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lowQualScore                  :        6 6 2   88888 4 2222 99 88     11 3     11  333 333  6  88 55555555555555555555555555   2   5555  2 2 2 999  3 6666 77  9999999999999 4 99 4 44444    444 2222222222 4  444 1  4 4 99 99  8  111111111111 4   999999999999 222 4 8  33 4 888 333  4  33 8 4 000 8 4  222 8  555   11 5 5 5 88888  1      
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Reference ( gi|88078 )        :     TTT-T-T-TTT-G---A-A----T--T--CCCAA--C-GAACT--AT---T---TG-TA--G----T-------ACC-T---------TAA-TGT----TA-A-C-G---TT-G---TG--TA------------GG-T--A-A-----TTCG---G-C--------C-TC---A-GG-T-A--A--AC-AA------------AGGAGA-T-A-----A-T---T-T-GA--A-A---T---CC-TT--A-T-T---C-A-TT---A-GG---CTT--A-G-T-C-----TG-GATAAA
gi|88079                      :     TTT-T-T-TTT-T---A-A----T--T--CC-AA--C-GAACT--AT---T---TG-TA--G----T-------GGC-G---------TAA-TGT-----G-A-C-G---TT-G---CG--TA------------GG-T--A-A-----TTCG---G-C--------C-TC---A-GG-T-A--A--AC-AA------------AAGAGA-G-A-----A-T---T-T-GA--A-A---T---CC-TT--A-T-T---C-A-TT---A-GG---CTT--A-G-T-A-----TG-GATAAA
gi|88083                      :     TTT-T-T-TTT-A---A-A----T--T--CGCAA--C-AAA---------T---TG-TA--G----C-------GGC-G---------TAA-TGT----TA-A-C-G---TT-A---CG--TA------------TG-T--A-A-----TTCG---G-C--------C-TC---A-G--T-A--A--AC-AA------------AAGAGA-G-A-----A-T---T-T-GA--A-A---T---CC-TT--A-T-T---C-A-TT---A-GG---CTT--A-G-T-C-----TG-GATAAA
gi|88081                      :     TTT-T-TATTT-T---A-A----T--T--CCCAA--C-GAACT--AT---T----A-TA--G----C-------ACC-G---------CAA-TGT----TA-A-C-G---TT-G---CG--TA------------CG-T--A-A-----TTTG---G-A--------C-TC---A-GG-T-A--A--AC-AA------------AAGAGA---A-----T-T---T-T-GA--A-A---T---GC-TT--A---T---C-A-TT---A-GG---CCT--A-G-T-C-----TG-GATAAA
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gi|88086                      :     TTT-T-T-TTTAA---A-A----T--T--CCCAA--C-GAAC----T---T---TG-TA--GT---T-------GCC-G---------TAA-TGT----TC-A-C-G---TT-GGC-GG--TA------------GGAT--A-A-----ATCG---G-T--------C-TC---A-GG-T-A--A--AC-AA------------A-AAGA---A-----A-T---TAT-GA--A-G---T---CC-TTA-A-T-T---C-A-TTAGAA-GG---CTT--A-G-T-C-----TG-GATAAA
gi|88088                      :     TTA-T-T-TTT-GCAAA-A----T--T--CCCAA--C-AAACT--AT---T---TG-CA--G----C-------GCC-G---------TAA-TGT----TA-A-C-----TG-G---CA--TA------------AG-T--A-A-----TTCG---G-C--------C-TT---G-GG-T-A--A--TT-AA------------AAGAGA-G-A-----A-T---T-TTGA--A-A---T---CC-TT--A-T-T---C-A-TT---A-GG---C
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gi|88098                      :     TTT-T-T-ATT-C---ATA----T--TTCCCCAA--G-GAACT--AT---T---TG-TA--G----C-------GGC-G---------TAA-TGT----TG-A-C-G---TT-
gi|88085                      :      TT-T-T-TTT-T---A-A----T--T--TCCAA--C-GAATT--AT---T---TG-TA--G----C-------GCC-A---------TAA-TTT----TA-A-C-G---TT-G---CG--AA------------CC-T--A-A-----TCCG---G-G--------C-TC---A-AG-T-T--A--AC-AA------------AAAAG----A-----A-T---T-TCGA--A-A---T---GC-TT--A-T-T---C-A-TT---A-GA---CCT--A-G-T-C-----TG-GATAA
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gi|88101                      :       T-T-T-TTT-A---A-AAAATT--T--CCAAA--C-AAACT--AT---T---TG-TA--G----C-------GCC-G---------TAA-TGT----TA-A-C-A---TA-T---CG--TA------------GG-T--A-A-----TTCG---G-A--------C-TC---A-GG-T-A--A--AC-AA------------AAGAGA---A-----G-T---T-T-GA--A-A---T---CC-TT--T-T-T---C-A-TT---A-GG---CTT--A-G-T-C-----TG-GATAAA
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gi|88104                      :        -T-T-TTT-A---A-A----A--T--CCTAA--C-GAACTCGAT---T---TG-TA--G----C-------AGC-G---------TAA-TGT----TA-A-C-A---TT-GC--TGC-TAAC----------GG-TCAA-A-----GTCG---G-G--------C-TC---A-GG---A--A--AC-AA------------AAGAG----A-----A-G---T-T-GA--A-A---T---C-------------------------GG---CTTTAA-GTT-C-----TG-AATAAA
gi|88106                      :               T-A---A-A----T--T--CCCAA--C-AAACT--AT---T---TG-TA--G----C-------GCC-A---------TCA-TGT----TA-A-T-G---T
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gi|88108                      :              ttaa---A-A----T--T--AGCAA--C-GAACT--AT---T---TG-TA--G----T-------GCC-G---------TAA-TGT----TA-A-
gi|88109                      :                                  aCCAA--C-GAACT--AT---T---TG-TA--G----T-------GCC-G---------TAA-TGT----TA-C-A-G---TT-G---CG--TA------------GG-T--A-A-----TTCG---A-C--------C-TC---A-GG-T-A--A--AC-AT------------AAGGGA-G-A-----A-T---T-T-GA--A-A---T---CA-TT--A-T-C---C-A-TT---A-GG---CTT--A-G-T-C-----TG-GATAAA
