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blockSeqs                     :                                                                T    . .  . .   T    .   . .   . .     .  .  A                 T     .  . .  .   T   .  .  . .  .  T  C      .    .     .    .   A .   . . .  .  G     . . .  .  .   .  .      . . G   .
blockSeqs                     :                                                                A    . .  . .   T    .   . .   . .     .  .  A                 T     .  . .  .   T   .  .  . .  .  T  C      .    .     .    .   C .   . . .  .  G     . . .  .  .   .  .      . . G   .
blockSeqs                     :                                                                A    . .  . .   T    .   . .   . .     .  .  A                 T     .  . .  .   T   .  .  . .  .  A  C      .    .     .    .   T .   . . .  .  G     . . .  .  .   .  .      . . G   .
blockSeqs                     :                                                                T    . .  . .   T    .   . .   . .     .  .  A                 T     .  . .  .   T   .  .  . .  .  T  C      .    .     .    .   T .   . . .  .  G     . . .  .  .   .  .      . . T   .
blockSeqs                     :                                                                T    . .  . .   A    .   . .   . .     .  .  A                 T     .  . .  .   T   .  .  . .  .  T  C      .    .     .    .   C .   . . .  .  G     . . .  .  .   .  .      . . T   .
blockSeqs                     :                                                                T    . .  . .   A    .   . .   . .     .  .  A                 T     .  . .  .   T   .  .  . .  .  T  C      .    .     .    .   C .   . . .  .  G     . . .  .  .   .  .      . . A   .
blockSeqs                     :                                                                T    . .  . .   A    .   . .   . .     .  .  A                 T     .  . .  .   T   .  .  . .  .  T  C      .    .     .    .   C .   . . .  .  A     . . .  .  .   .  .      . . A   .
blockSeqs                     :                                                                T    . .  . .   A    .   . .   . .     .  .  A                 A     .  . .  .   T   .  .  . .  .  A  C      .    .     .    .   C .   . . .  .  G     . . .  .  .   .  .      . . A   .
blockSeqs                     :                                                                C    . .  . .   T    .   . .   . .     .  .  A                 G     .  . .  .   T   .  .  . .  .  T  T      .    .     .    .   C .   . . .  .  A     . . .  .  .   .  .      . . A   .
blockSeqs                     :                                                                G    . .  . .   A    .   . .   . .     .  .  A                 A     .  . .  .   T   .  .  . .  .  A  C      .    .     .    .   C .   . . .  .  G     . . .  .  .   .  .      . . A   .
blockSeqs                     :                                                                T    . .  . .   T    .   . .   . .     .  .  A                 A     .  . .  .   A   .  .  . .  .  T  T      .    .     .    .   C .   . . .  .  A     . . .  .  .   .  .      . . .   .
blockSeqs                     :                                                                .    . .  . .   T    .   . .   . .     .  .  A                 T     .  . .  .   .   .  .  . .  .  A  C      .    .     .    .   T .   . . .  .  G     . . .  .  .   .  .      . .      
blockSeqs                     :                                                                     . .  . .   T    .   . .   . .     .  .  A                 A     .  . .  .   .   .  .  . .  .  T  C      .    .     .    .   . .   . . .  .  G     . . .  .  .   .  .      . .      
blockSeqs                     :                                                                            .   T    .   . .   . .     .  .  A                 A     .  . .  .   .   .  .  . .  .  T  C      .    .     .    .   . .   . . .  .  G     . . .  .  .   .  .      . .      
blockSeqs                     :                                                                                         . .   . .     .  .  .                 T     .  . .  .   .   .  .  . .  .  T  C      .    .     .    .   . .   . . .  .  .     . . .  .  .   .  .      . .      
