lowQualScore : 1111
lowQualScore : 4 222 999 1 11 1 6666666 3333 33333 11 2222 1 1 33333 444 11 33 222 222 1 222 1 1 1 222 2222 1 22 3333 5555 77777
lowQualScore : . ... ... . .. . ....... .... ..... .. .... . . ..... ... .. .. ... ... . ... . . . ... .... . .. .... .... .....
lowQualScore : 0 333 000 2 77 2 5555555 9999 11111 77 7777 2 2 11111 777 77 00 222 222 2 222 3 3 3 444 9999 4 00 1111 9999 11111
consensus : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---C--CGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----C-CG--ACCC----T----A----NTTTTT
Reference ( gi|3761 ) : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---C--CGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----C-CG--ACCC----T----A----TTTTTT
gi|3764 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---C--CGAC--AC---T---A-A---AA-T-T-TCCT---C----C-TG--ACCC----G----A----ATTTTT
gi|3762 : AAAAATA---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CC-----GA---C--CAAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----C-CA--ACCC----TAA--A----TTTTT
gi|3767 : aAAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----AAC--G----ATTA-C-CT-----GA---C--CGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---T----C-CG--ACCC----TAA--A----TTTTT
gi|3771 : AAAAATA---T-AGG-T--G-T---A---T----T-----TCC--G----ATTA-A-CC-----GA---C--AGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----C-CG--ACC
gi|3769 : aAAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T------CC--G----ATTA-C-CC-----TC---C--CGAC--CC---T---A-A---A------TTCT---C----C-CG--ACCC----T----A----ATTTTT
gi|3763 : AAAAA-A---T-A---T--G-T---G---T----T-----TCC--A----ATTA-C-CC-----AA---C--TGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---A----C-CA--ACCC----T----A----ATTTTT
gi|3768 : aAAAAA-A---T-AGG-T--G-T---GT--T----T-----TCC--G----ATTA-C-C-----------C--CGACAACC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----C-CAGCACCC----T----A----ATTTTT
gi|3766 : AAAAA-A-----AGG-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATAA-C-CT-----GA---C--TGTC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---T----C-CA--ATCC----T----A----ACTTTT
gi|3775 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---GG--T----T-----TCCAAG----AT-A-C-CT-----GAA--C--CGACG-CC---T---A-A---AAAT-T-TTCT---C----C-TG--ACCC----T----A----ATTT
gi|3776 : AAAAATA---T-AGA-C--A-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CC-----TA---A--CGGT--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---G----C-CG--ATCC----TAA--A----TTTTT
gi|3770 : aAAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CA-----GA---C--CGAC--CC---TAAAA-A---AA-T-T-TT-T---A----C-CA--ACCC----TAAA-A----TTTTT
gi|3774 : aAAAAA-A-----AGG-T--G-T------------T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---C--CAAC--CC---A---A-A---AA-A-A-TTTC---C----C-CG--ACCC----T----A----
gi|3781 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-TG--G---T----T-----TCC--C----ATTA-C-CC-----GA---CGACGA---CA---T---A-A---A-------TTT---C----C-CG--ACCT----A----A----TTTTTaatgtttt
gi|3780 : AAAAA-A---TTACG-T--G-A---G---T----T-----TCC--G----TTTA-T-CC-----GA---C--CGAC--ACAATT---A-A---AA-T-T-TTCT---A----C-TG--ATCC----T----A----
