lowQualScore                  :                                                                                                                                 111                                                                                   111                     2222                           
lowQualScore                  :       444 3   8     1  22  4444444        444  1  1  1  444 1 333333  1    66666    66666 1 1  1   888888   555555  1   1 33  1 333 77777777 333  1    2    1 6666666666666  44444  22 1   99999999    1  1 2  2222 1 111  1   4444444 555  1 5555     22  222   22 1  1     
lowQualScore                  :       ... .   .     .  ..  .......        ...  .  .  .  ... . ......  .    .....    ..... . .  .   ......   ......  .   . ..  . ... ........ ...  .    .    . .............  .....  .. .   ........    .  . .  .... . ...  .   ....... ...  . ....     ..  ...   .. .  .     
lowQualScore                  :       888 3   3     4  00  5555555        555  3  3  3  888 3 888888  3    00000    55555 3 3  3   555555   222222  3   3 00  3 222 99999999 555  2    5    2 4444444444444  88888  88 2   00000000    3  3 7  9999 4 222  4   5555555 777  5 3333     22  888   22 7  7     
consensus                     : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGTT---AT-TC-GA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT-GCT------CTC------AA-TCA-A--TA-T-TNC-------AA---TG-TTTA-TTTT-G-C-----------GA-----AA-AT-TTT-----C--ACCA-GA-T-CT----T-AAT-TA-TTA-------T---AT-T--AGTTATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
Reference ( gi|79016 )        : GTCATT---G-CGTCTGAGG-CT--AT-------GGCGGGTT---AT-TC-GA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT-GCT------CTC------AA-TCA-A--TA-T-CGC-------AA---TG-TTTA-TTTT-G-T-----------GA-----AA-AT-TTT-----T--ACCA-GA-T-CT----T-AGT-TA-TTA-------T---AT-T--GCTTATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79017                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGTT---AT-TC-AA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-TCAT-GCT------CTC------AA-TCA-A--TA-T-TGC-------AA---TG-TTTA--TTT-G-T-----------GA-----AA-AT-TTT-----C--ACTC-GA-T-CT----T-AAT-CA-TTA-------T---AT-C--AGTTATA--TC---GGT--A-GA-TGTTA
gi|79018                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGTT---AT-TC-AA-AA---C-G------CT-CGTT-----CAAG-----A-T-AT-GCT------CTT------AA-TCA-A--CA-T-TCC-------CC---TG-TTTA-TTTT-G-C-----------AA-----AA-AT-TTT-----C--ACCA-GA-T-CT----T-AAT-CA-TTA-------T---AT-T--ATTTACA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79019                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGTT---AT-TC-GA-AA---C-G------CT-AATT-----CAAG-----A-C-AT-GCT------CTC------AA-TCA-A--TA-T-CGC-------AA---TG-TTTA-TTTT-G-T-----------GA-----AC-AT-TTT-----T--GCCA-GA-T-CC----C-AAT-TA-TTA-------TAC-AT-T--AGTTAAA--TC---GGT--A----TGTTA
gi|79020                      : GTCATT---G-CGTTTGAGA-CT--AT-------TGCAGGAA---AT-TC--A-AA---C-G------CT-TATT-----CACA-----A-T-AT-GCT------CTC------AA-TCA-A--TA-TACCC-------AA----G-TTTA-TTAT-G-C-----------GA-----AA-AT-TTT-----C--ACCA-GA-T-CT----T-AAA-TA-TTA-------T---AT-T--AGTTATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79021                      : GTCATT---GGCGTTTGAGA-CT--AT-------AGCGGGTT---AT-TCAAA-AA---C-G------CT--ATT-----CAAG-----ACT-AT-GCT-------TC------AA-TCA-A--TATT-TGC-------AA------TTTA-TTTT-G-T-----------GA-----AA-ATGGTT-----C--ACCA-GA-T-CT----T-AAT-TA-TTA-------T---AT-T--AGTTATA--TC---GGT--A-GA-TGTTA
gi|79022                      : GTCATT---G-CGTTT-AGG-CT--AT-------GGCGGGTT---AT-TC-GA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAGAT---A-T-AT-GCT------CTC------AA-TCA-A--TA-T-TGC-------AA---TG--------TT-G---------------------------TT-----C--ATCA-GA-T-CT----T-A---TA-TTA-----------AT-T--A--TATA--TC---GGT--A-GG-TATTA
gi|79024                      : GTCATTT--G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCG-------AT-TT-GA-AAA--C-G------CT-CATT-----CAAT-----A---AT-GC-------CTC------AG-TCACA--TA-T-TGCA------AA---CG-TTTA-TTTT-G-T-----------GA-----AA-AT-TTT-----C--ACCA-GA-T-CT----TCATT-TA-TTA-------T---AT-T--AGTTATA--AC---CA---A-GG-TGT
gi|79023                      : GTCTTT---G-CGTTAGAGG-CT--AT---------------------TC-GA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT-GCT------CTC------AA-TCA-A--TA-T-TCC-------CA---TG-ACTA-TTTT-A-C-----------GA-----AA-AT-CTT-----C--ACCA-GA-T-CT----T-AAT-TA-TTA-------T---AT-T--AGTTAT
gi|79025                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGTT---AT-TC-AA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T--T-A----------------------------A-T-TGC-------AA---TG-TTTA-TTTT-G-T-----------GA-----AA-TT-TTT-----C--ACTC-GA-T-
gi|79026                      : GTCATT---G-CGTTTAAGGGCT--AT-------GACGGG---------------------G------TT-CATT-----CAGATAATAA-T-AT-GCT------TTC------AA-ATA-A--TA-TATTC-------AA---TA-TT-A-TTTT-G-T-----------GA-----A---T-TTT-----C--ACCA-GA-T-CT----T-AAT-TATTTA-------T---AT-TTAGTATATA--TC---GGT--A-AGTTGTTA
gi|79027                      : GTCATT---GGCGT-TGAGC-CT--AT-------GCCGGGTT---ATCTC-GA-AC---C-C------CT-CA-------CAAA-----G-T-AT-GCT------CTC------AA-TCA-A---A-T-TGC-------AA---TG--TTA-TTTT-G-T-----------GA-----AA-----TT-----C--A-CA-GA-T-CTTCTAT-GCT-TA-TTA-------T---
gi|79028                      : GTCATT---G-CGT-TGAC--CT--A-----------GAGT----AT-TC-AA---------------CT--ATT-----CA-G-----A-T-A--GCT------CTC------AA-TCA-A--TA-T--GC-------AA---T--TTTA--TTT-G-T-----------G------CA-AT-TTC-----A--ACAA-GA-T-CT-------------TTA-------TA--AT-T--AGTTATA--TC----GT--A-GA-TGTTAtat
gi|79029                      : GTCATTAATG-CGTTTAAGG-CT--AT-------GACGGGTT---AT-TC-GA-AA---
gi|79030                      :  TCATA---A-CGTTTGAGT-CT--TT-------GGCG--------C-TC-TA-AG---C-G------TG-GGT--------AT-----G-C-AT-GCT------CTC------AA-TCA-A--TA-T-TAC-------CA---TG-CTTA-TTTT-C-C-----------TG-----AA-AT-TCT-----T--
