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lowQualScore                  :    .    .   .. .  .....   .  .. ..    .. .. . .  .  .  ..... .... .  .   . . ........ .   ..  .   .  .. ..  . .   ..  ............ .. . .    .....  ...... . .  ..      ... . ..   . . . ... .  ..  ... ..... .   . . .   . . .    .  .. ...  . ........................... .. .  .. .   . . .  .     
lowQualScore                  :    7    7   33 5  55555   5  00 99    99 55 3 3  3  3  33333 8888 2  4   2 2 66666666 2   44  2   6  99 99  2 2   77  000000000000 77 2 2    66666  222222 2 2  11      333 2 99   2 2 2 111 2  77  222 88888 5   2 2 5   2 2 2    2  99 333  2 111111111111111111111111111 55 3  88 3   3 3 3  7     
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Reference ( gi|8333 )         : AAT-TCCC-CGG--G-AA-G---AAA-CA--T--GTTT--C--T-G-TT-CT-GT-----T----C-AT-AAT-G-T----A---A-AAA-TAT-AGC-AA--T--AA-A-AAC--AT--C---------A--A-T-TTTT-----AC----G-A-A-AA--TCATTA---A-T--ATT-C-A-T---G-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-GAG-C-T-AATT-TA--C---AT-AT-CAT-----GC-TA---TA--AA---A--T-AA--A-AGT-A-C-AA-TTCAT
gi|8334                       : AGT-TCTC-CGG--G-AA-G---AAA-CA--C--GTTT--C--T-G-TT-CT-GT-----T----C-AT-TAT-G-T----A---A-AAA-TAT-AGC-AA--T--AA-A-AAC--AT--C---------A--A-T-TTTT-----AC----G-A-A-AA--TCATTA---A-T--ATT-C-A-T---G-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-GAG-C-T-AATT-TA--C---AT-AT-CAT-----GC-TA---TA--AA---A--T-AA--A-AGT-A-C-AA-TTCAT
gi|8335                       : AAT-TGCC-CGG--G-AA-G---AA--CA--T--GTTT--C--T-G-TT-CT-GT----------C-AT-AAT-G-T----A---A-AAA-TAT-AGC-AA--T--AA-A-AAC--AT--A---------A--A-T-TTTT-----AC----G-A-A-AA--TCATTA---A-T--ATT-C-A-T---G-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-GAG-C-T-AATT-TA--C---AT-AT-AAT-----GG-TA---TC--AA---A--T-AA--A-AGT-A-C-AA-TTCA
gi|8336                       : AAT-TCCC-CGG--G-AA-G---AAA-CA--T--GTTT--C--T-G-CT-CT-GT-----T----C-AT-AAT-G-T----A---A-AAT-AAT-AGC-AA--C--AA-A-AAC--AT--C---------A--A-T-TTTT-----AC----GAA-A-AA--TCATTA---A-T--ATT-C-A-T---G-AA--TA---------G-CAA-A-T-GAG-C-T-AATT-TA--C---AT-AT-ACT-----GG-TA---TC--AA---A--T--A--A-AGT-A-C-AA-TTCAT
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gi|8351                       : AAT-TCCC--AG--A-AA-C---AAA-CG--T--ATTC--C--T-G-TT-CC-GT-----T----C-AT-AAT-A-T----A---ACAAA-AAA-GGT-AA--TCAAG-A-AAC--AT--T---------A--T-T-TTTT-----AC----A-A-A-AAATCCATTA---A-T--ATT-C-A-T---G-AA--TA---T-------CAA-A-T-CAG-A-TAAATT-TA--C---ATAAA-AAT-----GG-TA---GC--AT---T--T-AA--A-AGT-G-C-AA-TTCAT
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gi|8356                       : AAC-TCCC-CTG--G-AA-C---AAA-CG--T--GTTT--C--T-G-TT-TT-CT-----T----C-AT-AAT-G-T----A---A-AAA-
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lowQualScore                  :    .    .   .. .  .....   ... ..  ..    .. .. . .  .  .  ..... .... .  .   . . .... ... .   ..  .   .  .. ..  . .   ..  ............ .. . .    .....  ...... . .  ..      ... . ..   . . . ... .  ..  ... ..... .   . . .   . . .    .  .. . . . .. ..  .  . . ... ... ...  .  .. . .  . . .  .     
