lowQualScore : 11 1111111111111111111
lowQualScore : 2 2 2 6666 5 22 1 4444 1 3 33333 1 1 2 2 11 1 77 1 0000000000000000000 00 66666 11 1 2222 1 8 33 11 2 1 1 1 5
lowQualScore : . . . .... . .. . .... . . ..... . . . . .. . .. . ................... .. ..... .. . .... . . .. .. . . . . .
lowQualScore : 7 5 2 9999 7 66 9 0000 7 5 77777 4 4 8 8 99 3 11 4 0000000000000000000 44 11111 77 2 8888 2 8 00 88 6 3 3 3 4
consensus : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-AA--CGC-CAAA--G-ATTC---A-----------AAA-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACTGTA
Reference ( gi|48310 ) : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-AA--TGC-CAAA--G-ATTC---A-----------AGA-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACTATA
gi|48311 : TTTTTT-CTT-TCAAA-T----GGCGAAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GCTA-T-AA--CGC-CAAA--G-ATTC---A-----------AAA-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACTGTA
gi|48312 : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AC-CGC-----CA-AATTC-ATTA-T-AA--TGC-GAAA--G-ATTC---A-----------AAC-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GGCTGTA
gi|48313 : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-AA--TGC-CAA--------------------------A-AAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACTGTA
gi|48314 : TTTTTT-CTT-TAAAAAT----GGCGGAAAT-T--C-A----------T-CGC-----CA-ATTCC-GTTA-T-A---CGC-CAAA--G-ATTC---A-----------AGA-GAACAAAAG-----GTGAGG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACTGTA
gi|48315 : TTTTTT-CTA-CAAAA-T----GG--GAAAT-T--C-AAT----T--ATGCGC-----CA-AAT-C-GTTAAT-AA--CGC-CAA---G-ATTC---A-----------A-A-GAACAAAAG-----G---GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACTGTA
gi|48316 : TTTTTC-CTT-TCAAA-T----GGCGGAAATGT--C-AAT----TC-AT--GA-----AACAATTC-GTTAAT-AAAACGCTCAAA--G-ATTC---A-----------AGAAGAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATCCGG-AG-AG-TTGGACTGTA
gi|48317 : TTTTTT-CTTTCAAAA-TGGGGGGCGGACATGT--C-AAT----TCGAT-AAC-----CA-AATTCGGTTA-TAAA--TGC-CAAA--GAATTC---ATTTTTTCCCCCAAA-G-ACAAAGGCT---GG--GG-C-G--G-TT-TTAATC--G-AG-AG-TT-G
gi|48318 : TTTTTTACTT-CAAAA-T----GGTGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----C
gi|48319 : TTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-AA--CGC-CAAA--G-ATTC---A-----------CAA-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AT-TT-AACTGTA
gi|48320 : TTTTT-CTA-CTCAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CAC-----CA-AATTC-GTTA-T-AA--TGC-CAAA--G-ATTC---A-----------GAA-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACTGTA
gi|48321 : TTTTT-CTC-TAAAA-T----GGCGGAGAT-T--C-AATTAAATC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTCA-T-AA--TAC-CA
gi|48322 : TTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-TAAA--TGC-CAAA--G-ATTC---A-----------AAT-GAACGAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AGAAG-TT-GACT
gi|48323 : TTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-C-C-----CA-AATTC-GTTA-T-AA--TGC-CAAA--G-ATTC---A-----------AAA-GAACAAAAGGTGGCGT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--GAAG-AG-TT-GACTg
gi|48324 : TTTT-C---CAAGA-T----GACAGAAAT-T--C-AAT----TC-CT-CCC-----CA-AATTC-ATTG-T-AT--TAC-TTTA--A-ATTC---A-----------GAA-AAAC--TAG-----AT---G-C-G--G-TT-T--ATC--A-AG-AG-TT-GACTGTAg
