lowQualScore : 11
lowQualScore : 9 1 1 6 11 222 11 00 222 1 9
lowQualScore : . . . . .. ... .. .. ... . .
lowQualScore : 1 2 2 3 77 222 77 66 888 4 1
consensus : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G-TAAAGGTC--GAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CNTTATAT
Reference ( gi|5487 ) : GGTCACACAAGGTCATTTT-G-TGAAGGTT--GAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CGTTATAT
gi|5488 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G-TAAAGGTT--GAG---GTCA--CTC--AAAAT-T-TA-CGTTATAT
gi|5489 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G-TAAAGGTT--GGG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-TGTTATAT
gi|5490 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G-TAAAAGTT--GAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CTTCACAT
gi|5491 : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G-TAAAGGTT--GAG---GTCA--CTC--TACAT-T-TA-CCCTATAT
gi|5492 : GGTGACTTAAGGTCATTTT-G-TAAAGGTT--GGG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CGTGATAT
gi|5493 : GGTCACACAAGTTTATTT--G-TAAAGGTT--GAG---GTCA--TTC--AACAT-T-TA-CCTTATAT
gi|5494 : GGTCACACAAGGTAATATT-T-TAAAGGTT--GAG---GTCA--CTC--AAAAT-T-TA-CATTATAT
gi|5495 : GATCACACAAGGCCATTTT-G-TACACGTT--GAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TATCTTTATAT
gi|5496 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G-TAA---TTTAGAG---GTCA--CTC--CACAT-T-TA-CATTATAT
gi|5499 : GGTCACTCAAAGTCAATTT-G-TGAAGGCT--GAG---ATCA--CTC--AACAT-T-TA-CCTT
gi|5497 : GGTCACTCAAGGTCAATTT-G-TAAAGGTT--GAG---GTCT--TTC--AACAT-A-TA-CCTTATAT
gi|5498 : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G-TAAAAGTT--GAG---ATCA--CTC--ATTAT-T-TA-CCTTACA
gi|5500 : GGTCACCCAAGTTCATTTC-G-TAAATATT--TAG---GTTA--CTC--AACAT-T-TA-CCTTATAT
gi|5501 : GGTCACTCAAAGTCATATT-G-TAAAGGTT--AAG---GTCA--CTC--AACA
gi|5502 : GGTCGCTCAGGGTCATGTT-G-TAAAGGTC--AAG---GTAA--CTC--AACAT-C-TA-CCTAATAT
gi|5503 : GGTCACGCAAGGTCATTTT-GTTTAA--TT--AAG---ATCA--CTC--AACATATATA-CTTTATAT
gi|5504 : GATCACTCGAGGTTATTTT-G-TAAAGGTT--AAA---TACA--CTC--AATAT-T-TA-CCATATAT
gi|5506 : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G-T-AAGGTC--AAG---GTCA--CT
gi|5505 : GGTCACTCAAGGCCACTTT-G-AAAAGGTC--AAC---ATCA--CTC--AGCAT-A-CA-CTTTATAT
gi|5507 : GGTTACTCAAGGTCATTTT-G-GAAATGTT--AAC---GTCA--CTC--AAAAC-A-TA-CATT
gi|5509 : GTTACTCAATGTCATTTT-G-TAAAGGTC--AAG---GTCA--CTCAGAACAT-C-TA-TGTTATAT
gi|5511 : GTCACTCAAGGTCATTTT---TAAAGGTT--AAG---GTCA--CTG--GACAT-A-TA-CA
gi|5513 : GTCATTTAAGGTCATTTTTG-TGAAGGTC--AAG---GTCA--CTCAGAACAC-A-TA-CTTTATA
gi|5508 : GTTACTCAAGGTCATTTT-G-GAAAAGTT--AAG---GTCA--CTC--AA
gi|5512 : GTCTCTCAAGGTCATTTT-G-TAAAGGTC--AAG---ATCA--CTCATAACAT-
gi|5510 : GTTACTCAAGGCCATTTT-G-TAAAGGTC--AAG---GTCAATCTG--AATAT-A-TA-CCTTGTAT
gi|5514 : TTACTCAAGGTCATTTT-G-GAAAGGTC--AAG---GTCA--CTCAGAATAT-A-TA-CATTGTGT
gi|5515 : ACA-AAGGTCATTTT-G-TAAAGGCT--AAGCTAGCCA--CTC--GACAT-T-TA-C
gi|5516 : CAAGGTCATTTT-G-TAAAGGTC--AAG---GTCA--CTTAGAACAT-C-TA-TATTATAT
gi|5517 : CAAGGTCATTTT-G-GAAAGGTC--AAG---GTCA--CTTAGAACAT-A-TA-CTTTATAT
gi|5518 : AAGGTCATTTT-G-TAAAGGCT--GAG---GTTA--CTC--AACAT-T-TA-C
gi|5519 : TTT-G-TAAAGGTT--GAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-TTTTATAT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 11 1 222 11 00 222 1 1
lowQualScore : . .. . ... .. .. ... . .
