lowQualScore : 33 2 2 22 1 1 2222 11 11 33 2 2 11 1 1 33 1 1 1 1 4444 222 2 1 1 1 1 33 1 11 444444 222
lowQualScore : .. . . .. . . .... .. .. .. . . .. . . .. . . . . .... ... . . . . . .. . .. ...... ...
lowQualScore : 22 0 0 88 9 5 7777 88 88 11 6 6 88 3 3 11 3 3 3 3 0000 333 7 3 3 3 3 22 3 99 000000 777
consensus : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
Reference ( gi|88681 ) : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88682 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-AC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAA
gi|88680 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TA-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATGA--T------AAT---AATAATca
gi|88684 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCATCTTTA--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----T---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAATa
gi|88685 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AA-CT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AA-TAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAATa
gi|88686 : TTTTTA--TGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT--AA--ATA-ATAA--T------AAC---AAa
gi|88687 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--T-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-ATA--ATA-ATAA--T------
gi|88688 : TTTTTA--GGACAAA-C-ATTGTG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAAC-----T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATG-ATAA--T------AAT---AA
gi|88689 : TTTTTA--GGACTAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--ATT-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTTGATAA---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAATTT------AAT---AATAA
gi|88690 : TTTTTA--GGACAA--C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T--AA-TG-ATATAAAA--ATA-ATAA--T-------AT---AATAAT
gi|88691 : TTTTTAAGGGACAAA-C-AT--TGGTA-CAGCGCAT----A--G--AAATTTTA-T-A--TGGT-A--A-TTTT-GC-GC-TTA----T---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAa
gi|88692 : TTTTTA--TGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-G--TG-T-A--A-TTTT----GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATC-ATtta
gi|88693 : TTGTTA--GGATAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----T--G--AAACTG-A-T-A--TG-T-A--ATTTTT-GC-GC-TTTA---A---T-AAA-TG-A-AT-AAAT-ATA-A-AA--T------AATAGAAATAAT
gi|88694 : TTTTTA--GGACATA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AGACT--A-TAA--TG-T-A--A--TTT-GC-GC--TT----A---T---A-TG-A-AT-AAA--ATATATAA--T------a
gi|88683 : TTTTTA--GGACAAATC-AT--TG--G-TAACGCA-----A--G--AATCC--AAT-A--TG-T-ATTA-TTTT-GCTAC-TTT----AATGT-AAA-TG-A-AT-AA----T---TAA--T------AAT---AATAAT
gi|88696 : TTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAG-GCAT----A--G--AA-CT--A-T-A--AG-T-A--A-TTTT-GC--C-TTT----A-----AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAATa
gi|88695 : TTTTA--GGACAAA-CCAT--TG-TAGCA-CGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-TAA--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAATTG-A-AT---A--ATA-ATAA--T------AAT---AATAATa
gi|88697 : TTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----ATAG--AAACT--A-T-A--TA-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAT-TG-A-AT-AAA----A-ATGA--T------AAT---
gi|88698 : ACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT----T-A--TG-G-A--A-TTTT-GC-GCATTT----A---T-AAA-TG-A----AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AA-AAT
gi|88699 : AAA-C-AT------A-TAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--CG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AA-AAA--ATA-ATAA--T------AA----AATAAa
gi|88700 : A-C-AG--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88701 : -TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-ATATG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------GAT---AACAa
gi|88702 : A-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--A------AAT---AATAA
gi|88703 : A-CAGCGCAT----A--G--AAGAC--A-T-A--T--T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---A-AAA-TG-A-AT-GAA--ATA-ATAA--TACATAAAAT---AATAAT
gi|88704 : A-CAGTGCAT----A--G--AAACT--T-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---a
gi|88705 : -CAGCGCAT----A--G--AGACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88706 : -CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--CG-T-A--G-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAC---AATAAT
gi|88707 : -CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---C-AAA-TG-A-AT-AAA--AAA-ATAA--T------Aa
gi|88708 : GCGCAT----A--G--AAACT--A-TTA--TG-T-A-----TTT-GC-GC-TTT----A---T-AA------------A--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88709 : CGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-AT-A-TTTT-GC--C-TTT----A---TAAAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATA----------AAT---AA
gi|88710 : CGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTTGGG-GC-TTT----A---T-AAA-TGAA-AT-AAA--GTA-ATAA--T------CAA---GATAA
gi|88711 : GCAT----A--AGAAAACT--A-T-T--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---TGAAA-TG-A-AT-AAAATATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
Alignments
lowQualScore : 33 1 1 22 1 1 2222 11 11 33 2 2 11 1 1 33 1 1 1 1 3333 222 2 1 1 1 1 33 1 11 333333 222
lowQualScore : .. . . .. . . .... .. .. .. . . .. . . .. . . . . .... ... . . . . . .. . .. ...... ...
