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Reference ( gi|87658 )        : TATCA-T--AT-A-C-T-GTC-AAG-CTT-AGAA-TAA-GCCA-------T--G--T-T----AA--A--TCAATG-CATT-TTC-T---A--TGT--T--A--C-----A-A----CT--C--T-ACAGGCC--------TGT-T-TG--TCG-TGA---CG-T----AATTTTT------C---A--T---T-GTGACG-T--C--T-T----TG----A-----------------T-----A-T---GCA---TTTTTGG--ACGG-C---GTG---C-TGA-TA----T---T--GATA-T-GCATTTTT
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Reference ( family-495 )      : TATCA-T--AT-A-C-T-GTC-AAG-CTT-AAAA-TAA-GCC-G-------T-G--GT---A-AANCAA-GGCATT-TTC-T---ATGT--T--A--CA-A-----CT--C--T-ACAGGCC-TG--------T-CT--G--TCG-TGA---CG-T----AATTTTT---C--A--T-TA-T-GA---CG-TC--T-TNG----A-----------------T-----A-T---GCA---TTTTTG-C-ACGG-C---GTG---C-A---G-A-TA----T---T--GATA-T-GCATTTTT
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lowQualScore                  :      . ..  . . . .   .   . .      ..  .   .......  . ..  ... .    .  .      .  .. ...    .. .. .. .. . .....  ..... .       .  ........ .. .....   .  ...   . ....       ... .. .. .  . .  ...  .  .... . ...................... ..... . .   ...      . .    . ...   ... ..... . .  .... ... ..    . .        
lowQualScore                  :      9 44  5 8 8 6   8   6 8      55  8   7777777  6 33  333 8    8  7      7  33 222    00 77 11 11 3 22222  77777 7       3  88888888 22 77777   3  333   8 8888       333 88 88 3  3 3  333  3  7777 0 8888888888888888888888 44444 1 4   222      3 7    7 999   999 22222 7 3  5555 111 66    0 1        
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Reference ( family-495 )      : TATCA-T--AT-A-C-T-GTC-AAG-C-TTAAAA-TAA-GCC-------GT-G--GT---A-AAGC-AA-GGCATT-TTC-T---ATGT--T--A--C--A-A-----CT--C--T-ACAGGCC-TG--------T-CT--G--TCG-TG---ACG-T----AATTTTT---C--A--T-TA-T-GA---CG-TC--T-TNG----A-----------------T-----A-T-GCA---TTTTTG-C-ACGG-C---GTG---C-A---G-A-TA----T---T--GATA-T-GCATTTTT
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Reference ( family-495 )      : TATCA-T--AT-A-C-T-GTC-AAG-C-TTAAAA-TAA-GCC-------GT-G--GT---A-AAGC-AA-GGCATT-TTC-T---ATGT--T--A--C--A-A-----CT--C--T-ACAGGCC-TG--------T-CT--G--TCG-TG---ACG-T----AATTTTT---C--A--T-TA-T-GA---CG-TC--T-TNG----A-----------------T-----A-T-GCA---TTTTTG-C-ACGG-C---GTG---C-A---G-A-TA----T---T--GATA-T-GCATTTTT
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gi|87690                      :                                                                                                                                                                                            gtttctcaaacatcG----A-----------------T-----A-T-GCA---TTTTTA-C-ACGG-C---GTG---C-A---G-A-TA----T---G--GGTA-T-GCATTTTT
gi|87691                      :                                                                                                                                                                                                          G----A-----------------T-----A-T-GCA---TTTTTA-C-ACGG-C---GTG---C-A---G-A-TA----T---TG-GGTA-T-GCATTTTT


blockSeqs                     :      G GC  T A G T   G   A T      GT  A   GGTCGAA  A TT  TTA T    C  T      A  CG CCA    AG CA AG AA G TTTAA  ACCGG G       T  CCCAAGTG CC GCT     T  AAT   T TGTG       ATC CA AT G  C G  GTG  A  AAT  A ATCGATAGACACTCGGAC     CTGTG G A   AGT      C G    C AAA   TGT ATAG  A G  TGGG GGG TG    G G
blockSeqs                     :      . T   T . . T   .   T .      T   .   A        T T   TA  .    .  .      .  CC AA     G  T  .  .  . ACTA   C     T       .  .        C  ATG     .  .     T .          .   .  .  .  . .  .    .  TA   T GCCTG                  .     G .   TT       C .    . .     .   AA    . G  .    GTG G     . .