lowQualScore : 2 77 4 111 77 33 444 4 0
consensus : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CNTTATAT
Reference ( family-512 ) : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CNTTATAT
gi|5487 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TGAAGGTTGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CGTTATAT
gi|5488 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTTGAG---GTCA--CTC--AAAAT-T-TA-CGTTATAT
gi|5489 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTTGGG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-TGTTATAT
gi|5490 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TAAAAGTTGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CTTCACAT
gi|5491 : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTTGAG---GTCA--CTC--TACAT-T-TA-CCCTATAT
gi|5492 : GGTGACTTAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTTGGG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CGTGATAT
gi|5493 : GGTCACACAAGTTTATTT--G--TAAAGGTTGAG---GTCA--TTC--AACAT-T-TA-CCTTATAT
gi|5494 : GGTCACACAAGGTAATATT-T--TAAAGGTTGAG---GTCA--CTC--AAAAT-T-TA-CATTATAT
gi|5495 : GATCACACAAGGCCATTTT-G--TACACGTTGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TATCTTTATAT
gi|5496 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TAA-TTTAGAG---GTCA--CTC--CACAT-T-TA-CATTATAT
gi|5497 : GGTCACTCAAGGTCAATTT-G--TAAAGGTTGAG---GTCT--TTC--AACAT-A-TA-CCTTATAT
gi|5498 : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAAGTTGAG---ATCA--CTC--ATTAT-T-TA-CCTTACA
gi|5499 : GGTCACTCAAAGTCAATTT-G--TGAAGGCTGAG---ATCA--CTC--AACAT-T-TA-CCTT
gi|5500 : GGTCACCCAAGTTCATTTC-G--TAAATATTTAG---GTTA--CTC--AACAT-T-TA-CCTTATAT
gi|5501 : GGTCACTCAAAGTCATATT-G--TAAAGGTTAAG---GTCA--CTC--AACA
gi|5502 : GGTCGCTCAGGGTCATGTT-G--TAAAGGTCAAG---GTAA--CTC--AACAT-C-TA-CCTAATAT
gi|5503 : GGTCACGCAAGGTCATTTT-GTTTAA---TTAAG---ATCA--CTC--AACATATATA-CTTTATAT
gi|5504 : GATCACTCGAGGTTATTTT-G--TAAAGGTTAAA---TACA--CTC--AATAT-T-TA-CCATATAT
gi|5505 : GGTCACTCAAGGCCACTTT-G--AAAAGGTCAAC---ATCA--CTC--AGCAT-A-CA-CTTTATAT
gi|5506 : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--T-AAGGTCAAG---GTCA--CT
gi|5507 : GGTTACTCAAGGTCATTTT-G--GAAATGTTAAC---GTCA--CTC--AAAAC-A-TA-CATT
gi|5508 : GTTACTCAAGGTCATTTT-G--GAAAAGTTAAG---GTCA--CTC--AA
gi|5509 : GTTACTCAATGTCATTTT-G--TAAAGGTCAAG---GTCA--CTCAGAACAT-C-TA-TGTTATAT
gi|5510 : GTTACTCAAGGCCATTTT-G--TAAAGGTCAAG---GTCAATCTG--AATAT-A-TA-CCTTGTAT
gi|5511 : GTCACTCAAGGTCATTTT----TAAAGGTTAAG---GTCA--CTG--GACAT-A-TA-CA
gi|5512 : GTCTCTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCAAG---ATCA--CTCATAACAT-