gi|48325 : TTT-CTT-CAAAA-T----AGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-AA--TGC-CAAA--G-ATTC---A-----------AAA-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AA-TT-GACTGTA
gi|48326 : TT-CATAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----AA-AATTC-ATTA-T-AA--TGC-CAAA--G-ATTC---A-----------GAA-GAACAAAAG-----GT--GG-T-G--G-TT-T--ATC--G-AG-A
gi|48327 : AAAA-TA---GGC---ATT-T--C-ATT----AC-AA-TGG-----CA-GATTC-GTTA-T-AA--CGG-CAAAATG-AT------------------GG-GAAACGAAC-----GT--GG-C-T--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACTGTA
gi|48328 : -T----GCCGGAAATGT--CGAAT----TC-AAACGC-----CA-AAT-C-GTTA-T-AA--CGC--ATA--G-ATTC---A-----------A-A-GAACA---G-----GT--GG-C-G--GTTT-T--ATC--GTAG-AG-TT-GACTA
gi|48329 : GGCAAA-T--C-ATT----AC-AA-CGG-----CA-GATTC-GTTA-T-AA--TGG-CAAAATG-ATCG---G-----------AAACGAACA----------T--GGCC-GTTG-TT-C--AAC--G-AG-AG-CT-GACTGTAgta
gi|48330 : AAAT-TGGC-ATT----TC-AT-TACAATGACA-GATTC-GTAA-T-AA--CGG-AAAAATG-ATTG---G-----------AAATGAACA----------T--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-TT-GACTGTA
gi|48331 : AT-T--C-AAT----TA-AT-TGA-----TA-AATAT-GTTA-T-AA--TGC-CACA--T-TTTC---A-----------AAA-TCACAAAAA-----GT--GG-T-G--G-TT-T--A
gi|48332 : C-AA-CGG-----CA-GATTC-GTTA-T-AA--CGG-CAAAATG-ATC-----------------GG-AAAC-GAAC-----GT--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACTGTAagaatcaaatgta
gi|48333 : C-AA-CGG-----CA-GATTC-GTTA-T-AA--CGG-CAAAACG-ATC----------------AGA--AACGAACGT----AT--AG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACTGTA
gi|48334 : -----CA-GATTC-GTTA-T-AA--TGG-CAAAATG-ATCC---G-----------AAACGAACA----------T--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACTGTA
gi|48337 : -----CA-AATTC-ATTA-T-AA--TGG-CAAAATG-ATCT---G-----------AAACGAAC----------GT--GG-CTG--A-TG-T--AAC--G-AG-AG-CT-GACTGTA
gi|48336 : -----CA-GATTC-GTTA-T-AA--CGG-CAAAATG-A--C---C-----------GGA--AAC-AAAC-----GT--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACTGTA
gi|48335 : -----CA-GATTC-GTTA-T-AA--CGG-CAAAATG-ATC----------------AGA--AAC-GAAT-----GT--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-GT-GACTGTA
gi|48338 : A-AATTC-GTTA-T-AA--CGC-CATA--G-ATTCACTA-----------ACA-GAACAAAAG-----GT--GG-C----G-TC-T--ATC--G-AG-AGTTT-GACTG
gi|48339 : A-ACTTC-GTTA-T-AA--CGC-CATA--G-ATTC---A-----------A-A-GAA-AAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-----TC-----A-AG-TT-GACTGTA
gi|48340 : ATTC--TTA-T-A---TGC-CAAA--G-ATTC---A-----------AAA-GAACAAAAG-----TT--GG-C----G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-G-CTGTA
gi|48341 : GT-CAAA--G-ATTC---A-----------A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-CCG--G-TT-TT-ATC--G-AG-AG-TT-GAC
gi|48342 : -----------AAA-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACTGTAagta
gi|48343 : -----------AAA-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-TT-TT-GACTGTA
gi|48344 : CAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GGCT
Alignments
lowQualScore : 11 111
lowQualScore : 2 2 2 6666 5 22 1 3333 1 3 33333 1 1 2 2 11 11 1 66 1 77777777777 1 000 11 55555 11 1 2 11 1 8 22 11 2 1 1 1 1
lowQualScore : . . . .... . .. . .... . . ..... . . . . .. .. . .. . ........... . ... .. ..... .. . . .. . . .. .. . . . . .