gi|79031                      :   CATT---G-CGTTTAAGG-CT--AT-------GGCGGGTT---AT-TC-AA-AA---C-G------CT-CTTT-----CAAG-----A-T-AT-GCT------CTCA-----AA-TCA-A--TA-T-TGC-------AA---TG-TTTA-TTTT-A-T-----------GA-----AA-AA-TTT-----C--ACAC-GA-T-CG----T-AAT-GA-TTA-------T---AA-T--AGTTATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79032                      :    ATT---A-CGTTTGAGG-AT--AT-------GGCGGTTT---AT-TC-GA-AA---C-G------CT-CATT-----TTAG-----A-T-AT-GTT------CTC------AA-TCA-A--TC-T-T-C--------A---TG-TTTA-TTTT-G-C-----------GA-----AA-TT-TTT-----C--ATCA-GA-T-CT----T-AAA-TA-TTA-------T---AT-T----------------GGT--A-GG-TGTTA
gi|79033                      :    ATT---G-C-TTTGAGG-CG--AT-------GGTGTTTT---AT-TC-GA-AA---C-G------CT-TATTC----CAAGA----A-T-ATGGCT------CTC------AA-TCA-A--TG-TCCCC-------CA---TG-TTTA-TGTT---T-----------GA-----GA-AT-TTT-----TTAATCA-GA-TGCT----T-AAT-TA-TTAACAATGTT---AT-T--AGTTATA--TT---GGT--AGGG-TGT
gi|79034                      :    ATT---A-CGTTTGAG--CT--GT-------GGCCGGTTTAAAT-TT-GA-AA---CCG------CT-CATT-----GAAG-----A---AT-GCTAGT---TCC------AA-TCA-AC-TA-T-TCCCCCCCTAAA---TG-TGTAATTTT-G-T-----------CG-----GA-AT-TTT-----TC-ATCA-GA-TTCT----T-GATGTA-TTA-------T---ATAT--AATTATA--TCATCGGT--A-GG-TGTTA
gi|79037                      :    ATT---A-GGTTTGAGG-CT--ATAAGTACTGGCGGGTTCATAT-TC-GA-AAG--C-A------CT-CAAT-----CAAG-----A-C-AT-GGT------CT-------AA-TAA-G--T--T-C-C-------AA---TG-TTTA-TTTC----------------A-----GA-AT-TCT-----TTCATCA-GA-T-CT----T-A---CA---A-------T---AT-T--G---A-A--TT---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79036                      :    ATT---G-TGTCTGCAC-TT--TT-------GGCGGTTT---AT-AC-GA-AA---C-G------CT-GAGT-----GTAG-----A-T-AT-GCT------CTC------AA-ACA-T--TA-T-TCT-------CA---CG-TTTA-TTTT-A-T-----------TG-----AA-TT-TTT-----C--ATC-----T-TT----T-AAG-GA-TTA-------T---AT-T--AGTGATA--CC---AAT--A-GG-TGTTA
gi|79035                      :    ATT---G-TGTTTGAGG-TT--AT-------GGCGGCTC---AT-T------G---T-G------C--------------------G-T-AC-GCT------CTC------AA-TCA-A--TA-T-TCC-------CT---TG-TTTA-TTTT-GCT-----------GATT---TT-CT-TTT-----C--ATCA-GA-T-CT----T-AAG-GA-TTA-------T---AT-T--AGTTTCA--TC---GAT--A-GG-TGTT
gi|79038                      :     TT---G-CGTTTGAAG-CT--AT-------GGTGGGTT---AT-TC-GA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT-GCT------CTC------AA-TCA-A--TA-T-CGC-------AA---TG-TTTA-TTTT-G-T-----------GATTTTT----T-TTT-----T--ACCA-GA-T-TT----T-AAT-TA-TTA-------T---AT-T--CGTTATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79039                      :      T---G-CGCTTGAGG-CC--AT-------GGCGGTTT---AT-TT-GA-AA---C-A------AT-CATTGTAGCCTAG-----G-T-AT-TCT------CTCAATCTGAA-TCA-A--TA-T-TTT-------CA---TG-TTTATTTTT-GCT-----------G-------A-AT-TTC-----T---TCA-GA-T-CT----C-AAG-GA-CCA-------T---AT-T--AGTTATA--TT---GGC--A-GG-TGTTA
gi|79040                      :           -CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGTT---AT-TC-GA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-GT-GCT------CTC------AA-TCA-A--TA-T-CGC-------AA---TG-TTTA-TTTT-G-T-----------GA-----AA-A-----AAAAAT--ACCA-AA-T-TT----T-AAT-TA-TTA-------T---AT-T--AGTTATA--TA---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79041                      :             GTTTGTGG-GT--AT-------GACGGTTG---AT-TC-GA-AA---C-G------TG-CACT-----GAAT-----A-T-AT-GAT------CTC------AA-TCA-A--TA-T-TCC-------CA---TG-TTTA-TTTT-G-C-----------GA-----AA-TG-TTT-----T--ATCA-CA-T-CT----T-AAT-TA-TTA-------T---AT-T--AGTTATA--TT---GGT--
gi|79042                      :             GTATGGGG-CT--AT-------GGCAGTTT---AT-TC-AA-AA---C-A------CT-CATT-----TAAA-----A-T-AT-GGT------CTC------AA-TCA-A--TA-T-TCC-------TA---TG-TTTA-TACT-G-C-----------GA-----AA-TT-TTT-----C--ATCA-TA-T-CT----T-AAG-TA-TTA-------T---A
gi|79043                      :                 GGGG-CTTGAT-------GGCGGGTT---AT-TC-GA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT-GCT------CTC------CA-TTA-A--
gi|79044                      :                     -CT--AT-------GGCGGGTT---AT-TC-GA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT-ACTAGTACTCTC------AA-TCA-A--TA-T-TCC-------CA---TG-TTTA-TTTT-G-C-----------GA-----AA-AT-TTT-----C--ACCA-GA-T-CT----T-AAT-TA-TTA-------T---AT-T--AGTTATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79045                      :                           T-------GACGGGTT---AT-TC-GATAA---C-GTATGAGCT-CATTT----CAAG-----A-A-AT-GCTGCT---CTC------AAATCA-AGTTA-T-TGC-------AACAATG-TTTA-TTTT-G-TTCCGATAATGAAA-----AA-AT-TTT-----C--ATCA-G
gi|79046                      :                                    GCGGCTA---AT-TC-GA-AGATGC-G------CTGCATT-----CAAG-------T-A--GCT------C--------AA-T-A-A--TA-T-CGC-------GAG--TGATTTA-TTTTTG-T-----------GA-----AA-AT-TTA-----T--TTCACGATT-TT----T-AAT-TA-TTA-------TATCAT-T--AGTTATGACTT---GGTTAA-GG-TGTTcgatttccatacaattaagattttaattat
gi|79047                      :                                         TT---AT-TC-GA-AA---C-A------CT-CATT-----ATAG-----A-T-AT-GTT------CTC------AA-TCA-A--TA---------------------------TTT-G-C-----------GG-----ACTCT-TTT-----C--ATTC-GA-T-CT----T-A----A-TTA-------T---AT-C--GCT
gi|79048                      :                                                                                                                     -TTA-A--TA-A-TAC-------AA---TG-TTTA-TTTT-A-T-----------AA-----AACAT-TT-----------CA-GA-T-CT----T-AAT-CA-TTA-------T---AT-TA-G--TATA--TC---GGT--A-GG-TGTacgtgtta
gi|79049                      :                                                                                                                           --TA-T-TCC-------CA---TG-ACTA-TTTT-A-C-----------GA-----AA-AT-GTT-----C--ACCA-GA-T-CT----T-AAT-TA-TTA-------T---AT-T--AGTTATA--TC---GGT--A-GA-TGTTA
gi|79050                      :                                                                                                                                                  G-TTTA-TTTT-G-T-----------GA-----AA-AT-TTT-----C--ACCA-GA-T-CT----T-GAT-TA-TTA-------T---AT---------TA--TC---GGT--A-AG-TG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     111111111                                                                                            
lowQualScore                  :       444 3         1  11  4444444       2222222  1    1  555 1 333333  1    55555    44444 1 1  33   888888     2  333333 1 22   3 22 66666666 333  1    1 1  1 2 44444 44444444   222222222 11 1 222      11   2  55555 1 33333 222  1   4444444 555 1 1    1    22  222   22 1  1     
