lowQualScore : 111 11111111 11 2222
lowQualScore : 1 22 111 1 33 11 1 44444444 1 1 2 44 1 222 33 11 999999999999 5555555 1 8888888888 5 1 1 1 2 00000000 3 33 2 2 11 2 88 333 1 333 1 44 4444 1 1 0000 2 555555 11 2 1 222 1 6666 1 1 1 2
lowQualScore : . .. ... . .. .. . ........ . . . .. . ... .. .. ............ ....... . .......... . . . . . ........ . .. . . .. . .. ... . ... . .. .... . . .... . ...... .. . . ... . .... . . . .
lowQualScore : 7 00 555 3 11 88 3 77777777 3 3 6 88 3 333 00 88 888888888888 5555555 3 3333333333 7 4 3 3 6 66666666 1 11 6 7 88 7 88 666 3 555 3 44 0000 3 3 0000 6 000000 88 6 3 333 3 3333 3 3 3 7
consensus : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C------------GT-------CT-CT-------G-CAAC-A-T-TTTGT-CA--------TCAA--T-CA-AG--G-T-CAGC--AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--A-G-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
Reference ( gi|36017 ) : TCTCT-A--TGGCAT--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C------------GT-------CT-CT-------G-CAGC-A-T-TTTGT-CA--------TTAA--T-CA-AG--G-T-AAGT--AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--T-G-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36018 : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AT-AT--CCA-T---GT-GT--C------------GT-------CT-CT-------G-TA-----T-TTTGT-CA--------TCAG--T-CA-AT--G-T-CAGC--AATA-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--A-G-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36021 : TCTCT-A--TGGTAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C------------GT-------CT-CT-------G-TAAC-A-T-TTTGT-CA--------TCAG--T-CA-AG--G-T-CAGC--AATG-GTC-A---ATT-T--C----AAA-A-GTCTGTAAA-A-AAAT------G--TTT-T-AG---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36019 : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-TGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C------------TT-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-TACAGCTGTATCAA--T-CA-AG--G-T-CAGT--AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--A-G-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36024 : TCTTG-A--TGGCAC--GAC-CGCC--C--TG-C--------TA-T-AC-AT--CCT-T---AT-GT--C------------AT-------CT-CT-------G-TAAC-A-T-TTTGT-CA--------TCAG--T-CA-AG--G-T-CAGC--AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCAGT--A-G-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAA--T-TC-T-TT-T-ATA
gi|36026 : TCTCC-A--TGGCAC--AAC-CACT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C------------GT-------CT-CT-------A-TAAC-A-T-TTTGT-CA--------TCAG--T-CA-AG--G-T-CAAC--AGTA-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-TTCTGT--A-A-ACAT------T--TTT-G-AA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36020 : TCTCT-A--TG-CAC--GAC-TGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C------------TT-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-TACAGCTGTATCAA--T-CA-AG--G-T-CAGT--AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--A-G-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36023 : TCTCT-C--TGGCAC--AAC-TGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C------------GT-------CT-TC-------T-CAGC-ATT-TTTGT-TA--------TCAA--T-CA-AG--G-T-CAGT--AATG-GT-AA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--A-G-AAAT------G--TTT-G-AA---AAGTTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36025 : TCTTT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AA-ATT-CCA-T---AA-GT--C------------AT-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-TAA-------TCAA--T-CA-AG--G-T-CAGT--AATG-GTCAA---AAT-T--C----AAA-A-TTCTGT--A-GAAAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAC--T-CT-T-TT-T-ACA
gi|36029 : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-CC--CCG-A---A--GC--G------------GT-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-TA--------TCAA--T-CA-AG--G-T-CAGT--AATGTGTCAA----TT-T--C----AAA-A-CTCCGT--A-G-AAAT------G--TTT-G-AA---AA--TAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36022 : TCTCT-A--TGGTAC--GAC-GTCT--C--TG-C--------TG-T-AC--T--CCA-T---AT-GT---------------GT-------CT-CTT------G-TAAC-A-T-TTT---CA--------TCAG--T-CA-AG--G-T-CAGC--AATG-GTCAA---TTT-TT-C----AAA-A-GTCTGT--A-A-AAAT------G--TTT-T-AG---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-
gi|36028 : TCTCT-A---GGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--TCC-T---AA-GT---------------GT-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-TA--------TCAA--T-CA-A--------------ATG--TCAA---ATT-T--C----AAA---CTCCAT----A-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-TCACA
gi|36027 : TCTCT-A---GGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--TCC-T---AA-GT---------------GT-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-TA--------TCAA--T-CA-A--------------ATG--TCAA---ATT-T--C----AAA---CTCCAT----A-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-TCACA
gi|36030 : TCTCTGA--TGGCAC---AC-CGCTTTC--TG-C--------TG-T-AC-AT--C-A-T---A--GT--C------------GT--------T-CT-------GGTAAC-A-T-TT-GT-CA--------TCAAG-T-CATAG--G-TCAAGC--A-TG-GTCAAC--ATT-T--CCCAAGAA-A-TTCTGT--A-G-AA-T------G--TTTTG-AA---AA-TTAAA--C-TCTT-TT-T-ACA
