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Reference ( gi|5597 ) : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T--A---A-G-T---A---A--ACC--A-AATC-TGA-CGT----TT-T----A-GTGTTA-A-T-A---CA--CA---TA----AGGA-----GT-AC-T--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-A-AATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA-------T--T-AAG-AAAA--------AA-TA-TTG-TG--A---T-A--TA-T-CGC---GA--T-A----C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5599 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T--A---A-A-T---A---A--ACC--A-AATC-TGA-CGT----TT-T----A-GTGTTA-A-C-A---CA--TA---TA----AGGA-----GT-GC-T--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-A-AATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA-------T--T-AAG-AAAA--------AA-TA-TTG-TG--A---T-A--TA-T-CGC---GA--T-A----C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
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Reference ( family-504 ) : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-A-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CGTT---T-TN-GT--GTT-A-AC--A--CACA---TA----AGGA-----GT-ACT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TCGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5597 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-G-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CGTT---T-TA-GT--GTT-A-AT--A--CACA---TA----AGGA-----GT-ACT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5598 : TAATA--A-AT--AAATGTT-T---A---ATG-T---A---ACAC----AATCT-GA-C--T---T-TA-GT--GTT-A-AT--A--CACA---TA----AGGA-----TTTACT--G-AAA-T--AA--TGAG----GA-CA---------TC-----A---------T---GA----AAA---------TCA-T-G-TCCTA-AA-TA-TCGGCG-A-TA-T-T--AT-CA-------------G-ATA---TC-AAG-AAAAA--TA-TTGTG--A---TATA-T-GAT---AA--T-A-C-AA-A-A----TTTT---G------GC--GA-TA---CC-ATAC-CCTA
gi|5599 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-A-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CGTT---T-TA-GT--GTT-A-AC--A--CATA---TA----AGGA-----GT-GCT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5600 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-G-T---A---A-ACA--AAATCT-GA-CGTT---T-TA-GT--GTT-A-AT--A--CACA---TA----AGGA-----GT-A-T--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAGAAAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-CACC-AC-C-CCTA
gi|5601 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-TTT-A---A-G-T---A---A-ACC--AA-TCT-GA-CGTT---T-TTAGT--GTT-A-AC--A--CA-----TT----AGGA------T-ACT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GAACA---------TA---------------T---GA----AAA-A--T--GGCAA-T-G-TCCTA-AAATAATCG-CG-A-TA-T----ATGCAGC-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAACTA-TTGTGTGA---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AG-A-AAT-TTTTT---G------GC--G
gi|5602 : TAATACAA-AA-TAGATGTT-T---ATAGA-A-T---A---A-ACC--AAATAT-GA-TATT---T-TT-GCTAGTTTA-AC--A--CACC---TA----AGTA-----GT-ACT--G-AAA-----A--TAAGA---GA---------------------------------AA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCATA-GAATT-TCG-TG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TA-AGG-TAAAAA-TG-TTGTG--A---TATA-T-CTT---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--AA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5603 : TAATACAA-AA-TAGATGTT-TTAGA---A-A-T---A---A--CC--AAATAT-GA-TATT---T-TT-GCTAGTTTA-AC--A--CACC---TA----AGTA-----GT-ACT--G-AAA-----A--TAAGA---GA---------------------------------AA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCATA-GAATT-TCG-TG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TA-AGG-TAAAAA-TG-TTGTG--A---TATA-T-CTT---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--AA-TA---CC-AT-C-CCTA