gi|3787 : AAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----AA---C--CGAC--TC---T---A-A---a
gi|3777 : AAAAA-A---T-AG--T--G-T-------T----T-----TCC--G----ATTA-AGCC-----TA---C---GAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----CTC----CCC----T----A----ATTTTT
gi|3790 : aAAAAG-G---T-GTG-T--G-T---G---TG---T-----TTC--G----ATTA-C-CC-----GA---C--CGAC--CC---T---A-G---AA-T-T-
gi|3773 : aAAAAA-A---T----------T---G---T----T-----TCA--G----GTTA-C-AC-----GA---T--CAAC--CT---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----C-CA--ACTCTAAAT----A----TTTTT
gi|3778 : aaaAAAAA-A---A-AGT-TCCG-T---G---T----T-----TAC--G----GTAA-C-CC-----GA---C--CGAC--CC---T----------A-T-T-TTTT---CCTCGC-CG--ACTC----T----A----ATTTTT
gi|3788 : AAAAA-AGCGT-AG--T--GCT---G---T----T-----TCC--GCAGGGTTA-C-CG-----GGAAGC--CGAC--CC---T---A-A---AA-TGT-TGCT---C----C-CA--ACCC----TAA--A----TTTTT
gi|3784 : AAAAA-A---T-C---T--G-C---G---T----T-----TCC--G----GTAA-C-CC-----GA---C--CGAC--CC---T-----A---TA-T-T-TCCT---C----
gi|3786 : aAAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TAC--T----GTCA-T-CT-----GA---C--GGAC--CC---T----------A-T-T-TTTTCACC----C-CA--ACCC----T----AACACTTTTT
gi|3765 : aAAAA-A---T-AGG-C--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---C--TGAC--CC---T---A-A---AA-A-T-TTCT---C----C-CC--ACCT----T----A----ATTTTT
gi|3772 : AAAA-T---T-ATG-T--G-C---A---C----T-----TCC--G----AATA-C-CC-----GAA--C--CGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---A----C-CG--ATCC----T----A----ATTTT
gi|3789 : aaagAAAA-A---T-A---T--G-C---A---T----T-----TCA--G----ATTA-C-CT-----GA---C--CAAT--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---A----C-CA--ACGC----TTA--A----TTTTT
gi|3785 : AAA-A---T-AAA-T--G-T---G---TGAGTT-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---C--CGAC--CC---T---ATATATAA-T-T-ATC----C----C-CG--ACCC----T----A----
gi|3783 : AAA-A---T-AAAAT--G-T---G---T----TCAGTATCC--G----CTAA-C-CC-----GA---C--CGAC--CC---T---A-A---AT-T-A-TTGC---C----C-CG--ACCC----T----A----aacatttt
gi|3779 : AAA-A---T---G-T--G-TCGAG---T----T-----TCC--G----CTAA-C-CT-----GA---C--CGAC--CT---T---A-A---AA-T-TATTGC---C----C-CA--ACCC----T----A----aagatttt
gi|3782 : aatAAA-A---T---G-T--G-TTGAG---T----T-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---C--CGAC--CC---T---A-A---AT-T-A-TAGC---C----C-CG--ACCC----TAAACA----TTTTTa
gi|3791 : aaatAA-A---T---G-T--G-T---GAAGT----T-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---C--CGAC--CC---T---T-A---AA-T-T-ATGG---C----C-CG--ACCC----T----A----
gi|3792 : GG-T--G-T-------T----T-----TCC--G----ATTAAC-CC-----GA---C--CGAC--CC---T---A-G---AA-T-T-a
gi|3793 : G-T--G-T---G---T----T-----TCC--A----ATTA-C-CCGACCCGA---C--CGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---A----C-CG--ACCC----T----A----
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 3 222 888 1 11 1 6666666 3333 33333 11 2222 1 1 33333 444 44 222 222 1 222 1 1 1 222 2222 1 11 1 000 6666
lowQualScore : . ... ... . .. . ....... .... ..... .. .... . . ..... ... .. ... ... . ... . . . ... .... . .. . ... ....
