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Reference ( gi|87936 )        : AACAGCA-TT-GTTTTA--TGTCC-CAATT-T----ATCCAA-C--AATGA-AAA----C-CA-G-T-T----A-CATT--AT-C-T-ATG---CAATGTAGGTATT-C---ATCCG------A-------TAG------CTA-GT-T-T---TG-T-ACT-GA-------AAGAG-A-------GTGT-GTGGAC--AC-G-CAG-A---------GCA---T--TATG--GGTA-GAAT----TG---T--TTTTGCA----TGTT--GCG-TA-AT-GT-C-GA-----CAT-AT----T--GGAA-AAGA-G--AG-T-A-CTAAACCGC
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lowQualScore                  :        8  9      66  7  7  0  7       7 33     7   5555 7  7 7 6 4444 6    44  7 7 7   000             7 999     222222 9999999   222222   8  3 7 888  8 9   0  2222222     0 7777777    8 8    7  5 7   7   7777  55 55  88888     8  66   00000000   222     222222222222   66   9    9  88888 9  77777   9  2222 88    1    2 33  2 2 2 2        
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Reference ( family-502 )      : AACAGCA-TT-GTTTTA--TGNCC-CANTT-TATCCAA-C--AATGA-AAA----C-CA-G-T-T----A-CATT--AT-C-T-ATG---CAATGTAGGTATT-C---ATCCG------A-------TAG------CTA-GT-T-T---TG-T-ACT-GA-------AAGAG-A-------GTGT-GCGGAG-AC-G-CAG-AGC----AT--T--AT-----GGGTA-GT--ATG----G---TTT---TTGCAC-----------GTT--GCG-TAAT-GT-----C-GA-----CAT-AT----T--GGAA-AAGA-G--AG-T-A-C-CAAACCGC
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Reference ( family-502 )      : AACAGCA-TT-GTTTTA--TGNCC-CANTT-TATCCAA-C--AATGA-AAA----C-CA-G-T-T----A-CATT--AT-C-T-ATG---CAATGTAGGTATT-C---ATCCG------A-------TAG------CTA-GT-T-T---TG-T-ACT-GA-------AAGAG-A-------GTGT-GCGGAG-AC-G-CAG-AGC----AT--T--AT-----GGGTA-GT--ATG----G---TTT---TTGCAC-----------GTT--GCG-TAAT-GT-----C-GA-----CAT-AT----T--GGAA-AAGA-G--AG-T-A-C-CAAACCGC
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gi|87967                      :                                                                                                                                                                                              GAG-AC-G-CAG-AGA----AT--T--ATGCATGGAGTA-GT--ATG----A----TT---TTGCAC-----------GCT--------AT-GT-----C--A-----TAT-AT----T--GGAA-AAGACG--AG-T-A-C-CAAACC
gi|87968                      :                                                                                                                                                                                                                                  GTA-GT--ATG----T---TTT---TTGCAC-----------ATT--GCG-TATT-GT-----C-AA-----AAT-AT----T--GGAA-AAGA-G--AG-T-A-C-GAAACC
gi|87969                      :                                                                                                                                                                                                                                                      TT---TTGCAT-----------GTT--GCG-TATT-GT-----C-GA-----CAT-GT----T--GGAA-AAAA-G--AG-T-A-C-GAAACC


blockSeqs                     :        A  T      AT  T  G  A  A       T CC     C   AAAC G  T T G CTCT T    GG  G G G   ACA             A CCA     TTACAT TAGCTAC   TTGTTA   T  G G ATA  G A   A  ACCCACC     C AAAGTCG    C T    A  T C   C   TTCT  AC GC  GCATG     T  TA   TTTAA      TTC     CTAAATATTCTA   TA   T    A  ATGTC A  TATAT   A  GAAA TG    G    C TT  C A C A
blockSeqs                     :        C  .      .   T  .  A  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  A . TTG  . .   .  .           . C          . T    .  T .   .   .     .  .   .         C  .    GTTT       .       CGTCT          .    .    .  .     .  T       .  .    .     .    . A   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   T  .  A  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . T    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    GT         .       T              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   C  .  A  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . C    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    GT         .       T              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   A  .  C  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . C    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    G          .       T              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   A  .  C  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . T    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    G          .       T              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   T  .  A  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . T    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    G          .       C              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   C  .  A  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . T    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    G          .       C              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   A  .  A  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . T    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    G          .       T              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   T  .  C  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . T    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    G          .       T              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   C  .  A  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . C    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    G          .       A              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   A  .  T  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . C    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    G          .       C              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   A  .  T  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . T    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    G          .       T              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   A  .  T  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . N    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    N          .       N              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   G  .  T  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . C    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    G          .       C              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   T  .  T  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . T    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    T          .       T              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   A  .  T  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . T    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    G          .       T              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .    . .   . . . .
blockSeqs                     :        .  .      .   A  .  A  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . T    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    A          .       C              .    .    .  .     .  .       .  .    .     .                 
blockSeqs                     :        .  .      .   .  .  C  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .   .  .           . .          . T    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    T          .       C              .    .    .  .     .  .       .  .    .                       
blockSeqs                     :        .  .      .   .  .  C  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    . .      .             .          . C    .  . .   .   .     .  .   .         .  .    .          .       T              .    .    .  .     .  .       .                               
blockSeqs                     :                         .  C  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .       .      .         .        .  . . .    .                      .          . .    .  . .   .   .     .  .                                .                                                                                    
blockSeqs                     :                         .  T  .       . .      .   .    .  . . . .    .    .   . . .   .               . .                                    . . .                                             .  . .   .   .                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                       . .      .   .    .  . . . .    .                                . .                                    . . .                                                                                                                                                                                         
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Reference ( family-502 )      : AACAGCA-TT-GTTTTA--TGNCC-CANTT-TATCCAA-C--AATGA-AAA----C-CA-G-T-T----A-CATT--AT-C-T-ATG---CAATGTAGGTATT-C---ATCCG------A-------TAG------CTA-GT-T-T---TG-T-ACT-GA-------AAGAG-A-------GTGT-GCGGAG-AC-G-CAG-AGC----AT--T--AT-----GGGTA-GT--ATG----G---TTT---TTGCAC-----------GTT--GCG-TAAT-GT-----C-GA-----CAT-AT----T--GGAA-AAGA-G--AG-T-A-C-CAAACCGC
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gi|87968                      :                                                                                                                                                                                                                                  GTA-GT--ATG----T---TTT---TTGCAC-----------ATT--GCG-TATT-GT-----C-AA-----AAT-AT----T--GGAA-AAGA-G--AG-T-A-C-GAAACC
gi|87969                      :                                                                                                                                                                                                                                                      TT---TTGCAT-----------GTT--GCG-TATT-GT-----C-GA-----CAT-GT----T--GGAA-AAAA-G--AG-T-A-C-GAAACC