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lowQualScore                  :       3  3   2    33 2           4444  1   1 222    0000000 33 44   1    1    11    1  11   2         
lowQualScore                  :       .  .   .    .. .           ....  .   . ...    ....... .. ..   .    .    ..    .  ..   .         
lowQualScore                  :       1  1   9    77 7           5555  5   4 444    3333333 00 22   2    2    77    2  77   7         
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Reference ( gi|3123 )         : TTTTGA-TG-ACG-TCGA--T-CTACATACGAG----GT-TCA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
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gi|3127                       : TTTTGA-TG-ACG-TCGA--T-CTACATACGAG----GT-TCA-T---TTTC-------G--G---TA-CGGGAAATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTGa
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gi|3128                       : TTTTGA-TGCGCG-TCAA--T-CTACATACGAG----GTATCA-T---TTTC-------G--G--TTA-GGAG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGACTGa
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Alignments
lowQualScore                  :                                                    1111111                                           
lowQualScore                  :         2   2    33 2           4444  1   1 222    0000000 22 44   1    1    11    1  11   2         
lowQualScore                  :         .   .    .. .           ....  .   . ...    ....... .. ..   .    .    ..    .  ..   .         
lowQualScore                  :         9   7    44 5           2222  4   4 333    0000000 99 11   2    2    77    2  77   6         
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Reference ( family-510 )      : TTTTGATG-GCG-TCGA--T-CTACATACGAG----GT-TCA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
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Alignments
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lowQualScore                  :         .   .    .. .           ....  .   . ...    ....... .. ..   .    .    ..    .  ..   .         
lowQualScore                  :         9   7    44 5           2222  4   4 333    0000000 99 11   2    2    77    2  77   6         
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Reference ( family-510 )      : TTTTGATG-GCG-TCGA--T-CTACATACGAG----GT-TCA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
gi|3123                       : TTTTGATG-ACG-TCGA--T-CTACATACGAG----GT-TCA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
gi|3124                       : TTTTGATG-GCG-TCAA--T-CTACATACGAG----GT-TCA-T---TTTC-------G--G--TTA-CTGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
gi|3125                       : TTTTGATG-ACG-TCGA--T-CTACATTCGAG----GT-TCA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTGa
gi|3126                       : TTTTGATG-GCG-TCAA--T-CTACATACGAG----GT-TCA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAGCTTACGGTTG
gi|3127                       : TTTTGATG-ACG-TCGA--T-CTACATACGAG----GT-TCA-T---TTTC-------G--G---TA-CGGGAAATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTGa
gi|3128                       : TTTTGATGCGCG-TCAA--T-CTACATACGAG----GTATCA-T---TTTC-------G--G--TTA-GGAG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGACTGa
gi|3129                       : TTTTGATG-GCG-TAAG--T-CTACATACGAG----GT-TCA-TGGTTTTCCAG----G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AA--TAG-TTACGATTG
gi|3130                       : TTTTGATG-ACG-TCGAGAT-CTACATAC-AG----GT-TCAAT---TTTC-------G--GG-TTAACGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
gi|3131                       : TTTTGATG-ACG-TCGA--CATTACATACGAC----GT-TCA-T---TTTC-------GAAG--TTA-C-GG-AATA--GCCGAAG--TAG-TTACGATTG
gi|3132                       : TTTTGATG-GTG-TCGA--T-CTACATACGAG----GT-TCA-T---TTCC-------A--G--TTA-TGGA-AATA--GCCG-AA--T
gi|3133                       : TTTTGATG-GCG-TCAA--T-CTACATATGAGCTAGGT-TTA-T---TTGC-------A--G--TTT-AGGA-AATA--ACTG-AG--TAG-TTATGATT
gi|3134                       :  TTTGATG-GCG-TCAA--T-CTACATGTGAG----GT-TGA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TA
gi|3135                       :  TTTGATG-ACGCTCGA--A-TTACATACGAG-----T-TCA-T---TTTC-------G--GAGTTA-CGGG-A-TA--GCCG-AG--TAGTTTACGATTG
gi|3136                       :  TTTGAGC-GAG-TCAA--T-CTACA-AC-AG----GT--CA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGG--AATAAAGCCG-AG--TAG-TTACGATTGa
gi|3137                       :           CG-TCAT--T-TTCCGTACTGG-------TCA-T---TTGC-------A--G--TTA-CGGA-AATA--GCCG-AG--TAG-CTACGATTG
gi|3138                       :                GA--T-CTACATACGAG----GT-CCA------TTC-------GC-A--TTA-TGGA-AATA--GCCG-AGACTGG-TTa
gi|3139                       :                        ACATTCGAG----GT-TCA-C---TTGC-------A--G--TTA-TGGA-AATA--ACCA-AG--TTG-TTTCAATTG
gi|3140                       :                               AA----GT-TCA-T---TTTC-------G--GC-TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGACTG
gi|3141                       :                                 ----GT-TCA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGA-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
gi|3142                       :                                 ----GT-CCA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--G-CG-A---TAG-TTACGATTGa
gi|3143                       :                                      T-TAA-T---TTGC-------G--G--TTA-CGGA-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGACTGa
gi|3144                       :                                      T-TCC-T---TTGC-------A--G--TTA-CGGA-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATT
gi|3145                       :                                       -TCA-T---TTGC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-CTACGATTG
gi|3146                       :                                       -TCA-A---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCTG-AG--TAG-TTACGATTGa
gi|3147                       :                                       -TCA-A---TTTC-------G--G--TTA-CGAG-AATA--GCTG-AG--TAG-TTACGATTGa
gi|3148                       :                                       -TCA-T---TTGC-------A--G--TTA-CGGA-AATA--GCCG-AG--TAG-CTACGATTG
gi|3149                       :                                       -TCA-T---TTTCCGTAACCG--G--TTA-CGGA-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTGa
gi|3150                       :                                       -TCA-T---TTTCCGTAACTG--G--TTA-CGGA-AATG--GCCG-AG--TAG-TTACGACTG
gi|3151                       :                                           -T---TTTC-------G--G--CTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
gi|3152                       :                                             ---TTAC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
gi|3153                       :                                                  TC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGACTG
gi|3154                       :                                                   C-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
gi|3155                       :                                                   C-------G--A--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TTG-TTACGATTG


blockSeqs                     :         C   C    GA A           CTAG  A   A GGT    CGTAACC AA AG   A    A    AA    A  AC   C
blockSeqs                     :         .   .    .  .           .     .   . .      CGTAACT C  G    .    .    .     .  .    T
blockSeqs                     :         .   .    .  .           .     .   . .      CAG     .  C    .    .    .     .  .    .
