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lowQualScore                  :       .  .      . . . ..  . . .  ..  .   ......  . ..   .... .. .. .  ..  ...  . .. . .   . . .  ...    .   . ..          
lowQualScore                  :       2  2      6 6 6 22  2 6 6  66  1   888888  1 55   3333 77 44 1  44  999  1 44 1 1   9 9 2  777    2   4 66          
consensus                     :     TTNTGTGTTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GTA----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
Reference ( gi|34859 )        :     TTGTGTGTTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GTA----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
gi|34853                      :     TTGTGTGTTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GTA----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGG
gi|34832                      :    aTTTTGTGTTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-TCC----T-GG-C--GTA----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTtctcctg
gi|34854                      :   gaTTGTGTGTTAGT-C-T-G--GG-A-C-TT--AC-TCC----T-GG-C--GTA----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34836                      :    aTTTTGTGTTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GTA----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--G-AACAGGCTcgtg
gi|34840                      :   gaTTGTG-GTTAGT-C-C-G--GG-A-CTTT--AC-GCC----C-GG-C--GTA----AA-G----TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34835                      : gattTTTTGTGTTAGC-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-TG-C--GTA----AA-G--T-TG--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTtc
gi|34839                      :   gaTTGTG-GTTAGT-C-C-G--GG-G-A-CT--AC-GCC----C-GG-C--GTA----AA-G--T-CA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34838                      : gattTTGTG-GTTAGT-C-C-G--GG-G-A-CT--AC-GCC----C-GG-C--GTA----AA-G--T-CA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTtc
gi|34841                      : gattTTTTGTGTTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--ATA----AA-G--T-TA--CG---CA-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GACACAGGCTtc
gi|34843                      :   gaTTTTGTGTTAGT-C---G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GTA----AAAG--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGATT--GAAACAGGCTcc
gi|34855                      :   gaTTTTGTGTTAGT-C-C-G--GG-A-T-TC--AC-GCC----C-GG-C--GAA----GA-G--T-TA--CG---AC-A--G-T-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34860                      :    aTTATGTGTTAGT-C-T-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GTA----AA-G--T-TA--TG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GGACTCTTT-TGA-T--GAA--AGGCTcctg
gi|34844                      :     TTGTG-GTTAGT-C-C-G--GGGA-C-TT--AC-GCC----T-GGGC--GTA----AA-G--T-T---CG---CT-GTGG-G-CGT-A-CCGA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34845                      :  gatTTTTGTGATAGT-C---G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GA-C--GCA----AA-G--T-TA--CG---CTGG--G-G-CGT-A-C-GA---CTTT-AGA-T--GAAAAAGGCTtcctg
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gi|34849                      :   gaTTG-GTGTTAGT-C-C-GTAGA-A-C-TTT-AC-GAC----T-GG-CCGGTA----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G---CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-TGGGAGACAGGCT
gi|34861                      : gattTTGTGTGTTGTT-CGC-G--GGCA-C-TT---C-GCT------GG-C--GTA----AT-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT---C-GA----CTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34856                      :     TTTTGTGTTAGT-T-C-C--GG-A-C-TT--AC-GCC----TTAG-C--GTA----AT-A--A-TAGCCGGGCCC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCcctg
gi|34858                      :    aTTGTG-GTTAGTTC-C-G--GG-A-C-TTTTACCGCCATAAC-GT-C--AAG----AA-G--T-TC--GG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCcc
gi|34851                      :    aTTGTGT-TTATA-C-C-G--GG-AGC-TT--AC-GCC----T-G--C--GTA----AA-G--TCTA--CGT--CT-G--A-G-CGT---C-GA---C-TT-TGA-T--GAAACAGGcc
gi|34852                      :  gatTTTTGTGTTAGT-C-C----GG-A-C-TT--AC-G-C----T-GG-C--GTA----TT-G--T-TA--CC---CT-G--G-GCCGTAA-C-GA---CC---TGA-T--GAAA-AGGCTtcc
gi|34857                      :   gaTTTTGTGTTAGT-C-C-G--GT-A-C-TT--A-------------------------A-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CATT-TGA-T--GACACAGGCtc
gi|34834                      :       aTGTGTTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GTA----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTccc
gi|34862                      :     gattGTGTTAGT-C-C-G--G--A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GTA----AA-G--T-TA---G---TT-G--G-G-CGT-A-C-G-----CCT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34860                      :              AGT-C-C-G----------T--AC-GCC----C-AG-C--ATA----AC-T--T-TA--CG---CC-A--G-G-CGT-A-cct
gi|34834                      :             ttatgtgttagtctgggactT--AC-GCC----C-AG-C--GTA----AC-T--T-TA--CG---CC-A--G-G-CGT-A-cttttgatgaaaggctcctg
gi|34853                      :            gatttgtgttagtccgggactT--AC-GCC----C-GG-C--GTA----AC-T--T-TA--CG---CC-A--G-G-CGT-A-cgacctttgatgaaacaggctcc
gi|34832                      :            attgtgtgttagtccgggactT--AC-GCC----C-AG-C--GTA----AC-T--T-TA--CG---CC-A--G-G-AGT-A-cgacctttgatgaaacaggtctcctg
gi|34854                      :           gattttgtgttagtccgggactT--AC-GCC----C-GG-C--GTA----AC-T--T-TA--CG---CC-A--G-G-AGT-A-cgacctttgatgaaacaggctcctg
gi|34836                      :            attgtgtgttagtctgggactT--AC-GCC----C-AG-C--GTA----AC-T--T-TA--CG---CC-A--G-G-CGT-A-cgacctttgatgaaacaggctcgtg
gi|34840                      :           gattttgtgttagtccgggactT--AC-GCC----C-AG-C--GTA----C--T--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-cgacctttgatgaacaggctcc
gi|34835                      :         gattttgtggttagtccgggacttT--AC-GCC----C-AG-C--GCA----AC-T--T-TA--CG---CA-A--G-G-CGT-A-cgacctttgatgaaacaggcttc
