lowQualScore : 1 1111
lowQualScore : 2 33 11 1 2 11 1 2 1 4444 11 333 2 22 3333 11 1 3 5555 1 2 22 444444 11 1 2 1 222 2 2 7777 2 1 1 1 1 3 11 4444444 0000 1 33
lowQualScore : . .. .. . . .. . . . .... .. ... . .. .... .. . . .... . . .. ...... .. . . . ... . . .... . . . . . . .. ....... .... . ..
lowQualScore : 9 11 99 4 8 88 3 7 3 4444 66 333 4 99 8888 77 2 6 3333 2 4 99 777777 77 2 4 2 111 4 4 0000 5 2 2 2 2 8 77 1111111 7777 3 22
consensus : TGT-ATCAG-T--C-A-AG--G-T-C-AG-C--AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CTC-T--GT-AG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-N--TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
Reference ( gi|77774 ) : TGT-ATCAA-T--C-A-AG--G-T-C-AG-T--AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CTC-C--GT-AG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-C--TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77773 : TGT-ATCAA-T--C-A-AG--G-T-C-AG-T--AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CTC-C--GT-AG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-C--TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77745 : TGTCATCAG-T--C-A-AG--G-T-C-AG-C--AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CTC-A--GT-AG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-T--TC-T-TT-TA-T-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77748 : tttTGTCATTAA-T--C-A-AG--G-T-A-AG-T--AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CTC-T--GT-TG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-G--TC-T-TT-TA-C-ACAT-A--AT-------TG---TTTTCCCTT-G--ACCAC
gi|77747 : tttTGTCATCAG-T--C-A-AT--G-T-C-AG-C--AATA-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CTC-T--GT-AG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-G--TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCTTT-G--TCCAC
gi|77754 : tttTGTCATCAG-T--C-A-AG--G-T-C-AA-C--AGTA-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TTC-T--GT-AA-ACA--T------T--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-G--TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCTTT-A--ATCA
gi|77746 : tttTGTCATCAG-T--C-A-AG--G-T-C-AG-C--AATG-GTCAA----TT-T--C----A--AA-A-GTC-T--GT-AA-AAAAAT------G--T-TT-TA-G---AA-TT-AAA-G--TC-T-TT-TA-C-ACAA-A--AC-------TG---TTTTTCCTT-GTCACCA
gi|77753 : tttTGC-ATCAG-TTTC-A-AG--G-T-CGAG-C--AATG-GTCAA---ATT-TTCC----A--AA-A-ATT-T--GT-AG-AAA---------G--T-TT-GA-A---AAATT-AAAAC--TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG-----TTTCCTT-G--ACCAC
gi|77750 : ttttgTGTCATCAG-T--C-A-AG--G-TTC-AG-C--ATTG-GTCCA---ATT-T--C----A--AA-AATTC-T--GT-AA-AAAA-T------G--T-TT-GA-A---AT-TT-AAA-G--TC-TCTT-TA-C-ACAA-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77766 : tttTGTCATCAAGT--C-ATAG--G-T-C-AA-G--CATG-GTCAAC--ATT-T--CCCAAG--AA-A-TTC-T--GT-AG-AA---T------G--T-TTTGA-A---AA-TT-AAA-C--TCTT-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TGTT-TTTTTCCCT-T--ACCAC
gi|77763 : ttTGTCATTAA-T--C-A-AG--G-T-C-AG-C--AA-----------------------------A-CTC-T--GA-TG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-G--TC-T-TC-TA-A-ACTG-A--AC-------TA----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77770 : tttTGTCATCAG-T--C-A-AG--G-T-C-AG-C--AATG-GTCA
gi|77767 : ttGC-ATCAA-T--C-A-AG--A-T-C-AG-T--AATG-GTCAA---AAT-T--C----A--AA-A-CTC-T--GG-AGAAAA--T------AGTT-TT-GA-AGGGAA-TT-AAC-G--TC---TT-TA-C-ACAG-AAGATATTTGTATG---TTTTTGCTT-G--ACCAC
gi|77749 : tttgT-ATCAA-T--C-A-AG--G-T-C-AG-T--AATG-GT-AA---ATT-T--C----A--AA-A-CTC-T--GT-AG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AAGTT-AAA-C--TC-T-TT-TA-C-A-AG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77758 : ttttgtT-ATCAA-T--C-A-AG--G-T-C-AG-T--AATGTGTC-A---ATT-T--C----A--AA-A-CTC-C--GT-AG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA--T-AAA-C--TC-T-TT-TA-C-ACA--A--AC-------TG---TTTTTTTTT-
gi|77759 : ttttgtT-ATCA--T--C-A-AG----T-C-AG-TTCAATC-GTCAACCGATT-T--A----A--AA-AATTC-T--GT-AG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-GT-AAA-C--TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-GA-ACCAC