gi|5604 : TATTACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-AAT---A---A-AAC--AAATCT-GA-CGTT---TCTT-GT--GCT-A---------------TA----AGGA-----GT-G-T--G-AAA-----A--TAAGA---GA-AG---------TA-----AG--------C---GA----AAAAA--T--G-CAA-TAG-TCCTA-AAATA-GTG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-------------A-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTT
gi|5605 : TAATACAA-AA-TAAATATT-C---A---A-AAT---A---A-ACC--ACATCT-GA-CATT---T-TT-GT--GTA-A-AC--A--TACT---TT----AGGA-----GT-GTT--G-AAAAT--AA---GAGA---AA-AA---------TA-----A-------------GA----AAA-AAGT--G-CTA-T-G--CCTA-GAA-A-TCA-CG-A-TA-T-T--AA-CA-G-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---TA--T-A-C-AA-A-A---AGATT---G------GC--AT-TA-A-CC-AT-C-CTTA
gi|5606 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-G-TCC-G---A-AAC--AAATCT-GA-CGTT---T-TA-GT--GTT-A-A
gi|5607 : TATTACAA-ACATAAAAGTCGC---A---ATA-T---A---A-AACTAAAATTT-GAACGGT---T-TT-GC--AT--A-TC--A--TGCC---TA----GGGA-----GT-TCT--G-GAA----AA--T-AGA---AA-AA---------TA-----A--------------A----AAA-A--T--G-CAG-T-G-TCCTAGAAATA-TCG-AG-A-TA-T-T--AT-CAAC-----------G-ATA---TTTAAG-AAAAAA-TA-TCGTG--A---TATA-T-CAC---GA--T-A-C-AA-ACA---TTTTT---G------GC--GATTA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5608 : TAATACAACAC-AAAAAGTC-----G---A-A-T---A---ACACT--AAATTT-GA-CGGT---T-TT-GC--ACT-G-TC--A--TACC---TA----GGGA-----GT-ACT--G-GAA-A--AA---GAGA---AA--A---------TA-----T---------A---GAC---AAA-A--T--G-CAG-A-G-TCCTA-CAATA-TCG-CGGA-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAATAA-T-----CG--A---CATA-T-CAC---GA--T-A-C-AA-A-A----TTTT---G------GC--GA-TACC-CC-AT-C-CCTA
gi|5609 : TAATAAAA-AA-TAAATGTT-T---A---A-AAT---A---A-ACC--AAATCT-GA-TATT---T-TT-GT--GTT-A-AC--A--CACG---TA----AGGA-----GT-GCT--GAAAA-T--AA--T-AGA---AA-CATTTTTTTTTTA-----ATTTTTTTTTT---TA----AAA-A--TC-G-CAA-T-T-TCTTA-TAATA-TTG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-T-----------G-ATA---TT-AAG-
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Alignments
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lowQualScore : . . . ... ... ... ... ... . .. . . ... . . .. . . .. .. .... .... ..... . .. . .... ... ... ................................. .... . .. .. . . . . . . . . . . . .. . ............. . ... . .. . . .. ... . . ... .. . . . . . ... ... ...... .. . . . . . .
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Reference ( family-504 ) : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-A-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CGTT---T-TT-GT--GTT-A-AC--A--CACA---TA----AGGA-----GT-ACT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5597 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-G-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CGTT---T-TA-GT--GTT-A-AT--A--CACA---TA----AGGA-----GT-ACT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
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gi|5609 : TAATAAAA-AA-TAAATGTT-T---A---A-AAT---A---A-ACC--AAATCT-GA-TATT---T-TT-GT--GTT-A-AC--A--CACG---TA----AGGA-----GT-GCT--GAAAA-T--AA--T-AGA---AA-CATTTTTTTTTTA-----ATTTTTTTTTT---TA----AAA-A--TC-G-CAA-T-T-TCTTA-TAATA-TTG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-T-----------G-ATA---TT-AAG-
gi|5610 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---ACA-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CATT--------------------------ACA---TA----AGGA-----GT-GCT--GAAAA-T--AA---GAGA---GA-CA---------T