lowQualScore : 9 333 111 2 77 2 0000000 8888 00000 77 6666 2 2 00000 555 55 111 111 2 111 2 2 2 333 8888 4 99 4 222 0000
consensus : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----C-CG--AC-CCT---A---ATTTTT
Reference ( family-503 ) : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----C-CG--AC-CCT---A---NTTTTT
gi|3761 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----C-CG--AC-CCT---A---TTTTTT
gi|3762 : AAAAATA---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CC-----GA---CCAAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----C-CA--AC-CCTA--A---ATTTTT
gi|3763 : aAAAAA-A---T-A---T--G-T---G---T----T-----TCC--A----ATTA-C-CC-----AA---CTGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---A----C-CA--AC-CCT---A---ATTTTT
gi|3764 : aAAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--AC---T---A-A---AA-T-T-TCCT---C----C-TG--AC-CCG---A---ATTTTT
gi|3765 : AAAA-A---T-AGG-C--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CTGAC--CC---T---A-A---AA-A-T-TTCT---C----C-CC--AC-CTT---A---ATTTTT
gi|3766 : AAAAA-A-----AGG-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATAA-C-CT-----GA---CTGTC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---T----C-CA--AT-CCT---A---ACTTTT
gi|3767 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----AAC--G----ATTA-C-CT-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---T----C-CG--AC-CCTA--A---ATTTTT
gi|3768 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---GT--T----T-----TCC--G----ATTA-C-C-----------CCGACAACC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----C-CAGCAC-CCT---A---ATTTTT
gi|3769 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T------CC--G----ATTA-C-CC-----TC---CCGAC--CC---T---A-A---A------TTCT---C----C-CG--AC-CCT---A---ATTTTT
gi|3770 : AAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CA-----GA---CCGAC--CC---TAAAA-A---AA-T-T-TT-T---A----C-CA--AC-CCTAA-A---ATTTTT
gi|3771 : aAAAAATA---T-AGG-T--G-T---A---T----T-----TCC--G----ATTA-A-CC-----GA---CAGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----C-CG--AC-C
gi|3772 : aAAAA-T---T-ATG-T--G-C---A---C----T-----TCC--G----AATA-C-CC-----GAA--CCGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---A----C-CG--AT-CCT---A---ATTTT
gi|3773 : aaagAAAAA-A---T----------T---G---T----T-----TCA--G----GTTA-C-AC-----GA---TCAAC--CT---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----C-CA--AC-TCT---AAATATTTTT
gi|3774 : aaaAAAAA-A-----AGG-T--G-T------------T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCAAC--CC---A---A-A---AA-A-A-TTTC---C----C-CG--AC-CCT---A---
gi|3775 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---GG--T----T-----TCCAAG----AT-A-C-CT-----GAA--CCGACG-CC---T---A-A---AAAT-T-TTCT---C----C-TG--AC-CCT---A---ATTTaatgtttt
gi|3776 : AAAAATA---T-AGA-C--A-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CC-----TA---ACGGT--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---G----C-CG--AT-CCTA--A---ATTTTT
gi|3777 : aAAAAA-A---T-AG--T--G-T-------T----T-----TCC--G----ATTA-AGCC-----TA---C-GAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---C----CTC----C-CCT---A---ATTTTT
gi|3778 : aAAAAA-A---A-AGT-TCCG-T---G---T----T-----TAC--G----GTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T----------A-T-T-TTTT---CCTCGC-CG--AC-TCT---A---ATTTTT
gi|3779 : AAA-A---T---G-T--G-TCGAG---T----T-----TCC--G----CTAA-C-CT-----GA---CCGAC--CT---T---A-A---AA-T-TATTGC---C----C-CA--AC-CCT---A---
gi|3780 : aatAAAAA-A---TTACG-T--G-A---G---T----T-----TCC--G----TTTA-T-CC-----GA---CCGAC--ACAATT---A-A---AA-T-T-TTCT---A----C-TG--AT-CCT---A---a
gi|3781 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-TG--G---T----T-----TCC--C----ATTA-C-CC-----GA----CGACGACA---T---A-A---A-------TTT---C----C-CG--A--CCT---A---ATTTTTa
gi|3782 : AAA-A---T---G-T--G-TTGAG---T----T-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AT-T-A-TAGC---C----C-CG--AC-CCT---AAACATTTTT