gi|77760 : ttttgtT-ATCA--T--C-A-AGCCGCT-C-AG-T--AATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TTCTT--TT-AG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAAA-C--TC-T-TT-TA-C-AC-G-A--A--------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77762 : ttttgtT-ATCAG-T--C-A-AG--G-T-C-AG-T--AACG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CTC-C--GT-AG-AGA--TTAATAAA--T-T---A-A---AA-TT-AAA-A--TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--GT-------TG---TTTT
gi|77756 : ttttgtT-ATCAA-T--C-A-A----------------ATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CTC-C--AT-A--AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-C--TC-T-TT-T--C-ACAGCA--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77755 : ttttgtT-ATCAA-T--C-A-A----------------ATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CTC-C--AT-A--AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-C--TC-T-TT-T--C-ACAGCA--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77768 : ttttgtT-ATCGA-T--C-A-AA----T-C-AACT--AATG-G-CAA---ATTAT--C----A--AA-A-CTC-C--GT-AG-GAA--TG-----G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-CCGTC---TT-TA-C-ACAT-A--AT-------TG---TTTCCTCGT-G--ACAAC
gi|77775 : tttgt-ATCA--T--C-A-AG--G-T-C-AG-T--AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TTC-T--GT-AG-AAA--T------G--T-AT-GA-A---AA-TT-AAA-A--TC-T-TT-TA-C-ACAG----AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77752 : -ATCAA-T--C-A-AG--G-T-C-AG-T--AATG-GTCAA---AAT-T--C----A--AA-A-TTC-T--GT-AGAAAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT--AA-C--TCTT-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTTGG--ACC
gi|77751 : ttttgtta-ATTAA-T--C-A-AG--G-T-C-AG-C--AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-T-CTC-T--GT-AG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-G--TA-T-TT-TA-C-A-AG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACAAC
gi|77757 : ttttatc-ATTAA-T--C-A-AA--A-T-C-AG-T--AATG-ATAAA---ATT-T--C----A--AA-A-CTC-T--GT-AG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-A--TC-T-TT-TA-G-ACAC-A--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77771 : tcttgcc-ATCAG-T--C-A-AG--G-T-C-AG-C--AATG-GTCAA---TTT-TT-C----A--AA-A-GTC-T--GT-AA-AAA--T------G--T-TT-TA-G---AA-TT-AAA-G--TC-T-TT-TAAC-ACAA-A--AT--------G---TTTTTCCTT-G--
gi|77765 : ttttc-ATCAG-T--C-AGAG--G-TTC-AG-TC-AAGG-GTCAA---ATT-T--C----A--AATATCTC-T--GT-AG-AAA--T------G--T-TT-G--A---AA-TT--AA-C--TC-T-TTATA-CAACAG-A--AT-------TGTTTTTTTTCTCT-G--ACCA
gi|77772 : ttagtc-ATCAA-T--C-A-AG--G-T-C-AG-C--ACTG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CTC-T--GT-AG-AAA--T------G--T-----A-A---AA-CTGAAA-C--T
gi|77769 : ttgtac-ATCAG-T--CCA-AG--G---C-AG-C--AATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CTC-T--GC-A--AAA--T------G--T-T--GA-A---AA-AT-AAG----TC-T-TT-CA-C-ACAG-A--AT-------TA-----TTTCCCT-G--
gi|77761 : tttgttcCAA-T--C-A-AT--G-T-C-AG-C--AATG-ATCAA---ATT-T--C----T--AA-A--TC-T--GT-AG-AAA--T------A--T-TT-GA-A---AT-CT-AAA-G--TA-T-TT-TA-C-ACAA-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--AACA
gi|77764 : ttttgtaaa--G-T-C-AT-T--AATG---CAA---GGTGT--C----AGCAA-A-CTC-T--GA-TG-AAA--T------G--T-TTTGA-A---AA-TT-AAA-G--TC-T-TC-TA-A-ACTG-A--AC-------TA----TTTTCCCT-G--ACCAC
gi|77776 : ttttCAA---ATA-T--CT---A--AC-A-TTT-C--CTGAT-AAA--T------A--C-TC-TATA---AA-TT-AAA-G--TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------CGT--TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77777 : AA---ATT-T--C----A--AA-A-ATT-CTAGT-AG-AAA--T------G--TATT-G-------A-TT-AAA-C--TC-T-TT-TA-C-ACAGTA--AT-------TG---TTGTTTCTT-G--ACC
gi|77778 : ---ATT-T--C----A--AA-A-CTC-T--GT-AG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA-G--CC-T-TT-TA-C-ACAG-A--TT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77779 : ---ATT-T--C----A--AA-A-CTC-T--GT-AG-AAA--T------G--T-TT-G--A---AA-TT-AAG-C---C-T-TT-TA---ACAA-G--AT-------TT---GTTTTCCTT-G--AACAC
Alignments
lowQualScore : 1 1111
lowQualScore : 2 44 11 1 2 11 1 2 1 1 33 1 1 333 2 22 4444 11 1 3 11 1 1 1 44 444444 11 1 2 1 222 2 1 3333 1 1 1 1 1 3 11 3333333 0000 1 33
lowQualScore : . .. .. . . .. . . . . .. . . ... . .. .... .. . . .. . . . .. ...... .. . . . ... . . .... . . . . . . .. ....... .... . ..