blockSeqs                     :      . C   T . . .   .   . .      G   .   .        . .   A   .    .  .      .  C  .      .  .  .  .  . .      C     .       .  .        T  T       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  TC   G GCCTG                  .     G .   T        . .    . .     .   A     . .  .    .   G     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      T   .   .        . .   T   .    .  .      .  C  .      .  .  .  .  . .      C     .       .  .        C  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  AT   T GCCTG                  .     . .   T        . .    . .     .   T     . .  .    .   G     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      T   .   .        . .   .   .    .  .      .  C  .      .  .  .  .  . .      A     .       .  .        T  T       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  AT   A ATAT                   .     . .   T        . .    . .     .   A     . .  .    .   G     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      A   .   .        . .   .   .    .  .      .  C  .      .  .  .  .  . .      C     .       .  .        C  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  AT   A A                      .     . .   T        . .    . .     .   T     . .  .    .   G     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      C   .   .        . .   .   .    .  .      .  A  .      .  .  .  .  . .      C     .       .  .        C  T       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  AT   A G                      .     . .   .        . .    . .     .   A     . .  .    .   G     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      T   .   .        . .   .   .    .  .      .  T  .      .  .  .  .  . .      C     .       .  .        T  T       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  T    A A                      .     . .   .        . .    . .     .   T     . .  .    .   G     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      A   .   .        . .   .   .    .  .      .  C  .      .  .  .  .  . .      A     .       .  .        C  T       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  T    C A                      .     . .   .        . .    . .     .   T     . .  .    .   .     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      T   .   .        . .   .   .    .  .      .  T  .      .  .  .  .  . .      G     .       .  .        T  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  T    T A                      .     . .   .        . .    . .     .   T     . .  .    .   .     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      A   .   .        . .   .   .    .  .      .  C  .      .  .  .  .  . .      C     .       .  .        C  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  T    A A                      .     . .   .        . .    . .     .   A     . .  .    .   .     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      T   .   .        . .   .   .    .  .      .  T  .      .  .  .  .  . .      T     .       .  .        C  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  T    T A                      .     . .   .        . .    . .     .   A     . .  .    .   .     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      A   .   .        . .   .   .    .  .      .  C  .      .  .  .  .  . .      C     .       .  .        C  T       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  C    T A                      .     . .   .        . .    . .     .   A     . .  .    .   .     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      T   .   .        . .   .   .    .  .      .  A  .      .  .  .  .  . .      C     .       .  .        C  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  C    C A                      .     . .   .        . .    . .     .   A     . .  .    .   .     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      T   .   .        . .   .   .    .  .      .  A  .      .  .  .  .  . .      C     .       .  .        C  T       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  C    A A                      .     . .   .        . .    . .     .   A     . .  .    .   .     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      .   .   .        . .   .   .    .  .      .  C  .      .  .  .  .  . .      C     .       .  .        C  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  T    A A                      .     . .   .        . .    . .     .   A     . .  .    .   .     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      .   .   .        . .   .   .    .  .      .  C  .      .  .  .  .  . .      A     .       .  .        T  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  C    T A                      .     . .   .        . .    . .     .   A     . .  .    .   .     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      .   .   .        . .   .   .    .  .      .  C  .      .  .  .  .  . .      C     .       .  .        C  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  C    T A                      .     . .   .        . .    . .     .   A     . .  .    .   .     . .
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      .   .   .        . .   .   .    .  .      .  C  .      .  .  .  .  . .      A     .       .  .        A  A       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  T    T A                      .     . .   .        . .    . .     .   T     . .  .    .   .     .  
blockSeqs                     :      . .   . . . .   .   . .      .   .   .        . .   .   .    .  .      .  .  .      .  .  .  .  . .      A     .       .  .        G  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  C    A T                      .     . .   .        . .    . .     .   A     . .  .    .   .        
blockSeqs                     :            . . . .   .   . .      .   .   .        . .   .   .    .  .      .  .  .      .  .  .  .  . .      A     .       .  .        T  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  C    G A                      .     . .   .        . .    . .     .   T     . .  .    .   .        
blockSeqs                     :                                                                      .      .  .  .      .  .  .  .  . .      A     .       .  .        A  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  A    A A                      .     . .   .        . .    . .     .   A     . .  .    .   .        
blockSeqs                     :                                                                             .     .      .  .  .  .  . .      A     .       .  .        A  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  C    T A                      .     . .   .        . .    . .     .   A     . .  .                 
blockSeqs                     :                                                                                             .  .  .  . .      C     .       .  .        C  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  T    T A                      .     . .   .                                                        
blockSeqs                     :                                                                                             .  .  .  . .      G     .       .  .        A  G       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  T    T A                      .     . .   .                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                      . .      G     .       .  .        A  .       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .  .    T A                      .     . .   .                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                      . .      G     .       .  .        A  .       .  .     . .          .   .  .  .  . .  .    .         A                      .     . .   .                                                        
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gi|87690                      :                                                                                                                                                                                            gtttctcaaacatcG----A-----------------T-----A-T-GCA---TTTTTA-C-ACGG-C---GTG---C-A---G-A-TA----T---G--GGTA-T-GCATTTTT
gi|87691                      :                                                                                                                                                                                                          G----A-----------------T-----A-T-GCA---TTTTTA-C-ACGG-C---GTG---C-A---G-A-TA----T---TG-GGTA-T-GCATTTTT