lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111                                                               
lowQualScore                  :                         1  222  2   1 1 11  1  222 11   1  3 555555 2 2  2 55 1 1 33333 2 3333  555 2 2 5555 22  1 2 1  222  444 1 1 1 1 1  44444 2  11  22 1 2 333 22222 2  3 777 333 1 1 11 33  44 1 222 1 44 2  222 11 333   33 999999  2  33  33  33 33  666666 1  555  1 555555555   2222 1 22 222 22 1 1 33 888 22 66  3   33 4 1 3333   3  444 222    
lowQualScore                  :                         .  ...  .   . . ..  .  ... ..   .  . ...... . .  . .. . . ..... . ....  ... . . .... ..  . . .  ...  ... . . . . .  ..... .  ..  .. . . ... ..... .  . ... ... . . .. ..  .. . ... . .. .  ... .. ...   .. ......  .  ..  ..  .. ..  ...... .  ...  . .........   .... . .. ... .. . . .. ... .. ..  .   .. . . ....   .  ... ...    
lowQualScore                  :                         4  444  8   3 3 88  3  111 77   2  6 999999 4 4  4 33 2 2 00000 4 8888  666 5 5 9999 99  2 4 2  111  111 2 2 2 2 2  66666 4  66  88 2 4 222 99999 4  5 222 555 3 3 88 22  77 4 444 4 77 8  444 99 333   33 111111  8  33  33  33 00  222222 4  444  4 777777777   6666 5 00 666 00 5 5 55 111 00 55  1   77 6 5 1111   1  444 999    
consensus                     :                      TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---G--CCT-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------ACT-N--T-T--T---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
Reference ( gi|70305 )        :                      TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---G--CTT-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------ACT-G--T-T--T---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70308                      :                      TAT-TT---TG-ATG-G-T--AT-GT---G--CT--AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AT---T-T-GTG-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA---------A-G-A--A--CT--A-----T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------ACT-C--T-T--T---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70307                      :                      TAT-TT---TG-ATG-A-T--A--GT---G--CTT-AT-ACATGTAA-C-AG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---GA---T-T-G-G-T-TT-----G-GA--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------ACT-G----T--T---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T---AA-AC---T---GTTG
gi|70285                      :                      TATGTT---TG-ATG-A-T--AT-GT---G--CCT-AT-A------A-C-TG-CCAA-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-CGAA---AG---T-----G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---A--GGGTTTT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TGAA---------ACT-C--T-T--T---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-ACATTT---GTT
gi|70306                      :             cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---G--CTTTAT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-AGGGTCC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-C-T-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TAGCA--A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--T---T-AAA---T--A-TA---TG-A---------ACT-G----T--T---T--A-G-G--T---TTGA--AA-AAT--G-T-A-T--ACA-AC---T---GTTG
gi|70289                      :                      TAT-TT---TG-ATGGA-T--AT-GT---C--CTT-AT-A------A-T-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C--A---AG---T-T---G-T-TT-----G-CG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--AC-CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--TA-----AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------AC-----T-T--T---T--A-G-G--T---T--G--AACAAT--G-T-A-T--AAA-A
gi|70286                      :             cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---G--CCT-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-A----------------------A-TA---TG-A---------ACT-C--T-T--T---T--A-G-G--T---C--G--A
gi|70290                      :             cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---G--CCT-AT-A------A-C-TG-C--ACA-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---G-T-G-G-T-TT-----G-GG--G---A-T-G---A-----A-TAGC---A---A-G-AATA--CT--A-T---T-T----CA------GG--TTT--T------AA-AA--AA--TG--T-AAA------A-TA---TG-A---------ACT-C--T-T--T---T--A-G-G--T---T--GA-AA-AAT--GTT-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70300                      : cctaataaaagcattagaatcTAT-TT---TG-AT--A-T--AT-GT---G---TT-AG-A------A-C-GC-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-A-TT-----T-GG--GT--A-T-G---A-----A-AA-C-------A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTG--T------AA-AA--TA---G--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------ACT----T-T--T---T--A-G--------T--G--AA-AAT--G-T-G-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70309                      :                   aacTAT-TT---TG-A-G-A-T--AT-GT---G--CTT-AT-A------A-C-TG-C--A-A-ATTTTAG-A----C----G-A-A----T--CA-C-G-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--AT--A-T-G---A-----A-TA-CC--A---A-G-A--A--TT--A-C---T-T--A-CA---G--A---TCT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-------G-A---------ATT-G--T-T--T---T--A-G-G--T---T--G---A-AAT--G-T-ACC--AAA-AT---T---GTTG
gi|70287                      :                      TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---G--CCT-AT--------A-C-TG-CA-A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T---G-T-TT--------G--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--G----TT--T------AA-A----------------------A-TA---TG-A---------ACT-C--T-T--T---T--A-G-G--TCG-T--G--AA-CAA--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTCG
gi|70292                      :             cccaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---G--CT--AT-A------A-C-TG-C--A-A-------G-A----C----G-A-A----T--CA-C---AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----ATTA-C---A---AGG-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TT-----------------------------A---T--A-TA---TG-A---------ACT-G--T-T--T---T--A---G--T---C--G--AA-AAT--G-T-A-T--ACA-ACT--T---GTTG
gi|70288                      : cctaataaaagcattagaatcTAT-TT---T--ATG-A-T--AT-GT---G--CCT-AT-A------A-C-TG-CA-A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T---G-T-TT--------G--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---AG--A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--G----TT--T------AA-A----------------------A-TA---TG-A---------ACT-C--T-T--T---T--A-G-G--TCGAT--G--AACAAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTCG
gi|70310                      :            cctaataaaaTAT-TTACTTG-A---A-T--AT-GT---G--CTT-AT-A------AAC-TG-C--A-A-------G-A----CC---A-ATA----TT-CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----C-GT--GT--A-TCG---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--AGCA---G--GG--TTT--T------AA-AAGTTA--TG--T--AA---T--A-TA---TG-A---------ACT-G--C-T--TCTAT--A-GTG--T---T--G--AA-AAT--G-TGA-T--AAA-AC---T---
gi|70297                      :                      TAT-TT---TGCATG-A-T--AT-GT---G--CCT-AT-A------A-CCTG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-A-T-TT-----G-AGGTGT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CTC-A-C---T-TA-A-CA---GAAGG--TTTTAT------AA-AA--TA--TG--TCAAAAATT--A-TA---TG-A---------ACA-T--T-C--T---T--A-G-G--TA--T--GA-AA-AAT--GCT-A-T--AAATAC---TAACGTTG
gi|70301                      :              ctaataaaTAT-TT---TGGATG-A-T--AT-GT---G--CCT-A--A------A-C-TG-C--A-A-A-----GGA----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AA---T-TTG-G-T-TT-----ATGG--GT--C-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GT--TTT--A------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--ATTAT--TG-A---------ACT-C--T-T--T---T--A-G-AGTT---T--G--AA-AA-----C-A-A--AAA-AC---T---