lowQualScore : 4 33 88 3 7 88 3 6 3 3 11 3 3 222 4 88 9999 66 2 5 66 2 2 2 00 666666 66 2 4 2 111 4 2 8888 2 2 2 2 2 6 77 9999999 1111 2 11
consensus : TGT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--G-TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
Reference ( family-487 ) : TGT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--N-TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77745 : TGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-A-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--T-TC-T-TT-TA-T-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77746 : tttTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA----TT-T--C----A--AA-A-GT--C-T-GTAA-AAAAAT------G--T-TT-TA-G---AA-TT-AAA--G-TC-T-TT-TA-C-ACAA-A--AC-------TG---TTTTTCCTT-GTCACCA
gi|77747 : tttTGTCATCA-GT--C-A-AT--G-T-C-A-G--C-AATA-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--G-TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCTTT-G--TCCAC
gi|77748 : tttTGTCATTA-AT--C-A-AG--G-T-A-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTTG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--G-TC-T-TT-TA-C-ACAT-A--AT-------TG---TTTTCCCTT-G--ACCAC
gi|77749 : tttT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GT-AA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AAGTT-AAA--C-TC-T-TT-TA-C-A-AG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77750 : ttttgtTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-TTC-A-G--C-ATTG-GTCCA---ATT-T--C----A--AA-AATT--C-T-GTAA-AAAA-T------G--T-TT-GA-A---AT-TT-AAA--G-TC-TCTT-TA-C-ACAA-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77751 : ttt-ATTA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-T-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--G-TA-T-TT-TA-C-A-AG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACAAC
gi|77752 : ttttatc-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----A--AA-A-TT--C-T-GTAG-AAAA-T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAC--T-CT-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTTGG--ACC
gi|77753 : ttttgttaTGC-ATCA-GTTTC-A-AG--G-T-CGA-G--C-AATG-GTCAA---ATT-TTCC----A--AA-A-AT--T-T-GTAG-AAA---------G--T-TT-GA-A---AAATT-AAA--ACTC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG-----TTTCCTT-G--ACCAC
gi|77754 : ttttgTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-A--C-AGTA-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TT--C-T-GTAA-ACA--T------T--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--G-TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCTTT-A--ATCA
gi|77755 : tttT-ATCA-AT--C-A-A-----------------ATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CT--C-C-ATA--AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--C-TC-T-TT-T--C-ACAGCA--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77756 : ttttgtT-ATCA-AT--C-A-A-----------------ATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CT--C-C-ATA--AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--C-TC-T-TT-T--C-ACAGCA--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77757 : ttttgt-ATTA-AT--C-A-AA--A-T-C-A-G--T-AATG-ATAAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--A-TC-T-TT-TA-G-ACAC-A--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77758 : tcttgccT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATGTGTCAA----TT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA--T-AAA--C-TC-T-TT-TA-C-ACA--A--AC-------TG---TTTTTTTTT-
gi|77759 : ttttgtT-ATCA--T--C-A-AG----T-C-A-GTTC-AATC-GTCAACCGATT-T--A----A--AA-AATT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-GT-AAA--C-TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-GA-ACCAC
gi|77760 : ttttgtT-ATCA--T--C-A-AGCCGCT-C-A-G--T-AATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TT--CTT-TTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAAA--C-TC-T-TT-TA-C-AC-G-A--A--------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77761 : ttttgtCA-AT--C-A-AT--G-T-C-A-G--C-AATG-ATCAA---ATT-T--C----T--AA-A--T--C-T-GTAG-AAA--T------A--T-TT-GA-A---AT-CT-AAA--G-TA-T-TT-TA-C-ACAA-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--AACA
gi|77762 : ttttgtaaaT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AACG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AGA--TTAATAAA--T-T---A-A---AA-TT-AAA--A-TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--GT-------TG---TTTT
gi|77763 : ttttgtTGTCATTA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AA-----------------------------A-CT--C-T-GATG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--G-TC-T-TC-TA-A-ACTG-A--AC-------TA----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77764 : ttt--G-T-C-A-T--T-AATG---CAA---GGTGT--C----AGCAA-A-CT--C-T-GATG-AAA--T------G--T-TTTGA-A---AA-TT-AAA--G-TC-T-TC-TA-A-ACTG-A--AC-------TA----TTTTCCCT-G--ACCAC
gi|77765 : tttt-ATCA-GT--C-AGAG--G-TTC-A-GT-C-AAGG-GTCAA---ATT-T--C----A--AATATCT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-G--A---AA-TT--AA--C-TC-T-TTATA-CAACAG-A--AT-------TGTTTTTTTTCTCT-G--ACCA
