lowQualScore : 111 111 111
lowQualScore : 22 1 1 22 66666 22 444444 1 22 1 9999999999999 555 1 1 1 1 1 444444 1 33 6 1 1 22 1 1 2222 33 1 111 444444 333 333 11 1 33 111 4 22 1 22 44 666 333 1 33 22
lowQualScore : .. . . .. ..... .. ...... . .. . ............. ... . . . . . ...... . .. . . . .. . . .... .. . ... ...... ... ... .. . .. ... . .. . .. .. ... ... . .. ..
lowQualScore : 33 6 5 11 55555 11 444444 5 00 5 6666666666666 444 6 4 5 5 4 000000 4 44 3 5 5 00 4 4 3333 22 4 777 000000 888 888 99 5 77 777 9 22 6 22 11 333 222 8 11 88
consensus : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA-T-GC-AGAA-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGGT-CGT-A--GT-TT-GAT---AAAATGTG--TTTG-ACTT--AG------TG---T---AAA--T-TTGGAATTTC--TG-T-CACNAA--G-TC--AA--AC-A-T---T-TTTG-TG--AAAAAAA
Reference ( gi|85460 ) : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA-A-GC-AGAA-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGAT-CGT-A--GT-TT-GAT---AAAATGTG--TTTG-ACTT--GG------TG---T---AAA--T-TTGGAATTTC--TG-T-CACAAA--G-TC--AA--AC-C-T---T-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85463 : TGATCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA-T-GC-AGAA-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGGT-CGC-A--GT-TT-GAT---TAAATGTG--TTTC-ACTT--AG------TA---T---ACA--T-TTGGAATTTC--TG-T-CACTAA--G-TC--AA--AT-A-T---T-TTTT-TG--AAAAAAA
gi|85461 : TAACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAGC--TAAG----TA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA-T-GC-AGAA-TTTTA-T-C-TAGAT------TATG-GAA--GTGATGGT-CGT-A--GT-GT-CAT---CAAATGAT--TTTG-ACTT--AG------TG---T---AAA--T-TTGGAATTTC--TG-T-CACAAA--G-TC--AA--AC-A-T---T-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85462 : TAACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----AA--CG------A-CC--TA-CA-------------TGGTTTGA-T-GC-CGAA-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GCA--ATGATGGT-TGT-A--GT-TT-GAT---TAAATGTG--TTTG-ACTT--AG------CG---T---AAA--T-TTGGAATTTC--TG-A-CACTAA--G-TC--AA--AC-A-T---T-TTAT-TG--AAAAAAAa
gi|85464 : TAACCCCAA--CCT-AAG-GTAGAAT--AAAG----TATACA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA-T-GC-AGAA-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGGT-CGT-A--GT-TT-GAT---AAAATGTG--TTTG-ACTTAAAG------TG---T---AAA--T-GTGGAATTTG--AG-T-CTCAAA--G-TC--AG-----------T-TTTG-TG--AAAAAAAa
gi|85466 : TAACCCCAA--CCT-AGG-ATAGAAC--AAAG----CA--AT------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA-T-GC-AGAA-TATTG-T-C-AAGAT------TATG-GAA--ATGATGGT-TGT-A--GT-CT-GAT---AAAAATTG--TTTG-ACCT--GG------TG---T---AAA--T-TTGGAATT----TG-T-CACACA--A-TC--AA--AC-A-T---T-TTTG-TGCCAAAAAAa
gi|85467 : TGACCCCAA--C-T-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TAATA-------------TGGTTTGA-T-GC-AGAA-TTTT--T-C-TAGAT------TATG-GAGGTATGATGGT-CGT-A--GT-TT-GAT---TAAATGTG---TTG-AATT---G------TG---T---AAA--T-TTGGAATTTCCATG-T-CACTAA--G-TC--AA--AT-CAT---TATTTT-TG--AAAAAAA
gi|85469 : TAACCCCAA--CCT-AGG-G--GAAC--AAAG----CA--CA------A-CCCCTA-TA-------------TGGTT-GATG-GC-AGAA-TTTTA-TTC-TAGAT------TGTG-GG----------T-CGT-A--GT-AT-GAT---AAAATGTG--TTTG-ACTT--AG------TG---T---AAA--T-TTAGAATTAC--TG-T-CACAAA--G-TG--AA--AC-A-T---T-TTTG-AG--AAAACAAa
gi|85472 : TGATCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--GAAC----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA-T-GC-AAAA-TTTAA-T-A-TAGAT------TATG-GAA--AGGATGGT-CGT-A--GT-TT-GAT---TAAATGTG--TTTG-ACTT--AG------TG---T---AAA--T-TTGGAAT
gi|85470 : TGACCCCCA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA-T-GC-AGAA-TTTTG-T-C-TAGTT------TATG-GAA--AT------------------------------TATG--TTTG-ACTT--AG------TG---T---AAA--T-TTGGAATTTC--TG-T-CACTGA--G-TC--AAT-AT-A-T---T-TT---TG--AAAAAAAacaaggtacgtttt
gi|85474 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TT--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA-T-GC-AGCA-TTTTG-T-A-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGGT-CGT-A--GT-TT-GAT---CAAATGTG--TTTG-CATT--AG------TG---T---AAA--a
gi|85471 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAACCCAAAG----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TG-TTTGA-T-GC-AGAA-TTTTG-T-C--AGATAAAAACTATGCGAA--ATGATGGT-TCT-A--GT-TT-GAT---TAAATGTG--CTGA-GCGT--AG------TG---T---AAA--T-TCG--ATTTC--TG-TCCAC-AA--G-TC--AA--AT-A-T---T-GTTT-TG--AAAAAAA
gi|85473 : TAACCCCAA--CTT-ACG-GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA-T-GC-AGAA-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--CTGATGGT-TGT-A--GC-CT-GAT---AAAATGTG--TTTA---TT--CC------TG---T--------T-T--GATTTTC--TG---CATTAA--G-TC--a
