lowQualScore : 11 333333 11 11 2222 33 1 11 444444 1 1 1 2 1 2222 1 2 1 1 1 11 3 33 11 11 2222
lowQualScore : .. ...... .. .. .... .. . .. ...... . . . . . .... . . . . . .. . .. .. .. ....
lowQualScore : 99 777777 88 88 7777 00 2 77 888888 2 2 2 5 2 6666 2 4 2 2 2 77 6 00 77 77 7777
consensus : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
Reference ( gi|57238 ) : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57239 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57240 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GTGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57241 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTCT--C--T----ATGCGCTG
gi|57242 : TTATTAT--T------A--T--CA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-T--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57243 : TTATTAT--T------T--T--TA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGT
gi|57244 : TTATTGT--T------A--T--TA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-C-TA-C--GT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTG
gi|57245 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-A----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--TAAAGATGCGCTGTA
gi|57246 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-T--T------TATT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AG-TT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57247 : TTATT-T--T------A--T--TA----T--TA-T--T------TTTT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--GT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTATA
gi|57248 : TTATTAT--T------AAAT--TA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-TTATCAAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--ATAAT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57249 : TTATTATTAT------A--T--TA----T--TATT--T------TTATAT-C-A-TT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57250 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTT---T----AAA-G-GC-AAAA-T-TA-C--TT-AT--AG-TT--C--T----ATGC-CTGTA
gi|57251 : TTATTAT--T------T--C--TA----T--TA-T--TTTATATTTAT-T-C-ATTT-ATT----AAA-GCGCAAAAA-T-TA-C--AT-ATC-AGTTT--C--A----ATGCGCTGTA
gi|57252 : TTATTAT--TTTATGTA--T--TA----T--TA-T--T------TCAT-T-C-ATTT-T-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA----AT-AT--GTCTT--C--T----ATGCGCTGT
gi|57253 : TTATTAT--T------A--T--TA----TTATA-T--T------TTAT-T-C-ATTTCA-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AA-AT--AGTTTTCT--T----ATGC
gi|57254 : TTATTAT--T------A--T---A----T--TA-TATT------TTAT-T-C-ATT--A-T----AAA-GCG--AAAA-T-TA-C--AT-AT--AG-TT--C--T----ATGCG-TGTA
gi|57255 : TTATCTT--G------A--T--TA----T--TA-C--T------TTAT-TTC-ATTT-A-T----AAA-GCCCCAAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCG
gi|57256 : TTATTAT--T------A--T--TAATTTT--TA-T--T------TCAT-T----TTT-A-T----AAA-GCGC-TAAA---TA-C--AT-AT--AGTCT-----T----ATGCGCTGT
gi|57257 : TTATTAT--T------A--TATTA----T--TA-A--T------TTAT-T-T-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-A
gi|57258 : TGTTAT--C------A--T--TA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-CATAT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57259 : TATTAT--T------A--T--TA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-A----TAA-GCGC-AAAA-T-TACC--AT-ATAAAATTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57260 : ATTAT--T------A--T--TA----T--TA-T--TA-----TTAT-T-CAATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAATT-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCG
gi|57261 : ATTAT--T------A--T--TA----T--TA-----------TTAT------TTT-A-T----AAA-GCGC-AAA----TA-C--ATAAT--AGTTT--C--T----ATGCGC
gi|57262 : TTGT--T------A--T--TA----T--TA-T--T------T-AT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57263 : TTAT--T------A--T--TA----T--CA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C-----AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57264 : TTAT--T------A--T--TA----T--TA-T--T------T--T-T-C-ATTT-A-T----AAATGCGC-AAAA-T-TC-C--AT-A---AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57265 : TTAT--T------------TA----T--TA-T--T------TTAT-T-C-ATTTTA-T----AAA-G-GC-AAAA-TATA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCG
gi|57266 : AT--T------A--T--CA----T--T-----T------TTAT-T-C-AATT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-T--AT-AT--AGTTT--CTAT----ATGCGCTGTA
gi|57267 : --T------A--T--TA----T--TT-T--T------TTAT-T-C-ATTT-G-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTG
gi|57268 : ------A--T--TA----T--TA-T--T------ATAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AA--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57269 : ------A--T--TA----TA-TA-T--T------TTAT-T-C-AT---A-T----AA--GCGC-AAA--T-TA-C--ATTAT--AGTCT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57270 : A----T--GA-T--T------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GC---AAAA-T-TA-C--AC-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57271 : -T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AA--AGTTT--C--T----ATGCACTGT
Alignments
lowQualScore : 11 333333 11 33 2222 22 1 444444 1 1 1 2 1 2222 1 2 1 1 1 11 3 22 11 11 2222
lowQualScore : .. ...... .. .. .... .. . ...... . . . . . .... . . . . . .. . .. .. .. ....