gi|77766 : ttagtcTGTCATCAAGT--C-ATAG--G-T-C-AAG--C-A-TG-GTCAAC--ATT-T--CCCAAG--AA-A-TT--C-T-GTAG-AA---T------G--T-TTTGA-A---AA-TT-AAA--C-TCTT-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TGTT-TTTTTCCCT-T--ACCAC
gi|77767 : ttGC-ATCA-AT--C-A-AG--A-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GGAGAAAA--T------AGTT-TT-GA-AGGGAA-TT-AAC--G-TC---TT-TA-C-ACAG-AAGATATTTGTATG---TTTTTGCTT-G--ACCAC
gi|77768 : tttgT-ATCG-AT--C-A-AA----T-C-A-A--CTAATG-G-CAA---ATTAT--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-GAA--TG-----G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAACCG-TC---TT-TA-C-ACAT-A--AT-------TG---TTTCCTCGT-G--ACAAC
gi|77769 : tttgt-ATCA-GT--CCA-AG--G---C-A-G--C-AATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CT--C-T-GCA--AAA--T------G--T-TG-AA-A---AA-T---AA--G-TC-T-TT-CA-C-ACAG-A--AT-------TA-----TTTCCCT-G--
gi|77770 : tttgttcTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCA
gi|77771 : tt-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---TTT-TT-C----A--AA-A-GT--C-T-GTAA-AAA--T------G--T-TT-TA-G---AA-TT-AAA--G-TC-T-TT-TAAC-ACAA-A--AT--------G---TTTTTCCTT-G--
gi|77772 : ttttc-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-ACTG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-----A-A---AA-CT-GAA--
gi|77773 : ttgtacTGT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--C-TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCACact
gi|77774 : TGT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--C-TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77775 : -ATCA--T--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-AT-GA-A---AA-TT-AAA--A-TC-T-TT-TA-C-ACAG----AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77776 : CAA---ATA-T--CT---A--AC-A-TTTCC-T-G-AT-AAA--T------A--C-TC-TATA---AA-TT-AAA--G-TC-T-TT-TA-C-ACAG-A--AT-------CGT--TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77777 : AA---ATT-T--CA---A--AA-A-TT--C-TAGTAG-AAA--T------G--TATT-G-------A-TT-AAA--C-TC-T-TT-TA-C-ACAGTA--AT-------TG---TTGTTTCTT-G--ACC
gi|77778 : ---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TT-AAA--G-CC-T-TT-TA-C-ACAG-A--TT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77779 : ---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-G--A---AA-TT--AA--G-CC-T-TT-TA---ACAA-G--AT-------TT---GTTTTCCTT-G--AACAC
Alignments
lowQualScore : 1 1111
lowQualScore : 2 44 11 1 2 11 1 2 1 1 33 1 1 333 2 22 3333 11 1 4 11 1 1 2 22 444444 11 1 2 1 222 2 5555 1 1 1 1 1 3 11 3333333 0000 1 33
lowQualScore : . .. .. . . .. . . . . .. . . ... . .. .... .. . . .. . . . .. ...... .. . . . ... . .... . . . . . . .. ....... .... . ..
lowQualScore : 4 33 88 3 7 88 3 6 3 3 11 3 3 222 4 88 7777 66 2 7 66 2 2 4 88 666666 66 2 4 2 111 4 6666 2 2 2 2 2 6 77 9999999 1111 2 11
consensus : TGT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
Reference ( family-487 ) : TGT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77745 : TGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-A-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--T-TC-T-TT-T-AT-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77746 : tttTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA----TT-T--C----A--AA-A-GT--C-T-GTAA-AAAAAT------G--T-TT-TA-G---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAA-A--AC-------TG---TTTTTCCTT-GTCACCA
gi|77747 : tttTGTCATCA-GT--C-A-AT--G-T-C-A-G--C-AATA-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCTTT-G--TCCAC
gi|77748 : tttTGTCATTA-AT--C-A-AG--G-T-A-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTTG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAT-A--AT-------TG---TTTTCCCTT-G--ACCAC
gi|77749 : tttT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GT-AA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AAGTTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-A-AG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77750 : ttttgtTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-TTC-A-G--C-ATTG-GTCCA---ATT-T--C----A--AA-AATT--C-T-GTAA-AAAA-T------G--T-TT-GA-A---AT-TTAAA--G-TC-TCTT-T-AC-ACAA-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77751 : ttt-ATTA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-T-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TA-T-TT-T-AC-A-AG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACAAC
gi|77752 : ttttatc-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----A--AA-A-TT--C-T-GTAGAAAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAC--T-CT-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTTGG--ACC
gi|77753 : ttttgttaTGC-ATCA-GTTTC-A-AG--G-T-CGA-G--C-AATG-GTCAA---ATT-TTCC----A--AA-A-AT--T-T-GTAG-AAA---------G--T-TT-GA-A---AAATTAAA--ACTC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG-----TTTCCTT-G--ACCAC
gi|77754 : ttttgTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-A--C-AGTA-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TT--C-T-GTAA-ACA--T------T--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCTTT-A--ATCA