gi|70311                      :                   aatTAT-TC---TG-ATG-A-T--AT-GT---G--CCT-AT-AT-----A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---GAA-A----T--CA-C-C-AA---AAGCTT-T-G-G---TT-----G-GG--GT--A-T-GAGAA-----A-TA-C---AGAGA-G-A--A--CCTAA-C---T-TACA-CA---G--GC--TTT--TTA----AA-AA--TAT-TGC-T-AAA---TA-A-TA---TG-A---------ACTCG--T-TTCT---T--A-G-G--T---T--GAAAA-AAT--G-T-GTT--AAA-AC---T---GT
gi|70293                      :                      TAT-AT---TG-ATG-A-T--AT-GTTGGG--CCT-ATTA------A-C-TG-CC-A-A-A-----G-A----C------G-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-----TT-----G-CG--GT--A-T-G---A-----A-TAAC---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A--A---G--G----TT--T------AA-AG--TA---G--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------ACT----C-T--T---T--A-A-G--TGG-G--G--AA-ACT--G-T-A-C--AAA-AC---T---GT
gi|70312                      :             cctagtaaaTAC-TT---TA-ATG-A-T--AT-GT---GGCTTT-ATCA------A-CATG-C--A-A-A-----G-A----CC---A-ATA----T--CA-CGC-AA---AG---T-T-G-G-G-TT-----T-GG--GTAAA-T-G---A-----ATTA-C---A---A-G-A--A--TT--A-C---TGT--A-CA---G--CG--TTT--T------GA-AAC-TA--TG--T-TAG---CTAA-TA---TG-A---------ACT-G----T--T---T--A-G-G--T---T--G--AT-AA-----T-A-A--AAA-AC---T---GTTG
gi|70313                      :                      TAT-TT---TG-ATG-A-C--AC-GT---G--CTT-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CA---G-A-ACTA-T--TA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TTAATTTG-GG--GT----T-G---G----------T---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---A--GA--TTT--T------AA-AT--TA--TG--T-A-------------------------------------------------G-G--C---T--A--AA-AAT--G-T-A-T--AAC-AT---T---GTTG
gi|70294                      :                      TAT-TT---TG-ATG-A-T--ATTGT---G--GCT-AT-A--------C-TGGC--A-A-A-----ATA----CG---G-A-AA---T--CA-C----A---AG---T-T-G-G-T-TTTG---G-AG--GT--A-T-G---A-----A-TA-CTCCA---A-G-A--A--CT--A-TAAGT-T--A------G--GG--TTT--TTT----AATAA--TA--TG--T-AAT---A--A-TT---TG-A----------CT-C--T-T--T---T--AAG-G--T---T--G--AA-A-T--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70295                      :              cctaatgaTAT-TT---TG-ATG-AAT--AT-GT---G--CCT-AC-AT-----A-C-TG-C--A-ATA-----G-A----CCC--G-A-A----TTCCA-C-C-AA---AG---G-T-G-GTT-TT-----G-GG--GT--A-GAG---A-----A-TA-CG--A---A-G-A--A--CTA-A-C---T-T--AGCA---G--GG--TTT--T-------A-GA--TACTTG----AAA---T--A-TAT--TG-A---------AC
gi|70314                      :              cctaataaTGT-TT---TT-AT--A-TGCAT-GT---G--CTT-CT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-G-G-T-TA-----G-GT--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---
gi|70304                      :                        T-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---G--CTT-AT-A------A-C-TGAC--A-A-A-----G-AA---CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GT--GT--ATT-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--ACC---T-T--A-CA---A--GGT-TTT--T------AA-AA--TA--TG--TAAAA---T--A-GA---TG-A---------ACT-GTTT-T--T---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A----AAA-AC---T---GTTG
gi|70291                      :                     atcT-TT---TG-ATG---T--AT-GT---G--CCT-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---GGA-A----T--CAAC-C-AA---AG---TGT-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-GA--A-----A-TA-C---A---A-G----A--CT--A-C---T-T--G-CA---G--GT--ATT--T------AA-AA--TA--TG--T--AA---T--A--A---TT-G---------ACT-C--T-T--T---T--A---G--T---T--G--AA-AAT--GTT-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70302                      :             cctgataatatT-TT---TA-ATG-A-T--AT-GT---G--CTT-AT-A------A-T-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-G-G-T-TA-----G-GC--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---
gi|70303                      :                   aaattT-TT---TG-ATG---T--AT-TT---G--CTT-AG-A------A-C-TG-C--A-G-A-----G-A----CC---G-A-A----C--TA-C-C-AGTCTAG---C-T---G-T-TA-----G-GC--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-
gi|70315                      :                    aaaag-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---G--CTT-ATCA------A-C-TG----A-A-A-----G-A----CCAAGG-A-A----T---A-C-C-AA---AGCTGT-T-G-G-T-TT-----G-GA------A-T-G---A-----A-TA-TCA-A---A-G-A--A--CT--A-A---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AT--TA--TGTAT-AAA---T--T-TAAATTG-----------ACT-G--TGT--T---TGGA-G-GT-T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70298                      :                         -TT---TG-ATG-A-T--AC-GT------CCT-AT-A------A---TG-C--A-A-------G-A----CC-----A-A----T--CA-C-C-AA----G---T-T-G---T-TT-----G-GG--G---A---G---A-----A-TA---------A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTTG-T------AA-AA--TA--TG--T--AA---T--A-TA---TT-A---------A------T-T--T---T--A-G-G------T--G--AA-AA---G-T-A----AAA-AC-------GTTG
gi|70299                      :                  ctaaaaataT---TG-ATG-A-T--AT-GT---G--CTT-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----C
gi|70316                      :                            taaaagcnG-A-T--AT-GT---G--CCT-AT-A------A-C-TG-C--A-G-A-----G-A----TC---G-A-A----T--CC-C-T-AA---TG---T-C-G-G-T-AA-----G-GC--GT--A-T-T---A-----A-CA-C---
gi|70317                      :                                     -A-T--AT--T---G--CTT-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----C------G-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--TT--A-T-G---A-----C-TA-A---A---G-A-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--TAAAATAAA-AA--TA--TG--T-AAA---TA-A-TA---TG-A---------ACT-G--T-T--T---T--A-G-G--T---T--G--AA-AATGCG-T-A-T--ACA-AC---
gi|70296                      :                                               T---G--TCT-AT-A------ATC-AG-C--A-A-A-----G-A----CCTCTG-A-AAATAT--AA-TGC-AA---AG---T-T-G-G-T-TC-----T-GG--GTG-A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-TG-A-CAGCTG--GG--TTT--T------AACAG--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------A-T-C--T-T--T---T--A-G-T--T---T--GA-AA-AATG-G-T-A-T--AAAGAC---T---
gi|70318                      :                cctaataaacaatctatgaatagcatcatttT---G--CGT-AT-G------A-C-TG-T--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-A-G-C-TA-----A-GT--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---G---T-G-A--A--
gi|70319                      :                                                                                                         ----T--CC-C-C-AA---AG---T-T-G-G-TCTT-----GCGG--GT--A-T-G---ACACATA-CA-C---A---A-GTA--AGCCT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA---G--T-AAA------A-TA---TG-ATGTGAATCTACTCT--T-T--T---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-T-TTAAAA-AC---T---GTT
gi|70320                      :                                                                                                                 A-T-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--T--TC--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-T





Alignments
lowQualScore                  :                                   1  222  2   1 1 11  1  222  333 1  3 555555 2 2  2 55 1 1 22222 2 3333  555 2 2 5555 22  1 2 1  222  444 1 1 1 1 1  44444 2  11  22 1 2 333 22222 2  3 777 333 1 1 11 33  44 1 222 1 44 2  222 11  33   33 888888  2  33  33  33 2   555555 1  555  1 555555555  444 55 1  555 22 1 1 33 555 22 66  3   33 4 1 3 22   3  444 222    
lowQualScore                  :                                   .  ...  .   . . ..  .  ...  ... .  . ...... . .  . .. . . ..... . ....  ... . . .... ..  . . .  ...  ... . . . . .  ..... .  ..  .. . . ... ..... .  . ... ... . . .. ..  .. . ... . .. .  ... ..  ..   .. ......  .  ..  ..  .. .   ...... .  ...  . .........  ... .. .  ... .. . . .. ... .. ..  .   .. . . . ..   .  ... ...    