gi|3783 : aaatAAA-A---T-AAAAT--G-T---G---T----TCAGTATCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AT-T-A-TTGC---C----C-CG--AC-CCT---A---
gi|3784 : AAAAA-A---T-C---T--G-C---G---T----T-----TCC--G----GTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T-----A---TA-T-T-TCCT---C----aagatttt
gi|3785 : aAAA-A---T-AAA-T--G-T---G---TGAGTT-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---ATATATAA-T-T-ATC----C----C-CG--AC-CCT---A---
gi|3786 : AAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TAC--T----GTCA-T-CT-----GA---CGGAC--CC---T----------A-T-T-TTTTCACC----C-CA--AC-CCTAACA---CTTTTTaacatttt
gi|3787 : aAAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----AA---CCGAC--TC---T---A-A---
gi|3788 : AAAAA-AGCGT-AG--T--GCT---G---T----T-----TCC--GCAGGGTTA-C-CG-----GGAAGCCGAC--CC---T---A-A---AA-TGT-TGCT---C----C-CA--AC-CCTA--A---ATTTTT
gi|3789 : AAAA-A---T-A---T--G-C---A---T----T-----TCA--G----ATTA-C-CT-----GA---CCAAT--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---A----C-CA--ACGCTT---A---ATTTTT
gi|3790 : AAAAG-G---T-GTG-T--G-T---G---TG---T-----TTC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-G---AA-T-T-
gi|3791 : aAA-A---T---G-T--G-T---GAAGT----T-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---T-A---AA-T-T-ATGG---C----C-CG--AC-CCT---A---
gi|3792 : GG-T--G-T-------T----T-----TCC--G----ATTAAC-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-G---AA-T-T-a
gi|3793 : G-T--G-T---G---T----T-----TCC--A----ATTA-C-CCGACCCGA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-T-T-TTCT---A----C-CG--AC-CCT---A---AATCTT
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 3 222 888 1 11 1 6666666 3333 33333 11 2222 1 1 33333 444 44 222 222 1 222 1 1 1 222 2222 1 11 1 77 000 555
lowQualScore : . ... ... . .. . ....... .... ..... .. .... . . ..... ... .. ... ... . ... . . . ... .... . .. . .. ... ...
lowQualScore : 9 333 111 2 77 2 0000000 8888 00000 77 6666 2 2 00000 555 55 111 111 2 111 2 2 3 333 8888 4 99 4 77 000 000
consensus : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---A---TTTTT
Reference ( family-503 ) : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---A---TTTTT
gi|3761 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---T---TTTTT
gi|3762 : AAAAATA---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CC-----GA---CCAAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CA--AC-CCTA-A---A---TTTTT
gi|3763 : aAAAAA-A---T-A---T--G-T---G---T----T-----TCC--A----ATTA-C-CC-----AA---CTGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-CA--AC-CCT--A---A---TTTTT
gi|3764 : aAAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--AC---T---A-A---AA-TT-TC-CT---C----C-TG--AC-CCG--A---A---TTTTT
gi|3765 : AAAA-A---T-AGG-C--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CTGAC--CC---T---A-A---AA-AT-TT-CT---C----C-CC--AC-CTT--A---A---TTTTT
gi|3766 : AAAAA-A-----AGG-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATAA-C-CT-----GA---CTGTC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---T----C-CA--AT-CCT--A---A---CTTTT
gi|3767 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----AAC--G----ATTA-C-CT-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---T----C-CG--AC-CCTA-A---A---TTTTT
gi|3768 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---GT--T----T-----TCC--G----ATTA-C-C-----------CCGACAACC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CAGCAC-CCT--A---A---TTTTT
gi|3769 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T------CC--G----ATTA-C-CC-----TC---CCGAC--CC---T---A-A---A-----TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---A---TTTTT
gi|3770 : AAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CA-----GA---CCGAC--CC---TAAAA-A---AA-TT-TT--T---A----C-CA--AC-CCTAAA---A---TTTTT