gi|77755 : tttT-ATCA-AT--C-A-A-----------------ATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CT--C-C-ATA--AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T--C-ACAGCA--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77756 : ttttgtT-ATCA-AT--C-A-A-----------------ATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CT--C-C-ATA--AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T--C-ACAGCA--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77757 : ttttgt-ATTA-AT--C-A-AA--A-T-C-A-G--T-AATG-ATAAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-AG-ACAC-A--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77758 : tcttgccT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATGTGTCAA----TT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA--TAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACA--A--AC-------TG---TTTTTTTTT-
gi|77759 : ttttgtT-ATCA--T--C-A-AG----T-C-A-GTTC-AATC-GTCAACCGATT-T--A----A--AA-AATT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-GTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-GA-ACCAC
gi|77760 : ttttgtT-ATCA--T--C-A-AGCCGCT-C-A-G--T-AATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TT--CTT-TTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--ACTC-T-TT-T-AC-AC-G-A--A--------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77761 : ttttgtCA-AT--C-A-AT--G-T-C-A-G--C-AATG-ATCAA---ATT-T--C----T--AA-A--T--C-T-GTAG-AAA--T------A--T-TT-GA-A---AT-CTAAA--G-TA-T-TT-T-AC-ACAA-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--AACA
gi|77762 : ttttgtaaaT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AACG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AGA--TTAATAAA--T-T---A-A---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--GT-------TG---TTTT
gi|77763 : ttttgtTGTCATTA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AA-----------------------------A-CT--C-T-GATG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-AA-ACTG-A--AC-------TA----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77764 : ttt--G-T-C-A-T--T-AATG---CAA---GGTGT--C----AGCAA-A-CT--C-T-GATG-AAA--T------G--T-TTTGA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-AA-ACTG-A--AC-------TA----TTTTCCCT-G--ACCAC
gi|77765 : tttt-ATCA-GT--C-AGAG--G-TTC-A-GT-C-AAGG-GTCAA---ATT-T--C----A--AATATCT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-G--A---AA-TT-AA--C-TC-T-TTAT-ACAACAG-A--AT-------TGTTTTTTTTCTCT-G--ACCA
gi|77766 : ttagtcTGTCATCAAGT--C-ATAG--G-T-C-AAG--C-A-TG-GTCAAC--ATT-T--CCCAAG--AA-A-TT--C-T-GTAG-AA---T------G--T-TTTGA-A---AA-TTAAA--C-TCTT-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TGTT-TTTTTCCCT-T--ACCAC
gi|77767 : ttGC-ATCA-AT--C-A-AG--A-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GGAGAAAA--T------AGTT-TT-GA-AGGGAA-TTAAC--G-TC---TT-T-AC-ACAG-AAGATATTTGTATG---TTTTTGCTT-G--ACCAC
gi|77768 : tttgT-ATCG-AT--C-A-AA----T-C-A-A--CTAATG-G-CAA---ATTAT--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-GAA--TG-----G--T-TT-GA-A---AA-TTAAACCG-TC---TT-T-AC-ACAT-A--AT-------TG---TTTCCTCGT-G--ACAAC
gi|77769 : tttgt-ATCA-GT--CCA-AG--G---C-A-G--C-AATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CT--C-T-GCA--AAA--T------G--T-TG-AA-A---AA-T--AA--G-TC-T-TT-C-AC-ACAG-A--AT-------TA-----TTTCCCT-G--
gi|77770 : tttgttcTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCA
gi|77771 : tt-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---TTT-TT-C----A--AA-A-GT--C-T-GTAA-AAA--T------G--T-TT-TA-G---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-TAAC-ACAA-A--A--------TG---TTTTTCCTT-G--
gi|77772 : ttttc-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-ACTG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-----A-A---AA-CTGAA--
gi|77773 : ttgtacTGT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCACact
gi|77774 : TGT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77775 : -ATCA--T--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-AT-GA-A---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-AC-ACAG----AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77776 : CAA---ATA-T--CT---A--AC-A-TTTCC-T-G-AT-AAA--T------A--C-TC-TATA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------CGT--TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77777 : AA---ATT-T--C----A--AA-AATT--C-TAGTAG-AAA--T------G--TATT-GA--------TTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACAGTA--AT-------TG---TTGTTTCTT-G--ACC
gi|77778 : ---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-CC-T-TT-T-AC-ACAG-A--TT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77779 : ---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-G--A---AA-TT-AA--G-CC-T-TT-T-A--ACAA-G--AT-------TT---GTTTTCCTT-G--AACAC
Alignments
lowQualScore : 1 1111
lowQualScore : 2 44 11 1 2 11 1 2 1 1 33 1 1 333 2 22 3333 11 1 4 11 1 1 2 22 444444 11 1 2 1 222 2 5555 1 1 1 1 1 3 11 3333333 0000 1 33
lowQualScore : . .. .. . . .. . . . . .. . . ... . .. .... .. . . .. . . . .. ...... .. . . . ... . .... . . . . . . .. ....... .... . ..
