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Reference ( gi|5126 )         :                                            CAATCGCAACTT-CT-C--A-G-G--CC----TTT-C--C-GGCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----AACAC--CT-C-GA-A--TG-T--ATTTGGG-TTGA--AAGTG-TCAT---GGCCGAAAATG-TG-G-GT-AAAATGCCTA--TACAATC-CTTTT-CATCATGCAGTGG-TTGT--AAA-AC--CTCTCTCTGTTTTTCCTTCAACTC-AAAAG-AAATATAT-AACGATTTCATCGAAAAA
gi|5128                       :                                            CAATCGTAACTT-CT-C--G-G-G--CC----TTT-C--C-GGCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----AACAC--CT-C-GA-A--TG-T--ATTTGGG-TTGA--AAGTG-TCAT---GGCGGAAAATG-TG-G-GT-AAAATGCCTA--TACAATT-CTTTT-TATTATACTGTGC-TTGTAAAAA-AC--CTCTCTCTGTTTTTCCTTCTATTC-AAAAG-AAATACAT-AACGATTTCATCGAAA
gi|5130                       :                                            CAATCGCAACTT-CT-C--G-G-G--CC----TTT-C--C-GGCAG-A-C-------------T----CGG-----------AAA----AACAC--CT-C-GA-A--TG-T--ATTGGGG-TTGA--AAGTGTTCAT---GG-CGGAAATG-TG-GCGT-AAAATG-CTA--TACAATC-C-TTT-CATTATACAGTGC-TTGT--AAA-AC--CTCTCTCTG--TTTCCTTCAACTC-AAAAG-AAATACAT-AACGATTTCATCGAACAA
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Reference ( family-514 )      :                   CAATCGCAACTT-CT-C-G-G-G--CC----TTT-C--CGGCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----AACAC--CT-C-GA-A--TG-T--ATTTGGG-TT--GA-----AAGTG-TCAT---GGCGG--AAAATGTG-G-GT-AAAATGCCTA--TACAATC-CTTTT-CATTATACAGT-GCTTGT--AAA-AC--CTCTCTCTGTTTTCCCTTCAACTC-AAAAG-AAATACAT-AACGATTTCATCGAAAAA
gi|5126                       :                   CAATCGCAACTT-CT-C-A-G-G--CC----TTT-C--CGGCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----AACAC--CT-C-GA-A--TG-T--ATTTGGG-TT--GA-----AAGTG-TCAT---GGCCG--AAAATGTG-G-GT-AAAATGCCTA--TACAATC-CTTTT-CATCATGCAGT-GGTTGT--AAA-AC--CTCTCTCTGTTTTTCCTTCAACTC-AAAAG-AAATATAT-AACGATTTCATCGAAAAA
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Reference ( family-514 )      :                   CAATCGCAACTT-CT-C-G-G-G--CC----TTT-C--CGGCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----AACAC--CT-C-GA-A--TG-T--ATTTGGG-TT--GA-----AAGTG-TCAT---GGCGG--AAAATGTG-G-GT-AAAATGCCTA--TACAATC-CTTTT-CATTATACAGT-GCTTGT--AAA-AC--CTCTCTCTGTTTTCCCTTCAACTC-AAAAG-AAATACAT-AACGATTTCATCGAAAAA
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gi|5146                       :                   CAATCGCAACTT-CT-C-G-G-G--CC----TTT-C----GCAG-AGC-------------T----GGG-----------
gi|5147                       :                   CAA-CGCAACTT--T-C-G-G-G--CC----TTT-C--CGGCAG-AGC-------------T----CGG-----------CAA----A
gi|5148                       :                    AATCGCAACTT-CT-C-G-G-G--CC----TTT-C--CGG--G-AGC-------------T----CGG-----------AAA----AACAC--CT-C-GA-A--TG-T--ATTTGGG-TT--GA-----AAGTG-TCAT---GGCGG--AAAATGTG-G-GT-AAAATGCCTA--TACAATA-ATTTT-CATTATAT--T-GCTTGT--AAA-ACATCTCTGTCTGTTTTCCCTTCAACTC-AAAAG-AAATACAT-AACGATTTCATCGGAAAA
gi|5149                       :                    AATCGCAAGTT-CT-C-G-G-G--CC----TTT-C--CGGCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----AACAC--CT-C-GA-A--TG-T--ATTT
gi|5150                       :                    AATCACAACTT-CT-C-G-G----CC----TTT-C--CGGCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----GGCCC--C
gi|5151                       :                    AATCCCAACTT--T-C-G-G----CC----TTT-C--CGGCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----
gi|5152                       :                    AATCGCAACTT-CT-C-G-G-G--CC----TTT-C--C----G-AGC-------------TCTGCCGG-----------AAA----GGC-------C-GA-A--------AGTTGGG-
gi|5152                       :                         CAACTT--T-C-G-G----CC----TTT-C--CGGCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----