lowQualScore                  :       ... .         .  ..  .......       .......  .    .  ... . ......  .    .....    ..... . .  ..   ......     .  ...... . ..   . .. ........ ...  .    . .  . . ..... ........   ......... .. . ...      ..   .  ..... . ..... ...  .   ....... ... . .    .    ..  ...   .. .  .     
lowQualScore                  :       666 2         4  99  3333333       8888888  2    2  999 3 777777  3    88888    55555 3 3  11   222222     5  666666 2 99   8 77 66666666 444  2    2 2  2 4 11111 44444444   222222222 77 2 111      77   5  00000 3 22222 333  3   2222222 333 3 4    4    00  666   00 5  5     
consensus                     : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TN-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
Reference ( family-480 )      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TN-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79016                      : GTCATT---G-CGTCTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-CG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--T-T---TTACCA--GAT-CT-----T-A-----G-T-TA-TTA-------T---A-T-TGCT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79017                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCAA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-TCAT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TG-C-------AA---TG-TTTA---TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACTC--GAT-CT-----T-A-----A-T-CA-TTA-------T---A-T-CAGT-TATA--TC---GGT--A-GA-TGTTA
gi|79018                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCAA-AA---C-G------CT-CGTT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTTAA-TC------A-A--CAT-TC-C-------CC---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-A--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-CA-TTA-------T---A-T-TATT-TACA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79019                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-AATT-----CAAG-----A-C-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-CG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAC---A-----T--T-T---TTGCCA--GAT-CC-----C-A-----A-T-TA-TTA-------TAC-A-T-TAGT-TAAA--TC---GGT--A----TGTTA
gi|79020                      : GTCATT---G-CGTTTGAGA-CT--AT-------TGCAGGA---A---AT-TC-A-AA---C-G------CT-TATT-----CACA-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TATACC-C-------AA----G-TTTA-T-TA-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-A-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79021                      : GTCATT---GGCGTTTGAGA-CT--AT-------AGCGGGT---T---AT-TCAA-AAA--C-G------CT--ATT-----CAAG-----ACT-AT--GCT-------TCAA-TC------A-A--TAT-TTGC-------AA---T---TTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--GGT---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GA-TGTTA
gi|79022                      : GTCATT---G-CGTTT-AGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-ATATGCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TG-C-------AA---TG-TT----------------G-------------------------T---TCATCA--GAT-CT-----T-A---------TA-TTA-----------A-T-TA---TATA--TC---GGT--A-GG-TATTA
gi|79023                      : GTCTTT---G-CGTTAGAGG-CT--AT------------------------TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------CA---TG-ACTA-T-TT-T-A---C-G--------AAA---A-----T--C-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TAT
gi|79024                      : GTCATTT--G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCG----------AT-TTGA-AAA--C-G------CT-CATT-----CAAT-----A---AT--GC-------CTCAG-TC------ACA--TAT-TG-CA------AA---CG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-C-----ATT-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--AC---CA---A-GG-TGT
gi|79025                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCAA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T--T--A----------------------------AT-TG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---T-----T--T-T---TCACTC--GAT-
gi|79026                      : GTCATT---G-CGTTTAAGGGCT--AT-------GACGGG-----------------------G------TT-CATT-----CAGATAATAA-T-AT--GCT------TTCAA-AT------A-A--TATATT-C-------AA---TA-TT-A-T-TT-T-G---T-G--------AA----------T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TATTTA-------T---ATT-TAGTATATA--TC---GGT--A-AGTTGTTA
gi|79027                      : GTCATT---GGCGTT-GAGC-CT--AT-------GCCGGGT---T---ATCTCGA-AC---C-C------CT-CA-------CAAA-----G-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A---AT-TG-C-------AA---TG--TTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA--------------T---TCA-CA--GAT-CTTC---T-ATGCTTA-T-TA-TTA-------T---
gi|79028                      : GTCATT---G-CGTT-GAC--CT--A-----------GAGT-------AT-TCAA---------------CT--ATT-----CA-G-----A-T-A---GCT------CTCAA-TC------A-A--TA--TG-C-------AA---T--TTTA-T-TTGT-G---C------------A---A-----T--T-T---CAACAA--GAT-CT--------------------TTA-------TA--A-T-TAGT-TATA--TC----GT--A-GA-TGTTA
gi|79029                      : GTCATTAATG-CGTTTAAGG-CT--AT-------GACGGGT---T---AT-TCGA-AA---
gi|79030                      :  TCATA---A-CGTTTGAGT-CT--TT-------GGCG-----------C-TCTA-AG---C-G------TG-GGT--------AT-----G-C-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TA-C-------CA---TG-CTTA-T-TT-T-C---C-T--------GAA---A-----T--T-C---T
gi|79031                      :   CATT---G-CGTTTAAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCAA-AA---C-G------CT-CTTT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAAATC------A-A--TAT-TG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-A---T-G--------AAA---A-----A--T-T---TCACAC--GAT-CG-----T-A-----A-T-GA-TTA-------T---A-A-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTAt
gi|79032                      :    ATT---A-CGTTTGAGG-AT--AT-------GGCGGTT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----TTAG-----A-T-AT--GTT------CTCAA-TC------A-A--TCT-TC----------A---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---T-----T--T-T---TCATCA--GAT-CT-----T-A-----A-A-TA-TTA-------T---A-T-T---------------GGT--A-GG-TGTTA