gi|5513 : GTCATTTAAGGTCATTTTTG--TGAAGGTCAAG---GTCA--CTCAGAACAC-A-TA-CTTTATA
gi|5514 : TTACTCAAGGTCATTTT-G--GAAAGGTCAAG---GTCA--CTCAGAATAT-A-TA-CATTGTGT
gi|5515 : AAGGTCATTTT-G--TAAAGGCTAAGCTAGCCA--CTC--GACAT-T-TA-C
gi|5516 : acaCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCAAG---GTCA--CTTAGAACAT-C-TA-TATTATAT
gi|5517 : CAAGGTCATTTT-G--GAAAGGTCAAG---GTCA--CTTAGAACAT-A-TA-CTTTATAT
gi|5518 : AAGGTCATTTT-G--TAAAGGCTGAG---GTTA--CTC--AACAT-T-TA-C
gi|5519 : TTT-G--TAAAGGTTGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-TTTTATAT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 11 1 222 11 00 222 1 1
lowQualScore : . .. . ... .. .. ... . .
lowQualScore : 2 77 4 111 77 33 444 4 0
consensus : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CNTTATAT
Reference ( family-512 ) : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CNTTATAT
gi|5487 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TGAAGGTTGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CGTTATAT
gi|5488 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTTGAG---GTCA--CTC--AAAAT-T-TA-CGTTATAT
gi|5489 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTTGGG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-TGTTATAT
gi|5490 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TAAAAGTTGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CTTCACAT
gi|5491 : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTTGAG---GTCA--CTC--TACAT-T-TA-CCCTATAT
gi|5492 : GGTGACTTAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTTGGG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CGTGATAT
gi|5493 : GGTCACACAAGTTTATTT--G--TAAAGGTTGAG---GTCA--TTC--AACAT-T-TA-CCTTATAT
gi|5494 : GGTCACACAAGGTAATATT-T--TAAAGGTTGAG---GTCA--CTC--AAAAT-T-TA-CATTATAT
gi|5495 : GATCACACAAGGCCATTTT-G--TACACGTTGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TATCTTTATAT
gi|5496 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TAA-TTTAGAG---GTCA--CTC--CACAT-T-TA-CATTATAT
gi|5497 : GGTCACTCAAGGTCAATTT-G--TAAAGGTTGAG---GTCT--TTC--AACAT-A-TA-CCTTATAT
gi|5498 : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAAGTTGAG---ATCA--CTC--ATTAT-T-TA-CCTTACA
gi|5499 : GGTCACTCAAAGTCAATTT-G--TGAAGGCTGAG---ATCA--CTC--AACAT-T-TA-CCTT
gi|5500 : GGTCACCCAAGTTCATTTC-G--TAAATATTTAG---GTTA--CTC--AACAT-T-TA-CCTTATAT
gi|5501 : GGTCACTCAAAGTCATATT-G--TAAAGGTTAAG---GTCA--CTC--AACA
gi|5502 : GGTCGCTCAGGGTCATGTT-G--TAAAGGTCAAG---GTAA--CTC--AACAT-C-TA-CCTAATAT