gi|36031 : TCTCT-A--TGCCA---GACATGCC--C--TA-C--------TGAT-ATTAT--CCAGT---AAAGT--C------------GT-------CT-TT-------G-CA---A-A-TTTGT-TA--------TCGA--T-CA-AA--T-C-AACT--AATG-G-CAA---ATTAT--C----AAA-A-CTCCGT--A-G-GAATG-----G--TTT-G-AA---AA-TTAAACCG-TC---TT-T-ACA
gi|36032 : CTCT-A--TGGCACCAGAC-CGCTA-C--TG----------TG-TTAC-AT--CCA-T---AT-GTGCC------------GT-------CT-CA-------G-TAAC-A-T-TTTGTGCA--------TCAGTTT-CA-AG--G-TCGAGC--AATG-GTCAA---ATT-TTCC----AAA-A-ATTTGT--A-G-AAA-------G--TTT-GAAA---AA-TTAAA--ACTC-T-TT-T-ACA
gi|36033 : CTTT-AATTGGTAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------T--T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C------------AT-------CT-TT-------T-AAACCA-T-TTTGT-TA--------TCA---T-CA-AGCCGCT-CAGT--AATG--TCAA---ATT-T--C----AAA-A-TTCTTT--TAG-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAA--ACTC-T-TT-T-ACA
gi|36034 : TTT-A--TGGCAC--AAC-CACT--C--TG-T--------TG-T-CC-AT--CTA-T---TT-GT--C------------AT-------CT-CT-------G-CAGC-A-T-TTTAT-CA--------TTAA--T-CA-AG--G-T-CAGC--AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-T-CTCTGT--A-G-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAA--G-TA-T-TT-T-ACA
gi|36035 : TCT-A--TAGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-A-AC-AC--CCA-T---AT-GT--C------------AT-------TT-C
gi|36036 : TCT-A--TG-CAC--GAC-CGCT--C--TGAC--------TG-A-AC-AC--CCA-T---AT-GT--C------------AT-------TT-Caaaactctgtagaaatgtttgaaaattaaagccttttaca
gi|36037 : T-A--TGGTAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C------------AT-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-TA--------TC-A--T-CA-A---G-T-CAGTTCAATC-GTCAACCGATT-TA-A----AAA-A-TTCTGT--A-G-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-GTAAA--C-TC-T-TT-T-ACAaaaactctgtagaaatgtttgaaattaagcctttta
gi|36038 : T-A--TGGCAC--GAC-CACT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--CGAGACGACATATGT-------AT-AT-------G-AAGC-A-T-TTTGT-CA--------TTAA--T-CA-AG--G-T-CAGC----------------------------AA-A-CTCTGA--T-G-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-
gi|36039 : T-A--TGGTAC---AC-CACT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C------------GTGAGACGACT-ATAATAGTAG-AAGC-A-T-TTTGT-CA--------TTAA--TGCA-AG--G-T------------GTCAG----------C----AAA---CTCTGA--T-G-AAAT------G--TTTTG-AA---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-
gi|36041 : -A--TGGCA----AC-CGC---C--TG-C--------TG-T-AC-ATTTCCA-T---AT-GT--C------------GT-------CT-CT-------G-AATC-A-T-TTGTT-CA--------TCAG--TCCA-AG--G-C--AGC--AAT--GTCAA---ATT-T--C-----AA-A-CTCTG---C-A-AAAT------G--TTG-A-AA---AA-T--AA--G-TC-T-TT-C-ACA
gi|36040 : -A--TGGCATCAAAC-AGCT--C---G-C--------TG-T-AC-ATATCCA-TTTTAT-TT--C------------GT-------CT-CT-------G---GA-A-A-TTAGT-CA--------TCAG--T-CAGAG--G-TTCAGTC-AAGG-GTCAA---ATT-T--C----AAATATCTCTGT--A-G-AAAT------G--TTT-G--A---AA-TT-AA--C-TC-T-TTAT-ACA
gi|36042 : --TGGTAC--AAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C------------GG-------CTCCT-------G-TAAC-A-T-TTTGT-CA--------TCAG--T-CA-AG--GTT-CAGC--ATTG-GTCCA---ATT-T--CA---AAA-A-TTCTGTA-A-A-AAAT------G--TTT-G-AA---AT-TTAAA--G-TC-TCTT-T-ACA
gi|36043 : --TGGCAC--AAC-CGCC--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-C---AT-GT--C------------GT-------CT-CT-------G-CAAC-A-A-TTTGT-CA--------TCAG--T-CA-AG--G-T-CAGC--AATG-GTCA
gi|36044 : --TGCCAC--GAC-CGCT--C--TG-CTATATATGTG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--CCGACG-------GT-------CT-CT-------G-CAGC-A-CATTTGC-TA--------TTAA--T-C
gi|36045 : GCAC--AAC-AGCT--CAATG-C--------GG-A-GCGAT--CTA-T---AT-GT--C------------GTA------CT-CT-------T-CAAC-A-T-TTGG--CA--------TCAA--T-CA-AG--A-T-CAGT--AATG-GTCAA---AAT-T--C----AAA-A-CTCTGG--A-GAAAAT------AGTTTT-G-AAGGGAA-TTAAC--G-TC---TT-T-ACA
gi|36046 : AC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C------------AG-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TGTGG-CA--------ATCA--T-CA-AG--G-T-CAGT--AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-TTCTGT--A-G-AAAT------G--TAT-G-AA---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-ACA
gi|36047 : --GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CAG-T---GT-AT--C------------GT-------CT-CT-------G-TACC-A-T-CTTGC-CA--------TTAA--T-CA-AA--A-T-CAGT--AATG-ATAAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--A-G-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-
gi|36048 : cCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C------------GT-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-TA--------TCAG--T-CA-AG--G-T-CAGT--AACG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--A-G-AGATTAATAAA--TT----AA---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-ACA
gi|36049 : -T-TTTGT-AA--------ACAA--T-CA-AT--G-T-CAGC--AATG-ATCAA---ATT-T--C----TAA-A--TCTGT--A-G-AAAT------A--TTT-G-AA---AT-CTAAA--G-TA-T-TT-T-ACA
gi|36050 : TTGTACA--------TCAA--T-CA-AG--G-T-CAGC--ACTG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--A-G-AAAT------G--T-----AA---AA-CTGAA--
gi|36035 : ---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--A-G-AAAT------G--TTT-G-AA---AA-TTAAA--G-CC-T-TT-T-ACAact
gi|36036 : tctatagcacgaccgctctgctgaacacccatatgtc---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--A-G-AAAT------G--TTT-G--A---AA-TT-AA--G-CC-T-TT-T-
