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lowQualScore                  :         ..  . .    .... . ..   .  . .  .  ..   .   ...... ...  .. .    .  . . .      .  ......  . .    ..       .. ...  .  . .           .   
lowQualScore                  :         00  2 7    4444 6 66   6  6 6  6  00   5   666666 222  00 2    2  2 2 6      3  888888  3 3    00       22 444  7  9 9           2   
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Reference ( gi|11075 )        : GTTTACCC--AATA-TTGA----G-C-GGAG-GT-A-TA-AA--TGT-CTA------G---GT--G-TTGC-GT-G-A-TTGGCT-AA------TA-T-CAAG--AATGAAA--T---TA-TT-T-GGAATTGAAAG-AAA
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gi|11074                      : GTTTGCCC--AAGA-TTGA----G-C-AGAG-GT-A-TA-AA--TGT-CTA------G---GT--G-TTGC-GT-G-A-TTGGCT-AA------TA-T-CAAG--AATGAAAT-T---TA-TT-T-GGAATTGAAAG-AAA
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Alignments
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lowQualScore                  :         ..  . .    .... . ..   .  . .  .  ..   .   ...... ...  .. .    .  . . .      .  ......  . .    ..       .. ...  .  . .           .   
lowQualScore                  :         88  6 6    3333 5 00   5  5 5  5  00   4   555555 111  99 2    2  2 2 5      3  777777  3 3    99       00 222  7  8 8           1   
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Reference ( family-506 )      : GTTTACCC--AAGA-TTGA----G-C-GGAG-GT-A-TA-AA--TGT-CTA------G---GT--G-TTGC-GT-G-A-TTGGCT-AA------TA-T-CAAG--AATGAAA--T---TA-TT-T-GGAATTGAAAG-AAA
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Alignments
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lowQualScore                  :         ..  . .    .... . ..   .  . .  .  ..   .   ...... ...  .. .    .  . . .      .  ......  . .    ..       .. ...  .  . .           .   
lowQualScore                  :         88  6 6    3333 5 00   5  5 5  5  00   4   555555 111  99 2    2  2 2 5      3  777777  3 3    99       00 222  7  8 8           1   
consensus                     : GTTTACCC--AAGA-TTGA----G-C-GGAG-GT-A-TA-AA--TGT-CTA------G---GT--G-TTGC-GT-G-A-TTGGCT-AA------TA-T-CAAG--AATGAAA--T---TA-TT-T-GGAATTGAAAG-AAA
Reference ( family-506 )      : GTTTACCC--AAGA-TTGA----G-C-GGAG-GT-A-TA-AA--TGT-CTA------G---GT--G-TTGC-GT-G-A-TTGGCT-AA------TA-T-CAAG--AATGAAA--T---TA-TT-T-GGAATTGAAAG-AAA
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gi|11075                      : GTTTACCC--AATA-TTGA----G-C-GGAG-GT-A-TA-AA--TGT-CTA------G---GT--G-TTGC-GT-G-A-TTGGCT-AA------TA-T-CAAG--AATGAAA--T---TA-TT-T-GGAATTGAAAG-AAA
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gi|11088                      : GTTTACCC--AA-A-TTGA----G-C-AGAA-GT-A-TA-AA--TGT-CTA------G---GT--G-TTGC-GT-G-
gi|11089                      : GTTTACCC--AAGA-TTGA----G-C-CGAA-AT-A-TG-AA--TGA-CTA------G---GT--G-TTGC-AT-G-A-TGGGTA-AA------GA-C-AAAGGTAACGAA
gi|11090                      : GTTTACCC--AAGA-TT------------------------A--TGT-CTA------GTATGT--G-GTGC-CT-G-A-TTGGCT-AA------TA-T-CAAG--GATGGAA--
gi|11091                      : GTTTATGC--AGG--TTGAACATG-C-AGAG-GC-A-TA-AA--TGC-CTT------A---CT--G-TTAC-GT-G-A-TTTGCC-AA------AA-T-CATG--AGTGAAA--TC--TG-TT-G-AGAA--GAAAT-AA
gi|11092                      :  TTTAGCC--AAGA-TTAA----G-C-AGAG-GT-------------------------------G-TTAC-GT-A-A-CTGGCT--A------TA-T-CAAG--AAT-AAA--T---T
gi|11093                      :   TTATCC--AAGA-TTAA----G-C-AGAG-GT-A-TA-AA--TGT-CTA------G---GT--G-TTTC-GT-G-A-TTGGCT-AA------TA-T-CAAG--AGTGAAA--T---TA-TT-T-GGAATTGAAAA-
gi|11094                      :   TTACC---AAGG-TTGA----GGC-AGAG-AT-A-TA-AA---AT-CTA------T---GT--GATTGC-GTTA-A-TTGGCT-AA------TA-T-CAAG--AATGAAAT-T---TATTT-T-GTAATTGAAAG-AAA
gi|11095                      :   TTACCCT-AATACTTGA----G-C-AGAA-GG-A-TA-AAGTTGT-CTA------G---GTT-G-TTGC-GT-G-ACTTGGCT--A------TA-T-CAAG--ACAGAAA--TTAATA-TT-T-GGAATTGAGAG-AAA
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gi|11097                      :   TTACTC--AAGA-TTGA----G-C---AG-G------------------------G---GT--G-TTGC-AT-G-A-TTGGCT--T------TA-T-CAAG--AATG-AA--T---TA-a
gi|11098                      :     ATCC--AAGA-TTAA----G-T-AGAG-GT-A-TA-AA--TGT-CTA------G---AT--G-TTGT-GT-G-A-TTGACC-AG------AA-T-TAAG--AGTGAAA--C---TA-TT-T-TGAATTGAAAG-AA
gi|11099                      :                    ----G-C-GGAG-GT-GGTA-AA--TGT-CTA------G---GCTGG-TTGT-GT-G-A-TTGGTC-AA------TA-TTCAAG--AATGAAA--T---TA-TTAT-G--ATTGAAAG-AAA
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gi|11101                      :                                          A--TGT-GGA------G---GT--G-TT-C-GT-G-A-TTGGCT-AA------TA-T-CAAG--AATGAAA--T---TA-
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gi|11105                      :                                                   A------G---GT--G-TTAC--T-G-ACTTGGCT-AA------TACT-CAAG--AATGA----T---TA-TT-TTGGAATTGAA
gi|11106                      :                                                   A------G---GA--G-TTAC-GT---A-TTGGCT-AA------TA-T-CAAG--TATGAAT--T---AA-TT-T-GAAATTGAA


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blockSeqs                     :         .   A .    .    . A    .  . .  .  .    .   .      .    .  .    .  . . .      .  .       . .    .        .  .    .  . .           .
blockSeqs                     :         .   T .    .    . G    .  . .  .  .    .   .      .    .  .    .  . . .      .  .       . .    .        .  .    .  . .           .
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