gi|3771 : aAAAAATA---T-AGG-T--G-T---A---T----T-----TCC--G----ATTA-A-CC-----GA---CAGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-C
gi|3772 : aAAAA-T---T-ATG-T--G-C---A---C----T-----TCC--G----AATA-C-CC-----GAA--CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-CG--AT-CCT--A---A---TTTT
gi|3773 : aaagAAAAA-A---T----------T---G---T----T-----TCA--G----GTTA-C-AC-----GA---TCAAC--CT---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CA--AC-TCT--AAATA---TTTTT
gi|3774 : aaaAAAAA-A-----AGG-T--G-T------------T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCAAC--CC---A---A-A---AA-AA-TT-TC---C----C-CG--AC-CCT--A---AATGTTTT
gi|3775 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---GG--T----T-----TCCAAG----AT-A-C-CT-----GAA--CCGACG-CC---T---A-A---AAATT-TT-CT---C----C-TG--AC-CCT--A---A---TTT
gi|3776 : AAAAATA---T-AGA-C--A-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CC-----TA---ACGGT--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---G----C-CG--AT-CCTA-A---A---TTTTT
gi|3777 : aAAAAA-A---T-AG--T--G-T-------T----T-----TCC--G----ATTA-AGCC-----TA---C-GAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----CTC----C-CCT--A---A---TTTTT
gi|3778 : aAAAAA-A---A-AGT-TCCG-T---G---T----T-----TAC--G----GTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T----------A-TT-TT-TT---CCTCGC-CG--AC-TCT--A---A---TTTTT
gi|3779 : AAA-A---T---G-T--G-TCGAG---T----T-----TCC--G----CTAA-C-CT-----GA---CCGAC--CT---T---A-A---AA-TTATT-GC---C----C-CA--AC-CCT--A---A---
gi|3780 : aatAAAAA-A---TTACG-T--G-A---G---T----T-----TCC--G----TTTA-T-CC-----GA---CCGAC--ACAATT---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-TG--AT-CCT--A---A---
gi|3781 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-TG--G---T----T-----TCC--C----ATTA-C-CC-----GA----CGACGACA---T---A-A---A------T-TT---C----C-CG--A--CCT--A---A---TTTTT
gi|3782 : AAA-A---T---G-T--G-TTGAG---T----T-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AT-TA-TA-GC---C----C-CG--AC-CCT--AAACA---TTTTT
gi|3783 : aaatAAA-A---T-AAAAT--G-T---G---T----TCAGTATCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AT-TA-TT-GC---C----C-CG--AC-CCT--AAAGA---TTTT
gi|3784 : AAAAA-A---T-C---T--G-C---G---T----T-----TCC--G----GTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T-----A---TA-TT-TC-CT---C----
gi|3785 : aAAA-A---T-AAA-T--G-T---G---TGAGTT-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---ATATATAA-TT-AT-C----C----C-CG--AC-CCT--AAACA---TTTT
gi|3786 : AAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TAC--T----GTCA-T-CT-----GA---CGGAC--CC---T----------A-TT-TT-TTCACC----C-CA--AC-CCT--A---ACACTTTTT
gi|3787 : aAAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----AA---CCGAC--TC---T---A-A---
gi|3788 : AAAAA-AGCGT-AG--T--GCT---G---T----T-----TCC--GCAGGGTTA-C-CG-----GGAAGCCGAC--CC---T---A-A---AA-TG-TTGCT---C----C-CA--AC-CCTA-A---A---TTTTT
gi|3789 : AAAA-A---T-A---T--G-C---A---T----T-----TCA--G----ATTA-C-CT-----GA---CCAAT--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-CA--ACGCTT--A---A---TTTTT
gi|3790 : AAAAG-G---T-GTG-T--G-T---G---TG---T-----TTC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-G---AA-TT-
gi|3791 : aAA-A---T---G-T--G-T---GAAGT----T-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---T-A---AA-TT-AT-GG---C----C-CG--AC-CCT--A---A---
gi|3792 : GG-T--G-T-------T----T-----TCC--G----ATTAAC-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-G---AA-TT-
gi|3793 : G-T--G-T---G---T----T-----TCC--A----ATTA-C-CCGACCCGA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-CG--AC-CCT--A---A---ATCTT
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 3 222 888 1 11 1 6666666 3333 33333 11 2222 1 1 33333 444 44 222 222 1 222 1 1 1 222 2222 1 11 1 77 000 555
lowQualScore : . ... ... . .. . ....... .... ..... .. .... . . ..... ... .. ... ... . ... . . . ... .... . .. . .. ... ...