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 1 22 33 1 33 11 1 44444444 1 1 2 44 1 222 22 11 33333 666666666666 5555555 11 888888888 1 1 1 2 1 00000000 1 44 2 11 2 1 1 1 33 1 1 333 1 44 3333 1 1 44 2 444444 33 1 222 2 5555 1 1 1 2
lowQualScore : . .. .. . .. .. . ........ . . . .. . ... .. .. ..... ............ ....... .. ......... . . . . . ........ . .. . .. . . . . .. . . ... . .. .... . . .. . ...... .. . ... . .... . . . .
lowQualScore : 6 00 55 3 00 77 2 55555555 2 2 5 77 2 222 66 77 11111 444444444444 3333333 99 000000000 2 2 2 4 2 33333333 2 22 6 88 6 3 3 3 11 3 3 444 2 22 9999 2 2 22 5 888888 00 2 222 5 8888 3 3 3 6
consensus : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
Reference ( family-494 ) : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36017 : TCTCT-A--TGGCAT--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAGC-A-T-TTTGT-C-A--------TTAA-T--CA-AG--G-T-A-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--TG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36018 : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AT-AT--CCA-T---GT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-TA-----T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AT--G-T-C-A-G--C-AATA-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36019 : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-TGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----T------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-ACAGCTGTATCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36020 : TCTCT-A--TG-CAC--GAC-TGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----T------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-ACAGCTGTATCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36021 : TCTCT-A--TGGTAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-TAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTC-A---ATT-T--C----AAA-A-GTCTGTAAAA-AAAT------G--TTT-TAG---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36022 : TCTCT-A--TGGTAC--GAC-GTCT--C--TG-C--------TG-T-AC--T--CCA-T---AT-GT--------G------------T-------CT-CTT------G-TAAC-A-T-TTT---C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---TTT-TT-C----AAA-A-GTCTGT--AA-AAAT------G--TTT-TAG---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-
gi|36023 : TCTCT-C--TGGCAC--AAC-TGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----G------------T-------CT-TC-------T-CAGC-ATT-TTTGT-T-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GT-AA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AAGTTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36024 : TCTTG-A--TGGCAC--GAC-CGCC--C--TG-C--------TA-T-AC-AT--CCT-T---AT-GT--C-----A------------T-------CT-CT-------G-TAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCAGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--T-TC-T-TT-T-ATA
gi|36025 : TCTTT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AA-ATT-CCA-T---AA-GT--C-----A------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-AA-------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----AAA-A-TTCTGT--AGAAAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAC--T-CT-T-TT-T-ACA
gi|36026 : TCTCC-A--TGGCAC--AAC-CACT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------A-TAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-A--C-AGTA-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-TTCTGT--AA-ACAT------T--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36027 : TCTCT-A---GGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--TCC-T---AA-GT--------G------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TCAA-T--CA------------------AAT--GTCAA---ATT-T--C-----AA-A-CTCCAT--A--AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-TCACA
gi|36028 : TCTCT-A---GGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--TCC-T---AA-GT--------G------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TCAA-T--CA------------------AAT--GTCAA---ATT-T--C-----AA-A-CTCCAT--A--AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-TCACA
gi|36029 : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-CC--CCG-A---A--GC--G-----G------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATGTGTC-A---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA--TAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36030 : TCTCTGA--TGGCAC---AC-CGCTTTC--TG-C--------TG-T-AC-AT--C-A-T---A--GT--C-----G------------T--------T-CT-------GGTAAC-A-T-TT-GT-C-A--------TCAAGT--CATAG--G-T-C-AAG--C-A-TG-GTCAAC--ATT-T--CCCAAGAA-A-TTCTGT--AG-AA-T------G--TTTTGAA---AA-TTAAA--C-TCTT-TT-T-ACA
gi|36031 : TCTCT-A--TGCCA---GACATGCC--C--TA-C--------TGAT-ATTAT--CCAGT---AAAGT--C-----G------------T-------CT-TT-------G-CAA--A-T-TT-GT-T-A--------TCGA-T--CA-AA----T-C-A-A--CTAATG-G-CAA---ATTAT--C----AAA-A-CTCCGT--AG-GAATG-----G--TTT-GAA---AA-TTAAACCG-TC---TT-T-ACA
gi|36032 : CTCT-A--TGGCACCAGAC-CGCTA-C--TG----------TG-TTAC-AT--CCA-T---AT-GTGCC-----G------------T-------CT-CA-------G-TAAC-A-T-TTTGTGC-A--------TCAG-TTTCA-AG--G-T-CGA-G--C-AATG-GTCAA---ATT-TTCC----AAA-A-ATTTGT--AG-AAA-------G--TTT-GAA---AAATTAAA--ACTC-T-TT-T-ACA
