  :      4444    0 11 11 000    1  0   0   0 0 111111  11  111111 0  0 11  111111 2   0  0  00 111111    0  1 0   0 0  00 0      
lowQualScore                  :      ....    . .. .. ...    .  .   .   . . ......  ..  ...... .  . ..  ...... .   .  .  .. ......    .  . .   . .  .. .      
lowQualScore                  :      9999    4 44 00 777    2  4   4   4 8 222222  00  222222 4  8 00  666666 0   4  4  99 777777    4  2 8   4 4  66 4      
consensus                     : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
Reference ( family-52 )       : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53704                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-G------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53705                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GG------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53706                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACT-G-TA--T-CATAC
gi|53707                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53708                      : TGTAC---ATGCA-A--T--G---ATTT-CC-GGG-CTC-T-A------GA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATACA
gi|53709                      : TGTAG---ACGCA-A--T--A---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53710                      : TGTAG----CAGG-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TT------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-AT-C-ACC-A-CA--T-CAT
gi|53711                      : TGTAG---ACGTA-A--T--G---GTTT-CC-GGA-CTC-T-T------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TCT-CC-AC--T------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATACA
gi|53712                      : TGTAA---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCAC
gi|53713                      : TGTAC---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------T-TTTCCC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53714                      : TGTAT---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGA-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CTTACA
gi|53716                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CAC-C-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGG-GT-A-ACC-A-TA--T-TTTACA
gi|53717                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-AGA-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CT-AC--C------TGGA-GT-C-ATC-A-TA--T-CGTACA
gi|53718                      : TGTAG---GTGCA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-ATC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53719                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-TT-TGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------CAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53720                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-TAC-T-A------AA--GT------G-GT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53721                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AT--G------TAGA-GT-T-ACT-A-TA--T-TAAACA
gi|53723                      : TGTAC---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C---T-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53724                      : TGTAG---ATGCA-A-----G---GTTT-CC-GG--CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-
gi|53725                      : TGTCG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-ATG-ATC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------A-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-T-ACC-A-TA--T-CATATAtgcgca
gi|53727                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-TT-GG--CTC-T-A------AA--AT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53728                      : TATAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTA-T-G------AA--GT------A-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGTACA
gi|53729                      : TATAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTA-T-G------AA--GT------A-TT-A--TC------C-TTT--C-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGTACA
gi|53730                      : TGTAG---ACGCA-A--T--A---GTGT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TCCTTAAGC-TTT-CT-AC--C------TAGA-TT-C-ACC-A-CA--T-CATACA
gi|53732                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CA-AC--CCA----TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-
gi|53733                      : TGTAG---AC-CA-A--T--G---GTT--CA-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-CC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53734                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GG--CTA-T-A------AA--GT------G-TC-A--TC------C-TTT-CC-GC--C------TAGA-GT-C-A-C-A-TA--T-TGTACA
gi|53735                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTA-T-A------AA--GT------G-TC-A--TC------C-TTT-CC-GC--C------TAGA-GT-C-ACT-A-T
gi|53736                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-C---GG-CTA-T-A------AA--GT------G-TC-A--TC------CTTTT-CC-GC--C------TAGA-GT-C-ACT-A-TT--TACATAtgttacata
gi|53739                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------GTTT-A--TC------C-TTT-CC-A---C------TAGA-GT-TAACC-A-TA--T-
gi|53740                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-CAG-CTC-T-A------AA--TT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAAA-GT-A-ACC-A-TA--T-t
gi|53742                      : TGTAG---GTGCA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-T--TC------C-TTT-CC-AC--T------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T--ATAt
gi|53743                      : TGTAG---GTGGA-A--T--G---GTTC-TT-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53744                      : TGTAG---GTGCA-A--T--G---GTTT-TT-GG--CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATA
gi|53746                      : TGTAG---ATATA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-T------C------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53747                      : TGTAG---ATATA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-T------C------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53748                      : TGTAG---ATACA-A--T--G---GTTT-CC-TAG-CTC-T-A------AA--AT------G-TT-G--GC------C-TTT-CC-AA--C------TAAA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATTCA
gi|53750                      : TGTAG---ACGCA-T--T--G---GTTT-CC-GGG-CTT-T-A------A---GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT---AAC-A-TA--T-TGCACA
gi|53751                      : TGT-G---ACGCA-AA-T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGT-GT-A-ACC-A-TA-----ATGCA
gi|53752                      : TATAA---ATACA-A--T--G---ACTT-CC-AGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TA------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ATC-A-TA--T-TATACAca