lowQualScore                  :                                   4  333  7   2 2 77  2  111  444 2  5 777777 4 4  4 11 2 2 99999 4 7777  555 4 4 7777 88  1 3 1  000  000 1 1 1 1 1  44444 3  66  77 1 3 111 99999 3  4 000 444 2 3 88 11  55 3 333 3 55 7  333 88  22   22 888888  7  22  22  22 7   777777 3  222  4 555555555  333 33 4  000 00 4 4 44 999 00 22  0   55 4 5 0 00   0  222 888    
consensus                     :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------AC---T-CT-TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
Reference ( family-476 )      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------AC---T-NT-TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70285                      :                                TATGTT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-CCAA-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-CGAA---AG---T-----G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---A--GGGTTTT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TGAA---------AC---T-CT-TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-ACATTT---GTT
gi|70286                      :                       cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-A----------------------A-TA---TG-A---------AC---T-CT-TT---T--A-G-G--T---C--G--A
gi|70287                      :                       cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT--------A-C-TG-CA-A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T---G-T-TT--------G--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--G----TT--T------AA-A----------------------A-TA---TG-A---------AC---T-CT-TT---T--A-G-G--TCG-T--G--AA-CAA--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTCG
gi|70288                      :                       cccaataaaTAT-TT---T--ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-CA-A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T---G-T-TT--------G--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---AG--A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--G----TT--T------AA-A----------------------A-TA---TG-A---------AC---T-CT-TT---T--A-G-G--TCGAT--G--AACAAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTCG
gi|70289                      :                      cctaataaaaTAT-TT---TG-ATGGA-T--AT-GT---CCT--T-AT-A------A-T-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C--A---AG---T-T---G-T-TT-----G-CG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--AC-CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--TA-----AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------AC------T-TT---T--A-G-G--T---T--G--AACAAT--G-T-A-T--AAA-A
gi|70290                      :                       cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--ACA-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---G-T-G-G-T-TT-----G-GG--G---A-T-G---A-----A-TAGC---A---A-G-AATA--CT--A-T---T-T----CA------GG--TTT--T------AA-AA--AA--TG--T-AAA------A-TA---TG-A---------AC---T-CT-TT---T--A-G-G--T---T--GA-AA-AAT--GTT-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70291                      :             cctaataaaagcattagaatcT-TT---TG-ATG---T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---GGA-A----T--CAAC-C-AA---AG---TGT-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-GA--A-----A-TA-C---A---A-G----A--CT--A-C---T-T--G-CA---G--GT--ATT--T------AA-AA--TA--TG--T--AA---T--A--A---TT-G---------AC---T-CT-TT---T--A---G--T---T--G--AA-AAT--GTT-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70292                      :                     cctgataatatTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GC---T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-------G-A----C----G-A-A----T--CA-C---AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----ATTA-C---A---AGG-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TT-----------------------------A---T--A-TA---TG-A---------AC---T-GT-TT---T--A---G--T---C--G--AA-AAT--G-T-A-T--ACA-ACT--T---GTTG
gi|70293                      :           cctaataaaagcattagaatcTAT-AT---TG-ATG-A-T--AT-GTTGGGCC--T-ATTA------A-C-TG-CC-A-A-A-----G-A----C------G-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-----TT-----G-CG--GT--A-T-G---A-----A-TAAC---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A--A---G--G----TT--T------AA-AG--TA---G--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------AC---T-CT-TTAAGT--G-G-G---------G--AA-ACT--G-T-A-C--AAA-AC---T---GT
gi|70294                      :                       cctagtaaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--ATTGT---GGC--T-AT-A--------C-TGGC--A-A-A-----ATA----CG---G-A-AA---T--CA-C----A---AG---T-T-G-G-T-TTTG---G-AG--GT--A-T-G---A-----A-TA-CTCCA---A-G-A--A--CT--A-TAAGT-T--A------G--GG--TTT--TTT----AATAA--TA--TG--T-AAT---A--A-TT---TG-A----------C---T-CT-TT---T--AAG-G--T---T--G--AA-A-T--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70295                      :                        cctaatgaTAT-TT---TG-ATG-AAT--AT-GT---GCC--T-AC-AT-----A-C-TG-C--A-ATA-----G-A----CCC--G-A-A----TTCCA-C-C-AA---AG---G-T-G-GTT-TT-----G-GG--GT--A-GAG---A-----A-TA-CG--A---A-G-A--A--CTA-A-C---T-T--AGCA---G--GG--TTT--T-------A-GA--TACTTG----AAA---T--A-TAT--TG-A---------AC---
gi|70296                      :                                                 cctaataaT---GTC--T-AT-A------ATC-AG-C--A-A-A-----G-A----CCTCTG-A-AAATAT--AA-TGC-AA---AG---T-T-G-G-T-TC-----T-GG--GTG-A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-TG-A-CAGCTG--GG--TTT--T------AACAG--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------A----T-CT-TT---T--A-G-T--T---T--GA-AA-AATG-G-T-A-T--AAAGAC---T---
gi|70297                      : cctaataaacaatctatgaatagcatcatttTAT-TT---TGCATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-CCTG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-A-T-TT-----G-AGGTGT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CTC-A-C---T-TA-A-CA---GAAGG--TTTTAT------AA-AA--TA--TG--TCAAAAATT--A-TA---TG-A---------AC---A-TT-CT---T--A-G-G--TA--T--GA-AA-AAT--GCT-A-T--AAATAC---TAACGTTG
gi|70298                      :                           ctaataaa-TT---TG-ATG-A-T--AC-GT----CC--T-AT-A------A---TG-C--A-A-------G-A----CC-----A-A----T--CA-C-C-AA----G---T-T-G---T-TT-----G-GG--G---A---G---A-----A-TA---------A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTTG-T------AA-AA--TA--TG--T--AA---T--A-TA---TT-A---------A-------T-TT---T--A-G-G------T--G--AA-AA---G-T-A----AAA-AC-------GTTG
gi|70299                      :                            ctaaaaataT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----C
gi|70300                      :                        taaaagcnTAT-TT---TG-AT--A-T--AT-GT---GT---T-AG-A------A-C-GC-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-A-TT-----T-GG--GT--A-T-G---A-----A-AA-C-------A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTG--T------AA-AA--TA---G--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------AC---T--T-TT---T--A-G--------T--G--AA-AAT--G-T-G-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70301                      :                             aacTAT-TT---TGGATG-A-T--AT-GT---GCC--T-A--A------A-C-TG-C--A-A-A-----GGA----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AA---T-TTG-G-T-TT-----ATGG--GT--C-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GT--TTT--A------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--ATTAT--TG-A---------AC---T-CT-TT---T--A-G-AGTT---T--G--AA-AA-----C-A-A--AAA-AC---T---