gi|36033 : CTTT-AATTGGTAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------T--T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----A------------T-------CT-TT-------T-AAACCA-T-TTTGT-T-A--------TCA--T--CA-AGCCGCT-C-A-G--T-AATG--TCAA---ATT-T--C----AAA-A-TTCTTTT-AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--ACTC-T-TT-T-ACA
gi|36034 : TTT-A--TGGCAC--AAC-CACT--C--TG-T--------TG-T-CC-AT--CTA-T---TT-GT--C-----A------------T-------CT-CT-------G-CAGC-A-T-TTTAT-C-A--------TTAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-T-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TA-T-TT-T-ACA
gi|36035 : TCT-A--TAGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-A-AC-AC--CCA-T---AT-GT--C-----A------------T-------TT------------CAAA-A-C-TCTGT-
gi|36035 : ---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-CC-T-TT-T-ACAagaaatgtttgaaaattaaagccttttaca
gi|36036 : tctatagcacgaccgctctgctgaacacccatatgtcTCT-A--TG-CAC--GAC-CGCT--C--TGAC--------TG-A-AC-AC--CCA-T---AT-GT--C-----A------------T-------TT------------CAAA-A-C-TCTGT-
gi|36036 : ---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-G-A---AA-TT-AA--G-CC-T-TT-T-agaaatgtttgaaattaagcctttta
gi|36037 : tctatgcacgaccgctctgactgaacacccatatgtcT-A--TGGTAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----A------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TC-A-T--CA-A---G-T-C-A-GTTC-AATC-GTCAACCGATT-TA-A----AAA-A-TTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-GTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36038 : T-A--TGGCAC--GAC-CACT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----GAGACGACATATGT-------AT-AT-------G-AAGC-A-T-TTTGT-C-A--------TTAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AA---------------------------A-CTCTGA--TG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-
gi|36039 : T-A--TGGTAC---AC-CACT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------TGAGACGACT-ATAATAGTAG-AAGC-A-T-TTTGT-C-A--------TTAA-TG-CA-AG--G-T---------------GTCAG----------C-----AA-A-CTCTGA--TG-AAAT------GT-TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-
gi|36040 : -A--TGGCATCAAAC-AGCT--C---G-C--------TG-T-AC-ATATCCA-TTTTAT-TT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-GAA--A-T-TA-GT-C-A--------TCAG-T--CAGAG--G-TTC-A-GT-C-AAGG-GTCAA---ATT-T--C----AAATATCTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-G-A---AA-TT-AA--C-TC-T-TTAT-ACA
gi|36041 : -A--TGGCA----AC-CGC---C--TG-C--------TG-T-AC-ATTTCCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-AATC-A-T-TTGTT-C-A--------TCAG-TC-CA-AG--G---C-A-G--C-AAT--GTCAA---ATT-T--C-----AA-A-CTCTGC--A--AAAT------G--TTG-AAA---AA-T--AA--G-TC-T-TT-C-ACA
gi|36042 : --TGGTAC--AAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------G-------CTCCT-------G-TAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--GTT-C-A-G--C-ATTG-GTCCA---ATT-T--CA---AAA-A-TTCTGTA-AA-AAAT------G--TTT-GAA---AT-TTAAA--G-TC-TCTT-T-ACA
gi|36043 : --TGGCAC--AAC-CGCC--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-C---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAAC-A-A-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCA
gi|36044 : --TGCCAC--GAC-CGCT--C--TG-CTATATATGTG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--CCGACGG------------T-------CT-CT-------G-CAGC-A-CATTTGC-T-A--------TTAA-T--C
gi|36045 : GCAC--AAC-AGCT--CAATG-C--------GG-A-GCGAT--CTA-T---AT-GT--C-----G------------TA------CT-CT-------T-CAAC-A-T-TTGG--C-A--------TCAA-T--CA-AG--A-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----AAA-A-CTCTGG--AGAAAAT------AGTTTT-GAAGGGAA-TTAAC--G-TC---TT-T-ACA
gi|36046 : AC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----A------------G-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TGTGG-CAA--------TC-A-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-TTCTGT--AG-AAAT------G--TAT-GAA---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-ACA
gi|36047 : C--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CAG-T---GT-AT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-TACC-A-T-CTTGC-C-A--------TTAA-T--CA-AA--A-T-C-A-G--T-AATG-ATAAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-
gi|36048 : CT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----G------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AACG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--AG-AGATTAATAAA--TT---AA---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-ACA
gi|36049 : -T-TTTGT-A-A--------ACAA-T--CA-AT--G-T-C-A-G--C-AATG-ATCAA---ATT-T--C----TAA-A--TCTGT--AG-AAAT------A--TTT-GAA---AT-CTAAA--G-TA-T-TT-T-ACA
gi|36050 : TTGTAC-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-ACTG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--T----AA---AA-CTGAA--
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 1 22 33 1 33 11 1 44444444 1 1 2 44 1 222 22 11 33333 666666666666 5555555 11 888888888 1 1 1 2 1 00000000 1 44 2 11 2 1 1 1 33 1 1 333 1 44 3333 1 1 44 2 444444 33 1 222 2 5555 1 1 1 2
lowQualScore : . .. .. . .. .. . ........ . . . .. . ... .. .. ..... ............ ....... .. ......... . . . . . ........ . .. . .. . . . . .. . . ... . .. .... . . .. . ...... .. . ... . .... . . . .
