lowQualScore : 111 11 222 111111 33333333333333333333333333333333333333333 1111
lowQualScore : 2 22 555 2 4 22 6 22 55 4 2 2 2 444 444 2 6 1 4444 22 2 4 1 1 1 11 22 111 1 77 1 1 777777777 1 1 1 22 666666 33 55 1 1 22 1 1 22 1 333333 33 888888 1 1 1 4444 3333 3333 1 66666666666666666666666666666666666666666 11 1 1 1 2 2 11 1 222 1 1 2 1 88888888888 222 1 1 1 333333 333 11 1 1 11 11 1 4444 33333 1 222 1 4444444 2 1 3 11 44 66 5555 1 4 6666666 1 3 1
lowQualScore : . .. ... . . .. . .. .. . . . . ... ... . . . .... .. . . . . . .. .. ... . .. . . ......... . . . .. ...... .. .. . . .. . . .. . ...... .. ...... . . . .... .... .... . ......................................... .. . . . . . .. . ... . . . . ........... ... . . . ...... ... .. . . .. .. . .... ..... . ... . ....... . . . .. .. .. .... . . ....... . . .
lowQualScore : 5 99 888 1 2 99 3 99 00 2 1 1 1 777 111 0 0 4 5555 99 1 4 9 9 9 99 88 222 8 66 9 9 666666666 9 9 9 33 555555 55 77 7 7 33 7 6 22 6 333333 77 777777 5 5 5 8888 3333 4444 6 66666666666666666666666666666666666666666 88 3 3 3 7 7 88 3 333 3 3 7 3 22222222222 333 3 3 3 888888 888 99 3 3 88 88 3 3333 44444 3 333 4 5555555 8 4 3 99 77 44 0000 5 6 5555555 5 1 6
consensus : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-CTTTT-G-T-CAAA-A-TGAGTC----TGAAA--A-CAGTC-AAAT-G-TN-AT--ACAG-ATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATGT--GCG------CA-TTTGTC-GAG-CA-AA--ATG-AA-A--AT-AATA----TAT--A------T-T-GT-G----TAT----C----A-TT--A-TA-AG-A---TGAA---A---A----A---AA---A-ACA--TAC-TT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-C-----------AT---G-C-G-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---CCTG-A-------A-TTT-GCGGA--TA--TTTTCATT-GAAAATG---G-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
Reference ( gi|54490 ) : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-CTTTT-G-T-CCAA-A-TGAGCC----TGAAA--A-CAGTC-AAAT-G-TT-AT--ACGC-ATT-AC-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATGT--GCG------CA-CTTGTT-GAG-CA-AA--ATG-AA-A--AT-AAGA----TAT--A------T-T-GT-G----TAT----C----A-TT--A-AA-AG-A---TAAA---A---A----A---AA---A-ACA--TAC-TT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-C-----------AT---G-C-G-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---CCTG-A-------A-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATT-AAAAATT---G-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
gi|54491 : ATA-GCAT---A---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGAT-CAT-TTTCCC-G-C-CTTTT-G-T-CAAA-A-TGAGTC----TGAAA--G-CAGTC-AAAT-G-TG-AT--ACAA-ATT-AC-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATGT--GCG------CA-CTTGTC-GAG-CA-AA--ATG-AA-A--AC-AAGA----TAT--A------T-T-GT-G----TAT----C----A-TT--A-TA-AG-A---T---------------A---AA---A-TCA--TAC-TT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-C-----------AT---A-C-A-C------TGT---A--TG--TTT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---CCTG-A-------A-TTT-GTAGA--TA--TTTTCTCG-AAAAATG---G-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTT
gi|54489 : ATA-GCAT--TA---G-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-CTTTT-G-T-CAAA-A-TAAGTC----TGAAA--A-CAATC-AAAT-G-AG-AT--ACAG-ATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATGT--GCG------CA-TTTGTT-GAG-CA-AA--ATA-AA-A--AT-AATA----TAT--A------T-T-AT-G----TGT----C----A-TT--A-TA-TG-A---T----------G----A---AA---A-ATA--TAC-TT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-C-----------AT---G-C-G-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---TCTG-A-------A-TTT-GAGGA--TA--TTTTCGTT-GAAAATG---G-CA-GTTT-------TG-C-AAA-TTTTT
gi|54493 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCCTG-C-CTTTT-G-T-CAAA-A-TGAGTC----TAAAA--A-CAGTC-AAAT-G-TG-AT--ACAG-ATT-AC-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATGT--GCG------CA-CTTGTC-GAG-CA-AA--ATG-AA-A--AT-AAGA----TAT--A------T-T------------------------------------------------------------------ACA--TAC-TT-CAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-ATCG-C-----------AT---G-C-G-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--G-AGAGGAAA----A-----C-CA---CATG-A-------A-TTT-GTGGA--TA--TTTTAATT-GAAAATG---G-CA-TTTT-------TG-CTAAT-TTTTT
gi|54492 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATAA-C--GAGTAAGG--TAT-TTTCCA-G-C-TTTTT-T-T-GAAA-A-TGAGTC----TGAAA--A-CAGTT-AAAT-A-TC-AT--ACAG-ATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATGT--GCG------CA-TTTGTC-GAG-CA-AA--ATG-AA-A--AT-AATA----TAT--A------T-T-GT-ACATTTAT----C----A-TT----------A---TAAA---AT--G----A---AA---A-ACA--TAC-TT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCA-A-CG-C-----------AT---G-C-A-C------TGT---A--TGC-TTT-C--T--G-TAAGGAAA----A-----C-CA---CCTG-A-------A-TTT-GTGGA--TA--TTTTAATT-GAACATG---T-CA-GTTT-------TG-C-AAT-
gi|54494 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATGAGA--CAT-TTTCCC-T-C-CTTTT-TCT-CCAACA-TAAGCC----TGAAA--A-CTGTC-AAAT-G-TC-AT--ACAA-ATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGGTGT--GCG------CA-A------AAT-CA-AA--ATG-AA-A--AT-AATATAATTAT--A------T-T-GT-G----TAT----C----ATTT--A-AA-TC-ATTTTAGA---T---G----A---AA---A-ACA--TTC-TT-TAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-A-----------AT---G-C-G-TTGTACATGT---A--TGT-TTT-C--T--G-AAAGAGAA----A-----C-CA---CTTC-A-------A-ATT-CCGGA--AA--TTTT-ATT-GAAAATG---T-CA-TTTT-------TG-C-AA
gi|54496 : ATA-GTAT--TA---T-GA-C--ATCA-A--GAAGAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-CTTTT-T-T-C------------------AAA--A-CTGTC-AAAT-G-TT-AT--TCAG-ATT-AT-TG-C-T---------CAG-AA-A-AAGCTGT--GCC------CA-TTTGTC-GAT-GA-AA--ATG-AA-A--AT-GATG----TAT--A------T-T-AT-G----TGT----C----A-TT--T-TA-AG-A---TGAC---A---C----G---CA---C-ACATGTAT-TT-GAAA-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-C-----------AT---T-T-G-C------TGT---A--TGT-TT-----T--GAAAAGGAAAAAACA-----C-CA---CCAG-A-------A-TTT-GTGAA--TA--TTCTCATT-GAAAACTAAGG-CA-TTTA-------TG-C-AAT-TCT
gi|54497 : ATA-GCAT--TT---T-GA-C--AACA-G--GAATG-----CAT-TTCCCG-G-T-CTTTT-T-T-TAAA-AATAAGCC----TGAAA--A-CTGTC-AAAT-G-TC-ATGTATAG-ATT-AT-TG-C-T---------TAC-GA-A-AAGGTGT--GCG------CA-TTCGTC-GAG-CA-AA--ATG-AA-A--AT-AATA----TAC--A------T-T-TT-G----TATATTGT----G-TT--A-CACAGTA---TCAATTTA---AGATGA---AA---A-ATA--TAC-TT-GAAA-AT-G-AA--TT-T---GT-TAT-A-CG-C-----------AT---G-C-G-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---CCTG-G-------A-TTT-GCGGC--TA--GTTTCATT-
gi|54498 : ATA-GCATATTAC--T-GAACGGACCA-C--GA-TAGAA--CAT-TTTCCC-A-G-CTTTT-G-T-CAAA-AATGGGTC----TGAAA--A-CA-TC-AAAT-G-T--AT--ACAG-ATTCAT-TGTC-T---------CAGTGA-A-AATATGTCTGCGAAATATCA-CATG-----G-CA-A----TG-AA-AGAAT-AATT----TAT--A------T-TCGT-G----TAT----C----A-TT--A-TA-AG-A----------G---G----A---AA---A-GTA--TAG-TT-GAAT-AT-GAAA--TT-T---GC-T-G-A-CG-C-----------AT---G-C-G-C------TGT---A---GG-TTT-C--T--G--AAGGAAA----T-----A-CATATCTTG-A-------A-TTT-G-AGA--TAT-TTTTCATTGAAAAATT---G-CA--TTT-------TG-C-AAT-TTTCT
gi|54500 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATTAAC--GAATAAGA--CATCTTTCCC-G-C-CTTTT-G-T--AAA-G-TGAGTC----TGAAA--A-TTGTCAAAAT-G-TTGAT--ACG--A-T-ACTTG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATGT--GCG------CA--TTGTTCGAG-CA-AA--ATG-AA-A--TT-AAAG----TAT--A------T-T-GT-G----TAT----C----A-T-----------A---TAAT---A---T----G---AA---A-ACC--TAC-T
gi|54499 : ATA-GCAA--TA---TTGA----AT-A-C--GAATAAGA--CAT-GTTCCC-G-C-CTTTT-G-T-C-AA-A-TGAGTC----TGAAA--A--AGCC-CAAT-A-TTGAT---CAG-ATT-ATATG-C-TAGTCTCCTGCAT-GATATAAGATTC--GCGT-----CATCTTGTC-ATG-CA-AA--ACT-AA-A--AT-A-------TATTAAGT----T-T-GTTG----TAT----C----A-TT--ATGA-AG-A---TGAA---A---A----A---CA---TTACT--TAC-TT-GAAT-AT-G-AAGATT-A---GC-TCG-A-AG-C-----------AT-----C-G-C------T-T---ACTTGT-TTT-C--T--G--AAGGAAA----A-----CGCA----CTG-T-------A-ATT-GAGGA--TA--TTTTC-TC-GAAAATG---GCCA-TTCTTTTGTTGTG-C-AAA-TTTTT
gi|54501 : ATA-GTAT--TA---T-GC-T--ATGA-T--GAAGACGA--CCT-TTTCTT-G-C-CATTG-T-T-CAAA-A-TAAGCC----TGAAA--A-CTGTC-AAAT-G-TC-AT--ACAG-ATT-AT-TG-C-C---------CTG-GA-A-AAGGTAT--GCG------CA-TTTGTT-GGA-CT-AA--ACG-AA-A--AT-AATACATGTAT--A------T-T-GT-A----TAT----C----A-TT--
gi|54495 : ATATGCAT--TA-----GA-----TTA-C--GAAAAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-CTTTT---T-CAAA-A-TGAGTC----TGAGA--A-CAGTC-AAAT-A-T
gi|54502 : TA-GTAT--TAATAT-GA-C--ATCA-C--GAACAAGG----T-TTTTCC-A-C-CTTTT-G-T-TGAA-A-TGAGTCTGCATGAAA--A-CAGTC-AAAT-G-TG-AT--TCAG-ATT-Aaa