gi|70302                      :                               aatT-TT---TA-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-T-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-G-G-T-TA-----G-GC--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---
gi|70303                      :                             aaattT-TT---TG-ATG---T--AT-TT---GCT--T-AG-A------A-C-TG-C--A-G-A-----G-A----CC---G-A-A----C--TA-C-C-AGTCTAG---C-T---G-T-TA-----G-GC--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-
gi|70304                      :                             aaaagT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TGAC--A-A-A-----G-AA---CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GT--GT--ATT-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--ACC---T-T--A-CA---A--GGT-TTT--T------AA-AA--TA--TG--TAAAA---T--A-GA---TG-A---------ACTG-T-TT-TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A----AAA-AC---T---GTTG
gi|70305                      :                             atcTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------AC---T-GT-TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70306                      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--TTAT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-AGGGTCC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-C-T-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TAGCA--A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--T---T-AAA---T--A-TA---TG-A---------AC---T-G--TT---T--A-G-G--T---TTGA--AA-AAT--G-T-A-T--ACA-AC---T---GTTG
gi|70307                      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--A--GT---GCT--T-AT-ACATGTAA-C-AG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---GA---T-T-G-G-T-TT-----G-GA--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------AC---T-G--TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T---AA-AC---T---GTTG
gi|70308                      :                                TAT-TT---TG-ATG-G-T--AT-GT---GC---T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AT---T-T-GTG-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA---------A-G-A--A--CT--A-----T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-TA---TG-A---------AC---T-CT-TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70309                      :                                TAT-TT---TG-A-G-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-ATTTTAG-A----C----G-A-A----T--CA-C-G-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--AT--A-T-G---A-----A-TA-CC--A---A-G-A--A--TT--A-C---T-T--A-CA---G--A---TCT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-------G-A---------AT---T-GT-TT---T--A-G-G--T---T--G---A-AAT--G-T-ACC--AAA-AT---T---GTTG
gi|70310                      :                                TAT-TTACTTG-A---A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------AAC-TG-C--A-A-------G-A----CC---A-ATA----TT-CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----C-GT--GT--A-TCG---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--AGCA---G--GG--TTT--T------AA-AAGTTA--TG--T--AA---T--A-TA---TG-A---------AC---T-GC-TTCTAT--A-GTG--T---T--G--AA-AAT--G-TGA-T--AAA-AC---T---
gi|70311                      :                                TAT-TC---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-AT-----A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---GAA-A----T--CA-C-C-AA---AAGCTT-T-G-G---TT-----G-GG--GT--A-T-GAGAA-----A-TA-C---AGAGA-G-A--A--CCTAA-C---T-TACA-CA---G--GC--TTT--TTA----AA-AA--TAT-TGC-T-AAA---TA-A-TA---TG-A---------ACTCGT-TT-CT---T--A-G-G--T---T--GAAAA-AAT--G-T-GTT--AAA-AC---T---GT
gi|70312                      :                                TAC-TT---TA-ATG-A-T--AT-GT---GGCTTT-ATCA------A-CATG-C--A-A-A-----G-A----CC---A-ATA----T--CA-CGC-AA---AG---T-T-G-G-G-TT-----T-GG--GTAAA-T-G---A-----ATTA-C---A---A-G-A--A--TT--A-C---TGT--A-CA---G--CG--TTT--T------GA-AAC-TA--TG--T-TAG---CTAA-TA---TG-A---------AC---T-G--TT---T--A-G-G--T---T--G--AT-AA-----T-A-A--AAA-AC---T---GTTG
gi|70313                      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-C--AC-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CA---G-A-ACTA-T--TA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TTAATTTG-GG--GT----T-G---G----------T---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---A--GA--TTT--T------AA-AT--TA--TG--T-A------------------------------------------------G-G--C---T--A--AA-AAT--G-T-A-T--AAC-AT---T---GTTG
gi|70314                      :                                TGT-TT---TT-AT--A-TGCAT-GT---GCT--T-CT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-G-G-T-TA-----G-GT--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---
gi|70315                      :                                   -TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-ATCA------A-C-TG----A-A-A-----G-A----CCAAGG-A-A----T---A-C-C-AA---AGCTGT-T-G-G-T-TT-----G-GA------A-T-G---A-----A-TA-TCA-A---A-G-A--A--CT--A-A---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AT--TA--TGTAT-AAA---T--T-TAAATTG-----------AC---T-GTGTT---TGGA-G-GT-T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70316                      :                                              G-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-G-A-----G-A----TC---G-A-A----T--CC-C-T-AA---TG---T-C-G-G-T-AA-----G-GC--GT--A-T-T---A-----A-CA-C---
gi|70317                      :                                               -A-T--AT--T---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----C------G-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--TT--A-T-G---A-----C-TA-A---A---G-A-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--TAAAATAAA-AA--TA--TG--T-AAA---TA-A-TA---TG-A---------AC---T-GT-TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AATGCG-T-A-T--ACA-AC---
gi|70318                      :                                                         T---GCG--T-AT-G------A-C-TG-T--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-A-G-C-TA-----A-GT--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---G---T-G-A--A--
gi|70319                      :                                                                                                                   ----T--CC-C-C-AA---AG---T-T-G-G-TCTT-----GCGG--GT--A-T-G---ACACATA-CA-C---A---A-GTA--AGCCT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA---G--T-AAA------A-TA---TG-ATGTGAATCTAC---TCTT-TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-T-TTAAAA-AC---T---GTT
gi|70320                      :                                                                                                                           A-T-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--T--TC--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG--T-AAA---T--A-T





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    111111                                                               
lowQualScore                  :                                   1  222  2   1 1 11  1  222  333 1  3 555555 2 2  2 55 1 1 22222 2 3333  555 2 2 5555 22  1 2 1  222  444 1 1 1 1 1  44444 2  11  22 1 2 333 22222 2  3 777 333 1 1 11 33  44 1 222 1 44 2  222 11  33   33 888888  2  33  33  1 2   666666 1  2  1 555555555  11 111111 222  444 22 1 1 33 555 22 66  3   33 4 1 3 22   3  444 222    
lowQualScore                  :                                   .  ...  .   . . ..  .  ...  ... .  . ...... . .  . .. . . ..... . ....  ... . . .... ..  . . .  ...  ... . . . . .  ..... .  ..  .. . . ... ..... .  . ... ... . . .. ..  .. . ... . .. .  ... ..  ..   .. ......  .  ..  ..  . .   ...... .  .  . .........  .. ...... ...  ... .. . . .. ... .. ..  .   .. . . . ..   .  ... ...    