lowQualScore : 6 00 55 3 00 77 2 55555555 2 2 5 77 2 222 66 77 11111 444444444444 3333333 99 000000000 2 2 2 4 2 33333333 2 22 6 88 6 3 3 3 11 3 3 444 2 22 9999 2 2 22 5 888888 00 2 222 5 8888 3 3 3 6
consensus : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
Reference ( family-494 ) : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36017 : TCTCT-A--TGGCAT--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAGC-A-T-TTTGT-C-A--------TTAA-T--CA-AG--G-T-A-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--TG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36018 : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AT-AT--CCA-T---GT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-TA-----T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AT--G-T-C-A-G--C-AATA-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36019 : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-TGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----T------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-ACAGCTGTATCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36020 : TCTCT-A--TG-CAC--GAC-TGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----T------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-ACAGCTGTATCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36021 : TCTCT-A--TGGTAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-TAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTC-A---ATT-T--C----AAA-A-GTCTGTAAAA-AAAT------G--TTT-TAG---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36022 : TCTCT-A--TGGTAC--GAC-GTCT--C--TG-C--------TG-T-AC--T--CCA-T---AT-GT--------G------------T-------CT-CTT------G-TAAC-A-T-TTT---C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---TTT-TT-C----AAA-A-GTCTGT--AA-AAAT------G--TTT-TAG---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-
gi|36023 : TCTCT-C--TGGCAC--AAC-TGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----G------------T-------CT-TC-------T-CAGC-ATT-TTTGT-T-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GT-AA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AAGTTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36024 : TCTTG-A--TGGCAC--GAC-CGCC--C--TG-C--------TA-T-AC-AT--CCT-T---AT-GT--C-----A------------T-------CT-CT-------G-TAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCAGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--T-TC-T-TT-T-ATA
gi|36025 : TCTTT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AA-ATT-CCA-T---AA-GT--C-----A------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-AA-------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----AAA-A-TTCTGT--AGAAAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAC--T-CT-T-TT-T-ACA
gi|36026 : TCTCC-A--TGGCAC--AAC-CACT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------A-TAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-A--C-AGTA-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-TTCTGT--AA-ACAT------T--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36027 : TCTCT-A---GGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--TCC-T---AA-GT--------G------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TCAA-T--CA------------------AAT--GTCAA---ATT-T--C-----AA-A-CTCCAT--A--AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-TCACA
gi|36028 : TCTCT-A---GGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--TCC-T---AA-GT--------G------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TCAA-T--CA------------------AAT--GTCAA---ATT-T--C-----AA-A-CTCCAT--A--AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-TCACA
gi|36029 : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-CC--CCG-A---A--GC--G-----G------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATGTGTC-A---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA--TAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36030 : TCTCTGA--TGGCAC---AC-CGCTTTC--TG-C--------TG-T-AC-AT--C-A-T---A--GT--C-----G------------T--------T-CT-------GGTAAC-A-T-TT-GT-C-A--------TCAAGT--CATAG--G-T-C-AAG--C-A-TG-GTCAAC--ATT-T--CCCAAGAA-A-TTCTGT--AG-AA-T------G--TTTTGAA---AA-TTAAA--C-TCTT-TT-T-ACA
gi|36031 : TCTCT-A--TGCCA---GACATGCC--C--TA-C--------TGAT-ATTAT--CCAGT---AAAGT--C-----G------------T-------CT-TT-------G-CAA--A-T-TT-GT-T-A--------TCGA-T--CA-AA----T-C-A-A--CTAATG-G-CAA---ATTAT--C----AAA-A-CTCCGT--AG-GAATG-----G--TTT-GAA---AA-TTAAACCG-TC---TT-T-ACA
gi|36032 : CTCT-A--TGGCACCAGAC-CGCTA-C--TG----------TG-TTAC-AT--CCA-T---AT-GTGCC-----G------------T-------CT-CA-------G-TAAC-A-T-TTTGTGC-A--------TCAG-TTTCA-AG--G-T-CGA-G--C-AATG-GTCAA---ATT-TTCC----AAA-A-ATTTGT--AG-AAA-------G--TTT-GAA---AAATTAAA--ACTC-T-TT-T-ACA
gi|36033 : CTTT-AATTGGTAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------T--T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----A------------T-------CT-TT-------T-AAACCA-T-TTTGT-T-A--------TCA--T--CA-AGCCGCT-C-A-G--T-AATG--TCAA---ATT-T--C----AAA-A-TTCTTTT-AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--ACTC-T-TT-T-ACA
gi|36034 : TTT-A--TGGCAC--AAC-CACT--C--TG-T--------TG-T-CC-AT--CTA-T---TT-GT--C-----A------------T-------CT-CT-------G-CAGC-A-T-TTTAT-C-A--------TTAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-T-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TA-T-TT-T-ACA