gi|5153                       : aatcgcaacttctcgggccAATCGCAACTT-CT-C-G-G-G--CC----TTT-C--C----G-AGC-------------TCTGCCGG-----------AAA----gg
gi|5154                       :                     ATCGCAACTT-CT-C-G-G-G--CC----TTCGC--TGGCAG-AGC-------------T----CGG------------CA----AACAC--CT-CTGA-A--TG-T--ATTTGGG-TT--GA-----AGTTG-TCATGTGGGCGG--AAAAT-TG-G-GT--AAATG-CTA--TCCATTC-CTTTCGCATTATAC-GT-GCTT-T--AAA-AC--CTCTCTCTGTTTCCCTTACAACTCAAAAAG-AAATACATAAAGGATTTCATTGAAAAA
gi|5155                       :                     ATCGCAACTT-CT-C-G-G-----C----CTT-C--CGGCAGAAGCTCGGCAAAGTTTTT----CGG-----------AAA----AGC-C--CTGA-GA-AGTTG-C--ATT--GA-TA--GA-----GAGTG-TCAT---CGGGC--AAA
gi|5156                       :                                 T-C-G-G-G--CCCCCGTTT-CGGCGTCAG-AGC-------------T----CGGGTACGAGGAAGAAA----GACAC--CT-C-GA----TG-A--ATTTGGG-TT--GAGA---AAGTG-TCAT---GG
gi|5157                       :                                        -G--CC----TTC------GCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----A-CAC--CT-C-GA-A--TG-TTTAGTTGGG-TT--GA-----AAGTG-TCAT---GG-GG--AAAATGTG-G-GTTAAAATGCCTA--TACAATC-TTT----ATTATACAGT-GTTTGT--AACCAC--CTCTTTCTGTTTTCC--TCAACTC-AAAAG-AAATACAT-AACTATTTCATCGAAAAA
gi|5158                       :                                                                                                                                       GG-TT--GA-----AAGTG-TCAT---GG-GG--AAATGGTGTG-GT-AAAATGCCTAGATACAATC-CTTTT--ATTATCAAGTGGCTTGT--AAA-AC--CTCTCTCTGTTTTTCCTTC-ACTC-A-----GAATACAT-AACGATTTCATCGACAA


blockSeqs                     :                               G  T T C C GC  CCCG   G GG      A   TCGGCAAAGTTTT CTGC   GTACGAGGAAG   TCGC     CA  G T  C GT  T TT       T  AC  GATTT     T    GTG  C  AC        T C  T      C   GA       T     GC       T  G      AA   C  AT             T          A     A        A
blockSeqs                     :                               .  . . T . .   .      . .       A   .             CTGC   GC            TCGC     .   . .  . .   . .        .  .   GA        .    .    C  .         . .  .      C   .        .     T        A  .      .    .  .              T          .     .        .
blockSeqs                     :                               .  . . . . .   .      . .       .   .             CG     A             .        .   . .  . .   . .        .  .   .         .    .    C  .         . .  .      C   .        .     C        A  .      .    .  .              C          .     .        .
blockSeqs                     :                               .  . . . . .   .      . .       .   .             .      .             .        .   . .  . .   . .        .  .   .         .    .    C  .         . .  .      C   .        .     C        A  .      .    .  .              C          .     .        .
blockSeqs                     :                               .  . . . . .   .      . .       .   .             .      .             .        .   . .  . .   . .        .  .   .         .    .    C  .         . .  .      C   .        .     C        A  .      .    .  .              C          .     .        .
blockSeqs                     :                               .  . . . . .   .      . .       .   .             .      .             .        .   . .  . .   . .        .  .   .         .    .    C  .         . .  .      .   .        .     .        .  .      .    .  .              T          .     .        .
blockSeqs                     :                               .  . . . . .   .      . .       .   .             .      .             .        .   . .  . .   . .        .  .   .         .    .    G  .         . .  .      .   .        .     .        .  .      .    .  .              .          .     .        .