blockSeqs                     :                                                                                                             .                 .     .  . .  .   .   .  .  . .  .  T  .      .    .     .    .   . .   . . .  .  .     . . .  .  .   .  .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .  . .  .   .   .  .  . .  .  .  .      .    .     .    .   . .   . . .  .  .     . . .                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                        . .  .   .   .  .  . .  .  .  .      .    .                                                                     


blockSeqCons                  :                                                         
originalCons                  :                                                         AAAAAAT-T-AA-T--T-T-AGA-T-GT-AAA-T--GC-A-----A--A--T--------A-------TG-TTTGG-AA-A--T-ATTT--A-AA--A-G--A--CNAT-C--AAT-TTGA----GC-ACAA--TGCC-CAC-C-T--T-AT-G--AA-T-T-CA-CT--AA-AA-----TA-T-T-A-T-CTAT
finalCons                     :                                                         AAAAAAT-T-AA-T--T-T-AGA-T-GT-AAA-T--GC-A-----A--A--T--------A-------TG-TTTGG-AA-A--T-ATTT--A-AA--A-G--A--CNAT-C--AAT-TTGA----GC-ACAA--TGCC-CAC-C-T--T-AT-G--AA-T-T-CA-CT--AA-AA-----TA-T-T-A-T-CTAT





Alignments
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lowQualScore                  :                                                                111  1 22 1 1   555  1   4 11  1 44444 33 11 0000000000000000  44    1  2 11 1   888 1  11 1 22 11 2  5555   2    3333  2    44  1 1   1 1 44 2  2222  2 1 1  1  11  1  33333  1 2 444 3    
lowQualScore                  :                                                                ...  . .. . .   ...  .   . ..  . ..... .. .. ................  ..    .  . .. .   ... .  .. . .. .. .  ....   .    ....  .    ..  . .   . . .. .  ....  . . .  .  ..  .  .....  . . ... .    
lowQualScore                  :                                                                666  4 00 4 4   000  4   0 88  3 77777 22 88 5555555555555555  33    2  4 77 2   111 2  77 2 99 77 6  9999   4    8888  5    22  6 2   2 2 77 5  7777  5 2 2  3  88  3  22222  3 7 222 1    
consensus                     :                                                         AAAAAAT-T-AA-T--T-T-AGA-T-GT-AAA-T--GC-A-----A--A--T--------A-------TG-TTTGG-AA-A--T-ATTT--A-AA--A-G--A--CNAT-C--AAT-TTGA----GC-ACAA--TGCC-CAC-C-T--T-AT-G--AA-T-T-CA-CT--AA-AA-----TA-T-T-A-T-CTAT
Reference ( family-516 )      :                                                         AAAAAAT-T-AA-T--T-T-AGA-T-GT-AAA-T--GC-A-----A--A--T--------A-------TG-TTTGG-AA-A--T-ATTT--A-AA--A-G--A--CNAT-C--AAT-TTGA----GC-ACAA--TGCC-CAC-C-T--T-AT-G--AA-T-T-CA-CT--AA-AA-----TA-T-T-A-T-CTAT
gi|86262                      :                                                         AAAAAAT-T-AA-A--T-T-AGA-A-GT-AAA-T--GC-A-----A--A--T--------A-------CG-TTTGA-AG-A--T-ATTT--A-AA--G-G--A--CTAT-C--AAT-TTGA----GC-ACAA--TGCC-TAT-C-T--G-AT-G--AA-T-T-CA-CT--AA-AA-----T
gi|86263                      :                                                     aacaAAAAAATAT-AA-T--T-TTAGA-T-GT-AAAAT--GC-ATAATTA--A--T----------------TG-ATTGG-AA----T--TTT--A-AA--A-G--A--CAAT-T--AAT-TTGA----GC-ACAA--TGCC-CAC-C-T--T-AT-A--AA---T-CA-CT--AA-AA-----TA-T-ttgttctacttat
