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lowQualScore                  :         7  3   99 5 00 00 8 5 2 2 2 111 2   2  11 888 777777 222 99 4 6 4 4 2 2  6  2 99 77 2 6 2 2  4 2       
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Reference ( gi|107077 )       :    TTCTT-AT-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-G--C--C-G-T-G-CC-A-ACAAATT
gi|107080                     :    TTCTT-AT-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-G--C--C-G-T-G-CC-C-ACAAATT
gi|107078                     :    TTCTT-AT-TTT--G-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-G--C--C-G-T-G-CC-A-ACAAAT
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Alignments
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lowQualScore                  :          .  .   .. . .. .. . . . . . ... .   .  .. ... ...... ... .. . . . . . .  .  . .. .. . . . .  . .       
lowQualScore                  :          6  3   55 4 99 99 6 4 2 2 2 111 2   2  00 666 666666 999 88 4 5 4 4 2 2  5  2 88 66 2 5 2 2  4 2       
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gi|107107                     :                 -TG-G--A--T-G-T-A-G-T---C-GGT-GG--T---ACATGTAT---A--A-C-A-A-C-A-CC-TG-G--T--C-G-T-A-CC-A-ACAAACT
gi|107108                     :                                    -T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-A--C--C-G-T-G-CC-A-AAAAATT





Alignments
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lowQualScore                  :          .  .   .. . .. .. . . . . . ... .   .  .. ... ...... ... .. . . . . . .  .  . .. .. . . . .  . .       
lowQualScore                  :          6  3   55 4 99 99 6 4 2 2 2 111 2   2  00 666 666666 999 88 4 5 4 4 2 2  5  2 88 66 2 5 2 2  4 2       
consensus                     :     TTCTT-AT-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-G--C--C-G-T-G-CC-A-ACAAATT
Reference ( family-500 )      :     TTCTT-AT-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-G--C--C-G-T-G-CC-A-ACAAATT
gi|107075                     :     TCCTT-AT-TTT--G-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------TA--A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-G--C--C-G-T-G-CC-A-ACAAATT
gi|107076                     :       tTT-AT-TTT-TG-G--AAAT-G-T-C-G-T---C-GGTTGG--T---A------T---A--A-C-AAG-C-AACC-TG-G--C--C-G-T-G-CC-A-ACAAATT
gi|107077                     : tcctTTCTT-AT-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-G--C--C-G-T-G-CC-A-ACAAATT
gi|107078                     :     TTCTT-AT-TTT--G-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-G--C--C-G-T-G-CC-A-ACAAAT
gi|107079                     :     TTCTT-AT-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A---A-G-C-A--C-TG-G--C--C-G-T-G--C-A-ACAAATT
gi|107080                     :     TTCTT-AT-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-G--C--C-G-T-G-CC-C-ACAAATT
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gi|107083                     :     TTCTT-AT-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-G-T---T-GGT-GGT-T---A------T---A--A---A-G-C-A-CCTTG-G--C--CTGTT-G-CC-A-ACAAATT
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gi|107088                     :     TTCTTTAT-TTT-TG-G--AA-T-GGT-C-G-TGTCT-GGT-GG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-C--TG-G--C--C-G-T-G-CC-A-ACAAA
gi|107089                     :     TTCTT-AT-TTT--G-G--A--T-GGT-C-G-T---C-GGT-GG--T---AT-----T---A--A-C-A---C-A-CC-TG-G--C--C-GATAG-CC-A-ACAAA
gi|107090                     :     TTATT-AT-TTT-GG-A--A--T-G-T-G-G-T---C-GGT-GG--TA--A------T---AATA-C-A-G---A-CCTTG-GACC--C-G-T-G-CCAA-ACAAATT
gi|107091                     : ttctTCCTT-AT-TTT--G-G--A--TTG-T-C-G-T---C-AGT-GG--C---C------T---A--AAC-A-G-C-A-CC-CT-G--C--C-G-T-G-CC-A-ACA
gi|107092                     :    tTTCTT-AT-TTTTTG-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGC-GG--T---A------TCACA--A-C-A-G-C---CC-TG-G--C--T-G-T-GCCC-A-ACAGATT
gi|107093                     :     TTCTT-AT-TG---G-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A-A-A-G-C-A-CC-T--G--C--C-G-T----C-A-ACAA
gi|107094                     :     TTCTT-AT-TT---G-G--A--T-G-TTC-G-T---CTGGT-GG--T---A------T---A--AAC-A-G-C-A-CC----G--C--C---T-G-CC-A-ACAAATT
gi|107095                     :     TTCTT-ACGTTT-TGTG--A--T-G-T-C-G-T---C-GAT-GG--T---A------T---A--A-C-AGG-CAA-CC-TG-G--C--C-A-T-G-CC-A-ACAAACT
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gi|107097                     :     TTCTT-GT-TTT--G-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-TG--T---A------T---A--G-C-A-G-C-A-AT-TG-A--T--C-G-T-G-TT-A-AC