gi|79033                      :    ATT---G-C-TTTGAGG-CG--AT-------GGTGTTT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-TATTC----CAAGA----A-T-ATG-GCT------CTCAA-TC------A-A--TGTCCC-C-------CA---TG-TTTA-TGTT-T-G---A-G--------AAT---T-----T--T-T---TAATCA--GATGCT-----T-A-----A-T-TA-TTAACAATGTT---A-T-TAGT-TATA--TT---GGT--AGGG-TGT
gi|79034                      :    ATT---A-CGTTTGAG--CT--GT-------GGCCGGT---TTAAAT-TTGA-AA---CCG------CT-CATT-----GAAG-----A---AT--GCTAGT---TCCAA-TC------A-AC-TAT-TC-CCCCCCTAAA---TG-TGTAAT-TT-T-GT--C-G--------GAA---T-----T--T-T---TCATCA--GATTCT-----T-G-----A-TGTA-TTA-------T---A-TATAAT-TATA--TCATCGGT--A-GG-TGTTA
gi|79035                      :    ATT---G-TGTTTGAGG-TT--AT-------GGCGGCT---C---AT-T-----G---T-G------C--------------------G-T-AC--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------CT---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-T--------GATTTTC-----T--T-T---TCATCA--GAT-CT-----T-A-----A-G-GA-TTA-------T---A-T-TAGT-TTCA--TC---GAT--A-GG-TGTT
gi|79036                      :    ATT---G-TGTCTGCAC-TT--TT-------GGCGGTT---T---AT-ACGA-AA---C-G------CT-GAGT-----GTAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-AC------A-T--TAT-TC-T-------CA---CG-TTTA-T-TT-T-A---T-T--------GAA---T-----T--T-T---TCATC-----T-TT-----T-A-----A-G-GA-TTA-------T---A-T-TAGT-GATA--CC---AAT--A-GG-TGTTA
gi|79037                      :    ATT---A-GGTTTGAGG-CT--ATAAGTACTGGCGGGTTCAT---AT-TCGA-AAG--C-A------CT-CAAT-----CAAG-----A-C-AT--GGT------CT-AA-T-------A-A---GT-TC-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-C----------------AGA---A-----TTCT-T---TCATCA--GAT-CT-----T-A---------CA---A-------T---A-T-TGA-----A--TT---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79038                      :     TT---G-CGTTTGAAG-CT--AT-------GGTGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-CG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------------ATTTTTT--T-T---TTACCA--GAT-TT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TCGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79039                      :      T---G-CGCTTGAGG-CC--AT-------GGCGGTT---T---AT-TTGA-AA---C-A------AT-CATTGTAGCCTAG-----G-T-AT--TCT------CTCAA-TCTGAATCA-A--TAT-TT-T-------CA---TG-TTTA-T-TT-TTG---CTG--------AA-------------T-T---TCTTCA--GAT-CT-----C-A-----A-G-GA-CCA-------T---A-T-TAGT-TATA--TT---GGC--A-GG-TGTTA
gi|79040                      :           -CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-GT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-CG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---AAAAAAT----------ACCA--AAT-TT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TA---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79041                      :             GTTTGTGG-GT--AT-------GACGGTT---G---AT-TCGA-AA---C-G------TG-CACT-----GAAT-----A-T-AT--GAT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------CA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---T-----G--T-T---TTATCA--CAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TT---GGT--
gi|79042                      :             GTATGGGG-CT--AT-------GGCAGTT---T---AT-TCAA-AA---C-A------CT-CATT-----TAAA-----A-T-AT--GGT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------TA---TG-TTTA-T-AC-T-G---C-G--------AAA---T-----T--T-T---TCATCA--TAT-CT-----T-A-----A-G-TA-TTA-------T---A-
gi|79043                      :                 GGGG-CTTGAT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCCA-TT------A-A--
gi|79044                      :                     -CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--ACTAGTACTCTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------CA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79045                      :                           T-------GACGGGT---T---AT-TCGATAA---C-GTATGAGCT-CATTT----CAAG-----A-A-AT--GCTGCT---CTCAAATC------A-AGTTAT-TG-C-------AACAATG-TTTA-T-TT-T-GTTCC-GATAATGAAAAA---A-----T--T-T---TCATCAGCGAT-TTCCATAC-A-----A-T-TA-AGA-------T---T-T-TAAT-TAT
gi|79046                      :                                    GCGGCT---A---AT-TCGA-AGATGC-G------CTGCATT-----CAAG-------T-A---GCT------C--AA-T-------A-A--TAT-CG-C-------GAG--TGATTTA-T-TT-TTG---T-G--------AAA---A-----T--T-TATTTCAC----GAT-TT-----TTA-----A-T-TA-TTA-------TATCA-T-TAGT-TATGACTT---GGTTAA-GG-TGTT
gi|79047                      :                                         T---T---AT-TCGA-AA---C-A------CT-CATT-----ATAG-----A-T-AT--GTT------CTCAA-TC------A-A--TA----------------------------TT-T-G---C-G--------GACT--C-----T--T-T---TCATTC--GAT-CT-----T-A-----A---------------------------T-TATA--TC---GCT--A-CG-TGTTA
gi|79048                      :                                                                                                                  -TT------A-A--TAA-TA-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-A---T-A--------AAAC--A-----T--T-T-------CA--GAT-CT-----T-A-----A-T-CA-TTA-------T---A-T-TAG--TATA--TC---GGT--A-GG-TGT
gi|79049                      :                                                                                                                              --TAT-TC-C-------CA---TG-ACTA-T-TT-T-A---C-G--------AAA---A-----T--G-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GA-TGTTA
gi|79050                      :                                                                                                                                                     G-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-G-----A-T-TA-TTA-------T---A-T--------TA--TC---GGT--A-AG-TG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     111111111                                                                                            
lowQualScore                  :       444 3         1  11  4444444       2222222  1    1  555 1 333333  1    55555    44444 1 1  33   888888     2  333333 1 22   3 22 66666666 333  1    1 1  1 2 44444 44444444   222222222 11 1 222      11   2  55555 1 33333 222  1   4444444 555 1 1    1    22  222   22 1  1     
lowQualScore                  :       ... .         .  ..  .......       .......  .    .  ... . ......  .    .....    ..... . .  ..   ......     .  ...... . ..   . .. ........ ...  .    . .  . . ..... ........   ......... .. . ...      ..   .  ..... . ..... ...  .   ....... ... . .    .    ..  ...   .. .  .     