lowQualScore : 9 333 111 2 77 2 0000000 8888 00000 77 6666 2 2 00000 555 55 111 111 2 111 2 2 3 333 8888 4 99 4 77 000 000
consensus : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---A---TTTTT
Reference ( family-503 ) : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---A---TTTTT
gi|3761 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---T---TTTTT
gi|3762 : AAAAATA---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CC-----GA---CCAAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CA--AC-CCTA-A---A---TTTTT
gi|3763 : aAAAAA-A---T-A---T--G-T---G---T----T-----TCC--A----ATTA-C-CC-----AA---CTGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-CA--AC-CCT--A---A---TTTTT
gi|3764 : aAAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--AC---T---A-A---AA-TT-TC-CT---C----C-TG--AC-CCG--A---A---TTTTT
gi|3765 : AAAA-A---T-AGG-C--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CTGAC--CC---T---A-A---AA-AT-TT-CT---C----C-CC--AC-CTT--A---A---TTTTT
gi|3766 : AAAAA-A-----AGG-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATAA-C-CT-----GA---CTGTC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---T----C-CA--AT-CCT--A---A---CTTTT
gi|3767 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----AAC--G----ATTA-C-CT-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---T----C-CG--AC-CCTA-A---A---TTTTT
gi|3768 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---GT--T----T-----TCC--G----ATTA-C-C-----------CCGACAACC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CAGCAC-CCT--A---A---TTTTT
gi|3769 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T------CC--G----ATTA-C-CC-----TC---CCGAC--CC---T---A-A---A-----TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---A---TTTTT
gi|3770 : AAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CA-----GA---CCGAC--CC---TAAAA-A---AA-TT-TT--T---A----C-CA--AC-CCTAAA---A---TTTTT
gi|3771 : aAAAAATA---T-AGG-T--G-T---A---T----T-----TCC--G----ATTA-A-CC-----GA---CAGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-C
gi|3772 : aAAAA-T---T-ATG-T--G-C---A---C----T-----TCC--G----AATA-C-CC-----GAA--CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-CG--AT-CCT--A---A---TTTT
gi|3773 : aaagAAAAA-A---T----------T---G---T----T-----TCA--G----GTTA-C-AC-----GA---TCAAC--CT---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CA--AC-TCT--AAATA---TTTTT
gi|3774 : aaaAAAAA-A-----AGG-T--G-T------------T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCAAC--CC---A---A-A---AA-AA-TT-TC---C----C-CG--AC-CCT--A---AATGTTTT
gi|3775 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---GG--T----T-----TCCAAG----AT-A-C-CT-----GAA--CCGACG-CC---T---A-A---AAATT-TT-CT---C----C-TG--AC-CCT--A---A---TTT
gi|3776 : AAAAATA---T-AGA-C--A-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CC-----TA---ACGGT--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---G----C-CG--AT-CCTA-A---A---TTTTT
gi|3777 : aAAAAA-A---T-AG--T--G-T-------T----T-----TCC--G----ATTA-AGCC-----TA---C-GAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----CTC----C-CCT--A---A---TTTTT
gi|3778 : aAAAAA-A---A-AGT-TCCG-T---G---T----T-----TAC--G----GTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T----------A-TT-TT-TT---CCTCGC-CG--AC-TCT--A---A---TTTTT
gi|3779 : AAA-A---T---G-T--G-TCGAG---T----T-----TCC--G----CTAA-C-CT-----GA---CCGAC--CT---T---A-A---AA-TTATT-GC---C----C-CA--AC-CCT--A---A---
gi|3780 : aatAAAAA-A---TTACG-T--G-A---G---T----T-----TCC--G----TTTA-T-CC-----GA---CCGAC--ACAATT---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-TG--AT-CCT--A---A---
gi|3781 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-TG--G---T----T-----TCC--C----ATTA-C-CC-----GA----CGACGACA---T---A-A---A------T-TT---C----C-CG--A--CCT--A---A---TTTTT
gi|3782 : AAA-A---T---G-T--G-TTGAG---T----T-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AT-TA-TA-GC---C----C-CG--AC-CCT--AAACA---TTTTT
gi|3783 : aaatAAA-A---T-AAAAT--G-T---G---T----TCAGTATCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AT-TA-TT-GC---C----C-CG--AC-CCT--AAAGA---TTTT
gi|3784 : AAAAA-A---T-C---T--G-C---G---T----T-----TCC--G----GTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T-----A---TA-TT-TC-CT---C----