gi|53753                      : TGTAT---ACGCA-A--T--G---GTCT-TC-AAG-CTC-T-A------AA--GT------G-TTTA--TC------C-TTT-CC-AT--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53754                      : TATAG---ACGCA-G--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-C------AA--GT------T-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-AA--T-
gi|53755                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-TTG-T-A------CA--GC------A-TT-AA-GC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53757                      : TGTCG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTG-T-G------AA--GT------C-TT-A--TC------C-TTT-CC-ACCTC------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGTA
gi|53758                      : TGTAG---ACAGA-A--T--G---GTTC-CCAGGG-CTT-T-A------AAAAGT------G-TT-A--GC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATGCA
gi|53759                      : TGTAG---TCGCA-A--T--A---GATT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT--T-AC--C------TAGA-GT-A-ACA-A-TA--T-CATACA
gi|53763                      : TGTAGCTAACGCA-A--G--G---GTTT-CC-GGGACTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT--C-AC--C------TAGA-GTAA-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53764                      : TGTAG---ACACA-A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-A-A------AT--GT------G-CT-T--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--
gi|53765                      : TGTAG---ACGCA----T--G---GTGT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GC------G-AT-A--TC------C-TTT-CC-AC--CTACATGTAGA-GT-C-ACC-A-TA--G-CACACA
gi|53766                      : TGTAG---ACAGA-A--T--G---GTTC-CC-AGA-CTT-T-A----------GT------G-TT-A--GC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATGCA
gi|53767                      : TGTAG---ACACA-A--T--G---GTTT-CC-TGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-G--TC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-G
gi|53768                      : TGTAA---ACAGA-A--T--G---TTTT-CC-AGG-CAT-T-A------AA--GT------G-TT-A--GC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-T-ACC-A-TA--T-CATGCA
gi|53769                      : TGTTG---ACGCA-A--T--G---GTTT-AT-GGG-CTC-T-G------AC--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT---ATC-A-AA--T-TAT
gi|53770                      : TGTAG---ACTGA-A--T--G---GTTC-CC-AGG-CTT-T-A------AA--GT------G-TT-A--GC------A-TTT-CC-AC--C------TAGA-GA-C-ACC-A-TA--T-CAAACA
gi|53851                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GG------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53852                      :  GTAG---ATCCA-A--T--G---GTTT-TG-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53853                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-TTA------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACT-A-TA--T-CATACA
gi|53854                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TTTA--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TATGT-CATACA
gi|53855                      :  GTAG---ATGCA-AA-T--G---GTT--CC-GGG-CTC-T-A------AA--GA------G-TT-A--TT------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATACA
gi|53856                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--T------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--C-TATGCA
gi|53858                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-TC-GGA-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53860                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CACA
gi|53861                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--
gi|53862                      :  GTAGG--ACGCAGA--T--G---GTTT-CC-GGG-CTCTT-A------AA--GT--------TT-A--TC------C-TTT-CA-AC--C------TAGATTT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53863                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-T--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53864                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AAA-GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TGGA-GT-C-A-C-A-TA--T-CATACA
gi|53865                      :  GTAGT--ACAAA-A--TC-G---GTTT-CC-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53866                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CT-ACT-C------TAGA-GTAC-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53873                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-T
gi|53874                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------CATA-GT-C-ACC-A-TA--A-CATACA
gi|53876                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTTTCC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TCT-----C-TTT-CC-A---C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATA
gi|53878                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TCT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TG--T-
gi|53879                      :  GTAG----CAAA-A--T--A---GTTT-CC-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CA-AC--T------TAGA-GT-C-ACC-A-CA--T-CATACA
gi|53882                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTC-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT--------TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-T
gi|53912                      :   TAG---ATGCA-G--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--T------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--T-GATACttat
gi|53914                      :   TAG---ACGCA-A--T--G---GTTTTCC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-CC-AC--C------TAG--GTAA-ACA-A-TA--T-TGCACA
gi|53938                      :     G---ACGAA-A--T--G---GTTT-TC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-A-ACA-A-TA--T-TGCACA
gi|53944                      :          CGCA-A--TTTG---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------GA--GA------A-TC-A--TT------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53946                      :           GCA-AAGT--G---GTTT-CC-GG--CTC-T-G------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53953                      :           GCA-A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TA------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-AT-C-ACCAA-TA--T-CATACA
gi|53975                      :            CA-A--T--GAAGGTTT-CC-GGG-CTC-TAA------AA--GT------G-TT-A---C------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53978                      :            CA-A--T--A---GTTT-CC-GGG-ATC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-ACTA--T-CATACA
gi|53979                      :            CA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TA-AT--C------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53985                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGT-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-C-AAT-A-TA--T-TTTACA