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Reference ( family-475 )      : AAT-TCCC-CGG--G-AA-G---AAA---C--GT--GTTT--C--T-G-TT-CT-GT-----T----C-AT-AAT-G-T----A---A-AAA-TAT-AGC-AA--T--AA-A-AAC--AT--C---------A--A-T-TTTT-----AC----G-A-A-AA--TCATTA---A-T--ATT-C-A-T---G-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-GAG-C-T-AATT-TA--C-A-T-AT-A--AT-GG-T-AT--C---A-A-AT-AA--A-A-GT-A-C-AA-TTCAT
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gi|8365                       :                                                                ----C-AT-AAT-G-T----ACACA-GAA-T----GCTAA--T--AA-A-A-C--AT--C---------A--A-A-TGTT-----AC----A-A-A-CA--TTATTG---A-T--ATT-C-A-T---G-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-CAG-C-T-AATT-TA--C-A-T-A--A--AT-GG-T-AT--C---A-ATAT-AA--A-A-GT-A-C-AA-TTCAT
gi|8366                       :                                                                ----C-AT-AAT-G-T----ACACA-GAA--AT-GCT-AA--T--AA-A-A-C--AT--C---------A--A-A-TGTT-----AC----A-A-A-A----CATT----A-TGAATT-C-A-T---G-AA--TA---TTG---G-CAA-A-T-CAG-C-T-AATT-TA--CGA-T-A--A--AT-GG-T-AT--C---A-ATAT-AA--A-A-GT-A-C-AA--TCAT
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lowQualScore                  :    .    .   .. .  .....   ... ..  ..    .. .. . .  .  .  ..... .... .  .   . . .... ... .   ..  .   .  .. ..  . .   ..  ............ .. . .    .....  ...... . .  ..      ... . ..   . . . ... .  ..  ... ..... .   . . .   . . .    .  .. . . . .. ..  .  . . . ... .. .. .  .. . .  . . .  .     
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Reference ( family-475 )      : AAT-TCCC-CGG--G-AA-G---AAA---C--GT--GTTT--C--T-G-TT-CT-GT-----T----C-AT-AAT-G-T----A---A-AAA-TAT-AGC-AA--T--AA-A-AAC--AT--C---------A--A-T-TTTT-----AC----G-A-A-AA--TCATTA---A-T--ATT-C-A-T---G-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-GAG-C-T-AATT-TA--C-A-T-AT-A--AT-GG-T-ATC---A-NA--T-AA--A-A-GT-A-C-AA-TTCAT
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gi|8361                       :                                  T--GTTT--TATT-A-TT-CT-GT-----T----C-AT-AAT-T-TT---A---A-AAA-TAT-AAC-TA--T--AA-A-ACC--G---C---------A--A-T-TTTTTTT--AC----A-A-A-AA--TCATTA---A-T--ATT-C-A-T---T-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-GAG-T-T-AATC-TA--C-A-T-A
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Reference ( family-475 )      : AAT-TCCC-CGG--G-AA-G---AAA---C--GT--GTTT--C--T-G-TT-CT-GT-----T----C-AT-AAT-G-T----A---A-AAA-TAT-AGC-AA--T--AA-A-AAC--AT--C---------A--A-T-TTTT-----AC----G-A-A-AA--TCATTA---A-T-ATT-C-A-T---G-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-GAG-C-T-AATT-TA--C-A-T-AT-A--AT-GG-T-ATC---A-TA--T-AA--A-A-GT-A-C-AA-TTCAT