lowQualScore : 88 666666 77 44 6666 99 2 777777 2 2 2 4 2 5555 2 4 2 2 2 66 5 99 77 77 6666
consensus : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
Reference ( family-499 ) : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57238 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57239 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57240 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GTGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57241 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTCT--C--T----ATGCGCTG
gi|57242 : TTATTAT--T------A--T--CA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-T--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57243 : TTATTAT--T------T--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGT
gi|57244 : TTATTGT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-C-TA-C--GT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTG
gi|57245 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-A----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--TAAAGATGCGCTGTA
gi|57246 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TATT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AG-TT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57247 : TTATT-T--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTTT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--GT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTATA
gi|57248 : TTATTAT--T------AAAT--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-TTATCAAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--ATAAT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57249 : TTATTATTAT------A--T--TA----T--TATTT------TTATAT-C-A-TT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57250 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT---T----AAA-G-GC-AAAA-T-TA-C--TT-AT--AG-TT--C--T----ATGC-CTGTA
gi|57251 : TTATTAT--T------T--C--TA----T--TA-TTTTATATTTAT-T-C-ATTT-ATT----AAA-GCGCAAAAA-T-TA-C--AT-ATC-AGTTT--C--A----ATGCGCTGTA
gi|57252 : TTATTAT--TTTATGTA--T--TA----T--TA-TT------TCAT-T-C-ATTT-T-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA----AT-AT--GTCTT--C--T----ATGCGCTGT
gi|57253 : TTATTAT--T------A--T--TA----TTATA-TT------TTAT-T-C-ATTTCA-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AA-AT--AGTTTTCT--T----ATGC
gi|57254 : TTATTAT--T------A--TATTA----T---A-TT------TTAT-T-C-ATT--A-T----AAA-GCG--AAAA-T-TA-C--AT-AT--AG-TT--C--T----ATGCG-TGTA
gi|57255 : TTATCTT--G------A--T--TA----T--TA-CT------TTAT-TTC-ATTT-A-T----AAA-GCCCCAAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCG
gi|57256 : TTATTAT--T------A--T--TAATTTT--TA-TT------TCAT-T----TTT-A-T----AAA-GCGC-TAAA---TA-C--AT-AT--AGTCT-----T----ATGCGCTGT
gi|57257 : TTATTAT--T------A--TATTA----T--TA-AT------TTAT-T-T-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-A
gi|57258 : TGTTAT--C------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-CATAT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57259 : TATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-A----TAA-GCGC-AAAA-T-TACC--AT-ATAAAATTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57260 : ATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TTA-----TTAT-T-CAATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAATT-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCG
gi|57261 : ATTAT--T------A--T--TA----T--TA---------TTAT------TTT-A-T----AAA-GCGC-AAA----TA-C--ATAAT--AGTTT--C--T----ATGCGC
gi|57262 : TTGT--T------A--T--TA----T--TA-TT------T-AT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57263 : TTAT--T------A--T--TA----T--CA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C-----AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57264 : TTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------T--T-T-C-ATTT-A-T----AAATGCGC-AAAA-T-TC-C--AT-A---AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57265 : TTAT--T------------TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTTTA-T----AAA-G-GC-AAAA-TATA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCG
gi|57266 : AT--T------A--T--CA----T--T---T------TTAT-T-C-AATT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-T--AT-AT--AGTTT--CTAT----ATGCGCTGTA
gi|57267 : --T------A--T--TA----T--TT-TT------TTAT-T-C-ATTT-G-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTG
gi|57268 : ------A--T--TA----T--TA-TT------ATAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AA--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57269 : ------A--T--TA----TA-TA-TT------TTAT-T-C-AT---A-T----AA--GCGC-AAA--T-TA-C--ATTAT--AGTCT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57270 : A----T--GA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GC---AAAA-T-TA-C--AC-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57271 : -T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AA--AGTTT--C--T----ATGCACTGT
Alignments
lowQualScore : 11 333333 11 33 2222 22 1 444444 1 1 1 2 1 2222 1 2 1 1 1 11 3 22 11 11 2222
lowQualScore : .. ...... .. .. .... .. . ...... . . . . . .... . . . . . .. . .. .. .. ....