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gi|34841                      :          gattttgtggttagtccggggacT--AC-GCC----C-TG-C--GTA----AC-T--T-TA--TG---CC-A--G-G-CGT-A-cgacctttgatgaaacaggcttc
gi|34843                      :           gattttgtgttagtccgggactT--AC-GCC----C-AG-C--GTA----ACTT--T-TA--CG---CC-A--G-G-CGT-A-cgacctttgatgacacaggctcc
gi|34865                      :             gattttgtgttagtcgggact--AC-GTC----T-GG-C--ATAGCGTAA-GATT-TA--CG---CC-G--GTG-CGT-A-C-GAGC-CTTT-TGA-T--GAAACAGGCTcgacctttgattgaaacaggctcc
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gi|34850                      :                                         gactaaatattggcgtaagccctctgactagcttaaattggcgtaagtcT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
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Alignments
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lowQualScore                  :                                                       .    .     . . . ..  . . .  ..  .   ......  . ..   ....  . .. .  ..  ... .. .. . .   . . .  ...    .   . ..          
lowQualScore                  :                                                       0    8     2 6 6 22  2 6 6  22  5   777777  5 11   3333  0 00 5  00  666 11 00 5 5   1 1 1  666    1   3 66          
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Reference ( family-488 )      :                                                     TTNTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GTA----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
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gi|34844                      :                                                   gaTTGTG-G-TTAGT-C-C-G--GGGA-C-TT--AC-GCC----T-GGGC--GTA----AA-G--T-T---CG---CT-GTGG-G-CGT-A-CCGA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34845                      :                                                  gatTTTTGTG-ATAGT-C---G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GA-C--GCA----AA-G--T-TA--CG---CTGG--G-G-CGT-A-C-GA---CTTT-AGA-T--GAAAAAGGCTtcctg
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gi|34847                      :    gactaaatattggcgtaagccctctgactagcttaaattggcgtaagtcTTTTGTG-TTAGT-C-CCG--GG-A-C-TTT-AC-GTC----CTGG-C--GTA----AAAG--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-ATC-GA---CCTT-TGAGT--GAAACCGGcctg
gi|34848                      :                                                                                                                                         gaT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
gi|34849                      : gactaaatattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtcTTTGGTG-TTAGT-C-C-GTAGA-A-C-TTT-AC-GAC----T-GG-CCGGTA----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G---CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-TGGGAGACAGGCTcctg
gi|34850                      :                                                                                                                                        gatT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34851                      :  gactaaatattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtcTTTGTG-TTTATAC-C-G--GG-AGC-TT--AC-GCC----T-G--C--GTA----AA-G--TCTA--CG---TCTG--A-G-CGT---C-GA---C-TT-TGA-T--GAAACAGGcctg
gi|34852                      :                                                   gaTTTTGTG-TTAGT-C-C----GG-A-C-TT--AC-G-C----T-GG-C--GTA----TT-G--T-TA--CC---CT-G--G-GCCGTAA-C-GA---CC---TGA-T--GAAA-AGGCTtcc
gi|34853                      :                                                   gaTTGTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GTA----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGtc
gi|34854                      :                                                    aTTGTGTG-TTAGT-C-T-G--GG-A-C-TT--AC-TCC----T-GG-C--GTA----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTtctcctg
gi|34855                      :                                                    aTTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-T-TC--AC-GCC----C-GG-C--GAA----GA-G--T-TA--CG---AC-A--G-T-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcgtg
gi|34856                      :                                                    aTTTTGTG-TTAGT-T-C-C--GG-A-C-TT--AC-GCC----TTAG-C--GTA----AT-A--A-TAGCCGGGCCC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCcctg
gi|34857                      :                                                    aTTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GT-A-C-TT--A-------------------------A-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CATT-TGA-T--GACACAGGCcc
gi|34858                      :                                                    aTTGTG-G-TTAGTTC-C-G--GG-A-C-TTTTACCGCCATAAC-GT-C--AAG----AA-G--T-TC--GG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCccc
gi|34859                      :                                                    aTTGTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GTA----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34860                      :                                                     TTATGTG-TTAGT-C-T-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GTA----AA-G--T-TA--TG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GGACTCTTT-TGA-T--GAA--AGGCT
gi|34861                      :                                                     TTGTGTG-TTGTT-CGC-G--GGCA-C-TT---C-GCT------GG-C--GTA----AT-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT---C-GA----CTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34862                      :                                                         GTG-TTAGT-C-C-G--G--A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GTA----AA-G--T-TA---G---TT-G--G-G-CGT-A-C-G-----CCT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34863                      :                                                                                                                                           T-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcct
gi|34864                      :                                                                                              tattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtcT-A-C-GA---CCTTATGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34865                      :                                      tattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtc--AC-GTC----T-GG-C--ATAGCGTAA-GATT-TA--CG---CC-G--GTG-CGT-A-C-GAGC-CTTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34866                      :                                                                                                                -G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-A-GA---CCTT-TGA-T--GAAACCGGCTcc





Alignments
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lowQualScore                  :                                                            .     . . . ..  . . .  ..  .   ......  . ..  . ....  . .. .  ..  ... .. .. . .   . . .  ...    .   . ..          
lowQualScore                  :                                                            0     2 6 6 22  2 6 6  22  5   777777  5 11  5 3333  5 00 5  00  666 11 00 5 5   1 1 1  666    1   3 66          
consensus                     :                                                     TTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
Reference ( family-488 )      :                                                     TTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
gi|34832                      :                                                     TTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-TCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
gi|34833                      :                                                                                                                                          gaT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
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gi|34835                      :                                                   gaTTTTGTG-TTAGC-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-TG-C--GT-A----AA-G--T-TG--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34836                      :                                                   gaTTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--G-AACAGGCTcc
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gi|34840                      :                                                   gaTTTTGTGGTTAGT-C-C-G--GG-A-CTTT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G----TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTtc
gi|34841                      :                                                   gaTTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--AT-A----AA-G--T-TA--CG---CA-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GACACAGGCTtc
gi|34842                      :                                                                                                                                          gaT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
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gi|34847                      :    gactaaatattggcgtaagccctctgactagcttaaattggcgtaagtcTTTTGTG-TTAGT-C-CCG--GG-A-C-TTT-AC-GTC----CTGG-C--GT-A----AAAG--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-ATC-GA---CCTT-TGAGT--GAAACCGGcctg
gi|34848                      :                                                                                                                                          gaT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
gi|34849                      : gactaaatattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtcTTTGGTG-TTAGT-C-C-GTAGA-A-C-TTT-AC-GAC----T-GG-CCGGT-A----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G---CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-TGGGAGACAGGCTcctg
gi|34850                      :                                                                                                                                         gatT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34851                      :  gactaaatattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtcTTTGTG-TTTATAC-C-G--GG-AGC-TT--AC-GCC----T-G--C--GT-A----AA-G--TCTA--CG---TCTG--A-G-CGT---C-GA---C-TT-TGA-T--GAAACAGGcctg
gi|34852                      :                                                   gaTTTTGTG-TTAGT-C-C----GG-A-C-TT--AC-G-C----T-GG-C--GT-A----TT-G--T-TA--CC---CT-G--G-GCCGTAA-C-GA---CC---TGA-T--GAAA-AGGCTtcc
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gi|34854                      :                                                    aTTGTGTG-TTAGT-C-T-G--GG-A-C-TT--AC-TCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTtctcctg
gi|34855                      :                                                    aTTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-T-TC--AC-GCC----C-GG-C--GA-A----GA-G--T-TA--CG---AC-A--G-T-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcgtg
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gi|34859                      :                                                    aTTGTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34860                      :                                                     TTATGTG-TTAGT-C-T-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--TG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GGACTCTTT-TGA-T--GAA--AGGCT
gi|34861                      :                                                     TTGTGTG-TTGTT-CGC-G--GGCA-C-TT---C-GCT------GG-C--GT-A----AT-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT---C-GA----CTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34862                      :                                                         GTG-TTAGT-C-C-G--G--A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA---G---TT-G--G-G-CGT-A-C-G-----CCT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34863                      :                                                                                                                                            T-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcct
gi|34864                      :                                                                                               tattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtcT-A-C-GA---CCTTATGA-T--GAAACAGGCTcc
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gi|34866                      :                                                                                                                 -G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-A-GA---CCTT-TGA-T--GAAACCGGCTcc





Alignments
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lowQualScore                  :                                                            0     2 6 6 22  2 6 6  22  5   777777  5 11  5 3333  5 00 5  00  666 11 00 5 5   1 1 1  666    1   3 66          
consensus                     :                                                     TTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
Reference ( family-488 )      :                                                     TTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
gi|34832                      :                                                     TTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-TCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
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gi|34859                      :                                                    aTTGTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34860                      :                                                     TTATGTG-TTAGT-C-T-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--TG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GGACTCTTT-TGA-T--GAA--AGGCT
gi|34861                      :                                                     TTGTGTG-TTGTT-CGC-G--GGCA-C-TT---C-GCT------GG-C--GT-A----AT-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT---C-GA----CTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34862                      :                                                         GTG-TTAGT-C-C-G--G--A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA---G---TT-G--G-G-CGT-A-C-G-----CCT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34863                      :                                                                                                                                            T-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcct
gi|34864                      :                                                                                               tattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtcT-A-C-GA---CCTTATGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34865                      :                                      tattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtc--AC-GTC----T-GG-C--AT-AGCGTAA-GATT-TA--CG---CC-G--GTG-CGT-A-C-GAGC-CTTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34866                      :                                                                                                                 -G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-A-GA---CCTT-TGA-T--GAAACCGGCTcc


blockSeqs                     :                                                            G     A G C TA  G G T  TT  C   ATAAC   G CG  A GCGT  A AT C  GC  GGC TG TG T C   A T C  ACT    A   T GG
blockSeqs                     :                                                            G     T . . .   C . .  T   .   CT      . .   . .     . .  .  .   .   CT .  . .   . . .  GC     .   G . 
blockSeqs                     :                                                            G     . . . .   . . .  T   .   TT      . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            G     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            G     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   C       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   C       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   C       . .   . .     . .  .  .   .   A  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   C  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   C  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   C  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   C  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   C       . .   . .     . .  .  .   .   C  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   C       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   T       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                            .     . . . .   . . .  .   .   .       . .   . .     . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                                                   .   .   .       . .   . .     . .  .  .   .   C  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                 . .  .  .   .   T  .  . .   . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             . . .  .      .   . . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                             . . .  .      .   . . 


blockSeqCons                  :                                                     
originalCons                  :                                                     TTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
finalCons                     :                                                     TTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT





Alignments
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lowQualScore                  :                                                            .     . . . ..  . . .  ..  .   ......  . ..  . ....  . .. .  ..  ... .. .. . .   . . .  ...    .   . ..          