gi|36035 : TCT-A--TAGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-A-AC-AC--CCA-T---AT-GT--C-----A------------T-------TT------------CAAA-A-C-TCTGT-
gi|36035 : ---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-CC-T-TT-T-ACAagaaatgtttgaaaattaaagccttttaca
gi|36036 : tctatagcacgaccgctctgctgaacacccatatgtcTCT-A--TG-CAC--GAC-CGCT--C--TGAC--------TG-A-AC-AC--CCA-T---AT-GT--C-----A------------T-------TT------------CAAA-A-C-TCTGT-
gi|36036 : ---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-G-A---AA-TT-AA--G-CC-T-TT-T-agaaatgtttgaaattaagcctttta
gi|36037 : tctatgcacgaccgctctgactgaacacccatatgtcT-A--TGGTAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----A------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TC-A-T--CA-A---G-T-C-A-GTTC-AATC-GTCAACCGATT-TA-A----AAA-A-TTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-GTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36038 : T-A--TGGCAC--GAC-CACT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----GAGACGACATATGT-------AT-AT-------G-AAGC-A-T-TTTGT-C-A--------TTAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AA---------------------------A-CTCTGA--TG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-
gi|36039 : T-A--TGGTAC---AC-CACT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------TGAGACGACT-ATAATAGTAG-AAGC-A-T-TTTGT-C-A--------TTAA-TG-CA-AG--G-T---------------GTCAG----------C-----AA-A-CTCTGA--TG-AAAT------GT-TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-
gi|36040 : -A--TGGCATCAAAC-AGCT--C---G-C--------TG-T-AC-ATATCCA-TTTTAT-TT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-GAA--A-T-TA-GT-C-A--------TCAG-T--CAGAG--G-TTC-A-GT-C-AAGG-GTCAA---ATT-T--C----AAATATCTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-G-A---AA-TT-AA--C-TC-T-TTAT-ACA
gi|36041 : -A--TGGCA----AC-CGC---C--TG-C--------TG-T-AC-ATTTCCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-AATC-A-T-TTGTT-C-A--------TCAG-TC-CA-AG--G---C-A-G--C-AAT--GTCAA---ATT-T--C-----AA-A-CTCTGC--A--AAAT------G--TTG-AAA---AA-T--AA--G-TC-T-TT-C-ACA
gi|36042 : --TGGTAC--AAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------G-------CTCCT-------G-TAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--GTT-C-A-G--C-ATTG-GTCCA---ATT-T--CA---AAA-A-TTCTGTA-AA-AAAT------G--TTT-GAA---AT-TTAAA--G-TC-TCTT-T-ACA
gi|36043 : --TGGCAC--AAC-CGCC--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-C---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAAC-A-A-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCA
gi|36044 : --TGCCAC--GAC-CGCT--C--TG-CTATATATGTG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--CCGACGG------------T-------CT-CT-------G-CAGC-A-CATTTGC-T-A--------TTAA-T--C
gi|36045 : GCAC--AAC-AGCT--CAATG-C--------GG-A-GCGAT--CTA-T---AT-GT--C-----G------------TA------CT-CT-------T-CAAC-A-T-TTGG--C-A--------TCAA-T--CA-AG--A-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----AAA-A-CTCTGG--AGAAAAT------AGTTTT-GAAGGGAA-TTAAC--G-TC---TT-T-ACA
gi|36046 : AC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----A------------G-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TGTGG-CAA--------TC-A-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-TTCTGT--AG-AAAT------G--TAT-GAA---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-ACA
gi|36047 : C--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CAG-T---GT-AT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-TACC-A-T-CTTGC-C-A--------TTAA-T--CA-AA--A-T-C-A-G--T-AATG-ATAAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-
gi|36048 : CT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----G------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AACG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--AG-AGATTAATAAA--TT---AA---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-ACA
gi|36049 : -T-TTTGT-A-A--------ACAA-T--CA-AT--G-T-C-A-G--C-AATG-ATCAA---ATT-T--C----TAA-A--TCTGT--AG-AAAT------A--TTT-GAA---AT-CTAAA--G-TA-T-TT-T-ACA
gi|36050 : TTGTAC-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-ACTG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--T----AA---AA-CTGAA--
blockSeqs : G AT CA A TT AA A TATATATG A T T AT G TTT AA GC CGACG AGACGACATATG GAGACGA CC AATAGTAG C T A G A CAGCTGTA G TT T CC C T G A TT T T CCG A TC CCAA T T AA A TAATAA GT T GGG G CCG T C A C
blockSeqs : . . CA . A . . . . . G TT . . T . . . A C TG . . . A . CAGCTGTA . G G . T . . . T . . C . T A . . T A G T . . A AC . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . T . . . . T GG . . . . . A . C . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . AC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
finalCons : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
Alignments
lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 1 22 33 1 33 11 1 44444444 1 1 2 44 1 222 22 11 33333 666666666666 5555555 11 888888888 1 1 1 2 1 00000000 1 44 2 11 2 1 1 1 33 1 1 333 1 44 3333 1 1 44 2 444444 33 1 222 2 5555 1 1 1 2
lowQualScore : . .. .. . .. .. . ........ . . . .. . ... .. .. ..... ............ ....... .. ......... . . . . . ........ . .. . .. . . . . .. . . ... . .. .... . . .. . ...... .. . ... . .... . . . .