gi|107098                     :     TTCTT-TA-TTT-TG-C--A--TTG-T-C-G-T---C-GG--GG--TTTTA------T---A--A-C-A-G-C-A-CC-TGCG--TTGC-G-T-G-CC-A-ACAAATT
gi|107099                     :      TCTT-GT-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--TG--A------TA--A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-G--C------T-G-CC-A-ACAAATT
gi|107100                     :            T-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-GAT---T-GGT-GG--T---A------A---T--A-C-A-G-C-A-CC-TG-G--C--C-ATT-G-CC-A-ACAAATT
gi|107101                     :          tcT-TTT-TGCG--A--T-G-T-CCG-T---C-GGT-GG--T---A------A---T--A-C-A-G-C-A-CC-CT-G--C--C-G-T-G-CC-A-ACAAATT
gi|107102                     :           tT-TTT-TG-G--A--TAG-T-C-G-T---C-GGT-GT--T---A------T---A--G-CAA-G-C-A-CC-TG-G--C--A-----G-CC-A-A-GAATT
gi|107103                     :           tT-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------TA--A--A-C-A-G-C-A-CC-AG-G--C--T-G-T-G-CC-A-ACAAATT
gi|107104                     :            T-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-CG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-CG-TG-G--G--C-G-T-G-CC-A-ACAAATT
gi|107105                     :             -TTT-TG-------T-G-T-C-G-----C-GGT-GGGTT---A------T---A--A-C-A-GGC-A-CC-TG-GA-C--C-G-T-G-CC-A-ACAAATT
gi|107106                     :                T-TC-G--A--T-G-T-C-G-T---C-G-T-GGA-T---A------T---A--A-C---G-C-A-CC-TG-G--C--A-G-T-G-CC-A-ACAAA
gi|107107                     :                 -TG-G--A--T-G-T-A-G-T---C-GGT-GG--T---ACATGTAT---A--A-C-A-A-C-A-CC-TG-G--T--C-G-T-A-CC-A-ACAAACT
gi|107108                     :                                    -T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-A--C--C-G-T-G-CC-A-AAAAATT


blockSeqs                     :          T  G   AT T TG AA T G T C A GTC T   T  GT TTT CATGTA CAC AT A C A T A A  T  C AC TG T T A C  A C
blockSeqs                     :          .  .   TT C C  A  T G . . . .   .   .  T  G   T      A   G  A A G G . .  T  . A  .  . A . .  A .
blockSeqs                     :          .  .   T  . .  .  A . . . . .   .   .  A  A   .      A   .  . A . . . .  A  . .  .  . T . .  . .
blockSeqs                     :          .  .   T  . .  .  . . . . . .   .   .  .  G   .      A   .  . . . . . .  .  . .  .  . . . .  . .
blockSeqs                     :          .  .   T  . .  .  . . . . . .   .   .  .  .   .      A   .  . . . . . .  .  . .  .  . . . .  . .
blockSeqs                     :          .  .   T  . .  .  . . . . . .   .   .  .  .   .      .   .  . . . . . .  .  . .  .  . . . .  . .
blockSeqs                     :          .  .   T  . .  .  . . . . . .   .   .  .  .   .      .   .  . . . . . .  .  . .  .  . . . .  . .
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blockSeqs                     :          .  .   T  . .  .  . . . . . .   .   .  .  .   .      .   .  . . . . . .  .  . .  .  . . . .  . .
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blockSeqs                     :          .  .   T  . .  .  . . . . . .   .   .  .  .   .      .   .  . . . . . .  .  . .  .  . . . .  . .
blockSeqs                     :          .  .   G  . .  .  . . . . . .   .   .  .  .   .      .   .  . . . . . .  .  . .  .  . . . .  . .
blockSeqs                     :          .  .   T  . .  .  . . . . . .   .   .  .  .   .      .   .  . . . . . .  .  . .  .  . . . .  . .
blockSeqs                     :          .  .   T  . .  .  . . . . . .   .   .  .  .   .      .   .  . . . . . .  .  . .  .  . . . .  . .
blockSeqs                     :          .  .   T  . .  .  . . . . . .   .   .  .  .   .      .   .  . . . . . .  .  . .  .  . . . .  . .
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blockSeqCons                  :                 T*                                            ***
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Alignments
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lowQualScore                  :          .  .   .. . .. .. . . . . . ... .   .  .. ... ...... ... .. . . . . . .  .  . .. .. . . . .  . .       
lowQualScore                  :          6  3   55 4 99 99 6 4 2 2 2 111 2   2  00 666 666666 999 88 4 5 4 4 2 2  5  2 88 66 2 5 2 2  4 2       
consensus                     :     TTCTT-AT-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-G--C--C-G-T-G-CC-A-ACAAATT
Reference ( family-500 )      :     TTCTT-AT-TTT-TG-G--A--T-G-T-C-G-T---C-GGT-GG--T---A------T---A--A-C-A-G-C-A-CC-TG-G--C--C-G-T-G-CC-A-ACAAATT
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