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blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  C        .  .    .        .  . .    . . . . .  G     . .  . .        . A      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AT          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  C        .  .    .        .  . .    . . . . .  G     . .  . .        . G      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AG          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  C        .  .    .        .  . .    . . . . .  A     . .  . .        . T      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AT          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   T          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  G        .  .    .        .  . .    . . . . .  T     . .  . .        . C      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AA          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  G        .  .    .        .  . .    . . . . .  T     . .  . .        . C      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AT          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  C        .  .    .        .  . .    . . . . .  T     . .  . .        . C      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AT          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  G        .  .    .        .  . .    . . . . .  G     . .  . .        . C      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AT          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  C        .  .    .        .  . .    . . . . .  G     . .  . .        . G      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AT          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  C        .  .    .        .  . .    . . . . .  G     . .  . .        . C      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AT          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   T          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  T        .  .    .        .  . .    . . . . .  T     . .  . .        . A      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AC          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  C        .  .    .        .  . .    . . . . .  T     . .  . .        . A      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AA          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  G        .  .    .        .  . .    . . . . .  G     . .  . .        . G      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AA          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  G        .  .    .        .  . .    . . . . .  G     . .  . .        . C      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AG          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  C        .  .    .        .  . .    . . . . .  T     . .  . .        . G      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AA          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  T        .  .    .        .  . .    . . . . .  G     . .  . .        . G      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AG          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  G        .  .    .        .  . .    . . . . .  C     . .  . .        . C      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AT          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  G        .  .    .        .  . .    . . . . .  G     . .  . .        . G      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AG          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :    .  .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  G        .  .    .        .  . .    . . . . .  G     . .  . .        . C      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AG          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .     .  . . . .      .
blockSeqs                     :       .   A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  C        .  .    .        .  . .    . . . . .  C     . .  . .        . .      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   AG          . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .                      
blockSeqs                     :           A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  G        .  .    .        .  . .    . . . . .  G     . .  . .        . .      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   G           . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .  .                      
blockSeqs                     :           A          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  C        .  .    .        .  . .    . . . . .  G     . .  . .        . .      .   .          . . .  .                 .  .            .    .   .           . .   .  . .   .     .  . . . .   . .  .   .                         
blockSeqs                     :           .          .    .  .             .  .     .   .   .             .   .  C        .  .    .        .  . .    .                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                            .  .     .   .   .             .   .  C        .  .    .        .  . .    .                                                                                                                                                                                           
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