gi|85476 : TAACCCTAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA-T-GC-AGAA-TTTTG-T-C-CAGAT------TATT-GA-----CATGGT-CGT-A--GT-TT-GAT---AAAATGTG--TTTA---TT--AC------TG---T--------T-T--GATTTTC--TG---CATAAA--G-TC--
gi|85475 : TAACCCTAA--CCT-ATA-GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TATTTAGTCTATATGTGGTTTGA-A-GC-AGAC-TTTTG-T-C-TATAT------
gi|85465 : TAACCCCAA--CTA-AGG-TTAGAAT--AAAAGTATTA--CA------AGCC--TA--A-------------TG-TTTGA-T-GC-AAGA-ATTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA---TGATG-T-CGT-A--GT-TT-GAT---AAAATGTG--TTTG-ACTTAAAG------TG---TA--AAA--T-GTGGAATTTG--AG-T-CTCAAA--GTTC--AG-----------T-TTTG-TG--AAAAAAAatatatggtttgaagcaaacttttgtctagattatggaactgatggtcgtagtttgataaaatgtgtttgacttagtttttgaaatttttgtcacaaagtcaaacatttttatcaaaa
gi|85478 : TGACCCCGA--CAT-AGG-CTAGAAC--AAAGTAT-TA--TA------A-TC--TA-TA-------------T----------------A-TCTTA-T-A-TTGGC------TATG-GAA--ATGGTGGT-TGT-A--GT-TT-GAT---AAAATGTG--TTCC-ACTT--AA------TG---T---AAA--T-TTGGAATTTT--TG-T-CACAAA--G-TC--AA--A----TAAAT-TTTA-TG--AAAAAGA
gi|85479 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGTAC--AAAG----TA--CATGTACAA-CC--TA-TA-------------GGGTTTGA-T-GC-AGAA-TTTTA-T-C-TAGAT------TACG-AGA--ATTATGGT-TGT-A--AT-TT-GAT---AAAATGTG--CTTG----T--GG----------------AC--TCTTGGAA---C--TG-T-CGCAa
gi|85481 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAT--AAAC----CA--CA------A-CC--TA-TT-------------TGGTATAA-T-GC-AGAA-TTGTG-A-C-AAGAT------AATG-GAA--ATGATGAT-CGT-A--GT-TT-GAT---AAAAT
gi|85480 : TAACCCCAA--CTT-ACG-GTTGAAC--AAAG----CA--CA------G-CC--TA-TA-------------TGGTGTGA-T-GC-AGAA-TTGTG-T-C-ACGAT------TATG-AAA--CTGATGGT-TGT-A--GT-CT-GAT---AAAATGTG--TT
gi|85468 : TAACCCCAAAACCT-AGGAGTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TA-TAT------------TGGTTTGA-T-GC-AGAATTTTTGCT-C-TAGAT------TATG-GAAC-ATGAT
gi|85482 : TAACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----GA--CG------A-CC--TA-TA-------------Tagtt
gi|85483 : ACCCCAA--CCTTAGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTT-GA-ATGC-AGAA-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-AAA--ATGATGGTTCGTTATTGTGTT-GACTTGAGGATATGG-TTTG--CAT--AA------TG---T---ATA--T-TTGGAACTTCT-TGTT-CACTAAGTG-TCCAAA--AC-A-T---T-TTTT-TG--
gi|85484 : CCAC--CAT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--GA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTG----TCTAGAA-TTTT
gi|85477 : AA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-----TA-TA-------------TGGTT----A-AT-ATA--TTTTG-T-CCTAGAT------TAGG-GAA--ATGATGGT-CGT-A--GT-TTTGAT---TAAATGTGGTTTTGGACTT--A-------TG---T---AAAATT-TTGGAATT-C--TG-T-CACTAA--G-TC--AA--AC-A-T---T-TTGT-TG--AAAAA
gi|85485 : taacgccgca-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CA------G-CC--TA-TA-------------TGGTTTTA-T-GC-AGAA-TTTAG-T-C-TACAT------TATG-GAA--ATGATGGT-GGT-A--GT-TT-GAT---TAAATGTG--TTTG-ACGT--AG------TG---T---AAA--
gi|85486 : -GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA-
gi|85475 : --TA-TA-------------TGGTTTGA-A-GC-AAAC-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--CTGATGGT-CGT-A--GT-TT-GAT---AAAATGTG--TTTG-ACTT--AG------T----T--------T-TTGAAATTTT--TG-T-CACAAA--G-TC--AA--AC-A-T---T-TTTA-TC--AAAA
gi|85488 : taaccctaacctatagtagaacaaagcacaacctatatttagtctatatgtggtttgaagcagacttttgtctatataAA-TTTTG-T-C-TAGAT------TACG-CAA--ATGGTGGT-TGT-A--GT-CT-GAT---AAAATGTG--GTTG-ACTT--TG------TG---T---AAA--T-TTGGAATTTC--TG-T-CACTAA--A-TC--AA--AC-A-T---T-TTAG-TG--AAAAAAA
gi|85489 : AG-TTTTG-T-C-TAGAT------TATC-GAA--ATGATAAT-TGT-A--GT-CT-GAT---AAAATGTG--CTTG-ACAT--AGTATACATG---T---ACA--T-TTTGAATTTC--TG-T-CACTAA--A-TC--AA--AC-A-T---T-TTTG-TG--AAAAAA
gi|85487 : A-TTTTG-T-T-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGGT-CGT-A--GT-TT-GAT---AAAATGTG--TTTG-AC----------------------------TTGGAATTTT--TG-T-CATAAA--G-GC--AA--AC-A-T---T-TTTG-TG--AATAAAA
gi|85490 : tatattttgagtttgccgtgt-TACAT------TATG--AA--ATGATGGT-TGT-A--GT-TT-GAT---AATATGAG--TTTG-ACTT--CG------TG---T---TAA--A-GCGGAATTTG--TG-T-CACAAA--G-CC--AA--AC-A-----T-TTTG-TT--AAATAAA
gi|85491 : ------TATG-GAA--ATGATGAT-CGT-A--GT-TT-GAT---AAAATATG--TCTG-ACTT--AG------TG---T---AGA--T-TTGAAATTTC--TT-T-CACAAA--A-TC--AA--AC-A-T---T-TTTGTTG--AAAAAAA
gi|85462 : T-TC-AAT---AAAATGT----TTG-ACTT--AG------TG---TCAGAAA--T-TCCAAATTTA-------CGCTAA--G-TC--AA--AC-a
gi|85475 : taaccccaacctagggtagaacaaagaacgacctacatggtttgatgccgaattttgtctagattatggcaatgatggttgtagtttgattaaatgtT-TT-GAT---AAAA-ATG--TTTG-ACTT--TG------TGA--C---AAA--------AATTTC--AA-A-AACTAA--G-TC--AA--ACAC-A---T-TTTA-TC--AAAaaaaaa
gi|85492 : taaccctaacctatagtagaacaaagcacaacctatatttagtctatatgtggtttgaagcagacttttgtctatatatatatggtttgaagcaaacttttgtctagattatggaactgatggtcgtagAT---TAAATGTG--TTTG-ACTT--CG------TG---T---AAA--T-TAAGAATTTC--TG-T-CACTAA--G-TC--AA-------T---T-TTTa