gi|86264                      :                                                       aaAAAAAAT-T-AA-T--T-T-AGA-T-GT-AAA-A--GC-A-----A--A--T--------A-------TG--ATGG-AA-A--T--TTT--A-AA--A-G--A--CAAT-T--AAT-TTGA----GCAACAA--TGCC-CAC-C-A--T-AT----AA-T-T-CA-CT--AATAA-----TA-TAT-A-T-CTAT
gi|86265                      :                                                     aaagAAAAAAG-T-AA-T--T-T-AGA-A-GT-AAA-T--G--G-----A--A--T--------A-------TA-TCTGG-AG-A--T-ATGT--A-AA--A-G--A--CTAT-CT-GAT-TAAAAACAGT-ACAA--TGCC-CAC-C-T--T-AG-G--AA-T-T-CA-CT--AA-AA-----TA-T-T---T-CTATcc
gi|86266                      :                                                      aacAAAAAAT-TTAA-T--T-T-AGA-TTAC-AAG-T--GC-A-----A--A--T--------A-------TG-ATTGG-AA-AATT-ATT---A-AA--A-G--A--CAAT----AATATTGA----GC-ACAA--TG-C-CAC-C-T--TAAT-A--AATT-T-CA-CTAAAA-AA-----TA-TCT-A-T-CTATttat
gi|86267                      :                                                      aaaAAAAAAT---AA-T--T-T-AGA-A-GT-ACA-C--GT-A-----A--A--T--------A-------TG-TTTAG-AG-A--T-ATT-------------------AT-C--AAC-TTGA----GC-TAAA--TGCC-CAT-C-T--T-AT-G--AA-T-T-CA-CT--GA-AA-----TA-T-T-T-T-CTATctat
gi|86268                      :                                                       aacAAAAAT-A-TA-T--T-T-ATA-A-GT-AAAAT--GC-A-----A--A-----------A-------TG-TTTGA-AA-T--T-ATCC--A-AA--A-G--A--CCAT-C--AAT-TTGA----GC-ACTA--TG-C-AAC-C-T--T-AA-G--AA-T-T-CA-CT--AC-AA------A-T-T-T-T-CTATttat
gi|86269                      :                                                     aaacAAAAAAC-A-AACT--T-T-AGG-T-GT-ACA-T--GC-A-----ACCA--T--------A-------TGGTTTAG-AA-A--T-ATTCA-A-AA--A-G--A--CTATAC--AATGTTGG----AC-GCAAATCGCC-CAC-C-TACT-AT-G--CA-CAT-CA-CT--GA-AATAGTTTA-C-T-A-T-CTATcat
gi|86270                      :                                                       aaAGAAAAT-T-AA-T--TCT-AGAAT-GTTAAA-A--GCCA-----A--A--T--------A-------TG-ATTGG-AA-A--T-ATTT--A-AA--A-G--A--CAAT-T--AA--TTGA----GC-ACAAT-TGCC-AAC-C-A--T-AT-A--AA-T-T-CA-CT--AA-AA-----TG-A-T-A-T-ATAT
gi|86271                      :                                                                                                                                  aaG-AA-A--T-ATTT--A-AA--AAG--A--CAAT-TTTAAT-TTGA----GC-ACAA--TGCC-CAC-CTT--T-ATAA--AA-T-T-CA-CT---A-AT-----TA-T-T-A-T-CTATtctatcc
gi|86272                      : aaaaaaactattaatttagacccggcctaaataacaccgccaaaacctccatctccAAAAAAT-T-GA-T--T-T-AGA-A-TT-AAA-T--GC-A-----A--A--TGTATGT--A-------TG-TTTGG-AG-T--T-ATTT--A-AA--A-G--G--CTGT-C--AAT-TTGA----GC-ACAA--TGTC-CAC-C-T--C-AT-G--AA-T-T-CA-CT--AT-GA-----TA-C-G-T-T-CTATtcat
gi|86273                      :                                                        aAAAAAAT-T-AT-G--T-T-AGA-T-GT-AAA-T--GC-A-----A--A--T--------A-------TG-ATTGG--A-A--T-ATTTA-A-AA--A-G--A--CAAT-T--AAT-TTGA----GC-ACAA--TG-C-CA----T--T-AT----AA-T-T-CA-CT--AA-GA-----TA-T-T-A-T-CTATtcat
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gi|86275                      :                                                        aAAAGAAT-C-TA-T--T-T-AGA-T-GT-AAA-T--GG-A-----A--A--T--------A-------TG-ATTGG-AA-A--TAATTT--A-AA--A-G--A--CAAT-TA-AAT-TTGA----GC-AC-A--TGCC-CAC-C-TG-T-AT-A--AA-T-T-CA-CT--AC-AA-----TA-T-T-A-T-CTATtcgt