lowQualScore : 88 666666 77 44 6666 99 2 777777 2 2 2 4 2 5555 2 4 2 2 2 66 5 99 77 77 6666
consensus : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
Reference ( family-499 ) : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57238 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57239 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57240 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GTGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57241 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTCT--C--T----ATGCGCTG
gi|57242 : TTATTAT--T------A--T--CA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-T--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57243 : TTATTAT--T------T--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGT
gi|57244 : TTATTGT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-C-TA-C--GT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTG
gi|57245 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-A----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--TAAAGATGCGCTGTA
gi|57246 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TATT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AG-TT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57247 : TTATT-T--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTTT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--GT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTATA
gi|57248 : TTATTAT--T------AAAT--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-TTATCAAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--ATAAT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57249 : TTATTATTAT------A--T--TA----T--TATTT------TTATAT-C-A-TT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57250 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT---T----AAA-G-GC-AAAA-T-TA-C--TT-AT--AG-TT--C--T----ATGC-CTGTA
gi|57251 : TTATTAT--T------T--C--TA----T--TA-TTTTATATTTAT-T-C-ATTT-ATT----AAA-GCGCAAAAA-T-TA-C--AT-ATC-AGTTT--C--A----ATGCGCTGTA
gi|57252 : TTATTAT--TTTATGTA--T--TA----T--TA-TT------TCAT-T-C-ATTT-T-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA----AT-AT--GTCTT--C--T----ATGCGCTGT
gi|57253 : TTATTAT--T------A--T--TA----TTATA-TT------TTAT-T-C-ATTTCA-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AA-AT--AGTTTTCT--T----ATGC
gi|57254 : TTATTAT--T------A--TATTA----T---A-TT------TTAT-T-C-ATT--A-T----AAA-GCG--AAAA-T-TA-C--AT-AT--AG-TT--C--T----ATGCG-TGTA
gi|57255 : TTATCTT--G------A--T--TA----T--TA-CT------TTAT-TTC-ATTT-A-T----AAA-GCCCCAAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCG
gi|57256 : TTATTAT--T------A--T--TAATTTT--TA-TT------TCAT-T----TTT-A-T----AAA-GCGC-TAAA---TA-C--AT-AT--AGTCT-----T----ATGCGCTGT
gi|57257 : TTATTAT--T------A--TATTA----T--TA-AT------TTAT-T-T-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-A
gi|57258 : TGTTAT--C------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-CATAT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57259 : TATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-A----TAA-GCGC-AAAA-T-TACC--AT-ATAAAATTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57260 : ATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TTA-----TTAT-T-CAATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAATT-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCG
gi|57261 : ATTAT--T------A--T--TA----T--TA---------TTAT------TTT-A-T----AAA-GCGC-AAA----TA-C--ATAAT--AGTTT--C--T----ATGCGC
gi|57262 : TTGT--T------A--T--TA----T--TA-TT------T-AT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57263 : TTAT--T------A--T--TA----T--CA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C-----AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57264 : TTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------T--T-T-C-ATTT-A-T----AAATGCGC-AAAA-T-TC-C--AT-A---AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57265 : TTAT--T------------TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTTTA-T----AAA-G-GC-AAAA-TATA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCG
gi|57266 : AT--T------A--T--CA----T--T---T------TTAT-T-C-AATT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-T--AT-AT--AGTTT--CTAT----ATGCGCTGTA
gi|57267 : --T------A--T--TA----T--TT-TT------TTAT-T-C-ATTT-G-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTG
gi|57268 : ------A--T--TA----T--TA-TT------ATAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AA--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57269 : ------A--T--TA----TA-TA-TT------TTAT-T-C-AT---A-T----AA--GCGC-AAA--T-TA-C--ATTAT--AGTCT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57270 : A----T--GA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GC---AAAA-T-TA-C--AC-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57271 : -T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AA--AGTTT--C--T----ATGCACTGT
blockSeqs : TA TTATGT AA AT ATTT TA T TTATAT A T A C T TATC T A T A C AT A AA TC TA AAAG
blockSeqs : . . . AT . A . A . . . T . . . C . . . . A C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
finalCons : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
Alignments
lowQualScore : 11 333333 11 33 2222 22 1 444444 1 1 1 2 1 2222 1 2 1 1 1 11 3 22 11 11 2222
lowQualScore : .. ...... .. .. .... .. . ...... . . . . . .... . . . . . .. . .. .. .. ....