gi|54503 : A-GCAT--TA---T--A-C--ATCAAC--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-CTTTT-G-T-CAAA-A-TGAGTC----TGAAA--A-CAGCC-AAAT-G-TG-AT--ACAG-ATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATGT--GCG------CA-CTTGTC-GAG-TA-AA--ATG-AA-A--A--AAGA----TAT--A------T-T-GT-G----TAT----C----A-TT--A-TA-AG-A---TAAA---A-----------------A-ACA--TAC-TT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-C-----------AT---G-C-G-C------TGT---A--TAT-ATT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---CCTG-A-------A-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATT-GAAAATG---G-CATTTTT-------TG-C-CAT-TTTTTt
gi|54504 : -GTAT--TA---C-GA-C--ATCA-T--GAGGAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-CT-----------A-A-TAAGCC----TGAAA--A-C--TC-AAAT-G-TC-AT--ACAG-ATT-AT-TG-C-T---------TAG-AA-A-AAGGTGT--GCG------CA-TTTGTC-GAG-CA-AA--ATG-GA-A--AT-AATA----TAT--A------T-T-GT-G----TAT----C----A-TT--T-TA-AG-A---T----------T----A---AA---A-ACA--TAT-TT-GAAT-AT----A--T-------C-TCG-A-TG-C-----------AT---G-C-G-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--A-AAAGAAAA----A-----G-CA---CCAG-G-------A-TTT-GGGGA--TA--TTTCCATT-GAAAAAG---G-CA-TTTT-------CG-C-AAT-TTT
gi|54505 : -GCAT---A---T-GA-C--ATTAGC--GAAAAAGA--CATGTTTCGC-GGCGCTTTT-G-TACCAA-AATGAGTC----TGAAA--AGCAGTC-AA-T-GATT-A---ACAG-ATT-AC-TA-CGC---------CAG-GA-A-AGATTGT--GCG------CA-CTTGTC-GAGTCAGAA--ATGGAA-A--ATGAAGA----TATT-A------G-T-GT-G----T-T----CCCAAA-TT--A-TA-AG-A---TAAA---A---A----ACATAATACA-ATA--TAC----GAATCAT-GGAA--TT-G---GCGTCGTA-TGGC-----------AT---GGCAG-C------TGTT--A--TGT-TTT-C--G--G-AAAGGAAA----AATTTTA-CG---CATG-A-------ACTTT-GTGGA--TACTTTTTCATC-TGAAATG---G-CATTTTT-------TG-CTAAT-TTTTT
gi|54507 : T--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA---AT-T--CCC-G-C-CTTTTTG-T-CCAA-A--GAGCC----TGAAATAA-C-GTC-AAATTG-TT-AT--ACGCGATT-AC-TG-C-T---------CAG-GG-A-AAGATGT--GCG------CA-CTTGTT-GAG-CA-AATGATG-AA-A--AT-AAGA-----AT--A------T-T-G--G----TAT----C----A-TT--A-AA-A--A---TAAA---A---A----A---AA---A-ACA--TAC-TT-GAAT-ATGG-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-CCG---------AT---G-C-G-C------GGT---A--TGT-TTT-C--T--G--AAGGAAA----A-------CA----CTG-A-------ATTTT-GT-GA--TA---TTTCAAT-AAAAATT---G-CA---TT-------TG-C-AAT-TTGTT
gi|54506 : T--TA---T-GG-C--ATCA-CTTAATTAAGA--CAT-GTTCCC-G-C-CTTTT-G-T-CAAA-A-TGAGTC----TGAAA----TAGCA-GAAT-G-CTGAT--ACAG-ATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AGCATGT---CG------CA-TTTGTC-GAG-CA-AA--ATG-AA-A--AT-AAT-----CAT--A------T-T-GT-G----TAT----C----A-TTCCA-TA-AG-A---TGAA---A--------------------CA--TTC-TT-GAAT-ATTG-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-C-----------AT---G-C-G-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---CCTG-A-------A-TTT-GAGGATTTA--TTTTCATT-GAAAATG---G-CA-TTTT-------TG-C-AAA-TTTT
gi|54508 : T--TA---T-GAAC--ATCA-C--GAATAAGAACCAT-TTT-CC-G---CTTTT-G-T--CAA-A-TGA
gi|54509 : A-A-CAAGCC----TGAAA--A-CTGTC-AAAT-G-TC-AT--ACAG-ATT-G------------------------------TGT--GCA------CA-TTTGTT-GGG-CA-AA--ATG-AA-A--AT-GATA----TAT--A------T-T-GT-G----TAT----C----A-TT--T-TA-AG-A---T----------G----A---AA---A-ACA--TGC-TT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TTG-A-TG-CAATATATATATAT---G-T-G-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--G-GAAGGAAA----A-----C-CA---TGTGAA-------A-TTT-GCAGA--TA--TTTTCATT-GAAAATG---A-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataacatacttgaatatgaatttgctcgacgcatgcgctgtatgttttctgaaaggaaaatcacctgaatttgaggatatttccattgaa
gi|54510 : TC-GAAT-G-TC-AT--GCAA-ATT-AT-TG-C-T---------GAG-GA-A-AAGATGT--GTG------CA-TTTGTC-GAG-CA-AA--ACG-AT-A--AT-ATTA----TAT--A------T-T-GT-G----TAT----C----A-TT--A-TA-AG-A---TAAA---A---T--------------------TAC-TT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-C-----------AT---G-C-T-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---CCCG-A-------A-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATC-AAAAATG---T-TT-TTTT-------TGCC-AAC-TT
gi|54511 : C-AAAT-G-TG-AT--ACAG-ATT-AT-TG-C-T---------CAA-GA-A-AATATGT--GTG------CA-TTTGTC-GAG-CT-AA--ATA-AA-A--AT-AATA----TAT--A------T-T-GT-G----TAT----
gi|54513 : -ATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATGT--GTG------CA-CTTGTC-GAG-CA-AA--ATG-AA-A--AT-AAGA----TAT--ACATGTAT-T-GT-G----TAT----C----A-TT--A-TA-AG-A---TGAA---A---A---------------ACA--TAC-TT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-CA-C-----------AT---G-C-G-C------GGT---A--TGT-TTT-C--C--G-AAAGGAAAC---C-----C-CA---CCTG-A-------A-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATT-GAAAATG---G-CA-TTTT-------TG-T-AAT-TTTTT
gi|54512 : ag-ATT-AT-TG-C-T---------CAC--A-A-AAGATTT--GCG------AG-C-------AG-AA-AG--AAG-AA-A--AT-AAG-----CAT--A------TGT-GC-GA---TAT----T----T-TT--A-----G-A---TGAA---A---A----------------C---TAC-TT-AAAT-AA-T-CA--TTAT---CC-TCG-A--G-C-----------ATTGTG-T-GGC------TGTGCCA--TGT-TTT-TCTT--G-AAAGAAAA----C-----C-CA---ACT--A-------A-TTT-GCGGA--TA--TTTTCATT-GAA-------------TTT-------TG-C-AAT-
gi|54514 : atattgATGT--GCG------CA-TTTGTC-GAG-CA-AA--ATT-AA-A--AT-A-------TAT--A------T-T-GT-G----TGT----C----A-TT--A-TA-AG-A---TGAC---A---A----A-----------CA--TAC-TT-AAAT-AT-G-AA--TC-T---GC-CTG-A-TG-C-----------AT---G-T-G-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--G-AAAGGAAA----C-----T-CA---C
gi|54515 : GT--GCG------CA-TTTGTC-GAG-CA-AA---TA-AATA--AC-AACA----TAT--A------T-T-GT-G----TAT----C----A-TT--T-TA-CG-A---TGAA---A---A----A-----------CA--TAT-GT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-C-----------AT---G-C-G-C------TGT---G--TGT-TTT-C--T--G-AAAAGAAA----A-----C-CA---C--------------------------A--TTTCCATT-GAAAATG---A-CA-TTTTC------TG-C-AAT-TTT
gi|54515 : --GCG------CA-TGCGTC-GAG-CA-AA--TTC-AT-A--TT-CACA----TAT--G------T-T-TT-T----CAT----C----G-TA--A-AA-TG-A---TACA---C---A----A-----------TA--TATGTT-GT-T-AT-T-TA--TT-T---GC-TCG-A-CA-A-----------AT---G-C-G-C------
gi|54516 : gt-A--AT-AATA----TAT--A------T-T-GT-G----TAT----C----A-TT--T-----------TAAA---AT--G----A---AA---A-ATA--TAT-TT-GAGC-AT-G-AA--TT-T---GC-TTG-A-CG-C-----------AT---G-C-G-C------TAC---A--TGT-TTT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----C-TA---CCTG-A-------A-TTT-GCAAA--TA--TTTCCANT-tgtgtgttttctgaaaagaaaaccacatttccattgaaaatgacattttctgcaatttt
gi|54517 : ----TAT--AAG----T-T-GT-G----TAT----C----A-TT--A-TA-AG-A---TGAA---A---A----A-------------------------C-AT-G-AA--TT-T---GC-TCA-A-CG-C-----------AT---G-C-G-C------TGT---A--TGTCTTT-C--TTAG-AAGGAAAA----A-----C-CA---CCTG-ATCGCTGAA-TTT-GAGGA--TA--TTTTCATT-GAAAATG---G-CA-TTTT-------TG-C-AATATTTTT
gi|54520 : -A---TAAG---ATTGA----A---AA---A-GCA--TAT-TT-GAAT-AT-G-AC--TT-T---GC-TCG-A-CG-C-----------AT---G-C-G-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----T-CA---CCTA-G-------A-TTT-GCGGA--TA--TTGCTATT-GAAAATG---A-CA-CTTT-------TG-T-AAT-TTT
gi|54519 : ---TAAG---A---T----A---AA---A-ACT--TTT-TT-GATT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-C-----------AT---G-C-A-C------TCT---A--TAT-TTT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----G-CA---CACG-A-------A-TTT-GTGGA--TA--TTTCCATT-GAAAATG---G-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTT
gi|54521 : attt----A---AA---A-ACA--TAT-TT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---TC-TCG-A-CT-C-----------GT---G-C-A-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--A-AAAAGAAA----A-----C-CA---CCTG-A-------A-TTT-GTGTA--TA--TTTTTATT-GAAAATG---G-CA-GTTT-------TG-C-AAT-
gi|54500 : taagatg---A-ATA--TAC-TT-TAAT-TT-C-AT--TT-T---GC-TCG-A-AC-A-----------AT---G-C-G-C-------AC---A--TCT-TTTCC--T--G-A
gi|54508 : atagcattatgacattaacgaataagacatctttcccgccttttgtaaagtgagtctgaaaattgtcaaaatgttgatacgatacttgc---A-ACA--TAC-TT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-C-----------AT---G-C-G-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----T-CA---CCTG-A-------A-TTT-GAGGA--TA--TTTCCATT-GAAgtgtatcatataatatgaaaacctact
gi|54518 : ttatgaacatcacgaataagaaccattttccgcttttgtcaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntat-ACG--TAT-TT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-CG-C-----------AT---G-C-G-C------TG-------TGT-TTT-A--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---CATG-A-------A-TTTGGTGGA--TA---TTCCATT-GAAAATG---G-TT-TTTA-------TG-C-AAT-TTT
gi|54522 : ttctgtaattttaagattaatg--TAC-TTTGAAT-AT-G-AA--TT-TCCCAC-TCG-ATCG-------------AT---G-C-G-C------TGT---A--TGT-TTT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---CCTG-A-------A-TTT-GTGGT--TAT-TTTTCATTGAAAAA-----G-TATTTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
gi|54523 : T-TTT-C--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---CCTG-A-------A-TTT-GCAAA--TA--TTTCCGTT-GAAAATG---G-CA-TTTT-------TG-C-GAT-TTT