gi|5611 : ATGCAA-ATATAAATGTTGT---A---A-A-TCTAG---A-ACC--AAATCTTGA-CCTGAAAT-TT-GT--GTT-A-ACTGAGTCAGAAATTA----AGGA-----GT-ACTT-G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCGTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CG-CGATATTATCAAG-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGT--------------------GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CT-AT-C-CCT
gi|5612 : CAA-AT-TAACAGTC-TTA-A---A-A-T---A---A-ACC--AAATCT-G--CGTT---TCTT-GT--GCT-AGAC--A--CACA---TA----AGGA-----GT-GCT--GAAAA-TAAAA--TGAGAC--GC-TA---------TT-----G---------T---GAG---AAA-A--T--G-CAA-T-GTTCCTA-AAATA-TTG-CG-AGTACT-T--AT-CA-C-----------GTATA---TT-GAG-AACATA-TAGTTGTG--ATAGTACA-T-CAC---G---C-A-T-AA-A-C---TTTTTTTGG------AT--GA-TA-C-TCGAT-C-TCCA
gi|5613 : AA-AT---AATATT-T---A---ATA-T---A---A-ACC--AAATTT-GA-CGTT---T-TTTGT--GCT-A-TC-----CACT---TA----ACGA-----GT-ACT--GGAAA-T--AA---GAGA---AA-AA---------TA-----A-------------GA----AAA-A--C--G-CTA-T-G-TCCTA-GAATA-TCG-TG-A-TA-T-T--AT-CA-T-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-CCATG--A---TATA-T-TGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-
gi|5614 : AA-AT-TAA-TGTT-T---A---A-AAT---A---A-AAC--AAATCT-GA-CATT---T-TT-GT--GCT-A-AC--A--CACG---TA----NACA-----GT---T--T-CAA-T--CATCTGAGA---GA-AA---------T
gi|5615 : T-TAAATGTT-T---A---A-G-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CGTT---T-TA-GT--GTT-A-AT--A--CACA---TATTAAAGGA-----GT-ACT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-T-TCCTA-AAATA-TTG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--TAA-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5616 : TT-T---A---A-G-T---ATATA-AAC--AAGTTT-GA-TGGT---T-TT-GT--GCT-ATAC--A--TCCA----A----AAGA-----GT-ACTTGG-AAA-T--AA---GAGA---GA-AA----------A-----A---------T---AAGAAAAAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-GAATA-TTG-CG-A--A-T-T--AT-
gi|5617 : TTT-GA-CATT---T-TT-GT--GCT-A-AC--A--CACT---TG----AGGA-----GT-ACT--G-AAAAT--AA---GAAA---AA--A---------TA-----A---------G---AA----AAA-G--C--G-CAA-T-G-TCTTA-GAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-T-----------G-ATA---TT-GAG-AACAAA-TA-TCGTG--A---TAAA-T-CGT---GA--T-G-C-AA-A-A---TTTTT---C------GT--GA-TA-C-CT-AT-C-CC
gi|5618 : TT-A-AT--A--CACA---TA----AGAAAAAAAGT-A-T--G-AAA----AT--TGAGATGGGA-CA---------TA-----A---------T----------AA-A--TTGG-CAA-T-GGTCCTA-AAAT--TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-G-----------C-AT----TT-GAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-TTCGC---GGATT-A-C-AACA-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5619 : -A-AC--A--CACA---TA----AGGA-----GT-GCT--G-AAAAT--AA---GAAA---GA-CG---------TACATGTA---------TTAGGA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-ACTTA-AAATA-TTG-CG-A-TA-T-
gi|5620 : T--G-AAA-T--AA---GAGA---GA----------------------------------------AA-A--T--C-T---T-A-TTTTA-AAATA-TTG-CG-A-TA-AAT--AT-CG-C-----------A-ATACATTT-GA-----AAA-TA-TCGCA--A---TATA-T-CGC---AA--T-A-CGAA-A-A---TTTCA---C------CC--GA-TA-C-GC-AG-C-CCTA
gi|5621 : ag--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAAGT-G-TCCTA-AAATA-ACG-CC-A-TA-T-C--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAACTA-GA-TTGTG--
gi|5622 : ---------TA-----A-------------GG----AAA-G--T--G-CAA-T-G-GCCCA-AAATA-TTG-TG-A-TA-T-TTAAT-CA-C-----------G-ATA---TT-AA---AAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T--G----GA--T-AGC-AA-A-AAATTCTTC---G------GCCGGA-TA-C-CC-A
