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blockSeqs                     :       G  A T    G        TC   C          AGTTGGGGTG      TA AT   A A AT    C
blockSeqs                     :       G  A T    G        .    A          .               A  .    A A .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .     .
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .      
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .      
blockSeqs                     :       .  . .    .        .    .          .               .  .    . . .      
blockSeqs                     :                 .        .    .                                             
blockSeqs                     :                 .        .    .                                             


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
finalCons                     : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA





Alignments
lowQualScore                  :       2  2 2    2        11   2          5555555555 0    33 11   2 2 11    1   
lowQualScore                  :       .  . .    .        ..   .          .......... .    .. ..   . . ..    .   
lowQualScore                  :       5  5 5    4        66   4          5555555555 6    00 77   5 5 77    4   
consensus                     : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
Reference ( family-501 )      : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42784                      : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42785                      : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAA---G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42786                      : CACAGG-AA-A-CGGT-AATTTGAT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42787                      : CACAGG-AA-A-CGGT-AATTTGAT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42788                      : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GCC-T-A--TACT-ATA
gi|42789                      : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGAT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42790                      : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTC-T-G--TACT-ATA
gi|42791                      : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGGT---TG-TAATAATGAT----------ATCAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42792                      : CACATG-AA-C-CGGT-AATTTGAT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAGGA-G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42793                      : CACAGGGAA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTCAT-A--TACT-ATA
gi|42794                      : CACAGGGAA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTCAT-A--TACT-ATA
gi|42795                      : CACAGG-AA-CTCGGTGAATTTGGT--CTG-TAATAA-GAT----------ATTAAG--G--GTC-TAA--TACT-AT
gi|42796                      : CACAGG-AA-CTCGGTGAATTTGGT--CTG-TAATAA-GAT----------ATTAAG--G--GTC-TAA--TACT-AT
gi|42797                      : CACAGG-AAAC-CGGT-AATTTGTG--CTGCTAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTC-T-A--T
gi|42798                      : CACAGG-AA-C-TGGT-AATTTTGT--CTG-TAATAATGAT----------AGTAGG--G--ATC-T-A--TACT-ATA
gi|42799                      : CACAGG-AAAC-CTGT-AATTTGGT--CTA-TAATAAT-------------ATTAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42800                      : CACAGG-GA-C-CGGT-AATTTGGT--CTGATAAT-GTGAT----------ATT-AG--G--GTA-T-AATTACTCATA
gi|42801                      : CACAGA-AA-C-CGGT-AATTCTGT--CTG-TAATAATGAT----------GGCAGG--G--GTC-T-A--TACT-AT
gi|42802                      : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTTAT--CTG-CAATAATGAT----------AGTAAG--G--GTC-T-A--
gi|42803                      : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTTGG--CTG-TAATAATGAT----------AGTAGA--A--ACC-T-A--TATC-ATA
gi|42804                      : CACAGA-AA-C-CGGT-GCTTTTGT--CTA-TAATAATGAT----------TGTAGG--G--GTC-T-A--TACT-CTA
gi|42805                      : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTTGT--CTG-TAATAATAAC----------AGTCAGTAGATGTC-T-A--TATT-
gi|42806                      : CACAGG-AA-C-CAGC-AATTAAGT--CTA-TATTAATGATAGTTGGGGTGACTAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42807                      : CACAGG-AA-C-TGAT-GGTTTTGT--CAG-TAGTAATGAT----------AGTACG--G--ATC-T-A--TACT-CTA
gi|42808                      : CACAGA-AA-C-CGG--AATTTTTTTCCTG-TAATAATGAT----------A---GG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42809                      : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAA
gi|42810                      : CACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAA
gi|42811                      :  ACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42812                      :  ACAGG-AA-C-CGGT-AATTTGGT--CTG-TAATAATGAT----------ATCAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42813                      :  ACAGG-AA-C-TGGT-AATTTGAT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42814                      :   CAGG-AA-C-CGGT-AATTTTGT--CTG-TAATAATGAT----------AGTAGG--G--ATT-T-A--TAC
gi|42815                      :     GG-AA-C-CGGT-TATTTCAT--CTT-TAATAATGAT----------AATAAG--G--GTC-T-A--TACT-ATA
gi|42816                      :              GGT-AATTCGAT--CTG-TAATAATGAT----------ATTAA---G--GTC-T-A--TAAT-ATA
gi|42817                      :               GT-AATTTGGT--CTG-TAATAATGAT----------AGTAGG--A--GCC-T-A--TACC-ATA