lowQualScore : 11 9 9 66 8 4 7777 77 77 00 5 5 77 2 2 00 2 2 2 2 9999 222 6 3 3 3 3 11 3 88 888888 666
consensus : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
Reference ( family-519 ) : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88680 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TA-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATGA--T------AAT---AATAAT
gi|88681 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAATa
gi|88682 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-AC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAA
gi|88683 : TTTTTA--GGACAAATC-AT--TG--G-TAACGCA-----A--G--AATCC--AAT-A--TG-T-ATTA-TTTT-GCTAC-TTT----AATGT-AAA-TG-A-AT-AA----T---TAA--T------AAT---AATAATca
gi|88684 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCATCTTTA--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----T---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAATa
gi|88685 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AA-CT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AA-TAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAATa
gi|88686 : TTTTTA--TGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT--AA--ATA-ATAA--T------AAC---AAa
gi|88687 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--T-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-ATA--ATA-ATAA--T------
gi|88688 : TTTTTA--GGACAAA-C-ATTGTG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAAC-----T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATG-ATAA--T------AAT---AA
gi|88689 : TTTTTA--GGACTAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--ATT-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTTGATAA---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAATTT------AAT---AATAA
gi|88690 : TTTTTA--GGACAA--C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T--AA-TG-ATATAAAA--ATA-ATAA--T-------AT---AATAAT
gi|88691 : TTTTTAAGGGACAAA-C-AT--TGGTA-CAGCGCAT----A--G--AAATTTTA-T-A--TGGT-A--A-TTTT-GC-GC-TTA----T---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAa
gi|88692 : TTTTTA--TGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-G--TG-T-A--A-TTTT----GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATC-ATtta
gi|88693 : TTGTTA--GGATAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----T--G--AAACTG-A-T-A--TG-T-A--ATTTTT-GC-GC-TTTA---A---T-AAA-TG-A-AT-AAAT-ATA-A-AA--T------AATAGAAATAAT
gi|88694 : TTTTTA--GGACATA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AGACT--A-TAA--TG-T-A--A--TTT-GC-GC--TT----A---T---A-TG-A-AT-AAA--ATATATAA--T------a
gi|88695 : TTTTA--GGACAAA-CCAT--TG-TAGCA-CGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-TAA--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAATTG-A-AT---A--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88696 : TTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAG-GCAT----A--G--AA-CT--A-T-A--AG-T-A--A-TTTT-GC--C-TTT----A-----AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88697 : TTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----ATAG--AAACT--A-T-A--TA-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAT-TG-A-AT-AAA----A-ATGA--T------AAT---a
gi|88698 : ACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT----T-A--TG-G-A--A-TTTT-GC-GCATTT----A---T-AAA-TG-A----AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AA-AAT
gi|88699 : AAA-C-AT------A-TAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--CG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AA-AAA--ATA-ATAA--T------AA----AATAAa
gi|88700 : A-C-AG--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88701 : -TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-ATATG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------GAT---AACAa
gi|88702 : A-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--A------AAT---AATAA
gi|88703 : A-CAGCGCAT----A--G--AAGAC--A-T-A--T--T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---A-AAA-TG-A-AT-GAA--ATA-ATAA--TACATAAAAT---AATAAT
gi|88704 : A-CAGTGCAT----A--G--AAACT--T-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---a
gi|88705 : -CAGCGCAT----A--G--AGACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88706 : -CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--CG-T-A--G-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAC---AATAAT
gi|88707 : -CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---C-AAA-TG-A-AT-AAA--AAA-ATAA--T------Aa
gi|88708 : GCGCAT----A--G--AAACT--A-TTA--TG-T-A-----TTT-GC-GC-TTT----A---T-AA------------A--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88709 : CGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-AT-A-TTTT-GC--C-TTT----A---TAAAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATA----------AAT---AA
gi|88710 : CGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTTGGG-GC-TTT----A---T-AAA-TGAA-AT-AAA--GTA-ATAA--T------CAA---GATAA
gi|88711 : GCAT----A--AGAAAACT--A-T-T--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---TGAAA-TG-A-AT-AAAATATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
Alignments
lowQualScore : 33 1 1 22 1 1 2222 11 11 33 2 2 11 1 1 33 1 1 1 1 3333 222 2 1 1 1 1 33 1 11 333333 222
lowQualScore : .. . . .. . . .... .. .. .. . . .. . . .. . . . . .... ... . . . . . .. . .. ...... ...