lowQualScore : 6 00 55 3 00 77 2 55555555 2 2 5 77 2 222 66 77 11111 444444444444 3333333 99 000000000 2 2 2 4 2 33333333 2 22 6 88 6 3 3 3 11 3 3 444 2 22 9999 2 2 22 5 888888 00 2 222 5 8888 3 3 3 6
consensus : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
Reference ( family-494 ) : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36017 : TCTCT-A--TGGCAT--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAGC-A-T-TTTGT-C-A--------TTAA-T--CA-AG--G-T-A-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--TG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36018 : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AT-AT--CCA-T---GT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-TA-----T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AT--G-T-C-A-G--C-AATA-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36019 : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-TGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----T------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-ACAGCTGTATCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36020 : TCTCT-A--TG-CAC--GAC-TGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----T------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-ACAGCTGTATCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36021 : TCTCT-A--TGGTAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-TAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTC-A---ATT-T--C----AAA-A-GTCTGTAAAA-AAAT------G--TTT-TAG---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36022 : TCTCT-A--TGGTAC--GAC-GTCT--C--TG-C--------TG-T-AC--T--CCA-T---AT-GT--------G------------T-------CT-CTT------G-TAAC-A-T-TTT---C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---TTT-TT-C----AAA-A-GTCTGT--AA-AAAT------G--TTT-TAG---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-
gi|36023 : TCTCT-C--TGGCAC--AAC-TGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----G------------T-------CT-TC-------T-CAGC-ATT-TTTGT-T-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GT-AA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AAGTTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36024 : TCTTG-A--TGGCAC--GAC-CGCC--C--TG-C--------TA-T-AC-AT--CCT-T---AT-GT--C-----A------------T-------CT-CT-------G-TAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCAGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--T-TC-T-TT-T-ATA
gi|36025 : TCTTT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AA-ATT-CCA-T---AA-GT--C-----A------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-AA-------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----AAA-A-TTCTGT--AGAAAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAC--T-CT-T-TT-T-ACA
gi|36026 : TCTCC-A--TGGCAC--AAC-CACT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------A-TAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-A--C-AGTA-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-TTCTGT--AA-ACAT------T--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-ACA
gi|36027 : TCTCT-A---GGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--TCC-T---AA-GT--------G------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TCAA-T--CA------------------AAT--GTCAA---ATT-T--C-----AA-A-CTCCAT--A--AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-TCACA
gi|36028 : TCTCT-A---GGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--TCC-T---AA-GT--------G------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TCAA-T--CA------------------AAT--GTCAA---ATT-T--C-----AA-A-CTCCAT--A--AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-TCACA
gi|36029 : TCTCT-A--TGGCAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-CC--CCG-A---A--GC--G-----G------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATGTGTC-A---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA--TAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36030 : TCTCTGA--TGGCAC---AC-CGCTTTC--TG-C--------TG-T-AC-AT--C-A-T---A--GT--C-----G------------T--------T-CT-------GGTAAC-A-T-TT-GT-C-A--------TCAAGT--CATAG--G-T-C-AAG--C-A-TG-GTCAAC--ATT-T--CCCAAGAA-A-TTCTGT--AG-AA-T------G--TTTTGAA---AA-TTAAA--C-TCTT-TT-T-ACA
gi|36031 : TCTCT-A--TGCCA---GACATGCC--C--TA-C--------TGAT-ATTAT--CCAGT---AAAGT--C-----G------------T-------CT-TT-------G-CAA--A-T-TT-GT-T-A--------TCGA-T--CA-AA----T-C-A-A--CTAATG-G-CAA---ATTAT--C----AAA-A-CTCCGT--AG-GAATG-----G--TTT-GAA---AA-TTAAACCG-TC---TT-T-ACA
gi|36032 : CTCT-A--TGGCACCAGAC-CGCTA-C--TG----------TG-TTAC-AT--CCA-T---AT-GTGCC-----G------------T-------CT-CA-------G-TAAC-A-T-TTTGTGC-A--------TCAG-TTTCA-AG--G-T-CGA-G--C-AATG-GTCAA---ATT-TTCC----AAA-A-ATTTGT--AG-AAA-------G--TTT-GAA---AAATTAAA--ACTC-T-TT-T-ACA