gi|5623 : A-T-A-TCTTGGAAATA-TTG-CA-A-TA-CAT--AT-CA-C-----------A-GTACATTT-GA-----AAA-TA-TTGCA--A---TATA-T-CGC---AA--T-A-C-AA-A-A---ATTTC---ATCTCACCC--GA-TA-C-AC-AG-C-CCTA
gi|5624 : A-AAATA-TTG-CA-A-TA-GAT--AT-CG-C-----------A-GTACATTT-AA-----AAA-TA-TCGCA--A---TATA-T-CGC---AA--T-A-C-GA-A-A---TTTTC---AC-----CC--GA-TA-C-AC-AG-C-CCTA
gi|5625 : A-AAATA-TTG-CA-A-TA-CAT--AT-CG-C-----------A-GTACATTT-GA-----AAA-TA-TCGCA--A---TATA-T-CGC---GA--T-G-CGAA-A-A---TTTCA---T------CC--GA-TA-C-GC-AG-C-CCTA
gi|5626 : TA---TT-AAG-AAAAAT-TA-TCGTT--A---TATA-T-TGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5627 : A---CT-AAA-AAAAAT-CA-TTGTG--A---TGTAAT-CGCCCCGA--T-A-TTAA-A-A---TTTTTT--G------GC--AA-TA-C-CC-AT-CACCTA
gi|5628 : AAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-
gi|5629 : AAAA-TA-CTGCA--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-CGAA-A-A---TTTCA---C------GC--GA-TA-C-GC-AG-C-CCTA
blockSeqs : C A G TAG TAG TG CTA TAT C TA T A AAA C A TA T G TG GT AAAT TTAA AAAAA T TG A TAA TCT TGG CATTTTTTTTTTAATTTTTTTTTT GAAA A AG TG G G A T G A G G G C A TA G CGATATTATCAA T CAT T GA C G TG TAG A T CCC AT A G G C C AAT TTG TCTCAC CG T C A G A A
blockSeqs : . A G TT . AA CC . C . . . . C T TA T T . . A . . . T A AT T C CGTACATGTATTAG C . . C . . . G G . . . . . A . . GC . CAT . G . . . . . . . . . . G . . AT T C . . . . . . .
blockSeqs : . . . TA . AA . . . . . . . . . . . . . . A . . . . A AT T . AGTAAGC G . . . . . . . . . . . . . A . . AC . CAT . G . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . A . . . . G AT T . CATCAT . . . . . . . . . . . . . . A . . C . CAT . G . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T T . CATAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T T . CATAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T T . ACATAT . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T T . CATAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . A T . TATTGT . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T T . CATAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T T . CATAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T T . CATAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T T . AATAA . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T T . AATAA . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T T . ATATA . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . AATAA . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . AAAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . ATAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-A-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CGTT---T-TT-GT--GTT-A-AC--A--CACA---TA----AGGA-----GT-ACT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
finalCons : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-A-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CGTT---T-TT-GT--GTT-A-AC--A--CACA---TA----AGGA-----GT-ACT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
Alignments
lowQualScore : 111 1111 222222222222222222222222222222222 111
lowQualScore : 2 4 4 999 333 222 666 333 4 22 1 1 333 3 3 55 3 3 22 22 5555 3333 44444 1 44 7 0000 999 444 222222222222222222222222222222222 7777 1 22 44 1 1 1 3 3 1 1 1 1 1 6 22 1 9999999999999 1 000 1 11 1 1 22 222 1 1 222 22 1 1 6 1 1 444 444 666666 22 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . . ... ... ... ... ... . .. . . ... . . .. . . .. .. .... .... ..... . .. . .... ... ... ................................. .... . .. .. . . . . . . . . . . . .. . ............. . ... . .. . . .. ... . . ... .. . . . . . ... ... ...... .. . . . . . .