gi|85488 : T---AAAATGT----TTG-ATTT--AG------TGACAG---AAA--T-TCCAAATTTA-------CACAAA--G-TC--AACCAC-A-T---T-TT
Alignments
lowQualScore : 22 1 1 22 55555 22 444444 1 11 1 9999999999999 222 1 11 1 1 1 1 333333 1 33 1 1 22 1 1 3333 1 22 1 44 444444 1 22 44 1 1 22 22 1 1 1 1 22 22
lowQualScore : .. . . .. ..... .. ...... . .. . ............. ... . .. . . . . ...... . .. . . .. . . .... . .. . .. ...... . .. .. . . .. .. . . . . .. ..
lowQualScore : 22 5 5 00 99999 00 333333 5 99 4 0000000000000 555 5 99 4 4 4 4 888888 4 33 4 4 00 4 4 1111 4 00 5 22 444444 5 11 11 7 0 44 44 9 9 9 9 44 88
consensus : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACNAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAAA
Reference ( family-507 ) : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACNAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85460 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---AG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGA-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--GG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACAAA--GTC--AA-A-C-CTT-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85461 : TAACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAGC--TAAG----TA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-C-TAGAT------TATG-GAA--GTGATGG-TCG-TA--GT-GT-CAT---CAAATGA-T--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACAAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85462 : TAACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----AA--CG------A-CC--TA-CA-------------TGGTTTGA---TG-CCGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GCA--ATGATGG-TTG-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------CGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-ACACTAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTAT-TG--AAAAAAAa
gi|85463 : TGATCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-CA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--TTTC-ACTT--AG------TAT-ACA--TTTGGAATTTC--TG-TCACTAA--GTC--AA-A-T-ATT-TTTT-TG--AAAAAAAa
gi|85464 : TAACCCCAA--CCT-AAG-GTAGAAT--AAAG----TATACA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTTAAAG------TGT-AAA--TGTGGAATTTG--AG-TCTCAAA--GTC--AG-------T-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85465 : TAACCCCAA--CTA-AGG-TTAGAAT--AAAAGTATTA--CA------AGCC--TA--A-------------TG-TTTGA---TG-CAAG--A-ATTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA---TGATG--TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTTAAAG------TGTAAAA--TGTGGAATTTG--AG-TCTCAAA--GTT-------C-AGT-TTTG-TG--AAAAAAAa
gi|85466 : TAACCCCAA--CCT-AGG-ATAGAAC--AAAG----CA--AT------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TATTG-T-C-AAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TTG-TA--GT-CT-GAT---AAAAATT-G--TTTG-ACCT--GG------TGT-AAA--TTTGGAATT----TG-TCACACA--ATC--AA-A-C-ATT-TTTG-TGCCAAAAAA
gi|85467 : TGACCCCAA--C-T-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TAATA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTT--T-C-TAGAT------TATG-GAGGTATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G---TTG-AATT---G------TGT-AAA--TTTGGAATTTCCATG-TCACTAA--GTC--AA-ATC-ATTATTTT-TG--AAAAAAA
gi|85468 : TAACCCCAAAACCT-AGGAGTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TA-TAT------------TGGTTTGA---TG-CAGA--ATTTTTGCT-C-TAGAT------TATG-GAAC-ATGATAG-Ta
gi|85469 : TAACCCCAA--CCT-AGG-G--GAAC--AAAG----CA--CA------A-CCCCTA-TA-------------TGGTT-GA---TGGCAGA--A-TTTTA-TTC-TAGAT------TGTG-G----------G-TCG-TA--GT-AT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTAGAATTAC--TG-TCACAAA--GTG--AA-A-C-ATT-TTTG-AG--AAAACAAt
gi|85470 : TGACCCCCA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGTT------TATG-GAA--AT------------------------------TAT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACTGA--GTC--AATA-T-ATT-TT---TG--AAAAAAA
gi|85471 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAACCCAAAG----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TG-TTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C--AGATAAAAACTATGCGAA--ATGATGG-TTC-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--CTGA-GCGT--AG------TGT-AAA--TTCG--ATTTC--TG-TCCACAA--GTC--AA-A-T-ATT-GTTT-TG--AAAAAAAa
gi|85472 : TGATCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--GAAC----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAAA--A-TTTAA-T-A-TAGAT------TATG-GAA--AGGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATa
gi|85473 : TAACCCCAA--CTT-ACG-GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TTG-TA--GC-CT-GAT---AAAATGT-G--TTTA---TT--CC------TGT------TT--GATTTTC--TG--CATTAA--GTC--acaaggtacgtttt