gi|36033 : CTTT-AATTGGTAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------T--T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----A------------T-------CT-TT-------T-AAACCA-T-TTTGT-T-A--------TCA--T--CA-AGCCGCT-C-A-G--T-AATG--TCAA---ATT-T--C----AAA-A-TTCTTTT-AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--ACTC-T-TT-T-ACA
gi|36034 : TTT-A--TGGCAC--AAC-CACT--C--TG-T--------TG-T-CC-AT--CTA-T---TT-GT--C-----A------------T-------CT-CT-------G-CAGC-A-T-TTTAT-C-A--------TTAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-T-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TA-T-TT-T-ACA
gi|36035 : TCT-A--TAGCAC--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-A-AC-AC--CCA-T---AT-GT--C-----A------------T-------TT------------CAAA-A-C-TCTGT-
gi|36035 : ---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-CC-T-TT-T-ACAagaaatgtttgaaaattaaagccttttaca
gi|36036 : tctatagcacgaccgctctgctgaacacccatatgtcTCT-A--TG-CAC--GAC-CGCT--C--TGAC--------TG-A-AC-AC--CCA-T---AT-GT--C-----A------------T-------TT------------CAAA-A-C-TCTGT-
gi|36036 : ---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-G-A---AA-TT-AA--G-CC-T-TT-T-agaaatgtttgaaattaagcctttta
gi|36037 : tctatgcacgaccgctctgactgaacacccatatgtcT-A--TGGTAC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----A------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TC-A-T--CA-A---G-T-C-A-GTTC-AATC-GTCAACCGATT-TA-A----AAA-A-TTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-GTAAA--C-TC-T-TT-T-ACA
gi|36038 : T-A--TGGCAC--GAC-CACT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----GAGACGACATATGT-------AT-AT-------G-AAGC-A-T-TTTGT-C-A--------TTAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AA---------------------------A-CTCTGA--TG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-
gi|36039 : T-A--TGGTAC---AC-CACT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------TGAGACGACT-ATAATAGTAG-AAGC-A-T-TTTGT-C-A--------TTAA-TG-CA-AG--G-T---------------GTCAG----------C-----AA-A-CTCTGA--TG-AAAT------GT-TTT-GAA---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-
gi|36040 : -A--TGGCATCAAAC-AGCT--C---G-C--------TG-T-AC-ATATCCA-TTTTAT-TT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-GAA--A-T-TA-GT-C-A--------TCAG-T--CAGAG--G-TTC-A-GT-C-AAGG-GTCAA---ATT-T--C----AAATATCTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-G-A---AA-TT-AA--C-TC-T-TTAT-ACA
gi|36041 : -A--TGGCA----AC-CGC---C--TG-C--------TG-T-AC-ATTTCCA-T---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-AATC-A-T-TTGTT-C-A--------TCAG-TC-CA-AG--G---C-A-G--C-AAT--GTCAA---ATT-T--C-----AA-A-CTCTGC--A--AAAT------G--TTG-AAA---AA-T--AA--G-TC-T-TT-C-ACA
gi|36042 : --TGGTAC--AAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--C-----G------------G-------CTCCT-------G-TAAC-A-T-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--GTT-C-A-G--C-ATTG-GTCCA---ATT-T--CA---AAA-A-TTCTGTA-AA-AAAT------G--TTT-GAA---AT-TTAAA--G-TC-TCTT-T-ACA
gi|36043 : --TGGCAC--AAC-CGCC--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CCA-C---AT-GT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-CAAC-A-A-TTTGT-C-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCA
gi|36044 : --TGCCAC--GAC-CGCT--C--TG-CTATATATGTG-T-AC-AT--CCA-T---AT-GT--CCGACGG------------T-------CT-CT-------G-CAGC-A-CATTTGC-T-A--------TTAA-T--C
gi|36045 : GCAC--AAC-AGCT--CAATG-C--------GG-A-GCGAT--CTA-T---AT-GT--C-----G------------TA------CT-CT-------T-CAAC-A-T-TTGG--C-A--------TCAA-T--CA-AG--A-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----AAA-A-CTCTGG--AGAAAAT------AGTTTT-GAAGGGAA-TTAAC--G-TC---TT-T-ACA
gi|36046 : AC--GAC-CGCT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----A------------G-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TGTGG-CAA--------TC-A-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-TTCTGT--AG-AAAT------G--TAT-GAA---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-ACA
gi|36047 : C--GAC-CGCT--C--TG-C--------TG-T-AC-AT--CAG-T---GT-AT--C-----G------------T-------CT-CT-------G-TACC-A-T-CTTGC-C-A--------TTAA-T--CA-AA--A-T-C-A-G--T-AATG-ATAAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--TTT-GAA---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-
gi|36048 : CT--C--TA-C--------TG-T-AC-AT--CCA-T---AA-GT--C-----G------------T-------CT-TT-------T-CAAC-A-T-TTTGT-T-A--------TCAG-T--CA-AG--G-T-C-A-G--T-AACG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCCGT--AG-AGATTAATAAA--TT---AA---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-ACA
gi|36049 : -T-TTTGT-A-A--------ACAA-T--CA-AT--G-T-C-A-G--C-AATG-ATCAA---ATT-T--C----TAA-A--TCTGT--AG-AAAT------A--TTT-GAA---AT-CTAAA--G-TA-T-TT-T-ACA
gi|36050 : TTGTAC-A--------TCAA-T--CA-AG--G-T-C-A-G--C-ACTG-GTCAA---ATT-T--C----AAA-A-CTCTGT--AG-AAAT------G--T----AA---AA-CTGAA--