lowQualScore : 88 666666 77 44 6666 99 2 777777 2 2 2 4 2 5555 2 4 2 2 2 66 5 99 77 77 6666
consensus : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
Reference ( family-499 ) : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57238 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57239 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57240 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GTGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57241 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTCT--C--T----ATGCGCTG
gi|57242 : TTATTAT--T------A--T--CA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-T--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57243 : TTATTAT--T------T--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGT
gi|57244 : TTATTGT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-C-TA-C--GT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTG
gi|57245 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-A----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--TAAAGATGCGCTGTA
gi|57246 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TATT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AG-TT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57247 : TTATT-T--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTTT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--GT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTATA
gi|57248 : TTATTAT--T------AAAT--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-TTATCAAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--ATAAT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57249 : TTATTATTAT------A--T--TA----T--TATTT------TTATAT-C-A-TT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57250 : TTATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT---T----AAA-G-GC-AAAA-T-TA-C--TT-AT--AG-TT--C--T----ATGC-CTGTA
gi|57251 : TTATTAT--T------T--C--TA----T--TA-TTTTATATTTAT-T-C-ATTT-ATT----AAA-GCGCAAAAA-T-TA-C--AT-ATC-AGTTT--C--A----ATGCGCTGTA
gi|57252 : TTATTAT--TTTATGTA--T--TA----T--TA-TT------TCAT-T-C-ATTT-T-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA----AT-AT--GTCTT--C--T----ATGCGCTGT
gi|57253 : TTATTAT--T------A--T--TA----TTATA-TT------TTAT-T-C-ATTTCA-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AA-AT--AGTTTTCT--T----ATGC
gi|57254 : TTATTAT--T------A--TATTA----T---A-TT------TTAT-T-C-ATT--A-T----AAA-GCG--AAAA-T-TA-C--AT-AT--AG-TT--C--T----ATGCG-TGTA
gi|57255 : TTATCTT--G------A--T--TA----T--TA-CT------TTAT-TTC-ATTT-A-T----AAA-GCCCCAAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCG
gi|57256 : TTATTAT--T------A--T--TAATTTT--TA-TT------TCAT-T----TTT-A-T----AAA-GCGC-TAAA---TA-C--AT-AT--AGTCT-----T----ATGCGCTGT
gi|57257 : TTATTAT--T------A--TATTA----T--TA-AT------TTAT-T-T-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-A
gi|57258 : TGTTAT--C------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-CATAT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57259 : TATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-A----TAA-GCGC-AAAA-T-TACC--AT-ATAAAATTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57260 : ATTAT--T------A--T--TA----T--TA-TTA-----TTAT-T-CAATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAATT-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCG
gi|57261 : ATTAT--T------A--T--TA----T--TA---------TTAT------TTT-A-T----AAA-GCGC-AAA----TA-C--ATAAT--AGTTT--C--T----ATGCGC
gi|57262 : TTGT--T------A--T--TA----T--TA-TT------T-AT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57263 : TTAT--T------A--T--TA----T--CA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C-----AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57264 : TTAT--T------A--T--TA----T--TA-TT------T--T-T-C-ATTT-A-T----AAATGCGC-AAAA-T-TC-C--AT-A---AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57265 : TTAT--T------------TA----T--TA-TT------TTAT-T-C-ATTTTA-T----AAA-G-GC-AAAA-TATA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCG
gi|57266 : AT--T------A--T--CA----T--T---T------TTAT-T-C-AATT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-T--AT-AT--AGTTT--CTAT----ATGCGCTGTA
gi|57267 : --T------A--T--TA----T--TT-TT------TTAT-T-C-ATTT-G-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTG
gi|57268 : ------A--T--TA----T--TA-TT------ATAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AA--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57269 : ------A--T--TA----TA-TA-TT------TTAT-T-C-AT---A-T----AA--GCGC-AAA--T-TA-C--ATTAT--AGTCT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57270 : A----T--GA-TT------TTAT-T-C-ATTT-A-T----AAA-GC---AAAA-T-TA-C--AC-AT--AGTTT--C--T----ATGCGCTGTA
gi|57271 : -T----AAA-GCGC-AAAA-T-TA-C--AT-AA--AGTTT--C--T----ATGCACTGT