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Reference ( gi|113034 )       : TTAAAGGAG--TTT--T-ATCA-C-G----GA-T--------T--CA---A------A-----A-C---TTT---C-T-AGA--TTA-GG--CCAT--A-----A-TT-AC-A-TTCT-AATT--A-TT--AAT--CT-A--AA-A---CA-C--ATCA-C-----G-G-TTC-AA-TTA-AA-G-G-CAATT-AA--AGC-CG-TA-A-T-T-A--G-T-TGT-----A-AA-TA-C-G-CC-TCA-AAGT------TA-G-GG---TCC-TCGCAG-TCAA-TT-TT--TC-GTT-A-A-T-GAGATA
gi|113035                     : TTAAAGGAG--TTT--T-ATCA-C-G----GA-T--------T--CA---A------A-----C-T---TTT---C-T-AGA--TTA-TG--CCAT--A-----A-TT-AC-A-TTCT-AATT--A-CT--AAT--CT-A--AA-A---CA-C--ATCA-C-----A-G-TTC-AA-TTA-AA-G-G-CAATT-AA--AGC-CG-TA-A-T-T-A--GTT-TGT-----A-AATTA-C-G-CC-TCA-AAGT------TA-G-GG---TCC-TAGCAG-TCAA-TT-TT--TC-GTT-A-A-T-GAGATA
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lowQualScore                  :          ..   .. .    . . ....  . ........ ..  ... .. .. ........   ..     ..   . ..    .. ..... .  .  . .    .  .  . .. ...   .. .. ..  . ...  . ..    . . . ..   . .   ...  . ... .     .  ..   .  .  . . . . .. . .   ..... .  .  . . .  .   .    ......  . .  ...   .      .    .  .  ..  .   . . . .      
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Reference ( family-518 )      : TTAAAGGAG--TTT--T-ATCA-C-G----GA-T--------T--CA---A--AN-T--------TTT--CTAGA--TTATG--CCAT--A-----A-TT-AC-A-TTCT-AA-TT-A-CT---AAT--CT-A--AA-A---CA-C--ATCA-C-A-G--TTC-A-ATT-A-AA-G---G-CAATT-AA--AGC-CG-TA-A-T-T-A--G-T-TGT-----A-AA-TA-C-G-CC-TCA-AAGT------TA-G-GG---TCC-TCGCAG-TCAA-TT-TT--TC-GTT-A-A-T-GAGATA
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Reference ( family-518 )      : TTAAAGGAG--TTT--T-ATCA-C-G----GA-T--------T--CA-------A-A--C--T--------TTT--CTAGA--TTATG--CCAT--A-----A-TTAC-ATTCT-AA-TT-A-CT---AAT--CT-A--AA-A---CA-C--ATCA-C-A-G--TTC-A-ATT-A-AA-G---G-CAATT-AA--AGC-CG-TA-A-T-T-A--G-T-TGT-----A-AA-TA-C-G-CC-TCA-AAGT------TA-G-GG---TCC-TCGCAG-TCAA-TT-TT--TC-GTT-A-A-T-GAGATA
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blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        T   .       C .  .  .          .      .    T A     .  .     A    .     .  .  . C  .     T  T  .   . .    . .     . A . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  T . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       C .  .  .          .      .    T T     .  .     T    .     .  .  . C  .     .  T  .   . .    . .     . T . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
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blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    T .     .  .     .    .     .  .  . C  .     .  G  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    T .     .  .     .    .     .  .  . C  .     .  G  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    G .     .  .     .    .     .  .  . C  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    G .     .  .     .    .     .  .  . A  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    T .     .  .     .    .     .  .  . T  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    T .     .  .     .    .     .  .  . T  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    G .     .  .     .    .     .  .  . A  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    G .     .  .     .    .     .  .  . C  .     .  A  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    T .     .  .     .    .     .  .  . T  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    T .     .  .     .    .     .  .  . C  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    T .     .  .     .    .     .  .  . C  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    T .     .  .     .    .     .  .  . C  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    G .     .  .     .    .     .  .  . G  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    T .     .  .     .    .     .  .  . C  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    G .     .  .     .    .     .  .  . T  .     .  A  .   . .    . .     . . . .    . .   T    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    T .     .  .     .    .     .  .  . C  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   A    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .   .   . . . .
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    G .     .  .     .    .     .  .  . T  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   .    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .              
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    G .     .  .     .    .     .  .  . T  .     .  T  .   . .    . .     . . . .    . .   .    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .              
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    G .     .  .     .    .     .  .  . C  .     .  .  .   . .    . .     . . . .    . .   .    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .  .  .              
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    T .     .  .     .    .     .  .  . .  .     .  .  .   . .    . .     . . . .    . .   .    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .    .                    
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    G .     .  .     .    .     .  .  . .  .     .  .  .   . .    . .     . . . .    . .   .    . .   .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .      .                         
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    G .     .  .     .    .     .  .  . .  .     .  .  .   . .    . .                                 .     .  .    .  .  . . . . .  . .   .     .  .  . . .  .   .    .       . .  .     .                                
blockSeqs                     :          .    .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    T .     .  .     .    .     .  .  . .  .     .  .  .   . .    . .                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :               .  .    . . .     . .        .   .       . .  .  .          .      .    G .     .  .     .    .                                                                                                                                                                                                
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