lowQualScore                  :                                   4  333  7   2 2 77  2  111  444 2  5 777777 4 4  4 11 2 2 99999 4 7777  555 4 4 7777 88  1 3 1  000  000 1 1 1 1 1  44444 3  66  77 1 3 111 99999 3  4 000 444 2 3 88 11  55 3 333 3 55 7  333 88  22   22 888888  7  22  22  3 7   555555 3  8  4 555555555  99 000000 555  555 00 4 4 44 999 00 22  0   55 4 5 0 00   0  222 888    
consensus                     :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
Reference ( family-476 )      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70285                      :                                TATGTT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-CCAA-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-CGAA---AG---T-----G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---A--GGGTTTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TGAA---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-ACATTT---GTT
gi|70286                      :                       cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-A---------------------A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---C--G--A
gi|70287                      :                       cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT--------A-C-TG-CA-A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T---G-T-TT--------G--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--G----TT--T------AA-A---------------------A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--TCG-T--G--AA-CAA--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTCG
gi|70288                      :                       cccaataaaTAT-TT---T--ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-CA-A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T---G-T-TT--------G--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---AG--A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--G----TT--T------AA-A---------------------A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--TCGAT--G--AACAAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTCG
gi|70289                      :                      cctaataaaaTAT-TT---TG-ATGGA-T--AT-GT---CCT--T-AT-A------A-T-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C--A---AG---T-T---G-T-TT-----G-CG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--AC-CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--TA-----AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------A------C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AACAAT--G-T-A-T--AAA-A
gi|70290                      :                       cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--ACA-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---G-T-G-G-T-TT-----G-GG--G---A-T-G---A-----A-TAGC---A---A-G-AATA--CT--A-T---T-T----CA------GG--TTT--T------AA-AA--AA--TG-T-AAA------A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--GA-AA-AAT--GTT-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70291                      :             cctaataaaagcattagaatcT-TT---TG-ATG---T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---GGA-A----T--CAAC-C-AA---AG---TGT-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-GA--A-----A-TA-C---A---A-G----A--CT--A-C---T-T--G-CA---G--GT--ATT--T------AA-AA--TA--TG-T--AA---T--A--A-TT-G---------AC--T--C---T---TT---T--A---G--T---T--G--AA-AAT--GTT-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70292                      :                     cctgataatatTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GC---T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-------G-A----C----G-A-A----T--CA-C---AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----ATTA-C---A---AGG-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TT----------------------------A---T--A-TA-TG-A---------AC--T--G---T---TT---T--A---G--T---C--G--AA-AAT--G-T-A-T--ACA-ACT--T---GTTG
gi|70293                      :           cctaataaaagcattagaatcTAT-AT---TG-ATG-A-T--AT-GTTGGGCC--T-ATTA------A-C-TG-CC-A-A-A-----G-A----C------G-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-----TT-----G-CG--GT--A-T-G---A-----A-TAAC---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A--A---G--G----TT--T------AA-AG--TA---G-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TTAAGT--G-G-G---------G--AA-ACT--G-T-A-C--AAA-AC---T---GT
gi|70294                      :                       cctagtaaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--ATTGT---GGC--T-AT-A--------C-TGGC--A-A-A-----ATA----CG---G-A-AA---T--CA-C----A---AG---T-T-G-G-T-TTTG---G-AG--GT--A-T-G---A-----A-TA-CTCCA---A-G-A--A--CT--A-TAAGT-T--A------G--GG--TTT--TTT----AATAA--TA--TG-T-AAT---A--A-TT-TG-A----------C--T--C---T---TT---T--AAG-G--T---T--G--AA-A-T--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70295                      :                        cctaatgaTAT-TT---TG-ATG-AAT--AT-GT---GCC--T-AC-AT-----A-C-TG-C--A-ATA-----G-A----CCC--G-A-A----TTCCA-C-C-AA---AG---G-T-G-GTT-TT-----G-GG--GT--A-GAG---A-----A-TA-CG--A---A-G-A--A--CTA-A-C---T-T--AGCA---G--GG--TTT--T-------A-GA--TACTTG---AAA---T--A-TATTG-A---------AC--
gi|70296                      :                                                 cctaataaT---GTC--T-AT-A------ATC-AG-C--A-A-A-----G-A----CCTCTG-A-AAATAT--AA-TGC-AA---AG---T-T-G-G-T-TC-----T-GG--GTG-A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-TG-A-CAGCTG--GG--TTT--T------AACAG--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------A---T--C---T---TT---T--A-G-T--T---T--GA-AA-AATG-G-T-A-T--AAAGAC---T---
gi|70297                      : cctaataaacaatctatgaatagcatcatttTAT-TT---TGCATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-CCTG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-A-T-TT-----G-AGGTGT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CTC-A-C---T-TA-A-CA---GAAGG--TTTTAT------AA-AA--TA--TG-TCAAAAATT--A-TA-TG-A---------AC--A--T---T---CT---T--A-G-G--TA--T--GA-AA-AAT--GCT-A-T--AAATAC---TAACGTTG
gi|70298                      :                           ctaataaa-TT---TG-ATG-A-T--AC-GT----CC--T-AT-A------A---TG-C--A-A-------G-A----CC-----A-A----T--CA-C-C-AA----G---T-T-G---T-TT-----G-GG--G---A---G---A-----A-TA---------A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTTG-T------AA-AA--TA--TG-T--AA---T--A-TA-TT-A---------A----------T---TT---T--A-G-G------T--G--AA-AA---G-T-A----AAA-AC-------GTTG
gi|70299                      :                            ctaaaaataT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----C
gi|70300                      :                        taaaagcnTAT-TT---TG-AT--A-T--AT-GT---GT---T-AG-A------A-C-GC-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-A-TT-----T-GG--GT--A-T-G---A-----A-AA-C-------A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTG--T------AA-AA--TA---G-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T------T---TT---T--A-G--------T--G--AA-AAT--G-T-G-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70301                      :                             aacTAT-TT---TGGATG-A-T--AT-GT---GCC--T-A--A------A-C-TG-C--A-A-A-----GGA----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AA---T-TTG-G-T-TT-----ATGG--GT--C-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GT--TTT--A------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--ATTATTG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-AGTT---T--G--AA-AA-----C-A-A--AAA-AC---T---
gi|70302                      :                               aatT-TT---TA-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-T-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-G-G-T-TA-----G-GC--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---
gi|70303                      :                             aaattT-TT---TG-ATG---T--AT-TT---GCT--T-AG-A------A-C-TG-C--A-G-A-----G-A----CC---G-A-A----C--TA-C-C-AGTCTAG---C-T---G-T-TA-----G-GC--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-
gi|70304                      :                             aaaagT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TGAC--A-A-A-----G-AA---CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GT--GT--ATT-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--ACC---T-T--A-CA---A--GGT-TTT--T------AA-AA--TA--TG-TAAAA---T--A-GA-TG-A---------ACTGT--T---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A----AAA-AC---T---GTTG
gi|70305                      :                             atcTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--G---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70306                      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--TTAT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-AGGGTCC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-C-T-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TAGCA--A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--T--T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T------G---TT---T--A-G-G--T---TTGA--AA-AAT--G-T-A-T--ACA-AC---T---GTTG
gi|70307                      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--A--GT---GCT--T-AT-ACATGTAA-C-AG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---GA---T-T-G-G-T-TT-----G-GA--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T------G---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T---AA-AC---T---GTTG
gi|70308                      :                                TAT-TT---TG-ATG-G-T--AT-GT---GC---T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AT---T-T-GTG-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA---------A-G-A--A--CT--A-----T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70309                      :                                TAT-TT---TG-A-G-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-ATTTTAG-A----C----G-A-A----T--CA-C-G-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--AT--A-T-G---A-----A-TA-CC--A---A-G-A--A--TT--A-C---T-T--A-CA---G--A---TCT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-----G-A---------AT--T--G---T---TT---T--A-G-G--T---T--G---A-AAT--G-T-ACC--AAA-AT---T---GTTG
gi|70310                      :                                TAT-TTACTTG-A---A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------AAC-TG-C--A-A-------G-A----CC---A-ATA----TT-CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----C-GT--GT--A-TCG---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--AGCA---G--GG--TTT--T------AA-AAGTTA--TG-T--AA---T--A-TA-TG-A---------AC--TG-C---T---TCTA-T--A-GTG--T---T--G--AA-AAT--G-TGA-T--AAA-AC---T---
gi|70311                      :                                TAT-TC---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-AT-----A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---GAA-A----T--CA-C-C-AA---AAGCTT-T-G-G---TT-----G-GG--GT--A-T-GAGAA-----A-TA-C---AGAGA-G-A--A--CCTAA-C---T-TACA-CA---G--GC--TTT--TTA----AA-AA--TAT-TGCT-AAA---TA-A-TA-TG-A---------AC--T--CGTTT---CT---T--A-G-G--T---T--GAAAA-AAT--G-T-GTT--AAA-AC---T---GT
gi|70312                      :                                TAC-TT---TA-ATG-A-T--AT-GT---GGCTTT-ATCA------A-CATG-C--A-A-A-----G-A----CC---A-ATA----T--CA-CGC-AA---AG---T-T-G-G-G-TT-----T-GG--GTAAA-T-G---A-----ATTA-C---A---A-G-A--A--TT--A-C---TGT--A-CA---G--CG--TTT--T------GA-AAC-TA--TG-T-TAG---CTAA-TA-TG-A---------AC--T------G---TT---T--A-G-G--T---T--G--AT-AA-----T-A-A--AAA-AC---T---GTTG
gi|70313                      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-C--AC-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CA---G-A-ACTA-T--TA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TTAATTTG-GG--GT----T-G---G----------T---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---A--GA--TTT--T------AA-AT--TA--TG-T-A---------------------------------------------------G-G--C---T--A--AA-AAT--G-T-A-T--AAC-AT---T---GTTG
gi|70314                      :                                TGT-TT---TT-AT--A-TGCAT-GT---GCT--T-CT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-G-G-T-TA-----G-GT--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---
gi|70315                      :                                   -TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-ATCA------A-C-TG----A-A-A-----G-A----CCAAGG-A-A----T---A-C-C-AA---AGCTGT-T-G-G-T-TT-----G-GA------A-T-G---A-----A-TA-TCA-A---A-G-A--A--CT--A-A---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AT--TA--TG-T-ATA---A--A-TT-TA-A---------AT--TGAC---TGTGTT---TGGA-G-GT-T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70316                      :                                              G-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-G-A-----G-A----TC---G-A-A----T--CC-C-T-AA---TG---T-C-G-G-T-AA-----G-GC--GT--A-T-T---A-----A-CA-C---
gi|70317                      :                                               -A-T--AT--T---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----C------G-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--TT--A-T-G---A-----C-TA-A---A---G-A-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--TAAAATAAA-AA--TA--TG-T-AAA---TA-A-TA-TG-A---------AC--T--G---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AATGCG-T-A-T--ACA-AC---
gi|70318                      :                                                         T---GCG--T-AT-G------A-C-TG-T--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-A-G-C-TA-----A-GT--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---G---T-G-A--A--
gi|70319                      :                                                                                                                   ----T--CC-C-C-AA---AG---T-T-G-G-TCTT-----GCGG--GT--A-T-G---ACACATA-CA-C---A---A-GTA--AGCCT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA---G-T-AAA------A-TA-TG-ATGTGAATCTAC--T--CT--T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-T-TTAAAA-AC---T---GTT
gi|70320                      :                                                                                                                           A-T-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--T--TC--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-T





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    111111                                                               
lowQualScore                  :                                   1  222  2   1 1 11  1  222  333 1  3 555555 2 2  2 55 1 1 22222 2 3333  555 2 2 5555 22  1 2 1  222  444 1 1 1 1 1  44444 2  11  22 1 2 333 22222 2  3 777 333 1 1 11 33  44 1 222 1 44 2  222 11  33   33 888888  2  33  33  1 2   666666 1  2  1 555555555  11 111111 222  444 22 1 1 33 555 22 66  3   33 4 1 3 22   3  444 222    
lowQualScore                  :                                   .  ...  .   . . ..  .  ...  ... .  . ...... . .  . .. . . ..... . ....  ... . . .... ..  . . .  ...  ... . . . . .  ..... .  ..  .. . . ... ..... .  . ... ... . . .. ..  .. . ... . .. .  ... ..  ..   .. ......  .  ..  ..  . .   ...... .  .  . .........  .. ...... ...  ... .. . . .. ... .. ..  .   .. . . . ..   .  ... ...    