lowQualScore : 5 4 1 6666 5 55 8 9999 7 3 66666 4 3 7 7 88 88 3 55 3 77777777777 2 555 11 99999 77 2 4 77 2 5 99 77 4 2 2 2 3
consensus : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
Reference ( family-482 ) : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48310 : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-G-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-ATA
gi|48311 : TTTTTT-CTT-TCAAA-T----GGCGAAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GCTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48312 : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AC-CGC-----CA-AATTC-ATTA-T-A--A--TGC-GAAA--G-ATTCA-----------A-A-C-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GGCT-GTA
gi|48313 : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-C-----------------------A-A-A-AAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48314 : TTTTTT-CTT-TAAAAAT----GGCGGAAAT-T--C-A----------T-CGC-----CA-ATTCC-GTTA-T-A-----CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-G-A-GAACAAAAG-----GTGAGG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48315 : TTTTTT-CTA-CAAAA-T----GG--GAAAT-T--C-AAT----T--ATGCGC-----CA-AAT-C-GTTAAT-A--A--CGC-CAA---G-ATTCA-----------A-A---GAACAAAAG-----G---GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48316 : TTTTTC-CTT-TCAAA-T----GGCGGAAATGT--C-AAT----TC-AT--GA-----AACAATTC-GTTAAT-A--AAACGCTCAAA--G-ATTCA-----------AGA-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATCCGG-AG-AG-TTGGACT-GTA
gi|48317 : TTTTTT-CTTTCAAAA-TGGGGGGCGGACATGT--C-AAT----TCGAT-AAC-----CA-AATTCGGTTA-TAA--A--TGC-CAAA--GAATTCATTTTTTCCCCCA-A-A-G-ACAAAGGCT---GG--GG-C-G--G-TT-TTAATC--G-AG-AG-TT-G
gi|48318 : TTTTTTACTT-CAAAA-T----GGTGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----C
gi|48319 : TTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------C-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AT-TT-AACT-GTA
gi|48320 : TTTTT-CTA-CTCAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CAC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------G-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48321 : TTTTT-CTC-TAAAA-T----GGCGGAGAT-T--C-AATTAAATC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTCA-T-A--A--TAC-CA
gi|48322 : TTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-TAA--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-T-GAACGAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AGAAG-TT-GACT-
gi|48323 : TTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-C-C-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAGGTGGCGT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--GAAG-AG-TT-GACT-
gi|48324 : TTTT-C---CAAGA-T----GACAGAAAT-T--C-AAT----TC-CT-CCC-----CA-AATTC-ATTG-T-ATTA--CTT-TAA-----ATTCA-----------G-A-A-AAAC--TAG-----AT---G-C-G--G-TT-T--ATC--A-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48325 : TTT-CTT-CAAAA-T----AGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AA-TT-GACT-GTA
gi|48326 : TT-CATAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----AA-AATTC-ATTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------G-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-T-G--G-TT-T--ATC--G-AG-A
gi|48327 : AAAA-TA---GGC---ATT-T--C-ATT----AC-AA-TGG-----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAATG-ATGGG-----------A-A-ACGAAC----------GT--GG-C-T--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48328 : -T----GCCGGAAATGT--CGAAT----TC-AAACGC-----CA-AAT-C-GTTA-T-A--A--CGC--ATA--G-ATTCA-----------A-A---GAACA---G-----GT--GG-C-G--GTTT-T--ATC--GTAG-AG-TT-GACTAGTA
gi|48329 : GGCAAA-T--C-ATT----AC-AA-CGG-----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--TGG-CAAAATG-ATCGG-----------A-A-ACGAACA----------T--GGCC-GTTG-TT-C--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48330 : AAAT-TGGC-ATT----TC-AT-TACAATGACA-GATTC-GTAA-T-A--A--CGG-AAAAATG-ATTGG-----------A-A-ATGAACA----------T--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48331 : AT-T--C-AAT----TA-AT-TGA-----TA-AATAT-GTTA-T-A--A--TGC-CACA--T-TTTCA-----------A-A-A-TCACAAAAA-----GT--GG-T-G--G-TT-T--A------AG-AA-TC-AAAT-GTA