lowQualScore                  :       666 2         4  99  3333333       8888888  2    2  999 3 777777  3    88888    55555 3 3  11   222222     5  666666 2 99   8 77 66666666 444  2    2 2  2 4 11111 44444444   222222222 77 2 111      77   5  00000 3 22222 333  3   2222222 333 3 4    4    00  666   00 5  5     
consensus                     : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TN-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
Reference ( family-480 )      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TN-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79016                      : GTCATT---G-CGTCTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-CG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--T-T---TTACCA--GAT-CT-----T-A-----G-T-TA-TTA-------T---A-T-TGCT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79017                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCAA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-TCAT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TG-C-------AA---TG-TTTA---TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACTC--GAT-CT-----T-A-----A-T-CA-TTA-------T---A-T-CAGT-TATA--TC---GGT--A-GA-TGTTA
gi|79018                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCAA-AA---C-G------CT-CGTT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTTAA-TC------A-A--CAT-TC-C-------CC---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-A--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-CA-TTA-------T---A-T-TATT-TACA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79019                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-AATT-----CAAG-----A-C-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-CG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAC---A-----T--T-T---TTGCCA--GAT-CC-----C-A-----A-T-TA-TTA-------TAC-A-T-TAGT-TAAA--TC---GGT--A----TGTTA
gi|79020                      : GTCATT---G-CGTTTGAGA-CT--AT-------TGCAGGA---A---AT-TC-A-AA---C-G------CT-TATT-----CACA-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TATACC-C-------AA----G-TTTA-T-TA-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-A-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79021                      : GTCATT---GGCGTTTGAGA-CT--AT-------AGCGGGT---T---AT-TCAA-AAA--C-G------CT--ATT-----CAAG-----ACT-AT--GCT-------TCAA-TC------A-A--TAT-TTGC-------AA---T---TTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--GGT---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GA-TGTTA
gi|79022                      : GTCATT---G-CGTTT-AGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-ATATGCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TG-C-------AA---TG-TT----------------G-------------------------T---TCATCA--GAT-CT-----T-A---------TA-TTA-----------A-T-TA---TATA--TC---GGT--A-GG-TATTA
gi|79023                      : GTCTTT---G-CGTTAGAGG-CT--AT------------------------TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------CA---TG-ACTA-T-TT-T-A---C-G--------AAA---A-----T--C-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TAT
gi|79024                      : GTCATTT--G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCG----------AT-TTGA-AAA--C-G------CT-CATT-----CAAT-----A---AT--GC-------CTCAG-TC------ACA--TAT-TG-CA------AA---CG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-C-----ATT-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--AC---CA---A-GG-TGT
gi|79025                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCAA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T--T--A----------------------------AT-TG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---T-----T--T-T---TCACTC--GAT-
gi|79026                      : GTCATT---G-CGTTTAAGGGCT--AT-------GACGGG-----------------------G------TT-CATT-----CAGATAATAA-T-AT--GCT------TTCAA-AT------A-A--TATATT-C-------AA---TA-TT-A-T-TT-T-G---T-G--------AA----------T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TATTTA-------T---ATT-TAGTATATA--TC---GGT--A-AGTTGTTA
gi|79027                      : GTCATT---GGCGTT-GAGC-CT--AT-------GCCGGGT---T---ATCTCGA-AC---C-C------CT-CA-------CAAA-----G-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A---AT-TG-C-------AA---TG--TTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA--------------T---TCA-CA--GAT-CTTC---T-ATGCTTA-T-TA-TTA-------T---
gi|79028                      : GTCATT---G-CGTT-GAC--CT--A-----------GAGT-------AT-TCAA---------------CT--ATT-----CA-G-----A-T-A---GCT------CTCAA-TC------A-A--TA--TG-C-------AA---T--TTTA-T-TTGT-G---C------------A---A-----T--T-T---CAACAA--GAT-CT--------------------TTA-------TA--A-T-TAGT-TATA--TC----GT--A-GA-TGTTA
gi|79029                      : GTCATTAATG-CGTTTAAGG-CT--AT-------GACGGGT---T---AT-TCGA-AA---
gi|79030                      :  TCATA---A-CGTTTGAGT-CT--TT-------GGCG-----------C-TCTA-AG---C-G------TG-GGT--------AT-----G-C-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TA-C-------CA---TG-CTTA-T-TT-T-C---C-T--------GAA---A-----T--T-C---T
gi|79031                      :   CATT---G-CGTTTAAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCAA-AA---C-G------CT-CTTT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAAATC------A-A--TAT-TG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-A---T-G--------AAA---A-----A--T-T---TCACAC--GAT-CG-----T-A-----A-T-GA-TTA-------T---A-A-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTAt
gi|79032                      :    ATT---A-CGTTTGAGG-AT--AT-------GGCGGTT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----TTAG-----A-T-AT--GTT------CTCAA-TC------A-A--TCT-TC----------A---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---T-----T--T-T---TCATCA--GAT-CT-----T-A-----A-A-TA-TTA-------T---A-T-T---------------GGT--A-GG-TGTTA
gi|79033                      :    ATT---G-C-TTTGAGG-CG--AT-------GGTGTTT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-TATTC----CAAGA----A-T-ATG-GCT------CTCAA-TC------A-A--TGTCCC-C-------CA---TG-TTTA-TGTT-T-G---A-G--------AAT---T-----T--T-T---TAATCA--GATGCT-----T-A-----A-T-TA-TTAACAATGTT---A-T-TAGT-TATA--TT---GGT--AGGG-TGT
gi|79034                      :    ATT---A-CGTTTGAG--CT--GT-------GGCCGGT---TTAAAT-TTGA-AA---CCG------CT-CATT-----GAAG-----A---AT--GCTAGT---TCCAA-TC------A-AC-TAT-TC-CCCCCCTAAA---TG-TGTAAT-TT-T-GT--C-G--------GAA---T-----T--T-T---TCATCA--GATTCT-----T-G-----A-TGTA-TTA-------T---A-TATAAT-TATA--TCATCGGT--A-GG-TGTTA
gi|79035                      :    ATT---G-TGTTTGAGG-TT--AT-------GGCGGCT---C---AT-T-----G---T-G------C--------------------G-T-AC--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------CT---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-T--------GATTTTC-----T--T-T---TCATCA--GAT-CT-----T-A-----A-G-GA-TTA-------T---A-T-TAGT-TTCA--TC---GAT--A-GG-TGTT
gi|79036                      :    ATT---G-TGTCTGCAC-TT--TT-------GGCGGTT---T---AT-ACGA-AA---C-G------CT-GAGT-----GTAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-AC------A-T--TAT-TC-T-------CA---CG-TTTA-T-TT-T-A---T-T--------GAA---T-----T--T-T---TCATC-----T-TT-----T-A-----A-G-GA-TTA-------T---A-T-TAGT-GATA--CC---AAT--A-GG-TGTTA
gi|79037                      :    ATT---A-GGTTTGAGG-CT--ATAAGTACTGGCGGGTTCAT---AT-TCGA-AAG--C-A------CT-CAAT-----CAAG-----A-C-AT--GGT------CT-AA-T-------A-A---GT-TC-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-C----------------AGA---A-----TTCT-T---TCATCA--GAT-CT-----T-A---------CA---A-------T---A-T-TGA-----A--TT---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79038                      :     TT---G-CGTTTGAAG-CT--AT-------GGTGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-CG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------------ATTTTTT--T-T---TTACCA--GAT-TT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TCGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79039                      :      T---G-CGCTTGAGG-CC--AT-------GGCGGTT---T---AT-TTGA-AA---C-A------AT-CATTGTAGCCTAG-----G-T-AT--TCT------CTCAA-TCTGAATCA-A--TAT-TT-T-------CA---TG-TTTA-T-TT-TTG---CTG--------AA-------------T-T---TCTTCA--GAT-CT-----C-A-----A-G-GA-CCA-------T---A-T-TAGT-TATA--TT---GGC--A-GG-TGTTA