gi|5503 : GGTCACGCAAGGTCATTTT-GTTTAA---TTAAG---ATCA--CTC--AACATATATA-CTTTATAT
gi|5504 : GATCACTCGAGGTTATTTT-G--TAAAGGTTAAA---TACA--CTC--AATAT-T-TA-CCATATAT
gi|5505 : GGTCACTCAAGGCCACTTT-G--AAAAGGTCAAC---ATCA--CTC--AGCAT-A-CA-CTTTATAT
gi|5506 : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--T-AAGGTCAAG---GTCA--CT
gi|5507 : GGTTACTCAAGGTCATTTT-G--GAAATGTTAAC---GTCA--CTC--AAAAC-A-TA-CATT
gi|5508 : GTTACTCAAGGTCATTTT-G--GAAAAGTTAAG---GTCA--CTC--AA
gi|5509 : GTTACTCAATGTCATTTT-G--TAAAGGTCAAG---GTCA--CTCAGAACAT-C-TA-TGTTATAT
gi|5510 : GTTACTCAAGGCCATTTT-G--TAAAGGTCAAG---GTCAATCTG--AATAT-A-TA-CCTTGTAT
gi|5511 : GTCACTCAAGGTCATTTT----TAAAGGTTAAG---GTCA--CTG--GACAT-A-TA-CA
gi|5512 : GTCTCTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCAAG---ATCA--CTCATAACAT-
gi|5513 : GTCATTTAAGGTCATTTTTG--TGAAGGTCAAG---GTCA--CTCAGAACAC-A-TA-CTTTATA
gi|5514 : TTACTCAAGGTCATTTT-G--GAAAGGTCAAG---GTCA--CTCAGAATAT-A-TA-CATTGTGT
gi|5515 : AAGGTCATTTT-G--TAAAGGCTAAGCTAGCCA--CTC--GACAT-T-TA-C
gi|5516 : acaCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCAAG---GTCA--CTTAGAACAT-C-TA-TATTATAT
gi|5517 : CAAGGTCATTTT-G--GAAAGGTCAAG---GTCA--CTTAGAACAT-A-TA-CTTTATAT
gi|5518 : AAGGTCATTTT-G--TAAAGGCTGAG---GTTA--CTC--AACAT-T-TA-C
gi|5519 : TTT-G--TAAAGGTTGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-TTTTATAT
blockSeqs : T TT T CTA AT AG ATA T G
blockSeqs : . . T . . AT T . G
blockSeqs : . . T . . AG T . T
blockSeqs : . . T . . AG T . C
blockSeqs : . . T . . AG T . G
blockSeqs : . . T . . AG T . C
blockSeqs : . . T . . . T . A
blockSeqs : . . T . . . T . T
blockSeqs : . . A . . . T . A
blockSeqs : . . T . . . T . C
blockSeqs : . . T . . . A . C
blockSeqs : . . T . . . T . C
blockSeqs : . . T . . . T . C
blockSeqs : . . T . . . T . C
blockSeqs : . . C . . . C . T
blockSeqs : . . T . . . T . C
blockSeqs : . . T . . . A . T
blockSeqs : . . C . . . A . A
blockSeqs : . . C . . . C . G
blockSeqs : . . T . . . A . C
blockSeqs : . . T . . . A . A
blockSeqs : . . C . . . A . T
blockSeqs : . . C . . . A . A
blockSeqs : . . T . . . T . A
blockSeqs : . . C . . . C . T
blockSeqs : . . C . . . A . T
blockSeqs : . . C . . . T .
blockSeqs : . . T . . . T .
blockSeqs : . . C . . .
blockSeqs : . . C . . .
blockSeqs : . . T . . .
blockSeqs : . . T . .
blockSeqCons :
originalCons : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CNTTATAT
finalCons : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CNTTATAT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 11 1 222 11 00 222 1 1
lowQualScore : . .. . ... .. .. ... . .