gi|53986                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53987                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GTTTAAGAG-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53990                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-TT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-
gi|53992                      :             A-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAAA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53993                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-AGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATATA
gi|53998                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CT-----------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54003                      :             A-A--T--G---GTTTTCC-GGC-CTC-T-A------AC--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCAAC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54037                      :              -A--T--G---GTTT-CC-AGG-TTC-T-A------A---GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAAA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54038                      :              -A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-A------GA--GC------A-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CAT
gi|54049                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-
gi|54050                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GTG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------T-TTT-CC-AC--C------TACA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACAt
gi|54058                      :              -A--T--G---GTTT-CC-AGG-CCC-T-A------GA--GC------G-TT-A--TA------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TG--T-TATACA
gi|54060                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------GA--GC------A-TT-A--TT------C-TTT-CC-AC--G------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54065                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-AGCTATAAA--GC------A-TT-A--TC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54174                      :                --T--G---GTTT-TC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-ATTTC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-CAACC-A-TA--T-CATACA
gi|54189                      :                   --G---GTTT-CC-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TGCACA


blockSeqs                     :      CTAA      AG           T              GCTATA      TTAAGA          CTTAAG T            TACATG       A
blockSeqs                     :      GA        A            T              .           .               T      T            CA           A
blockSeqs                     :      TA        A            T              .           .               .      T            .            A
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      T            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      T            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      G         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      G         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      G         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      G         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      T         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      A         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :      .         .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                .            .              .           .               .      .            .            .
blockSeqs                     :                             .              .           .               .      .            .             


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
finalCons                     : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA





Alignments
lowQualScore                  :      4444    0 11 11 000    1  0   0   0 0 111111  11  111111 0  0 11  111111 2   0  0  00 111111    0  1 0   0 0  00 0      
lowQualScore                  :      ....    . .. .. ...    .  .   .   . . ......  ..  ...... .  . ..  ...... .   .  .  .. ......    .  . .   . .  .. .      
lowQualScore                  :      9999    4 44 00 777    2  4   4   4 8 222222  00  222222 4  8 00  666666 0   4  4  99 777777    4  2 8   4 4  66 4      
consensus                     : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
Reference ( family-52 )       : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53704                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-G------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53705                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GG------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53706                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACT-G-TA--T-CATAC
gi|53707                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53708                      : TGTAC---ATGCA-A--T--G---ATTT-CC-GGG-CTC-T-A------GA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATACA
gi|53709                      : TGTAG---ACGCA-A--T--A---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53710                      : TGTAG----CAGG-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TT------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-AT-C-ACC-A-CA--T-CAT
gi|53711                      : TGTAG---ACGTA-A--T--G---GTTT-CC-GGA-CTC-T-T------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TCT-CC-AC--T------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATACA
gi|53712                      : TGTAA---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCAC
gi|53713                      : TGTAC---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------T-TTTCCC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53714                      : TGTAT---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGA-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CTTACA
gi|53716                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CAC-C-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGG-GT-A-ACC-A-TA--T-TTTACA
gi|53717                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-AGA-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CT-AC--C------TGGA-GT-C-ATC-A-TA--T-CGTACA