gi|79040                      :           -CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-GT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-CG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---AAAAAAT----------ACCA--AAT-TT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TA---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79041                      :             GTTTGTGG-GT--AT-------GACGGTT---G---AT-TCGA-AA---C-G------TG-CACT-----GAAT-----A-T-AT--GAT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------CA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---T-----G--T-T---TTATCA--CAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TT---GGT--
gi|79042                      :             GTATGGGG-CT--AT-------GGCAGTT---T---AT-TCAA-AA---C-A------CT-CATT-----TAAA-----A-T-AT--GGT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------TA---TG-TTTA-T-AC-T-G---C-G--------AAA---T-----T--T-T---TCATCA--TAT-CT-----T-A-----A-G-TA-TTA-------T---A-
gi|79043                      :                 GGGG-CTTGAT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCCA-TT------A-A--
gi|79044                      :                     -CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--ACTAGTACTCTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------CA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79045                      :                           T-------GACGGGT---T---AT-TCGATAA---C-GTATGAGCT-CATTT----CAAG-----A-A-AT--GCTGCT---CTCAAATC------A-AGTTAT-TG-C-------AACAATG-TTTA-T-TT-T-GTTCC-GATAATGAAAAA---A-----T--T-T---TCATCAGCGAT-TTCCATAC-A-----A-T-TA-AGA-------T---T-T-TAAT-TAT
gi|79046                      :                                    GCGGCT---A---AT-TCGA-AGATGC-G------CTGCATT-----CAAG-------T-A---GCT------C--AA-T-------A-A--TAT-CG-C-------GAG--TGATTTA-T-TT-TTG---T-G--------AAA---A-----T--T-TATTTCAC----GAT-TT-----TTA-----A-T-TA-TTA-------TATCA-T-TAGT-TATGACTT---GGTTAA-GG-TGTT
gi|79047                      :                                         T---T---AT-TCGA-AA---C-A------CT-CATT-----ATAG-----A-T-AT--GTT------CTCAA-TC------A-A--TA----------------------------TT-T-G---C-G--------GACT--C-----T--T-T---TCATTC--GAT-CT-----T-A-----A---------------------------T-TATA--TC---GCT--A-CG-TGTTA
gi|79048                      :                                                                                                                  -TT------A-A--TAA-TA-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-A---T-A--------AAAC--A-----T--T-T-------CA--GAT-CT-----T-A-----A-T-CA-TTA-------T---A-T-TAG--TATA--TC---GGT--A-GG-TGT
gi|79049                      :                                                                                                                              --TAT-TC-C-------CA---TG-ACTA-T-TT-T-A---C-G--------AAA---A-----T--G-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GA-TGTTA
gi|79050                      :                                                                                                                                                     G-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-G-----A-T-TA-TTA-------T---A-T--------TA--TC---GGT--A-AG-TG


blockSeqs                     :       AAT G         G  TG  AAGTACT       TTAA     C    T  ATG C TATGAG  G    GTAGC    TAATA C C  AT   AGTACT     A  TGAATC C GT   A TG CCCCCTAA CAA  A    A G  G T TTCC  ATAATGAA   ATTTTT    TC G ATT      GC   G  CCATA T TGCTT TT   T   ACAATGT ATC T A    A    AC  ATC   TA G  T
blockSeqs                     :       T   G         .  .   .             TCAT     .    .  A   . .       .    C        A     . .  G    AGT        A  .      . C    A G  AA       G    .    . .  . T TC    .          AAAAAA    .  . .        .    T  TC    . .     TG   .   .       AC  . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  A   . .       .    T        .     . .  .    GCT        .  .      . .    C C  A        .    .    . .  . . CT    .          TTTC      .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       A   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  G   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . G  C        .    .    . .  . . T     .          TC        .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . C  A        .    .    . .  . . C     .          CA        .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             A        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . G  A        .    .    . .  . . T     .          A         .  . .        .    .  .     . .     A    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . C  A        .    .    . .  . . C     .          A         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . G  A        .    .    . .  . . T     .          A         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . G  C        .    .    . .  . . C     .          A         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . T  A        .    .    . .  . . T     .          A         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . G  A        .    .    . .  . . T     .          A         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . G  A        .    .    . .  . . T     .          A         .  . .        .    .  .     . .     A    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . A  A        .    .    . .  . . T     .          T         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . G  C        .    .    . .  . . C     .          A         .  . .        .    .  .     . .     G    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             C        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . C  A        .    .    . .  . . C     .          A         .  . .        .    .  .     . .     G    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . C  C        .    .    . .  . . T     .          A         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . C  C        .    .    . .  . . C     .          T         .  . .        .    .  .     . .     G    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . C  C        .    .    . .  . . A     .          T         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . C  A        .    .    . .  . . C     .          T         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             G        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . C  A        .    .    . .  . . T     .          T         .  . .        .    .  .     . .     G    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . G  C        .    .    . .  . . T     .          A         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . T  A        .    .    . .  . . T     .          T         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :       .   .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . G  C        .    .    . .  . . C     .          T         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :           .         .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . C  T        .    .    . .  . . C     .          A         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :                     .  .   .             A        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . C  C        .    .    . .  . . C     .          A         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .  .  .