gi|54524 : -CA---CCTG-A-------A-TTG-GAGGA--TA--TTTTCATG-GAAAATA---G-CA-GTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111 333333333333333333
lowQualScore : 2 22 555 2 4 22 6 22 44 4 2 2 2 2 55 2 1 4444 22 2 3 1 1 3 44 55 1 1 1 1 1 777777777 1 1 1 22 1 22 222 1 1 22 1 33 1 22 8888 111111111 222 1 1 3333 55555555 3333 444 1 555555555 777777777777777777 11 1 1 4 1 11 1 222 1 1 2 1 88888888888 333 1 1 444444 1 222 11 1 11 11 1 4444 33333 1 222 4444444 1 1 1 6 11 44 2 222 1 4 6666666 1 3 1
lowQualScore : . .. ... . . .. . .. .. . . . . . .. . . .... .. . . . . . .. .. . . . . . ......... . . . .. . .. ... . . .. . .. . .. .... ......... ... . . .... ........ .... ... . ......... .................. .. . . . . .. . ... . . . . ........... ... . . ...... . ... .. . .. .. . .... ..... . ... ....... . . . . .. .. . ... . . ....... . . .
lowQualScore : 4 88 555 0 0 88 0 88 88 0 0 0 0 0 55 0 9 2222 88 0 6 8 8 6 55 00 7 7 7 8 8 333333333 8 8 8 33 7 11 999 7 7 33 7 88 6 11 7777 000000000 666 5 5 1111 44444444 1111 333 4 777777777 333333333333333333 99 4 4 1 4 99 4 444 4 4 8 4 44444444444 888 4 4 000000 4 444 99 3 88 88 3 2222 33333 3 333 2222222 3 3 3 1 88 55 9 666 5 4 3333333 5 0 5
consensus : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TN-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GCGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
Reference ( family-473 ) : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TN-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GCGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
gi|54489 : ATA-GCAT--TA---G-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TAAGTCTG----AA--AA-CAATC-AAA-TG-AG-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTTG---AG-CA-AA--AT-AAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-AT-G----T--------GTC----ATT--AT-A---------TGAT-G----A---AA---A-ATA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---T-------CTG-AA-TTT-GAGGA--TA--TTTTCGTTG-AAAAT---GG-CA-GTTT-------TG-C-AAA-TTTTT
gi|54490 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-CAAA-TGAGCCTG----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TT-AT--ACG-CATT-AC-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTTG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--GA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AA-A---------AGAT-AAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATTA-AAAAT---TG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
gi|54491 : ATA-GCAT---A---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGAT-CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AG-CAGTC-AAA-TG-TG-AT--ACA-AATT-AC-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAC-AA--GA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT------A---AA---A-TCA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---AC-A-C------TG-T---A--TG--TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTAGA--TA--TTTTC-TCGAAAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTT
gi|54492 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATAA-C--GAGTAAGG--TAT-TTTCCA-G-C-T-TTTTTT--G-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGTT-AAA-TA-TC-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-ACATTT--------ATC----ATT--AT-A---------AAAT-G----A---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCA-A-C-GC-----------AT---GC-A-C------TG-T---A--TGC-TTTC--T--G-TAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTAATTG-AACAT---GT-CA-GTTT-------TG-C-AAT-
gi|54493 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCCTG-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTA----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TG-AT--ACA-GATT-AC-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--GA----TA---------TA---TT----------------------------------------------------------------ACA--TACTT-CAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-ATC-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AGAGGAAA----A-----C-CA---C-------ATG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTAATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-CTAAT-TTTTT
gi|54494 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATGAGA--CAT-TTTCCC-T-C-C-TTTTTCTCC-AACA-TAAGCCTG----AA--AA-CTGTC-AAA-TG-TC-AT--ACA-AATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGGTG--TGCG-CA------AA---AT-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TATAATTA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT---T-AAATCATTTTAGAT-G----A---AA---A-ACA--TTCTT-TAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GA-----------AT---GC-G-TTGTACATG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGAGAA----A-----C-CA---C-------TTC-AA-ATT-CCGGA--AA--TTTT-ATTG-AAAAT---GT-CA-TTTT-------TG-C-AA
gi|54495 : ATATGCAT--TA-----GA-----TTA-C--GAAAAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTT-T--C-AAAA-TGAGTCTG----AG--AA-CAGTC-AAA-TA-TA-A
gi|54496 : ATA-GTAT--TA---T-GA-C--ATCA-A--GAAGAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTTT--C-AAAA------CT--------------GTC-AAA-TG-TT-AT--TCA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-AA-A-AAGCTG--TGCC-CAT-TTGTCG---AT-GA-AA--AT-GAA--AAT-GA--TG----TA---------TA---TT-AT-G----T--------GTC----ATT--TT-A---------AGAT-GACACG---CA---C-ACATGTATTT-GAAA-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---TT-G-C------TG-T---A--TGT-TT----T--GAAAAGGAAAAAACA-----C-CA---C-------CAG-AA-TTT-GTGAA--TA--TTCTCATTG-AAAACTAAGG-CA-TTTA-------TG-C-AAT-TCT
gi|54497 : ATA-GCAT--TT---T-GA-C--AACA-G--GAATG-----CAT-TTCCCG-G-T-C-TTTTTT--T-AAAAATAAGCCTG----AA--AA-CTGTC-AAA-TG-TC-ATGTATA-GATT-AT-TG-C-T---------TAC-GA-A-AAGGTG--TGCG-CAT-TCGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TACATTTTGTATA---TT-GT-G----TTACACAGTATC----AAT--TT-A---------AGAT-GAAAAA-----------TA--TACTT-GAAA-AT-G-AA--TT-T---GT-TAT-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-GA-TTT-GCGGC--TA--GTTTCATT
gi|54498 : ATA-GCATATTAC--T-GAACGGACCA-C--GA-TAGAA--CAT-TTTCCC-A-G-C-TTTTGT--CAAAAA-TGGGTCTG----AA--AA-CA-TC-AAA-TG-T--AT--ACA-GATTCAT-TGTC-T---------CAGTGA-A-AATATGTCTGCG-AA--ATATCACATGG-C---A--AT-GAAAGAAT-AA--TT----TA---------TA---TTCGT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAG-G----A---AA---A-GTA--TAGTT-GAAT-AT-GAAA--TT-T---GC-T-G-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A---GG-TTTC--T--G--AAGGAAA----T-----A-CATATC-------TTG-AA-TTT-G-AGA--TAT-TTTTCATTGAAAAAT---TG-CA--TTT-------TG-C-AAT-TTTCT
gi|54499 : ATA-GCAA--TA---TTGA----AT-A-C--GAATAAGA--CAT-GTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAA--TGAGTCTG----AA--AA--AGCC-CAA-TA-TTGAT---CA-GATT-ATATG-C-TAGTCTCCTGCAT-GATATAAGATT--CGCGTCATCTTGTCA---TG-CA-AA--AC-TAA--AAT-A---TA----T----------TAAGTTT-GTTG----T--------ATC----ATT--ATGA---------AGAT-GAAAAA---CA---TTACT--TACTT-GAAT-AT-G-AAGATT-A---GC-TCG-A-A-GC-----------AT----C-G-C------T--T---ACTTGT-TTTC--T--G-AA-GGAAA----A-----CGCA---C--------TG-TA-ATT-GAGGA--TA--TTTTC-TCG-AAAAT---GGCCA-TTCTTTTGTTGTG-C-AAA-TTTTT
gi|54500 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATTAAC--GAATAAGA--CATCTTTCCC-G-C-C-TTTTGT----AAAG-TGAGTCTG----AA--AA-TTGTCAAAA-TGTTG-AT--AC--GATA-CT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TGTTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--ATT-AA--AG----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----A-T--AT-A---------ATAT-GAAAA
gi|54501 : ATA-GTAT--TA---T-GC-T--ATGA-T--GAAGACGA--CCT-TTTCTT-G-C-C-ATTGTT--C-AAAA-TAAGCCTG----AA--AA-CTGTC-AAA-TG-TC-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-C---------CTG-GA-A-AAGGTA--TGCG-CAT-TTGTTG---GA-CT-AA--AC-GAA--AAT-AA--TACATGTA---------TA---TT-GT-A----T--------ATC----ATT--cctact
gi|54502 : TA-GTAT--TAATAT-GA-C--ATCA-C--GAACAAGG----T-TTTTCC-A-C-C-TTTTGT--T-GAAA-TGAGTCTGCATGAA--AA-CAGTC-AAA-TG-TG-AT--TCA-GATT-AT-
gi|54503 : A-GCAT--TA---T--A-C--ATCAAC--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGCC-AAA-TG-TG-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTCG---AG-TA-AA--AT-GAA--AA--AA--GA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-----AA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TAT-ATTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CATTTTT-------TG-C-CAT-TTTTT