gi|48332 : C-AA-CGG-----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAATG-ATCGG-----------A-A-ACGAAC----------GT--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48333 : C-AA-CGG-----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAACG-A-TCA-----------G-A----AACGAACGT----AT--AG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48334 : -----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--TGG-CAAAATG-ATCCG-----------A-A-ACGAACA----------T--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48335 : -----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAATG-A-TCA-----------G-A----AAC-GAAT-----GT--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-GT-GACT-GTA
gi|48336 : -----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAATG-A-CCG-----------G-A----AAC-AAAC-----GT--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48337 : -----CA-AATTC-ATTA-T-A--A--TGG-CAAAATG-ATCTG-----------A-A-ACGAAC----------GT--GG-CTG--A-TG-T--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48338 : A-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CATA--G-ATTCACT---------A-ACA-GAACAAAAG-----GT--GG-C----G-TC-T--ATC--G-AG-AGTTT-GACT-GT
gi|48339 : A-ACTTC-GTTA-T-A--A--CGC-CATA--G-ATTC------------A-A-A-GAA-AAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-----TC-----A-AG-TT-GACT-GTA
gi|48340 : ATTC--TTA-T-A-----TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----TT--GG-C----G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-G-CT-GTA
gi|48341 : GT-CAAA--G-ATTCA-----------A-A---GAACAAAAG-----GT--GG-CCG--G-TT-TT-ATC--G-AG-AG-TT-GACA-GTA
gi|48342 : -----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48343 : -----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-TT-TT-GACT-GTA
gi|48344 : CAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GGCT-GCA
Alignments
lowQualScore : 11 111
lowQualScore : 2 2 2 6666 5 22 1 3333 1 3 33333 1 1 2 2 11 11 1 66 1 77777777777 1 000 11 55555 11 1 2 11 1 8 22 11 2 1 1 1 1
lowQualScore : . . . .... . .. . .... . . ..... . . . . .. .. . .. . ........... . ... .. ..... .. . . .. . . .. .. . . . . .
lowQualScore : 5 4 1 6666 5 55 8 9999 7 3 66666 4 3 7 7 88 88 3 55 3 77777777777 2 555 11 99999 77 2 4 77 2 5 99 77 4 2 2 2 3
consensus : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
Reference ( family-482 ) : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48310 : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-G-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-ATA
gi|48311 : TTTTTT-CTT-TCAAA-T----GGCGAAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GCTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48312 : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AC-CGC-----CA-AATTC-ATTA-T-A--A--TGC-GAAA--G-ATTCA-----------A-A-C-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GGCT-GTA
gi|48313 : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-C-----------------------A-A-A-AAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48314 : TTTTTT-CTT-TAAAAAT----GGCGGAAAT-T--C-A----------T-CGC-----CA-ATTCC-GTTA-T-A-----CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-G-A-GAACAAAAG-----GTGAGG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48315 : TTTTTT-CTA-CAAAA-T----GG--GAAAT-T--C-AAT----T--ATGCGC-----CA-AAT-C-GTTAAT-A--A--CGC-CAA---G-ATTCA-----------A-A---GAACAAAAG-----G---GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48316 : TTTTTC-CTT-TCAAA-T----GGCGGAAATGT--C-AAT----TC-AT--GA-----AACAATTC-GTTAAT-A--AAACGCTCAAA--G-ATTCA-----------AGA-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATCCGG-AG-AG-TTGGACT-GTA