gi|53718                      : TGTAG---GTGCA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-ATC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53719                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-TT-TGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------CAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53720                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-TAC-T-A------AA--GT------G-GT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53721                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AT--G------TAGA-GT-T-ACT-A-TA--T-TAAACA
gi|53723                      : TGTAC---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C---T-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53724                      : TGTAG---ATGCA-A-----G---GTTT-CC-GG--CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-
gi|53725                      : TGTCG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CC-ATG-ATC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------A-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-T-ACC-A-TA--T-CATATAtgcgca
gi|53727                      : TGTAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-TT-GG--CTC-T-A------AA--AT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53728                      : TATAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTA-T-G------AA--GT------A-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGTACA
gi|53729                      : TATAG---ATGCA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTA-T-G------AA--GT------A-TT-A--TC------C-TTT--C-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGTACA
gi|53730                      : TGTAG---ACGCA-A--T--A---GTGT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TCCTTAAGC-TTT-CT-AC--C------TAGA-TT-C-ACC-A-CA--T-CATACA
gi|53732                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CA-AC--CCA----TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-
gi|53733                      : TGTAG---AC-CA-A--T--G---GTT--CA-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-CC-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53734                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GG--CTA-T-A------AA--GT------G-TC-A--TC------C-TTT-CC-GC--C------TAGA-GT-C-A-C-A-TA--T-TGTACA
gi|53735                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTA-T-A------AA--GT------G-TC-A--TC------C-TTT-CC-GC--C------TAGA-GT-C-ACT-A-T
gi|53736                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-C---GG-CTA-T-A------AA--GT------G-TC-A--TC------CTTTT-CC-GC--C------TAGA-GT-C-ACT-A-TT--TACATAtgttacata
gi|53739                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------GTTT-A--TC------C-TTT-CC-A---C------TAGA-GT-TAACC-A-TA--T-
gi|53740                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-CAG-CTC-T-A------AA--TT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAAA-GT-A-ACC-A-TA--T-t
gi|53742                      : TGTAG---GTGCA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-T--TC------C-TTT-CC-AC--T------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T--ATAt
gi|53743                      : TGTAG---GTGGA-A--T--G---GTTC-TT-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53744                      : TGTAG---GTGCA-A--T--G---GTTT-TT-GG--CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATA
gi|53746                      : TGTAG---ATATA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-T------C------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53747                      : TGTAG---ATATA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-T------C------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53748                      : TGTAG---ATACA-A--T--G---GTTT-CC-TAG-CTC-T-A------AA--AT------G-TT-G--GC------C-TTT-CC-AA--C------TAAA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATTCA
gi|53750                      : TGTAG---ACGCA-T--T--G---GTTT-CC-GGG-CTT-T-A------A---GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT---AAC-A-TA--T-TGCACA
gi|53751                      : TGT-G---ACGCA-AA-T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGT-GT-A-ACC-A-TA-----ATGCA
gi|53752                      : TATAA---ATACA-A--T--G---ACTT-CC-AGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TA------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ATC-A-TA--T-TATACAca
gi|53753                      : TGTAT---ACGCA-A--T--G---GTCT-TC-AAG-CTC-T-A------AA--GT------G-TTTA--TC------C-TTT-CC-AT--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53754                      : TATAG---ACGCA-G--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-C------AA--GT------T-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-AA--T-
gi|53755                      : TGTAG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-TTG-T-A------CA--GC------A-TT-AA-GC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53757                      : TGTCG---ACGCA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTG-T-G------AA--GT------C-TT-A--TC------C-TTT-CC-ACCTC------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-TGTA
gi|53758                      : TGTAG---ACAGA-A--T--G---GTTC-CCAGGG-CTT-T-A------AAAAGT------G-TT-A--GC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATGCA
gi|53759                      : TGTAG---TCGCA-A--T--A---GATT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT--T-AC--C------TAGA-GT-A-ACA-A-TA--T-CATACA
gi|53763                      : TGTAGCTAACGCA-A--G--G---GTTT-CC-GGGACTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT--C-AC--C------TAGA-GTAA-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53764                      : TGTAG---ACACA-A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-A-A------AT--GT------G-CT-T--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--
gi|53765                      : TGTAG---ACGCA----T--G---GTGT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GC------G-AT-A--TC------C-TTT-CC-AC--CTACATGTAGA-GT-C-ACC-A-TA--G-CACACA
gi|53766                      : TGTAG---ACAGA-A--T--G---GTTC-CC-AGA-CTT-T-A----------GT------G-TT-A--GC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATGCA
gi|53767                      : TGTAG---ACACA-A--T--G---GTTT-CC-TGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-G--TC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-G
gi|53768                      : TGTAA---ACAGA-A--T--G---TTTT-CC-AGG-CAT-T-A------AA--GT------G-TT-A--GC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-T-ACC-A-TA--T-CATGCA
gi|53769                      : TGTTG---ACGCA-A--T--G---GTTT-AT-GGG-CTC-T-G------AC--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT---ATC-A-AA--T-TAT
gi|53770                      : TGTAG---ACTGA-A--T--G---GTTC-CC-AGG-CTT-T-A------AA--GT------G-TT-A--GC------A-TTT-CC-AC--C------TAGA-GA-C-ACC-A-TA--T-CAAACA