blockSeqs                     :         .   .    .  .           .     .   . .      .       .  .    .    .    .     .  .    .
blockSeqs                     :         .   .    .  .           .     .   . .      .       .  .    .    .    .     .  .    .
blockSeqs                     :         .   .    .  .           .     .   . .      .       .  .    .    .    .     .  .    .
blockSeqs                     :         .   .    .  .           .     .   . .      .       .  .    .    .    .     .  .    .
blockSeqs                     :         .   .    .  .           .     .   . .      .       .  .    .    .    .     .  .    .
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blockSeqs                     :         .   .    .  .           .     .   . .      .       .  .    .    .    .     .  .    .
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blockSeqs                     :         .   .    .  .           .     .   . .      .       .  .    .    .    .     .  .    .
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blockSeqs                     :                                       .   . .      .       .  .    .    .    .     .  .    .
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blockSeqs                     :                                           . .      .       .  .    .    .    .     .  .    .
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blockSeqs                     :                                                    .       .  .    .    .    .     .  .    .
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originalCons                  : TTTTGATG-GCG-TCGA--T-CTACATACGAG----GT-TCA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
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Reference ( family-510 )      : TTTTGATG-GCG-TCGA--T-CTACATACGAG----GT-TCA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
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gi|3134                       :  TTTGATG-GCG-TCAA--T-CTACATGTGAG----GT-TGA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TA
gi|3135                       :  TTTGATG-ACGCTCGA--A-TTACATACGAG-----T-TCA-T---TTTC-------G--GAGTTA-CGGG-A-TA--GCCG-AG--TAGTTTACGATTG
gi|3136                       :  TTTGAGC-GAG-TCAA--T-CTACA-AC-AG----GT--CA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGG--AATAAAGCCG-AG--TAG-TTACGATTGa
gi|3137                       :           CG-TCAT--T-TTCCGTACTGG-------TCA-T---TTGC-------A--G--TTA-CGGA-AATA--GCCG-AG--TAG-CTACGATTG
gi|3138                       :                GA--T-CTACATACGAG----GT-CCA------TTC-------GC-A--TTA-TGGA-AATA--GCCG-AGACTGG-TTa
gi|3139                       :                        ACATTCGAG----GT-TCA-C---TTGC-------A--G--TTA-TGGA-AATA--ACCA-AG--TTG-TTTCAATTG
gi|3140                       :                               AA----GT-TCA-T---TTTC-------G--GC-TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGACTG
gi|3141                       :                                 ----GT-TCA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGA-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
gi|3142                       :                                 ----GT-CCA-T---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--G-CG-A---TAG-TTACGATTGa
gi|3143                       :                                      T-TAA-T---TTGC-------G--G--TTA-CGGA-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGACTGa
gi|3144                       :                                      T-TCC-T---TTGC-------A--G--TTA-CGGA-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATT
gi|3145                       :                                       -TCA-T---TTGC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-CTACGATTG
gi|3146                       :                                       -TCA-A---TTTC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCTG-AG--TAG-TTACGATTGa
gi|3147                       :                                       -TCA-A---TTTC-------G--G--TTA-CGAG-AATA--GCTG-AG--TAG-TTACGATTGa
gi|3148                       :                                       -TCA-T---TTGC-------A--G--TTA-CGGA-AATA--GCCG-AG--TAG-CTACGATTG
gi|3149                       :                                       -TCA-T---TTTCCGTAACCG--G--TTA-CGGA-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTGa
gi|3150                       :                                       -TCA-T---TTTCCGTAACTG--G--TTA-CGGA-AATG--GCCG-AG--TAG-TTACGACTG
gi|3151                       :                                           -T---TTTC-------G--G--CTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
gi|3152                       :                                             ---TTAC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
gi|3153                       :                                                  TC-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGACTG
gi|3154                       :                                                   C-------G--G--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TAG-TTACGATTG
gi|3155                       :                                                   C-------G--A--TTA-CGGG-AATA--GCCG-AG--TTG-TTACGATTG