gi|3785 : aAAA-A---T-AAA-T--G-T---G---TGAGTT-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---ATATATAA-TT-AT-C----C----C-CG--AC-CCT--AAACA---TTTT
gi|3786 : AAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TAC--T----GTCA-T-CT-----GA---CGGAC--CC---T----------A-TT-TT-TTCACC----C-CA--AC-CCT--A---ACACTTTTT
gi|3787 : aAAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----AA---CCGAC--TC---T---A-A---
gi|3788 : AAAAA-AGCGT-AG--T--GCT---G---T----T-----TCC--GCAGGGTTA-C-CG-----GGAAGCCGAC--CC---T---A-A---AA-TG-TTGCT---C----C-CA--AC-CCTA-A---A---TTTTT
gi|3789 : AAAA-A---T-A---T--G-C---A---T----T-----TCA--G----ATTA-C-CT-----GA---CCAAT--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-CA--ACGCTT--A---A---TTTTT
gi|3790 : AAAAG-G---T-GTG-T--G-T---G---TG---T-----TTC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-G---AA-TT-
gi|3791 : aAA-A---T---G-T--G-T---GAAGT----T-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---T-A---AA-TT-AT-GG---C----C-CG--AC-CCT--A---A---
gi|3792 : GG-T--G-T-------T----T-----TCC--G----ATTAAC-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-G---AA-TT-
gi|3793 : G-T--G-T---G---T----T-----TCC--A----ATTA-C-CCGACCCGA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-CG--AC-CCT--A---A---ATCTT
blockSeqs : T GCG TAC A CC C CGAG GAGT CAGTA AA CAGG A G GACCC AAG AA AAT AAA T TAT A A G CAC CTCG T GC G AA AAT ATG
blockSeqs : T . AG . . . TGAG G . . . . . . A GA . . . . . . . . . . . . A AAC CAC
blockSeqs : T . AG . . . GAAG . . . . . . . A G . . . . . . . . . . . . A AAG .
blockSeqs : . . AG . . . GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AAC .
blockSeqs : . . AG . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . AG . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AG . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AG . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AG . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AT . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AG . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AG . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AG . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AG . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AG . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AG . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AA . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AA . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AG . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GT . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---A---TTTTT
finalCons : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---A---TTTTT
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 3 222 888 1 11 1 6666666 3333 33333 11 2222 1 1 33333 444 44 222 222 1 222 1 1 1 222 2222 1 11 1 77 000 555
lowQualScore : . ... ... . .. . ....... .... ..... .. .... . . ..... ... .. ... ... . ... . . . ... .... . .. . .. ... ...
lowQualScore : 9 333 111 2 77 2 0000000 8888 00000 77 6666 2 2 00000 555 55 111 111 2 111 2 2 3 333 8888 4 99 4 77 000 000
consensus : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---A---TTTTT
Reference ( family-503 ) : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---A---TTTTT
gi|3761 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---T---TTTTT
gi|3762 : AAAAATA---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CC-----GA---CCAAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CA--AC-CCTA-A---A---TTTTT
gi|3763 : aAAAAA-A---T-A---T--G-T---G---T----T-----TCC--A----ATTA-C-CC-----AA---CTGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-CA--AC-CCT--A---A---TTTTT
gi|3764 : aAAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--AC---T---A-A---AA-TT-TC-CT---C----C-TG--AC-CCG--A---A---TTTTT
gi|3765 : AAAA-A---T-AGG-C--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CTGAC--CC---T---A-A---AA-AT-TT-CT---C----C-CC--AC-CTT--A---A---TTTTT
gi|3766 : AAAAA-A-----AGG-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATAA-C-CT-----GA---CTGTC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---T----C-CA--AT-CCT--A---A---CTTTT