lowQualScore : 4 33 88 3 7 88 3 6 3 3 11 3 3 222 4 88 7777 66 2 7 66 2 2 4 88 666666 66 2 4 2 111 4 6666 2 2 2 2 2 6 77 9999999 1111 2 11
consensus : TGT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
Reference ( family-487 ) : TGT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77745 : TGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-A-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--T-TC-T-TT-T-AT-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77746 : tttTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA----TT-T--C----A--AA-A-GT--C-T-GTAA-AAAAAT------G--T-TT-TA-G---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAA-A--AC-------TG---TTTTTCCTT-GTCACCA
gi|77747 : tttTGTCATCA-GT--C-A-AT--G-T-C-A-G--C-AATA-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCTTT-G--TCCAC
gi|77748 : tttTGTCATTA-AT--C-A-AG--G-T-A-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTTG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAT-A--AT-------TG---TTTTCCCTT-G--ACCAC
gi|77749 : tttT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GT-AA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AAGTTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-A-AG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77750 : ttttgtTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-TTC-A-G--C-ATTG-GTCCA---ATT-T--C----A--AA-AATT--C-T-GTAA-AAAA-T------G--T-TT-GA-A---AT-TTAAA--G-TC-TCTT-T-AC-ACAA-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77751 : ttt-ATTA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-T-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TA-T-TT-T-AC-A-AG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACAAC
gi|77752 : ttttatc-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----A--AA-A-TT--C-T-GTAGAAAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAC--T-CT-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTTGG--ACC
gi|77753 : ttttgttaTGC-ATCA-GTTTC-A-AG--G-T-CGA-G--C-AATG-GTCAA---ATT-TTCC----A--AA-A-AT--T-T-GTAG-AAA---------G--T-TT-GA-A---AAATTAAA--ACTC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG-----TTTCCTT-G--ACCAC
gi|77754 : ttttgTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-A--C-AGTA-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TT--C-T-GTAA-ACA--T------T--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCTTT-A--ATCA
gi|77755 : tttT-ATCA-AT--C-A-A-----------------ATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CT--C-C-ATA--AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T--C-ACAGCA--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77756 : ttttgtT-ATCA-AT--C-A-A-----------------ATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CT--C-C-ATA--AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T--C-ACAGCA--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77757 : ttttgt-ATTA-AT--C-A-AA--A-T-C-A-G--T-AATG-ATAAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-AG-ACAC-A--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77758 : tcttgccT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATGTGTCAA----TT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA--TAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACA--A--AC-------TG---TTTTTTTTT-
gi|77759 : ttttgtT-ATCA--T--C-A-AG----T-C-A-GTTC-AATC-GTCAACCGATT-T--A----A--AA-AATT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-GTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-GA-ACCAC
gi|77760 : ttttgtT-ATCA--T--C-A-AGCCGCT-C-A-G--T-AATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TT--CTT-TTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--ACTC-T-TT-T-AC-AC-G-A--A--------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77761 : ttttgtCA-AT--C-A-AT--G-T-C-A-G--C-AATG-ATCAA---ATT-T--C----T--AA-A--T--C-T-GTAG-AAA--T------A--T-TT-GA-A---AT-CTAAA--G-TA-T-TT-T-AC-ACAA-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--AACA
gi|77762 : ttttgtaaaT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AACG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AGA--TTAATAAA--T-T---A-A---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--GT-------TG---TTTT
gi|77763 : ttttgtTGTCATTA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AA-----------------------------A-CT--C-T-GATG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-AA-ACTG-A--AC-------TA----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77764 : ttt--G-T-C-A-T--T-AATG---CAA---GGTGT--C----AGCAA-A-CT--C-T-GATG-AAA--T------G--T-TTTGA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-AA-ACTG-A--AC-------TA----TTTTCCCT-G--ACCAC
gi|77765 : tttt-ATCA-GT--C-AGAG--G-TTC-A-GT-C-AAGG-GTCAA---ATT-T--C----A--AATATCT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-G--A---AA-TT-AA--C-TC-T-TTAT-ACAACAG-A--AT-------TGTTTTTTTTCTCT-G--ACCA
gi|77766 : ttagtcTGTCATCAAGT--C-ATAG--G-T-C-AAG--C-A-TG-GTCAAC--ATT-T--CCCAAG--AA-A-TT--C-T-GTAG-AA---T------G--T-TTTGA-A---AA-TTAAA--C-TCTT-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TGTT-TTTTTCCCT-T--ACCAC
gi|77767 : ttGC-ATCA-AT--C-A-AG--A-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GGAGAAAA--T------AGTT-TT-GA-AGGGAA-TTAAC--G-TC---TT-T-AC-ACAG-AAGATATTTGTATG---TTTTTGCTT-G--ACCAC