lowQualScore                  :                                   4  333  7   2 2 77  2  111  444 2  5 777777 4 4  4 11 2 2 99999 4 7777  555 4 4 7777 88  1 3 1  000  000 1 1 1 1 1  44444 3  66  77 1 3 111 99999 3  4 000 444 2 3 88 11  55 3 333 3 55 7  333 88  22   22 888888  7  22  22  3 7   555555 3  8  4 555555555  99 000000 555  555 00 4 4 44 999 00 22  0   55 4 5 0 00   0  222 888    
consensus                     :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
Reference ( family-476 )      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70285                      :                                TATGTT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-CCAA-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-CGAA---AG---T-----G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---A--GGGTTTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TGAA---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-ACATTT---GTT
gi|70286                      :                       cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-A---------------------A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---C--G--A
gi|70287                      :                       cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT--------A-C-TG-CA-A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T---G-T-TT--------G--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--G----TT--T------AA-A---------------------A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--TCG-T--G--AA-CAA--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTCG
gi|70288                      :                       cccaataaaTAT-TT---T--ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-CA-A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T---G-T-TT--------G--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---AG--A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--G----TT--T------AA-A---------------------A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--TCGAT--G--AACAAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTCG
gi|70289                      :                      cctaataaaaTAT-TT---TG-ATGGA-T--AT-GT---CCT--T-AT-A------A-T-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C--A---AG---T-T---G-T-TT-----G-CG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--AC-CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--TA-----AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------A------C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AACAAT--G-T-A-T--AAA-A
gi|70290                      :                       cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--ACA-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---G-T-G-G-T-TT-----G-GG--G---A-T-G---A-----A-TAGC---A---A-G-AATA--CT--A-T---T-T----CA------GG--TTT--T------AA-AA--AA--TG-T-AAA------A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--GA-AA-AAT--GTT-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70291                      :             cctaataaaagcattagaatcT-TT---TG-ATG---T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---GGA-A----T--CAAC-C-AA---AG---TGT-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-GA--A-----A-TA-C---A---A-G----A--CT--A-C---T-T--G-CA---G--GT--ATT--T------AA-AA--TA--TG-T--AA---T--A--A-TT-G---------AC--T--C---T---TT---T--A---G--T---T--G--AA-AAT--GTT-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70292                      :                     cctgataatatTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GC---T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-------G-A----C----G-A-A----T--CA-C---AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----ATTA-C---A---AGG-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TT----------------------------A---T--A-TA-TG-A---------AC--T--G---T---TT---T--A---G--T---C--G--AA-AAT--G-T-A-T--ACA-ACT--T---GTTG
gi|70293                      :           cctaataaaagcattagaatcTAT-AT---TG-ATG-A-T--AT-GTTGGGCC--T-ATTA------A-C-TG-CC-A-A-A-----G-A----C------G-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-----TT-----G-CG--GT--A-T-G---A-----A-TAAC---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A--A---G--G----TT--T------AA-AG--TA---G-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TTAAGT--G-G-G---------G--AA-ACT--G-T-A-C--AAA-AC---T---GT
gi|70294                      :                       cctagtaaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--ATTGT---GGC--T-AT-A--------C-TGGC--A-A-A-----ATA----CG---G-A-AA---T--CA-C----A---AG---T-T-G-G-T-TTTG---G-AG--GT--A-T-G---A-----A-TA-CTCCA---A-G-A--A--CT--A-TAAGT-T--A------G--GG--TTT--TTT----AATAA--TA--TG-T-AAT---A--A-TT-TG-A----------C--T--C---T---TT---T--AAG-G--T---T--G--AA-A-T--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70295                      :                        cctaatgaTAT-TT---TG-ATG-AAT--AT-GT---GCC--T-AC-AT-----A-C-TG-C--A-ATA-----G-A----CCC--G-A-A----TTCCA-C-C-AA---AG---G-T-G-GTT-TT-----G-GG--GT--A-GAG---A-----A-TA-CG--A---A-G-A--A--CTA-A-C---T-T--AGCA---G--GG--TTT--T-------A-GA--TACTTG---AAA---T--A-TATTG-A---------AC--
gi|70296                      :                                                 cctaataaT---GTC--T-AT-A------ATC-AG-C--A-A-A-----G-A----CCTCTG-A-AAATAT--AA-TGC-AA---AG---T-T-G-G-T-TC-----T-GG--GTG-A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-TG-A-CAGCTG--GG--TTT--T------AACAG--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------A---T--C---T---TT---T--A-G-T--T---T--GA-AA-AATG-G-T-A-T--AAAGAC---T---
gi|70297                      : cctaataaacaatctatgaatagcatcatttTAT-TT---TGCATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-CCTG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-A-T-TT-----G-AGGTGT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CTC-A-C---T-TA-A-CA---GAAGG--TTTTAT------AA-AA--TA--TG-TCAAAAATT--A-TA-TG-A---------AC--A--T---T---CT---T--A-G-G--TA--T--GA-AA-AAT--GCT-A-T--AAATAC---TAACGTTG
gi|70298                      :                           ctaataaa-TT---TG-ATG-A-T--AC-GT----CC--T-AT-A------A---TG-C--A-A-------G-A----CC-----A-A----T--CA-C-C-AA----G---T-T-G---T-TT-----G-GG--G---A---G---A-----A-TA---------A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTTG-T------AA-AA--TA--TG-T--AA---T--A-TA-TT-A---------A----------T---TT---T--A-G-G------T--G--AA-AA---G-T-A----AAA-AC-------GTTG
gi|70299                      :                            ctaaaaataT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----C
gi|70300                      :                        taaaagcnTAT-TT---TG-AT--A-T--AT-GT---GT---T-AG-A------A-C-GC-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-A-TT-----T-GG--GT--A-T-G---A-----A-AA-C-------A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTG--T------AA-AA--TA---G-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T------T---TT---T--A-G--------T--G--AA-AAT--G-T-G-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70301                      :                             aacTAT-TT---TGGATG-A-T--AT-GT---GCC--T-A--A------A-C-TG-C--A-A-A-----GGA----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AA---T-TTG-G-T-TT-----ATGG--GT--C-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GT--TTT--A------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--ATTATTG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-AGTT---T--G--AA-AA-----C-A-A--AAA-AC---T---
gi|70302                      :                               aatT-TT---TA-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-T-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-G-G-T-TA-----G-GC--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---
gi|70303                      :                             aaattT-TT---TG-ATG---T--AT-TT---GCT--T-AG-A------A-C-TG-C--A-G-A-----G-A----CC---G-A-A----C--TA-C-C-AGTCTAG---C-T---G-T-TA-----G-GC--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-
gi|70304                      :                             aaaagT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TGAC--A-A-A-----G-AA---CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GT--GT--ATT-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--ACC---T-T--A-CA---A--GGT-TTT--T------AA-AA--TA--TG-TAAAA---T--A-GA-TG-A---------ACTGT--T---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A----AAA-AC---T---GTTG
gi|70305                      :                             atcTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--G---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70306                      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--TTAT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-AGGGTCC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-C-T-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TAGCA--A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--T--T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T------G---TT---T--A-G-G--T---TTGA--AA-AAT--G-T-A-T--ACA-AC---T---GTTG
gi|70307                      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--A--GT---GCT--T-AT-ACATGTAA-C-AG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---GA---T-T-G-G-T-TT-----G-GA--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T------G---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T---AA-AC---T---GTTG
gi|70308                      :                                TAT-TT---TG-ATG-G-T--AT-GT---GC---T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AT---T-T-GTG-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA---------A-G-A--A--CT--A-----T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70309                      :                                TAT-TT---TG-A-G-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-ATTTTAG-A----C----G-A-A----T--CA-C-G-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--AT--A-T-G---A-----A-TA-CC--A---A-G-A--A--TT--A-C---T-T--A-CA---G--A---TCT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-----G-A---------AT--T--G---T---TT---T--A-G-G--T---T--G---A-AAT--G-T-ACC--AAA-AT---T---GTTG
gi|70310                      :                                TAT-TTACTTG-A---A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------AAC-TG-C--A-A-------G-A----CC---A-ATA----TT-CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----C-GT--GT--A-TCG---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--AGCA---G--GG--TTT--T------AA-AAGTTA--TG-T--AA---T--A-TA-TG-A---------AC--TG-C---T---TCTA-T--A-GTG--T---T--G--AA-AAT--G-TGA-T--AAA-AC---T---
gi|70311                      :                                TAT-TC---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-AT-----A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---GAA-A----T--CA-C-C-AA---AAGCTT-T-G-G---TT-----G-GG--GT--A-T-GAGAA-----A-TA-C---AGAGA-G-A--A--CCTAA-C---T-TACA-CA---G--GC--TTT--TTA----AA-AA--TAT-TGCT-AAA---TA-A-TA-TG-A---------AC--T--CGTTT---CT---T--A-G-G--T---T--GAAAA-AAT--G-T-GTT--AAA-AC---T---GT
gi|70312                      :                                TAC-TT---TA-ATG-A-T--AT-GT---GGCTTT-ATCA------A-CATG-C--A-A-A-----G-A----CC---A-ATA----T--CA-CGC-AA---AG---T-T-G-G-G-TT-----T-GG--GTAAA-T-G---A-----ATTA-C---A---A-G-A--A--TT--A-C---TGT--A-CA---G--CG--TTT--T------GA-AAC-TA--TG-T-TAG---CTAA-TA-TG-A---------AC--T------G---TT---T--A-G-G--T---T--G--AT-AA-----T-A-A--AAA-AC---T---GTTG
gi|70313                      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-C--AC-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CA---G-A-ACTA-T--TA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TTAATTTG-GG--GT----T-G---G----------T---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---A--GA--TTT--T------AA-AT--TA--TG-T-A---------------------------------------------------G-G--C---T--A--AA-AAT--G-T-A-T--AAC-AT---T---GTTG