gi|85474 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TT--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGC--A-TTTTG-T-A-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---CAAATGT-G--TTTG-CATT--AG------TGT-AAA--
gi|85475 : TAACCCTAA--CCT-ATA-GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TATTTAGTCTATATGTGGTTTGA---AG-CAGA--C-TTTTG-T-C-TATAT------
gi|85475 : --TA-TA-------------TGGTTTGA---AG-CAAA--C-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------T-T------TTTGAAATTTT--TG-TCACAAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTA-TC--AAAAatatatggtttgaagcaaacttttgtctagattatggaactgatggtcgtagtttgataaaatgtgtttgacttagtttttgaaatttttgtcacaaagtcaaacatttttatcaaaa
gi|85476 : taaccctaacctatagtagaacaaagcacaacctatatttagtctatatgtggtttgaagcagacttttgtctatataTAACCCTAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-CAGAT------TATT-GA-----CATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTA---TT--AC------TGT------TT--GATTTTC--TG--CATAAA--GTC--
gi|85477 : AA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-----TA-TA-------------TGGTT-AA---TA-TA------TTTTG-T-CCTAGAT------TAGG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TTTGAT---TAAATGT-GGTTTTGGACTT--A-------TGT-AAAATTTTGGAATT-C--TG-TCACTAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTGT-TG--AAAAA
gi|85478 : taacgccgcaTGACCCCGA--CAT-AGG-CTAGAAC--AAAGTAT-TA--TA------A-TC--TA-TA-------------T-------------------A-TCTTA-T-A-TTGGC------TATG-GAA--ATGGTGG-TTG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTCC-ACTT--AA------TGT-AAA--TTTGGAATTTT--TG-TCACAAA--GTC--AA-A-TAAAT-TTTA-TG--AAAAAGA
gi|85479 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGTAC--AAAG----TA--CATGTACAA-CC--TA-TA-------------GGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-C-TAGAT------TACG-AGA--ATTATGG-TTG-TA--AT-TT-GAT---AAAATGT-G--CTTG-a
gi|85480 : TAACCCCAA--CTT-ACG-GTTGAAC--AAAG----CA--CA------G-CC--TA-TA-------------TGGTGTGA---TG-CAGA--A-TTGTG-T-C-ACGAT------TATG-AAA--CTGATGG-TTG-TA--GT-CT-GAT---AAAATGT-G--TTtggactcttggaactgtcgca
gi|85481 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAT--AAAC----CA--CA------A-CC--TA-TT-------------TGGTATAA---TG-CAGA--A-TTGTG-A-C-AAGAT------AATG-GAA--ATGATGA-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAAT
gi|85482 : TAACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----GA--CG------A-CC--TA-TA-------------T
gi|85483 : ACCCCAA--CCTTAGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTGAA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-AAA--ATGATGGTTCGTTATTGTGTT-GACTTGAGGATATGG--TTTG--CAT--AA------TGT-ATA--TTTGGAACTTCT-TGTTCACTAAGTGTCCAAA-A-C-ATT-TTTT-TG--
gi|85484 : CCAC--CAT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--GA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTG----TC-TAGA--A-TTTT
gi|85485 : -AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CA------G-CC--TA-TA-------------TGGTTTTA---TG-CAGA--A-TTTAG-T-C-TACAT------TATG-GAA--ATGATGG-TGG-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--TTTG-ACGT--AG------TGT-AAA--
gi|85486 : -GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---
gi|85487 : --TA-TA-------------T--TTTGAGTTTG-CCGTGTA-TTTTG-T-T-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-AC----------------------TTGGAATTTT--TG-TCATAAA--GGC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AATAAAA
gi|85488 : A--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TACG-CAA--ATGGTGG-TTG-TA--GT-CT-GAT---AAAATGT-G--GTTG-ACTT--TG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACTAA--ATC--AA-A-C-ATT-TTAG-TG--AAAAAAA
gi|85489 : A--G-TTTTG-T-C-TAGAT------TATC-GAA--ATGATAA-TTG-TA--GT-CT-GAT---AAAATGT-G--CTTG-ACAT--AGTATACATGT-ACA--TTTTGAATTTC--TG-TCACTAA--ATC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAA
gi|85490 : -TACAT------TATG--AA--ATGATGG-TTG-TA--GT-TT-GAT---AATATGA-G--TTTG-ACTT--CG------TGT-TAA--AGCGGAATTTG--TG-TCACAAA--GCC--AA-A-C-A-T-TTTG-TT--AAATAAA
gi|85491 : ------TATG-GAA--ATGATGA-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATAT-G--TCTG-ACTT--AG------TGT-AGA--TTTGAAATTTC--TT-TCACAAA--ATC--AA-A-C-ATT-TTTGTTG--AAAAAAA
gi|85492 : AT---TAAATGT-G--TTTG-ACTT--CG------TGT-AAA--TTAAGAATTTC--TG-TCACTAA--GTC--A------ATT-TTTa
Alignments
lowQualScore : 22 1 1 22 55555 22 444444 1 11 1 9999999999999 222 1 11 1 1 1 1 333333 1 33 1 1 22 1 1 3333 1 22 1 44 444444 1 22 44 1 1 22 22 1 1 1 1 22 22
lowQualScore : .. . . .. ..... .. ...... . .. . ............. ... . .. . . . . ...... . .. . . .. . . .... . .. . .. ...... . .. .. . . .. .. . . . . .. ..
