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lowQualScore                  :                .  ..  . ... ...... .. .  . ....  . . . .        .  . . . . . .  .    .    .     
lowQualScore                  :                2  55  2 000 111111 77 2  2 3333  2 2 2 1        1  1 1 2 1 1 2  2    1    9     
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Reference ( gi|9270 )         :            ATCG-CA--AT-G---T------T--G-TA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-TC-GACA-TTGTATACCT
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Alignments
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lowQualScore                  :     .  ..  . ... ...... ..   . ....  . . . .        .  . . . . . . . .   .. .          
lowQualScore                  :     3  55  2 999 222222 00   2 4444  2 2 2 1        1  1 1 1 2 1 1 1 2   66 1          
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Reference ( family-474 )      : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTACCT
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gi|9271                       : ATCG-CA--AT-G---T------TT-GTA-C----GA-TCA-T-CGAA--AA-CA-T-C-GGT-G-T-C-GAC--A-TTGTGTATCT
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Alignments
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lowQualScore                  :     .  ..  . ... ...... ..   . ....  . . . .        .  . . . . . . . .   .. .          
lowQualScore                  :     3  55  2 999 222222 00   2 4444  2 2 2 1        1  1 1 1 2 1 1 1 2   66 1          
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Reference ( family-474 )      : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTACCT
gi|9270                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTATACCT
gi|9271                       : ATCG-CA--AT-G---T------TT-GTA-C----GA-TCA-T-CGAA--AA-CA-T-C-GGT-G-T-C-GAC--A-TTGTGTATCT
gi|9272                       : ATCGGCA--ATTG---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CATT-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTG
gi|9273                       : ATCG-CA--AT-G---T------TT-GTAAC----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGT
gi|9274                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAA--A-TTGTGTAC
gi|9275                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GA------TGTGTACCT
gi|9276                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GC-T-A-T-CG-ATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A--TGTGTAC
gi|9277                       : ATTG-CA--AT-G---C------TTGGTA-C----GA-T-A-TTCGAAT-AA-CA-T-C-G-T-G-TTC-GAC--A-TTGTGTACCT
gi|9278                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTAAC----GA-T-T-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-GTT-C-GA---A-TTGTGTACCT
gi|9279                       : ATCG-CACAAT-G---T------T--GTA-C----GA-T-AGT-CGAATCAA-CA-T-C-GTT-G-T-C-GAC----TTGTGTACTT
gi|9280                       : ATCG-CA--A--G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-C--T-C-G-TGG-T-C-GAC--ATTTGTGTA
gi|9281                       : ATCG-CA--ATCG---T------T--GTA-C----GA-T-A-T--GAAT-AA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGT
gi|9282                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAAT-AA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GA
gi|9283                       : ATCGGCA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T---T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-CAGACAAA-TTGGGT
gi|9284                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-T----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-A-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTACCT
gi|9285                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GT--C----GA-TAA-T-CGAATCAA-CA-T-T-G-T-G-T-T-AAC--A-TTGTGTACCT
gi|9286                       : ATCA-CA--AT-G---T------T---TA-C----GA-C-A-T-CGAATCAACCA-TGC-G-T-G-T-CAAAC--A-TTGTGTAC
gi|9287                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----AA-T-T-T-CGAATCAA-CA-T-T-G-T-G-T-C-CAC--T-TAGTATTCCT
gi|9288                       : ATTG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-T-GGC--A-TTGTGTACCT
gi|9289                       : ATCA-CA--AT-A---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCGA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGCACCT
gi|9290                       : ATCA-CA--AT-A---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCGA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGCACCT
gi|9291                       : ATCA-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GT-A-A-T-CGAATCGA-CA-T-C-G-T-G-T-C-AAC--A-TTGTGTACCT
gi|9292                       : ATCG-CG--AT-G---T------T--CTA-T----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAT--A-TTGCTTGCCT
gi|9293                       : ATCA-CA--A--A---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCGA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC----TTGCGTACCT
gi|9294                       : ATTG-CA--AT-G---T------T--AAA-C----GA-T-A-T-TGAATCAA-CA-T-T-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTATAC
gi|9295                       : ATCG-CT--AT-G---T------T--GTA-C----AA-T-A-T-CTAATCGC-CA-T-C-T-T-G-T-C-GAC--T-TTGTATTCCT
gi|9296                       : ATCG-CA--AT-A---T------T--TTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGCGTAC
gi|9297                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GCA-C----CA-T-A-T-GGAATTAA-CA-T-T-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTACCT
gi|9298                       : ATTG-CA--AT-G---G------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-A-C-G-T-C-GAC--A-TAGTGTATCT
gi|9299                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-T----GA-T-A-T-CAAATGAA-CA-T-T-G-C-G-T-T-GAC--A-TTGTGTACCT
gi|9300                       : ATAG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-TAAATCAA-CA-T-C-A-T-G-T-T-GAT--A-TTGCGTACCT
gi|9301                       : ATCG-CA--AT-G---TAATTGTT--GTA-CATACGC-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-T-G-T-G-T-T-GAC--A-TTGTGTAC
gi|9302                       :  TCG-CA--AT-GGTGT------T--GTA-C----G--T-G-T-CGAATCA--CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TGGTGTAC
gi|9303                       :    G-CA--AT-G---T------TT-GTA-C----GAGT-A-T-CGCATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTAACT
gi|9304                       :    G-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GAAT-AAT-CGAATCAA-CA-T-CGG-T-G-T-C-G-C--A-TTGTGTACCT
gi|9305                       :        --AT-G---T------TT-GTA-C----GA-T-A-T-CGAATTGA-CA-T-G-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTACCT


blockSeqs                     :     G  CA  T GTG AATTGT TG   A ATAC  G C G T        C  T G G G G T T A   AA T
blockSeqs                     :     G  .   C .   .      T    A .     A A A .        .  . . . T . . . A   .  .
blockSeqs                     :     .  .   . .   .      T    . .     . . . .        .  . . . . . . . .   .  .
blockSeqs                     :     .  .   . .   .      T    . .     . . . .        .  . . . . . . . .   .  .
blockSeqs                     :     .  .   . .   .      T    . .     . . . .        .  . . . . . . . .   .  .
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blockSeqs                     :     .  .   . .   .      .    . .     . . . .        .  . . . . . . . .   .  .
blockSeqs                     :     .  .   . .   .      .    . .     . . . .        .  . . . . . . . .   .  .
blockSeqs                     :     .  .   . .   .      .    . .     . . . .        .  . . . . . . . .   .  .
blockSeqs                     :     .  .   . .   .      .    . .     . . . .        .  . . . . . . . .   .  .
blockSeqs                     :     .  .   . .   .      .    . .     . . . .        .  . . . . . . . .   .  .
blockSeqs                     :     .  .   . .   .      .    . .     . . . .        .  . . . . . . . .   .  .
blockSeqs                     :     .  .   . .   .      .    . .     . . . .        .  . . . . . . . .   .  .
blockSeqs                     :     .  .   . .   .      .    . .     . . . .        .  . . . . . . . .   .  .
blockSeqs                     :        .   . .   .      .    . .     . . . .        .  . . . . . . . .       


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTACCT
finalCons                     : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTACCT





Alignments
lowQualScore                  :     2  11  2 111 333333 66   2 2222  2 2 2 1        1  1 1 1 2 1 1 1 2   11 1          
lowQualScore                  :     .  ..  . ... ...... ..   . ....  . . . .        .  . . . . . . . .   .. .          
lowQualScore                  :     3  55  2 999 222222 00   2 4444  2 2 2 1        1  1 1 1 2 1 1 1 2   66 1          
consensus                     : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTACCT
Reference ( family-474 )      : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTACCT
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gi|9271                       : ATCG-CA--AT-G---T------TT-GTA-C----GA-TCA-T-CGAA--AA-CA-T-C-GGT-G-T-C-GAC--A-TTGTGTATCT
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gi|9281                       : ATCG-CA--ATCG---T------T--GTA-C----GA-T-A-T--GAAT-AA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGT
gi|9282                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAAT-AA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GA
gi|9283                       : ATCGGCA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T---T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-CAGACAAA-TTGGGT
gi|9284                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-T----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-A-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTACCT
gi|9285                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GT--C----GA-TAA-T-CGAATCAA-CA-T-T-G-T-G-T-T-AAC--A-TTGTGTACCT
gi|9286                       : ATCA-CA--AT-G---T------T---TA-C----GA-C-A-T-CGAATCAACCA-TGC-G-T-G-T-CAAAC--A-TTGTGTAC
gi|9287                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----AA-T-T-T-CGAATCAA-CA-T-T-G-T-G-T-C-CAC--T-TAGTATTCCT
gi|9288                       : ATTG-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-T-GGC--A-TTGTGTACCT
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gi|9290                       : ATCA-CA--AT-A---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCGA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGCACCT
gi|9291                       : ATCA-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GT-A-A-T-CGAATCGA-CA-T-C-G-T-G-T-C-AAC--A-TTGTGTACCT
gi|9292                       : ATCG-CG--AT-G---T------T--CTA-T----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAT--A-TTGCTTGCCT
gi|9293                       : ATCA-CA--A--A---T------T--GTA-C----GA-T-A-T-CGAATCGA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC----TTGCGTACCT
gi|9294                       : ATTG-CA--AT-G---T------T--AAA-C----GA-T-A-T-TGAATCAA-CA-T-T-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTATAC
gi|9295                       : ATCG-CT--AT-G---T------T--GTA-C----AA-T-A-T-CTAATCGC-CA-T-C-T-T-G-T-C-GAC--T-TTGTATTCCT
gi|9296                       : ATCG-CA--AT-A---T------T--TTA-C----GA-T-A-T-CGAATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGCGTAC
gi|9297                       : ATCG-CA--AT-G---T------T--GCA-C----CA-T-A-T-GGAATTAA-CA-T-T-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTACCT
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gi|9302                       :  TCG-CA--AT-GGTGT------T--GTA-C----G--T-G-T-CGAATCA--CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TGGTGTAC
gi|9303                       :    G-CA--AT-G---T------TT-GTA-C----GAGT-A-T-CGCATCAA-CA-T-C-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTAACT
gi|9304                       :    G-CA--AT-G---T------T--GTA-C----GAAT-AAT-CGAATCAA-CA-T-CGG-T-G-T-C-G-C--A-TTGTGTACCT
gi|9305                       :        --AT-G---T------TT-GTA-C----GA-T-A-T-CGAATTGA-CA-T-G-G-T-G-T-C-GAC--A-TTGTGTACCT