gi|54504 : -GTAT--TA---C-GA-C--ATCA-T--GAGGAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-T-----------AA-TAAGCCTG----AA--AA-C--TC-AAA-TG-TC-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------TAG-AA-A-AAGGTG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GGA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--TT-A---------AGAT-T----A---AA---A-ACA--TATTT-GAAT-AT----A--T-------C-TCG-A-T-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--A-AAAGAAAA----A-----G-CA---C-------CAG-GA-TTT-GGGGA--TA--TTTCCATTG-AAAAA---GG-CA-TTTT-------CG-C-AAT-TTT
gi|54505 : -GCAT---A---T-GA-C--ATTAGC--GAAAAAGA--CATGTTTCGC-GGCGC-TTTTGTACC-AAAA-TGAGTCTG----AA--AAGCAGTC-AA-----TG-ATTAACA-GATT-AC-TA-CGC---------CAG-GA-A-AGATTG--TGCG-CAC-TTGTCG---AGTCAGAA--ATGGAA--AATGAA--GA----TAT--------TA---GT-GT-G----T---------TCCCAAATT--AT-A---------AGAT-AAAAAACATAATACA-ATA--TAC---GAATCATGG-AA--TT-G---GCGTCGTA-TGGC-----------ATG--GCAG-C------TGTT---A--TGT-TTTC--G--G-AAAGGAAA----AATTTTA-CG---C-------ATG-AACTTT-GTGGA--TACTTTTTCATCT-GAAAT---GG-CATTTTT-------TG-CTAAT-TTTTT
gi|54506 : T--TA---T-GG-C--ATCA-CTTAATTAAGA--CAT-GTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--A--TAGCA-GAA-TGCTG-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AGCATG--T-CG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--T-----CA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATTCCAT-A---------AGAT-GAAA-------------CA--TTCTT-GAAT-ATTG-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GAGGATTTA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAA-TTTT
gi|54507 : T--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA---A---TTCCC-G-C-CTTTTTGT--C-CAAA--GAGCCTG----AAATAA-C-GTC-AAATTG-TT-AT--ACGCGATT-AC-TG-C-T---------CAG-GG-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTTG---AG-CA-AATGAT-GAA--AAT-AA--GA-----A---------TA---TT-G--G----T--------ATC----ATT--A--A---------AAAT-AAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-ATGG-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GCCG---------AT---GC-G-C------GG-T---A--TGT-TTTC--T--G--AAGGAAA----A-------CA-----------CTG-AA-TTT-TGTGA--TA---TTTCAATA-AAAAT---TG-CA---TT-------TG-C-AAT-TTGTT
gi|54508 : T--TA---T-GAAC--ATCA-C--GAATAAGAACCAT-TTT-CC-G---C-TTTTGT--C--AAA-TGA
gi|54508 : ---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----T-CA---C-------CTG-AA-TTT-GAGGA--TA--TTTCCATTG-AAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataacatacttgaatatgaatttgctcgacgcatgcgctgtatgttttctgaaaggaaaatcacctgaatttgaggatatttccattgaa
gi|54509 : ttatgaacatcacgaataagaaccattttccgcttttgtcaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatAA-CAAGCCTG----AA--AA-CTGTC-AAA-TG-TC-AT--ACA-GATT-GT------------------------------G--TGCA-CAT-TTGTTG---GG-CA-AA--AT-GAA--AAT-GA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--TT-A---------AGAT-G----A---AA---A-ACA--TGCTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TTG-A-T-GCAATATATATATAT---GT-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-GAAGGAAA----A-----C-CA---T-------GTGAAA-TTT-GCAGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GA-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTT
gi|54510 : TC-GAA-TG-TC-AT--GCA-AATT-AT-TG-C-T---------GAG-GA-A-AAGATG--TGTG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AC-GAT--AAT-AT--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT----------AA---A-AT---TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-T-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CCG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATCA-AAAAT---GT-TT-TTTT-------TGCC-AAC-TT
gi|54511 : C-AAA-TG-TG-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAA-GA-A-AATATG--TGTG-CAT-TTGTCG---AG-CT-AA--AT-AAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------AT
gi|54512 : -AT--ATT-GATT-AT-TG-C-T---------CAC--A-A-AAGAT------------TTG-CG---AG-CA-GA--AA-GAA--GAA-AA--TAAG--CA---------TA---T--GT-G----C--------GAT----ATT--TT-T---------AGAT-GAAAA------------C---TACTT-AAAT-AA-T-CA--TTAT---CC-TCG-A---GC-----------ATTGTGT-GGC------TG-TGCCA--TGT-TTTTCTT--G-AAAGAAAA----C-----C-CA---A-------CT--AA-TTT-GCGGA--TA--TTTTCATTG-AA-------------TTT-------TG-C-AAT-
gi|54513 : A-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGTG-CAC-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AAGATA----TACATG-----TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAAA-----------ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-AC-----------AT---GC-G-C------GG-T---A--TGT-TTTC--C--G-AAAGGAAAC---C-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-T-AAT-TTTTT
gi|54514 : ATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-TAA--AAT-A---------TA---------TA---TT-GT-G----T--------GTC----ATT--AT-A---------AGAT-GACAAA-----------CA--TACTT-AAAT-AT-G-AA--TC-T---GC-CTG-A-T-GC-----------AT---GT-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----C-----T-CA---C-------
gi|54515 : G--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA---T-AAAT-AAC-AA--CA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--TT-A---------CGAT-GAAAAA-----------CA--TATGT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---G--TGT-TTTC--T--G-AAAAGAAA----A-----C-CA---C--------------------------A--TTTCCATTG-AAAAT---GA-CA-TTTTC------TG-C-AAT-TTT
gi|54516 : --AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--TT-A---------AAAT-GAAAAA-----------TA--TATTT-GAGC-AT-G-AA--TT-T---GC-TTG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TA-C---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-TA---C-------CTG-AA-TTT-GCAAA--TA--TTTCCANT
gi|54517 : --TA----TA---------AG---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAA------------------------AAC-AT-G-AA--TT-T---GC-TCA-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGTCTTTC--TTAG-AAGGAAAA----A-----C-CA---CCTGATCGCTG-AA-TTT-GAGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AATATTTTT
gi|54518 : ---TT-CT-G----T--------A------ATT--TT-A---------AGAT-TAATGA-----------CG--TATTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T-------GT-TTTA--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------ATG-AA-TTTGGTGGA--TA---TTCCATTG-AAAAT---GG-TT-TTTA-------TG-C-AAT-TTT
gi|54519 : ----ATT--TT-A---------AGAT------A---AA---A-ACT--TTTTT-GATT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-A-C------TC-T---A--TAT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----G-CA---C-------ACG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTCCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTT
gi|54520 : --AT-A---------AGATTGAAAAA---G-------CA--TATTT-GAAT-AT-G-AC--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----T-CA---C-------CTA-GA-TTT-GCGGA--TA--TTGCTATTG-AAAAT---GA-CA-CTTT-------TG-T-AAT-TTT
gi|54521 : T-A---------AGAT-GAAAAA-----------CA--TATTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---TC-TCG-A-C-TC-----------GT---GC-A-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--A-AAAAGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGTA--TA--TTTTTATTG-AAAAT---GG-CA-GTTT-------TG-C-AAT-
gi|54522 : --TACTTTGAAT-AT-G-AA--TT-TCCCAC-TCG-ATC-G------------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGT--TAT-TTTTCATTG-AAAA----AG-TATTTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
gi|54523 : T-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GCAAA--TA--TTTCCGTTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-GAT-TTT
gi|54524 : -CA---C-------CTG-AA-TTG-GAGGA--TA--TTTTCATGG-AAAAT---AG-CA-GTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111 333333333333333333
lowQualScore : 2 22 555 2 4 22 6 22 44 4 2 2 2 2 55 2 1 4444 22 2 3 1 1 3 44 55 1 1 1 1 1 777777777 1 1 1 22 1 22 222 1 1 22 1 33 1 22 8888 111111111 222 1 1 3333 55555555 3333 444 1 555555555 777777777777777777 11 1 1 4 1 11 1 222 1 1 2 1 88888888888 333 1 1 444444 1 222 11 1 11 11 1 4444 33333 1 222 4444444 1 1 1 6 11 44 2 222 1 4 6666666 1 3 1
lowQualScore : . .. ... . . .. . .. .. . . . . . .. . . .... .. . . . . . .. .. . . . . . ......... . . . .. . .. ... . . .. . .. . .. .... ......... ... . . .... ........ .... ... . ......... .................. .. . . . . .. . ... . . . . ........... ... . . ...... . ... .. . .. .. . .... ..... . ... ....... . . . . .. .. . ... . . ....... . . .
lowQualScore : 4 88 555 0 0 88 0 88 88 0 0 0 0 0 55 0 9 2222 88 0 6 8 8 6 55 00 7 7 7 8 8 333333333 8 8 8 33 7 11 999 7 7 33 7 88 6 11 7777 000000000 666 5 5 1111 44444444 1111 333 4 777777777 333333333333333333 99 4 4 1 4 99 4 444 4 4 8 4 44444444444 888 4 4 000000 4 444 99 3 88 88 3 2222 33333 3 333 2222222 3 3 3 1 88 55 9 666 5 4 3333333 5 0 5
consensus : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TN-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GCGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