gi|48317 : TTTTTT-CTTTCAAAA-TGGGGGGCGGACATGT--C-AAT----TCGAT-AAC-----CA-AATTCGGTTA-TAA--A--TGC-CAAA--GAATTCATTTTTTCCCCCA-A-A-G-ACAAAGGCT---GG--GG-C-G--G-TT-TTAATC--G-AG-AG-TT-G
gi|48318 : TTTTTTACTT-CAAAA-T----GGTGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----C
gi|48319 : TTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------C-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AT-TT-AACT-GTA
gi|48320 : TTTTT-CTA-CTCAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CAC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------G-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48321 : TTTTT-CTC-TAAAA-T----GGCGGAGAT-T--C-AATTAAATC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTCA-T-A--A--TAC-CA
gi|48322 : TTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-TAA--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-T-GAACGAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AGAAG-TT-GACT-
gi|48323 : TTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-C-C-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAGGTGGCGT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--GAAG-AG-TT-GACT-
gi|48324 : TTTT-C---CAAGA-T----GACAGAAAT-T--C-AAT----TC-CT-CCC-----CA-AATTC-ATTG-T-ATTA--CTT-TAA-----ATTCA-----------G-A-A-AAAC--TAG-----AT---G-C-G--G-TT-T--ATC--A-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48325 : TTT-CTT-CAAAA-T----AGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AA-TT-GACT-GTA
gi|48326 : TT-CATAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----AA-AATTC-ATTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------G-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-T-G--G-TT-T--ATC--G-AG-A
gi|48327 : AAAA-TA---GGC---ATT-T--C-ATT----AC-AA-TGG-----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAATG-ATGGG-----------A-A-ACGAAC----------GT--GG-C-T--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48328 : -T----GCCGGAAATGT--CGAAT----TC-AAACGC-----CA-AAT-C-GTTA-T-A--A--CGC--ATA--G-ATTCA-----------A-A---GAACA---G-----GT--GG-C-G--GTTT-T--ATC--GTAG-AG-TT-GACTAGTA
gi|48329 : GGCAAA-T--C-ATT----AC-AA-CGG-----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--TGG-CAAAATG-ATCGG-----------A-A-ACGAACA----------T--GGCC-GTTG-TT-C--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48330 : AAAT-TGGC-ATT----TC-AT-TACAATGACA-GATTC-GTAA-T-A--A--CGG-AAAAATG-ATTGG-----------A-A-ATGAACA----------T--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48331 : AT-T--C-AAT----TA-AT-TGA-----TA-AATAT-GTTA-T-A--A--TGC-CACA--T-TTTCA-----------A-A-A-TCACAAAAA-----GT--GG-T-G--G-TT-T--A------AG-AA-TC-AAAT-GTA
gi|48332 : C-AA-CGG-----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAATG-ATCGG-----------A-A-ACGAAC----------GT--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48333 : C-AA-CGG-----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAACG-A-TCA-----------G-A----AACGAACGT----AT--AG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48334 : -----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--TGG-CAAAATG-ATCCG-----------A-A-ACGAACA----------T--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48335 : -----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAATG-A-TCA-----------G-A----AAC-GAAT-----GT--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-GT-GACT-GTA
gi|48336 : -----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAATG-A-CCG-----------G-A----AAC-AAAC-----GT--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48337 : -----CA-AATTC-ATTA-T-A--A--TGG-CAAAATG-ATCTG-----------A-A-ACGAAC----------GT--GG-CTG--A-TG-T--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48338 : A-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CATA--G-ATTCACT---------A-ACA-GAACAAAAG-----GT--GG-C----G-TC-T--ATC--G-AG-AGTTT-GACT-GT