lowQualScore                  :                                                            0     2 6 6 22  2 6 6  22  5   777777  5 11  5 3333  5 00 5  00  666 11 00 5 5   1 1 1  666    1   3 66          
consensus                     :                                                     TTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
Reference ( family-488 )      :                                                     TTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
gi|34832                      :                                                     TTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-TCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
gi|34833                      :                                                                                                                                          gaT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34834                      :  gactaaatattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcctaattcTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34835                      :                                                   gaTTTTGTG-TTAGC-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-TG-C--GT-A----AA-G--T-TG--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34836                      :                                                   gaTTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--G-AACAGGCTcc
gi|34837                      :                                                                                                                                          gaT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34838                      : gactaaatattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtcTTTTGTGGTTAGT-C-C-G--GG-G-A-CT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G--T-CA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34839                      :                                                   gaTTTTGTGGTTAGT-C-C-G--GG-G-A-CT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G--T-CA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTtc
gi|34840                      :                                                   gaTTTTGTGGTTAGT-C-C-G--GG-A-CTTT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G----TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTtc
gi|34841                      :                                                   gaTTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--AT-A----AA-G--T-TA--CG---CA-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GACACAGGCTtc
gi|34842                      :                                                                                                                                          gaT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34843                      : gactaaatattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtcTTTTGTG-TTAGT---C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GTAA----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGATT--GAAACAGGCTcctg
gi|34844                      :                                                    gaTTTGTGGTTAGT-C-C-G--GGGA-C-TT--AC-GCC----T-GGGC--GT-A----AA-G--T-T---CG---CT-GTGG-G-CGT-A-CCGA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34845                      :                                                   gaTTTTGTG-ATAGT-C---G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GA-C--GC-A----AA-G--T-TA--CG---CTGG--G-G-CGT-A-C-GA---CTTT-AGA-T--GAAAAAGGCTtcctg
gi|34846                      :                                                                                                                                          gaT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
gi|34847                      :    gactaaatattggcgtaagccctctgactagcttaaattggcgtaagtcTTTTGTG-TTAGT-C-CCG--GG-A-C-TTT-AC-GTC----CTGG-C--GT-A----AAAG--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-ATC-GA---CCTT-TGAGT--GAAACCGGcctg
gi|34848                      :                                                                                                                                          gaT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCT
gi|34849                      : gactaaatattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtcTTTGGTG-TTAGT-C-C-GTAGA-A-C-TTT-AC-GAC----T-GG-CCGGT-A----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G---CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-TGGGAGACAGGCTcctg
gi|34850                      :                                                                                                                                         gatT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34851                      :  gactaaatattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtcTTTGTG-TTTATAC-C-G--GG-AGC-TT--AC-GCC----T-G--C--GT-A----AA-G--TCTA--CG---TCTG--A-G-CGT---C-GA---C-TT-TGA-T--GAAACAGGcctg
gi|34852                      :                                                   gaTTTTGTG-TTAGT-C-C----GG-A-C-TT--AC-G-C----T-GG-C--GT-A----TT-G--T-TA--CC---CT-G--G-GCCGTAA-C-GA---CC---TGA-T--GAAA-AGGCTtcc
gi|34853                      :                                                   gaTTGTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGtc
gi|34854                      :                                                    aTTGTGTG-TTAGT-C-T-G--GG-A-C-TT--AC-TCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTtctcctg
gi|34855                      :                                                    aTTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-T-TC--AC-GCC----C-GG-C--GA-A----GA-G--T-TA--CG---AC-A--G-T-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcgtg
gi|34856                      :                                                    aTTTTGTG-TTAGT-T-C-C--GG-A-C-TT--AC-GCC----TTAG-C--GT-A----AT-A--A-TAGCCGGGCCC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCcctg
gi|34857                      :                                                    aTTTTGTG-TTAGT-C-C-G--GT-A-C-TT--A--------------------------A-G--T-TA--CG---CC-G--G-G-CGT-A-C-GA---CATT-TGA-T--GACACAGGCcc
gi|34858                      :                                                      aTTGTGGTTAGTTC-C-G--GG-A-C-TTTTACCGCCATAAC-GT-C--AA-G----AA-G--T-TC--GG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCccc
gi|34859                      :                                                    aTTGTGTG-TTAGT-C-C-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----C-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34860                      :                                                     TTATGTG-TTAGT-C-T-G--GG-A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA--TG---CT-G--G-G-CGT-A-C-GGACTCTTT-TGA-T--GAA--AGGCT
gi|34861                      :                                                     TTGTGTG-TTGTT-CGC-G--GGCA-C-TT---C-GCT------GG-C--GT-A----AT-G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT---C-GA----CTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34862                      :                                                         GTG-TTAGT-C-C-G--G--A-C-TT--AC-GCC----T-GG-C--GT-A----AA-G--T-TA---G---TT-G--G-G-CGT-A-C-G-----CCT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34863                      :                                                                                                                                            T-A-C-GA---CCTT-TGA-T--GAAACAGGCTcct
gi|34864                      :                                                                                               tattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtcT-A-C-GA---CCTTATGA-T--GAAACAGGCTcc
gi|34865                      :                                      tattggcgtaagccctctgactagccttaaattagggcgtaagtc--AC-GTC----T-GG-C--AT-AGCGTAA-GATT-TA--CG---CC-G--GTG-CGT-A-C-GAGC-CTTT-TGA-T--GAAACAGGCTcctg
gi|34866                      :                                                                                                                 -G--T-TA--CG---CT-G--G-G-CGT-A-A-GA---CCTT-TGA-T--GAAACCGGCTcc