lowQualScore : 22 5 5 00 99999 00 333333 5 99 4 0000000000000 555 5 99 4 4 4 4 888888 4 33 4 4 00 4 4 1111 4 00 5 22 444444 5 11 11 7 0 44 44 9 9 9 9 44 88
consensus : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACNAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAAA
Reference ( family-507 ) : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACNAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85460 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---AG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGA-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--GG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACAAA--GTC--AA-A-C-CTT-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85461 : TAACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAGC--TAAG----TA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-C-TAGAT------TATG-GAA--GTGATGG-TCG-TA--GT-GT-CAT---CAAATGA-T--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACAAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85462 : TAACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----AA--CG------A-CC--TA-CA-------------TGGTTTGA---TG-CCGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GCA--ATGATGG-TTG-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------CGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-ACACTAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTAT-TG--AAAAAAAa
gi|85463 : TGATCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-CA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--TTTC-ACTT--AG------TAT-ACA--TTTGGAATTTC--TG-TCACTAA--GTC--AA-A-T-ATT-TTTT-TG--AAAAAAAa
gi|85464 : TAACCCCAA--CCT-AAG-GTAGAAT--AAAG----TATACA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTTAAAG------TGT-AAA--TGTGGAATTTG--AG-TCTCAAA--GTC--AG-------T-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85465 : TAACCCCAA--CTA-AGG-TTAGAAT--AAAAGTATTA--CA------AGCC--TA--A-------------TG-TTTGA---TG-CAAG--A-ATTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA---TGATG--TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTTAAAG------TGTAAAA--TGTGGAATTTG--AG-TCTCAAA--GTT-------C-AGT-TTTG-TG--AAAAAAAa
gi|85466 : TAACCCCAA--CCT-AGG-ATAGAAC--AAAG----CA--AT------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TATTG-T-C-AAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TTG-TA--GT-CT-GAT---AAAAATT-G--TTTG-ACCT--GG------TGT-AAA--TTTGGAATT----TG-TCACACA--ATC--AA-A-C-ATT-TTTG-TGCCAAAAAA
gi|85467 : TGACCCCAA--C-T-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TAATA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTT--T-C-TAGAT------TATG-GAGGTATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G---TTG-AATT---G------TGT-AAA--TTTGGAATTTCCATG-TCACTAA--GTC--AA-ATC-ATTATTTT-TG--AAAAAAA
gi|85468 : TAACCCCAAAACCT-AGGAGTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TA-TAT------------TGGTTTGA---TG-CAGA--ATTTTTGCT-C-TAGAT------TATG-GAAC-ATGATAG-Ta
gi|85469 : TAACCCCAA--CCT-AGG-G--GAAC--AAAG----CA--CA------A-CCCCTA-TA-------------TGGTT-GA---TGGCAGA--A-TTTTA-TTC-TAGAT------TGTG-G----------G-TCG-TA--GT-AT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTAGAATTAC--TG-TCACAAA--GTG--AA-A-C-ATT-TTTG-AG--AAAACAAt
gi|85470 : TGACCCCCA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGTT------TATG-GAA--AT------------------------------TAT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACTGA--GTC--AATA-T-ATT-TT---TG--AAAAAAA
gi|85471 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAACCCAAAG----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TG-TTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C--AGATAAAAACTATGCGAA--ATGATGG-TTC-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--CTGA-GCGT--AG------TGT-AAA--TTCG--ATTTC--TG-TCCACAA--GTC--AA-A-T-ATT-GTTT-TG--AAAAAAAa
gi|85472 : TGATCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--GAAC----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAAA--A-TTTAA-T-A-TAGAT------TATG-GAA--AGGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATa
gi|85473 : TAACCCCAA--CTT-ACG-GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TTG-TA--GC-CT-GAT---AAAATGT-G--TTTA---TT--CC------TGT------TT--GATTTTC--TG--CATTAA--GTC--acaaggtacgtttt
gi|85474 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TT--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGC--A-TTTTG-T-A-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---CAAATGT-G--TTTG-CATT--AG------TGT-AAA--
gi|85475 : TAACCCTAA--CCT-ATA-GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TATTTAGTCTATATGTGGTTTGA---AG-CAGA--C-TTTTG-T-C-TATAT------