Reference ( family-473 ) : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TN-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GCGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
gi|54489 : ATA-GCAT--TA---G-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TAAGTCTG----AA--AA-CAATC-AAA-TG-AG-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTTG---AG-CA-AA--AT-AAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-AT-G----T--------GTC----ATT--AT-A---------TGAT-G----A---AA---A-ATA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---T-------CTG-AA-TTT-GAGGA--TA--TTTTCGTTG-AAAAT---GG-CA-GTTT-------TG-C-AAA-TTTTT
gi|54490 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-CAAA-TGAGCCTG----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TT-AT--ACG-CATT-AC-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTTG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--GA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AA-A---------AGAT-AAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATTA-AAAAT---TG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
gi|54491 : ATA-GCAT---A---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGAT-CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AG-CAGTC-AAA-TG-TG-AT--ACA-AATT-AC-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAC-AA--GA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT------A---AA---A-TCA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---AC-A-C------TG-T---A--TG--TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTAGA--TA--TTTTC-TCGAAAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTT
gi|54492 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATAA-C--GAGTAAGG--TAT-TTTCCA-G-C-T-TTTTTT--G-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGTT-AAA-TA-TC-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-ACATTT--------ATC----ATT--AT-A---------AAAT-G----A---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCA-A-C-GC-----------AT---GC-A-C------TG-T---A--TGC-TTTC--T--G-TAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTAATTG-AACAT---GT-CA-GTTT-------TG-C-AAT-
gi|54493 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCCTG-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTA----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TG-AT--ACA-GATT-AC-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--GA----TA---------TA---TT----------------------------------------------------------------ACA--TACTT-CAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-ATC-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AGAGGAAA----A-----C-CA---C-------ATG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTAATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-CTAAT-TTTTT
gi|54494 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATGAGA--CAT-TTTCCC-T-C-C-TTTTTCTCC-AACA-TAAGCCTG----AA--AA-CTGTC-AAA-TG-TC-AT--ACA-AATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGGTG--TGCG-CA------AA---AT-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TATAATTA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT---T-AAATCATTTTAGAT-G----A---AA---A-ACA--TTCTT-TAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GA-----------AT---GC-G-TTGTACATG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGAGAA----A-----C-CA---C-------TTC-AA-ATT-CCGGA--AA--TTTT-ATTG-AAAAT---GT-CA-TTTT-------TG-C-AA
gi|54495 : ATATGCAT--TA-----GA-----TTA-C--GAAAAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTT-T--C-AAAA-TGAGTCTG----AG--AA-CAGTC-AAA-TA-TA-A
gi|54496 : ATA-GTAT--TA---T-GA-C--ATCA-A--GAAGAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTTT--C-AAAA------CT--------------GTC-AAA-TG-TT-AT--TCA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-AA-A-AAGCTG--TGCC-CAT-TTGTCG---AT-GA-AA--AT-GAA--AAT-GA--TG----TA---------TA---TT-AT-G----T--------GTC----ATT--TT-A---------AGAT-GACACG---CA---C-ACATGTATTT-GAAA-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---TT-G-C------TG-T---A--TGT-TT----T--GAAAAGGAAAAAACA-----C-CA---C-------CAG-AA-TTT-GTGAA--TA--TTCTCATTG-AAAACTAAGG-CA-TTTA-------TG-C-AAT-TCT
gi|54497 : ATA-GCAT--TT---T-GA-C--AACA-G--GAATG-----CAT-TTCCCG-G-T-C-TTTTTT--T-AAAAATAAGCCTG----AA--AA-CTGTC-AAA-TG-TC-ATGTATA-GATT-AT-TG-C-T---------TAC-GA-A-AAGGTG--TGCG-CAT-TCGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TACATTTTGTATA---TT-GT-G----TTACACAGTATC----AAT--TT-A---------AGAT-GAAAAA-----------TA--TACTT-GAAA-AT-G-AA--TT-T---GT-TAT-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-GA-TTT-GCGGC--TA--GTTTCATT
gi|54498 : ATA-GCATATTAC--T-GAACGGACCA-C--GA-TAGAA--CAT-TTTCCC-A-G-C-TTTTGT--CAAAAA-TGGGTCTG----AA--AA-CA-TC-AAA-TG-T--AT--ACA-GATTCAT-TGTC-T---------CAGTGA-A-AATATGTCTGCG-AA--ATATCACATGG-C---A--AT-GAAAGAAT-AA--TT----TA---------TA---TTCGT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAG-G----A---AA---A-GTA--TAGTT-GAAT-AT-GAAA--TT-T---GC-T-G-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A---GG-TTTC--T--G--AAGGAAA----T-----A-CATATC-------TTG-AA-TTT-G-AGA--TAT-TTTTCATTGAAAAAT---TG-CA--TTT-------TG-C-AAT-TTTCT
gi|54499 : ATA-GCAA--TA---TTGA----AT-A-C--GAATAAGA--CAT-GTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAA--TGAGTCTG----AA--AA--AGCC-CAA-TA-TTGAT---CA-GATT-ATATG-C-TAGTCTCCTGCAT-GATATAAGATT--CGCGTCATCTTGTCA---TG-CA-AA--AC-TAA--AAT-A---TA----T----------TAAGTTT-GTTG----T--------ATC----ATT--ATGA---------AGAT-GAAAAA---CA---TTACT--TACTT-GAAT-AT-G-AAGATT-A---GC-TCG-A-A-GC-----------AT----C-G-C------T--T---ACTTGT-TTTC--T--G-AA-GGAAA----A-----CGCA---C--------TG-TA-ATT-GAGGA--TA--TTTTC-TCG-AAAAT---GGCCA-TTCTTTTGTTGTG-C-AAA-TTTTT
gi|54500 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATTAAC--GAATAAGA--CATCTTTCCC-G-C-C-TTTTGT----AAAG-TGAGTCTG----AA--AA-TTGTCAAAA-TGTTG-AT--AC--GATA-CT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TGTTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--ATT-AA--AG----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----A-T--AT-A---------ATAT-GAAAA
gi|54501 : ATA-GTAT--TA---T-GC-T--ATGA-T--GAAGACGA--CCT-TTTCTT-G-C-C-ATTGTT--C-AAAA-TAAGCCTG----AA--AA-CTGTC-AAA-TG-TC-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-C---------CTG-GA-A-AAGGTA--TGCG-CAT-TTGTTG---GA-CT-AA--AC-GAA--AAT-AA--TACATGTA---------TA---TT-GT-A----T--------ATC----ATT--cctact
gi|54502 : TA-GTAT--TAATAT-GA-C--ATCA-C--GAACAAGG----T-TTTTCC-A-C-C-TTTTGT--T-GAAA-TGAGTCTGCATGAA--AA-CAGTC-AAA-TG-TG-AT--TCA-GATT-AT-
gi|54503 : A-GCAT--TA---T--A-C--ATCAAC--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGCC-AAA-TG-TG-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTCG---AG-TA-AA--AT-GAA--AA--AA--GA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-----AA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TAT-ATTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CATTTTT-------TG-C-CAT-TTTTT
gi|54504 : -GTAT--TA---C-GA-C--ATCA-T--GAGGAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-T-----------AA-TAAGCCTG----AA--AA-C--TC-AAA-TG-TC-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------TAG-AA-A-AAGGTG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GGA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--TT-A---------AGAT-T----A---AA---A-ACA--TATTT-GAAT-AT----A--T-------C-TCG-A-T-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--A-AAAGAAAA----A-----G-CA---C-------CAG-GA-TTT-GGGGA--TA--TTTCCATTG-AAAAA---GG-CA-TTTT-------CG-C-AAT-TTT
gi|54505 : -GCAT---A---T-GA-C--ATTAGC--GAAAAAGA--CATGTTTCGC-GGCGC-TTTTGTACC-AAAA-TGAGTCTG----AA--AAGCAGTC-AA-----TG-ATTAACA-GATT-AC-TA-CGC---------CAG-GA-A-AGATTG--TGCG-CAC-TTGTCG---AGTCAGAA--ATGGAA--AATGAA--GA----TAT--------TA---GT-GT-G----T---------TCCCAAATT--AT-A---------AGAT-AAAAAACATAATACA-ATA--TAC---GAATCATGG-AA--TT-G---GCGTCGTA-TGGC-----------ATG--GCAG-C------TGTT---A--TGT-TTTC--G--G-AAAGGAAA----AATTTTA-CG---C-------ATG-AACTTT-GTGGA--TACTTTTTCATCT-GAAAT---GG-CATTTTT-------TG-CTAAT-TTTTT
gi|54506 : T--TA---T-GG-C--ATCA-CTTAATTAAGA--CAT-GTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--A--TAGCA-GAA-TGCTG-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AGCATG--T-CG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--T-----CA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATTCCAT-A---------AGAT-GAAA-------------CA--TTCTT-GAAT-ATTG-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GAGGATTTA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAA-TTTT