gi|3767 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T-----AAC--G----ATTA-C-CT-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---T----C-CG--AC-CCTA-A---A---TTTTT
gi|3768 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---GT--T----T-----TCC--G----ATTA-C-C-----------CCGACAACC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CAGCAC-CCT--A---A---TTTTT
gi|3769 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---G---T----T------CC--G----ATTA-C-CC-----TC---CCGAC--CC---T---A-A---A-----TT-CT---C----C-CG--AC-CCT--A---A---TTTTT
gi|3770 : AAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CA-----GA---CCGAC--CC---TAAAA-A---AA-TT-TT--T---A----C-CA--AC-CCTAAA---A---TTTTT
gi|3771 : aAAAAATA---T-AGG-T--G-T---A---T----T-----TCC--G----ATTA-A-CC-----GA---CAGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CG--AC-C
gi|3772 : aAAAA-T---T-ATG-T--G-C---A---C----T-----TCC--G----AATA-C-CC-----GAA--CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-CG--AT-CCT--A---A---TTTT
gi|3773 : aaagAAAAA-A---T----------T---G---T----T-----TCA--G----GTTA-C-AC-----GA---TCAAC--CT---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----C-CA--AC-TCT--AAATA---TTTTT
gi|3774 : aaaAAAAA-A-----AGG-T--G-T------------T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCAAC--CC---A---A-A---AA-AA-TT-TC---C----C-CG--AC-CCT--A---AATGTTTT
gi|3775 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-T---GG--T----T-----TCCAAG----AT-A-C-CT-----GAA--CCGACG-CC---T---A-A---AAATT-TT-CT---C----C-TG--AC-CCT--A---A---TTT
gi|3776 : AAAAATA---T-AGA-C--A-T---G---T----T-----TCT--G----ATTA-C-CC-----TA---ACGGT--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---G----C-CG--AT-CCTA-A---A---TTTTT
gi|3777 : aAAAAA-A---T-AG--T--G-T-------T----T-----TCC--G----ATTA-AGCC-----TA---C-GAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---C----CTC----C-CCT--A---A---TTTTT
gi|3778 : aAAAAA-A---A-AGT-TCCG-T---G---T----T-----TAC--G----GTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T----------A-TT-TT-TT---CCTCGC-CG--AC-TCT--A---A---TTTTT
gi|3779 : AAA-A---T---G-T--G-TCGAG---T----T-----TCC--G----CTAA-C-CT-----GA---CCGAC--CT---T---A-A---AA-TTATT-GC---C----C-CA--AC-CCT--A---A---
gi|3780 : aatAAAAA-A---TTACG-T--G-A---G---T----T-----TCC--G----TTTA-T-CC-----GA---CCGAC--ACAATT---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-TG--AT-CCT--A---A---
gi|3781 : AAAAA-A---T-AGG-T--G-TG--G---T----T-----TCC--C----ATTA-C-CC-----GA----CGACGACA---T---A-A---A------T-TT---C----C-CG--A--CCT--A---A---TTTTT
gi|3782 : AAA-A---T---G-T--G-TTGAG---T----T-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AT-TA-TA-GC---C----C-CG--AC-CCT--AAACA---TTTTT
gi|3783 : aaatAAA-A---T-AAAAT--G-T---G---T----TCAGTATCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-A---AT-TA-TT-GC---C----C-CG--AC-CCT--AAAGA---TTTT
gi|3784 : AAAAA-A---T-C---T--G-C---G---T----T-----TCC--G----GTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T-----A---TA-TT-TC-CT---C----
gi|3785 : aAAA-A---T-AAA-T--G-T---G---TGAGTT-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---ATATATAA-TT-AT-C----C----C-CG--AC-CCT--AAACA---TTTT
gi|3786 : AAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TAC--T----GTCA-T-CT-----GA---CGGAC--CC---T----------A-TT-TT-TTCACC----C-CA--AC-CCT--A---ACACTTTTT
gi|3787 : aAAAAA-A---T---G-T--G-T---G---T----T-----TCC--G----ATTA-C-CC-----AA---CCGAC--TC---T---A-A---
gi|3788 : AAAAA-AGCGT-AG--T--GCT---G---T----T-----TCC--GCAGGGTTA-C-CG-----GGAAGCCGAC--CC---T---A-A---AA-TG-TTGCT---C----C-CA--AC-CCTA-A---A---TTTTT
gi|3789 : AAAA-A---T-A---T--G-C---A---T----T-----TCA--G----ATTA-C-CT-----GA---CCAAT--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-CA--ACGCTT--A---A---TTTTT
gi|3790 : AAAAG-G---T-GTG-T--G-T---G---TG---T-----TTC--G----ATTA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-G---AA-TT-
gi|3791 : aAA-A---T---G-T--G-T---GAAGT----T-----TCC--G----CTAA-C-CC-----GA---CCGAC--CC---T---T-A---AA-TT-AT-GG---C----C-CG--AC-CCT--A---A---
gi|3792 : GG-T--G-T-------T----T-----TCC--G----ATTAAC-CC-----GA---CCGAC--CC---T---A-G---AA-TT-
gi|3793 : G-T--G-T---G---T----T-----TCC--A----ATTA-C-CCGACCCGA---CCGAC--CC---T---A-A---AA-TT-TT-CT---A----C-CG--AC-CCT--A---A---ATCTT