gi|85475 : --TA-TA-------------TGGTTTGA---AG-CAAA--C-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------T-T------TTTGAAATTTT--TG-TCACAAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTA-TC--AAAAatatatggtttgaagcaaacttttgtctagattatggaactgatggtcgtagtttgataaaatgtgtttgacttagtttttgaaatttttgtcacaaagtcaaacatttttatcaaaa
gi|85476 : taaccctaacctatagtagaacaaagcacaacctatatttagtctatatgtggtttgaagcagacttttgtctatataTAACCCTAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-CAGAT------TATT-GA-----CATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTA---TT--AC------TGT------TT--GATTTTC--TG--CATAAA--GTC--
gi|85477 : AA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-----TA-TA-------------TGGTT-AA---TA-TA------TTTTG-T-CCTAGAT------TAGG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TTTGAT---TAAATGT-GGTTTTGGACTT--A-------TGT-AAAATTTTGGAATT-C--TG-TCACTAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTGT-TG--AAAAA
gi|85478 : taacgccgcaTGACCCCGA--CAT-AGG-CTAGAAC--AAAGTAT-TA--TA------A-TC--TA-TA-------------T-------------------A-TCTTA-T-A-TTGGC------TATG-GAA--ATGGTGG-TTG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTCC-ACTT--AA------TGT-AAA--TTTGGAATTTT--TG-TCACAAA--GTC--AA-A-TAAAT-TTTA-TG--AAAAAGA
gi|85479 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGTAC--AAAG----TA--CATGTACAA-CC--TA-TA-------------GGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-C-TAGAT------TACG-AGA--ATTATGG-TTG-TA--AT-TT-GAT---AAAATGT-G--CTTG-a
gi|85480 : TAACCCCAA--CTT-ACG-GTTGAAC--AAAG----CA--CA------G-CC--TA-TA-------------TGGTGTGA---TG-CAGA--A-TTGTG-T-C-ACGAT------TATG-AAA--CTGATGG-TTG-TA--GT-CT-GAT---AAAATGT-G--TTtggactcttggaactgtcgca
gi|85481 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAT--AAAC----CA--CA------A-CC--TA-TT-------------TGGTATAA---TG-CAGA--A-TTGTG-A-C-AAGAT------AATG-GAA--ATGATGA-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAAT
gi|85482 : TAACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----GA--CG------A-CC--TA-TA-------------T
gi|85483 : ACCCCAA--CCTTAGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTGAA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-AAA--ATGATGGTTCGTTATTGTGTT-GACTTGAGGATATGG--TTTG--CAT--AA------TGT-ATA--TTTGGAACTTCT-TGTTCACTAAGTGTCCAAA-A-C-ATT-TTTT-TG--
gi|85484 : CCAC--CAT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--GA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTG----TC-TAGA--A-TTTT
gi|85485 : -AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CA------G-CC--TA-TA-------------TGGTTTTA---TG-CAGA--A-TTTAG-T-C-TACAT------TATG-GAA--ATGATGG-TGG-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--TTTG-ACGT--AG------TGT-AAA--
gi|85486 : -GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---
gi|85487 : --TA-TA-------------T--TTTGAGTTTG-CCGTGTA-TTTTG-T-T-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-AC----------------------TTGGAATTTT--TG-TCATAAA--GGC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AATAAAA
gi|85488 : A--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TACG-CAA--ATGGTGG-TTG-TA--GT-CT-GAT---AAAATGT-G--GTTG-ACTT--TG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACTAA--ATC--AA-A-C-ATT-TTAG-TG--AAAAAAA
gi|85489 : A--G-TTTTG-T-C-TAGAT------TATC-GAA--ATGATAA-TTG-TA--GT-CT-GAT---AAAATGT-G--CTTG-ACAT--AGTATACATGT-ACA--TTTTGAATTTC--TG-TCACTAA--ATC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAA
gi|85490 : -TACAT------TATG--AA--ATGATGG-TTG-TA--GT-TT-GAT---AATATGA-G--TTTG-ACTT--CG------TGT-TAA--AGCGGAATTTG--TG-TCACAAA--GCC--AA-A-C-A-T-TTTG-TT--AAATAAA
gi|85491 : ------TATG-GAA--ATGATGA-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATAT-G--TCTG-ACTT--AG------TGT-AGA--TTTGAAATTTC--TT-TCACAAA--ATC--AA-A-C-ATT-TTTGTTG--AAAAAAA
gi|85492 : AT---TAAATGT-G--TTTG-ACTT--CG------TGT-AAA--TTAAGAATTTC--TG-TCACTAA--GTC--A------ATT-TTTa
blockSeqs : AA T A CC GTATT TA TGTACA G CC A TTTAGTCTATATG GTT G GT T C T C AAAAAC C GT T T TT G T TTGA G GT G AA TATACA A AT CA T A GT CA T T A A GT CC
blockSeqs : . . . . TATT . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . C . . . AA . . . T . T . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . A . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . A . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACNAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAAA
finalCons : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACNAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 22 1 1 22 55555 22 444444 1 11 1 9999999999999 222 1 11 1 1 1 1 333333 1 33 1 1 22 1 1 3333 1 22 1 44 444444 1 22 44 1 1 22 22 1 1 1 1 22 22
lowQualScore : .. . . .. ..... .. ...... . .. . ............. ... . .. . . . . ...... . .. . . .. . . .... . .. . .. ...... . .. .. . . .. .. . . . . .. ..