lowQualScore : 2 2 0 000 555 222 222 555 0 88 9 9 333 8 8 22 5 5 55 55 6666 9999 55555 8 11 0 4444 666 666 444444444444444444444444444444444 2222 7 44 11 7 7 7 3 1 5 5 5 5 5 2 22 6 5555555555555 7 888 5 88 5 5 00 777 5 5 777 11 5 5 2 5 5 888 444 222222 22 7 7 7 7 7 7
consensus : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-A-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CGTT---T-TT-GT--GTT-A-AC--A--CACA---TA----AGGA-----GT-ACT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
Reference ( family-504 ) : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-A-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CGTT---T-TT-GT--GTT-A-AC--A--CACA---TA----AGGA-----GT-ACT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5597 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-G-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CGTT---T-TA-GT--GTT-A-AT--A--CACA---TA----AGGA-----GT-ACT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5598 : TAATA--A-AT--AAATGTT-T---A---ATG-T---A---ACAC----AATCT-GA-C--T---T-TA-GT--GTT-A-AT--A--CACA---TA----AGGA-----TTTACT--G-AAA-T--AA--TGAG----GA-CA---------TC-----A---------T---GA----AAA---------TCA-T-G-TCCTA-AA-TA-TCGGCG-A-TA-T-T--AT-CA-------------G-ATA---TC-AAG-AAAA-A-TA-TTGTG--A---TATA-T-GAT---AA--T-A-C-AA-A-A----TTTT---G------GC--GA-TA---CC-ATAC-CCTA
gi|5599 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-A-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CGTT---T-TA-GT--GTT-A-AC--A--CATA---TA----AGGA-----GT-GCT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5600 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-G-T---A---A-ACA--AAATCT-GA-CGTT---T-TA-GT--GTT-A-AT--A--CACA---TA----AGGA-----GT-A-T--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAGAAAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-CACC-AC-C-CCTA
gi|5601 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-TTT-A---A-G-T---A---A-ACC--AA-TCT-GA-CGTT---T-TTAGT--GTT-A-AC--A--CA-----TT----AGGA------T-ACT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GAACA---------TA---------------T---GA----AAA-A--T--GGCAA-T-G-TCCTA-AAATAATCG-CG-A-TA-T----ATGCAGC-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAACTA-TTGTGTGA---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AG-A-AAT-TTTTT---G------GC--G
gi|5602 : TAATACAA-AA-TAGATGTT-T---ATAGA-A-T---A---A-ACC--AAATAT-GA-TATT---T-TT-GCTAGTTTA-AC--A--CACC---TA----AGTA-----GT-ACT--G-AAA-----A--TAAGA---GA---------------------------------AA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCATA-GAATT-TCG-TG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TA-AGG-TAAAAA-TG-TTGTG--A---TATA-T-CTT---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--AA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5603 : TAATACAA-AA-TAGATGTT-TTAGA---A-A-T---A---A--CC--AAATAT-GA-TATT---T-TT-GCTAGTTTA-AC--A--CACC---TA----AGTA-----GT-ACT--G-AAA-----A--TAAGA---GA---------------------------------AA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCATA-GAATT-TCG-TG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TA-AGG-TAAAAA-TG-TTGTG--A---TATA-T-CTT---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--AA-TA---CC-AT-C-CCTA