gi|54507 : T--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA---A---TTCCC-G-C-CTTTTTGT--C-CAAA--GAGCCTG----AAATAA-C-GTC-AAATTG-TT-AT--ACGCGATT-AC-TG-C-T---------CAG-GG-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTTG---AG-CA-AATGAT-GAA--AAT-AA--GA-----A---------TA---TT-G--G----T--------ATC----ATT--A--A---------AAAT-AAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-ATGG-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GCCG---------AT---GC-G-C------GG-T---A--TGT-TTTC--T--G--AAGGAAA----A-------CA-----------CTG-AA-TTT-TGTGA--TA---TTTCAATA-AAAAT---TG-CA---TT-------TG-C-AAT-TTGTT
gi|54508 : T--TA---T-GAAC--ATCA-C--GAATAAGAACCAT-TTT-CC-G---C-TTTTGT--C--AAA-TGA
gi|54508 : ---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----T-CA---C-------CTG-AA-TTT-GAGGA--TA--TTTCCATTG-AAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataacatacttgaatatgaatttgctcgacgcatgcgctgtatgttttctgaaaggaaaatcacctgaatttgaggatatttccattgaa
gi|54509 : ttatgaacatcacgaataagaaccattttccgcttttgtcaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatAA-CAAGCCTG----AA--AA-CTGTC-AAA-TG-TC-AT--ACA-GATT-GT------------------------------G--TGCA-CAT-TTGTTG---GG-CA-AA--AT-GAA--AAT-GA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--TT-A---------AGAT-G----A---AA---A-ACA--TGCTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TTG-A-T-GCAATATATATATAT---GT-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-GAAGGAAA----A-----C-CA---T-------GTGAAA-TTT-GCAGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GA-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTT
gi|54510 : TC-GAA-TG-TC-AT--GCA-AATT-AT-TG-C-T---------GAG-GA-A-AAGATG--TGTG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AC-GAT--AAT-AT--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT----------AA---A-AT---TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-T-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CCG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATCA-AAAAT---GT-TT-TTTT-------TGCC-AAC-TT
gi|54511 : C-AAA-TG-TG-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAA-GA-A-AATATG--TGTG-CAT-TTGTCG---AG-CT-AA--AT-AAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------AT
gi|54512 : -AT--ATT-GATT-AT-TG-C-T---------CAC--A-A-AAGAT------------TTG-CG---AG-CA-GA--AA-GAA--GAA-AA--TAAG--CA---------TA---T--GT-G----C--------GAT----ATT--TT-T---------AGAT-GAAAA------------C---TACTT-AAAT-AA-T-CA--TTAT---CC-TCG-A---GC-----------ATTGTGT-GGC------TG-TGCCA--TGT-TTTTCTT--G-AAAGAAAA----C-----C-CA---A-------CT--AA-TTT-GCGGA--TA--TTTTCATTG-AA-------------TTT-------TG-C-AAT-
gi|54513 : A-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGTG-CAC-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AAGATA----TACATG-----TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAAA-----------ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-AC-----------AT---GC-G-C------GG-T---A--TGT-TTTC--C--G-AAAGGAAAC---C-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-T-AAT-TTTTT
gi|54514 : ATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-TAA--AAT-A---------TA---------TA---TT-GT-G----T--------GTC----ATT--AT-A---------AGAT-GACAAA-----------CA--TACTT-AAAT-AT-G-AA--TC-T---GC-CTG-A-T-GC-----------AT---GT-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----C-----T-CA---C-------
gi|54515 : G--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA---T-AAAT-AAC-AA--CA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--TT-A---------CGAT-GAAAAA-----------CA--TATGT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---G--TGT-TTTC--T--G-AAAAGAAA----A-----C-CA---C--------------------------A--TTTCCATTG-AAAAT---GA-CA-TTTTC------TG-C-AAT-TTT
gi|54516 : --AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--TT-A---------AAAT-GAAAAA-----------TA--TATTT-GAGC-AT-G-AA--TT-T---GC-TTG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TA-C---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-TA---C-------CTG-AA-TTT-GCAAA--TA--TTTCCANT
gi|54517 : --TA----TA---------AG---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAA------------------------AAC-AT-G-AA--TT-T---GC-TCA-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGTCTTTC--TTAG-AAGGAAAA----A-----C-CA---CCTGATCGCTG-AA-TTT-GAGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AATATTTTT
gi|54518 : ---TT-CT-G----T--------A------ATT--TT-A---------AGAT-TAATGA-----------CG--TATTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T-------GT-TTTA--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------ATG-AA-TTTGGTGGA--TA---TTCCATTG-AAAAT---GG-TT-TTTA-------TG-C-AAT-TTT
gi|54519 : ----ATT--TT-A---------AGAT------A---AA---A-ACT--TTTTT-GATT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-A-C------TC-T---A--TAT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----G-CA---C-------ACG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTCCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTT
gi|54520 : --AT-A---------AGATTGAAAAA---G-------CA--TATTT-GAAT-AT-G-AC--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----T-CA---C-------CTA-GA-TTT-GCGGA--TA--TTGCTATTG-AAAAT---GA-CA-CTTT-------TG-T-AAT-TTT
gi|54521 : T-A---------AGAT-GAAAAA-----------CA--TATTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---TC-TCG-A-C-TC-----------GT---GC-A-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--A-AAAAGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGTA--TA--TTTTTATTG-AAAAT---GG-CA-GTTT-------TG-C-AAT-
gi|54522 : --TACTTTGAAT-AT-G-AA--TT-TCCCAC-TCG-ATC-G------------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGT--TAT-TTTTCATTG-AAAA----AG-TATTTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
gi|54523 : T-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GCAAA--TA--TTTCCGTTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-GAT-TTT
gi|54524 : -CA---C-------CTG-AA-TTG-GAGGA--TA--TTTTCATGG-AAAAT---AG-CA-GTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
blockSeqs : T AT ATA T A GG A TT AC C T G G T TC A A CATG AT G A A T T TG GT C C A T G AGTCTCCTG T T T TC T TC CAT T G TG G AG G GA TAAT CATTTTGTA AGT C T CATT TACACAGT CCAA CCA G AATCATTTT AAAAAACATAATACAA TG T C G A GA A CCC G T T G AATATATATAT TGT A G TGTACA T GCC CT C CT TA A AAAC ATTTT G TAT CTGATCG A C G T TT CT A TAA C T TTTGTTG C T A
blockSeqs : . . C . A . A . T G . . . . AC . . . . . A . . C T TA . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . CATG CATG . . . . . . A . . GAAAAACATTA . . . T . . . . . . T . CG G . . . . . . . . . . C . . . . . . . T . T A . . T C . T .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . AG T . . . . . . A . . AAAAAAAAAA . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GACACGCACA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . AAAAAAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . TGAAAAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GAAAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . AAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T . . GAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GACAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . GAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TAATGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . GAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . AAAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . AAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . GAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . AAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TN-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GCGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
finalCons : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TN-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GCGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111 333333333333333333
lowQualScore : 2 22 555 2 4 22 6 22 44 4 2 2 2 2 55 2 1 4444 22 2 3 1 1 3 44 55 1 1 1 1 1 777777777 1 1 1 22 1 22 222 1 1 22 1 33 1 22 8888 111111111 222 1 1 3333 55555555 3333 444 1 555555555 777777777777777777 11 1 1 4 1 11 1 222 1 1 2 1 88888888888 333 1 1 444444 1 222 11 1 11 11 1 4444 33333 1 222 4444444 1 1 1 6 11 44 2 222 1 4 6666666 1 3 1
lowQualScore : . .. ... . . .. . .. .. . . . . . .. . . .... .. . . . . . .. .. . . . . . ......... . . . .. . .. ... . . .. . .. . .. .... ......... ... . . .... ........ .... ... . ......... .................. .. . . . . .. . ... . . . . ........... ... . . ...... . ... .. . .. .. . .... ..... . ... ....... . . . . .. .. . ... . . ....... . . .