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gi|86277                      :                                                         AAAAAAT-T-AA-T--T---AGA-T-GT-AAA-T--GC-A-----A--A--T--------A-------TA-TT--G-AA-A--T-ATT---A-AA--A-G--A--CTAT-C--AAT-TTAA----GC-ACAA--T-TA-CACGC-T--T-A--G--AA---T-CA-CT--AA-AA-----TA-T-T-ATT-CTAttat
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gi|86282                      :                                                         AAAAAAT-T-AA-T--T-T-AGA-A-GT-AAA-T--AC-A-----A--A--T--------A-------TG-TTGGG-AG-A--T-ATTT--A-AA--A-G--A--CTAT-C--AAT-TTGA----GT-ACAA--TGCC-CAC-C-TAAT-AT-G--AA-T-T-CA-CT--AA-AA-----TA-T-ctat
gi|86283                      :                                                         AAAAAAT-T-AA-T--T-T-AGA-A-TT-AAA-T--GC-A-----A--A--TTACATGTTA-------TG-TTTGG-AATA--T-ATT---A-AA--A-G--G--CT-T-C--AAT-TTGA----GC-ACAA--TGTC-CAC-C-T--T-AT-G--AA-T-T-CA-CT--AT-GA-----TA-C-G-T-T-CTATgttttttatttat
gi|86284                      :                                                         AAAAAAT-T-AA-T--T---AGA-A-TT-AAA-T--GC-A-----A--A--T--------ACATGTTATG-TTTGG-AG-A--T-ATT---A-AA--A-G--G--CT-T-C--AAT-TTGA----GC-ACAA--TGTC-CAC-C-T--T-AT-G--AA-T-T-CA-CT--AT-GA-----TA-C-G-T-T-CTATtcat
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gi|86286                      :                                                         AAAAAAT-T-AA-T--T-T-AG--T-GT-AAA-T--GC-A-----A--A--T--------A-------TG-ATCGGAAA-A--T-ATTTTAA-AA--G-G--A--CAAT-T--AAT-TTGAG---GC-ACAA--TGCCTCGA-C-T--T-AT-A--AA-T-T-CA-CT---A-AA-----TA-T-T-A-T-CTA
gi|86287                      :                                                          AAAAAG-C-AA-T--T-T-AGA-A-GT-AAA-T--GC-A-----C--A--T--------A-------TG-GTTGG-AA-T--T-CTTTTTA-AA--A-T--A--CTAT-C--AAT-TTGA----GC-ACAA--TTCC-CAG-C-T--T-AT-G--AT-T-T-CA-CT--TA-AA-----TA-T-T-ct
gi|86288                      :                                                          AAAAAT-G-CA-A--T-T-AGA-T-GT-AAA-T--GC-A-----A--AATT--------A-------TG-ATTGG-AA-A--T-ATT---A-AA--A-G--A---AAT-T--AAT-T-GA----GC-ACAA--TGCG-CAC-A-T--T-AT-A--AA-T-T-CA-AT--AA-AA-----TA-T-TAA-T-CTATtt
gi|86289                      :                                                           AAAAT-T-AA-TCTT-T-AG--T-GT-AAC-T--GC-A-----A--A-----------A-------TG-ATTGG-AA-A--T-ATTT--A-AA--A-G--A--CTAT-C--AAT-TCAA----GC-ACAA--TTCA-CAC-C-T--TAAT-G--AA-T-T-CA-CT--AA-AA-----TA-T-T-A-T-CTATt
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gi|86293                      :                                                                                                                          tttaaagcatgtcc-A--T-GTTT--A-AA--A-A--AAACTAT-C--AAT-TTAA----GC-TTAA--TGCC-CAC-C-T--T-AT-G--AT-T-T-Ct
gi|86294                      :                                                                                                            t--------A-------TG-TTTGG-AA-A--T-ATTA--A-AACAA-A--A--CTGT-C--AAT-TTAA----AC-ACAA--TGTC-CAC-C-T--T-A--GATAA-T-TGCA-CT--AA-AA-----TA-T-T-