gi|77768 : tttgT-ATCG-AT--C-A-AA----T-C-A-A--CTAATG-G-CAA---ATTAT--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-GAA--TG-----G--T-TT-GA-A---AA-TTAAACCG-TC---TT-T-AC-ACAT-A--AT-------TG---TTTCCTCGT-G--ACAAC
gi|77769 : tttgt-ATCA-GT--CCA-AG--G---C-A-G--C-AATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CT--C-T-GCA--AAA--T------G--T-TG-AA-A---AA-T--AA--G-TC-T-TT-C-AC-ACAG-A--AT-------TA-----TTTCCCT-G--
gi|77770 : tttgttcTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCA
gi|77771 : tt-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---TTT-TT-C----A--AA-A-GT--C-T-GTAA-AAA--T------G--T-TT-TA-G---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-TAAC-ACAA-A--A--------TG---TTTTTCCTT-G--
gi|77772 : ttttc-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-ACTG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-----A-A---AA-CTGAA--
gi|77773 : ttgtacTGT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCACact
gi|77774 : TGT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77775 : -ATCA--T--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-AT-GA-A---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-AC-ACAG----AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77776 : CAA---ATA-T--CT---A--AC-A-TTTCC-T-G-AT-AAA--T------A--C-TC-TATA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------CGT--TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77777 : AA---ATT-T--C----A--AA-AATT--C-TAGTAG-AAA--T------G--TATT-GA--------TTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACAGTA--AT-------TG---TTGTTTCTT-G--ACC
gi|77778 : ---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-CC-T-TT-T-AC-ACAG-A--TT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77779 : ---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-G--A---AA-TT-AA--G-CC-T-TT-T-A--ACAA-G--AT-------TT---GTTTTCCTT-G--AACAC
blockSeqs : C AG TT C G CC C T G A TT T T CCG G TC CCAA GC T A TC T A A AA TAATAA GT A T T GGG G CCG T C A A A C AG ATTTGTA TTTT G TC
blockSeqs : C G . . T . . T . . T . . C A T T . . A . . . A A G . . T . . A AC . . . . . C . . TTT . A
blockSeqs : C G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . AC . . . . . T . . TT . .
blockSeqs : C A . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . .
blockSeqs : C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . .
blockSeqs : C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . .
blockSeqs : C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . .
blockSeqs : C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TGT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
finalCons : TGT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
Alignments
lowQualScore : 1 1111
lowQualScore : 2 44 11 1 2 11 1 2 1 1 33 1 1 333 2 22 3333 11 1 4 11 1 1 2 22 444444 11 1 2 1 222 2 5555 1 1 1 1 1 3 11 3333333 0000 1 33
lowQualScore : . .. .. . . .. . . . . .. . . ... . .. .... .. . . .. . . . .. ...... .. . . . ... . .... . . . . . . .. ....... .... . ..
lowQualScore : 4 33 88 3 7 88 3 6 3 3 11 3 3 222 4 88 7777 66 2 7 66 2 2 4 88 666666 66 2 4 2 111 4 6666 2 2 2 2 2 6 77 9999999 1111 2 11
consensus : TGT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
Reference ( family-487 ) : TGT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77745 : TGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-A-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--T-TC-T-TT-T-AT-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77746 : tttTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA----TT-T--C----A--AA-A-GT--C-T-GTAA-AAAAAT------G--T-TT-TA-G---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAA-A--AC-------TG---TTTTTCCTT-GTCACCA
gi|77747 : tttTGTCATCA-GT--C-A-AT--G-T-C-A-G--C-AATA-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCTTT-G--TCCAC
gi|77748 : tttTGTCATTA-AT--C-A-AG--G-T-A-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTTG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAT-A--AT-------TG---TTTTCCCTT-G--ACCAC
gi|77749 : tttT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GT-AA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AAGTTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-A-AG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77750 : ttttgtTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-TTC-A-G--C-ATTG-GTCCA---ATT-T--C----A--AA-AATT--C-T-GTAA-AAAA-T------G--T-TT-GA-A---AT-TTAAA--G-TC-TCTT-T-AC-ACAA-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77751 : ttt-ATTA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-T-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TA-T-TT-T-AC-A-AG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACAAC
gi|77752 : ttttatc-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----A--AA-A-TT--C-T-GTAGAAAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAC--T-CT-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTTGG--ACC
gi|77753 : ttttgttaTGC-ATCA-GTTTC-A-AG--G-T-CGA-G--C-AATG-GTCAA---ATT-TTCC----A--AA-A-AT--T-T-GTAG-AAA---------G--T-TT-GA-A---AAATTAAA--ACTC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG-----TTTCCTT-G--ACCAC