lowQualScore : 4 88 555 0 0 88 0 88 88 0 0 0 0 0 55 0 9 2222 88 0 6 8 8 6 55 00 7 7 7 8 8 333333333 8 8 8 33 7 11 999 7 7 33 7 88 6 11 7777 000000000 666 5 5 1111 44444444 1111 333 4 777777777 333333333333333333 99 4 4 1 4 99 4 444 4 4 8 4 44444444444 888 4 4 000000 4 444 99 3 88 88 3 2222 33333 3 333 2222222 3 3 3 1 88 55 9 666 5 4 3333333 5 0 5
consensus : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TN-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GCGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
Reference ( family-473 ) : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TN-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GCGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
gi|54489 : ATA-GCAT--TA---G-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TAAGTCTG----AA--AA-CAATC-AAA-TG-AG-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTTG---AG-CA-AA--AT-AAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-AT-G----T--------GTC----ATT--AT-A---------TGAT-G----A---AA---A-ATA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---T-------CTG-AA-TTT-GAGGA--TA--TTTTCGTTG-AAAAT---GG-CA-GTTT-------TG-C-AAA-TTTTT
gi|54490 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-CAAA-TGAGCCTG----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TT-AT--ACG-CATT-AC-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTTG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--GA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AA-A---------AGAT-AAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATTA-AAAAT---TG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
gi|54491 : ATA-GCAT---A---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGAT-CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AG-CAGTC-AAA-TG-TG-AT--ACA-AATT-AC-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAC-AA--GA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT------A---AA---A-TCA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---AC-A-C------TG-T---A--TG--TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTAGA--TA--TTTTC-TCGAAAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTTT
gi|54492 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATAA-C--GAGTAAGG--TAT-TTTCCA-G-C-T-TTTTTT--G-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGTT-AAA-TA-TC-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-ACATTT--------ATC----ATT--AT-A---------AAAT-G----A---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCA-A-C-GC-----------AT---GC-A-C------TG-T---A--TGC-TTTC--T--G-TAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTAATTG-AACAT---GT-CA-GTTT-------TG-C-AAT-
gi|54493 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA--CAT-TTTCCCTG-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTA----AA--AA-CAGTC-AAA-TG-TG-AT--ACA-GATT-AC-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--GA----TA---------TA---TT----------------------------------------------------------------ACA--TACTT-CAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-ATC-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AGAGGAAA----A-----C-CA---C-------ATG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTAATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-CTAAT-TTTTT
gi|54494 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATGAGA--CAT-TTTCCC-T-C-C-TTTTTCTCC-AACA-TAAGCCTG----AA--AA-CTGTC-AAA-TG-TC-AT--ACA-AATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGGTG--TGCG-CA------AA---AT-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TATAATTA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT---T-AAATCATTTTAGAT-G----A---AA---A-ACA--TTCTT-TAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GA-----------AT---GC-G-TTGTACATG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGAGAA----A-----C-CA---C-------TTC-AA-ATT-CCGGA--AA--TTTT-ATTG-AAAAT---GT-CA-TTTT-------TG-C-AA
gi|54495 : ATATGCAT--TA-----GA-----TTA-C--GAAAAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTT-T--C-AAAA-TGAGTCTG----AG--AA-CAGTC-AAA-TA-TA-A
gi|54496 : ATA-GTAT--TA---T-GA-C--ATCA-A--GAAGAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTTT--C-AAAA------CT--------------GTC-AAA-TG-TT-AT--TCA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-AA-A-AAGCTG--TGCC-CAT-TTGTCG---AT-GA-AA--AT-GAA--AAT-GA--TG----TA---------TA---TT-AT-G----T--------GTC----ATT--TT-A---------AGAT-GACACG---CA---C-ACATGTATTT-GAAA-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---TT-G-C------TG-T---A--TGT-TT----T--GAAAAGGAAAAAACA-----C-CA---C-------CAG-AA-TTT-GTGAA--TA--TTCTCATTG-AAAACTAAGG-CA-TTTA-------TG-C-AAT-TCT
gi|54497 : ATA-GCAT--TT---T-GA-C--AACA-G--GAATG-----CAT-TTCCCG-G-T-C-TTTTTT--T-AAAAATAAGCCTG----AA--AA-CTGTC-AAA-TG-TC-ATGTATA-GATT-AT-TG-C-T---------TAC-GA-A-AAGGTG--TGCG-CAT-TCGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--TA----TACATTTTGTATA---TT-GT-G----TTACACAGTATC----AAT--TT-A---------AGAT-GAAAAA-----------TA--TACTT-GAAA-AT-G-AA--TT-T---GT-TAT-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-GA-TTT-GCGGC--TA--GTTTCATT
gi|54498 : ATA-GCATATTAC--T-GAACGGACCA-C--GA-TAGAA--CAT-TTTCCC-A-G-C-TTTTGT--CAAAAA-TGGGTCTG----AA--AA-CA-TC-AAA-TG-T--AT--ACA-GATTCAT-TGTC-T---------CAGTGA-A-AATATGTCTGCG-AA--ATATCACATGG-C---A--AT-GAAAGAAT-AA--TT----TA---------TA---TTCGT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAG-G----A---AA---A-GTA--TAGTT-GAAT-AT-GAAA--TT-T---GC-T-G-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A---GG-TTTC--T--G--AAGGAAA----T-----A-CATATC-------TTG-AA-TTT-G-AGA--TAT-TTTTCATTGAAAAAT---TG-CA--TTT-------TG-C-AAT-TTTCT
gi|54499 : ATA-GCAA--TA---TTGA----AT-A-C--GAATAAGA--CAT-GTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAA--TGAGTCTG----AA--AA--AGCC-CAA-TA-TTGAT---CA-GATT-ATATG-C-TAGTCTCCTGCAT-GATATAAGATT--CGCGTCATCTTGTCA---TG-CA-AA--AC-TAA--AAT-A---TA----T----------TAAGTTT-GTTG----T--------ATC----ATT--ATGA---------AGAT-GAAAAA---CA---TTACT--TACTT-GAAT-AT-G-AAGATT-A---GC-TCG-A-A-GC-----------AT----C-G-C------T--T---ACTTGT-TTTC--T--G-AA-GGAAA----A-----CGCA---C--------TG-TA-ATT-GAGGA--TA--TTTTC-TCG-AAAAT---GGCCA-TTCTTTTGTTGTG-C-AAA-TTTTT
gi|54500 : ATA-GCAT--TA---T-GA-C--ATTAAC--GAATAAGA--CATCTTTCCC-G-C-C-TTTTGT----AAAG-TGAGTCTG----AA--AA-TTGTCAAAA-TGTTG-AT--AC--GATA-CT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAT-TGTTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--ATT-AA--AG----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----A-T--AT-A---------ATAT-GAAAA
gi|54501 : ATA-GTAT--TA---T-GC-T--ATGA-T--GAAGACGA--CCT-TTTCTT-G-C-C-ATTGTT--C-AAAA-TAAGCCTG----AA--AA-CTGTC-AAA-TG-TC-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-C---------CTG-GA-A-AAGGTA--TGCG-CAT-TTGTTG---GA-CT-AA--AC-GAA--AAT-AA--TACATGTA---------TA---TT-GT-A----T--------ATC----ATT--cctact
gi|54502 : TA-GTAT--TAATAT-GA-C--ATCA-C--GAACAAGG----T-TTTTCC-A-C-C-TTTTGT--T-GAAA-TGAGTCTGCATGAA--AA-CAGTC-AAA-TG-TG-AT--TCA-GATT-AT-
gi|54503 : A-GCAT--TA---T--A-C--ATCAAC--GAATAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--AA-CAGCC-AAA-TG-TG-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTCG---AG-TA-AA--AT-GAA--AA--AA--GA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-----AA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TAT-ATTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CATTTTT-------TG-C-CAT-TTTTT