lowQualScore : 22 5 5 00 99999 00 333333 5 99 4 0000000000000 555 5 99 4 4 4 4 888888 4 33 4 4 00 4 4 1111 4 00 5 22 444444 5 11 11 7 0 44 44 9 9 9 9 44 88
consensus : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACNAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAAA
Reference ( family-507 ) : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACNAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85460 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---AG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGA-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--GG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACAAA--GTC--AA-A-C-CTT-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85461 : TAACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAGC--TAAG----TA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-C-TAGAT------TATG-GAA--GTGATGG-TCG-TA--GT-GT-CAT---CAAATGA-T--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACAAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85462 : TAACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----AA--CG------A-CC--TA-CA-------------TGGTTTGA---TG-CCGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GCA--ATGATGG-TTG-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------CGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-ACACTAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTAT-TG--AAAAAAAa
gi|85463 : TGATCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-CA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--TTTC-ACTT--AG------TAT-ACA--TTTGGAATTTC--TG-TCACTAA--GTC--AA-A-T-ATT-TTTT-TG--AAAAAAAa
gi|85464 : TAACCCCAA--CCT-AAG-GTAGAAT--AAAG----TATACA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTTAAAG------TGT-AAA--TGTGGAATTTG--AG-TCTCAAA--GTC--AG-------T-TTTG-TG--AAAAAAA
gi|85465 : TAACCCCAA--CTA-AGG-TTAGAAT--AAAAGTATTA--CA------AGCC--TA--A-------------TG-TTTGA---TG-CAAG--A-ATTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA---TGATG--TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTTAAAG------TGTAAAA--TGTGGAATTTG--AG-TCTCAAA--GTT-------C-AGT-TTTG-TG--AAAAAAAa
gi|85466 : TAACCCCAA--CCT-AGG-ATAGAAC--AAAG----CA--AT------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TATTG-T-C-AAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TTG-TA--GT-CT-GAT---AAAAATT-G--TTTG-ACCT--GG------TGT-AAA--TTTGGAATT----TG-TCACACA--ATC--AA-A-C-ATT-TTTG-TGCCAAAAAA
gi|85467 : TGACCCCAA--C-T-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TAATA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTT--T-C-TAGAT------TATG-GAGGTATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G---TTG-AATT---G------TGT-AAA--TTTGGAATTTCCATG-TCACTAA--GTC--AA-ATC-ATTATTTT-TG--AAAAAAA
gi|85468 : TAACCCCAAAACCT-AGGAGTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TA-TAT------------TGGTTTGA---TG-CAGA--ATTTTTGCT-C-TAGAT------TATG-GAAC-ATGATAG-Ta
gi|85469 : TAACCCCAA--CCT-AGG-G--GAAC--AAAG----CA--CA------A-CCCCTA-TA-------------TGGTT-GA---TGGCAGA--A-TTTTA-TTC-TAGAT------TGTG-G----------G-TCG-TA--GT-AT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTAGAATTAC--TG-TCACAAA--GTG--AA-A-C-ATT-TTTG-AG--AAAACAAt
gi|85470 : TGACCCCCA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGTT------TATG-GAA--AT------------------------------TAT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACTGA--GTC--AATA-T-ATT-TT---TG--AAAAAAA
gi|85471 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAACCCAAAG----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TG-TTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C--AGATAAAAACTATGCGAA--ATGATGG-TTC-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--CTGA-GCGT--AG------TGT-AAA--TTCG--ATTTC--TG-TCCACAA--GTC--AA-A-T-ATT-GTTT-TG--AAAAAAAa
gi|85472 : TGATCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--GAAC----TA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAAA--A-TTTAA-T-A-TAGAT------TATG-GAA--AGGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------TGT-AAA--TTTGGAATa
gi|85473 : TAACCCCAA--CTT-ACG-GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TTG-TA--GC-CT-GAT---AAAATGT-G--TTTA---TT--CC------TGT------TT--GATTTTC--TG--CATTAA--GTC--acaaggtacgtttt