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gi|8351                       : AAT-TCCC--AG--A-AA-C---AAA---C--GT--ATTC--C--T-G-TT-CC-GT-----T----C-AT-AAT-A-T----A---ACAAA-AAA-GGT-AA--TCAAG-A-AAC--AT--T---------A--T-T-TTTT-----AC----A-A-A-AAATCCATTA---A-T-ATT-C-A-T---G-AA--TA---T-------CAA-A-T-CAG-A-TAAATT-TA--C-A-TAAA-A--AT-GG-T-AGC---A-TT--T-AA--A-A-GT-G-C-AA-TTCAT
gi|8352                       : AAT-TCCC-CGG--G-AA-A---AAA---C--AT--GTTT--C--A-G-TT-CT-GT-----T----C-AC-AAT-G-T----A---C-AAA-TAT-AGC-AA--T--AA-A-AAC--AT--C---------A--ATT-TTTT-----TC----G-A-A-AA--TCATTA---A-T-ATT-C-A-T---G-AA--T
gi|8353                       : AAT-TTCC--GG--G-AA-G---AAA---A--AT--GTTTT-C--TAG-TT-CT-AT-----TTCAAC-A--AAT-GCT----A---A-AAA-TAA-AGC-AA--T--AA-A-AAC--AT--A---------T--A-TCTTTT-----AT----G-A-A-AAA-TCATTA---A-T-ATTTC-A-T---G-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-GAG-C-T-AA-T-TA--C-A-T-ATAA--AT-GG-T-ATCA--A-TA--T-AA--A----T-A-T-AA-
gi|8354                       : AAT-TCCC-CGG--G-AA-A---GAA---C--AT--GTTTT-C--T-G-TT--T-GC-----C----C-AT-GGT-T-TTT--A---A-AAT-TAT-AGC-AAGTT--AA-A-AA---ATTTC---------A--A-T-TTT------AC----G-ATA-AA--TCTTTA---A-T-ATT-C-A-G---G-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-AAG-C-T-AATT-TA--C-ATT-AT-ACTAT-GGCC-ATC---A-AA--TAAA--A-A-AT-A-C-AATTTCAT
gi|8355                       : AAT-TCCC---------A-G---AAA---CACGT--GTTC--C--T-G-TT-CT-GACCACAT----C-AC-AAT-G-T----AT--C-AAA-GAA-GGT-AA--T--CA-G-AAC--AT--T---------A--T-T-TTTTTTTTTAC------A-A-AA--TCATTA---A-T-ATT-C-A-T---G-AA--TA---T-----GCCAA-A-T-CAG-C-T-AATT-GA----A-T-AA-A--AT--G-T-AGC---A-TT--T-AA--A-A-GT-A-C-AATTTCAT
gi|8356                       : AAC-TCCC-CTG--G-AA-C---AAA---C--GT--GTTT--C--T-G-TT-TT-CT-----T----C-AT-AAT-G-T----A---A-AAA-
gi|8357                       :  AT-TTTC-CGGCAG-AA-ACCAAAA---C--GT--GTTT--C--T-G-TT-CT-GT-----TT---C-AT-AAT-G-TTTTCA---A-AAA-TGT-GGT-AA--T--AA-AGAAC--GT--A---------A--A-T-TTTTT----AC----A-A-A-AA--TCATTA---A-T-ATT-C-A-T---G-AA--TA---T-----G-CAA-A-TCAAA-C-T-AATC-TA--C-A-T-A--A--AT-GG-T-AGC---ATTA--T-AA--A-A--T-A-CTAA-TTCATa
gi|8358                       :                -AA-G---AAA---T--GTTTGTTTAAT--T-G-TT-CT-GT-----T----C-ATGAAT-T-T----T---T-AAA-GAT-AGC-----C--TA-A-AAC--AT--CTTTTTTTTTT--T-T-TTTT-----AC----A-A-A-AA--TCATTAT--T-T-TTT-C-A-T---G-AATTTA---T-----G-CAA-A-TGGAA-C-T-AATT-TA--C-A-T-AT-AT-ACGGG-TAAGC---A-TA--T-AA--A-A-GT-GCC-AA-TTCAT
gi|8359                       :                -AA-G---AGA---A--GT--GTTT--C--T-G-TT-CT-GT-----T----CAAT-AAT-G-T----A---A-AAA-T-T-TGC-AA--T--AA-A-AAA--CT--C---------A--A-T-TTTT-----AC----G-C-ATAA--TCATTA-------ATT-C-ACT---G-AA--TA---T-----G-CAAGA-T-GAG-C-T-AA-T-TA--C-A-T-AT-A--A--GG-T-ATG---A-TAAGT-AA--A-A-TT-A-C-A