gi|54504 : -GTAT--TA---C-GA-C--ATCA-T--GAGGAAGA--CAT-TTTCCC-G-C-C-T-----------AA-TAAGCCTG----AA--AA-C--TC-AAA-TG-TC-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------TAG-AA-A-AAGGTG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GGA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--TT-A---------AGAT-T----A---AA---A-ACA--TATTT-GAAT-AT----A--T-------C-TCG-A-T-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--A-AAAGAAAA----A-----G-CA---C-------CAG-GA-TTT-GGGGA--TA--TTTCCATTG-AAAAA---GG-CA-TTTT-------CG-C-AAT-TTT
gi|54505 : -GCAT---A---T-GA-C--ATTAGC--GAAAAAGA--CATGTTTCGC-GGCGC-TTTTGTACC-AAAA-TGAGTCTG----AA--AAGCAGTC-AA-----TG-ATTAACA-GATT-AC-TA-CGC---------CAG-GA-A-AGATTG--TGCG-CAC-TTGTCG---AGTCAGAA--ATGGAA--AATGAA--GA----TAT--------TA---GT-GT-G----T---------TCCCAAATT--AT-A---------AGAT-AAAAAACATAATACA-ATA--TAC---GAATCATGG-AA--TT-G---GCGTCGTA-TGGC-----------ATG--GCAG-C------TGTT---A--TGT-TTTC--G--G-AAAGGAAA----AATTTTA-CG---C-------ATG-AACTTT-GTGGA--TACTTTTTCATCT-GAAAT---GG-CATTTTT-------TG-CTAAT-TTTTT
gi|54506 : T--TA---T-GG-C--ATCA-CTTAATTAAGA--CAT-GTTCCC-G-C-C-TTTTGT--C-AAAA-TGAGTCTG----AA--A--TAGCA-GAA-TGCTG-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AGCATG--T-CG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AA--T-----CA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATTCCAT-A---------AGAT-GAAA-------------CA--TTCTT-GAAT-ATTG-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GAGGATTTA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAA-TTTT
gi|54507 : T--TA---T-GA-C--ATCA-C--GAATAAGA---A---TTCCC-G-C-CTTTTTGT--C-CAAA--GAGCCTG----AAATAA-C-GTC-AAATTG-TT-AT--ACGCGATT-AC-TG-C-T---------CAG-GG-A-AAGATG--TGCG-CAC-TTGTTG---AG-CA-AATGAT-GAA--AAT-AA--GA-----A---------TA---TT-G--G----T--------ATC----ATT--A--A---------AAAT-AAAAAA---AA---A-ACA--TACTT-GAAT-ATGG-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GCCG---------AT---GC-G-C------GG-T---A--TGT-TTTC--T--G--AAGGAAA----A-------CA-----------CTG-AA-TTT-TGTGA--TA---TTTCAATA-AAAAT---TG-CA---TT-------TG-C-AAT-TTGTT
gi|54508 : T--TA---T-GAAC--ATCA-C--GAATAAGAACCAT-TTT-CC-G---C-TTTTGT--C--AAA-TGA
gi|54508 : ---A-ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----T-CA---C-------CTG-AA-TTT-GAGGA--TA--TTTCCATTG-AAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataacatacttgaatatgaatttgctcgacgcatgcgctgtatgttttctgaaaggaaaatcacctgaatttgaggatatttccattgaa
gi|54509 : ttatgaacatcacgaataagaaccattttccgcttttgtcaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatAA-CAAGCCTG----AA--AA-CTGTC-AAA-TG-TC-AT--ACA-GATT-GT------------------------------G--TGCA-CAT-TTGTTG---GG-CA-AA--AT-GAA--AAT-GA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--TT-A---------AGAT-G----A---AA---A-ACA--TGCTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TTG-A-T-GCAATATATATATAT---GT-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-GAAGGAAA----A-----C-CA---T-------GTGAAA-TTT-GCAGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GA-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTT
gi|54510 : TC-GAA-TG-TC-AT--GCA-AATT-AT-TG-C-T---------GAG-GA-A-AAGATG--TGTG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AC-GAT--AAT-AT--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT----------AA---A-AT---TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-T-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CCG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATCA-AAAAT---GT-TT-TTTT-------TGCC-AAC-TT
gi|54511 : C-AAA-TG-TG-AT--ACA-GATT-AT-TG-C-T---------CAA-GA-A-AATATG--TGTG-CAT-TTGTCG---AG-CT-AA--AT-AAA--AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------AT
gi|54512 : -AT--ATT-GATT-AT-TG-C-T---------CAC--A-A-AAGAT------------TTG-CG---AG-CA-GA--AA-GAA--GAA-AA--TAAG--CA---------TA---T--GT-G----C--------GAT----ATT--TT-T---------AGAT-GAAAA------------C---TACTT-AAAT-AA-T-CA--TTAT---CC-TCG-A---GC-----------ATTGTGT-GGC------TG-TGCCA--TGT-TTTTCTT--G-AAAGAAAA----C-----C-CA---A-------CT--AA-TTT-GCGGA--TA--TTTTCATTG-AA-------------TTT-------TG-C-AAT-
gi|54513 : A-GATT-AT-TG-C-T---------CAG-GA-A-AAGATG--TGTG-CAC-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-GAA--AAT-AAGATA----TACATG-----TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAAA-----------ACA--TACTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-AC-----------AT---GC-G-C------GG-T---A--TGT-TTTC--C--G-AAAGGAAAC---C-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-T-AAT-TTTTT
gi|54514 : ATG--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA--AT-TAA--AAT-A---------TA---------TA---TT-GT-G----T--------GTC----ATT--AT-A---------AGAT-GACAAA-----------CA--TACTT-AAAT-AT-G-AA--TC-T---GC-CTG-A-T-GC-----------AT---GT-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----C-----T-CA---C-------
gi|54515 : G--TGCG-CAT-TTGTCG---AG-CA-AA---T-AAAT-AAC-AA--CA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--TT-A---------CGAT-GAAAAA-----------CA--TATGT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---G--TGT-TTTC--T--G-AAAAGAAA----A-----C-CA---C--------------------------A--TTTCCATTG-AAAAT---GA-CA-TTTTC------TG-C-AAT-TTT
gi|54516 : --AAT-AA--TA----TA---------TA---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--TT-A---------AAAT-GAAAAA-----------TA--TATTT-GAGC-AT-G-AA--TT-T---GC-TTG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TA-C---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-TA---C-------CTG-AA-TTT-GCAAA--TA--TTTCCANT
gi|54517 : --TA----TA---------AG---TT-GT-G----T--------ATC----ATT--AT-A---------AGAT-GAAA------------------------AAC-AT-G-AA--TT-T---GC-TCA-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGTCTTTC--TTAG-AAGGAAAA----A-----C-CA---CCTGATCGCTG-AA-TTT-GAGGA--TA--TTTTCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AATATTTTT
gi|54518 : ---TT-CT-G----T--------A------ATT--TT-A---------AGAT-TAATGA-----------CG--TATTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T-------GT-TTTA--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------ATG-AA-TTTGGTGGA--TA---TTCCATTG-AAAAT---GG-TT-TTTA-------TG-C-AAT-TTT
gi|54519 : ----ATT--TT-A---------AGAT------A---AA---A-ACT--TTTTT-GATT-AT-G-AA--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-A-C------TC-T---A--TAT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----G-CA---C-------ACG-AA-TTT-GTGGA--TA--TTTCCATTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-AAT-TTT
gi|54520 : --AT-A---------AGATTGAAAAA---G-------CA--TATTT-GAAT-AT-G-AC--TT-T---GC-TCG-A-C-GC-----------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----T-CA---C-------CTA-GA-TTT-GCGGA--TA--TTGCTATTG-AAAAT---GA-CA-CTTT-------TG-T-AAT-TTT
gi|54521 : T-A---------AGAT-GAAAAA-----------CA--TATTT-GAAT-AT-G-AA--TT-T---TC-TCG-A-C-TC-----------GT---GC-A-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--A-AAAAGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGTA--TA--TTTTTATTG-AAAAT---GG-CA-GTTT-------TG-C-AAT-
gi|54522 : --TACTTTGAAT-AT-G-AA--TT-TCCCAC-TCG-ATC-G------------AT---GC-G-C------TG-T---A--TGT-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GTGGT--TAT-TTTTCATTG-AAAA----AG-TATTTTT-------TG-C-AAT-TTTTT
gi|54523 : T-TTTC--T--G-AAAGGAAA----A-----C-CA---C-------CTG-AA-TTT-GCAAA--TA--TTTCCGTTG-AAAAT---GG-CA-TTTT-------TG-C-GAT-TTT
gi|54524 : -CA---C-------CTG-AA-TTG-GAGGA--TA--TTTTCATGG-AAAAT---AG-CA-GTTT-------TG-C-AAT-TTTTT