gi|53851                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GG------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53852                      :  GTAG---ATCCA-A--T--G---GTTT-TG-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53853                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-TTA------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACT-A-TA--T-CATACA
gi|53854                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TTTA--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TATGT-CATACA
gi|53855                      :  GTAG---ATGCA-AA-T--G---GTT--CC-GGG-CTC-T-A------AA--GA------G-TT-A--TT------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATACA
gi|53856                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--T------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--C-TATGCA
gi|53858                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-TC-GGA-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53860                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CACA
gi|53861                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--
gi|53862                      :  GTAGG--ACGCAGA--T--G---GTTT-CC-GGG-CTCTT-A------AA--GT--------TT-A--TC------C-TTT-CA-AC--C------TAGATTT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53863                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-T--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53864                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AAA-GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TGGA-GT-C-A-C-A-TA--T-CATACA
gi|53865                      :  GTAGT--ACAAA-A--TC-G---GTTT-CC-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TGCACA
gi|53866                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CT-ACT-C------TAGA-GTAC-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53873                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-T
gi|53874                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------CATA-GT-C-ACC-A-TA--A-CATACA
gi|53876                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTTTCC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TCT-----C-TTT-CC-A---C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATA
gi|53878                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TCT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TG--T-
gi|53879                      :  GTAG----CAAA-A--T--A---GTTT-CC-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CA-AC--T------TAGA-GT-C-ACC-A-CA--T-CATACA
gi|53882                      :  GTAG----CAAA-A--T--G---GTTC-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT--------TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-T
gi|53912                      :   TAG---ATGCA-G--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--T------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--T-GATACttat
gi|53914                      :   TAG---ACGCA-A--T--G---GTTTTCC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-CC-AC--C------TAG--GTAA-ACA-A-TA--T-TGCACA
gi|53938                      :     G---ACGAA-A--T--G---GTTT-TC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-A-ACA-A-TA--T-TGCACA
gi|53944                      :          CGCA-A--TTTG---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------GA--GA------A-TC-A--TT------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53946                      :           GCA-AAGT--G---GTTT-CC-GG--CTC-T-G------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53953                      :           GCA-A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TA------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-AT-C-ACCAA-TA--T-CATACA
gi|53975                      :            CA-A--T--GAAGGTTT-CC-GGG-CTC-TAA------AA--GT------G-TT-A---C------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53978                      :            CA-A--T--A---GTTT-CC-GGG-ATC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-ACTA--T-CATACA
gi|53979                      :            CA-A--T--G---GTTT-TT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TA-AT--C------TAGA-AT-C-ACC-A-TA--T-GATACA
gi|53985                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGT-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-TC-AC--C------TAGA-GT-C-AAT-A-TA--T-TTTACA
gi|53986                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53987                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GTTTAAGAG-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53990                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------CTTTT-TT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-
gi|53992                      :             A-A--T--G---GTTT-CT-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAAA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|53993                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-AGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TATATA
gi|53998                      :             A-A--T--G---GTTT-CC-GGG-CT-----------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54003                      :             A-A--T--G---GTTTTCC-GGC-CTC-T-A------AC--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CCAAC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54037                      :              -A--T--G---GTTT-CC-AGG-TTC-T-A------A---GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAAA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54038                      :              -A--T--G---GTTT-CC-AGG-CTC-T-A------GA--GC------A-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CAT
gi|54049                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-A-ACC-A-TA--T-
gi|54050                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GTG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------T-TTT-CC-AC--C------TACA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACAt
gi|54058                      :              -A--T--G---GTTT-CC-AGG-CCC-T-A------GA--GC------G-TT-A--TA------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TG--T-TATACA
gi|54060                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-A------GA--GC------A-TT-A--TT------C-TTT-CC-AC--G------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54065                      :              -A--T--G---GTTT-CC-GGG-CTC-T-AGCTATAAA--GC------A-TT-A--TC------C-TTT-CT-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-CATACA
gi|54174                      :                --T--G---GTTT-TC-GGG-CTC-T-A------AA--GT------G-TT-ATTTC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-CAACC-A-TA--T-CATACA
gi|54189                      :                   --G---GTTT-CC-GGG-TTC-T-A------AA--GT------G-TT-A--TC------C-TTT-CC-AC--C------TAGA-GT-C-ACC-A-TA--T-TGCACA