gi|77754 : ttttgTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-A--C-AGTA-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TT--C-T-GTAA-ACA--T------T--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCTTT-A--ATCA
gi|77755 : tttT-ATCA-AT--C-A-A-----------------ATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CT--C-C-ATA--AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T--C-ACAGCA--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77756 : ttttgtT-ATCA-AT--C-A-A-----------------ATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CT--C-C-ATA--AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T--C-ACAGCA--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77757 : ttttgt-ATTA-AT--C-A-AA--A-T-C-A-G--T-AATG-ATAAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-AG-ACAC-A--AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77758 : tcttgccT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATGTGTCAA----TT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA--TAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACA--A--AC-------TG---TTTTTTTTT-
gi|77759 : ttttgtT-ATCA--T--C-A-AG----T-C-A-GTTC-AATC-GTCAACCGATT-T--A----A--AA-AATT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-GTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-GA-ACCAC
gi|77760 : ttttgtT-ATCA--T--C-A-AGCCGCT-C-A-G--T-AATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TT--CTT-TTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--ACTC-T-TT-T-AC-AC-G-A--A--------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77761 : ttttgtCA-AT--C-A-AT--G-T-C-A-G--C-AATG-ATCAA---ATT-T--C----T--AA-A--T--C-T-GTAG-AAA--T------A--T-TT-GA-A---AT-CTAAA--G-TA-T-TT-T-AC-ACAA-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--AACA
gi|77762 : ttttgtaaaT-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AACG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AGA--TTAATAAA--T-T---A-A---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--GT-------TG---TTTT
gi|77763 : ttttgtTGTCATTA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AA-----------------------------A-CT--C-T-GATG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-AA-ACTG-A--AC-------TA----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77764 : ttt--G-T-C-A-T--T-AATG---CAA---GGTGT--C----AGCAA-A-CT--C-T-GATG-AAA--T------G--T-TTTGA-A---AA-TTAAA--G-TC-T-TC-T-AA-ACTG-A--AC-------TA----TTTTCCCT-G--ACCAC
gi|77765 : tttt-ATCA-GT--C-AGAG--G-TTC-A-GT-C-AAGG-GTCAA---ATT-T--C----A--AATATCT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-G--A---AA-TT-AA--C-TC-T-TTAT-ACAACAG-A--AT-------TGTTTTTTTTCTCT-G--ACCA
gi|77766 : ttagtcTGTCATCAAGT--C-ATAG--G-T-C-AAG--C-A-TG-GTCAAC--ATT-T--CCCAAG--AA-A-TT--C-T-GTAG-AA---T------G--T-TTTGA-A---AA-TTAAA--C-TCTT-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TGTT-TTTTTCCCT-T--ACCAC
gi|77767 : ttGC-ATCA-AT--C-A-AG--A-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---AAT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GGAGAAAA--T------AGTT-TT-GA-AGGGAA-TTAAC--G-TC---TT-T-AC-ACAG-AAGATATTTGTATG---TTTTTGCTT-G--ACCAC
gi|77768 : tttgT-ATCG-AT--C-A-AA----T-C-A-A--CTAATG-G-CAA---ATTAT--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-GAA--TG-----G--T-TT-GA-A---AA-TTAAACCG-TC---TT-T-AC-ACAT-A--AT-------TG---TTTCCTCGT-G--ACAAC
gi|77769 : tttgt-ATCA-GT--CCA-AG--G---C-A-G--C-AATG--TCAA---ATT-T--C----A--AA---CT--C-T-GCA--AAA--T------G--T-TG-AA-A---AA-T--AA--G-TC-T-TT-C-AC-ACAG-A--AT-------TA-----TTTCCCT-G--
gi|77770 : tttgttcTGTCATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCA
gi|77771 : tt-ATCA-GT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-AATG-GTCAA---TTT-TT-C----A--AA-A-GT--C-T-GTAA-AAA--T------G--T-TT-TA-G---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-TAAC-ACAA-A--A--------TG---TTTTTCCTT-G--
gi|77772 : ttttc-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--C-ACTG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-----A-A---AA-CTGAA--
gi|77773 : ttgtacTGT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCACact
gi|77774 : TGT-ATCA-AT--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-C-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------TG---TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77775 : -ATCA--T--C-A-AG--G-T-C-A-G--T-AATG-GTCAA---ATT-T--C----A--AA-A-TT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-AT-GA-A---AA-TTAAA--A-TC-T-TT-T-AC-ACAG----AT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77776 : CAA---ATA-T--CT---A--AC-A-TTTCC-T-G-AT-AAA--T------A--C-TC-TATA---AA-TTAAA--G-TC-T-TT-T-AC-ACAG-A--AT-------CGT--TTTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77777 : AA---ATT-T--C----A--AA-AATT--C-TAGTAG-AAA--T------G--TATT-GA--------TTAAA--C-TC-T-TT-T-AC-ACAGTA--AT-------TG---TTGTTTCTT-G--ACC
gi|77778 : ---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-GA-A---AA-TTAAA--G-CC-T-TT-T-AC-ACAG-A--TT-------TG----TTTTCCTT-G--ACCAC
gi|77779 : ---ATT-T--C----A--AA-A-CT--C-T-GTAG-AAA--T------G--T-TT-G--A---AA-TT-AA--G-CC-T-TT-T-A--ACAA-G--AT-------TT---GTTTTCCTT-G--AACAC