gi|8360                       :                  A-G---AAA---T--GTTTGTTT--TA-T-G-TTTCT-GT-----T----C-AT-ACT-T-T----A---A-AAT-AAT-AGC-TA--T--AATA-AAC--AT---------------A-T-TTTTCTTT-AC----A-A-A-AAA-TCAATA---A-T--TT-C-A-------AA--TA---T-----T-CAA-A-T-GAG-T-T-AATT-TA--C-A-T-AC-A--AC-AA---AGC---A-TA--T-AA--A-AAGT-A-C-AA-TTCAT
gi|8361                       :                                  T--GTTT--TATT-A-TT-CT-GT-----T----C-AT-AAT-T-TT---A---A-AAA-TAT-AAC-TA--T--AA-A-ACC--G---C---------A--A-T-TTTTTTT--AC----A-A-A-AA--TCATTA---A-T-ATT-C-A-T---T-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-GAG-T-T-AATC-TA--C-A-T-A
gi|8362                       :                                      TTT--C--T-G-TT-CT-GC-----T----C-AT-AGT-G-T----A---C-AAA-AAT-GGC-GA--T--AA-A-AAC--AT------------A--A-G-TTTT-----AC----C-A-A-AA--TTATTG---A-T-ATC-C-A-T---G-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-CAG-C-T-AATT-TA--C-A-T-A
gi|8363                       :                                            --T-G-TT-CT-GT-----T----C-AT-AAT-T-T----T---T-AAA-AAT-AGT-CA--T--AA-A-AAC--AT--T---------T--T-T-TTTTA----AC----A-A-A-AA--TAATTATTTT-T-TTT-C-A-T---G-AA--TA---T-----GACAA-A-T-GAG-CAT-AATT-TAACT-A-T-AT-A-----CG-T-A-C---A-TA--T-AA--A-A-GT-A-C-AA-TTCAT
gi|8364                       :                                                                ----C-AT-AAT-G-T----ACACA-GAA-T----GCTAA--T--AA-A-AAC--AT--C---------A--A-A-TGTT-----AC----A-A-A-CA--TTATTG---A-T-ATT-C-A-T---G-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-CAG-C-T-AATT-TA--C-A-T-AA-A--AT-GG-T-ATC---A-TA--T-AA--A-A-GT-A-C-AA-TTCAT
gi|8365                       :                                                                ----C-AT-AAT-G-T----ACACA-GAA-T----GCTAA--T--AA-A-A-C--AT--C---------A--A-A-TGTT-----AC----A-A-A-CA--TTATTG---A-T-ATT-C-A-T---G-AA--TA---T-----G-CAA-A-T-CAG-C-T-AATT-TA--C-A-T-A--A--AT-GG-T-ATCA--A-TA--T-AA--A-A-GT-A-C-AA-TTCAT
gi|8366                       :                                                                ----C-AT-AAT-G-T----ACACA-GAA--AT-GCT-AA--T--AA-A-A-C--AT--C---------A--A-A-TGTT-----AC----A-A-A-A----CATTATG-A---ATT-C-A-T---G-AA--TA---TTG---G-CAA-A-T-CAG-C-T-AATT-TA--CGA-T-A--A--AT-GG-T-ATC---AATA--T-AA--A-A-GT-A-C-AA--TCAT
gi|8367                       :                                                                                                   GC-CA--T--AA-C-AAC--AT--T---------T--C-T-TTTT-----AC----A-A-A-AA--TCATT------T-TTT-C-A-T---G-AA--CA---T-----G-CAA-A-T-GAG-C-T-AATT-TA--C-A-T-AT-A--AC-TG-T-AGC---A-TA--T-AA--A-A-GT-A-C-AA-TTCAT
gi|8368                       :                                                                                                                                                                                                                            -C-T-AATT-TA--C-A-T-AT-A--AT-GG-T-ATC---A-AA--T-TA--A-A-GA-A-C-AA-TTCAT