blockSeqs                     :                               .  . . . . .   .      . .       .   .             .      .             .        .   . .  . .   . .        .  .   .         .    .    .  .                                                                                                             
blockSeqs                     :                               .  . . . . .   .      . .       .   .             .      .             .        .   . .  . .   . .        .  .   .         .    .    .  .                                                                                                             
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Alignments
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lowQualScore                  :                               3  2 2 5 2 77  6666   2 77      4   7777777777777 8888   66666666666   5555     44  9 9  2 11  2 11       1  66  99999     6    444  5  55        0 0  0      5   99       0     44       5  0      99   0  99             1     4    0     0        0                  
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Reference ( family-514 )      :                   CAATCGCAACTT-CT-C-G-G-G--CC----TTT-C--CGGCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----AACAC--CT-C-GA-A--TG-T--ATTTGGG-TT--GA-----AAGTG-TCAT---GGCGG--AAAATGTG-G-GT-AAAATGCCTA--TACAATC-CTTTT-CATTATACAGT-GCTTGT--AAA-AC--CTCTCTCTGTTTTCCCTTCAACTC-AAAAG-AAATACAT-AACGATTTCATCGAAAAA
gi|5126                       :                   CAATCGCAACTT-CT-C-A-G-G--CC----TTT-C--CGGCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----AACAC--CT-C-GA-A--TG-T--ATTTGGG-TT--GA-----AAGTG-TCAT---GGCCG--AAAATGTG-G-GT-AAAATGCCTA--TACAATC-CTTTT-CATCATGCAGT-GGTTGT--AAA-AC--CTCTCTCTGTTTTTCCTTCAACTC-AAAAG-AAATATAT-AACGATTTCATCGAAAAA
gi|5127                       :                   CAATCGCAACTT-CT-C-G-G-G--CC----TTT-C--CGGCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----AACAC--CT-C-GA-A--TG-T--ATTT
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gi|5152                       :                    AATCGCAACTT-CT-C-G-G-G--CC----TTT-C--C----G-AGC-------------TCTGCCGG-----------AAA----GGC-------C-GA-A--------AGTTGGG-
gi|5152                       :                         CAACTT--T-C-G-G----CC----TTT-C--CGGCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----
gi|5153                       : aatcgcaacttctcgggccAATCGCAACTT-CT-C-G-G-G--CC----TTT-C--C----G-AGC-------------TCTGCCGG-----------AAA----gg
gi|5154                       :                     ATCGCAACTT-CT-C-G-G-G--CC----TTCGC--TGGCAG-AGC-------------T----CGG------------CA----AACAC--CT-CTGA-A--TG-T--ATTTGGG-TT--GA-----AGTTG-TCATGTGGGCGG--AAAAT-TG-G-GT--AAATG-CTA--TCCATTC-CTTTCGCATTATAC-GT-GCTT-T--AAA-AC--CTCTCTCTGTTTCCCTTACAACTCAAAAAG-AAATACATAAAGGATTTCATTGAAAAA
gi|5155                       :                     ATCGCAACTT-CT-C-G-G-----C----CTT-C--CGGCAGAAGCTCGGCAAAGTTTTT----CGG-----------AAA----AGC-C--CTGA-GA-AGTTG-C--ATT--GA-TA--GA-----GAGTG-TCAT---CGGGC--AAA
gi|5156                       :                                 T-C-G-G-G--CCCCCGTTT-CGGCGTCAG-AGC-------------T----CGGGTACGAGGAAGAAA----GACAC--CT-C-GA----TG-A--ATTTGGG-TT--GAGA---AAGTG-TCAT---GG
gi|5157                       :                                        -G--CC----TTC------GCAG-AGC-------------T----CGG-----------AAA----A-CAC--CT-C-GA-A--TG-TTTAGTTGGG-TT--GA-----AAGTG-TCAT---GG-GG--AAAATGTG-G-GTTAAAATGCCTA--TACAATC-TTT----ATTATACAGT-GTTTGT--AACCAC--CTCTTTCTGTTTTCC--TCAACTC-AAAAG-AAATACAT-AACTATTTCATCGAAAAA
gi|5158                       :                                                                                                                                       GG-TT--GA-----AAGTG-TCAT---GG-GG--AAATGGTGTG-GT-AAAATGCCTAGATACAATC-CTTTT--ATTATCAAGTGGCTTGT--AAA-AC--CTCTCTCTGTTTTTCCTTC-ACTC-A-----GAATACAT-AACGATTTCATCGACAA