gi|5604 : TATTACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-AAT---A---A-AAC--AAATCT-GA-CGTT---TCTT-GT--GCT-A---------------TA----AGGA-----GT-G-T--G-AAA-----A--TAAGA---GA-AG---------TA-----AG--------C---GA----AAAAA--T--G-CAA-TAG-TCCTA-AAATA-GTG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-------------A-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTT
gi|5605 : TAATACAA-AA-TAAATATT-C---A---A-AAT---A---A-ACC--ACATCT-GA-CATT---T-TT-GT--GTA-A-AC--A--TACT---TT----AGGA-----GT-GTT--G-AAAAT--AA---GAGA---AA-AA---------TA-----A-------------GA----AAA-AAGT--G-CTA-T-G--CCTA-GAA-A-TCA-CG-A-TA-T-T--AA-CA-G-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---TA--T-A-C-AA-A-A---AGATT---G------GC--AT-TA-A-CC-AT-C-CTTA
gi|5606 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---A-G-TCC-G---A-AAC--AAATCT-GA-CGTT---T-TA-GT--GTT-A-A
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gi|5608 : TAATACAACAC-AAAAAGTC-----G---A-A-T---A---ACACT--AAATTT-GA-CGGT---T-TT-GC--ACT-G-TC--A--TACC---TA----GGGA-----GT-ACT--G-GAA-A--AA---GAGA---AA--A---------TA-----T---------A---GAC---AAA-A--T--G-CAG-A-G-TCCTA-CAATA-TCG-CGGA-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAATAA-T-----CG--A---CATA-T-CAC---GA--T-A-C-AA-A-A----TTTT---G------GC--GA-TACC-CC-AT-C-CCTA
gi|5609 : TAATAAAA-AA-TAAATGTT-T---A---A-AAT---A---A-ACC--AAATCT-GA-TATT---T-TT-GT--GTT-A-AC--A--CACG---TA----AGGA-----GT-GCT--GAAAA-T--AA--T-AGA---AA-CATTTTTTTTTTA-----ATTTTTTTTTT---TA----AAA-A--TC-G-CAA-T-T-TCTTA-TAATA-TTG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-T-----------G-ATA---TT-AAG-
gi|5610 : TAATACAA-AT-TAAATGTT-T---A---ACA-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CATT--------------------------ACA---TA----AGGA-----GT-GCT--GAAAA-T--AA---GAGA---GA-CA---------T
gi|5611 : ATGCAA-ATATAAATGTTGT---A---A-A-TCTAG---A-ACC--AAATCTTGA-CCTGAAAT-TT-GT--GTT-A-ACTGAGTCAGAAATTA----AGGA-----GT-ACTT-G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-TCGTA-AAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CG-CGATATTATCAAG-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGT--------------------GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CT-AT-C-CCT
gi|5612 : CAA-AT-TAACAGTC-TTA-A---A-A-T---A---A-ACC--AAATCT-G--CGTT---TCTT-GT--GCT-AGAC--A--CACA---TA----AGGA-----GT-GCT--GAAAA-TAAAA--TGAGAC--GC-TA---------TT-----G---------T---GAG---AAA-A--T--G-CAA-T-GTTCCTA-AAATA-TTG-CG-AGTACT-T--AT-CA-C-----------GTATA---TT-GAG-AACATA-TAGTTGTG--ATAGTACA-T-CAC---G---C-A-T-AA-A-C---TTTTTTTGG------AT--GA-TA-C-TCGAT-C-TCCA
gi|5613 : AA-AT---AATATT-T---A---ATA-T---A---A-ACC--AAATTT-GA-CGTT---T-TTTGT--GCT-A-TC-----CACT---TA----ACGA-----GT-ACT--GGAAA-T--AA---GAGA---AA-AA---------TA-----A-------------GA----AAA-A--C--G-CTA-T-G-TCCTA-GAATA-TCG-TG-A-TA-T-T--AT-CA-T-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-CCATG--A---TATA-T-TGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-