blockSeqs                     :                     .  .   .             T        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . C  A        .    .    . .  . . T     .          A         .  . .        .    .  .     . .     T    .   .       .   . .    .    .   .     .      
blockSeqs                     :                     .  .   .             .        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . G  G        .    .    . .  . . C     .          A         .  . .        .    .  .     . .     .    .   .       .   . .    .                     
blockSeqs                     :                     .  .   .             .        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . G  A        .    .    . .  . . T     .          A         .  . .        .    .  .     . .     .    .   .       .   . .    .                     
blockSeqs                     :                            .             .        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . A  C        .    .    . .  . . C     .          .         .  . .        .    .  .     . .     .    .   .       .   .                            
blockSeqs                     :                                          .        .    .  .   . .       .    .        .     . .  .    .          .  .      . .    . C  .        .    .    . .  . . T     .          .         .  . .        .    .  .     . .     .    .   .       .                                
blockSeqs                     :                                          .        .    .  .                                                      .  .      . .    . .  .        .    .    . .  . . .     .          .         .  . .        .    .                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                              .                       .    . .  . . .     .          .         .  . .                                                                                


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TN-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
finalCons                     : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TN-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                     111111111                                                                                            
lowQualScore                  :       444 3         1  11  4444444       2222222  1    1  555 1 333333  1    55555    44444 1 1  33   888888     2  333333 1 22   3 22 66666666 333  1    1 1  1 2 44444 44444444   222222222 11 1 222      11   2  55555 1 33333 222  1   4444444 555 1 1    1    22  222   22 1  1     
lowQualScore                  :       ... .         .  ..  .......       .......  .    .  ... . ......  .    .....    ..... . .  ..   ......     .  ...... . ..   . .. ........ ...  .    . .  . . ..... ........   ......... .. . ...      ..   .  ..... . ..... ...  .   ....... ... . .    .    ..  ...   .. .  .     
lowQualScore                  :       666 2         4  99  3333333       8888888  2    2  999 3 777777  3    88888    55555 3 3  11   222222     5  666666 2 99   8 77 66666666 444  2    2 2  2 4 11111 44444444   222222222 77 2 111      77   5  00000 3 22222 333  3   2222222 333 3 4    4    00  666   00 5  5     
consensus                     : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TN-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
Reference ( family-480 )      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TN-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79016                      : GTCATT---G-CGTCTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-CG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--T-T---TTACCA--GAT-CT-----T-A-----G-T-TA-TTA-------T---A-T-TGCT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79017                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCAA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-TCAT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TG-C-------AA---TG-TTTA---TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACTC--GAT-CT-----T-A-----A-T-CA-TTA-------T---A-T-CAGT-TATA--TC---GGT--A-GA-TGTTA
gi|79018                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCAA-AA---C-G------CT-CGTT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTTAA-TC------A-A--CAT-TC-C-------CC---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-A--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-CA-TTA-------T---A-T-TATT-TACA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79019                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-AATT-----CAAG-----A-C-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-CG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAC---A-----T--T-T---TTGCCA--GAT-CC-----C-A-----A-T-TA-TTA-------TAC-A-T-TAGT-TAAA--TC---GGT--A----TGTTA
gi|79020                      : GTCATT---G-CGTTTGAGA-CT--AT-------TGCAGGA---A---AT-TC-A-AA---C-G------CT-TATT-----CACA-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TATACC-C-------AA----G-TTTA-T-TA-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-A-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79021                      : GTCATT---GGCGTTTGAGA-CT--AT-------AGCGGGT---T---AT-TCAA-AAA--C-G------CT--ATT-----CAAG-----ACT-AT--GCT-------TCAA-TC------A-A--TAT-TTGC-------AA---T---TTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--GGT---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GA-TGTTA
gi|79022                      : GTCATT---G-CGTTT-AGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-ATATGCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TG-C-------AA---TG-TT----------------G-------------------------T---TCATCA--GAT-CT-----T-A---------TA-TTA-----------A-T-TA---TATA--TC---GGT--A-GG-TATTA
gi|79023                      : GTCTTT---G-CGTTAGAGG-CT--AT------------------------TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------CA---TG-ACTA-T-TT-T-A---C-G--------AAA---A-----T--C-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TAT
gi|79024                      : GTCATTT--G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCG----------AT-TTGA-AAA--C-G------CT-CATT-----CAAT-----A---AT--GC-------CTCAG-TC------ACA--TAT-TG-CA------AA---CG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-C-----ATT-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--AC---CA---A-GG-TGT
gi|79025                      : GTCATT---G-CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCAA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T--T--A----------------------------AT-TG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---T-----T--T-T---TCACTC--GAT-
gi|79026                      : GTCATT---G-CGTTTAAGGGCT--AT-------GACGGG-----------------------G------TT-CATT-----CAGATAATAA-T-AT--GCT------TTCAA-AT------A-A--TATATT-C-------AA---TA-TT-A-T-TT-T-G---T-G--------AA----------T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TATTTA-------T---ATT-TAGTATATA--TC---GGT--A-AGTTGTTA
gi|79027                      : GTCATT---GGCGTT-GAGC-CT--AT-------GCCGGGT---T---ATCTCGA-AC---C-C------CT-CA-------CAAA-----G-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A---AT-TG-C-------AA---TG--TTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA--------------T---TCA-CA--GAT-CTTC---T-ATGCTTA-T-TA-TTA-------T---