lowQualScore : 2 77 4 111 77 33 444 4 0
consensus : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CNTTATAT
Reference ( family-512 ) : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CNTTATAT
gi|5487 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TGAAGGTTGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CGTTATAT
gi|5488 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTTGAG---GTCA--CTC--AAAAT-T-TA-CGTTATAT
gi|5489 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTTGGG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-TGTTATAT
gi|5490 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TAAAAGTTGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CTTCACAT
gi|5491 : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTTGAG---GTCA--CTC--TACAT-T-TA-CCCTATAT
gi|5492 : GGTGACTTAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTTGGG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-CGTGATAT
gi|5493 : GGTCACACAAGTTTATTT--G--TAAAGGTTGAG---GTCA--TTC--AACAT-T-TA-CCTTATAT
gi|5494 : GGTCACACAAGGTAATATT-T--TAAAGGTTGAG---GTCA--CTC--AAAAT-T-TA-CATTATAT
gi|5495 : GATCACACAAGGCCATTTT-G--TACACGTTGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TATCTTTATAT
gi|5496 : GGTCACACAAGGTCATTTT-G--TAA-TTTAGAG---GTCA--CTC--CACAT-T-TA-CATTATAT
gi|5497 : GGTCACTCAAGGTCAATTT-G--TAAAGGTTGAG---GTCT--TTC--AACAT-A-TA-CCTTATAT
gi|5498 : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--TAAAAGTTGAG---ATCA--CTC--ATTAT-T-TA-CCTTACA
gi|5499 : GGTCACTCAAAGTCAATTT-G--TGAAGGCTGAG---ATCA--CTC--AACAT-T-TA-CCTT
gi|5500 : GGTCACCCAAGTTCATTTC-G--TAAATATTTAG---GTTA--CTC--AACAT-T-TA-CCTTATAT
gi|5501 : GGTCACTCAAAGTCATATT-G--TAAAGGTTAAG---GTCA--CTC--AACA
gi|5502 : GGTCGCTCAGGGTCATGTT-G--TAAAGGTCAAG---GTAA--CTC--AACAT-C-TA-CCTAATAT
gi|5503 : GGTCACGCAAGGTCATTTT-GTTTAA---TTAAG---ATCA--CTC--AACATATATA-CTTTATAT
gi|5504 : GATCACTCGAGGTTATTTT-G--TAAAGGTTAAA---TACA--CTC--AATAT-T-TA-CCATATAT
gi|5505 : GGTCACTCAAGGCCACTTT-G--AAAAGGTCAAC---ATCA--CTC--AGCAT-A-CA-CTTTATAT
gi|5506 : GGTCACTCAAGGTCATTTT-G--T-AAGGTCAAG---GTCA--CT
gi|5507 : GGTTACTCAAGGTCATTTT-G--GAAATGTTAAC---GTCA--CTC--AAAAC-A-TA-CATT
gi|5508 : GTTACTCAAGGTCATTTT-G--GAAAAGTTAAG---GTCA--CTC--AA
gi|5509 : GTTACTCAATGTCATTTT-G--TAAAGGTCAAG---GTCA--CTCAGAACAT-C-TA-TGTTATAT
gi|5510 : GTTACTCAAGGCCATTTT-G--TAAAGGTCAAG---GTCAATCTG--AATAT-A-TA-CCTTGTAT
gi|5511 : GTCACTCAAGGTCATTTT----TAAAGGTTAAG---GTCA--CTG--GACAT-A-TA-CA
gi|5512 : GTCTCTCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCAAG---ATCA--CTCATAACAT-
gi|5513 : GTCATTTAAGGTCATTTTTG--TGAAGGTCAAG---GTCA--CTCAGAACAC-A-TA-CTTTATA
gi|5514 : TTACTCAAGGTCATTTT-G--GAAAGGTCAAG---GTCA--CTCAGAATAT-A-TA-CATTGTGT
gi|5515 : AAGGTCATTTT-G--TAAAGGCTAAGCTAGCCA--CTC--GACAT-T-TA-C
gi|5516 : acaCAAGGTCATTTT-G--TAAAGGTCAAG---GTCA--CTTAGAACAT-C-TA-TATTATAT
gi|5517 : CAAGGTCATTTT-G--GAAAGGTCAAG---GTCA--CTTAGAACAT-A-TA-CTTTATAT
gi|5518 : AAGGTCATTTT-G--TAAAGGCTGAG---GTTA--CTC--AACAT-T-TA-C
gi|5519 : TTT-G--TAAAGGTTGAG---GTCA--CTC--AACAT-T-TA-TTTTATAT