lowQualScore : 11 9 9 66 8 4 7777 77 77 00 5 5 77 2 2 00 2 2 2 2 9999 222 6 3 3 3 3 11 3 88 888888 666
consensus : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
Reference ( family-519 ) : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88680 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TA-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATGA--T------AAT---AATAAT
gi|88681 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAATa
gi|88682 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-AC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAA
gi|88683 : TTTTTA--GGACAAATC-AT--TG--G-TAACGCA-----A--G--AATCC--AAT-A--TG-T-ATTA-TTTT-GCTAC-TTT----AATGT-AAA-TG-A-AT-AA----T---TAA--T------AAT---AATAATca
gi|88684 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCATCTTTA--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----T---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAATa
gi|88685 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AA-CT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AA-TAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAATa
gi|88686 : TTTTTA--TGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT--AA--ATA-ATAA--T------AAC---AAa
gi|88687 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--T-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-ATA--ATA-ATAA--T------
gi|88688 : TTTTTA--GGACAAA-C-ATTGTG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAAC-----T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATG-ATAA--T------AAT---AA
gi|88689 : TTTTTA--GGACTAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--ATT-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTTGATAA---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAATTT------AAT---AATAA
gi|88690 : TTTTTA--GGACAA--C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T--AA-TG-ATATAAAA--ATA-ATAA--T-------AT---AATAAT
gi|88691 : TTTTTAAGGGACAAA-C-AT--TGGTA-CAGCGCAT----A--G--AAATTTTA-T-A--TGGT-A--A-TTTT-GC-GC-TTA----T---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAa
gi|88692 : TTTTTA--TGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-G--TG-T-A--A-TTTT----GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATC-ATtta
gi|88693 : TTGTTA--GGATAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----T--G--AAACTG-A-T-A--TG-T-A--ATTTTT-GC-GC-TTTA---A---T-AAA-TG-A-AT-AAAT-ATA-A-AA--T------AATAGAAATAAT
gi|88694 : TTTTTA--GGACATA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AGACT--A-TAA--TG-T-A--A--TTT-GC-GC--TT----A---T---A-TG-A-AT-AAA--ATATATAA--T------a
gi|88695 : TTTTA--GGACAAA-CCAT--TG-TAGCA-CGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-TAA--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAATTG-A-AT---A--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88696 : TTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAG-GCAT----A--G--AA-CT--A-T-A--AG-T-A--A-TTTT-GC--C-TTT----A-----AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88697 : TTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----ATAG--AAACT--A-T-A--TA-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAT-TG-A-AT-AAA----A-ATGA--T------AAT---a
gi|88698 : ACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT----T-A--TG-G-A--A-TTTT-GC-GCATTT----A---T-AAA-TG-A----AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AA-AAT
gi|88699 : AAA-C-AT------A-TAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--CG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AA-AAA--ATA-ATAA--T------AA----AATAAa
gi|88700 : A-C-AG--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88701 : -TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-ATATG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------GAT---AACAa
gi|88702 : A-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--A------AAT---AATAA
gi|88703 : A-CAGCGCAT----A--G--AAGAC--A-T-A--T--T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---A-AAA-TG-A-AT-GAA--ATA-ATAA--TACATAAAAT---AATAAT
gi|88704 : A-CAGTGCAT----A--G--AAACT--T-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---a
gi|88705 : -CAGCGCAT----A--G--AGACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88706 : -CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--CG-T-A--G-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAC---AATAAT
gi|88707 : -CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---C-AAA-TG-A-AT-AAA--AAA-ATAA--T------Aa
gi|88708 : GCGCAT----A--G--AAACT--A-TTA--TG-T-A-----TTT-GC-GC-TTT----A---T-AA------------A--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88709 : CGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-AT-A-TTTT-GC--C-TTT----A---TAAAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATA----------AAT---AA
gi|88710 : CGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTTGGG-GC-TTT----A---T-AAA-TGAA-AT-AAA--GTA-ATAA--T------CAA---GATAA
gi|88711 : GCAT----A--AGAAAACT--A-T-T--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---TGAAA-TG-A-AT-AAAATATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
blockSeqs : AG T C TG G G CTTT TA GA TT A A TA G A TT T G T A GATA ATG A T A T A AT T TT ACATAA AGA
blockSeqs : . . . . . . . . . G T T . . . T . . . . A . G . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
finalCons : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
Alignments
lowQualScore : 33 1 1 22 1 1 2222 11 11 33 2 2 11 1 1 33 1 1 1 1 3333 222 2 1 1 1 1 33 1 11 333333 222
lowQualScore : .. . . .. . . .... .. .. .. . . .. . . .. . . . . .... ... . . . . . .. . .. ...... ...