gi|48339 : A-ACTTC-GTTA-T-A--A--CGC-CATA--G-ATTC------------A-A-A-GAA-AAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-----TC-----A-AG-TT-GACT-GTA
gi|48340 : ATTC--TTA-T-A-----TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----TT--GG-C----G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-G-CT-GTA
gi|48341 : GT-CAAA--G-ATTCA-----------A-A---GAACAAAAG-----GT--GG-CCG--G-TT-TT-ATC--G-AG-AG-TT-GACA-GTA
gi|48342 : -----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48343 : -----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-TT-TT-GACT-GTA
gi|48344 : CAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GGCT-GCA
blockSeqs : A T A GGGG G GG G TAAA G G AATGA C G A A TT AA T AT A TTTTTTCCCCC G AC AA GTGGC GA C T TT T G TA CG A A T G A
blockSeqs : . . . A G . . . . A . . . A A . . . AT . CT . AC AA CT . . C . . G T . T . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . AT . . . AT AA T . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . AC AA . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . AC AA . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . AC AA . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . CA AA . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . A AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . C AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A GA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A GA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
finalCons : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
Alignments
lowQualScore : 11 111
lowQualScore : 2 2 2 6666 5 22 1 3333 1 3 33333 1 1 2 2 11 11 1 66 1 77777777777 1 000 11 55555 11 1 2 11 1 8 22 11 2 1 1 1 1
lowQualScore : . . . .... . .. . .... . . ..... . . . . .. .. . .. . ........... . ... .. ..... .. . . .. . . .. .. . . . . .
lowQualScore : 5 4 1 6666 5 55 8 9999 7 3 66666 4 3 7 7 88 88 3 55 3 77777777777 2 555 11 99999 77 2 4 77 2 5 99 77 4 2 2 2 3
consensus : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
Reference ( family-482 ) : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48310 : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-G-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-ATA
gi|48311 : TTTTTT-CTT-TCAAA-T----GGCGAAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GCTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48312 : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AC-CGC-----CA-AATTC-ATTA-T-A--A--TGC-GAAA--G-ATTCA-----------A-A-C-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GGCT-GTA
gi|48313 : TTTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-C-----------------------A-A-A-AAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48314 : TTTTTT-CTT-TAAAAAT----GGCGGAAAT-T--C-A----------T-CGC-----CA-ATTCC-GTTA-T-A-----CGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-G-A-GAACAAAAG-----GTGAGG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48315 : TTTTTT-CTA-CAAAA-T----GG--GAAAT-T--C-AAT----T--ATGCGC-----CA-AAT-C-GTTAAT-A--A--CGC-CAA---G-ATTCA-----------A-A---GAACAAAAG-----G---GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48316 : TTTTTC-CTT-TCAAA-T----GGCGGAAATGT--C-AAT----TC-AT--GA-----AACAATTC-GTTAAT-A--AAACGCTCAAA--G-ATTCA-----------AGA-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATCCGG-AG-AG-TTGGACT-GTA
gi|48317 : TTTTTT-CTTTCAAAA-TGGGGGGCGGACATGT--C-AAT----TCGAT-AAC-----CA-AATTCGGTTA-TAA--A--TGC-CAAA--GAATTCATTTTTTCCCCCA-A-A-G-ACAAAGGCT---GG--GG-C-G--G-TT-TTAATC--G-AG-AG-TT-G
gi|48318 : TTTTTTACTT-CAAAA-T----GGTGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----C
gi|48319 : TTTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CAAA--G-ATTCA-----------C-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AT-TT-AACT-GTA