gi|70314                      :                                TGT-TT---TT-AT--A-TGCAT-GT---GCT--T-CT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-G-G-T-TA-----G-GT--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---
gi|70315                      :                                   -TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-ATCA------A-C-TG----A-A-A-----G-A----CCAAGG-A-A----T---A-C-C-AA---AGCTGT-T-G-G-T-TT-----G-GA------A-T-G---A-----A-TA-TCA-A---A-G-A--A--CT--A-A---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AT--TA--TG-T-ATA---A--A-TT-TA-A---------AT--TGAC---TGTGTT---TGGA-G-GT-T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70316                      :                                              G-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-G-A-----G-A----TC---G-A-A----T--CC-C-T-AA---TG---T-C-G-G-T-AA-----G-GC--GT--A-T-T---A-----A-CA-C---
gi|70317                      :                                               -A-T--AT--T---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----C------G-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--TT--A-T-G---A-----C-TA-A---A---G-A-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--TAAAATAAA-AA--TA--TG-T-AAA---TA-A-TA-TG-A---------AC--T--G---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AATGCG-T-A-T--ACA-AC---
gi|70318                      :                                                         T---GCG--T-AT-G------A-C-TG-T--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-A-G-C-TA-----A-GT--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---G---T-G-A--A--
gi|70319                      :                                                                                                                   ----T--CC-C-C-AA---AG---T-T-G-G-TCTT-----GCGG--GT--A-T-G---ACACATA-CA-C---A---A-GTA--AGCCT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA---G-T-AAA------A-TA-TG-ATGTGAATCTAC--T--CT--T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-T-TTAAAA-AC---T---GTT
gi|70320                      :                                                                                                                           A-T-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--T--TC--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-T


blockSeqs                     :                                   .  ACT  C   G A GC  T  TGG  CTT T  T CATGTA T C  G A  C T TTTTA T GGGT  TCT G T AATA TC  A G .  TCT  GCT G T T T C  AATTT T  GT  AA T A AGA CACAT T  G TCC GAG G T AT GC  TA C AAG G AC G  GCT AA  T    TA AAAATA  T  GT  CT  C C   AATT   T  T  . TGTGAATCT  TG CGTT   GTG  AAG GG A T GT CGA TG AA  C   GC T G C TA   G  T   AAC
blockSeqs                     :                                   .  .    G   . . .   .  .    C   .  C T      A A  A A  . . .     G A     AAG A T CTA  T   . G .  .    CTG . . . . .  TG    C  .   G  . C A   .     T  A CA  G   . . .  C   A  . .   . G  G  .   .   .    G  TT      C  C   T   . A   CTA    .  T  . .          .  GAC    .    TA  .  . . T  CG  .  A   C   G  T . T .    T  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    C   .  C T      . .  . C  . . .     . .     C   . . A    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  G G   .   . . .  .   C  . .   . A  .  .   .   .    .  TA      .  .   .   . .   TA     .  .  . .          .  GC     .    .   .  . . .  A   .  A   .   .  C . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    C   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . A   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  A       .  .   .   . .   TA     .  .  . .          .  CT     .    .   .  . . .  .   .  A   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . C   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  C      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    C   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  C      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    C   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  C      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    C   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  C      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    C   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   A      .  .  . .          .  C      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    C   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  C      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    C   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  G      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    C   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  C      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    C   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  C      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  C      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    C   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  T      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  C      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  T      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  G      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  C      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  G      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  G      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   A      .  .  . .          .  .      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   T      .  .  . .          .  .      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    C   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   .      .  .  . .          .  .      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .   .  
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   .      .  .  . .          .  .      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .  .      
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   .      .  .  . .          .  .      .    .   .  . . .  .   .  .   .   .  . . . .    .         
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   .      .  .  . .          .  .      .    .   .  . . .  .   .  .                               
blockSeqs                     :                                   .  .    .   . . .   .  .    C   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   .      .  .  . .          .                                                                   
blockSeqs                     :                                      .    .   . . .   .  .    T   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .   .  . .   . .  .  .   .   .    .  .       .  .   .   . .   .      .                                                                                      
blockSeqs                     :                                               . . .   .  .    G   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   . . .  .                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                               . . .   .  .    .   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .   .   .                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                          .    .   .  . .      . .  . .  . . .     . .     .   . . .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .                                                                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                          .    .   .  . .      . .  . .  . . .     . .             .    .   . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .                                                                                                                                                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                            . . .  .    .   . . . . .  .     .  .   .  . . .   .     .  . .                                                                                                                                                                          


blockSeqCons                  :                                                                                      **                                                                                                                                              **                                                                                                                      ***
originalCons                  :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
finalCons                     :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    111111                                                               
lowQualScore                  :                                   1  222  2   1 1 11  1  222  333 1  3 555555 2 2  2 55 1 1 22222 2 3333  555 2 2 5555 22  1 2 1  222  444 1 1 1 1 1  44444 2  11  22 1 2 333 22222 2  3 777 333 1 1 11 33  44 1 222 1 44 2  222 11  33   33 888888  2  33  33  1 2   666666 1  2  1 555555555  11 111111 222  444 22 1 1 33 555 22 66  3   33 4 1 3 22   3  444 222    
lowQualScore                  :                                   .  ...  .   . . ..  .  ...  ... .  . ...... . .  . .. . . ..... . ....  ... . . .... ..  . . .  ...  ... . . . . .  ..... .  ..  .. . . ... ..... .  . ... ... . . .. ..  .. . ... . .. .  ... ..  ..   .. ......  .  ..  ..  . .   ...... .  .  . .........  .. ...... ...  ... .. . . .. ... .. ..  .   .. . . . ..   .  ... ...    
lowQualScore                  :                                   4  333  7   2 2 77  2  111  444 2  5 777777 4 4  4 11 2 2 99999 4 7777  555 4 4 7777 88  1 3 1  000  000 1 1 1 1 1  44444 3  66  77 1 3 111 99999 3  4 000 444 2 3 88 11  55 3 333 3 55 7  333 88  22   22 888888  7  22  22  3 7   555555 3  8  4 555555555  99 000000 555  555 00 4 4 44 999 00 22  0   55 4 5 0 00   0  222 888    
consensus                     :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
Reference ( family-476 )      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70285                      :                                TATGTT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-CCAA-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-CGAA---AG---T-----G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---A--GGGTTTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TGAA---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-ACATTT---GTT
gi|70286                      :                       cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-A---------------------A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---C--G--A
gi|70287                      :                       cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT--------A-C-TG-CA-A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T---G-T-TT--------G--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--G----TT--T------AA-A---------------------A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--TCG-T--G--AA-CAA--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTCG
gi|70288                      :                       cccaataaaTAT-TT---T--ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-CA-A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T---G-T-TT--------G--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---AG--A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--G----TT--T------AA-A---------------------A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--TCGAT--G--AACAAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTCG
gi|70289                      :                      cctaataaaaTAT-TT---TG-ATGGA-T--AT-GT---CCT--T-AT-A------A-T-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C--A---AG---T-T---G-T-TT-----G-CG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--AC-CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--TA-----AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------A------C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AACAAT--G-T-A-T--AAA-A