lowQualScore : 11 9 9 66 8 4 7777 77 77 00 5 5 77 2 2 00 2 2 2 2 9999 222 6 3 3 3 3 11 3 88 888888 666
consensus : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
Reference ( family-519 ) : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88680 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TA-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATGA--T------AAT---AATAAT
gi|88681 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAATa
gi|88682 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-AC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAA
gi|88683 : TTTTTA--GGACAAATC-AT--TG--G-TAACGCA-----A--G--AATCC--AAT-A--TG-T-ATTA-TTTT-GCTAC-TTT----AATGT-AAA-TG-A-AT-AA----T---TAA--T------AAT---AATAATca
gi|88684 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCATCTTTA--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----T---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAATa
gi|88685 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AA-CT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AA-TAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAATa
gi|88686 : TTTTTA--TGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT--AA--ATA-ATAA--T------AAC---AAa
gi|88687 : TTTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--T-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-ATA--ATA-ATAA--T------
gi|88688 : TTTTTA--GGACAAA-C-ATTGTG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAAC-----T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATG-ATAA--T------AAT---AA
gi|88689 : TTTTTA--GGACTAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--ATT-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTTGATAA---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAATTT------AAT---AATAA
gi|88690 : TTTTTA--GGACAA--C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T--AA-TG-ATATAAAA--ATA-ATAA--T-------AT---AATAAT
gi|88691 : TTTTTAAGGGACAAA-C-AT--TGGTA-CAGCGCAT----A--G--AAATTTTA-T-A--TGGT-A--A-TTTT-GC-GC-TTA----T---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAa
gi|88692 : TTTTTA--TGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-G--TG-T-A--A-TTTT----GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATC-ATtta
gi|88693 : TTGTTA--GGATAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----T--G--AAACTG-A-T-A--TG-T-A--ATTTTT-GC-GC-TTTA---A---T-AAA-TG-A-AT-AAAT-ATA-A-AA--T------AATAGAAATAAT
gi|88694 : TTTTTA--GGACATA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AGACT--A-TAA--TG-T-A--A--TTT-GC-GC--TT----A---T---A-TG-A-AT-AAA--ATATATAA--T------a
gi|88695 : TTTTA--GGACAAA-CCAT--TG-TAGCA-CGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-TAA--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAATTG-A-AT---A--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88696 : TTTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAG-GCAT----A--G--AA-CT--A-T-A--AG-T-A--A-TTTT-GC--C-TTT----A-----AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88697 : TTTA--GGACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----ATAG--AAACT--A-T-A--TA-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAT-TG-A-AT-AAA----A-ATGA--T------AAT---a
gi|88698 : ACAAA-C-AT--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT----T-A--TG-G-A--A-TTTT-GC-GCATTT----A---T-AAA-TG-A----AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AA-AAT
gi|88699 : AAA-C-AT------A-TAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--CG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AA-AAA--ATA-ATAA--T------AA----AATAAa
gi|88700 : A-C-AG--TG-TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88701 : -TA-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-ATATG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------GAT---AACAa
gi|88702 : A-CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--A------AAT---AATAA
gi|88703 : A-CAGCGCAT----A--G--AAGAC--A-T-A--T--T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---A-AAA-TG-A-AT-GAA--ATA-ATAA--TACATAAAAT---AATAAT
gi|88704 : A-CAGTGCAT----A--G--AAACT--T-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---a
gi|88705 : -CAGCGCAT----A--G--AGACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88706 : -CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--CG-T-A--G-TTTT-GC-GC-TTT----A---T-AAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATAA--T------AAC---AATAAT
gi|88707 : -CAGCGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---C-AAA-TG-A-AT-AAA--AAA-ATAA--T------Aa
gi|88708 : GCGCAT----A--G--AAACT--A-TTA--TG-T-A-----TTT-GC-GC-TTT----A---T-AA------------A--ATA-ATAA--T------AAT---AATAAT
gi|88709 : CGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-AT-A-TTTT-GC--C-TTT----A---TAAAA-TG-A-AT-AAA--ATA-ATA----------AAT---AA
gi|88710 : CGCAT----A--G--AAACT--A-T-A--TG-T-A--A-TTTTGGG-GC-TTT----A---T-AAA-TGAA-AT-AAA--GTA-ATAA--T------CAA---GATAA
gi|88711 : GCAT----A--AGAAAACT--A-T-T--TG-T-A--A-TTTT-GC-GC-TTT----A---TGAAA-TG-A-AT-AAAATATA-ATAA--T------AAT---AATAAT