gi|79028                      : GTCATT---G-CGTT-GAC--CT--A-----------GAGT-------AT-TCAA---------------CT--ATT-----CA-G-----A-T-A---GCT------CTCAA-TC------A-A--TA--TG-C-------AA---T--TTTA-T-TTGT-G---C------------A---A-----T--T-T---CAACAA--GAT-CT--------------------TTA-------TA--A-T-TAGT-TATA--TC----GT--A-GA-TGTTA
gi|79029                      : GTCATTAATG-CGTTTAAGG-CT--AT-------GACGGGT---T---AT-TCGA-AA---
gi|79030                      :  TCATA---A-CGTTTGAGT-CT--TT-------GGCG-----------C-TCTA-AG---C-G------TG-GGT--------AT-----G-C-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TA-C-------CA---TG-CTTA-T-TT-T-C---C-T--------GAA---A-----T--T-C---T
gi|79031                      :   CATT---G-CGTTTAAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCAA-AA---C-G------CT-CTTT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAAATC------A-A--TAT-TG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-A---T-G--------AAA---A-----A--T-T---TCACAC--GAT-CG-----T-A-----A-T-GA-TTA-------T---A-A-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTAt
gi|79032                      :    ATT---A-CGTTTGAGG-AT--AT-------GGCGGTT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----TTAG-----A-T-AT--GTT------CTCAA-TC------A-A--TCT-TC----------A---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---T-----T--T-T---TCATCA--GAT-CT-----T-A-----A-A-TA-TTA-------T---A-T-T---------------GGT--A-GG-TGTTA
gi|79033                      :    ATT---G-C-TTTGAGG-CG--AT-------GGTGTTT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-TATTC----CAAGA----A-T-ATG-GCT------CTCAA-TC------A-A--TGTCCC-C-------CA---TG-TTTA-TGTT-T-G---A-G--------AAT---T-----T--T-T---TAATCA--GATGCT-----T-A-----A-T-TA-TTAACAATGTT---A-T-TAGT-TATA--TT---GGT--AGGG-TGT
gi|79034                      :    ATT---A-CGTTTGAG--CT--GT-------GGCCGGT---TTAAAT-TTGA-AA---CCG------CT-CATT-----GAAG-----A---AT--GCTAGT---TCCAA-TC------A-AC-TAT-TC-CCCCCCTAAA---TG-TGTAAT-TT-T-GT--C-G--------GAA---T-----T--T-T---TCATCA--GATTCT-----T-G-----A-TGTA-TTA-------T---A-TATAAT-TATA--TCATCGGT--A-GG-TGTTA
gi|79035                      :    ATT---G-TGTTTGAGG-TT--AT-------GGCGGCT---C---AT-T-----G---T-G------C--------------------G-T-AC--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------CT---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-T--------GATTTTC-----T--T-T---TCATCA--GAT-CT-----T-A-----A-G-GA-TTA-------T---A-T-TAGT-TTCA--TC---GAT--A-GG-TGTT
gi|79036                      :    ATT---G-TGTCTGCAC-TT--TT-------GGCGGTT---T---AT-ACGA-AA---C-G------CT-GAGT-----GTAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-AC------A-T--TAT-TC-T-------CA---CG-TTTA-T-TT-T-A---T-T--------GAA---T-----T--T-T---TCATC-----T-TT-----T-A-----A-G-GA-TTA-------T---A-T-TAGT-GATA--CC---AAT--A-GG-TGTTA
gi|79037                      :    ATT---A-GGTTTGAGG-CT--ATAAGTACTGGCGGGTTCAT---AT-TCGA-AAG--C-A------CT-CAAT-----CAAG-----A-C-AT--GGT------CT-AA-T-------A-A---GT-TC-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-C----------------AGA---A-----TTCT-T---TCATCA--GAT-CT-----T-A---------CA---A-------T---A-T-TGA-----A--TT---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79038                      :     TT---G-CGTTTGAAG-CT--AT-------GGTGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-CG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------------ATTTTTT--T-T---TTACCA--GAT-TT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TCGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79039                      :      T---G-CGCTTGAGG-CC--AT-------GGCGGTT---T---AT-TTGA-AA---C-A------AT-CATTGTAGCCTAG-----G-T-AT--TCT------CTCAA-TCTGAATCA-A--TAT-TT-T-------CA---TG-TTTA-T-TT-TTG---CTG--------AA-------------T-T---TCTTCA--GAT-CT-----C-A-----A-G-GA-CCA-------T---A-T-TAGT-TATA--TT---GGC--A-GG-TGTTA
gi|79040                      :           -CGTTTGAGG-CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-GT--GCT------CTCAA-TC------A-A--TAT-CG-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---AAAAAAT----------ACCA--AAT-TT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TA---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79041                      :             GTTTGTGG-GT--AT-------GACGGTT---G---AT-TCGA-AA---C-G------TG-CACT-----GAAT-----A-T-AT--GAT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------CA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---T-----G--T-T---TTATCA--CAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TT---GGT--
gi|79042                      :             GTATGGGG-CT--AT-------GGCAGTT---T---AT-TCAA-AA---C-A------CT-CATT-----TAAA-----A-T-AT--GGT------CTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------TA---TG-TTTA-T-AC-T-G---C-G--------AAA---T-----T--T-T---TCATCA--TAT-CT-----T-A-----A-G-TA-TTA-------T---A-
gi|79043                      :                 GGGG-CTTGAT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--GCT------CTCCA-TT------A-A--
gi|79044                      :                     -CT--AT-------GGCGGGT---T---AT-TCGA-AA---C-G------CT-CATT-----CAAG-----A-T-AT--ACTAGTACTCTCAA-TC------A-A--TAT-TC-C-------CA---TG-TTTA-T-TT-T-G---C-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GG-TGTTA
gi|79045                      :                           T-------GACGGGT---T---AT-TCGATAA---C-GTATGAGCT-CATTT----CAAG-----A-A-AT--GCTGCT---CTCAAATC------A-AGTTAT-TG-C-------AACAATG-TTTA-T-TT-T-GTTCC-GATAATGAAAAA---A-----T--T-T---TCATCAGCGAT-TTCCATAC-A-----A-T-TA-AGA-------T---T-T-TAAT-TAT
gi|79046                      :                                    GCGGCT---A---AT-TCGA-AGATGC-G------CTGCATT-----CAAG-------T-A---GCT------C--AA-T-------A-A--TAT-CG-C-------GAG--TGATTTA-T-TT-TTG---T-G--------AAA---A-----T--T-TATTTCAC----GAT-TT-----TTA-----A-T-TA-TTA-------TATCA-T-TAGT-TATGACTT---GGTTAA-GG-TGTT
gi|79047                      :                                         T---T---AT-TCGA-AA---C-A------CT-CATT-----ATAG-----A-T-AT--GTT------CTCAA-TC------A-A--TA----------------------------TT-T-G---C-G--------GACT--C-----T--T-T---TCATTC--GAT-CT-----T-A-----A---------------------------T-TATA--TC---GCT--A-CG-TGTTA
gi|79048                      :                                                                                                                  -TT------A-A--TAA-TA-C-------AA---TG-TTTA-T-TT-T-A---T-A--------AAAC--A-----T--T-T-------CA--GAT-CT-----T-A-----A-T-CA-TTA-------T---A-T-TAG--TATA--TC---GGT--A-GG-TGT
gi|79049                      :                                                                                                                              --TAT-TC-C-------CA---TG-ACTA-T-TT-T-A---C-G--------AAA---A-----T--G-T---TCACCA--GAT-CT-----T-A-----A-T-TA-TTA-------T---A-T-TAGT-TATA--TC---GGT--A-GA-TGTTA
gi|79050                      :                                                                                                                                                     G-TTTA-T-TT-T-G---T-G--------AAA---A-----T--T-T---TCACCA--GAT-CT-----T-G-----A-T-TA-TTA-------T---A-T--------TA--TC---GGT--A-AG-TG