gi|70290                      :                       cctaataaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--ACA-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---G-T-G-G-T-TT-----G-GG--G---A-T-G---A-----A-TAGC---A---A-G-AATA--CT--A-T---T-T----CA------GG--TTT--T------AA-AA--AA--TG-T-AAA------A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--GA-AA-AAT--GTT-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70291                      :             cctaataaaagcattagaatcT-TT---TG-ATG---T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---GGA-A----T--CAAC-C-AA---AG---TGT-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-GA--A-----A-TA-C---A---A-G----A--CT--A-C---T-T--G-CA---G--GT--ATT--T------AA-AA--TA--TG-T--AA---T--A--A-TT-G---------AC--T--C---T---TT---T--A---G--T---T--G--AA-AAT--GTT-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70292                      :                     cctgataatatTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GC---T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-------G-A----C----G-A-A----T--CA-C---AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----ATTA-C---A---AGG-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TT----------------------------A---T--A-TA-TG-A---------AC--T--G---T---TT---T--A---G--T---C--G--AA-AAT--G-T-A-T--ACA-ACT--T---GTTG
gi|70293                      :           cctaataaaagcattagaatcTAT-AT---TG-ATG-A-T--AT-GTTGGGCC--T-ATTA------A-C-TG-CC-A-A-A-----G-A----C------G-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-----TT-----G-CG--GT--A-T-G---A-----A-TAAC---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A--A---G--G----TT--T------AA-AG--TA---G-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TTAAGT--G-G-G---------G--AA-ACT--G-T-A-C--AAA-AC---T---GT
gi|70294                      :                       cctagtaaaTAT-TT---TG-ATG-A-T--ATTGT---GGC--T-AT-A--------C-TGGC--A-A-A-----ATA----CG---G-A-AA---T--CA-C----A---AG---T-T-G-G-T-TTTG---G-AG--GT--A-T-G---A-----A-TA-CTCCA---A-G-A--A--CT--A-TAAGT-T--A------G--GG--TTT--TTT----AATAA--TA--TG-T-AAT---A--A-TT-TG-A----------C--T--C---T---TT---T--AAG-G--T---T--G--AA-A-T--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70295                      :                        cctaatgaTAT-TT---TG-ATG-AAT--AT-GT---GCC--T-AC-AT-----A-C-TG-C--A-ATA-----G-A----CCC--G-A-A----TTCCA-C-C-AA---AG---G-T-G-GTT-TT-----G-GG--GT--A-GAG---A-----A-TA-CG--A---A-G-A--A--CTA-A-C---T-T--AGCA---G--GG--TTT--T-------A-GA--TACTTG---AAA---T--A-TATTG-A---------AC--
gi|70296                      :                                                 cctaataaT---GTC--T-AT-A------ATC-AG-C--A-A-A-----G-A----CCTCTG-A-AAATAT--AA-TGC-AA---AG---T-T-G-G-T-TC-----T-GG--GTG-A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-TG-A-CAGCTG--GG--TTT--T------AACAG--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------A---T--C---T---TT---T--A-G-T--T---T--GA-AA-AATG-G-T-A-T--AAAGAC---T---
gi|70297                      : cctaataaacaatctatgaatagcatcatttTAT-TT---TGCATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-CCTG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-A-T-TT-----G-AGGTGT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CTC-A-C---T-TA-A-CA---GAAGG--TTTTAT------AA-AA--TA--TG-TCAAAAATT--A-TA-TG-A---------AC--A--T---T---CT---T--A-G-G--TA--T--GA-AA-AAT--GCT-A-T--AAATAC---TAACGTTG
gi|70298                      :                           ctaataaa-TT---TG-ATG-A-T--AC-GT----CC--T-AT-A------A---TG-C--A-A-------G-A----CC-----A-A----T--CA-C-C-AA----G---T-T-G---T-TT-----G-GG--G---A---G---A-----A-TA---------A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTTG-T------AA-AA--TA--TG-T--AA---T--A-TA-TT-A---------A----------T---TT---T--A-G-G------T--G--AA-AA---G-T-A----AAA-AC-------GTTG
gi|70299                      :                            ctaaaaataT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----C
gi|70300                      :                        taaaagcnTAT-TT---TG-AT--A-T--AT-GT---GT---T-AG-A------A-C-GC-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-A-TT-----T-GG--GT--A-T-G---A-----A-AA-C-------A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTG--T------AA-AA--TA---G-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T------T---TT---T--A-G--------T--G--AA-AAT--G-T-G-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70301                      :                             aacTAT-TT---TGGATG-A-T--AT-GT---GCC--T-A--A------A-C-TG-C--A-A-A-----GGA----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AA---T-TTG-G-T-TT-----ATGG--GT--C-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GT--TTT--A------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--ATTATTG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-AGTT---T--G--AA-AA-----C-A-A--AAA-AC---T---
gi|70302                      :                               aatT-TT---TA-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-T-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-G-G-T-TA-----G-GC--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---
gi|70303                      :                             aaattT-TT---TG-ATG---T--AT-TT---GCT--T-AG-A------A-C-TG-C--A-G-A-----G-A----CC---G-A-A----C--TA-C-C-AGTCTAG---C-T---G-T-TA-----G-GC--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-
gi|70304                      :                             aaaagT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TGAC--A-A-A-----G-AA---CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GT--GT--ATT-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--ACC---T-T--A-CA---A--GGT-TTT--T------AA-AA--TA--TG-TAAAA---T--A-GA-TG-A---------ACTGT--T---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A----AAA-AC---T---GTTG
gi|70305                      :                             atcTAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--G---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70306                      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--TTAT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-AGGGTCC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-C-T-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TAGCA--A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--T--T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T------G---TT---T--A-G-G--T---TTGA--AA-AAT--G-T-A-T--ACA-AC---T---GTTG
gi|70307                      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-T--A--GT---GCT--T-AT-ACATGTAA-C-AG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---GA---T-T-G-G-T-TT-----G-GA--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T------G---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T---AA-AC---T---GTTG
gi|70308                      :                                TAT-TT---TG-ATG-G-T--AT-GT---GC---T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-C-AA---AT---T-T-GTG-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA---------A-G-A--A--CT--A-----T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-TA-TG-A---------AC--T--C---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70309                      :                                TAT-TT---TG-A-G-A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-ATTTTAG-A----C----G-A-A----T--CA-C-G-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--AT--A-T-G---A-----A-TA-CC--A---A-G-A--A--TT--A-C---T-T--A-CA---G--A---TCT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-----G-A---------AT--T--G---T---TT---T--A-G-G--T---T--G---A-AAT--G-T-ACC--AAA-AT---T---GTTG
gi|70310                      :                                TAT-TTACTTG-A---A-T--AT-GT---GCT--T-AT-A------AAC-TG-C--A-A-------G-A----CC---A-ATA----TT-CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----C-GT--GT--A-TCG---A-----A-TA-C---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--AGCA---G--GG--TTT--T------AA-AAGTTA--TG-T--AA---T--A-TA-TG-A---------AC--TG-C---T---TCTA-T--A-GTG--T---T--G--AA-AAT--G-TGA-T--AAA-AC---T---
gi|70311                      :                                TAT-TC---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-AT-----A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---GAA-A----T--CA-C-C-AA---AAGCTT-T-G-G---TT-----G-GG--GT--A-T-GAGAA-----A-TA-C---AGAGA-G-A--A--CCTAA-C---T-TACA-CA---G--GC--TTT--TTA----AA-AA--TAT-TGCT-AAA---TA-A-TA-TG-A---------AC--T--CGTTT---CT---T--A-G-G--T---T--GAAAA-AAT--G-T-GTT--AAA-AC---T---GT
gi|70312                      :                                TAC-TT---TA-ATG-A-T--AT-GT---GGCTTT-ATCA------A-CATG-C--A-A-A-----G-A----CC---A-ATA----T--CA-CGC-AA---AG---T-T-G-G-G-TT-----T-GG--GTAAA-T-G---A-----ATTA-C---A---A-G-A--A--TT--A-C---TGT--A-CA---G--CG--TTT--T------GA-AAC-TA--TG-T-TAG---CTAA-TA-TG-A---------AC--T------G---TT---T--A-G-G--T---T--G--AT-AA-----T-A-A--AAA-AC---T---GTTG
gi|70313                      :                                TAT-TT---TG-ATG-A-C--AC-GT---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CA---G-A-ACTA-T--TA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TTAATTTG-GG--GT----T-G---G----------T---A---A-G-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---A--GA--TTT--T------AA-AT--TA--TG-T-A---------------------------------------------------G-G--C---T--A--AA-AAT--G-T-A-T--AAC-AT---T---GTTG
gi|70314                      :                                TGT-TT---TT-AT--A-TGCAT-GT---GCT--T-CT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-G-G-T-TA-----G-GT--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---
gi|70315                      :                                   -TT---TG-ATG-A-T--AT-GT---GCT--T-ATCA------A-C-TG----A-A-A-----G-A----CCAAGG-A-A----T---A-C-C-AA---AGCTGT-T-G-G-T-TT-----G-GA------A-T-G---A-----A-TA-TCA-A---A-G-A--A--CT--A-A---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AT--TA--TG-T-ATA---A--A-TT-TA-A---------AT--TGAC---TGTGTT---TGGA-G-GT-T---T--G--AA-AAT--G-T-A-T--AAA-AC---T---GTTG
gi|70316                      :                                              G-A-T--AT-GT---GCC--T-AT-A------A-C-TG-C--A-G-A-----G-A----TC---G-A-A----T--CC-C-T-AA---TG---T-C-G-G-T-AA-----G-GC--GT--A-T-T---A-----A-CA-C---
gi|70317                      :                                               -A-T--AT--T---GCT--T-AT-A------A-C-TG-C--A-A-A-----G-A----C------G-A----T--CA-C-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--TT--A-T-G---A-----C-TA-A---A---G-A-A--A--CT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--TAAAATAAA-AA--TA--TG-T-AAA---TA-A-TA-TG-A---------AC--T--G---T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AATGCG-T-A-T--ACA-AC---
gi|70318                      :                                                         T---GCG--T-AT-G------A-C-TG-T--A-A-A-----G-A----CC---G-A-A----T--CA-C-T-AA---AG---T-C-A-G-C-TA-----A-GT--GT--A-T-G---A-----A-CA-C---G---T-G-A--A--
gi|70319                      :                                                                                                                   ----T--CC-C-C-AA---AG---T-T-G-G-TCTT-----GCGG--GT--A-T-G---ACACATA-CA-C---A---A-GTA--AGCCT--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA---G-T-AAA------A-TA-TG-ATGTGAATCTAC--T--CT--T---TT---T--A-G-G--T---T--G--AA-AAT--G-T-T-TTAAAA-AC---T---GTT
gi|70320                      :                                                                                                                           A-T-C-AA---AG---T-T-G-G-T-TT-----G-GG--GT--A-T-G---A-----A-TA-C---A---A-G-A--T--TC--A-C---T-T--A-CA---G--GG--TTT--T------AA-AA--TA--TG-T-AAA---T--A-T