gi|85474 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TT--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGC--A-TTTTG-T-A-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---CAAATGT-G--TTTG-CATT--AG------TGT-AAA--
gi|85475 : TAACCCTAA--CCT-ATA-GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TATTTAGTCTATATGTGGTTTGA---AG-CAGA--C-TTTTG-T-C-TATAT------
gi|85475 : --TA-TA-------------TGGTTTGA---AG-CAAA--C-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-GAA--CTGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-ACTT--AG------T-T------TTTGAAATTTT--TG-TCACAAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTTA-TC--AAAAatatatggtttgaagcaaacttttgtctagattatggaactgatggtcgtagtttgataaaatgtgtttgacttagtttttgaaatttttgtcacaaagtcaaacatttttatcaaaa
gi|85476 : taaccctaacctatagtagaacaaagcacaacctatatttagtctatatgtggtttgaagcagacttttgtctatataTAACCCTAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-CAGAT------TATT-GA-----CATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTA---TT--AC------TGT------TT--GATTTTC--TG--CATAAA--GTC--
gi|85477 : AA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CG------A-----TA-TA-------------TGGTT-AA---TA-TA------TTTTG-T-CCTAGAT------TAGG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TTTGAT---TAAATGT-GGTTTTGGACTT--A-------TGT-AAAATTTTGGAATT-C--TG-TCACTAA--GTC--AA-A-C-ATT-TTGT-TG--AAAAA
gi|85478 : taacgccgcaTGACCCCGA--CAT-AGG-CTAGAAC--AAAGTAT-TA--TA------A-TC--TA-TA-------------T-------------------A-TCTTA-T-A-TTGGC------TATG-GAA--ATGGTGG-TTG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTCC-ACTT--AA------TGT-AAA--TTTGGAATTTT--TG-TCACAAA--GTC--AA-A-TAAAT-TTTA-TG--AAAAAGA
gi|85479 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGTAC--AAAG----TA--CATGTACAA-CC--TA-TA-------------GGGTTTGA---TG-CAGA--A-TTTTA-T-C-TAGAT------TACG-AGA--ATTATGG-TTG-TA--AT-TT-GAT---AAAATGT-G--CTTG-a
gi|85480 : TAACCCCAA--CTT-ACG-GTTGAAC--AAAG----CA--CA------G-CC--TA-TA-------------TGGTGTGA---TG-CAGA--A-TTGTG-T-C-ACGAT------TATG-AAA--CTGATGG-TTG-TA--GT-CT-GAT---AAAATGT-G--TTtggactcttggaactgtcgca
gi|85481 : TGACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAT--AAAC----CA--CA------A-CC--TA-TT-------------TGGTATAA---TG-CAGA--A-TTGTG-A-C-AAGAT------AATG-GAA--ATGATGA-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAAT
gi|85482 : TAACCCCAA--CCT-AGG-GTAGAAC--AAAG----GA--CG------A-CC--TA-TA-------------T
gi|85483 : ACCCCAA--CCTTAGG-GTAGAAC--AAAG----CA--CG------A-CC--TA-TA-------------TGGTTGAA---TG-CAGA--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TATG-AAA--ATGATGGTTCGTTATTGTGTT-GACTTGAGGATATGG--TTTG--CAT--AA------TGT-ATA--TTTGGAACTTCT-TGTTCACTAAGTGTCCAAA-A-C-ATT-TTTT-TG--
gi|85484 : CCAC--CAT-AGG-GTAGAAC--AAAG----CA--GA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTG----TC-TAGA--A-TTTT
gi|85485 : -AGG-GTAGAAC--AAAG----TA--CA------G-CC--TA-TA-------------TGGTTTTA---TG-CAGA--A-TTTAG-T-C-TACAT------TATG-GAA--ATGATGG-TGG-TA--GT-TT-GAT---TAAATGT-G--TTTG-ACGT--AG------TGT-AAA--
gi|85486 : -GTAGAAC--AAAG----CA--CA------A-CC--TA-TA-------------TGGTTTGA---
gi|85487 : --TA-TA-------------T--TTTGAGTTTG-CCGTGTA-TTTTG-T-T-TAGAT------TATG-GAA--ATGATGG-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATGT-G--TTTG-AC----------------------TTGGAATTTT--TG-TCATAAA--GGC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AATAAAA
gi|85488 : A--A-TTTTG-T-C-TAGAT------TACG-CAA--ATGGTGG-TTG-TA--GT-CT-GAT---AAAATGT-G--GTTG-ACTT--TG------TGT-AAA--TTTGGAATTTC--TG-TCACTAA--ATC--AA-A-C-ATT-TTAG-TG--AAAAAAA
gi|85489 : A--G-TTTTG-T-C-TAGAT------TATC-GAA--ATGATAA-TTG-TA--GT-CT-GAT---AAAATGT-G--CTTG-ACAT--AGTATACATGT-ACA--TTTTGAATTTC--TG-TCACTAA--ATC--AA-A-C-ATT-TTTG-TG--AAAAAA
gi|85490 : -TACAT------TATG--AA--ATGATGG-TTG-TA--GT-TT-GAT---AATATGA-G--TTTG-ACTT--CG------TGT-TAA--AGCGGAATTTG--TG-TCACAAA--GCC--AA-A-C-A-T-TTTG-TT--AAATAAA
gi|85491 : ------TATG-GAA--ATGATGA-TCG-TA--GT-TT-GAT---AAAATAT-G--TCTG-ACTT--AG------TGT-AGA--TTTGAAATTTC--TT-TCACAAA--ATC--AA-A-C-ATT-TTTGTTG--AAAAAAA
gi|85492 : AT---TAAATGT-G--TTTG-ACTT--CG------TGT-AAA--TTAAGAATTTC--TG-TCACTAA--GTC--A------ATT-TTTa