gi|5614 : AA-AT-TAA-TGTT-T---A---A-AAT---A---A-AAC--AAATCT-GA-CATT---T-TT-GT--GCT-A-AC--A--CACG---TA----NACA-----GT---T--T-CAA-T--CATCTGAGA---GA-AA---------T
gi|5615 : T-TAAATGTT-T---A---A-G-T---A---A-ACC--AAATCT-GA-CGTT---T-TA-GT--GTT-A-AT--A--CACA---TATTAAAGGA-----GT-ACT--G-AAA-T--AA--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAA-T-T-TCCTA-AAATA-TTG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--TAA-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5616 : TT-T---A---A-G-T---ATATA-AAC--AAGTTT-GA-TGGT---T-TT-GT--GCT-ATAC--A--TCCA----A----AAGA-----GT-ACTTGG-AAA-T--AA---GAGA---GA-AA----------A-----A---------T---AAGAAAAAA-A--T--G-CAA-T-G-TCCTA-GAATA-TTG-CG-A--A-T-T--AT-
gi|5617 : TTT-GA-CATT---T-TT-GT--GCT-A-AC--A--CACT---TG----AGGA-----GT-ACT--G-AAAAT--AA---GAAA---AA--A---------TA-----A---------G---AA----AAA-G--C--G-CAA-T-G-TCTTA-GAATA-TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-T-----------G-ATA---TT-GAG-AACAAA-TA-TCGTG--A---TAAA-T-CGT---GA--T-G-C-AA-A-A---TTTTT---C------GT--GA-TA-C-CT-AT-C-CC
gi|5618 : TT-A-AT--A--CACA---TA----AGAAAAAAAGT-A-T--G-AAA----AT--TGAGATGGGA-CA---------TA-----A---------T----------AA-A--TTGG-CAA-T-GGTCCTA-AAAT--TCG-CG-A-TA-T-T--AT-CA-G-----------C-AT----TT-GAG-AAAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-TTCGC---GGATT-A-C-AACA-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5619 : -A-AC--A--CACA---TA----AGGA-----GT-GCT--G-AAAAT--AA---GAAA---GA-CG---------TACATGTA---------TTAGGA----AAA-A--T--G-CAA-T-G-ACTTA-AAATA-TTG-CG-A-TA-T-
gi|5620 : T--G-AAA-T--AA---GAGA---GA----------------------------------------AA-A--T--C-T---T-A-TTTTA-AAATA-TTG-CG-A-TA-AAT--AT-CG-C-----------A-ATACATTT-GA-----AAA-TA-TCGCA--A---TATA-T-CGC---AA--T-A-CGAA-A-A---TTTCA---C------CC--GA-TA-C-GC-AG-C-CCTA
gi|5621 : ag--TGAGA---GA-CA---------TA-----A---------T---GA----AAA-A--T--G-CAAGT-G-TCCTA-AAATA-ACG-CC-A-TA-T-C--AT-CA-C-----------G-ATA---TT-AAG-AAACTA-GA-TTGTG--
gi|5622 : ---------TA-----A-------------GG----AAA-G--T--G-CAA-T-G-GCCCA-AAATA-TTG-TG-A-TA-T-TTAAT-CA-C-----------G-ATA---TT-AA---AAAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T--G----GA--T-AGC-AA-A-AAATTCTTC---G------GCCGGA-TA-C-CC-A
gi|5623 : A-T-A-TCTTGGAAATA-TTG-CA-A-TA-CAT--AT-CA-C-----------A-GTACATTT-GA-----AAA-TA-TTGCA--A---TATA-T-CGC---AA--T-A-C-AA-A-A---ATTTC---ATCTCACCC--GA-TA-C-AC-AG-C-CCTA
gi|5624 : A-AAATA-TTG-CA-A-TA-GAT--AT-CG-C-----------A-GTACATTT-AA-----AAA-TA-TCGCA--A---TATA-T-CGC---AA--T-A-C-GA-A-A---TTTTC---AC-----CC--GA-TA-C-AC-AG-C-CCTA
gi|5625 : A-AAATA-TTG-CA-A-TA-CAT--AT-CG-C-----------A-GTACATTT-GA-----AAA-TA-TCGCA--A---TATA-T-CGC---GA--T-G-CGAA-A-A---TTTCA---T------CC--GA-TA-C-GC-AG-C-CCTA
gi|5626 : TA---TT-AAG-AAAAAT-TA-TCGTT--A---TATA-T-TGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-CCTA
gi|5627 : A---CT-AAA-AAAAAT-CA-TTGTG--A---TGTAAT-CGCCCCGA--T-A-TTAA-A-A---TTTTTT--G------GC--AA-TA-C-CC-AT-CACCTA
gi|5628 : AAAA-TA-TTGTG--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-C-AA-A-A---TTTTT---G------GC--GA-TA-C-CC-AT-C-
gi|5629 : AAAA-TA-CTGCA--A---TATA-T-CGC---GA--T-A-CGAA-A-A---TTTCA---C------GC--GA-TA-C-GC-AG-C-CCTA