gi|48320 : TTTTT-CTA-CTCAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CAC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------G-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48321 : TTTTT-CTC-TAAAA-T----GGCGGAGAT-T--C-AATTAAATC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTCA-T-A--A--TAC-CA
gi|48322 : TTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-TAA--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-T-GAACGAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AGAAG-TT-GACT-
gi|48323 : TTTT-CTT-CAAAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-C-C-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAGGTGGCGT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--GAAG-AG-TT-GACT-
gi|48324 : TTTT-C---CAAGA-T----GACAGAAAT-T--C-AAT----TC-CT-CCC-----CA-AATTC-ATTG-T-ATTA--CTT-TAA-----ATTCA-----------G-A-A-AAAC--TAG-----AT---G-C-G--G-TT-T--ATC--A-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48325 : TTT-CTT-CAAAA-T----AGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----CA-AATTC-GTTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AA-TT-GACT-GTA
gi|48326 : TT-CATAA-T----GGCGGAAAT-T--C-AAT----TC-AT-CGC-----AA-AATTC-ATTA-T-A--A--TGC-CAAA--G-ATTCA-----------G-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-T-G--G-TT-T--ATC--G-AG-A
gi|48327 : AAAA-TA---GGC---ATT-T--C-ATT----AC-AA-TGG-----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAATG-ATGGG-----------A-A-ACGAAC----------GT--GG-C-T--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48328 : -T----GCCGGAAATGT--CGAAT----TC-AAACGC-----CA-AAT-C-GTTA-T-A--A--CGC--ATA--G-ATTCA-----------A-A---GAACA---G-----GT--GG-C-G--GTTT-T--ATC--GTAG-AG-TT-GACTAGTA
gi|48329 : GGCAAA-T--C-ATT----AC-AA-CGG-----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--TGG-CAAAATG-ATCGG-----------A-A-ACGAACA----------T--GGCC-GTTG-TT-C--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48330 : AAAT-TGGC-ATT----TC-AT-TACAATGACA-GATTC-GTAA-T-A--A--CGG-AAAAATG-ATTGG-----------A-A-ATGAACA----------T--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48331 : AT-T--C-AAT----TA-AT-TGA-----TA-AATAT-GTTA-T-A--A--TGC-CACA--T-TTTCA-----------A-A-A-TCACAAAAA-----GT--GG-T-G--G-TT-T--A------AG-AA-TC-AAAT-GTA
gi|48332 : C-AA-CGG-----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAATG-ATCGG-----------A-A-ACGAAC----------GT--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48333 : C-AA-CGG-----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAACG-A-TCA-----------G-A----AACGAACGT----AT--AG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48334 : -----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--TGG-CAAAATG-ATCCG-----------A-A-ACGAACA----------T--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48335 : -----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAATG-A-TCA-----------G-A----AAC-GAAT-----GT--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-GT-GACT-GTA
gi|48336 : -----CA-GATTC-GTTA-T-A--A--CGG-CAAAATG-A-CCG-----------G-A----AAC-AAAC-----GT--GG-C-C--G-TTGT--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48337 : -----CA-AATTC-ATTA-T-A--A--TGG-CAAAATG-ATCTG-----------A-A-ACGAAC----------GT--GG-CTG--A-TG-T--AAC--G-AG-AG-CT-GACT-GTA
gi|48338 : A-AATTC-GTTA-T-A--A--CGC-CATA--G-ATTCACT---------A-ACA-GAACAAAAG-----GT--GG-C----G-TC-T--ATC--G-AG-AGTTT-GACT-GT
gi|48339 : A-ACTTC-GTTA-T-A--A--CGC-CATA--G-ATTC------------A-A-A-GAA-AAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-----TC-----A-AG-TT-GACT-GTA
gi|48340 : ATTC--TTA-T-A-----TGC-CAAA--G-ATTCA-----------A-A-A-GAACAAAAG-----TT--GG-C----G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-G-CT-GTA
gi|48341 : GT-CAAA--G-ATTCA-----------A-A---GAACAAAAG-----GT--GG-CCG--G-TT-TT-ATC--G-AG-AG-TT-GACA-GTA
gi|48342 : -----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GACT-GTA
gi|48343 : -----------A-A-A-GAACAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-TT-TT-GACT-GTA
gi|48344 : CAAAAG-----GT--GG-C-G--G-TT-T--ATC--G-AG-AG-TT-GGCT-GCA